2025-700413

特許第７５６９８２８号発明「ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子を検出する方法」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。

結 論 特許第７５６９８２８号の請求項１に係る特許を維持する。

理 由 第１ 手続の経緯 特許第７５６９８２８号の請求項１に係る発明についての出願は、平成３０年４月２５日（優先権主張 ２０１７年４月２６日（ＪＰ）日本国）を国際出願日とする特願２０１９－５１４５６３号の一部を令和４年１０月１８日に特願２０２２－１６６９９２号として分割出願としたものであって、令和６年１０月９日にその特許権の設定登録がされ、令和６年１０月１８日に特許公報が発行された。 その後、その特許に対し、令和７年４月１４日に、特許異議申立人渡辺伸子（以下、「申立人」という。）により特許異議の申立てがなされた。 第２ 本件発明 特許第７５６９８２８号の請求項１に係る発明は、その特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定される、次のとおりのものである（以下、「本件発明」という。また、本件特許の設定登録時の願書に添付した明細書を「本件明細書」という。）。 【請求項１】 対象におけるｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子を検出する方法であって、 （１）ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下で、対象から得られた核酸試料を鋳型とし、ＢＣＲ遺伝子のエクソン１の一部の塩基配列を有するフォワードプライマー、ＡＢＬ１遺伝子のエクソン２～１１の一部に相補的な塩基配列を有するリバースプライマー、および、ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１ ｍＲＮＡ由来のＰＣＲ産物のいずれかの鎖に結合するプローブを用いて、ＰＣＲを行う工程、ここで、核酸試料は、ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部に相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下で対象のＲＮＡ試料を逆転写することにより得られたｃＤＮＡである、および、 （２）ＰＣＲにより核酸が増幅された場合に、対象がｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子を有すると判定する工程、 を含む方法。 第３ 申立理由の概要 申立人が申し立てた理由（以下、「申立理由」という。）は、特許異議申立書における主張からみて、甲１号証を主引例とする進歩性欠如、及び甲８号証を主引例とする進歩性欠如であると認められ、その概要及び証拠方法は、次のとおりである。 １ 申立理由１（甲１号証を主引例とする進歩性の欠如） 本件発明は、甲１号証に記載された発明（以下「甲１発明」という。）及び甲２～７号証に記載された事項に基づいて、当業者が容易になし得るものであり、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができないものであるから、上記発明に係る特許は同法１１３条２号に該当し、取り消されるべきである。 ２ 申立理由２（甲８号証を主引例とする進歩性の欠如） 本件発明は、甲８号証に記載された発明（以下「甲８発明」という。）及び甲２～７号証に記載された事項に基づいて、当業者が容易になし得るものであり、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができないものであるから、上記発明に係る特許は同法１１３条２号に該当し、取り消されるべきである。 ［証拠方法］ 甲１号証： 特表２００６－５１９６０１号公報 甲２号証： Ｌｅｕｋｅｍｉａ，１９９９，Ｖｏｌ．１３，Ｉｓｓｕｅ １２，ｐ１９０１－１９２８ 甲３号証： Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，２００４ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ，Ｖｏｌ．６，Ｎｏ．４，ｐ３４３－３４７ 甲４号証： 特表２００６－５２８４８２号公報 甲５号証： 国際公開２０１４／０５１０７６号公報 甲６号証： 米国特許第６３９１５９２号明細書 甲７号証： 特表２０１７－５０１６８３号公報 甲８号証： ＥｎｔｒｏＧｅｎ社製ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０ (ｍｂｃｒ)Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｋｉｔの説明書 ｈｔｔｐｓ：／／ｂｕｈｌｍａｎｎｌａｂｓ．ｃｏｍ／ｗｐ－ｃｏｎｔｅｎｔ／ｕｐｌｏａｄｓ／２０１５／０１／１３０７３ｌ＿ＣＨ＿ＢＣＲＡＢＬ＿ｐｌ９０．ｐｄｆ 検索日：２０２５年３月２８日 第４ 認定事実 甲１～８号証の記載の概要は次のとおりである。なお、英文で記載された証拠の日本語への翻訳は、断りのない限り、当審で行っている。また、下線は当審による。 １ 甲１号証 （１）甲１号証の記載 本件優先日前に頒布された刊行物である甲１号証には、 「白血病患者における微小残存病変検出のための融合遺伝子転写産物の増幅による実時間定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＱ－ＰＣＲ）法において、 （ｉ）増幅可能な適正化された患者サンプルを続く分析のために選択する工程と、 （ｉｉ）逆転写（ＲＴ）反応を実施するための最適条件を規定する工程と、 （ｉｉｉ）ＲＱ－ＰＣＲプロトコルのための最適条件を規定する工程と、 （ｉｖ）データ分析のための標準化された手技を確立する工程と を包含することを特徴とする方法。」（【請求項１】）が記載されている。 また、甲１号証には、対象となる融合遺伝子がＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒであって、その際のフォワードプライマー、プローブおよびリバースプライマーの配列が、それぞれ、配列番号２０（ＥＮＦ４０２） 、配列番号２１（ＥＮＰ５４１） および配列番号２２（ＥＮＲ５６１） であること（【請求項９】）、及び融合遺伝子がＢＣＲ－ＡＢＬ Ｍ－ｂｃｒであって、その際のフォワードプライマー、プローブおよびリバースプライマーの配列が、それぞれ、配列番号２３（ＥＮＦ５０１）、配列番号２１（ＥＮＰ５４１）および配列番号２２（ＥＮＲ５６１）であることが記載されている（【請求項１０】）。 さらに、甲１号証には、 「工程（ｉｉ）が、 全ＲＮＡ １μｇをＨ２Ｏ １０μｌ中に加え、 ７０℃で１０分間にわたってインキュベートし、 氷冷し、下記試薬を２０μｌの最終容積まで加え； 逆転写酵素（ＭＭＬＶまたはＳｕｐｅｒｃｒｉｐｔＩまたはＩＩのいずれか）：１００Ｕ ＲＴバッファ：（用いられたＲＴアーゼによる） ＤＮＴＰ：１Ｍｍ ＤＴＴ：１０Ｍｍ ランダム・ヘキサマー：２５μＭ ＲＮＡアーゼインヒビター：２０Ｕ 下記条件でインキュベートし、 室温で１０分間； ４２℃で４５分間；そして、 ９９℃で３分間 該ＲＴ工程後に４℃に該サンプルを置き、そして、 最終ｃＤＮＡをＨ２Ｏ ３０μｌで希釈する ことからなる」と記載されている（【請求項１５】）。 また、甲１号証には、 「工程（ｉｉｉ）が、 サンプルを 最終容積：２５μｌ； ５μｌの最終ｃＤＮＡ（１００ｎｇのＲＮＡに等価）； プライマー：各３００ｎＭ； プローブ：２００ｎＭ（ただし、ＡＭＬ１－ＥＴＯプローブについては１００ｎＭ）； マスター・ミックス：１２．５μｌ（１Ｘ） となるようにし、 下記により上記サンプルをインキュベートし； ５０℃で２分：および ９５℃で１０分 続いて下記を５０サイクル行う； ９５℃で１５秒；および ６０℃で１分 ことにより実施される」ことが記載されている（【請求項１６】）。 そして、甲１号証には、実施例４及び５において、それぞれ、具体的にＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子及びＢＣＲ－ＡＢＬ Ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物をＲＱ－ＰＣＲ法によって増幅し、検出したことが記載されている。 実施例４では、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物を検出するために、ＥＮＦ４０２（ＢＣＲエクソン１に位置される）、ＥＮＲ５６１およびプローブＥＮＰ５４１（両方とも、ＡＢＬエクソン２に位置される）を用いたことが記載されている（段落【０１４３】）。 実施例５では、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物を検出するために、ＢＣＲエクソン１３（エクソンｂ２）上に位置されるフォワードプライマーＥＮＦ５０１を用いたことが記載され（段落【０１５１】）、実施例４で用いられたＥＮＲ５６１およびプローブＥＮＰ５４１（両方とも、ＡＢＬエクソン２に位置される）は、実施例５においても共通して用いられたことが記載されている（段落【０１４３】）。 （２）甲１発明 請求項１の（ｉｉ）の「ＲＴ反応を実施するための最適条件を規定する工程」は、請求項１５に規定される工程であるところ、その規定される工程からみて、（ｉｉ）の工程は、要するに、「サンプル中のＲＮＡを逆転写（ＲＴ）反応することによって、ｃＤＮＡを生成する工程」であるといえる。 また、請求項１の（ｉｉｉ）の「ＲＱ－ＰＣＲプロトコルのための最適条件を規定する工程」は、請求項１６に規定される工程であるところ、その規定される工程からみて、（ｉｉｉ）の工程は、要するに、「ＰＣＲによりｃＤＮＡを鋳型として増幅する工程」であるといえる。 以上を踏まえると、前記（１）に示された事項からみて、甲１号証には、次の発明（以下、「甲１発明」という。）が記載されていると認める。 「白血病患者における微小残存病変検出のためのＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子転写産物の増幅による実時間定量的逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＱ－ＰＣＲ）法において、 （ｉ）増幅可能な適正化された患者サンプルを続く分析のために選択する工程と、 （ｉｉ）サンプル中のＲＮＡを逆転写（ＲＴ）反応することによって、ｃＤＮＡを生成する工程と、 （ｉｉｉ）ＰＣＲによりｃＤＮＡを鋳型として増幅する工程と、 （ｉｖ）データ分析のための標準化された手技を確立する工程と を包含し、前記ＲＱ－ＰＣＲ法に用いられるフォワードプライマー、プローブおよびリバースプライマーの配列が、それぞれ、ＥＮＦ４０２、ＥＮＰ５４１およびＥＮＲ５６１である方法。」 ２ 甲２号証 本件優先日前に頒布された刊行物である甲２号証には、ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬのｍＲＮＡを逆転写及び増幅するために、ＢＣＲ遺伝子のエクソン１の一部の塩基配列を有するフォワードプライマー(ＢＣＲ－ｅ１－Ａ)、及びＡＢＬ１遺伝子のエクソン３の一部に相補的な塩基配列を有するリバースプライマー(ＡＢＬ－ａ３－Ｂ)を用いてＢＣＲ－ＡＢＬ転写産物の増幅にあたって、「ＲＴ－ＰＣＲの第１段階の後、臭化エチジウム染色されたアガロースゲル上に視覚化された増幅産物は予測された分子サイズの単一のバンドのみを示した(図９及び表１１)。しかしながら、ＢＣＲ－ＡＢＬ転写産物のｐ１９０タイプとｐ２１０タイプとを共に発現する被検患者では、非常に高分子量のバンド(約１８００ｂｐ)が観測できた。このバンドは、ｐ２１０タイプの転写産物におけるＢＣＲエクソン１とＡＢＬエクソン３との間に含まれるｃＤＮＡ配列全体の増幅に相当する。最終的に、ネステッドＲＴ－ＰＣＲ反応の後、ゲル上に約５００ｂｐのバンドが観察でき、ＲＴ－ＰＣＲの第１段階に由来する増幅産物を表している。」ことが記載されている（申立人による甲２号証の部分翻訳による）。 ３ 甲３号証 本件優先日前に頒布された刊行物である甲３号証には、「Ｍ－ＢＣＲのすべてのバリアントを増幅させることが可能なＢＣＲ遺伝子のエクソンｂ１（ｅ１２）に特異的なプライマーを選択した。マイナーＢＣＲ及びマイクロＢＣＲ領域におけるブレークポイントの検出のためにそれぞれｅ１とｅ１９に特異的なプライマーを選択した」こと、「ｍＲＮＡ(ｐ１９０ＢＣＲ－ＡＢＬ、ｐ２１０ＢＣＲ－ＡＢＬ、又はｐ２３０ＢＣＲ－ＡＢＬをコードする)を確実に同定できるようにプライマーを選択した。ｔ(９：２２)とｑ(３４：１１)との間の相互転座によって生ずるあらゆる転写産物の中にこのエクソン(注釈：ｃ－ＡＢＬ中のａ３のこと)は存在することから、リバースプライマーは唯― (ｃ－ＡＢＬ中のａ３)のものである」こと、「エクソンｅ１はそれぞれの転写産物に存在し、ｂ１はｐ２１０ＢＣＲ－ＡＢＬ及びｐ２３０ＢＣＲ－ＡＢＬをコードする転写産物に存在する。したがって、ｅ１プライマーを使用することで、Ｍ－ＢＣＲ及びμ－ＢＣＲ転写産物は理論的には増幅され、検出され得るものであり、μ－ＢＣＲ転写産物はｂ１プライマーを使用することで検出され得る」ことが記載されている。（申立人による甲３号証の部分翻訳による）。 ４ 甲４号証 本件優先日前に頒布された刊行物である甲４号証には、逆転写物の増幅のための方法において、ＲＮＡの逆転写反応工程では、「少なくとも1つの望ましくないｍＲＮＡの逆転写を選択的に抑制するための、少なくとも1種の分子種の存在下で実施し、該分子種は前記望ましくないｍＲＮＡの逆転写を防止すること」、及びｃＤＮＡの増幅工程では、「少なくとも1つの望ましくないｍＲＮＡの逆転写産物の増幅を選択的に抑制するための、少なくとも１種の分子種の存在下で実施し、前記分子種は、前記望ましくないｍＲＮＡより製造される１本鎖または２本鎖のｃＤＮＡの増幅を防止すること」が記載されている（【請求項１】、【請求項４】、【請求項５】）。 さらに、甲４号証には、前記分子種がｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ鎖のうちの1本に相補的な核酸アナログであり、核酸アナログとしては、ＰＮＡ、ＬＮＡまたはＧｒｉｐＮＡであることが記載されている（【請求項１９】、【請求項２０】）。 ５ 甲５号証 本件優先日前に頒布された刊行物である甲５号証には、検査試料において、対象核酸中の検出標的部位における、挿入、欠失、転座等の塩基配列の相違を有する標的核酸を検出するための方法であって、該標的核酸は検出非標的核酸に対する塩基配列の相違を少なくとも１つ有する検出標的核酸であり、検出非標的核酸における該検出標的部位の塩基配列に相補的な塩基配列を有するクランプ核酸を用いる核酸増幅法によって、検査試料中の検出標的核酸における該検出標的部位の少なくとも一部を含む領域を選択的に増幅させる工程、および増幅された核酸を検出する工程、を含む方法が記載されている（［請求項１］、［請求項９］）。 また、甲第５号証に記載の技術は、塩基配列の相違を有する核酸が検出する対象である技術であって、核酸はＤＮＡまたはＲＮＡであり、好ましい対象の遺伝子として、ＡＢＬ／ＢＣＲ融合遺伝子が例示されている（段落［００３６］）。 さらに、甲第５号証には、核酸増幅法としてＲＴ－ＰＣＲ法を含む様々なＰＣＲ法が例示され、プライマー、逆転写酵素を用いることも記載されている（段落［００９５］、［０１１６］、［０１１７］）。 ６ 甲６号証 本件優先日前に頒布された刊行物である甲６号証には、ポリメラーゼ連鎖反応による核酸増幅工程の間に望ましくない核酸配列の増幅をブロックするための方法において、試料にＰＮＡ等のブロッキング分子を加えることで望ましくない核酸配列をブロックし、ブロックされていない核酸配列を非特異的に増幅する方法、が記載されている（請求項１～３）。 ７ 甲７号証 本件優先日前に頒布された刊行物である甲７号証には、標的核酸をリアルタイムで検出するための一つ以上の検出プローブ（ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｐｒｏｂｅ）及び野生型遺伝子または望まない遺伝子の増幅を抑制するクランピングプローブ（ｃｌａｍｐｉｎｇ ｐｒｏｂｅ）を含むプローブ混合体が記載され（【請求項１】）、前記検出プローブまたはクランピングプローブは核酸類似体であって、オリゴヌクレオチド（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）、ＰＮＡ（ｐｅｐｔｉｄｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄｓ）及びＬＮＡ（Ｌｏｃｋｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）であることが記載されている（【請求項２】）。また、甲７号証には、標的核酸としてｍＲＮＡ等が例示されている（段落【００２４】）。 ８ 甲８号証 （１）甲８号証の記載 甲８号証は、ＥｎｔｒｏＧｅｎ社の「ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０ (ｍｂｃｒ)Ｏｎｅ－Ｓｔｅｐ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ」に関する説明書であって、「２２番染色体上のブレークポイントはＢＣＲ遺伝子の第1イントロン(マイナーブレークポイントクラスター領域; ｍｂｃｒとしても知られる)に生じ、９番染色体上のブレークポイントはＡＢＬ遺伝子のエクソン１と２の間に生じる(ｅ１ａ２)。これによりＢＣＲのエクソン１とＡＢＬのエクソン２が結合し、構成的に活性なキナーゼドメインを持つ１９０ｋＤａの融合タンパク質が生成する」こと、「慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）および急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）の患者における微小残存病変（ＭＲＤ）の評価のため、ＩＭ治療前、治療中、治療後にＢＣＲ－ＡＢＬ発現の検出と定量化に定量リアルタイムＰＣＲの使用が推奨されている」こと、「ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)ワンステップ検出キットは、単一のチューブ内での再現性の高いファーストストランドｃＤＮＡ合成とそれに続くリアルタイムＰＣＲのために構成されている。検証された複数のプライマー、加水分解プローブ、およびホットスタートＤＮＡポリメラーゼの組み合わせにより、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)ワンステップ検出キットは、特異的が高くかつ超高感度な結果を1つの工程でもたらすこと」、「ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)ワンステップ検出キットは、血液または骨髄から単離されたトータルＲＮＡを用いてｅ１ａ２融合遺伝子転写産物を検出及び定量するための試薬を提供する」ことが記載されている（申立人による甲８号証の部分翻訳による）。 （２）甲８発明 前記（１）に示された事項からみて、甲８号証には、次の発明（以下、「甲８発明」という。）が記載されていると認める。 「慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）および急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）の患者における微小残存病変（ＭＲＤ）の評価のためにＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)をワンステップで検出する方法であって、血液または骨髄から単離されたトータルＲＮＡを用いて、複数のプライマー、加水分解プローブ、およびホットスタートＤＮＡポリメラーゼの組み合わせにより、ファーストストランドｃＤＮＡ合成とそれに続くリアルタイムＰＣＲを行う方法。」 第５ 当審の判断 １ 申立理由１（甲１号証を主引例とした進歩性の欠如）について （１）本件発明 ア 対比 本件発明と甲１発明を対比する。 甲１発明の「ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ」は、本件発明の「ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子」に相当する。 甲１発明の「ＥＮＦ４０２」及び「ＥＮＲ５６１」は、各々ＢＣＲエクソン１及びＡＢＬエクソン２に位置されるものであって、前者がフォワードプライマー、後者がリバースプライマーであることも考慮すれば、それぞれ本件発明の「ＢＣＲ遺伝子のエクソン１の一部の塩基配列を有するフォワードプライマー」、「ＡＢＬ１遺伝子のエクソン２～１１の一部に相補的な塩基配列を有するリバースプライマー」に相当する。 また、「ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１ ｍＲＮＡ由来のＰＣＲ産物」には、ＡＢＬエクソン２が存在しており、甲１発明の「ＥＮＰ５４１」は、ＡＢＬエクソン２に位置されるプローブであるから、本件発明の「ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１ ｍＲＮＡ由来のＰＣＲ産物のいずれかの鎖に結合するプローブ」に相当する。 そして、甲１発明は、白血病患者における微小残存病変検出のためのＲＱ－ＰＣＲ法に係るものであって、フォワードプライマーＥＮＦ４０２及びリバースプライマーＥＮＲ５６１を用いたＲＱ－ＰＣＲ法により「ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子転写産物の増幅」をするものであるから、甲１発明において、当該フォワードプライマー及びリバースプライマーと一緒に用いられるプローブ「ＥＮＰ５４１」により核酸が検出された場合には、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子という白血病患者における微小残存病変が検出されたと判定する、すなわち、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子が検出されたと判定するといえる。 以上からみて、本件発明と甲１発明の一致点及び相違点は次のとおりである。 （一致点） 「対象におけるｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子を検出する方法であって、 （１）対象から得られた核酸試料を鋳型とし、ＢＣＲ遺伝子のエクソン１の一部の塩基配列を有するフォワードプライマー、ＡＢＬ１遺伝子のエクソン２～１１の一部に相補的な塩基配列を有するリバースプライマー、および、ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１ ｍＲＮＡ由来のＰＣＲ産物のいずれかの鎖に結合するプローブを用いて、ＰＣＲを行う工程、 ここで、核酸試料は、対象のＲＮＡ試料を逆転写することにより得られたｃＤＮＡである、および、 （２）ＰＣＲにより核酸が増幅された場合に、対象がｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子を有すると判定する工程、 を含む方法。」 （相違点１） ＰＣＲを行う際に、本件発明は「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下」で行うのに対し、甲１発明はこのような特定がない点。 （相違点２） 「対象のＲＮＡ試料を逆転写することにより得られたｃＤＮＡ」である核酸試料について、本件発明は、「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部に相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下」で対象のＲＮＡ試料を逆転写することにより得られたものであるのに対し、甲１発明はこのような特定がない点。 イ 判断 （ア）相違点１について ａ 甲１～３号証に関して 前記第４の１（１）に示すとおり、甲１号証には、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物をＲＱ－ＰＣＲ法によって増幅し、検出したことに加えて、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物をＲＱ－ＰＣＲ法によって増幅し、検出したことも記載されており、甲１号証からは、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物を増幅する際に、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物も増幅され、問題が生じることは読み取れない。 前記第４の２に示すとおり、甲２号証は、ＢＣＲ－ＡＢＬ転写産物のｐ１９０タイプ（当審注：ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１のこと。）とｐ２１０タイプ（当審注：Ｍａｊｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１のこと。）を共に発現する被検患者において、ｐ１９０タイプの転写産物を増幅するプライマーによって、ｐ２１０タイプの転写産物も増幅されたことが記載されている。しかしながら、甲２号証には、ｐ２１０タイプの転写産物の増幅を抑え、ｐ１９０タイプの転写産物のみを増幅することが課題であることは記載されておらず、ｐ１９０タイプ及びｐ２１０タイプの転写産物は、臭化エチジウム染色されたアガロースゲル上に、それぞれ約５００ｂｐ、約１８００ｂｐのバンドとして視覚化され、識別されているため、このような課題が存在することは示唆されていない。 前記第４の３に示すとおり、甲３号証には、ｐ１９０ＢＣＲ－ＡＢＬ（当審注：ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１のこと。）をコードする転写産物を増幅するプライマーによって、ｐ２１０ＢＣＲ－ＡＢＬ（当審注：Ｍａｊｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１のこと。）をコードする転写産物も理論的には増幅され、検出され得ることは記載されているものの、実際に増幅されることで、問題が生じたことは記載も示唆もされていない。 以上のとおり、甲１～３号証の記載を検討しても、甲１発明において、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子転写産物に対するＰＣＲを行う際に、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子転写産物の増幅を避けようとする動機付けがあるとはいえず、したがって、当該ＰＣＲを「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下」で行う動機付けがあるとはいえない。 ｂ 甲４～７号証に関して 前記第４の４～７に示すとおり、甲４号証に記載の「分子種」、甲５号証に記載の「クランプ核酸」、甲６号証に記載の「ブロッキング分子」、甲７号証に記載の「クランピングプローブ」は、それぞれ、望まないｍＲＮＡの逆転写又は望まないＤＮＡの増幅を抑えようとするものであるから、いずれも、本件発明の「修飾核酸」に相当するといえる。 甲４～７号証には、本件発明の「修飾核酸」に相当するものが記載されているものの、前記ａのとおり、甲１発明において、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物を増幅する際に、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物も増幅されてしまい、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物のみを増幅したいという課題が存在するとはいえないから、甲１発明に甲４～７号証に記載された修飾核酸を採用する動機はない。 ｃ 相違点１についての小括 前記ａ、ｂで検討したとおり、甲１～７号証の記載をみても、甲１発明において、ＰＣＲを行う際に、「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下」で行うこと（相違点１）を、当業者が容易に想到し得たと判断することはできない。 （イ）相違点２について 前記相違点１と同様に、甲１～７号証の記載をみても、甲１発明において、サンプル中のＲＮＡを逆転写（ＲＴ）反応する際に、「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下」で行うこと（相違点２）を、当業者が容易に想到し得たと判断することはできない。 （ウ）小括 前記（ア）及び（イ）で検討したとおり、本件発明は、甲１発明及び甲１～７号証に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものではない。 （２）申立人の主張 申立人は、「甲１発明における検出方法においてｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子の転写産物のみを正確に測定するためには、用いられるプライマーにより逆転写され、増幅される可能性のある遺伝子、すなわち、Ｍａｊｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子（及びμＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子）の転写産物の逆転写及び増幅を抑制することが自明の課題」であり、「非測定対象配列の逆転写及び／又は増幅を抑制するために、核酸アナログ（本件特許における修飾核酸）を用いることにより、解決を図ることもまたよく知られた事項」であるため、「核酸アナログを用いることで周知の課題解決を図ることに特段の困難性はありません」と主張している。 しかしながら、前記（１）ａで検討したとおり、甲１発明において、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物を逆転写、増幅する際に、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物も同様に逆転写及び増幅されてしまうことで問題が生じるため、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子の転写産物の逆転写及び増幅を抑制したいという課題が存在したとはいえないことから、前記申立人の主張は採用できない。 （３）申立理由１の結論 以上検討したところによると、申立理由１は理由がない。 ２ 申立理由２（甲８号証を主引例とした進歩性の欠如）について （１）本件発明 ア 対比 本件発明と甲８発明を対比する。 甲８発明の「ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)」は、本件発明の「ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子」に相当する。 甲８発明は、単離されたトータルＲＮＡを出発物質として、ｃＤＮＡ合成とそれに続くＰＣＲを行うものであるから、甲８発明の「複数のプライマー」は、ＲＮＡからｃＤＮＡへの逆転写と、ＰＣＲにより当該ｃＤＮＡを増幅するためのものであるといえる。そうすると、甲８発明の「複数のプライマー」には、少なくともフォワードプライマーとリバースプライマーが含まれる。 そして、甲８発明は「ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)をワンステップで検出する方法」であって、「加水分解プローブ」はｍｂｃｒの増幅物を検出するために用いていることから、ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１ ｍＲＮＡ由来のＰＣＲ産物のいずれかの鎖に結合するといえ、「加水分解プローブ」により核酸が検出された場合に、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子が検出されたと判定するといえる。 以上からみて、本件発明と甲８発明の一致点及び相違点は次のとおりである。 （一致点） 「対象におけるｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子を検出する方法であって、 （１）対象から得られた核酸試料を鋳型とし、フォワードプライマー、リバースプライマー、および、プローブを用いて、ＰＣＲを行う工程、 ここで、核酸試料は、対象のＲＮＡ試料を逆転写することにより得られたｃＤＮＡである、および、 （２）ＰＣＲにより核酸が増幅された場合に、対象がｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子を有すると判定する工程、 を含む方法。」 （相違点１） フォワードプライマー、リバースプライマー及びプローブについて、本件発明のフォワードプライマーは「ＢＣＲ遺伝子のエクソン１の一部の塩基配列を有する」こと、リバースプライマーは「ＡＢＬ１遺伝子のエクソン２～１１の一部に相補的な塩基配列を有する」こと、プローブは「ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１ ｍＲＮＡ由来のＰＣＲ産物のいずれかの鎖に結合する」ことが特定されているのに対し、甲８発明はそのような点が特定されていない点。 （相違点２） ＰＣＲを行う際に、本件発明は「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下」で行うのに対し、甲８発明はそのような点が特定されていない点。 （相違点３） 「対象のＲＮＡ試料を逆転写することにより得られたｃＤＮＡ」である核酸試料について、本件発明は、「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部に相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下」で対象のＲＮＡ試料を逆転写することにより得られたものであるのに対し、甲８発明はそのような点が特定されていない点。 イ 判断 （ア）相違点１について 前記第４の８に示すとおり、ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子は、ブレークポイントが、ＢＣＲ遺伝子の第１イントロン及びＡＢＬ遺伝子のエクソン１と２の間に生じるものであるから、ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１遺伝子をＰＣＲにより増幅するためには、「ＢＣＲ遺伝子のエクソン１の一部の塩基配列」と「ＡＢＬ１遺伝子のエクソン２～１１の一部に相補的な塩基配列」を有するプライマーを用いることが必要である。さらに、ｍｉｎｏｒ ＢＣ Ｒ－ＡＢＬ１遺伝子の増幅産物をプローブにより検出するためには、プローブが「ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１ ｍＲＮＡ由来のＰＣＲ産物のいずれかの鎖に結合する」必要がある。 そうすると、甲８発明において、フォワードプライマーは「ＢＣＲ遺伝子のエクソン１の一部の塩基配列を有」し、リバースプライマーは「ＡＢＬ１遺伝子のエクソン２～１１の一部に相補的な塩基配列を有」し、プローブは「ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１ ｍＲＮＡ由来のＰＣＲ産物のいずれかの鎖に結合する」ものといえるから、相違点１は実質的な相違点ではない。 （イ）相違点２について ａ 甲８、２及び３号証に関して 前記第４の８に示すとおり、甲８号証には、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)をワンステップで検出する方法が記載されているが、他のＢＣＲ－ＡＢＬが検出されてしまい、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)が正確に検出できないという課題は記載も示唆もされていない。 そして、前記１（１）イ（ア）ａで検討したとおり、甲２号証には、ｐ２１０タイプ（当審注：Ｍａｊｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１のこと。）の転写産物の増幅を抑え、ｐ１９０タイプ（当審注：ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１のこと。）の転写産物のみを増幅するとの課題が存在することは示唆されておらず、また、甲３号証にも、Ｐ２１０ ＢＣＲ－ＡＢＬ（当審注：Ｍａｊｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１のこと。）の転写産物の増幅を抑え、Ｐ１９０ ＢＣＲ－ＡＢＬ（当審注：ｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１のこと。）の転写産物のみを増幅することが課題であることは記載も示唆もされていない。 以上のとおり、甲８、２及び３号証の記載を検討しても、甲８発明において、ＢＣＲ－ＡＢＬ ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子転写産物に対するＰＣＲを行う際に、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｍ－ｂｃｒ融合遺伝子転写産物の増幅を避けようとする動機付けがあるとはいえず、したがって、当該ＰＣＲを「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下」で行う動機付けがあるとはいえない。 ｂ 甲４～７号証に関して 前記１（１）イ（ア）ｂで検討したとおり、甲４～７号証には、本件発明の「修飾核酸」に相当するものが記載されているものの、前記ａのとおり、甲８発明において、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)の転写産物を増幅する際に、他のＢＣＲ－ＡＢＬの転写産物も増幅されてしまい、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)の転写産物のみを増幅したいという課題が存在するとはいえないから、甲８発明に甲４～７号証に記載された修飾核酸を採用する動機はない。 ｃ 相違点２についての小括 前記ａ、ｂで検討したとおり、甲２～８号証の記載をみても、甲８発明において、ＰＣＲを行う際に、「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下」で行うこと（相違点２）を、当業者が容易に想到し得たと判断することはできない。 （ウ）相違点３について 前記相違点２と同様に、甲２～８号証の記載をみても、甲８発明において、サンプル中のＲＮＡを逆転写（ＲＴ）反応する際に、「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する修飾核酸の存在下」で行うこと（相違点３）を、当業者が容易に想到し得たと判断することはできない。 （エ）小括 前記（ア）～（ウ）で検討したとおり、本件発明は、甲８発明及び甲２～８号証に記載された事項に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものではない。 （２）申立人の主張 申立理由において、申立人は、「甲８発明の方法で用いられることが自明なｍｉｎｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬ１測定用のプライマーを用いると、Ｍａｊｏｒ ＢＣＲ－ＡＢＬの転写産物も逆転写・増幅することも自明です。一方、こうした課題に対して、非測定対象配列の逆転写及び増幅を抑制するために、核酸アナログ（本件特許における修飾核酸）を用いることにより、解決を図ることもまたよく知られた事項です。そして、そのような状況において、核酸アナログを用いることで周知の課題解決を図ることに特段の困難性はありません」と主張している。 しかしながら、前記（１）ａで検討したとおり、甲８発明において、ＢＣＲ－ＡＢＬ Ｐ１９０(ｍｂｃｒ)の転写産物を逆転写、増幅する際に、他のＢＣＲ－ＡＢＬの転写産物も同様に逆転写及び増幅されてしまい、それにより問題が生じるため、ＰＣＲ及び逆転写において、「ＢＣＲ遺伝子のエクソン２～１４の一部の塩基配列またはそれに相補的な塩基配列を有する修飾核酸」を用いる動機付けが存在したとはいえないことから、前記申立人の主張は採用できない。 （３）申立理由２の結論 以上検討したところによると、申立理由２は理由がない。 ３ むすび 以上からみて、特許異議の申立ての理由及び証拠によっては、請求項１に係る特許を取り消すことはできない。 また、他に請求項１に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。 よって、結論のとおり決定する。