2021-700193

第２ 訂正の適否についての判断

１．訂正の内容

令和３年７月３０日の訂正請求（以下「本件訂正請求」という。）による訂正の内容は、以下のとおりである。

（１）訂正事項１

特許請求の範囲の請求項５の「前記コリンキナーゼは、出芽酵母由来のＣＫＩ１若しくはＥＫＩ１、又は、レンサ球菌由来のＬｉｃＣを含む」を「前記コリンキナーゼは、出芽酵母由来のＣＫＩ１又はＥＫＩ１を含む」に訂正する。

この訂正事項に係る訂正請求は、一群の請求項〔５、６〕に対して請求されたものである。

（２）訂正事項２

特許請求の範囲の請求項８の「ウリジン－５’－一リン酸をウリジンに分解するウリジン－５’－一リン酸ホスホリラーゼは、もはや産生されず、前記ウリジン－５’－一リン酸ホスホリラーゼは、ＵｍｐＨ、ＵｍｐＧ、ＰｈｏＡ、ＡｐｈＡ、ＹｊｊＧを含む」を「ウリジン－５’－一リン酸をウリジンに分解するウリジン－５’－一リン酸ホスファターゼは、もはや産生されず、前記ウリジン－５’－一リン酸ホスファターゼは、ＵｍｐＨ、ＵｍｐＧを含む」に訂正する。

（３）訂正事項３

願書に添付した明細書の段落【００１３】及び【００１４】に記載の「ホスホリラーゼ」を「ホスファターゼ」に訂正する。

２．訂正の目的の適否、新規事項の有無、及び特許請求の範囲の拡張・変更の存否

（１）訂正事項１について

特許明細書の段落【０００９】に記載されるように、「レンサ球菌由来のＬｉｃＣ」はシチジルトランスフェラーゼに該当するものであり、訂正前の請求項５においてコリンキナーゼの一例としての「レンサ球菌由来のＬｉｃＣ」の記載は誤記であり、この記載を削除する訂正事項１は誤記の訂正を目的とするものである。

そして、訂正事項１は新規事項を追加するものでなく、特許請求の範囲の拡張・変更するものでもない。

（２）訂正事項２について

特許明細書の段落【００１７】、【００２５】に記載されるように、「ＵｍｐＨ、ＵｍｐＧ」はホスファターゼに該当するものである。また、ホスホリラーゼは化合物をリン酸化する酵素であり、リン酸化合物をリン酸と化合物に分解する酵素はホスファターゼであるから、訂正前の請求項８においてウリジン－５’－一リン酸をウリジンに分解する酵素は、ホスホリラーゼではなくホスファターゼである。したがって、「ウリジン－５’－一リン酸をウリジンに分解するウリジン－５’－一リン酸ホスホリラーゼ」の記載は「ウリジン－５’－一リン酸をウリジンに分解するウリジン－５’－一リン酸ホスファターゼ」の誤記であり、訂正事項２における「ウリジン－５’－一リン酸ホスホリラーゼ」の記載を「ウリジン－５’－一リン酸ホスファターゼ」とすることは、誤記の訂正を目的とするものである。

また、「ウリジン－５’－一リン酸ホスファターゼ」に該当する酵素について「ＵｍｐＨ、ＵｍｐＧ、ＰｈｏＡ、ＡｐｈＡ、ＹｊｊＧを含む」の記載を「ＵｍｐＨ、ＵｍｐＧを含む」とする訂正は、特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。

そして、訂正事項２は新規事項を追加するものでなく、特許請求の範囲の拡張・変更するものでもない。

（３）訂正事項３について

特許明細書の段落【００１３】の「大部分の野生型生物は、酸性ホスファターゼ、アルカリホスファターゼ（例えば、大腸菌が産生した酸性ホスファターゼ（ＡｐｈＡ）及びアルカリホスファターゼ（ＰｈｏＡ））のような複数種類のホスホリラーゼを生産することができる（参考ｈｔｔｐ：／／ｅｃｏｃｙｃ．ｏｒｇ／）。一方、細胞内のホスホコリンは、これらのホスファターゼによってコリン及びリン酸に加水分解される。」における「ホスホリラーゼ」の記載は、その前後の記載からみて「ホスファターゼ」の誤記であると認められる。

そして、段落【００１３】には「細胞内のホスホコリンは、これらのホスファターゼによってコリン及びリン酸に加水分解される」ことが記載されており、段落【００１４】の「ＣＤＰＣの前駆体として、ホスホコリンの連続的供給が重要である。従って、・・・２、一貫して安定したホスホコリンの供給を実現するために、細胞にホスホリラーゼの欠如をさせなければならない。」の記載にいう欠如させるべき「ホスホリラーゼ」は、ホスホコリンを加水分解して細胞内のホスホコリンを減らしてしまう「ホスファターゼ」を指していることが明らかであるから、段落【００１４】の「ホスホリラーゼ」の記載は「ホスファターゼ」の誤記であると認められる。

そうすると、訂正事項３は、誤記の訂正を目的とする訂正である。

そして、訂正事項３は新規事項を追加するものでなく、特許請求の範囲の拡張・変更するものでもない。

３．小括

以上のとおりであるから、本件訂正請求による訂正は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号及び第２号に掲げる事項を目的とするものであり、かつ、同条第９項において準用する同法第１２６条第５項及び第６項の規定に適合する。

したがって、明細書、特許請求の範囲を、訂正請求書に添付された訂正明細書、特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項〔５、６〕、８について訂正することを認める。

第３ 本件発明

特許第６７５００２３号の請求項１～１１の特許に係る発明は、訂正後の特許請求の範囲の請求項１～１１に記載された事項により特定される次のとおりのものである。

「【請求項１】

シチコリンの再利用に関与する酵素は、シチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素及びシチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ、を含み、

前記シチコリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子を欠損させた組換え微生物を製造する工程と、

前記組換え微生物に、塩化コリンを基質として添加して発酵させることにより前記シチコリンを得る工程と、を有し、

続きを表示（全35行）

前記組換え微生物は大腸菌であることを特徴とする組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。

【請求項２】

コリンの再利用に関与する酵素は、コリンデヒドロゲナーゼを含み、

前記コリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子を欠損させた組換え微生物を製造する工程を有することを特徴とする請求項１に記載の組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。

【請求項３】

ホスホコリンの再利用に関与する酵素は、アルカリホスファターゼ及び酸性ホスファターゼを含み、

前記ホスホコリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子を欠損させた組換え微生物を製造する工程を有することを特徴とする請求項１に記載の組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。

【請求項４】

前記組換え微生物は、塩化コリンを細胞内に輸送する内膜タンパク質コリントランスポーターの活性が野生型微生物よりも高いことを特徴とする請求項１に記載の組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。

【請求項５】

前記組換え微生物は、塩化コリンからホスホコリンの生成を触媒するコリンキナーゼの活性が野生型微生物よりも高く、

前記コリンキナーゼは、出芽酵母由来のＣＫＩ１又はＥＫＩ１を含むことを特徴とする請求項４に記載の組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。

【請求項６】

前記組換え微生物は、ホスホコリンからシチコリンの生成を触媒するシチジルトランスフェラーゼの活性が野生型微生物よりも高く、

前記シチジルトランスフェラーゼは、出芽酵母由来のＰＣＴ１、ＣＤＳ１、ＥＣＴ１、大腸菌由来のＣｄｓＡ、ＩｓｐＤ、ＭｏｃＡ、ＫｄｓＢ、Ｃｃａ、レンサ球菌由来のＬｉｃＣ、又は、カンジダ由来のＣＤ３６＿４０６２０を含むことを特徴とする請求項５に記載の組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。

【請求項７】

前記コリントランスポーターは、大腸菌由来のＢｅｔＴを含むことを特徴とする請求項４に記載の組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。

【請求項８】

前記大腸菌のピリミジン合成経路において、ウリジン－５’－一リン酸をウリジンに分解するウリジン－５’－一リン酸ホスファターゼは、もはや産生されず、前記ウリジン－５’－一リン酸ホスファターゼは、ＵｍｐＨ、ＵｍｐＧを含むことを特徴とする請求項７に記載の組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。

【請求項９】

前記組換え微生物のピリミジン合成経路におけるリプレッサータンパク質のコード遺伝子に対して、ピリミジン合成経路における最終産物のフィードバック抑制をノックアウト及び／又は排除したことを特徴とする請求項７に記載の組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。

【請求項１０】

前記大腸菌のピリミジン合成経路におけるリプレッサータンパク質のコード遺伝子に対して、

１）カルバモイルリン酸シンテターゼのコード遺伝子の転写抑制リプレッサータンパク質のコード遺伝子をノックアウトする、

２）カルバモイルリン酸シンテターゼの突然変異体Ｓ９４８Ｆを発現させる、

３）アスパラギン酸カルバモイルトランスフェラーゼのｐｙｒＩサブユニットのコード遺伝子をノックアウトする、

４）リボースリン酸ピロホスホキナーゼ又はその突然変異体Ｄ１２８Ａを発現させる、

５）ウリジン－５’－一リン酸キナーゼ又はその突然変異体Ｄ９３Ａを発現させる、及び

６）シチジン三リン酸シンテターゼ又はその突然変異体Ｄ１６０Ｅ，Ｅ１６２Ａ，Ｅ１６８Ｋを発現させる、という１つ以上の方法によって、ピリミジン合成経路におけるフィードバック抑制をノックアウト及び／又は排除したことを特徴とする請求項９に記載の組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。

【請求項１１】

前記カルバモイルリン酸シンテターゼのコード遺伝子の転写抑制リプレッサータンパク質のコード遺伝子は、ｐｕｒＲ、ｐｅｐＡ、ａｒｇＲの１つ又は複数を含むことを特徴とする請求項１０に記載の組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。」

なお、以下では、本件の請求項１～１１の特許に係る発明をそれぞれ「本件発明１」、「本件発明２」などといい、まとめて「本件発明」ということもある。

第３ 申立理由の概要

特許異議申立人 山田友則は、本件の請求項１～１１に係る発明の特許は、甲第１号証～甲第２８号証、甲第３０号証、及び甲第３３号証に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであり（取消理由１）、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載は実施可能要件を満足せず、及び、本件の特許請求の範囲の記載はサポート要件を満足せず（取消理由２）、本件の特許請求の範囲の記載は明確性要件を満足しない（取消理由３）から、本件の請求項１～１１に係る発明の特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反し、同法第３６条第４項第１号、同法第３６条第６項第１号、及び同法第３６条第６項第２号に規定された要件を満足せずになされたものであるから、請求項１～１１に係る特許を取り消すべきものである旨主張する。

（甲号証）

甲第１号証（甲１）：Applied Microbiological Biotechnology, 101: 2017, 1409-1417

甲第２号証（甲２）：Journal of Bacteriology, Vol.190, No.18: 2008, 6153-6161

甲第３号証（甲３）：The Journal of Biol. Chemistry, Vol.258, No.24,: 1983, 14974-14980

甲第４号証（甲４）： 微分方程式で理解する反応速度論，ぶんせき, 3:2014, 94-100

甲第５号証（甲５）： Journal of General Microbiology, 134:1988, 1737-1746

甲第６号証（甲６）： Journal of Bacteriology, Vol.146, No.2: 1981, 668-675

甲第７号証（甲７）： Talanta, 66:2005, 445-452

甲第８号証（甲８）：Acta Cryst, D59: 2003, 1058-1060

甲第９号証（甲９）：FEBS Letters, Vol.299, No.1: 1992, 96-98

甲第１０号証（甲１０）： 国際公開第２０１７／０７３７０１号

甲第１１号証（甲１１）： 特許第５１１２８６９号公報

甲第１２号証（甲１２）：The Journal of Biological Chemistry, Vol.274, No.21: 1999, 14857-14866

甲第１３号証（甲１３）：Journal of Bacteriology, Vol.183, No.16: 2001, 4927-4931

甲第１４号証（甲１４）：Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.95: 1998, 12346-12351

甲第１５号証（甲１５）：The Journal of Biological Chemistry, Vol.271, No.2: 1996, 789-795

甲第１６号証（甲１６）：The Journal of Biological Chemistry, Vol.262, No.30: 1987, 14563-14570

甲第１７号証（甲１７）：J. Biochem., 120: 1996, 1040-1047

甲第１８号証（甲１８）：Biochemistry, Vol.50, No.17: 2011, 3570-3577

甲第１９号証（甲１９）：The Journal of Biological Chemistry, Vol.284, No.33: 2009, 21891-21898

甲第２０号証（甲２０）：Journal of Bacteriology, Vol.177, No.15: 1995, 4488-4500

甲第２１号証（甲２１）：Genes to Cells, 5: 2000, 689-698

甲第２２号証（甲２２）：CTP: phosphocholine cytidylyltransferase, putative [Candida dubliniensis CD36], GenBank: CAX41949.1, 27-FEB-2015（令和２年１２月２２日検索）インターネット＜URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/CAX41949.1＞

甲第２３号証（甲２３）：NATURE, Vol.500: 2013, 237-242

甲第２４号証（甲２４）：国際公開第２００５／０３０９７４号

甲第２５号証（甲２５）：FEMS Microbiology Letters, 146: 1997, 191-198

甲第２６号証（甲２６）：Journal of Bacteriology, Vol.189, No.5: 2007, 2186-2189

甲第２７号証（甲２７）：中国特許出願公開第１０６７５４６０２号明細書

甲第２８号証（甲２８）：The Journal of Biological Chemistry, Vol.259, No.18: 1984, 11257-11264

甲第２９号証（甲２９）：Microbiological Reviews, Vol.57, No.4,: 1993, 862-952

甲第３０号証（甲３０）：J. Mol. Microbiol. Biotechnol., 13: 2007, 96-104

甲第３１号証（甲３１）：UniProtKB-P06282(CDH-ECOLI), Entry Ingormation, Entry history,（令和２年１２月２４日検索）インターネット＜https://www.uniprot.org/uniprot/P06282＞

甲第３２号証（甲３２）：ID CDH_ECOLI, DT, DE（令和２年１２月２３日検索）インターネット＜https://www.uniprot.org/uniprot/P06282.txt?version=131＞

甲第３３号証（甲３３）：Microbial cell factories(2015), 14:98

第５ 当審の判断

１．取消理由１について

（１）甲１に記載の発明

上記第４の１．に示した甲１の記載事項から、甲１には次の発明（以下「甲１発明」という。）が記載されていると認められる。

「組換え大腸菌に塩化コリンを基質として添加して発酵させることによりシチコリンを得る工程を含む、シチコリンの生産方法。」

（２）本件発明１について

本件発明１と甲１発明を対比すると、両者は、

「組換え微生物に、塩化コリンを基質として添加して発酵させることにより前記シチコリンを得る工程を有し、

前記組換え微生物は大腸菌であることを特徴とする組換え微生物を用いたシチコリンの生産方法。」である点で一致し、以下の点で相違する。

（相違点）

本件発明１には「シチコリンの再利用に関与する酵素は、シチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素及びシチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ、を含み、

前記シチコリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子を欠損させた組換え微生物を製造する工程」が特定されている、すなわち、組換え大腸菌においてシチコリンの再利用に関与する酵素であるシチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素及びシチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼという２つの酵素をコードする遺伝子を欠損させることが特定されているのに対して、甲１発明には特定されていない点。

上記相違点について検討する。

甲１０にも記載されるように、目的物質の生産能を上げる目的で、目的物質の生合成に関わる酵素の活性を増大させること、目的物質の前駆体の取り込み系の活性を増大させること、目的物質の資化や目的物質以外の物質の副生に関与する酵素の活性を低下させることなど様々な手段を用いることは技術常識であると認められる。

そして、甲１にはシチリコンの生合成に関与する酵素、前駆体、副反応については記載されているから、甲１発明においてシチコリンの生産能を高めるためには、当業者であれば、シチコリン生合成に関わる酵素の活性の増大、シチコリンの前駆体の取り込み系の活性の増大、シチコリン以外の物質の副生に関与する酵素の活性の低下などの手段を採用することを検討するといえる。しかし、甲１には生合成されたシチコリンの再利用などについては何ら記載されていないから、シチコリンの再利用に関与する酵素の活性の低下という手段を特に選択するような動機はない。

また、甲２には、表１に列挙される各種の基質の一つとしてのシチコリンが、「シチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素」によって分解されることが示されているに過ぎず、「シチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素」と大腸菌におけるシチコリンの生産との関係などに関しては記載されていない。甲３にはＣＭＰ－アクセプターのＣＭＰ残基を「シチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ」に転移させること、多数のリン酸モノエステルがアクセプターとして機能することが記載されているが、「シチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ」がシチコリンの再利用に関与する酵素であることは記載されていない。したがって、上述のとおり、シチリコンの再利用について何らの記載もない甲１発明の大腸菌において、これらの酵素を欠損させることなどを当業者は想到せず、ましてや、それによりシチリコンの収量が増加することは想到できない。

なお、甲３の記載から、「シチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ」がシチコリンの再利用に関与する酵素であることが理解できたとしても、甲２、甲３には「シチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素」、「シチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ」の他にはシチコリンを分解する酵素が存在しないことなどは記載されていないから、シチコリンの再利用に関与する酵素としてこれらを選択する動機はない。そうすると、シチコリンの再利用に関与する酵素の活性の低下の検討を試みようとした場合であっても、シチコリンを分解できる酵素は複数存在することが想定されることを考慮すると、甲２～甲３３の記載を参酌しても、シチコリンの生産を向上させる手段として、「シチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素及びシチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ」という特定の２つの酵素の活性の低下を選択することを当業者が容易に想到するとはいえない。

そして、そもそも微生物の代謝系は複雑であって、微生物中において一の酵素が複数の基質に作用してそれぞれ異なるものを生成する場合があることや、酵素の働きが相互に影響し合う場合があることが技術常識であるから、組換え微生物を用いた発酵において目的物質の生産性が実際に向上するかどうかは、実験的に確認してみなければ分からないところ、本件特許明細書の実施例５の記載から、塩化コリンを基質とする発酵によりシチコリンを生産する方法では、特定の２つの酵素をコードする遺伝子を欠損させた組換え大腸菌を用いる場合に、生産されたシチコリンの分解が排除され、その結果、シチコリンの収量が増加するという効果を奏し得たことが認められる。

したがって、本件発明１において、甲１～甲２８、甲３０、及び甲３３の記載から予測できない効果が奏されたと認められる。

よって、本件発明１は、甲１～甲２８、甲３０及び甲３３に記載された発明に基づいて当業者が容易になし得るものとはいえない。

（３）本件発明２～本件発明１１について

本件発明２～本件発明１１は、本件発明１をさらに限定したものであり、上記（２）に示した理由と同様の理由により、甲１～甲２８、甲３０及び甲３３に記載された発明に基づいて当業者が容易になし得るものとはいえない。

２．取消理由２について

（１）サポート要件

本件発明１の解決しようとする課題は、本件特許明細書の段落【０００７】の「本発明の目的は、シチコリンの合成及び蓄積のための高い生産能力を有する組換え微生物を設計及び生産し、且つ当該組換え微生物を用いて、塩化コリンを基質とするシチコリンの高収量の生物学的方法での生産を実現することである。」記載からみて、「シチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素（ＵｓｈＡ）及び、シチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ（Ｃｄｈ）」というシチコリンの再利用に関与する２つの酵素をコードする遺伝子を欠損させた、シチコリンの合成及び蓄積のための高い生産能力を有する組換え大腸菌を用いる、シチコリンを生産する方法の提供であると認められる。

そして、本件特許明細書及び図面には、これらの酵素を大腸菌において欠損させる方法及び欠損させることによりシチコリンの生産能が上昇する機構が記載され、実施例５には、大腸菌においてＵｓｈＡ及びＣｄｈのコード遺伝子をノックアウトした組換え大腸菌、すなわち、大腸菌ＷＪ２（ＡＴＣＣ２７３２５ Δｌａｃ ＩｅｎｔＤＴ５）を出発菌株としてＵｓｈＡ及びＣｄｈのコード遺伝子をノックアウトして取得した組換え大腸菌株ＨＱ２４（ＷＪ２ △ｕｓｈＡ ΔｕｍｐＧ ΔｕｍｐＨ ΔｐｙｒＩ Δｃｄｈ）は、振盪フラスコ発酵においてＣＤＰＣ（シチコリン）を完全に利用及び分解することができなくなったこと、すなわち再利用できなくなったことが記載され、また、組換え大腸菌株ＨＱ２４にプラスミドｐＹ０２２（ｐＨＳ０１－ＰＣＴ１－ＣＫＩ１－ｐｙｒＥ－ｐｒｓ128）を導入したＨＱ２４／ｐＹ０２２は、発酵槽において２６ｈ発酵した場合にシチコリンの生産が１７ｇ／Ｌに達することなどが記載されている。実施例５におけるこれらの記載から、上記課題が解決できることが認められる。

したがって、本件発明１は、発明の詳細な説明において発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されたものと認められる。また、請求項１を引用する本件発明２～１１も、その課題は本件発明１の課題と同じであるから、同様に、発明の詳細な説明において発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されたものと認められる。

したがって、本件発明１～本件発明１１は発明の詳細な説明に記載されたものである。

（２）実施可能要件

上記（１）で述べたとおり、本件明細書は本件発明について十分な説明がなされているから、本件特許明細書は、本件発明１～本件発明１１について、当業者がその実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載したものである。

（３）異議申立人の主張について

特許異議申立人は概ね次の点を主張している。

ア 本件特許の審査段階で示された引用文献２（甲２８）には、ＣＤＰジグリセリド加水分解酵素であるｃｄｈが欠損した大腸菌が記載されているところ、本件特許権者が令和２年６月１２日付け意見書において、引用文献２のｃｄｈは本件発明１のシチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼを表すｃｄｈとは異なるものである旨を主張したことを理由として、本件発明のサポート要件や実施可能要件を満足しないことを主張している。

イ 請求項１には「シチコリンの再利用に関与する酵素は、シチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素及びシチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ、を含み」と記載され、シチコリンの再利用に関与する酵素として、シチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素及びシチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼとい２つの酵素以外の酵素も含むものとなっているが、上記２つの酵素以外のシチコリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子は記載されていない。

ウ 本件特許明細書の実施例５（段落００３３）における「ＨＱ２４／ｐＹ０２２（ｐＨＳ０１－ＰＣＴ１－ＣＫＩ１－ｐｙｒＥ－ｐｒｓ128）が発酵槽において２６ｈ発酵した場合、１７ｇ／Ｌに達することができる。」との記載から明らかように、シチコリンの生産を確認できているのは、シチコリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子（ｕｓｈＡ、ｃｄｈ）だけでなく、ｕｍｐＧ、ｕｍｐＨおよびｐｙｒＩを欠損させた菌株に、シチコリンの生合成経路上の遺伝子（ＰＣＴ１、ＣＫＩ１、ｐｙｒＥおよびｐｒｓ）の発現が強化された組換え微生物ＨＱ２４／ｐＹ０２２のみである。

シチコリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子を欠損することによってシチコリンの生産を向上する効果は示されていない。

エ 請求項２には「コリンの再利用に関与する酵素は、コリンデヒドロゲナーゼを含み」と記載され、コリンの再利用に関与する酵素として、コリンデヒドロゲナーゼ以外の酵素も含むものとなっているが、コリンデヒドロゲナーゼ以外のシチコリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子は記載されていない。

また、本件明細書の実施例６（段落００３５～００３７）においてシチコリンの生産を確認できているのは、２つのシチコリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子（ｕｓｈＡ、ｃｄｈ）、及びコリンデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子を欠損させ、さらに、シチコリンの生合成経路上の遺伝子の発現が強化された株（ＨＱ３３株）のみであり、シチコリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子およびコリンの再利用に関与する酵素をコードする遺伝子を欠損させただけの組換え微生物については、シチコリンを生産できることは示されていない。また、実施例６に、シチコリンの収量がコリンデヒドロゲナーゼの欠損によって増加するという効果が示されているとはいえない。

アについて

異議申立人が主張するとおり、「シチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ」における「シチジン－５’－二リン酸」はＣＤＰと同義であり、「ジアシルグリセロール」はジグリセリドと同義であり、「ピロホスファターゼ」は加水分解酵素であるから、本件発明にいう「シチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ」は、引用文献２に記載の「ＣＤＰジグリセリド加水分解酵素」の別称であると認められる。そして、技術常識を参酌すれば、当業者は本件特許明細書の記載から本件発明について十分に理解できるといえる。

特許権者が審査段階で誤った主張をしたとしても、そのことと本件発明がサポート要件や実施可能要件を満足するかどうかとは別の問題である。

したがって、異議申立人の主張は妥当でない。

イについて

請求項１には「含み」と記載されているが、本件特許明細書に「シチコリンの再利用に関与する酵素」として具体的に説明されているのは「シチジン－５’－二リン酸アルコール加水分解酵素及びシチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ」という２つの酵素のみであり、「含み」に該当する他の酵素については記載されていいない。

仮に、「シチコリンの再利用に関与する酵素」というものが技術常識であるなら、本件特許明細書に記載がなくともそのような酵素を具体的に理解できるといえるかもしれないが、そのような技術常識が存在するとは認められず、本件特許明細書の記載からは「シチコリンの再利用に関与する酵素」として上記２つの酵素以外の酵素を具体的に把握できない

このような本件特許明細書の記載及び技術常識を踏まえると、請求項１に単に「含み」と記載しても「シチコリンの再利用に関与する酵素」として特定の２つの酵素以外を含む場合の発明までが実質的に包含されるとはいえないから、「含み」と記載したことを理由として、本件発明が実施可能要件やサポート要件を満足しないとはいえない。

ウについて

本件特許明細書の実施例５には、大腸菌ＷＪ２（ＡＴＣＣ２７３２５ Δｌａｃ ＩｅｎｔＤＴ５）の残留シチコリンは０．１５ｇ／Ｌであるのに対して、これに△ｕｓｈＡを導入した大腸菌ＷＪ３の残留シチコリンは１．０２／Ｌと増加したこと、ＨＱ１９（ＷＪ１２ △ｕｓｈＡ ΔｕｍｐＧ ΔｕｍｐＨ ΔｐｙｒＩ）の残留シチコリンは０．５ｇ／Ｌであるのに対して、これに△ｃｄｈを導入したＨＱ２４（ＷＪ２ △ｕｓｈＡ ΔｕｍｐＧ ΔｕｍｐＨ ΔｐｙｒＩ Δｃｄｈ）の残留シチコリンは１．０ｇ／Ｌと増加したことが記載されているから、これらの記載から大腸菌に△ｕｓｈＡ及び△ｃｄｈを導入することで、残留シチコリンが増加することが読み取れる。

したがって、本件特許明細書の記載から、特定の２つの酵素をコードする遺伝子を欠損させた組換え大腸菌を用い、塩化コリンを基質として発酵することによって、生産されたシチコリンの分解が排除され、その結果、シチコリンの収量が増加するという本件発明の効果を理解できるといえる。

エについて

本件特許明細書には「【００１２】

３、細胞内のコリン及びホスホコリンの供給の強化

より多くのホスホコリンを得るために、塩化コリンをより迅速に供給する必要がある。塩化コリンが細胞に入り、律速段階になることを防ぐために、我々は、より多くの 輸送タンパク質を得るために、コリントランスポーターＢｅｔＴを発現させた。

【００１３】

大部分の野生型生物は、酸性ホスファターゼ、アルカリホスファターゼ（例えば、大腸菌が産生した酸性ホスファターゼ（ＡｐｈＡ）及びアルカリホスファターゼ（ＰｈｏＡ））のような複数種類のホスホリラーゼを生産することができる（参考ｈｔｔｐ：／／ｅｃｏｃｙｃ．ｏｒｇ／）。一方、細胞内のホスホコリンは、これらのホスファターゼによってコリン及びリン酸に加水分解される。コリンは、さらに脱水素化されてグリシンベタインを生成する。大腸菌のコリンデヒドロゲナーゼＢｅｔＡ、ＢｅｔＢ（Ｇａｄｄａ２００３，Ａｐｐｌ Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ６９（４）；２１２６－３２．）、及び、グリコレートオキシダーゼＧｌｃＤ、ＧｌｃＥ、ＧｌｃＦ（Ｌｏｒｄ１９７２，Ｂｉｏｃｈｉｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ａｃｔａ １９７２；２６７（２）；２２７－３７．）を含むコリンの脱水素酵素を分解することができる。」と記載されており、また、図１には、コリンにＢｅｔＡ、ＢｅｔＢが作用するとグリシンベタインが生成することが示されている。

本件特許明細書及び図面のこれらの記載から、請求項２に記載される「コリンの再利用に関与する酵素」とは、ＢｅｔＡ、ＢｅｔＢのような大腸菌のコリンデヒドロゲナーゼに代表される、コリンを脱水素化する酵素であることが理解される。そして、コリンを脱水素化する酵素をコードする遺伝子を欠損させることで、コリンの供給が強化されることも理解される。さらに、実施例６には、ΔｂｅｔＡＢ変異の有無のみで相違するＨＱ３３／ｐＹ０１２とＨＱＷ３４／ｐＹ０１２の培養を比較すると、ΔｂｅｔＡＢ変異を有するＨＱ３４／ｐＹ０１２の方がΔｂｅｔＡＢ変異を有さないＨＱ３３／ｐＹ０１２よりもシチコリンの収量が１８．４０ｇ／Ｌから２０．８７ｇ／Ｌへと増加したことが示されている。

したがって、異議申立人の主張は妥当でない。

３．取消理由３について

（１）シチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼについて

上記２．（３）のアについて で述べたとおり、本件発明にいう「シチジン－５’－二リン酸－ジアシルグリセロールピロホスファターゼ」は「ＣＤＰジグリセリド加水分解酵素」の別称であると認められ、技術常識からみてその意味するところは明確である。

（２）本件発明５の「コリンキナーゼ」について

訂正により請求項５の「コリンキナーゼ」は「連鎖球菌由来のＬｉｃＣ」を含まないものとなり、「コリンキナーゼ」の記載は明確となった。

（３）本件発明８のＵｍｐＨ、ＵｍｐＧについて

「ウリジン－５’－一リン酸ホスホリラーゼ」の誤記が「ウリジン－５’－一リン酸ホスファターゼ」に訂正され、ＵｍｐＨ、ＵｍｐＧが特定されたため、請求項８の記載は明確となった。

４．令和３年４月３０日付け取消理由について

令和３年４月３０日付け取消理由における特許法第３６条第６項第２号に規定する要件に関する理由は、令和３年７月３０日の訂正請求による訂正により解消した。

第６ むすび

以上のとおり、特許異議の申立ての理由及び証拠によっては、請求項１～１１に係る特許を取り消すことはできない。

また、他に請求項１～１１に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。

よって、結論のとおり決定する。