2025-700586

特許第７５９４８１７号発明「血漿による胎児または腫瘍のメチロームの非侵襲的決定」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。

結 論 特許第７５９４８１７号の請求項１～１９に係る特許を維持する。

理 由 第１ 手続の経緯 特許第７５９４８１７号の請求項１～１９に係る特許についての出願は、平成２５年 ９月２０日（パリ条約による優先権主張 ２０１２年 ９月２０日、２０１３年 ３月１５日、２０１３年 ６月 ３日 いずれも（ＵＳ）アメリカ合衆国）を国際出願日とする特願２０１５－５３２２５０号の一部を、新たな特許出願とした特願２０１８－０６１７４４号の一部を、新たな特許出願とした特願２０２０－０５５３８７号の一部を、新たな特許出願とした特願２０２１－１８８０６０号の一部を、令和 ５年 ９月２８日にさらに新たな特許出願としたものであって、令和 ６年１１月２７日に特許の設定登録がされ、同年１２月 ５日に特許掲載公報が発行された。その特許に対し、令和 ７年 ６月 ４日に特許異議申立人 ＫＥＹ弁理士法人（以下、「申立人」という。）により特許異議の申立てがされ、同年 ７月 ２日に特許異議申立書の手続補正書（方式）が提出されたものである。 第２ 本件発明 本件特許の請求項１～１９に係る発明（以下、項番に従い「本件発明１」などという。）は、それぞれ、その特許請求の範囲の請求項１～１９に記載された事項によって特定される次のとおりのものである。 「【請求項１】 ヒト生物の血漿試料を分析する方法であって、前記血漿試料は無細胞ＤＮＡを含み、前記方法は、以下： 前記血漿サンプルから複数の無細胞ＤＮＡ分子を分析する工程、ここで、前記無細胞ＤＮＡ分子を分析することは、 配列リードを介して無細胞ＤＮＡ分子をヒトゲノムの一部にマッピングすることにより、ヒト生物のゲノムにおける無細胞ＤＮＡ分子の位置を決定すること、 無細胞ＤＮＡ分子が、複数のＣｐＧ島に組織化された複数のＣｐＧ部位のうちの１つ以上のＣｐＧ部位でメチル化されているかどうかを判定すること、ここで、各ＣｐＧ島は１つ以上のＣｐＧ部位を含む、 を含み、 メチル化されている複数のＣｐＧ島の各々における、それぞれの無細胞ＤＮＡ分子の数をコンピューター装置によって決定する工程、 複数のＣｐＧ島でメチル化されている無細胞ＤＮＡ分子のそれぞれの数に基づいて、メチル化レベルをコンピューター装置によって計算する工程、 メチル化レベルをカットオフ値とコンピューター装置によって比較する工程、ならびに 前記比較に基づいて癌のレベルの分類をコンピューター装置によって決定する工程、 を含む、方法。 【請求項２】 前記カットオフ値は、がんが存在するかどうかを示し、前記分類は、がんが存在するかどうかである、請求項１に記載の方法。 【請求項３】 前記無細胞ＤＮＡ分子が前記１つ以上のＣｐＧ部位においてメチル化されているか否かを決定することが、メチル化認識配列決定を実施することからなる、請求項１に記載の方法。 【請求項４】 メチル化認識配列決定を行うことが、メチル化認識大規模並列配列決定を行うことを含む、請求項１に記載の方法。 【請求項５】 メチル化認識配列決定を実施することにより、３９００万～１４２００万リードが生成される、請求項１に記載の方法。 【請求項６】 メチル化認識配列決定を行うことは、以下： 無細胞ＤＮＡ分子を亜硫酸水素ナトリウムで処理する工程；および 処理された無細胞ＤＮＡ分子の塩基配列を決定する工程、 を含む、請求項２に記載の方法。 【請求項７】 無細胞ＤＮＡ分子を重亜硫酸ナトリウムで処理することが、５－ヒドロキシメチルシトシンを検出するためのＴｅｔ補助亜硫酸水素塩配列決定または酸化的亜硫酸水素塩配列決定の一部である、請求項６に記載の方法。 【請求項８】 メチル化認識配列決定を行うことが、少なくとも６０，０００個の無細胞ＤＮＡ分子の配列決定を含む、請求項１に記載の方法。 【請求項９】 前記分類がヒト生物に癌が存在することを示し、前記方法は、メチル化レベルを他のヒト生物から決定された対応する値と比較することにより、ヒト生物に関連する癌のタイプを同定することをさらに含み、前記他のヒト生物の少なくとも２人が異なるタイプの癌を有すると同定される、請求項１に記載の方法。 【請求項１０】 前記カットオフ値が、健康な生物から得られた生物学的サンプルから確立された基準メチル化レベルからの特定の距離である、請求項１に記載の方法。 【請求項１１】 前記特定の距離は、参照メチル化レベルからの特定の標準偏差の数である、請求項１０に記載の方法。 【請求項１２】 前記カットオフ値が、血漿試料が検査される前に得られたヒト生体の以前の生物学的試料から決定された参照メチル化レベルから確立される、請求項１に記載の方法。 【請求項１３】 メチル化レベルをカットオフ値と比較することが、 メチル化レベルと参照メチル化レベルとの差を決定する工程；および 前記差をカットオフ値に対応する閾値と比較する工程、 を含む、請求項１に記載の方法。 【請求項１４】 前記複数のＣｐＧ部位が複数の染色体上に存在する、請求項１に記載の方法。 【請求項１５】 前記複数のＣｐＧ島が、参照群と比較して高度メチル化ＣｐＧ島であると判定される、請求項１に記載の方法。 【請求項１６】 前記メチル化レベルが、メチル化プロファイルについて計算される、請求項１に記載の方法。 【請求項１７】 前記複数の無細胞ＤＮＡ分子を分析することが、少なくとも１０００万個の配列リードを分析することを含む、請求項１に記載の方法。 【請求項１８】 請求項１～１７のいずれか１項に記載の方法を実行するようにプロセッサを制御するための複数の命令を保存するコンピューター可読媒体であって、前記命令はで定義された工程を含む、コンピューター可読媒体。 【請求項１９】 少なくともプロセッサ及びメモリを含む、請求項１～１７のいずれか１項に記載の方法を実行するための手段を含む、コンピューター装置。」 第３ 特許異議申立の理由の概要 申立人が、本件発明１～１９に係る特許に対して申し立てた特許異議申立理由（以下、「申立理由」という。）の概要及び証拠方法は、次のとおりである。 １ 申立理由（甲第１号証を主引例とする進歩性欠如） 本件発明１～１９は、甲第１号証に記載された発明及び甲第２号証～甲第６号証に記載された事項に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであるから、本件発明１～１９に係る特許は、同法第１１３条第２号に該当し、取り消すべきものである。 ２ 証拠方法 甲第１号証：国際公開第２０１２／０３１３２９号 甲第２号証：Nature Biotechnology, 2010年9月19日, 第28巻, 第10号, p.1106-1114, オンラインメソッド 甲第３号証：International Journal of Oncology, 2012年5月8日, 第41巻, p.629-638 甲第４号証：Clinical Chemistry, 2004年1月1日, 第50巻, 第1号, p.88-92 甲第５号証：EPMA Journal, 2010年6月9日, 第1巻, p.503-512 甲第６号証：Bioinformatics, 2012年4月6日, 第28巻, 第11号, p.1487-1494 （以下、「甲第１号証」～「甲第６号証」を、それぞれ「甲１」～「甲６」という。） 第４ 甲１、２の記載 甲１、２には、以下の事項が記載されている。甲１、２は英文で記載されているため、当審による訳文で示す。下線は当審による。 １ 甲１：国際公開第２０１２／０３１３２９号 甲１ア 「請求の範囲 １．癌性疾患またはその素因を示す被験者の細胞のゲノムにおけるエピジェネティックプロファイルを同定する方法であって、前記方法は、（ｉ）細胞運命決定、（ｉｉ）転写因子活性、（ｉｉｉ）ＤＮＡ結合、（ｉｖ）細胞内局在、および（ｖ）転写調節因子活性に関連する１つ以上の遺伝子座から選択される１つ以上の遺伝子座内若しくはその近傍、又は、１つ以上のこれらの遺伝子座中の１～１６個の領域におけるエピジェネティックプロファイルの、対照に対する変化をスクリーニングすることを含み、１つ以上の遺伝子座内若しくはその近傍、又は、領域内におけるエピジェネティックプロファイルの変化は、癌性疾患の存在又はその発症傾向を示す、方法。 ・・・ ４．請求項１に記載の方法であって、エピジェネティックプロファイルはメチル化の程度またはメチル化部位の分布である、方法。 ５．請求項１に記載の方法であって、選択された遺伝子座または遺伝子座内の領域の数は、どの対象が癌に罹患しているか、あるいは罹患していないかを決定するために必要な信頼度のパーセンテージレベルによって決定される、方法。 ６．請求項５に記載の方法であって、１００％の信頼水準が必要とされる場合、エピジェネティックプロファイルは１６の異なる遺伝子座で、または１又はそれ以上の遺伝子座内の１６の領域で決定される、方法。 ・・・」（請求の範囲） 甲１イ 「［００２３］エピジェネティックプロファイルは、被験者の細胞または細胞サブポピュレーションのゲノムにおいて決定される。検査対象となる細胞は、血液細胞、脳脊髄液（ＣＳＦ）細胞、骨髄細胞、口腔細胞、直腸スワブまたは糞便由来の細胞など、多岐にわたる。出生前組織および胎児由来の細胞も検査可能である。さらに、全血、血清、又は血漿中に循環する無細胞ＤＮＡまたはＲＮＡも検査可能である。循環ＤＮＡまたはＲＮＡは、尿、膿、呼吸液、リンパ液、糞便、胆汁、唾液、痰、精液、膣分泌物、脳脊髄液、脳液、腹水、乳汁、泌尿生殖器からの分泌物、組織又は臓器（例：肺）の洗浄液など、他の体液でも検査可能である。」（［００２３］） 甲１ウ 「［００２７］本開示はまた、表２に列挙された１つ以上の遺伝子座におけるエピジェネティックプロファイルを用いて、癌性疾患のエピジェネティックプロファイルを同定するためのアッセイを構築することを教示する。エピジェネティックプロファイルには、ＤＮＡまたはＲＮＡ中のシトシン塩基を含む任意の塩基のメチル化程度などのエピジェネティック変化の程度の決定が含まれる。シトシンには、ＣｐＧおよびＣｐＮｐＧアイランドおよびショア、ならびに非ＣｐＧおよびＣｐＮｐＧアイランドおよびショアに含まれるシトシンが含まれる。「遺伝子座」または「遺伝子座」には、コード領域および非コード領域（例えば、プロモーター領域、５’非コード領域、エクソン、イントロン、および３’非コード領域）が含まれる。遺伝子座に含まれる領域には、そのコード配列、プロモーター、および上流または下流の調節エレメントが含まれ、典型的には転写開始部位または転写終結シグナルから約１０００ｋｂ以内にある。したがって、この１０００ｋｂの領域は、遺伝子座の近位領域とみなされる。」（［００２７］） 甲１エ 「［００８５］エピジェネティックプロファイルがメチル化に関連する限りにおいて、メチル化は、アイランド、ショア、又は核酸の他の領域を問わず、シトシンを含む遺伝子座のＤＮＡまたはＲＮＡ内またはその近傍のいずれの部位でも起こり得る。本明細書において使用される用語「シトシン」または「Ｃ」、「ＣｐＧアイランド」、「ＣｐＮｐＧアイランド」、「アイランド・ショア」および「ショア」はすべて、表２または表３、より具体的には表２または表３に列挙された遺伝子座から上流または下流に約１０００ｋｂまでの距離にある遺伝子座内または領域内、ならびに遺伝子座内および上流および下流のエンハンサーエレメント内を含む。複数の遺伝子座をスクリーニングしてもよいし、１つ以上の遺伝子座内の複数の領域をスクリーニングしてもよい。」（［００８５］） 甲１オ 「［００９０］任意のメチル化アッセイ、例えば、亜硫酸水素塩シーケンシング（例えば、ＷＯ ２００５／０３８０５１を参照）、メチル化特異的融解曲線分析（ＭＳ－ＭＣＡ）、高解像度融解（ＭＳ－ＨＲＭ）［Ｄａｈｌ ｅｔ ａｌ， Ｃｌｉｎ Ｃｈｅｍ ５３（４）：７９０－７９３， ２００７； Ｗｏｊｄａｃｚ ｅｔ ａｌ， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３５（６）ｅ４１， ２００７］、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ ＭＳ（Ｔｏｓｔ ｅｔ ａｌ， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ３１（９）：ｅ５０， ２００３）、メチル化特異的ＭＬＰＡ（Ｎｙｇｒｅｎ ｅｔ ａｌ， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３３（１４）：ｅ１２８， ２００５）、メチル化ＤＮＡ沈殿／濃縮およびメチル化感受性制限酵素（ＣＯＭＰＡＲＥ－ＭＳ）［Ｙｅｇｎａｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ ｅｔ ａｌ， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ３４（３）ｅ１９， ２００６］又はメチル化感受性オリゴヌクレオチドマイクロアレイ（Ｇｉｔａｎ ｅｔ ａｌ， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ． １２（１）： １５８－１６４， ２００２）、Ｉｎｆｉｎｉｕｍ（Ｂｉｂｉｋｏｖａ ｅｔ ａｌ， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １６：３８３－３９３， ２００６）およびＭｅｔｈｙｌＬｉｇｈｔ（Ｔｒｉｎｈ ｅｔ ａｌ， ２００１ 上記； Ｓｈｉｖａｐｕｎｋａｒ ｅｔ ａｌ， ２００５ 上記； ＷＯ ００／７００９０； ＵＳ Ｐａｔｅｎｔ Ｎｏ． ６，３３１，３９３）、メチル化ＤＮＡを標的とした抗体およびタンパク質結合ドメインを介した方法、並びに単一分子リアルタイムシーケンシング（Ｐａｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ； Ｆｌｕｓｈｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ， Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ ７（６）：４６１－４６５， ２０１０）を使用することができる。マルチプレックスメチル化に基づくＰＣＲアッセイおよびマルチプレックスキットも使用が想定されている。Ｌａｉｒｄ ２０１０（上記）およびＨａｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ ２０１１（上記）も参照のこと。亜硫酸水素塩処理前のＤＮＡ増幅に用いられるプライマーは、亜硫酸水素塩処理されたＤＮＡを増幅する場合、改変が必要となる場合がある。」（［００９０］） 甲１カ 「［０１０３］したがって、本開示は、真核細胞または細胞群のゲノム中の表２または表３に列挙された１つ以上の遺伝子座内の部位のメチル化プロファイルであって、メチル化の程度またはレベルを含むメチル化プロファイルを教示するものであり、その方法は、細胞または細胞群からゲノムＤＮＡまたはＲＮＡのサンプルを採取すること、制限酵素消化されたＤＮＡもしくはＲＮＡ、または亜硫酸水素塩処理されたＤＮＡもしくはＲＮＡを、表２または表３に列挙された１つ以上の遺伝子座内の１つ以上の領域を増幅するように選択されたプライマー、または亜硫酸水素塩処理されたＤＮＡまたはＲＮＡを増幅することができる改変プライマーを用いて増幅反応に供すること、そして、増幅されたＤＮＡまたはＲＮＡをメチル化検出手段に供して、対照に対するメチル化の程度を決定することを含み、対照に対するメチル化の変化は、癌性の病理学的状態を示す。対照は、正常な被験者または既知の疾患状態を有する被験者であり得る。」（［０１０３］） 甲１キ 「［０１２６］本開示はさらに、メチル化の程度の変化状態（もしあれば）を、経時的または治療および／または行動修正に応じてモニタリングするコンピュータープログラムおよびハードウェアを教示する。これにはＭＲＤのモニタリングが含まれる。このようなコンピュータープログラムは、疾患の進行、介入への反応をモニタリングする上で重要な有用性を有し、治療法または処置の修正を導く可能性がある。このコンピュータープログラムは、メチル化の増加と病気の進行との関連性を理解するのにも役立つ。 ［０１２７］したがって、本開示によれば、選択された遺伝子座またはその近傍のメチル化レベルに指標値が割り当てられ、機械可読記憶媒体に保存され、この記憶媒体はデータを処理して、対象の疾患の進行の程度またはメチル化の変化を提供することができる。 ［０１２８］したがって、別の態様において、本開示は、対象における癌に関連する病理学的状態の進行を評価するためのコンピュータープログラム製品を教示し、この製品は以下を含む： （１）表２または３に記載されている１つ以上の遺伝子座の１つ以上の領域におけるメチル化またはその他のエピジェネティック変化の程度に値を割り当てること； （２）その値をコードに変換する手段； （３）当該コードをコンピュータ読み取り可能な媒体に保存することを意味する。 ［０１２９］関連する態様において、本開示は、表２または３に列挙された１つ以上の遺伝子座内の１つ以上の領域におけるメチル化またはその他のエピジェネティック変化の程度と癌状態の進行との間の関連性を評価するためのコンピューターを提供し、このコンピューターは以下を含む： （１）表２または３に列挙された１つ以上の遺伝子座の１つ以上の領域におけるメチル化またはその他のエピジェネティック変化の程度と関連付けられた値を含む機械可読データが符号化されたデータ記憶材料を含む機械可読データ記憶媒体； （２）前記値をコードに変換する手段； （３）当該コードをコンピュータ読み取り可能な媒体に保存する手段。 ［０１３０］関連する態様において、本開示は、表２または３に記載される１つ以上の遺伝子座内、または表２または３に記載される１つ以上の遺伝子座内の１～１６の領域内におけるメチル化またはその他のエピジェネティック変化の程度と癌疾患状態の進行との間の関連性を評価するためのコンピュータにまで及び、このコンピュータは、機械可読データ内に符号化されたデータ記憶材料を含む機械可読データ記憶媒体を備え、機械可読データは、表２または３に記載される１つ以上の遺伝子座の１つ以上の領域内におけるメチル化またはその他のエピジェネティック変化の程度という特徴と関連付けられた値を含む。 ［０１３１］本開示はまた、以下のものを備えるコンピューターを教示する： （１）機械可読データを処理するための命令コードを格納する作業メモリ； （２）機械可読データを処理してメチル化またはその他のエピジェネティックパターンの変化または疾患の進行に関する指導的または情報的なデータを提供するための作業メモリおよび機械可読データ記憶媒体に結合された中央処理装置； （３）中央処理装置に接続され、データを受信するための出力ハードウェア。 ［０１３２］本発明のコンピューターシステムは、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ装置などの検出システムにリンクすることもできる。」（［０１２６］～［０１３２］） 甲１ク 「［０１７３］図７は、Ｂ細胞性ＡＬＬ症例８５例から生成されたＳＥＱＵＥＮＯＭ ＥｐｉＴＹＰＥＲ ＤＮＡメチル化結果のヒートマッププロットであり、対応する白血病期および寛解期骨髄サンプル、対照群（ドナー）、および癌細胞株（ＲＥＨ）が対象となっている。Ｉｎｆｉｎｉｕｍ解析によって選択された１６個のプローブを含む合計１０３個のＣｐＧ部位のＤＮＡメチル化データが示されている（ｘ軸）。ＡＬＬのサブタイプに関わらず、白血病期骨髄サンプル８５例中７７例（９１％）でＤＮＡの高メチル化が観察され、白血病に関連するＤＮＡメチル化シグネチャーの存在が確認された。」（［０１７３］） ２ 甲２：Nature Biotechnology, 2010年9月19日, 第28巻, 第10号, p.1106-1114, オンラインメソッド 甲２ア 「ＤＮＡメチル化は、真核生物の遺伝子発現の制御において重要な役割を果たしている。ＤＮＡメチル化は有糸分裂後にも引き継がれ、経時的に安定しているが、細胞分化、疾患、環境の影響に応じてパターンが頻繁に変化する。ゲノム規模でＤＮＡメチル化をマッピングする方法がいくつか開発されている。本稿では、遺伝的に無関係な胚由来の２つのヒト胚性幹細胞株と、同一ドナーから採取した結腸腫瘍と隣接する正常結腸組織の対応ペアを解析することにより、これらのアプローチのうち４つをベンチマークした。解析の結果、メチル化ＤＮＡ免疫沈降シーケンス法（ＭｅＤＩＰ－ｓｅｑ）、メチル化ＤＮＡ捕捉法（ＭｍｅｔｈｙｌＣａｐ－ｓｅｑ）、縮小表現型亜硫酸水素塩シーケンス法（ＲＲＢＳ）、およびＩｎｆｉｎｉｕｍ Ｈｕｍａｎ Ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ２７アッセイは、いずれも正確なＤＮＡメチル化データを生成することが明らかになった。しかし、これらの方法は、サンプルペア間で差次的にメチル化されている領域を検出する能力が異なっている。私たちは４つの方法の長所と短所を強調し、エピゲノム症例対照研究の設計に関する実用的な推奨事項を示す。」（１１０６ページ左欄１～１９行） 甲２イ 「縮小表現型亜硫酸水素塩シーケンシング（ＲＲＢＳ） ＲＲＢＳ２２は、臨床検体および少量のインプットＤＮＡ２２用に最適化された、以前に発表されたプロトコル５７に従って実施された。主な手順は以下の通りである。（ｉ）合計５０ｎｇ（ＥＳ細胞）または１μｇ（結腸検体）のゲノムＤＮＡを５Ｕ～２０ＵのＭｓｐＩ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ、ＮＥＢ）で最大１６時間消化した。（ｉｉ）消化ＤＮＡの末端修復およびアデニル化は、１０Ｕのクレノウ断片（３’→５’エキソ、ＮＥＢ）、２μｌのプレミックスヌクレオチド三リン酸（１ｍＭ ｄＧＴＰ、１０ｍＭ ｄＡＴＰ、１ｍＭ ５’メチル化ｄＣＴＰ）からなる２０μｌの反応液中で実施した。反応物は３０℃で３０分間インキュベートし、続いて３７℃でさらに３０分間インキュベートした。（ｉｉｉ）プレアニールした５－メチルシトシン含有Ｉｌｌｕｍｉｎａアダプターを、１μｌの濃縮Ｔ４リガーゼ（ＮＥＢ）、１～２μｌの １５μＭアダプターを含む２０μｌの反応液で、１６℃で１６～２０時間、アデニル化ＤＮＡ断片とライゲーションした。（ｉｖ）挿入サイズが４０～１２０ｂｐおよび１２０～２２０塩基対の断片のゲルベース選択は、以前に説明したように実行した２２。（ｖ）ホルマリン固定およびパラフィン包埋組織から単離されたＤＮＡ用に指定されたプロトコルに従って、ＥｐｉＴｅｃｔ Ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）による亜硫酸水素塩処理を実施した。亜硫酸水素塩変換率を最大化するために、２ラウンドの変換を実施した。最終的に亜硫酸水素塩処理されたＤＮＡは、予熱（６５℃）したＥＢバッファー２０μｌ×２で溶出した。（ｖｉ）最終的なライブラリ富化に必要なＰＣＲサイクル数を決定するため、亜硫酸水素塩処理済みＤＮＡ ０．５μｌ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＰＣＲプライマーＬＰＸ１．１および２．１をそれぞれ０．２μＭ、ＰｆｕＴｕｒｂｏ Ｃｘ Ｈｏｔｓｔａｒｔ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ社）０．５Ｕを含む分析用ＰＣＲ反応液（１０μｌ）を調製した。サーモサイクラーの条件は、９５℃で５分、サイクル数（１０～２０）は９５℃で２０秒、６５℃で３０秒、７２℃で３０秒、その後７２℃で７分とした。 ＰＣＲ産物は４～２０％ポリアクリルアミドＣｒｉｔｅｒｉｏｎ ＴＢＥゲル（Ｂｉｏ－Ｒａｄ社製）で泳動し、ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎで染色して可視化した。最終ライブラリは、２５μｌのＰＣＲ反応液８回分で作製した。各反応液には、亜硫酸水素塩処理したテンプレート２～３μｌ、ＰｆｕＴｕｒｂｏ Ｃｘ Ｈｏｔｓｔａｒｔポリメラーゼ１．２５Ｕ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＬＰＸ１．１および２．１ ＰＣＲプライマー各０．２μＭが含まれていた。ライブラリはＰＣＲ増幅され、既報２２の通りＩｌｌｕｍｉｎａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ ＩＩでシーケンスされた。シーケンスリードは、ＲＲＢＳデータ用に開発されたカスタムアライメントソフトウェア１１を用いて、ヒトゲノムのＮＣＢＩ３６（ｈｇ１８）アセンブリにアライメントされた。」（オンラインメソッド１ページ左欄から右欄にかけての段落） 第５ 当審の判断 本件発明１～１９に係る特許は、以下のとおり、申立人による申立理由（甲１を主引用例とした進歩性の欠如）によっては取り消すことができない、と判断する。 １ 甲１に記載された発明 甲１には上記のとおり、「癌性疾患またはその素因を示す被験者の細胞のゲノムにおけるエピジェネティックプロファイルを同定する方法であって、前記方法は、（ｉ）細胞運命決定、（ｉｉ）転写因子活性、（ｉｉｉ）ＤＮＡ結合、（ｉｖ）細胞内局在、および（ｖ）転写調節因子活性に関連する１つ以上の遺伝子座から選択される１つ以上の遺伝子座内若しくはその近傍、又は、１つ以上のこれらの遺伝子座中の１～１６個の領域におけるエピジェネティックプロファイルの、対照に対する変化をスクリーニングすることを含み、１つ以上の遺伝子座内若しくはその近傍、又は、領域内におけるエピジェネティックプロファイルの変化は、癌性疾患の存在又はその発症傾向を示す、方法。」が記載されている（甲１ア）。ここで、エピジェネティックプロファイルの、対照に対する変化をスクリーニングするにあたって、その前段階としてエピジェネティックプロファイルが決定されることは明らかである。 甲１には、エピジェネティックプロファイルが試料中のゲノムＤＮＡのメチル化の程度又はメチル化部位の分布であること（甲１ア、ウ、エ、カ、ク）、ヒト試料を用いて複数の遺伝子座又はその近傍についてゲノムＤＮＡのメチル化の程度を分析し、対照に対する変化をスクリーニングすること（甲１ア、エ、カ、ク）も記載されている。 また、生物試料を分析して得られた試験結果データについてコンピューターを用いて解析を行うことは本願優先日時点の技術常識であるし、甲１にも、コンピューターを用いて処理することや、コンピューターシステムを検出システムにリンクすることについての記載があるから（甲１キ）、甲１には、上記方法を実施するにあたって、得られたデータをコンピューターを使用して処理することが記載されているに等しいといえる。 そうすると、甲１には、以下の発明が記載されていると認められる。 「ヒト試料を用いて癌性疾患またはその素因を示すヒト被験者の細胞のゲノムＤＮＡにおけるエピジェネティックプロファイルを同定する方法であって、前記試料はゲノムＤＮＡを含み、ゲノムＤＮＡにおけるエピジェネティックプロファイルは、メチル化の程度又はメチル化部位の分布であり、前記方法は、（ｉ）細胞運命決定、（ｉｉ）転写因子活性、（ｉｉｉ）ＤＮＡ結合、（ｉｖ）細胞内局在、および（ｖ）転写調節因子活性に関連する１つ以上の遺伝子座から選択される複数の遺伝子座内又はその近傍におけるエピジェネティックプロファイルを決定し、エピジェネティックプロファイルの対照に対する変化をスクリーニングすることを含み、複数の遺伝子座内又はその近傍におけるエピジェネティックプロファイルの変化は、癌性疾患の存在又はその発症傾向を示し、コンピューターを使用して処理される、方法。」（以下、「甲１発明」という。） ２ 本件発明１について （１）対比 本件発明１と甲１発明とを対比する。 甲１発明の「ヒト試料を用いて癌性疾患またはその素因を示すヒト被験者の細胞のゲノムにおけるエピジェネティックプロファイルを同定する」ことは、ヒト試料を分析することにほかならないから、甲１発明の「ヒト試料を用いて癌性疾患またはその素因を示すヒト被験者の細胞のゲノムにおけるエピジェネティックプロファイルを同定する方法」は、本件発明１の「ヒト生物の血漿試料を分析する方法」と、「ヒト生物の試料を分析する方法」である限りにおいて一致する。 甲１発明の「試料はゲノムＤＮＡを含み」は、本件発明１の「血漿試料は無細胞ＤＮＡを含み」と、「試料はＤＮＡを含み」という限りにおいて一致する。 甲１発明において試料中の複数のＤＮＡ分子が分析対象となることは明らかである。 甲１発明は複数の遺伝子座を分析対象とするものであるから（甲１ア、エ、カ、ク）、甲１発明における、「メチル化の程度又はメチル化部位の分布」である「エピジェネティックプロファイルを決定」する工程は、本件発明１の「無細胞ＤＮＡ分子が、」「各ＣｐＧ島は１つ以上のＣｐＧ部位を含む」「複数のＣｐＧ島に組織化された複数のＣｐＧ部位のうちの１つ以上のＣｐＧ部位でメチル化されているかどうかを判定する」工程と、「ＤＮＡ分子が、複数の部位でメチル化されているかどうかを判定する」工程である限りにおいて一致する。 甲１発明の「メチル化の程度又はメチル化部位の分布」である「エピジェネティックプロファイル」は、本件発明１の「メチル化レベル」に相当する。また、甲１発明において、エピジェネティックプロファイルを決定する際に、エピジェネティックプロファイルをコンピューターによって計算する工程が含まれることは明らかである。そうすると、甲１発明における、「エピジェネティックプロファイル」の「決定」は、「メチル化レベルをコンピューター装置によって計算する工程」を含むものといえる。 甲１発明において、スクリーニングの対象である「エピジェネティックプロファイルの対照に対する変化」は、「対照に対する変化」であるのだから、エピジェネティックプロファイルを対照と「比較」することによって取得されるものであることが当業者に明らかである。また、当該比較工程が、コンピューターを使用して処理されることも明らかである。そして、本件発明１の「カットオフ値」と、甲１発明の「対照」とは、「比較対象」である限りにおいて一致する。 そうすると、本件発明１と甲１発明は、 「ヒト生物の試料を分析する方法であって、 前記試料はＤＮＡを含み、 前記サンプルから複数のＤＮＡ分子を分析する工程、ここで、前記ＤＮＡ分子を分析することは、 ＤＮＡ分子が、複数の部位でメチル化されているかどうかを判定すること、を含み、 メチル化レベルをコンピューター装置によって計算する工程、 メチル化レベルを比較対象とコンピューター装置によって比較する工程 を含む、方法。」 である点で一致し、以下の点で相違している。 （相違点１） 本件発明１は、試料が「血漿試料」であり「無細胞ＤＮＡを含」む一方、甲１発明は、試料が血漿試料であることが特定されておらず、無細胞ＤＮＡを含むことも特定されていない点。 （相違点２） 本件発明１では、「配列リードを介して無細胞ＤＮＡ分子をヒトゲノムの一部にマッピングすることにより、ヒト生物のゲノムにおける無細胞ＤＮＡ分子の位置を決定すること」が特定されている一方、甲１発明ではこのような特定がない点。 （相違点３） 本件発明１では、「メチル化されているかどうかを判定する」対象が「各ＣｐＧ島は１つ以上のＣｐＧ部位を含む」「複数のＣｐＧ島に組織化された複数のＣｐＧ部位のうちの１つ以上のＣｐＧ部位」と特定されている一方、甲１発明ではこのような特定がない点。 （相違点４） 本件発明１は「メチル化されている複数のＣｐＧ島の各々における、それぞれの無細胞ＤＮＡ分子の数をコンピューター装置によって決定する工程、複数のＣｐＧ島でメチル化されている無細胞ＤＮＡ分子のそれぞれの数に基づいて、メチル化レベルをコンピューター装置によって計算する工程」を含むが、甲１発明は「メチル化レベルをコンピューター装置によって計算する工程」を含むに留まる点。 （相違点５） 本件発明１はメチル化レベルを「カットオフ値」と比較する工程を含むが、甲１発明は、メチル化レベルを対照と比較している点。 （相違点６） 本件発明１は、メチル化レベルの比較対象との「比較に基づいて癌のレベルの分類をコンピューター装置によって決定する工程」を含むのに対し、甲１発明は、比較によって示される変化自体が、癌性疾患の存在又はその発症傾向を示すものである点。 （２）相違点についての検討 事案に鑑み、上記相違点のうち相違点４から検討する。 甲１には、エピジェネティックプロファイルとして、ＣｐＧアイランド（ＣｐＧ島）のメチル化を分析することは記載されているものの（甲１ウ、エ、カ、ク）、メチル化されている複数のＣｐＧ島の各々における、それぞれのＤＮＡ分子の数を決定することや、複数のＣｐＧ島でメチル化されているＤＮＡ分子のそれぞれの数に基づいて、メチル化レベルを計算することは記載も示唆もされておらず、この点が本願優先日前の周知技術であったとも認められない。上記のとおり、甲１には亜硫酸水素塩シーケンシング等の配列解読手段を含む種々のメチル化アッセイを採用することについて示唆があるものの（甲１オ）、亜硫酸水素塩シーケンシング等の配列解読手段では、配列解読前にＤＮＡ分子の増幅を行うことが通常であり（必要であれば甲２イも参照。）、さらに配列解読時のバイアス等も存在することから、配列解読の結果得られるリード数は、試料中の対応するＤＮＡ分子の数とは必ずしも一致しないということが本願優先日前の技術常識である。また、甲１に記載されたメチル化アッセイ手段の中に、実施することで必然的にメチル化されたＤＮＡ分子の数が決定される手段は存在しない。そうすると、甲１に、配列解読手段を含む種々のメチル化アッセイを採用することについて示唆があることをもって、メチル化されている複数のＣｐＧ島の各々における、それぞれのＤＮＡ分子の数を決定することや、複数のＣｐＧ島でメチル化されているＤＮＡ分子のそれぞれの数に基づいて、メチル化レベルを計算することについての記載や示唆があるとはいえない。また、甲１ア～クを含む甲１の全体を見ても、上記事項の記載や示唆はされていない。 また、甲２ア、イを含む甲２～甲６にも、メチル化されている複数のＣｐＧ島の各々における、それぞれのＤＮＡ分子の数を決定することや、複数のＣｐＧ島でメチル化されているＤＮＡ分子のそれぞれの数に基づいて、メチル化レベルを計算することは記載も示唆もされていない。 そうすると、甲１～６及び本願優先日前の周知技術に基づいて、当業者が相違点４に係る構成を容易に想到し得たとはいえない。 よって、その余の相違点について検討するまでもなく、本件発明１は、甲１に記載された発明、並びに、甲１～６に記載された事項及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 （３）申立人の主張について 申立人は、特許異議申立書において、上記相違点４に係る構成の容易想到性について、本件発明１の「ＤＮＡ分子の数」は、配列リードから得られるものとされており（本件特許明細書［０２８６］）、これは、甲１の「亜硫酸水素塩シーケンシング」を実施して得られるリード数と同じものであると述べているが、上記のとおり、亜硫酸水素塩シーケンシングにおいては通常、配列解読前にＤＮＡ分子の増幅が行われ、配列解読時のバイアス等も存在することから、そのリード数は本件発明１の「ＤＮＡ分子の数」とは一致しない。 よって、申立人の主張は採用できない。 ３ 本件発明２～１９について 本件発明２～１９は、本件発明１の発明特定事項を全て含む発明であるから、本件発明１と同様の理由により、甲１に記載された発明、並びに、甲１～６に記載された事項及び周知技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 ４ 小括 以上のとおりであるから、申立理由（甲１を主引用例とした進歩性の欠如）は理由がない。 第６ むすび 以上のとおりであるから、本件発明１～１９に係る特許は、特許異議申立の理由によっては、取り消すことはできない。 よって、結論のとおり決定する。