2025-700220

特許第７５３７４２２号発明「相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドの製造方法」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。

結 論 特許第７５３７４２２号の請求項１～１４に係る特許を維持する。

理 由 第１ 手続の経緯 特許第７５３７４２２号の請求項１～１４に係る特許（請求項の数１４。以下「本件特許」という。）は、令和２年２月１８日（優先権主張 平成３１年２月１８日、令和１年９月２５日）を国際出願日とする特願２０２１－５０２０５２号の請求項１～１４に係る発明について、令和６年８月１３日に特許権の設定登録がされ、令和６年８月２１日に特許掲載公報が発行された。 その後、令和７年２月２１日に、本件特許の請求項１～１４に係る特許に対して、特許異議申立人である管優希及び小宮山侑生のそれぞれから、特許異議の申立てがされた（以下、管優希による申立てを「申立１」、小宮山侑生による申立てを「申立２」という。）。 第２ 本件発明 特許第７５３７４２２号の請求項１～１４に係る特許に係る発明は、それぞれ、その特許請求の範囲の請求項１～１４に記載された事項により特定される次のとおりのものである（以下、請求項１～１４に係る発明を、請求項番号に従い、「本件発明１」～「本件発明１４」といい、それらを総称して、「本件発明」ともいう。また、本件特許の設定登録時の願書に添付した明細書及び図面を「本件明細書等」という。）。 「 【請求項１】 １１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドの製造方法であって、 該方法は、合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼの存在下で処理して該修飾オリゴヌクレオチドを生成することを含み、 合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片は、該修飾オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｖ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する、方法： （ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該修飾オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し； （ｉｉ）該修飾オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、かつ該突出末端が１～１０塩基長であり； （ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、修飾ヌクレオチドを含み、 （ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～１７塩基長の相補部分を含み、かつ （ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である。 【請求項２】 （ｉｉ）における突出末端が、２～６塩基長である、請求項１記載の方法。 【請求項３】 （ｉｖ）で規定される４本のオリゴヌクレオチド原料断片の相補部分における突出末端以外の部分が、４～１６塩基長である、請求項１または２記載の方法。 【請求項４】 オリゴヌクレオチドリガーゼが、ＲＮＡリガーゼである、請求項１～３のいずれか一項記載の方法。 【請求項５】 オリゴヌクレオチドリガーゼが、二本鎖ＲＮＡリガーゼである、請求項４記載の方法。 【請求項６】 二本鎖ＲＮＡリガーゼが、Ｒｎｌ２ファミリーまたはＲｎｌ５ファミリーのＲＮＡリガーゼである、請求項５記載の方法。 【請求項７】 修飾オリゴヌクレオチドが、修飾型ヌクレオチド残基を含む、請求項１～６のいずれか一項記載の方法。 【請求項８】 修飾型ヌクレオチド残基が、１’、２’、３’、もしくは４’化学修飾型ヌクレオチド残基、５’－または３’－リン酸基修飾型ヌクレオチド残基、架橋型修飾型ヌクレオチド残基、キャリア付加修飾型ヌクレオチド残基、または糖骨格置換型ヌクレオチド残基である、請求項７記載の方法。 【請求項９】 修飾型ヌクレオチド残基が、 ｉ）１’、２’、３’、もしくは４’部位が、Ｃ１～６アルキルオキシＣ１～６アルキレン、－Ｏ－Ｃ１～６アルキル、－Ｏ－Ｃ６～１４アリール、－Ｃ－アリール、ハロゲン原子、－Ｏ－Ｃ１～６アルキルＮ－アミドＣ１～６アルキレン、－Ｏ－Ｃ１～６アルキル－（Ｃ１～６アルキル－）アミノ－Ｃ１～６アルキレン、または－Ｏ－アミノＣ１～６アルキル（例、－Ｏ－アミノプロピル、－Ｏ－ＡＰ）で置換された、１’、２’、３’、もしくは４’化学修飾型ヌクレオチド残基； ｉｉ）水酸基が、保護基で置換されていてもよい、－Ｏ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２、－ＮＨ－Ρ（Ｏ）（ＯＨ）２、もしくは－ＮＨ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２で置換された、５’－もしくは３’－リン酸基修飾型ヌクレオチド残基； ｉｉｉ）２’部位と４’部位が、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－４’、２’－Ｏ－エチレン－４’、２’－Ｏ－メチル置換メチレン－４’、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－４’、２’－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－Ｃ１～６アルキレン－４’（ここで、Ｒはメチル、水素原子またはベンジルを示す）、２’－Ｎ（Ｒ）－Ｃ（Ｏ）－４’、２’－ＮＨ－Ｃ１～６アルキレン－４’、もしくは、２’－Ｃ１～６アルキレン－４’に置換された、または、３’部位と５’部位が、３’－Ｃ１～６アルキレン－５’に置換された、架橋型修飾型ヌクレオチド残基；または ｉｖ）ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）残基、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）残基、もしくはモルフォリノ核酸（ＰＭＯ）残基 である、請求項８記載の方法。 【請求項１０】 オリゴヌクレオチド原料断片より選ばれる任意の２本のオリゴヌクレオチド原料断片の全モル比が、０．５～２である、請求項１～９のいずれか一項記載の方法。 【請求項１１】 オリゴヌクレオチド原料断片が、１０ｍＭ以下の一価カチオン塩濃度下で処理される、請求項１～１０のいずれか一項記載の方法。 【請求項１２】 前記処理することの前に、オリゴヌクレオチド原料断片混合溶液を６５℃以上の高温に置きその後クールダウンすることが行われない、請求項１～１１のいずれか一項記載の方法。 【請求項１３】 前記修飾オリゴヌクレオチド以外の核酸夾雑物の生成が抑制される、請求項１～１２のいずれか一項記載の方法。 【請求項１４】 前記修飾オリゴヌクレオチドを精製することをさらに含む、請求項１～１３のいずれか一項記載の方法。」 第３ 特許異議申立理由 申立１、２における特許異議申立の理由（以下、「申立理由」という。）の概要及び証拠方法は以下のとおりである。 １ 申立１ （１）申立理由の概要 ア 申立理由１（特許法第２９条第２項） 本件発明１～１４は、甲第１号証及び本件特許の出願時の技術常識（甲第２号証～甲第９号証）に基づいて、当業者が容易に想到できた発明である。 （２）証拠方法 甲第１号証：Journal of Biological Chemistry，1976，Vol.251，No.3，pp.658-666 甲第２号証：米国特許出願公開第２０１２／０１５６７３１号明細書 甲第３号証：米国特許出願公開第２００８／０３００８４２号明細書 甲第４号証：Glen Report，2004，Vol.17，No.1，pp.1-12 甲第５号証：Journal of Medicinal Chemistry，1993，Vol.36，No.7，pp.831-841 甲第６号証：Journal of Biological Chemistry，2004，Vol.279，No.30，pp.31337-31347 甲第７号証：Journal of Biological Chemistry，2004，Vol.279，No.49，pp.50654-50661 甲第８号証：New England Biolabs (NEB)社の販売するT4 RNA Ligase 2（dsRNA Ligase）の製品情報，［online］，New England Biolabs社，［2025年2月15日出力］，インターネット＜URL：https://www.neb.com/ja-jp/products/m0239-t4-rna-ligase-2-dsrna-ligase#Protocols--Manuals---Usage＞ 甲第９号証：New England Biolabs (NEB)社の販売するT4 RNA Ligase 2 (dsRNA Ligase)のプロトコール，[online]，New England Biolabs社，［2025年3月26日出力］，インターネット＜URL：https:/www.neb.com/ja-jp/protocols/2019/10/23/protocol-for-ligation-of-nicks-in-dsrna-with-t4-rna-ligase-2-neb-m0239＞ 以下、上記甲第１～９号証を、それぞれ「甲１－１」～「甲１－９」という。 ２ 申立２ （１）申立理由の概要 ア 申立理由１（特許法第３６条第６項第２号） 本件発明１の構成要件（ｉｖ）及び（ｖ）は以下の理由で不明確であるから、本件発明１～１４の構成は、明確性要件を満たさない。 （ア）構成要件（ｉｖ）について 本件発明１の「（ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～１７塩基長の相補部分を含み」との構成要件は、以下の解釈［Ａ］と解釈［Ｂ］の２通りの解釈が可能であり、不明確である。 解釈［Ａ］ 「該方法において使用される４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本は、それらが一緒に考慮される場合に（すなわち、それらがハイブリダイズおよび／またはアニーリングされる状況において）、５～１７塩基長である相補的部位の配列を含む」 解釈［Ｂ］ 「４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本は、それぞれ個々に、得られる修飾オリゴヌクレオチドの相補的部位の一部となる５～１７個のヌクレオチドを含む（すなわち提供する）」 （イ）構成要件（ｖ）について 本件発明１の「（ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である」との構成要件は、請求項１冒頭の「１１～２７塩基長の相補部分を含む」との構成要件の特定と重複しており、何も新たな特定を加えておらず、冗長であって、意味が不明確である。 イ 申立理由２（同法第２９条第１項第３号） 本件発明１、２、７、８及び１１～１４は、甲第１号証に対し、新規性を有しない。 ウ 申立理由３（同法第２９条第２項） 本件発明３～６、９及び１０は、甲第１号証と甲第４号証、甲第６号証、甲第７号証、及び／又は甲第８号証との組み合わせに対し進歩性を有しない。 エ 申立理由４（同法第２９条第１項第３号） 本件発明１、２、７、８及び１２～１４は、甲第２号証に対し、新規性を有しない。 オ 申立理由５（同法第２９条第２項） 本件発明３は、甲第２号証に対し進歩性を有しない。 カ 申立理由６（同法第２９条第２項） 本件発明１は、甲第３号証と、甲第６号証、甲第８号証、及び／又は甲第１０号証との組み合わせに対し、進歩性を有しない。 キ 申立理由７（同法第２９条第２項） 本件発明２～１０、１２～１４は、甲第３号証と、甲第４号証、甲第６号証、甲第８号証、及び／又は甲第１０号証との組み合わせに対し、進歩性を有しない。 ク 申立理由８（同法第２９条第２項） 本件発明１は、甲第４号証、甲第５号証の１及び甲第５号証の２に対し、進歩性を有しない。 ケ 申立理由９（同法第２９条第２項） 本件発明２、３、７～９、１２～１４は、甲第４号証、甲第５号証の１及び甲第５号証の２と甲第３号証との組み合わせに対し、進歩性を有しない。 コ 申立理由１０（同法第２９条第２項） 本件発明１は、甲第９号証と甲第２号証との組み合わせに対し進歩性を有しない。 サ 申立理由１１（同法第２９条第２項） 本件発明２～１０、１３、１４は、甲第９号証と甲第２号証、甲第４号証、及び／又は、甲第８号証との組み合わせに対し進歩性を有しない。 シ 申立理由１２（同法第３６条第４項第１号） 本件明細書等は非常に少数のリガーゼを用いたライゲーションの成功の報告のみを提供し、どの化学修飾に対してどのリガーゼがどの条件下で作用することができるかについての十分な情報を提供していないから、本件発明１～１４の全範囲に渡って発明を実施することができるようにするためには、当業者が繰り返し試行錯誤の試験を実施しなければならない。よって、本件発明１～１４は、実施可能要件を具備しない。 ス 申立理由１３（同法第３６条第６項第１号） 本件明細書等は非常に少数のリガーゼを用いたライゲーションの成功の報告のみを提供し、どの化学修飾に対してどのリガーゼがどの条件下で作用することができるかについての十分な情報を提供していないから、本件発明１～１４の範囲は、本件明細書等の開示に比較して広すぎる。よって、本件発明１～１４は、サポート要件を具備しない。 （２）証拠方法 甲第１号証：米国特許出願公開第２０１６／０２１５３１６号明細書 甲第２号証：BMC Research Notes，2010，3:219, pp.1-9 甲第３号証：国際公開第２０１８／１６７４７５号 甲第４号証：Current Protocols in Chemical Biology e62, 2019年1月28日, Vol.11, pp.1-17（甲第４号証については、手続補正により甲第４号証の２が追加されたときに、他の甲号証と平仄を合わせ、「甲第４号証の１」と枝番が付与されるべきであるが、手続補正された申立書の記載に合わせて、本異議決定においても「甲第４号証」（又は「甲２－４」）の表記で統一する。） 甲第４号証の２：Current Protocols in Chemical Biology e62, Volume 11の発行日を掲載するウェブサイト，［online］，John Wiley & Sons Inc.，［2025年3月26日出力］，インターネット＜URL：https://currentprotocols.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cpch.62＞ 甲第５号証の１：Chem. Commun., 2018, Vol.54, pp.6408-6411 甲第５号証の２：Chem. Commun., 2018, Vol.54, pp.6408-6411のSupplementary Material 甲第６号証の１：国際公開第２０１８／０１１０６７号 甲第６号証の２：特表２０１９－５２５９１７号公報（甲第６号証の１の対応公表公報） 甲第７号証：Journal of Biological Chemistry, 2004, Vol.279, No.30, pp.31337-31347 甲第８号証：Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, 2012, pp.16.4.1-16.4.11 甲第９号証：Bioconjugate Chemistry, 2014, Vol.25, pp.433-441 甲第１０号証：Clinical and Experimental Pharmacology and Physiology, 2006, Vol.33, pp.504-510 以下、上記甲第１～１０号証を、それぞれ「甲２－１」～「甲２－１０」といい、枝番については、例えば、甲第５証の２であれば、「甲２－５の２」という。 第４ 当審の判断 当審は、申立人が主張する上記の申立理由は、いずれも理由がなく、ほかに各特許を取り消すべき理由も発見できないから、本件発明１～１４に係る特許は、いずれも取り消すべきものではなく、維持すべきものと判断する。 １ 本件明細書等に記載された事項 本件明細書等の発明の詳細な説明には、以下の事項が記載されている。 本ア 背景技術 「【０００２】 ｓｉＲＮＡ、アンチセンス等のオリゴヌクレオチドは、核酸医薬としての有用性が示され、近年、開発が活発化している。オリゴヌクレオチドは、主に合成法にて製造されており、例えば、ホスホロアミダイト法など固相合成にてヌクレオチド残基を１塩基ずつ順次直列的に伸長合成することにより製造することができる。しかしながら、この手法は、オリゴヌクレオチドの鎖長が長くなるにつれて産物の純度および収量が低下したり、製造効率が低いなどの課題を有している。そこで、オリゴヌクレオチドを各短鎖断片として合成し、それらを縮合して目的のオリゴヌクレオチドを得る並列的合成手法が求められている。 【０００３】 特許文献１には、目的のオリゴヌクレオチドを分割した断片に相当する複数のオリゴヌクレオチド原料断片を、目的のオリゴヌクレオチドに相補的な鋳型オリゴヌクレオチドとアニールさせ、アニールしたオリゴヌクレオチド原料断片同士を酵素的に縮合させ、得られた目的のオリゴヌクレオチド鎖を鋳型オリゴヌクレオチドから分離することにより、一本鎖オリゴヌクレオチドを製造することが記載されている。 非特許文献１には、オリゴＤＮＡ断片とＰＥＧ化オリゴＤＮＡ断片を、付着性末端においてＤＮＡリガーゼで連結させることによる、オリゴＤＮＡのＰＥＧ化が記載されている。しかし、非特許文献１では天然型オリゴＤＮＡ断片でしか実施していないため、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチドを原料として用いた、相補部分を含むオリゴヌクレオチドの酵素的縮合が可能であるかどうかは不明である。 非特許文献２および３には、１本のオリゴヌクレオチド鎖とこれに相補的な２本のオリゴヌクレオチド原料断片をアニールさせることにより形成されるニックを、リガーゼで連結させることが記載されている。 非特許文献４には、付着性末端を有する２４ｍｅｒ二本鎖オリゴＲＮＡをＲＮＡリガーゼで連結させて、４８ｍｅｒ以上の大きさを有する二本鎖ＲＮＡを形成させることが記載されている。しかしながら、非特許文献４では、基質は２４塩基長、生成物も４８塩基長といずれも長いことから、基質のアニーリング能が高い条件でしか実施していないため、アニーリング能が著しく低下することが示唆される短鎖かつ修飾型塩基の導入による酵素の連結活性の低下が予想されるオリゴヌクレオチド基質を用いた場合に２箇所以上の縮合点を有する酵素反応が進行するかは知られていなかった。 ・・・」 本イ 発明が解決しようとする課題 「【発明が解決しようとする課題】 【０００６】 本発明の目的は、ｓｉＲＮＡやヘテロ二本鎖オリゴヌクレオチド等の相補部分を含むオリゴヌクレオチドの効率的な製造方法を提供することである。 【課題を解決するための手段】 【０００７】 本発明者らは、鋭意検討した結果、目的の相補部分を含むオリゴヌクレオチドの両相補部分を分割した断片に相当する４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼで処理することにより、二本鎖などの相補部分を含むオリゴヌクレオチドを直接構築することを見出し、固相合成などの直列合成法に比し高い製造効率、高い純度で製造できることなどを見出し、本発明を完成するに至った。 【０００８】 従来、ｓｉＲＮＡなど、比較的短い二本鎖オリゴヌクレオチドは、化学合成が容易かつ簡便であったことから、化学合成により製造されていた。具体的には、構成する２本のオリゴヌクレオチド鎖をそれぞれ化学合成（例、固相合成）し、それらを精製後、両鎖をアニーリングさせることによって製造されていた。そのため、酵素的縮合を用いる方法はさほど報告されておらず、その中でも、４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片から酵素的合成する方法は、２８塩基長以上の比較的長鎖の二本鎖オリゴヌクレオチドを製造する方法しか報告されていなかった。短いオリゴヌクレオチドは、その製造に用いられるオリゴヌクレオチド原料断片の塩基長も自ずと短くなるが、短い塩基長のオリゴヌクレオチド原料断片は、アニーリング能も低下すると考えられる。構成するヌクレオチドが修飾されているとさらにアニーリング能が低下してしまうことも考えられた。したがって、リガーゼを用いる酵素的なオリゴヌクレオチド合成手法では、オリゴヌクレオチド原料断片のアニーリング能が重要と考えられていたことから、リガーゼを用いて４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片とした２８塩基長未満などのより短鎖のオリゴヌクレオチドを製造する方法は試みられていなかった。 しかし、本発明者らは、鋭意検討した結果、予想に反して、リガーゼおよび４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片を用いた場合、アニーリング能に影響されることなく、２８塩基長未満の二本鎖オリゴヌクレオチドを首尾よく製造できることを見出した。また、短鎖のオリゴヌクレオチドの場合、製造されるオリゴヌクレオチドの純度も向上することなどを見出し、本発明を完成するに至った。」 本ウ 発明を実施するための形態 「【発明を実施するための形態】 【００１２】 （本発明の概要） 以下、本発明を説明する。・・・ 【００１４】 （目的の修飾オリゴヌクレオチド） ・・・ 【００１６】 オリゴヌクレオチドは、「天然型オリゴヌクレオチド」および「修飾オリゴヌクレオチド」に分類することができる。「天然型オリゴヌクレオチド」とは、細胞に含まれるポリヌクレオチド（ＲＮＡおよびＤＮＡ）を構成するヌクレオチド残基（アデノシン（Ａ）、グアノシン（Ｇ）、シチジン（Ｃ）、ウリジン（Ｕ）、デオキシアデノシン（ｄＡ）、デオキシグアノシン（ｄＧ）、デオキシシチジン（ｄＣ）、チミジン（ｄＴ）。以下、「天然型ヌクレオチド残基」と呼ぶ。）から構成されるオリゴヌクレオチドをいう。「修飾オリゴヌクレオチド」とは、「天然型オリゴヌクレオチド」以外のオリゴヌクレオチドをいい、天然型ヌクレオチド残基以外の構成要素（以下、「修飾残基」と呼ぶ。）を含むオリゴヌクレオチドである。修飾残基としては、例えば、修飾型ヌクレオチド残基、アミノ酸残基、リンカーが挙げられる。・・・ 【００１７】 「修飾型ヌクレオチド残基」における「修飾」には、ヌクレオチド残基の糖部分（リボースまたはデオキシリボース）の置換基の置換、ヌクレオチド残基の糖部分自体（糖骨格）の置換、およびヌクレオチド残基の核酸塩基部分の修飾（例、核酸塩基部分の置換基の置換）が含まれる。 【００１８】 「ヌクレオチド残基の糖部分の置換基の置換」としては、例えば、１’－Ｈ、２’－ＯＨ（リボースのみ）、２’－Ｈ、３’－ＯＨ、３’－ＮＨ２、３’－Ｈ、３’－リン酸基、４’－Ｈ、５’－リン酸基、またはこれらの組合せの置換が挙げられる。・・・。このような置換としては、例えば、１’、２’、３’、もしくは４’－化学修飾（１’、２’、３’、または４’部位における他の置換基への置換）、５’－または３’－リン酸基修飾（５’－または３’－リン酸基の他の置換基への置換）、架橋型修飾（１’、２’、３’、または４’部位の２つ同士を架橋する置換）、およびキャリア付加修飾（１’、２’、３’、４’、または５’部位におけるキャリアへの置換）が挙げられる。 【００２２】 キャリア付加修飾におけるキャリアは、目的の修飾オリゴヌクレオチドに安定性、標的指向性、薬効等の性能を向上または付与するためのキャリアであってもよい。このようなキャリアは、使用目的に応じて、公知のキャリアから適宜選択することができる。キャリアとしては、例えば、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、ペプチド、リン酸、コレステロール、トコフェロール、脂肪鎖、葉酸が挙げられる。キャリア付加修飾における付加部位は、目的の修飾オリゴヌクレオチドの末端に相当する３’または５’部位が好ましい。 【００２９】 （オリゴヌクレオチド原料断片） ・・・ 【００３１】 上記条件（ｉｖ）における「相補部分」の塩基長は、対合を形成することができる塩基長であればよく、１塩基長以上であればよい。また、オリゴヌクレオチド合成において塩基長が長くなるにつれて産物の純度、収量、製造効率が低下し得るため、全オリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片は、相補部分が１７塩基長以下となるように設計されるのが好ましい。相補部分を構成する２本の鎖が、５～２５塩基長（例、５～２２塩基長、５～２０塩基長、５～１７塩基長、８～２５塩基長、８～２２塩基長、８～２０塩基長、８～１７塩基長）であることが好ましい。 【００３２】 突出末端は、例えば１～１０塩基長であり、好ましくは１～８塩基長であり、より好ましくは１～６塩基長であり、さらにより好ましくは２～６塩基長、３～６塩基長または４～６塩基長である。 【００３３】 上記条件（ｉｖ）における「相補部分」の塩基長の数値と、突出末端の塩基長の数値は、上述した範囲を満たしかつ互いに整合する値が設定される。例えば、突出末端が５塩基長である場合、相補部分は、突出末端を形成するために６～２５塩基長であってもよく、例えば、突出末端が６塩基長である場合、相補部分は、突出末端を形成するために７～２５塩基長であってもよい。 【００３４】 上記条件（ｉｖ）で規定される４本のオリゴヌクレオチド原料断片の「相補部分」における突出末端以外の部分は、４～２４塩基長、４～２１塩基長、４～１９塩基長、または４～１６塩基長であることが好ましい。 【００３５】 特定の実施形態では、上記条件（ｉｖ）で規定される４本のオリゴヌクレオチド原料断片は、それぞれ、５塩基長以上、好ましくは６塩基長以上、より好ましくは７塩基長以上、さらにより好ましくは８塩基長以上、特に好ましくは９塩基長以上であってもよい。このような４本のオリゴヌクレオチド原料断片はまた、１９塩基長以下、好ましくは１８塩基長以下、より好ましくは１７塩基長以下、さらにより好ましくは１６塩基長以下、特に好ましくは１５塩基長以下であってもよい。このような４本のオリゴヌクレオチド原料断片はまた、５～１９塩基長、好ましくは６～１８塩基長、より好ましくは７～１７塩基長、さらにより好ましくは８～１６塩基長、特に好ましくは９～１５塩基長であってもよい。」 本エ 実施例 「【００６８】 〔実施例３〕修飾型ＲＮＡを用いた反応進行の確認 １）基質および生成物標品の合成 修飾型オリゴヌクレオチドにおける４断片からのｓｉＲＮＡの酵素的ライゲーション反応の進行を評価した。目的のｓｉＲＮＡを表３に示す、センス鎖（ＭＯＤ１－Ｓ）およびアンチセンス鎖（ＭＯＤ１－Ａ）からなる二本鎖とした。このｓｉＲＮＡは実施例１および２で用いた天然型ＲＮＡと塩基配列は同一であるが、すべての残基が２’－Ｆまたは２’－Ｏ－メチルにより修飾されており、一部のリン酸基がチオリン酸基に置換されている。また、それぞれの断片として表３に示す４断片を合成した。これら４断片の塩基配列は表２の番号１の組合せと同一である。 【００６９】 【表３】 ［図：0001426843000001.jpg］ 【００７０】 ２）Ｔ４ＲＮＡリガーゼ２によるライゲーション反応 ４断片の修飾型ＲＮＡを用いてＴ４ ＲＮＡリガーゼ２により反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭ ジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５、修飾型ＲＮＡ断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は５０μＬとした。酵素の添加濃度を０．２または１．０Ｕ／μＬとし、陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で１時間反応した後、８０℃で５分間加熱することにより反応を停止した。 【００７２】 ４）結果 ＨＰＬＣによる分析の結果を図４に示す。ＨＰＬＣによる分析では酵素の添加により、標品と一致する保持時間にライゲーション産物のピークが得られるとともに、陰性対照と比較して基質の修飾型ＲＮＡのピーク面積が減少した。また、酵素添加量の増加に伴いライゲーション産物のピーク面積も増加した。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では酵素添加条件においてセンス鎖およびアンチセンス鎖の生成が観察された。 センス鎖ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２２６６．１３， ｆｏｕｎｄ ２２６５．９７０３［Ｍ－３Ｈ］３－ アンチセンス鎖ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２５３１．０４， ｆｏｕｎｄ ２５３１．０１９９［Ｍ－３Ｈ］３－ 【００７３】 以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２による修飾型ＲＮＡの４断片からのｓｉＲＮＡの生成が可能であることが示された。 【００７４】 〔実施例４〕ＤＮＡリガーゼによる反応進行の確認 修飾型オリゴヌクレオチドにおける４断片からのｓｉＲＮＡの酵素的ライゲーション反応の進行を、ＤＮＡリガーゼを用いて評価した。ＤＮＡリガーゼとしてＴ４ ＤＮＡリガーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）を用いた。 【００７５】 反応液の組成は、ＤＮＡリガーゼ５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１０ｍＭジチオスレイトール、１ｍＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。酵素濃度は４７０ｎＭ、オリゴヌクレオチド断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は３０μＬとした。オリゴヌクレオチド断片は表３に示す組み合わせを用いた。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後に１０μＬを採取し、８０℃で５分間加熱することにより反応を停止した。反応液に含まれるライゲーション産物の濃度を実施例３に記載の条件にてＨＰＬＣにより分析した。標品も同様に分析することにより、ライゲーション産物の濃度を定量した。 【００７６】 ＨＰＬＣによる分析の結果、ライゲーション産物の蓄積が確認され、反応４時間後の蓄積はセンス鎖が０．５８μＭ、アンチセンス鎖が５．１μＭであった。以上のように、ＤＮＡリガーゼにおいても４断片の修飾型ＲＮＡからのｓｉＲＮＡの生成反応が進行した。 【００７７】 〔実施例５〕デイノコッカス・ラディオデュランス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ）ＲＮＡリガーゼの調製とライゲーション反応 （１）Ｅ． ｃｏｌｉによる組換え発現株の構築 Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ由来のＲｎｌ５ファミリーに属するＲＮＡリガーゼＤｒａＲｎｌをＥ． ｃｏｌｉで発現する株を構築し、精製酵素を調製した。まず、ＤｒａＲｎｌのアミノ酸配列（配列番号１７）をＥ． ｃｏｌｉコドンに最適化した塩基配列を有するプラスミドを遺伝子全合成により作成し、次にこの配列をｐＥＴ１６ｂベクターのＮｄｅＩ／ＢａｍＨＩサイトにサブクローニングした。本発現プラスミドをＥ． ｃｏｌｉ ＢＬ２１（ＤＥ３）を形質転換し、ＤｒａＲｎｌの発現株を得た。この発現株では、Ｎ末端にＨｉｓ－ｔａｇが付与されたＤｒａＲｎｌが発現される。 【００７８】 （２）組換え酵素の調製 ・・・ 【００８２】 （３）ＤｒａＲｎｌによるライゲーション反応 ４断片の修飾型ＲＮＡを用いてＤｒａＲｎｌにより反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、１０ｍＭ ＭｎＳＯ４、１ｍＭ ジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、修飾型ＲＮＡ断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は２５μＬとした。修飾型ＲＮＡ断片は表３の組み合わせを用いた。酵素の添加濃度を７２μｇ／ｍＬとし、陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で３時間反応した後、終濃度１ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。 【００８３】 （４）ＨＰＬＣによる分析 反応液をＡＣＱＵＩＴＹ ＨＰＬＣ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＢＥＨ Ｃ１８ Ｃｏｌｕｍｎ （Ｗａｔｅｒｓ、２．１×１００ｍｍ、１．７μｍ）を用いたＨＰＬＣにより分析した。分析条件は、カラム温度６０℃、検出波長２６０ｎｍ、インジェクション量１０μＬ、流速０．４ｍＬ／ｍｉｎとした。移動相はＡ液ヘキサフルオロイソプロパノール-トリエチルアミンおよびＢ液（メタノール）を用いたリニアグラジエントにより分析した。センス鎖およびアンチセンス鎖の標品も同様に分析することにより、ライゲーション産物の生成を確認した。 【００８４】 ＨＰＬＣによる分析の結果を図５に示す。ＨＰＬＣによる分析では酵素の添加により、標品と一致する保持時間にライゲーション産物のピークが得られるとともに、陰性対照と比較して基質の修飾型ＲＮＡのピーク面積が減少した。以上から、ＤｒａＲｎｌによる修飾型ＲＮＡの４断片からの目的の修飾オリゴヌクレオチドの生成が可能であることが示された。 ・・・ 【０１０５】 〔実施例１０〕５’末端にＤＭＴｒ基が付加されたオリゴヌクレオチドを用いた反応 ５’末端にジメトキシトリチル（ＤＭＴｒ）基が付加された２断片を含む４断片のオリゴヌクレオチドから酵素的ライゲーションにより二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表８に、４断片の組み合わせを図１０に示す。 【０１０６】 反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として４断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後に終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物の濃度を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析した。 【０１０７】 ＨＰＬＣによる分析では、酵素の添加により、陰性対照と比較して、各基質のピーク面積が減少し、新たに２本のピークを検出することができた。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では、酵素添加条件においてＡ鎖およびＢ鎖の生成を確認できた。 Ａ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７６４．８０， ｆｏｕｎｄ １７６４．７９［Ｍ－４Ｈ］４－ Ｂ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７３８．７６， ｆｏｕｎｄ １７３８．７５［Ｍ－４Ｈ］４－ 【０１０８】 以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２により、ＤＭＴｒ基を有する基質断片から二本鎖修飾オリゴヌクレオチドが生成可能であることが示された。 【０１０９】 【表８】 ［図：0001426843000002.jpg］ 【０１１０】 〔実施例１１〕キャリア付加型オリゴヌクレオチド断片を用いた反応 ５’末端にＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）が付加された１断片を含む４断片のオリゴヌクレオチドから、酵素的ライゲーションにより二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表９に、４断片の組み合わせを図１１に示す。ＧａｌＮＡｃで修飾した断片は、Ｔｒｉｖａｌｅｎｔ β－Ｄ－ＧａｌＮＡｃ ｗｉｔｈ ｃａｒｂｏｘｙｌ－ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ ＰＥＧ５ Ｌｉｎｋｅｒ （Ｓｕｓｓｅｘ社製）をアミノＣ６リンカーを介してオリゴヌクレオチドの５’末端に連結して合成した。 【０１１１】 反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として４断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後に終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析した。 【０１１２】 ＨＰＬＣによる分析では、酵素の添加により、陰性対照と比較して、各基質のピーク面積が減少し、新たに２本のピークを検出することができた。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では、酵素添加条件においてＡ鎖およびＢ鎖が検出され、生成を確認できた。 Ａ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７３０．４０， ｆｏｕｎｄ １７３０．３７［Ｍ－５Ｈ］５－ Ｂ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １３３０．３８ ｆｏｕｎｄ １３３０．３６［Ｍ－５Ｈ］５－ 【０１１３】 以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２を用いた４断片からの反応により、末端をＮ－アセチルガラクトサミンで修飾した二本鎖修飾オリゴヌクレオチドが生成可能であることが示された。 【０１１４】 【表９】 ［図：0001426843000003.jpg］ ・・・ 【０１４０】 〔実施例１８〕生成物の塩基長の違いによる不純物の淘汰性の比較 基質および生成物について塩基長の異なる反応を実施し、基質オリゴ核酸断片および酵素反応後の溶液に含まれる不純物を分析した。反応の目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１６に、４断片の組み合わせを図１７に示す。 【０１４１】 反応液の組成は、修飾オリゴヌクレオチドを用いた反応では８．９μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。ＤＮＡを用いた反応では２２．０μｇ／ｍＬ Ｔ７ ＤＮＡリガーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として４断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度５０μＭとなるように添加し、３０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、８時間後に終濃度１２．５ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。反応液を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析し、目的の反応進行を確認した。 【０１４２】 得られた質量分析結果から先行文献（Ｒｏｕｓｓｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ Ａ． ２０１９；１５８４：１０６－１１４．）の方法に基づき、目的の構造の生成物に対する不純物（Ｎ±１ｍｅｒ）の含有率を算出した。また、反応に供した基質オリゴヌクレオチド溶液も同様にＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析し、基質に対する不純物（Ｎ±１ｍｅｒ）の含有率を算出した。 【０１４３】 上記で算出した値から、各反応のＡ鎖およびＢ鎖のそれぞれについて、以下の式で不純物の残存率（％）を算出した。 不純物の残存率（％）＝（反応液中の目的生成物に対するＮ±１ｍｅｒの比率）／（基質溶液中の基質に対するＮ±１ｍｅｒの比率）×１００ 【０１４４】 結果を表１７に示す。２８塩基長のオリゴ核酸を生成する反応では、不純物（Ｎ±１ｍｅｒ）の残存率は８６％以上であるのに対し、２５塩基長以下のオリゴ核酸を生成する反応では、２３～５９％であった。 【０１４５】 【表１６】 ［図：0001426843000004.jpg］ 【０１４６】 【表１７】 ［図：0001426843000005.jpg］ 」 本オ 図面 「【図４】 ［図：0001426843000006.jpg］ 【図５】 ［図：0001426843000007.jpg］ 【図１０】 ［図：0001426843000008.jpg］ 【図１１】 ［図：0001426843000009.jpg］ 【図１７】 ［図：0001426843000010.jpg］ 」 ２ 申立２の申立理由１（明確性）について （１）判断規範 特許を受けようとする発明が明確であるか否かは、特許請求の範囲の記載だけではなく、願書に添付した明細書の記載及び図面を考慮し、また、当業者の出願当時における技術的常識を基礎として、特許請求の範囲の記載が、第三者に不測の不利益を及ぼすほどに不明確であるか否かという観点から判断されるべきである。 （２）本件発明の明確性についての判断 ア 条件（ｉｖ）について 本件発明１では、本件発明１の「修飾オリゴヌクレオチドの製造方法」において原料となる「合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片」について、「該修飾オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｖ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する」ものとして特定しており、そのうち条件（ｉｖ）に関しては、発明の詳細な説明（【００３１】（本ウ））において「上記条件（ｉｖ）における「相補部分」の塩基長は、対合を形成することができる塩基長であればよく、１塩基長以上であればよい」こと、及び、「オリゴヌクレオチド合成において塩基長が長くなるにつれて産物の純度、収量、製造効率が低下し得るため、全オリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片は、相補部分が１７塩基長以下となるように設計されるのが好ましい」ことが記載されている。 これらの記載のうち、前者の記載からは、条件（ｉｖ）における「相補部分」との用語が指す対象は元来「１塩基長」の場合もあり得るものとして使用されていることが理解でき、「１塩基長以上」の範囲から、本件発明１では、条件（ｉｖ）において５～１７塩基長に限定しているものと理解できる。そして、解釈［Ａ］では、「１塩基長」となることは生じ得ない。 また、後者の記載からは、条件（ｉｖ）の上限として、相補部分が１７塩基長以下とされた理由を読み取ることができ、「オリゴヌクレオチド合成において塩基長が長くなるにつれて産物の純度、収量、製造効率が低下し得る」ことを避けるために好ましいとされる範囲に限定しているものと理解できる。そして、解釈［Ａ］では、個々のオリゴヌクレオチド原料断片は１７塩基長よりも短くする必要が生じるので、上述の理由は、オリゴヌクレオチド原料断片の塩基長の上限の理由として不合理である。 したがって、これらの理解は、いずれも、本件発明１の条件（ｉｖ）における「相補部分」が、当該条件（ｉｖ）における「該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片」の各原料断片それぞれの相補部分を意味していると解釈しなければ整合しないものである。 そうすると、本件発明１における条件（ｉｖ）の解釈として、申立２において主張されるような解釈［Ａ］で理解する余地は無いものであるから、本件発明１の条件（ｉｖ）は、第三者に不測の不利益を及ぼすほどに不明確なものではない。 イ 条件（ｖ）について 「合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片」を特定するための条件（ｖ）では、「オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である」ことが特定されている。 ここでいう「オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計」が、本件発明１の製造方法で製造される「修飾オリゴヌクレオチド」の「相補部分」の塩基長に対応することは、原料である「オリゴヌクレオチド原料断片」と当該原料から製造される「修飾オリゴヌクレオチド」との技術的関係を踏まえれば、当業者に明らかである。 そして、本件発明１の冒頭における「１１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチド」との特定と、本件発明１の条件（ｖ）における「オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である」との特定とは、技術的に互いに整合し、矛盾は生じていないから、意味が不明確であるということはない。 さらに、上述の本件発明１の冒頭における塩基長範囲の特定は、製造される「修飾オリゴヌクレオチド」の相補部分に対するものであり、条件（ｖ）における塩基長範囲の特定は、「オリゴヌクレオチド原料断片」を特定するために必要な条件の１つとして、「オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分」の面から特定しているものと理解できるから、重複や冗長さがあるとか、それによって不明確であるいうことはない。 したがって、本件発明１における条件（ｖ）は、第三者に不測の不利益を及ぼすほどに不明確なものではない。 ウ 小括 以上のとおりであるから、本件発明１は、第三者に不測の不利益を及ぼすほどに不明確なものではない。 また、本件発明１に対して従属請求項形式で特定される本件発明２～１４についても、上述の議論の前提が変わるような事項は特定されていないから、本件発明１と同様に、第三者に不測の不利益を及ぼすほどに不明確なものではない。 したがって、申立２の申立理由２（明確性）は、理由がない。 ３ 申立２の申立理由１２（実施可能要件）及び申立理由１３（サポート要件違反）について （１）判断規範 発明の詳細な説明の記載が実施可能要件に適合するというためには、明細書の発明の詳細な説明に、当業者が、明細書の発明の詳細な説明の記載及び出願時の技術常識に基づいて、過度の試行錯誤を要することなく、その発明を実施することができる程度に発明の構成等の記載があることを要する。 また、特許請求の範囲の記載が明細書のサポート要件に適合するか否かは、特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し、特許請求の範囲に記載された発明が、発明の詳細な説明に記載された発明で、発明の詳細な説明の記載又はその示唆により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否か、また、その記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否かを検討して判断すべきものである。 （２）本件発明の実施可能要件、サポート要件についての判断 ア 本願発明の課題 本件明細書等をみると、オリゴヌクレオチドを製造する従来の技術では、天然型オリゴＤＮＡ断片しか実施されていないか、基質が２４塩基長であり生成物も４８塩基長と長く基質のアニーリング能が高い条件でしか実施されておらず、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いた場合に酵素縮合が可能か不明であったが、ｓｉＲＮＡやヘテロ二本鎖オリゴヌクレオチド等の相補部分を含むオリゴヌクレオチドの効率的な製造方法を提供することを目的として検討したところ、予想に反して、リガーゼおよび４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片を用いた場合、アニーリング能に影響されることなく、２８塩基長未満の二本鎖オリゴヌクレオチドを首尾よく製造できることを見出し、また、短鎖のオリゴヌクレオチドの場合、製造されるオリゴヌクレオチドの純度も向上することなどを見出して、本願発明を完成するに至ったことが記載されている（本ア、本イ）。 これらの記載から見て、本件発明が解決しようとする課題は、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いる、相補部分を含むオリゴヌクレオチドの効率的な製造方法を提供することであると認められる。 イ サポート要件について 本件明細書等では、本件発明１の構成要件を満足する実施例として、全ての残基が２’－Ｆ又は２’－Ｏ－メチルにより修飾され一部のリン酸基がチオリン酸基に置換された修飾型ＲＮＡの４断片から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２によるライゲーション反応により相補部分２１塩基長の修飾オリゴヌクレオチドを得た実施例（実施例３）、５’末端にジメトキシトリチル（ＤＭＴｒ）基が付加された２断片を含む４断片のオリゴヌクレオチドから、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２によるライゲーション反応により相補部分１９塩基長の修飾オリゴヌクレオチドを得た実施例（実施例１０）、及び、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）が付加された１断片を含む４断片のオリゴヌクレオチドから、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２によるライゲーション反応により相補部分１９塩基長の修飾オリゴヌクレオチドを得た実施例（実施例１１）が、試験データとともに記載されており（本エ、本オ）、いずれの修飾においても、短鎖のオリゴヌクレオチド基質を原料として目的の修飾オリゴヌクレオチドが得られることが裏付けられている。 また、基質および生成物について塩基長の異なる反応を実施し、基質オリゴ核酸断片および酵素反応後の溶液に含まれる不純物を分析した実施例について、その結果を示す表１７とともに記載されている（実施例１８、本エ、本オ）。この実施例では、「不純物の残存率（％）＝（反応液中の目的生成物に対するＮ±１ｍｅｒの比率）／（基質溶液中の基質に対するＮ±１ｍｅｒの比率）×１００」で定義される不純物残存率を分析、算出したところ、表１７によれば、不純物の残存率は、本件発明１の範囲外である相補部分２８塩基長では、Ａ鎖で８７％（修飾オリゴヌクレオチド）、８８％（二本鎖ＤＮＡ）、Ｂ鎖で９６％（修飾オリゴヌクレオチド）、１００％（二本鎖ＤＮＡ）であったのに対し、本件発明１の範囲内である相補部分が２１、２３、２５塩基長の修飾オリゴヌクレオチドでは、それぞれ、Ａ鎖で５１％、４１％、５０％、Ｂ鎖で３４％、２４％、５９％であったことが読み取れる。この試験データからみれば、４断片のオリゴヌクレオチド原料断片からリガーゼによるライゲーションにより２８塩基長より短い２１、２３、２５塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドを製造する際にＮ±１ｍｅｒの不純物の残存率が、２８塩基長の相補部分を含むものよりも小さくなることが裏付けられている。 これらの実施例によれば、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いても、本件発明１の製造方法によれば、相補部分２８塩基長未満の二本鎖オリゴヌクレオチドを製造できること、及び、相補部分２８塩基長のオリゴヌクレオチドを製造する際に比べて製造される修飾オリゴヌクレオチドのＮ±１ｍｅｒ不純物の残存率が小さくなることが理解できるから、本件発明１は、当業者が、本件明細書等の発明の詳細な説明の記載により、上記アの課題を解決できると認識できる範囲のものであるというべきである。 ウ 実施可能要件について 上記イで述べたとおり、本件明細書等の発明の詳細な説明には、本件発明１の試験例が記載され、修飾オリゴヌクレオチドを製造できたことが試験データで示されている。 また、製造方法の条件に注目しても、上述のいずれの実施例でも、オリゴヌクレオチド原料断片の化学構造、使用したリガーゼの種類、ライゲーション反応の反応液組成及び温度条件が明らかにされているから（本エ）、当業者であれば、過度な試行錯誤を要することなく、本件発明１の製造方法を実施することができる程度に、発明の詳細な説明が記載されているというべきである。 エ 申立人の主張について 申立２では、実施可能要件及びサポート要件の申立理由に共通して、甲２－６、甲２－５、甲２－９を根拠に挙げ、要するに、これらの証拠には条件によってはライゲーションが成功しなかったことが記載されていることを指摘しつつ、本件明細書等はどの化学修飾に対してどのリガーゼがどの条件下で作用することができるかについての十分な情報を提供していない旨を主張している。 しかしながら、本件明細書等では、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２を用いて実施した実施例３と同様の反応を、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼや、Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ由来のＲｎｌ５ファミリーに属するＲＮＡリガーゼＤｒａＲｎｌを用いて実施した実施例についても記載されており（実施例４、５）、これらのリガーゼでもライゲーション産物を得られたという試験結果が記載されている（本エ、本オ）ことからみれば、本件発明１の製造方法は、ＲＮＡリガーゼにとどまらず、ＤＮＡリガーゼを用いた場合でも課題を解決できることが理解できるし、さらには、リガーゼの由来生物種が、バクテリオファージの一種であるＴ４だけでなく、細菌の一種であるＤｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓである場合も課題が解決できることも理解できる。そして、基質タイプが異なるリガーゼや、由来生物種が異なるリガーゼでも同様にライゲーション産物が得られたことからすれば、当業者であれば、基質タイプや由来生物種を超えて、他のリガーゼでも同様の傾向でライゲーション産物が得られるものと推認できる。 そして、甲２－６、甲２－５、甲２－９においては、確かに条件によってはライゲーションが成功しなかったものが記載されているが、それはいずれも、様々な条件で試験した中には、ライゲーションが成功しなかった条件が含まれている面を取り上げているに過ぎず、リガーゼの中には試験した条件でライゲーションを生じないタイプが極一部みられるとか、反応条件によってはライゲーションが生じない場合がある、ということをいうにとどまるものであって、いずれも、本件特許の出願時における当業者の技術常識として想定され得る、リガーゼの基質特異性や好適な反応条件の多少の違いの範囲内であると認められる。 ところで、本件発明１の課題はアで述べたとおりのところ、イで述べたとおり、本件発明１では、オリゴヌクレオチド原料断片を本件発明１の構成を満足するようにすることで、オリゴヌクレオチドリガーゼによるライゲーションで１１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドの製造が出来ることを試験して確認し、それにより、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いても、オリゴヌクレオチドの効率的な製造が可能なことを実証したものであり、本件発明１の記載要件はこの観点で判断されるべきである。 当該観点を踏まえると、申立２における実施可能要件及びサポート要件に関する主張は、前記観点とは異なり、リガーゼの基質特異性や好適な反応条件の多少の違いというべき本質的ではない条件において、本件発明１の範囲に入るがライゲーション産物を得られない例外的な場合がいくつか存在するこというものに過ぎないし、また、それらの例外的な場合についても、甲２－６、甲２－５、甲２－９に記載される事項が本件特許の出願時の当業者の技術常識を構成するものとして考えると、むしろ、本件発明１を本件明細書等に記載された実施例とは異なる条件で実施する際には、当業者であれば容易に上述の例外的な場合を避けてリガーゼや反応条件の細部を決定することができるから、なおさら、本件発明１により課題が解決できるとの理解の助けとなるものである。 したがって、申立２における実施可能要件及びサポート要件に関する主張はいずれも採用できない。 オ 小括 以上のとおり、本件発明１は、サポート要件と実施可能要件をいずれも満たすものである。 また、本件発明１が、サポート要件及び実施可能要件を満たすものであるから、本件発明１に直接又は間接に従属する本件発明２～１４についても、同様の理由により、サポート要件及び実施可能要件を満たすものである。 したがって、申立２の申立理由１２（実施可能要件）及び申立理由１３（サポート要件）は、いずれも理由がない。 ４ 申立１の申立理由１（甲１－１を主引例とする進歩性）について （１）甲１－１の記載事項 甲１－１（英文のため記載事項の認定は当審による日本語訳で記載する。）は、「大腸菌由来のチロシンサプレッサートランスファーＲＮＡ前駆体の構造遺伝子の全合成 １０．ヌクレオチド配列８６～１２６に対応するＤＮＡ二重鎖を形成するための化学合成セグメントの酵素的結合」と題する論文であって、大腸菌チロシンｔＲＮＡ前駆体に対応するＤＮＡのヌクレオチド配列８６～１２６を構成する、化学的に合成された８つのデオキシリボヌクレオチド（セグメント１９～２６）のポリヌクレオチドリガーゼ触媒による結合が研究されたこと、結合は、一度に３、４又はそれ以上の数のセグメントのさまざまな組み合わせを使用して研究されたこと、及び、５成分システムと６成分システムの結合は、２５～約６０％の収率でより満足のいくものであったこと、及び、３つの二重鎖［ＩＶａ］～［ＩＶｃ］は、約５０％の収率で１段階反応で調製され、特性が調べられたことが報告されるものである（要約欄）。 そして、使用した組み合わせの具体的態様が図１及び表１に示されており、このうち、表１には、システムＮｏ．６として、セグメント２０、２１、２２、２３の組み合わせ（以下、申立１にあわせて「態様１」という。）、システムＮｏ．８として、セグメント１９、２０、２１、２２、２３の組み合わせ（以下、「態様２」という。）、システムＮｏ．９として、セグメント２０、２１、２２、２３、２４の組み合わせ（以下、「態様３」という。）、システムＮｏ．１０として、セグメント１９、２０、２１、２２、２３、２４の組み合わせ（以下、「態様４」という。）が記載されている。また、図１には、チロシンｔＲＮＡ前駆体遺伝子の（ｔＲＮＡの３’末端からのナンバリングで）ヌクレオチド配列８６～１２６に対応するＤＮＡ二重鎖が示されており、このうち［ＩＶｃ］で示されるものが、セグメント２０、２１、２２、２３、２４、２５の組み合わせ（以下、「態様５」という。）で構成されることが示されている。また、図１の［ＩＶａ］で示されるものは、上記態様４に対応する。 態様１、態様３～５については、以下のとおり、それぞれ、甲１－１の図３、４、図１［ＩＶａ］及び図１［ＩＶｃ］に、各セグメントのヌクレオチド配列と形成される塩基対が図示されており、態様２については、セグメント１９～２４の組み合わせとして図示される［ＩＶａ］（態様４）のうち、セグメント１９～２３の部分に対応するから、その部分から態様２において形成される塩基対を読み取ることができる。 態様１（甲１－１図３） ［図：0001426843000011.jpg］ 態様３（甲１－１図４） ［図：0001426843000012.jpg］ 態様４（甲１－１図１［ＩＶａ］） ［図：0001426843000013.jpg］ 態様５（図１－１図１［ＩＶｃ］ ［図：0001426843000014.jpg］ （２）甲１－１に記載された発明 以上によれば、甲１－１には、態様１～５に対応して以下の５つの発明（以下、「甲１－１発明１」～「甲１－１発明５」という。）が記載されている。 ア 甲１－１発明１（態様１） 「大腸菌由来のチロシンサプレッサートランスファーＲＮＡ前駆体の構造遺伝子のうち、ヌクレオチド配列８６～１２６に対応するＤＮＡ二重鎖を形成する方法であって、 化学的に合成された８つのデオキシリボヌクレオチド（セグメント１９～２６）のうち、セグメント２０、２１、２２、２３を組み合わせて、ポリヌクレオチドリガーゼ触媒により一度に結合してＤＮＡ二重鎖を形成することを含み、 該ＤＮＡ二重鎖は、以下の図で示されるものである方法。 ［図：0001426843000015.jpg］ 」 イ 甲１－１発明２（態様２） 「大腸菌由来のチロシンサプレッサートランスファーＲＮＡ前駆体の構造遺伝子のうち、ヌクレオチド配列８６～１２６に対応するＤＮＡ二重鎖を形成する方法であって、 化学的に合成された８つのデオキシリボヌクレオチド（セグメント１９～２６）のうち、セグメント１９、２０、２１、２２、２３を組み合わせて、ポリヌクレオチドリガーゼ触媒により一度に結合してＤＮＡ二重鎖を形成することを含み、 該ＤＮＡ二重鎖は、以下の図で示されるもののうち、セグメント１９～２３に対応するものである方法 ［図：0001426843000016.jpg］ 」 ウ 甲１－１発明３（態様３） 「大腸菌由来のチロシンサプレッサートランスファーＲＮＡ前駆体の構造遺伝子のうち、ヌクレオチド配列８６～１２６に対応するＤＮＡ二重鎖を形成する方法であって、 化学的に合成された８つのデオキシリボヌクレオチド（セグメント１９～２６）のうち、セグメント２０、２１、２２、２３、２４を組み合わせて、ポリヌクレオチドリガーゼ触媒により一度に結合してＤＮＡ二重鎖を形成することを含み、 該ＤＮＡ二重鎖は、以下の図で示されるものである方法。 ［図：0001426843000017.jpg］ 」 エ 甲１－１発明４（態様４） 「大腸菌由来のチロシンサプレッサートランスファーＲＮＡ前駆体の構造遺伝子のうち、ヌクレオチド配列８６～１２６に対応するＤＮＡ二重鎖を形成する方法であって、 化学的に合成された８つのデオキシリボヌクレオチド（セグメント１９～２６）のうち、セグメント１９、２０、２１、２２、２３、２４を組み合わせて、ポリヌクレオチドリガーゼ触媒により一度に結合してＤＮＡ二重鎖を形成することを含み、 該ＤＮＡ二重鎖は、以下の図で示されるものである方法。 ［図：0001426843000018.jpg］ 」 オ 甲１－１発明５（態様５） 「大腸菌由来のチロシンサプレッサートランスファーＲＮＡ前駆体の構造遺伝子のうち、ヌクレオチド配列８６～１２６に対応するＤＮＡ二重鎖を形成する方法であって、 化学的に合成された８つのデオキシリボヌクレオチド（セグメント１９～２６）のうち、セグメント２０、２１、２２、２３、２４、２５を組み合わせて、ポリヌクレオチドリガーゼ触媒により一度に結合してＤＮＡ二重鎖を形成することを含み、 該ＤＮＡ二重鎖は、以下の図で示されるものである方法。 ［図：0001426843000019.jpg］ 」 （３）対比 ア 甲１－１発明１～甲１－１発明５に共通する事項 甲１－１発明１～甲１－１発明５における「セグメント１９」～「セグメント２５」は、いずれも、本件発明１における「オリゴヌクレオチド原料断片」に相当する。甲１－１発明１～甲１－１発明５において各セグメントを結合させた結果得られる「ＤＮＡ二重鎖」は、本件発明１の方法によって製造される「オリゴヌクレオチド」に相当する。また、甲１－１発明１～甲１－１発明５は、「ポリヌクレオチドリガーゼ触媒」は、本件発明１における「オリゴヌクレオチドリガーゼ」に相当する。 イ 甲１－１発明１について 甲１－１発明１は、ＤＮＡ二重鎖が合計４本のセグメントから形成されるものであり、図から見てその相補部分は１４塩基長である。また、甲１－１発明１について、本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）に関連する事項を図から読み取ると以下のとおりである（以下、申立１については、各甲１－１発明における図から読み取った事項を、申立番号、甲１－１発明の枝番号及び本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）の番号に対応させて、条件番号を「（１１ｉ）」等と記載する。）。 （１１ｉ）当該４本のセグメント間の連結部は、ＤＮＡ二重鎖の相補部分において各鎖側に１つずつ存在し、ＤＮＡ二重鎖中に合計２つ存在すること。 （１１ｉｉ）ＤＮＡ二重鎖を前記連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、セグメント２０とセグメント２１～２３とに分けた場合、及び、セグメント２０～２２とセグメント２３とに分けた場合は、該突出末端は５塩基長であり、セグメント２０、２１とセグメント２２、２３とに分けた場合は、該突出末端は４塩基長であること。 （１１ｉｖ）相補部分は、セグメント２０で５塩基長、セグメント２１で９塩基長、セグメント２２で９塩基長、セグメント２３で５塩基長であること。 （１１ｖ）各セグメントの相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計は、いずれも１４塩基長であること。 ウ 甲１－１発明２について 甲１－１発明２は、ＤＮＡ二重鎖が合計５本のセグメント１９～２３から形成されるものであり、セグメント１９～２３で構成されるＤＮＡ二重鎖の相補部分は図からみて、ヌクレオチド配列９０～１０８の範囲に対応する１９塩基長である。また、甲１－１発明２について、本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）に関連する事項を図から読み取ると以下のとおりである。 （１２ｉ）当該５本のセグメント間の連結部は、ＤＮＡ二重鎖の相補部分において存在し、図の上側の鎖で１つ、下側の鎖で２つ存在し、ＤＮＡ二重鎖中に合計３つ存在すること。 （１２ｉｉ）ＤＮＡ二重鎖を前記連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、セグメント１９とセグメント２０～２３とに分けた場合、セグメント１９、２０とセグメント２１～２３とに分けた場合、及び、セグメント１９～２２とセグメント２３とに分けた場合は、該突出末端は５塩基長であり、セグメント１９～２１とセグメント２２、２３とに分けた場合は、該突出末端は４塩基長であること。 （１２ｉｖ）相補部分は、セグメント１９で５塩基長、セグメント２０で１０塩基長、セグメント２１で９塩基長、セグメント２２で９塩基長、セグメント２３で５塩基長であること。 （１２ｖ）各セグメントの相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計は、いずれも１９塩基長であること。 エ 甲１－１発明３について 甲１－１発明３は、ＤＮＡ二重鎖が合計５本のセグメント２０～２４から形成されるものであり、セグメント２０～２４で構成されるＤＮＡ二重鎖の相補部分は図からみて、セグメント２０及び２２の範囲に対応する１９塩基長である。また、甲１－１発明３について、本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）に関連する事項を図から読み取ると以下のとおりである。 （１３ｉ）当該５本のセグメント間の連結部は、ＤＮＡ二重鎖の相補部分において存在し、図の上側の鎖で２つ、下側の鎖で１つ存在し、ＤＮＡ二重鎖中に合計３つ存在すること。 （１３ｉｉ）ＤＮＡ二重鎖を前記連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、セグメント２０とセグメント２１～２４とに分けた場合、セグメント２０～２２とセグメント２３、２４とに分けた場合、及び、セグメント２０～２３とセグメント２４とに分けた場合は、該突出末端は５塩基長であり、セグメント２０、２１とセグメント２２～２４とに分けた場合は、該突出末端は４塩基長であること。 （１３ｉｖ）相補部分は、セグメント２０で５塩基長、セグメント２１で９塩基長、セグメント２２で９塩基長、セグメント２３で１０塩基長、セグメント２４で５塩基長であること。 （１３ｖ）各セグメントの相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計は、いずれも１９塩基長であること。 オ 甲１－１発明４について 甲１－１発明４は、ＤＮＡ二重鎖が合計６本のセグメント１９～２４から形成されるものであり、セグメント１９～２４で構成されるＤＮＡ二重鎖の相補部分は図からみて、ヌクレオチド配列９０～１１３範囲に対応する２４塩基長である。また、甲１－１発明４について、本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）に関連する事項を図から読み取ると以下のとおりである。 （１４ｉ）当該６本のセグメント間の連結部は、ＤＮＡ二重鎖の相補部分において存在し、図の上側の鎖で２つ、下側の鎖で２つ存在し、ＤＮＡ二重鎖中に合計４つ存在すること。 （１４ｉｉ）ＤＮＡ二重鎖を前記連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、セグメント１９とセグメント２０～２４に分けた場合、セグメント１９、２０とセグメント２１～２４とに分けた場合、セグメント１９～２２とセグメント２３、２４とに分けた場合、及び、セグメント１９～２３とセグメント２４とに分けた場合は、該突出末端は５塩基長であり、セグメント１９～２１とセグメント２２～２４とに分けた場合は、該突出末端は４塩基長であること。 （１４ｉｖ）相補部分は、セグメント１９で５塩基長、セグメント２０で１０塩基長、セグメント２１で９塩基長、セグメント２２で９塩基長、セグメント２３で１０塩基長、セグメント２４で５塩基長であること。 （１４ｖ）各セグメントの相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計は、いずれも２４塩基長であること。 カ 甲１－１発明５について 甲１－１発明５は、ＤＮＡ二重鎖が合計６本のセグメント２０～２５から形成されるものであり、セグメント２０～２５で構成されるＤＮＡ二重鎖の相補部分は図からみて、ヌクレオチド配列９５～１２０の範囲に対応する２６塩基長である。また、甲１－１発明５について、本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）に関連する事項を図から読み取ると以下のとおりである。 （１５ｉ）当該６本のセグメント間の連結部は、ＤＮＡ二重鎖の相補部分において存在し、図の上側の鎖で２つ、下側の鎖で２つ存在し、ＤＮＡ二重鎖中に合計４つ存在すること。 （１５ｉｉ）ＤＮＡ二重鎖を前記連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、セグメント２０とセグメント２１～２５とに分けた場合、セグメント２０～２２とセグメント２３～２５とに分けた場合、及び、セグメント２０～２３とセグメント２４、２５とに分けた場合は、該突出末端は５塩基長であり、セグメント２０、２１とセグメント２２～２５とに分けた場合は、該突出末端は４塩基長であり、セグメント２０～２４とセグメント２５とに分けた場合は、該突出末端は７塩基長であること。 （１５ｉｖ）相補部分は、セグメント２０で５塩基長、セグメント２１で９塩基長、セグメント２２で９塩基長、セグメント２３で１０塩基長、セグメント２４で１２塩基長であり、セグメント２５で７塩基長であること。 （１５ｖ）各セグメントの相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計は、いずれも２６塩基長であること。 キ 一致点・相違点 上記ア～カを踏まえると、本件発明１と甲１－１発明１～甲１－１発明５のそれぞれとは、引用発明がいずれのものであっても、以下の一致点で一致し、以下の相違点１で相違する。 （ア）一致点 １１～２７塩基長の相補部分を含むオリゴヌクレオチドの製造方法であって、 該方法は、合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼの存在下で処理して該オリゴヌクレオチドを生成することを含み、 合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片は、該オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｖ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する、方法。 （ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し； （ｉｉ）該オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、かつ該突出末端が１～１０塩基長であり； （ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、ヌクレオチドを含み、 （ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～１７塩基長の相補部分を含み、かつ （ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である。 （イ）相違点１ 本件発明１では、製造物が「修飾オリゴヌクレオチド」であり、条件（ｉｉｉ）で、少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、「修飾ヌクレオチド」を含むことが特定されるのに対し、甲１－１発明１～甲１－１発明５では、ＤＮＡ二重鎖が「修飾」されることも、セグメントの少なくとも１本が修飾ヌクレオチドを含むことも特定されていない点。 （４）相違点１について 甲１－１には、ＤＮＡ二重鎖又は各セグメントのヌクレオチドに修飾を加えることは記載されていない。また、甲１－１に記載の技術は、チロシンサプレッサートランスファーＲＮＡ前駆体の構造遺伝子の一部に対応するＤＮＡ二重鎖を形成しようとするものであることを踏まえると、そのような構造遺伝子のヌクレオチドに対して修飾を加えることは通常行わないから、甲１－１には、ＤＮＡ二重鎖又は各セグメントのヌクレオチドに修飾を加える動機付けはない。 一方、本件発明１は、３（２）で述べたとおり、本件発明１の課題であった、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いる、相補部分を含むオリゴヌクレオチドの効率的な製造方法を提供することを実現したものであり、特に、「効率的な製造」に関しては、本件明細書等の実施例１８（本エ、本オ）に示されるように、本件発明１は、相補部分２８塩基長のオリゴヌクレオチドを製造する際に比べて製造される修飾オリゴヌクレオチドにおける不純物Ｎ±１ｍｅｒの残存率が低下するという格別の効果が奏されるものである。 甲１－１には、このような効果を示唆する記載はない。 また、申立１で提出された他の証拠である甲１－２～甲１－９の全てをみても、上記の効果に関する記載は見当たらない。 そして、本件特許の優先日における技術常識としては、本件明細書等に、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いた場合に酵素縮合が可能か不明であったと記載される（本ア）とおりであると認められるところ、このような技術常識を踏まえれば、上記の効果はなおさら予測可能であるとはいえない。 そうすると、相違点１については、当業者が容易に想到し得たということはできない。 （５）小括 以上のとおり、本件発明１は、甲１－１に記載された発明に甲１－２～甲１－９の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 また、本件発明２～１４は、いずれも本件発明１を引用するものであるから、本件発明１と同様の理由により、甲１－１に記載された発明に甲１－２～甲１－９の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 したがって、申立１の申立理由（甲１－１を主引例とする進歩性）は、理由がない。 ５ 申立２の申立理由２（甲２－１に基づく新規性）及び申立理由３（甲２－１を主引例とする進歩性）について （１）甲２－１の記載事項 甲２－１（英文のため記載事項の認定は当審による日本語訳で記載する。）には、二本鎖ポリヌクレオチド分子を合成する方法に関する発明が記載されており、その請求項１及び５によれば、相補的ヌクレオチド配列部分を含む少なくとも３つの一本鎖オリゴヌクレオチドを互いに接触させ、自己アセンブリした一本鎖オリゴヌクレオチドのセット内の隣接するヌクレオチドの間に少なくとも1つのホスホジエステル結合をリガーゼ酵素の触媒により形成して、各一本鎖オリゴヌクレオチドよりも分子量の大きい二本鎖ポリヌクレオチドを形成するという方法が記載されている（請求の範囲）。 上記の「相補的ヌクレオチド配列部分」については、甲２－１では、「ジップコード」等とも表記され、これは、別のジップコードと相補的で特有の短い一本鎖核酸配列を指し、オリゴ／ポリヌクレオチド構成要素を特定の順序で組み立てるために使用されることが記載されており（［００３８］）、また、上記「一本鎖オリゴヌクレオチド」については、甲２－１では、一貫して、「短い一本鎖オリゴヌクレオチド」であるものとして記載されており、具体例として、６塩基長のものが記載されている（要約、［００１９］、［００２０］、［００４８］、［００４９］）。 さらに、甲２－１には図５として次の図が示されている。 ［図：0001426843000020.jpg］ この図５には、「オリゴのサブセットを反応混合物に段階的に１回ずつ添加する」例が示されており（［００３１］、［００５８］）、図面から見て、部分的に二本鎖であり一本鎖のオーバーハングを有する「シード」と「キャップ」を１つずつ、一本鎖オリゴヌクレオチドを４本用いて生産物である二本鎖ポリヌクレオチドを形成していることが読み取れる。 ここで、図１と図５の表記の共通性から見て、図１についての「３つの６量体からの、３’に１つおよび５’に１つのオーバーハングを有する二本鎖ポリヌクレオチドへのアセンブリを示す」との説明（［００５２］）や、「ジップコード」及び「ＺＩＰ１」等についての説明（［００５２］、［００５７］）は、図５にも当てはまるものと理解できるから、例えば図５における次の表記：「 ［図：0001426843000021.jpg］ 」は、１つの６塩基長の一本鎖オリゴヌクレオチドを表すものであって、「ＺＩＰ１」及び「ＺＩＰ２」で示される３塩基長のジップコード部分を２つ有するものであり、他の一本鎖オリゴヌクレオチドの表記も同様であるものと認められる。また、上記一本鎖オリゴヌクレオチド等の表記に見られる短い縦線は、図５全体をわたって、一塩基又は一塩基対を意味するものであると認められる。このことからみて、図５に示されたシード及びキャップは、いずれも、一本鎖オーバーハングとして３塩基長のジップコード部分を１つ有することを読み取れる。シード及びキャップの部分的な二本鎖の部分については、図５からは３塩基対は含まれるようにみえるが、斜線によりハッチングされた部分（以下、「斜線部」という。）が隣接していることから、その長さは明らかではない。 ところで、甲２－１には、「シード」及び「キャップ」について、いずれも、その二本鎖部分内に１つ以上の機能的配列を含んでもよく、当該配列として、シード又はキャップを磁気ビーズにライゲーションするためのスペーサー配列およびビオチンリンカー；放出部位；ＰＣＲプライマー部位；標識；および／または最終生成物の一部となるポリヌクレオチド配列が含まれることが記載されている（［００３７］、［００４３］）。そしてこれらの機能的配列は３塩基長より長い場合があることは当業者に明らかである。このことからみて、図５において、シード及びキャップに表記される斜線部は、シード及びキャップの二本鎖部分の機能的配列として延長された二本鎖を意味するものであってもよく、ポリヌクレオチドではない場合を含めそれ以外の構造を意味するものであってもよいことが理解できるが、「シード」及び「キャップ」の二本鎖の部分が図示されるとおり最短３塩基対であっても良いのかどうかは明記されていないから、「シード」及び「キャップ」の二本鎖の部分の最短塩基長は不明であると理解すべきである。そして、この理解は、甲２－１において図１、５に対応して塩基長について詳しく説明される上述の記載と、図５も指して「これらの図面は概念を説明するために、最小数のオリゴおよびポリヌクレオチドでアセンブリを示している」（［００５９］）としている記載の両方と整合する。 したがって、図５からは、製造物として図示される二本鎖ポリヌクレオチドの二本鎖部分について、その具体的な塩基長を読み取ることはできない。 （２）甲２－１に記載された発明（甲２－１発明） 以上によれば、甲２－１には、次の発明（以下、「甲２－１発明」という。）が記載されていると認められる。 「二本鎖ポリヌクレオチド分子を合成する方法であって、 相補的ヌクレオチド配列部分を含む４つの一本鎖オリゴヌクレオチドを互いに接触させ、自己アセンブリした一本鎖オリゴヌクレオチドのセット内の隣接するヌクレオチドの間に少なくとも１つのホスホジエステル結合をリガーゼ酵素の触媒により形成して、各一本鎖オリゴヌクレオチドよりも分子量の大きい二本鎖ポリヌクレオチドを形成する方法であり、 前記二本鎖ポリヌクレオチド分子は、一本鎖オーバーハングとして３塩基長のジップコード部分を１つと部分的な二本鎖部分とを有する「シード」及び「キャップ」を１つずつ、及び、３塩基長のジップコードを２つ有し６塩基長である「一本鎖オリゴヌクレオチド」を４本用いて形成される、二本鎖を有するものであり、ここで、「ジップコード」は、別のジップコードと相補的な特有に短い一本鎖核酸配列を指すものであり、 シード及びキャップは、いずれも、その二本鎖部分内に、機能的配列として、磁気ビーズにライゲーションするためのスペーサー配列およびビオチンリンカー；放出部位；ＰＣＲプライマー部位；標識；および／または最終生成物の一部となるポリヌクレオチド配列を含んでもよいものである。」 （３）対比 甲２－１発明において、「二本鎖ポリヌクレオチド分子」を生成するために用いた原料は、一本鎖オーバーハングとして３塩基長のジップコード部分を１つと部分的な二本鎖部分とを有する「シード」と「キャップ」を１つずつ、及び、３塩基長のジップコードを２つ有し６塩基長である「一本鎖オリゴヌクレオチド」を４本であるが、これらの原料はいずれも本件発明１の「オリゴヌクレオチド原料断片」に相当する。 甲２－１発明における原料の「一本鎖オリゴヌクレオチド」についての上述した塩基長や、「シード」及び「キャップ」の機能からみて、それらから形成される「二本鎖ポリヌクレオチド分子」の用語の「ポリ」が意味する塩基長は、本件発明１において、生成物に対して用いられる「オリゴヌクレオチド」の用語の「オリゴ」が意味する塩基長と実質的に相違するものではない。したがって、甲２－１発明の「二本鎖ポリヌクレオチド分子を合成する方法」は、本件発明１の「オリゴヌクレオチドの製造方法」に相当する。 本件発明１の「オリゴヌクレオチドリガーゼ」については、本件明細書等【００４０】をみると、「オリゴヌクレオチドリガーゼは、オリゴヌクレオチド原料断片同士を連結させる酵素である」と定義された上で、「オリゴヌクレオチドリガーゼとしては、例えば、ＲＮＡリガーゼおよびＤＮＡリガーゼが挙げられる」等と例示が記載される。このことから、本件発明１の「オリゴヌクレオチドリガーゼ」は、一般的にＲＮＡリガーゼ及びＤＮＡリガーゼを含んで上位概念として用いる「リガーゼ」の用語と、技術的に何ら変わらない範囲を意図しており、せいぜい基質が「オリゴヌクレオチド」であることを特定したものと理解できる。甲２－１発明における基質はオリゴヌクレオチドであることを踏まえると、甲２－１発明の「リガーゼ」は、本件発明１の「オリゴヌクレオチドリガーゼ」に相当するものと認められる。 さらに、甲２－１発明について、本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）に関連する事項を整理すると以下のとおりである（以下、申立２については、各甲号証から読み取った事項を、申立番号、甲号証の番号及び本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）の番号に対応させて、条件番号を「（２１ｉ）」等と記載する。）。 （２１ｉ）甲２－１発明の原料から「二本鎖ポリヌクレオチド」分子を生成するためにリガーゼにより連結されるべき箇所は、各鎖側中に３つ、二本鎖ポリヌクレオチド分子中に合計６つ存在すること。 （２１ｉｉ）甲２－１発明における「ジップコード」は、本件発明１の「突出末端」に相当し、いずれのジップコードも３塩基長であること。 （２１ｉｉｉ）甲２－１発明においては、シード及びキャップにおいて、磁気ビーズにライゲーションするためのスペーサー配列、ビオチンリンカー又は標識等を含む「機能的配列」を含んでも良いこと。 （２１ｉｖ）甲２－１発明において「一本鎖オリゴヌクレオチド」は、４本用いられ、それらはいずれも３塩基長のジップコードを２つ有する６塩基長のものであるから、相補部分が６塩基長であり、「シード」及び「キャップ」は、３塩基長のジップコードを１つ有するが、部分的な二本鎖部分の塩基長が不明であるから、相補部分の塩基長も不明であること。 そうすると、本件発明１と甲２－１発明との一致点及び相違点は、以下のとおりとなる。 ア 一致点 「相補部分を含むオリゴヌクレオチドの製造方法であって、 該方法は、合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼの存在下で処理して該オリゴヌクレオチドを生成することを含み、 合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片は、該オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｉｖ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する、方法： （ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し； （ｉｉ）該オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、かつ該突出末端が１～１０塩基長であり； （ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、ヌクレオチドを含み、かつ （ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～１７塩基長の相補部分を含む。」 イ 相違点２ 本件発明１では、「修飾オリゴヌクレオチド」の相補部分が「１１～２７塩基長」であり、かつ、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、「（ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である」ことが特定されるのに対し、甲２－１発明では、いずれも不明である点。 ウ 相違点３ 本件発明１では、製造物が「修飾オリゴヌクレオチド」であり、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、（ｉｉｉ）に関し、少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、「修飾ヌクレオチド」を含むことが特定されるのに対し、甲２－１発明では、「シード」又は「キャップ」が、「その二本鎖部分内に、機能的配列として、磁気ビーズにライゲーションするためのスペーサー配列およびビオチンリンカー；放出部位；ＰＣＲプライマー部位；標識；および／または最終生成物の一部となるポリヌクレオチド配列を含んでもよい」というものであって、製造される「二本鎖ポリヌクレオチド分子」は、必ずしも「修飾」されたものではない点。 （４）相違点２について 甲２－１には、「遺伝子およびその他の長い二重鎖ポリヌクレオチドを合成するプロセスを提供する」（要約欄）と記載されるなど、遺伝子長に及ぶような大規模ポリヌクレオチドを合成することを目的としている旨の記載がみられる（［００１９］、［００２６］）。これらの記載を踏まえると、甲２－１発明において不明である製造物の相補部分の塩基長としては、遺伝子長に及ぶような長さの大規模ポリヌクレオチドが念頭に置かれていることが明らかである。そうすると、「これらの図面は概念を説明するために、最小数のオリゴおよびポリヌクレオチドでアセンブリを示している」（［００５９］）とされる図５に記載の甲２－１発明に基づいて、製造される二本鎖ポリヌクレオチド分子の相補部分の最短塩基長を探索することが動機づけられているとはいえない。 これに対し、本件発明１は、３（２）で述べたとおり、本件発明１の課題であった、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いる、相補部分を含むオリゴヌクレオチドの効率的な製造方法を提供することを実現したものであり、特に、「効率的な製造」に関しては、本件明細書等の実施例１８（本エ、本オ）に示されるように、本件発明１は、相補部分２８塩基長のオリゴヌクレオチドを製造する際に比べて製造される修飾オリゴヌクレオチドにおける不純物Ｎ±１ｍｅｒの残存率が低下するという格別の効果が奏されるものである。 甲２－１には、このような効果に関する記載は見当たらない。 また、申立２で提出された他の証拠である甲２－２～甲２－１０の全てをみても、上記の効果に関する記載は見当たらない。 そして、本件特許の優先日における技術常識としては、本件明細書等に、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いた場合に酵素縮合が可能か不明であったと記載される（本ア）とおりであると認められるところ、このような技術常識を踏まえれば、上記の効果はなおさら予測可能であるとはいえない。 そうすると、相違点２については、当業者が容易に想到し得たということはできない。 （５）小括 以上のとおり、本件発明１は、甲２－１に記載された発明ではない。また、相違点３について検討するまでもなく、甲２－１に記載された発明に甲２－２～甲２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 さらに、本件発明２～１４は、いずれも本件発明１を引用するものであるから、本件発明１と同様の理由により、甲２－１に記載された発明ではないし、甲２－１に記載された発明に甲２－２～甲２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 したがって、申立２の申立理由２（甲２－１に基づく新規性）及び申立理由３（甲２－１を主引例とする進歩性）は、いずれも理由がない。 ６ 申立２の申立理由４（甲２－２に基づく新規性）及び申立理由５（甲２－２を主引例とする進歩性）について （１）甲２－２の記載事項 甲２－２（英文のため記載事項の認定は当審による日本語訳で記載する。）は、「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いた非常に短いオリゴヌクレオチドの効率的なアセンブリ」と題する論文であり、「原理上は、考えられる全ての短いオリゴヌクレオチドの事前に構築されたライブラリーを用いて、多くの異なる遺伝子配列を構築することができる」ことから、「このような手法の実現可能性を評価するために、短いオリゴヌクレオチド基質に対するＴ４ ＤＮＡリガーゼの活性を特徴付け、複数のオリゴヌクレオチドのアセンブリに適した条件を決定した」ことを報告するものである（要約欄）。 そして、実施した試験の１つとして、次の図２（ｄ）が示されている。 ［図：0001426843000022.jpg］ 当該図２（ｄ）は、「補助オリゴヌクレオチドによるＴ４ ＤＮＡリガーゼ活性の増強」と題された図２の中の１つであり、「（ｄ）補助ヘキサマーを使用しなかった対照（◆）に比べ、４℃で１６時間、ヘキサマーペアを用いてライゲーションを行った結果、改善は限定的だった（■）。」（図２の説明）と記載されるものであり、図２ｄに対応する論文本文の説明として、「ハイブリダイズするとヘキサマーペアが両側に３－ｎｔオーバーハングを有する３－ｂｐ二重鎖を生成するように、一対のヘキサマーを試験した。そのような配置は、３－ｂｐの増分でのＤＮＡの反復的なアセンブリを可能にする。残念ながら、有意なライゲーションは観察されなかった。ライゲーション条件を４℃で１６時間を超えるインキュベーション時間に増強しても、非常にわずかな改善しかもたらされなかった（図２（ｄ））。」（第４頁左欄第２段落）と記載されている。 そして、図２（ｄ）の上部に■で示される試験では、図からみて、４本のオリゴヌクレオチドが用いられており、これらの４本は、具体的には、２１塩基長でありかつ５’末端で固相支持体に結合するオリゴヌクレオチド（以下、「左上鎖」という。）、２４塩基長であるオリゴヌクレオチド（以下、「左下鎖」という。）、ＦＡＭにより３’末端が蛍光標識された６塩基長のヘキサマー（以下、「右上鎖」という。）、及び、右上鎖とともにヘキサマーペアを構成する６塩基長の補助ヘキサマー（以下、「右下鎖」という。）を用いていることが読み取れる。また、図示されるヌクレオチド配列からみて、当該ヘキサマーペアにあるオーバーハングのうち一方は、生成物の左下鎖の５’末端の３塩基に相補的であり、これらの４本のオリゴヌクレオチドはライゲーションされると、２７塩基長の相補部分を有する生成物となることが明らかである。 （２）甲２－２に記載された発明（甲２－２発明） 以上によれば、甲２－２には、次の発明（以下、「甲２－２発明」という。）が記載されていると認められる。 「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いた非常に短いオリゴヌクレオチドのアセンブリ方法であって、 該方法は、４本のオリゴヌクレオチドをＴ４ ＤＮＡリガーゼによりライゲーションすることを含み、ライゲーションされると、２７塩基長の相補部分を有する生成物となり、 前記４本のオリゴヌクレオチドは、２１塩基長でありかつ５’末端で固相支持体に結合するオリゴヌクレオチド（左上鎖）、２４塩基長であるオリゴヌクレオチド（左下鎖）、ＦＡＭにより３’末端が蛍光標識された６塩基長のヘキサマー（右上鎖）、及び、右上鎖とともにヘキサマーペアを構成する６塩基長の補助ヘキサマー（右下鎖）であり、 前記ヘキサマーペアは、両側に３塩基長のオーバーハングを有する３塩基対の二重鎖であり、当該オーバーハングのうち一方は、左下鎖の５’末端の３塩基に相補的である、方法。」 （３）対比 甲２－２発明において、「２７塩基長の相補部分を有する生成物」は、４本のオリゴヌクレオチドをライゲーションして得たものであり、しかも、左上鎖が固相支持体に結合し、右上鎖がＦＡＭに結合しているから、本件発明１における「１１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチド」に相当する。また、このことから、甲２－２発明において、非常に短いオリゴヌクレオチドを「アセンブリ」することとは、右上鎖及び右下鎖のような非常に短いオリゴヌクレオチドを、左上鎖及び左下鎖に対してライゲーションして上述の生成物を「製造」することに他ならないから、甲２－２発明における「アセンブリ方法」とは、「２７塩基長の相補部分を有する生成物」の「製造方法」ともいえる。そして、甲２－２発明において左上鎖、左下鎖、右上鎖、及び、右下鎖でなる「４本のオリゴヌクレオチド」は、いずれも、本件発明１の「オリゴヌクレオチド原料断片」に相当し、甲２－２発明の「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼ」は、本件発明１の「オリゴヌクレオチドリガーゼ」に相当する。 さらに、甲２－２発明について、本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）に関連する事項を整理すると以下のとおりである。 （２２ｉ）甲２－２発明の「４本のオリゴヌクレオチド」から生成物を生成するためにリガーゼにより連結されるべき箇所は、各鎖側中に１つずつ、生成物中に合計２つ存在すること。 （２２ｉｉ）甲２－２発明においてヘキサマーペアの両側にある「オーバーハング」は、本件発明１の「突出末端」に相当し、３塩基長であって、その一方は、左下鎖の５’末端の３塩基に相補的であること。 （２２ｉｉｉ）甲２－２発明においては、左上鎖は５’末端で固相支持体に結合しており、右上鎖は３’末端にＦＡＭが結合していること。 （２２ｉｖ）甲２－２発明における右上鎖の相補部分は６塩基長であるが、左上鎖では２１塩基長であり、左下鎖では２４塩基長であって、右下鎖の相補部分については、ヘキサマーペアにおける３塩基対の二重鎖部分にしか相補部分がないため、３塩基長であること。 （２２ｖ）甲２－２発明の左上鎖及び右上鎖の相補部分の塩基長の合計、及び、左下鎖及び右下鎖の相補部分の塩基長の合計は、いずれも２７塩基長であること。 そうすると、本件発明１と甲２－２発明との一致点及び相違点は、以下のとおりとなる。 ア 一致点 「１１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドの製造方法であって、 該方法は、合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼの存在下で処理して該修飾オリゴヌクレオチドを生成することを含み、 合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片は、該オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｖ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する、方法： （ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該修飾オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し； （ｉｉ）該修飾オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、かつ該突出末端が１～１０塩基長であり； （ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、修飾ヌクレオチドを含み、かつ （ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である。」 イ 相違点４ 本件発明１では、「断片連結部」が満たすべき条件（ｉｖ）として、「該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～１７塩基長の相補部分を含み」と特定されるのに対し、甲２－２発明における連結部は、右上鎖の相補部分は６塩基長であるが、左上鎖では２１塩基長であり、左下鎖では２４塩基長であり、右下鎖では３塩基長となるものである点。 （４）相違点４について まず、左上鎖及び左下鎖の相補部分の塩基長について検討すると、左上鎖及び左下鎖のヌクレオチド配列は甲２－２の図１及び図２に示されるいずれの試験系にも共通して使用されているものであり、また、左上鎖が固相支持体に結合されていること、及び、「考えられる全ての短いオリゴヌクレオチドの事前に構築されたライブラリーを用いて、多くの異なる遺伝子配列を構築する」手法を試験するためのものであることからみて、前記手法におけるいわば土台となる部分のオリゴヌクレオチドとして図１、図２の試験に共通して使用されている部分であることがみてとれるから、左上鎖及び左下鎖は、その土台にアセンブリされていくことになる前記「短いオリゴヌクレオチド」には含まれない別異の部分であることが理解できる。そして、甲２－２においては、図１、２の試験系における土台としての左上鎖、左下鎖の相補部分の塩基長について、短くすることは記載されていないし、その技術的意味が記載されるものでもないから、左上鎖及び左下鎖の相補部分の塩基長を短くする直接的な動機付けは見当たらない。 さらに検討すると、甲２－２においては、甲２－２の図１、２の試験結果を踏まえて、「オクタマーのライゲーションによるＤＮＡ合成戦略」（図３）に関する試験として、「４セットのオクタマーを用いた１２８マーの構築」について記載されており（第４頁左欄第３段落）、ここでは、「成長する中間断片を固定するための固体支持部は、ＢｂｓＩによる消化により、４４塩基のオーバーハングを残しながら、付着した断片をすべて切り離せるように設計された（図 ３ａ）。」（第４頁左欄第３段落）と記載されている。ここで、甲２－２発明において、固相支持体に結合される左上鎖及び左下鎖は、ここでいう「固相支持部」に対応するものである。そうすると、甲２－２発明における左上鎖及び左下鎖は、甲２－２の図３で示されるような使用態様とされることが示唆されるものであるといえ、そのような使用態様では、制限酵素ＢｂｓＩにより立体障害なく認識される部分が左上鎖及び左下鎖の中に存在しなくてはならないから、むしろ、左上鎖及び左下鎖は一定の塩基長が確保されるべきことが示唆されているといえる。甲２－２の図３からは必要な塩基長を具体的に読み取ることはできないものの、このような示唆を踏まえれば、なおさら、甲２－２には、甲２－２発明の左上鎖及び左下鎖の相補部分をあえて短くする動機付けはないというべきである。 次に、右下鎖の相補部分の塩基長について検討すると、甲２－２において図２に示される試験は、右上鎖及び右下鎖の条件を変更してライゲーション効率を比較するものであり、オーバーハングの塩基長について、４塩基長のもの（図２（ａ）、（ｂ））と、３塩基長のもの（図２（ｃ）、（ｄ））とで検討され、さらに、右上鎖と右下鎖の間で二重鎖を形成する部分の塩基長について、６塩基長のもの（図２（ａ）■、図２（ｃ）■）、４塩基長のもの（図２（ｂ）■）、及び、３塩基長のもの（図２（ｄ）■）で検討されているが、このうち、図２（ａ）～（ｃ）については、補助オリゴヌクレオチド（右下鎖に対応）の添加によりライゲーション効率が向上したことが記載され、図２（ｄ）については、（１）で述べたように対照（◆）と比べ、■は改善が限定的だったと記載されている（第３頁左欄第４段落～第４頁左欄第２段落）。そうすると、一見、図２（ｄ）に示される甲２－２発明のタイプより、図２（ａ）～（ｃ）に示されるタイプとすること、すなわち、右上鎖及び右下鎖の塩基長を甲２－２発明より一定程度長くすることが動機づけられているとみることもできる。 しかしながら、生成物の相補部分をみると、図２（ｄ）■では２７塩基長であるから、甲２－２発明の右上鎖及び右下鎖の相補部分の塩基長を単純に長くすると、生成物の相補部分が２７塩基長を超えることとなり、本件発明１の範囲外となる。また、生成物の相補部分に注目すると、図２（ａ）■では３１塩基長、図２（ｂ）■では２９塩基長、図２（ｃ）■では３０塩基長であるから、甲２－２発明に、図２（ａ）～（ｃ）の態様を組み合わせても本件発明１にはならない。仮に、右上鎖及び右下鎖の相補部分を長くする分、左上鎖及び左下鎖の相補部分を短くすることを考えても、左上鎖及び左下鎖の相補部分の塩基長について検討したとおり、甲２－２には、甲２－２発明の左上鎖及び左下鎖の相補部分を短くすることは動機づけられていない。 そうすると、甲２－２は、甲２－２発明において相違点４の構成を採用することが動機づけられているものではない。 これに対し、本件発明１は、３（２）で述べたとおり、本件発明１の課題であった、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いる、相補部分を含むオリゴヌクレオチドの効率的な製造方法を提供することを実現したものであり、特に、「効率的な製造」に関しては、本件明細書等の実施例１８（本エ、本オ）に示されるように、本件発明１は、相補部分２８塩基長のオリゴヌクレオチドを製造する際に比べて製造される修飾オリゴヌクレオチドにおける不純物Ｎ±１ｍｅｒの残存率が低下するという格別の効果が奏されるものである。 甲２－２には、このような効果に関する記載は見当たらない。 また、申立２で提出された他の証拠である甲２－１及び甲２－３～２－１０の全てをみても、上記の効果に関する記載は見当たらない。 そして、本件特許の優先日における技術常識としては、本件明細書等に、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いた場合に酵素縮合が可能か不明であったと記載される（本ア）とおりであると認められるところ、このような技術常識を踏まえれば、上記の効果はなおさら予測可能であるとはいえない。 そうすると、相違点４については、当業者が容易に想到し得たということはできない。 （５）小括 以上のとおり、本件発明１は、甲２－２に記載された発明ではない。また、甲２－２に記載された発明に甲２－１及び甲２－３～甲２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 さらに、本件発明２～１４は、いずれも本件発明１を引用するものであるから、本件発明１と同様の理由により、甲２－２に記載された発明ではないし、甲２－２に記載された発明に甲２－２～甲２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 したがって、申立２の申立理由４（甲２－２に基づく新規性）及び申立理由５（甲２－２を主引例とする進歩性）は、いずれも理由がない。 ７ 申立２の申立理由６及び７（甲２－３を主引例とする進歩性）について（１）甲２－３の記載事項 甲２－３（英文のため記載事項の認定は当審による日本語訳で記載する。）は、「選択された異なるオリゴヌクレオチドに基づく二本鎖ポリヌクレオチドの製造方法」に関する発明が記載されるものであり、「発明の背景」欄（第１頁第７行～第２頁第１２行）において、別々に合成された複数のオリゴヌクレオチドを接続することによりポリヌクレオチドを得るアプローチでは、完全に相補的ではないオリゴヌクレオチドがアニーリングされることにより、誤ったポリヌクレオチドが生成される可能性があるため、より長い配列を得るのが困難であったこと、特に全遺伝子やゲノム規模のポリヌクレオチドを正確に提供する手法に対する技術的ニーズは依然として高いこと等が記載されることからみて、甲２－３は、全遺伝子やゲノム規模のような長いポリヌクレオチドをエラー無く合成するための技術が開示されるものである。 このための技術として、甲２－３では、要するに、自己アセンブリ中に生じるエラーを軽減するように、ポリヌクレオチドへの自己アセンブリに適したオリゴヌクレオチド群を設計することを含む、ポリヌクレオチドを提供するための方法が開示され（第２頁第１４～１６行）、その方法は、「二本鎖ポリヌクレオチドに自己アセンブリする一本鎖オリゴヌクレオチドの群を同定する方法であって、該群は、複数のオーバーラップする相補的オリゴヌクレオチドを含み、相補的オリゴヌクレオチド間の各オーバーラップは、該群内の他のすべてのオーバーラップする相補的オリゴヌクレオチドの融解温度（Ｔｍ）とは異なる融解温度を有するように選択されている、方法。」（請求項１、第２頁第１７～２９行）というものである。 甲２－３では、上記の方法で提供される核酸のタイプは特に限定されず、キセノ核酸（ＸＮＡ）であることができることが記載され（第１０頁第２７～２９行）、キセノ核酸（ＸＮＡ）については、ＤＮＡ及びＲＮＡに対する人工的な代替物である合成核酸であり、ＤＮＡ及びＲＮＡと同様に情報保存ポリマーであるが、ＸＮＡは糖－リン酸骨格の構造においてＤＮＡ及びＲＮＡと異なることが記載されている（第１１頁第４～９行）。このことから、すなわち、製造される二本鎖ポリヌクレオチドや、一本鎖オリゴヌクレオチドを構成する核酸にキセノ核酸が含まれてもよいことが理解できる。 ライゲーションについては、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼ又はトポイソメラーゼで処理することができると記載されている（第２２頁第３～５行）。 また、甲２－３では、次に示す図１において、概念図として、９つのオリゴヌクレオチドからなる二重鎖ＤＮＡの例を示しながら、各鎖は複数の独立したオリゴヌクレオチドから構成されること、及び、例えば、オリゴヌクレオチドＡ２は、オリゴヌクレオチドＢ３及びＢ４とオーバーラップし、Ｂ３及びＢ４のそれぞれと相補領域を有することが説明されている（第１０頁第５～９行、第１２頁第２３～３０行）。 ［図：0001426843000023.jpg］ そして、実施例として、真核生物の緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）の遺伝子（７１７塩基長）について、所定の計算の結果、センス鎖を１０本のオリゴヌクレオチドに、アンチセンス鎖を９本のオリゴヌクレオチドに分割した例が記載されている（第２３頁第１行～第２６頁第６行）。 以上の記載からすれば、図１とそれに対応する説明は、二重鎖ＤＮＡからオリゴヌクレオチド群を設計する際に、どのように分割するかを説明するための概念図と理解すべきであり、図１に示されている４０塩基対の具体的な配列は、甲２－３で開示されている技術が適用される二本鎖ポリヌクレオチドの具体例でを意味するものではないことが、当業者に理解できる。 （２）甲２－３に記載された発明（甲２－３発明） 以上によれば、甲２－３には、次の発明（以下、「甲２－３発明」という。）が記載されていると認められる。 「選択された異なるオリゴヌクレオチドに基づく二本鎖ポリヌクレオチドの製造方法であって、 該方法は、自己アセンブリ中に生じるエラーを軽減するように、ポリヌクレオチドへの自己アセンブリに適したオリゴヌクレオチド群を設計することを含み、 その際には、該群は、複数のオーバーラップする相補的オリゴヌクレオチドを含み、相補的オリゴヌクレオチド間の各オーバーラップは、該群内の他のすべてのオーバーラップする相補的オリゴヌクレオチドの融解温度（Ｔｍ）とは異なる融解温度を有するように選択され、 ７１７塩基長のＧＦＰであれば、センス鎖で１０本、アンチセンス鎖で９本のオリゴヌクレオチド群を設計し、 前記二本鎖ポリヌクレオチド及びオリゴヌクレオチドを構成する核酸は、ＤＮＡ及びＲＮＡに対する人工的な代替物であるキセノ核酸が含まれてもよい、方法。」 （３）対比 甲２－３発明における「オリゴヌクレオチド」、「ポリヌクレオチド」及び「キセノ核酸」は、それぞれ、本件発明１における「オリゴヌクレオチド原料断片」、製造される「オリゴヌクレオチド」及び「修飾ヌクレオチド」に相当する。 さらに、甲２－３発明について、本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）に関連する事項を整理すると以下のとおりである。 （２３ｉ）甲２－３発明において、二本鎖ポリヌクレオチドからオリゴヌクレオチド群を設計する際に設けられ、二本鎖ポリヌクレオチドを製造する際にはライゲーションにより連結されることが明らかな連結部は、各鎖側中に複数設けられるが、その数については特定されておらず、二本鎖ポリヌクレオチドが７１７塩基長のＧＦＰであれば、センス鎖で９つ、アンチセンス鎖で８つ、合計１７存在していること。 （２３ｉｉ）甲２－３発明における「オーバーラップ」は、本件発明１の「突出末端」に相当し、その融解温度は、郡内の他のすべてのオーバーラップする相補的オリゴヌクレオチドの融解温度（Ｔｍ）とは異なるものとなるようにオーバーラップが設計されるものであって、「オーバーラップ」の塩基長は特定されていないこと。 （２３ｉｉｉ）甲２－３発明においては、オリゴヌクレオチドは、キセノ核酸が含まれてもよいこと。 （２３ｉｖ）甲２－３発明におけるオリゴヌクレオチドの相補部分の塩基長は特定されていないこと。 （２３ｖ）甲２－３発明のオリゴヌクレオチドの相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計は特定されていないこと。 そうすると、本件発明１と甲２－３発明との一致点及び相違点は、以下のとおりとなる。 ア 一致点 「オリゴヌクレオチドの製造方法であって、 該方法は、オリゴヌクレオチド原料断片を処理して該オリゴヌクレオチドを生成することを含み、 オリゴヌクレオチド原料断片は、該オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｉｉ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する、方法： （ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し；かつ （ｉｉ）該オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成される。」 イ 相違点５ 本件発明１では、製造される「オリゴヌクレオチド」の相補部分が「１１～２７塩基長」であり、かつ、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、「（ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である」ことが特定されるのに対し、甲２－３発明では、特定されていない点。 ウ 相違点６ 本件発明１では、製造される「オリゴヌクレオチド」が「修飾オリゴヌクレオチド」であって、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、「（ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、修飾ヌクレオチドを含（む）」ことが特定されるのに対し、甲２－３発明では、「ポリヌクレオチド」及び「オリゴヌクレオチド」は、それを構成する核酸に、ＤＮＡ及びＲＮＡに対する人工的な代替物であるキセノ核酸が含まれてもよいものであって、必ずしも含まれるものではない点。 エ 相違点７ 本件発明１では、オリゴヌクレオチド原料断片を処理するのが、「オリゴヌクレオチドリガーゼの存在下」であることが特定されるのに対し、甲２－３発明では、特定されていない点。 オ 相違点８ 本件発明１では、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、（ｉｉ）に関し、突出末端が「１～１０塩基長」であることが特定されるのに対し、甲２－３発明では、特定されていない点。 カ 相違点９ 本件発明１では、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、「（ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～１７塩基長の相補部分を含（む）」ことが特定されるのに対し、甲２－３発明では、特定されていない点。 （４）相違点５について 上記（１）で述べたように、甲２－３には、全遺伝子やゲノム規模のような長いポリヌクレオチドをエラー無く合成するための技術が開示されるものである。また、甲２－３の図１には、二重鎖ＤＮＡからオリゴヌクレオチド群を設計する際にどのように分割するかを説明するための概念図として４０塩基対の例が示されるものの、これは甲２－３に開示される技術が適用される二本鎖ポリヌクレオチドの具体例ではなく、そのような具体例としては７１７塩基長のＧＦＰの例である。 したがって、図１に４０塩基対の例が示されているとはいえ、甲２－３には、そのような短い二本鎖ポリヌクレオチドを製造することが示唆されているとは直ちにはいえないし、それにも増して、その４０塩基対より短い二本鎖ポリヌクレオチドを製造することについては、動機づけられているとはいえない。 そうすると、相違点２と同様に、相違点５についても、当業者が容易に想到し得たということはできない。 （５）小括 以上のとおり、相違点６～９について検討するまでもなく、本件発明１は、甲２－３に記載された発明に甲２－１、甲２－２及び甲２－４～２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 さらに、本件発明２～１４は、いずれも本件発明１を引用するものであるから、本件発明１と同様の理由により、甲２－３に記載された発明に甲２－１、甲２－２及び甲２－４～２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 したがって、申立２の申立理由６及び７（甲２－３を主引例とする進歩性）は、いずれも理由がない。 ８ 申立２の申立理由８及び９（甲２－４を主引例とする進歩性）について（１）甲２－４の記載事項 甲２－４（英文のため記載事項の認定は当審による日本語訳で記載する。）は、「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いた骨格修飾オリゴヌクレオチドの酵素的合成」と題する論文であり、「修飾オリゴヌクレオチドのライゲーション反応の効率を調べるための、３Ｍのベタインと１０％のＰＥＧ８０００存在下の小規模実験」を記載するものである（要約欄）。具体的には、この論文は、「プローブ、アプタマー、アプタザイム、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡの形態の診断剤や治療剤として有望な骨格修飾核酸」に注目したものであり（第１頁本文第１段落）、甲２－４の著者が、「最近、Ｔ４リガーゼを分子クラウディング状態下で用いて、より短い修飾核酸断片を結合することにより、より長い骨格修飾核酸断片の合成に関連する問題を回避できることを示した」ことを踏まえて、甲２－４において、「基本プロトコール１として、二重鎖中の２つのオリゴヌクレオチドをライゲーションするリガーゼの能力を評価することができる小規模ライゲーションを記載する」等し、「鋳型オリゴヌクレオチドに対向する隣接したオリゴヌクレオチドのライゲーションについて説明する」ものであることを、以下の図１を引用しながら記載している。（第２頁本文第２、３段落）。 ［図：0001426843000024.jpg］ そして、基本プロトコール１として、次の記載がある。 「骨格修飾オリゴヌクレオチドの小規模ライゲーション このプロトコールでは、１ｐｍｏｌのニックの入った骨格修飾オリゴヌクレオチド二本鎖のライゲーションについて説明する。このプロトコールは、高濃度のベタイン及びポリエチレングリコール（ＰＥＧ）８０００の存在下での修飾オリゴヌクレオチドに対するＴ４ ＤＮＡリガーゼの性能を確認するのに適している。この小規模反応は、ライゲーションをより大規模に実施する前に、反応条件を最適化し、プロトコールの変更を試験することが推奨される。 このプロトコールの例として、ＤＮＡ／２’－Ｏ－メチルＲＮＡの鋳型上に２’－Ｏ－メチルＲＮＡのアクセプターと２’－Ｏ－メチルＲＮＡ／ＤＮＡミックスマーのドナーをライゲーションする（表１）。他のオリゴヌクレオチドのライゲーションは、オリゴヌクレオチド配列を変化させることによって同様の方法で試験することができる。 この反応の設定は、付着性末端又は平滑末端さえも含む二重鎖のライゲーションに適合することができる。」（第２頁本文第４～６段落） 「表１ 基本プロトコール１におけるオリゴヌクレオチド配列ａ ［図：0001426843000025.jpg］ ａ２’－Ｏ－メチルＲＮＡ領域は、ｍで示され、括弧内に与えられている。アクセプターは、フルオロセインアミダイト（ＦＡＭ）標識を有する。ドナー及び鋳型は、不要なライゲーションを防ぐために３’－Ｃ３スペーサー（Ｃ３ｓｐ）で保護されている。ドナーは、５’－リン酸化（Ｐ）されている。」（第３頁表１） 上記具体例の配列では、その配列からみて、アクセプターが１４塩基長、ドナーが２０塩基長、鋳型が３４塩基長であり、アクセプター及びドナーは、鋳型に対して全ての塩基が相補部分となっている。 甲２－４では、これらのプロトコールが適用されるオリゴヌクレオチド基質の長さについて、好ましくは、「１０ヌクレオチドより長い」ことについても記載されている（第１５頁左欄第５段落）。 （２）甲２－４に記載された発明（甲２－４発明） 以上によれば、甲２－４には、次の発明（以下、「甲２－４発明」という。）が記載されていると認められる。 「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いた骨格修飾オリゴヌクレオチドの酵素的合成方法であって、 該方法は、３４塩基長の鋳型オリゴヌクレオチドに対向して隣接するオリゴヌクレオチドである１４塩基長のアクセプター及び２０塩基長のドナーをＴ４ ＤＮＡリガーゼでライゲーションすることを含み、 具体例として、以下に配列が示されるＤＮＡ／２’－Ｏ－メチルＲＮＡの鋳型上に２’－Ｏ－メチルＲＮＡのアクセプターと２’－Ｏ－メチルＲＮＡ／ＤＮＡミックスマーのドナーをライゲーションするものであり、 ［図：0001426843000026.jpg］ ここで、２’－Ｏ－メチルＲＮＡ領域が、ｍで示され、括弧内に与えられるものであり、アクセプターは、フルオロセインアミダイト（ＦＡＭ）標識を有し、ドナー及び鋳型は、３’－Ｃ３スペーサー（Ｃ３ｓｐ）で保護され、ドナーは、５’－リン酸化（Ｐ）されている、方法であり、 当該方法における反応の設定は、付着性末端又は平滑末端を含む二重鎖のライゲーションに適合することができるものである、方法。」 （３）対比 甲２－４発明における「骨格修飾オリゴヌクレオチド」、「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼ」及び「合成方法」は、それぞれ、本件発明１における「修飾オリゴヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチドリガーゼ」及び「製造方法」に相当する。また、甲２－４発明における「アクセプター」、「ドナー」及び「鋳型」は、いずれも、本件発明１の「オリゴヌクレオチド原料断片」に相当する。 甲２－４発明においては、反応の設定について、付着性末端又は平滑末端を含む二重鎖のライゲーションに適合することができるとされているが、そのような適合を行う場合に、付着性末端になる部分をアクセプター、ドナー又は鋳型のいずれに設けるのか、及び、本件発明１でいう「オリゴヌクレオチド原料断片」に対応するものが、どのような構成で何本存在することとなるかについては明らかではない。 さらに、甲２－４発明について、本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）に関連する事項を整理すると以下のとおりである。 （２４ｉ）甲２－４発明において、ライゲーションされる連結部は、アクセプターとドナーの間に１存在し、鋳型鎖には存在せず、骨格修飾オリゴヌクレオチド中には合計１つ存在すること。 （２４ｉｉ）甲２－４発明において、合成される「骨格修飾オリゴヌクレオチド」を前記連結部で分けた場合に、突出末端が形成されるといえるのか直ちには明らかではないが、強いて突出末端に対応する可能性がある部分を認定すれば、仮に、アクセプター及び鋳型とドナーとに分けた場合は、アクセプター及び鋳型側に、ドナーと結合する２０塩基長の突出末端が相補部分中に形成されるということもでき、ドナー及び鋳型とアクセプターとに分けた場合は、ドナー及び鋳型側に、アクセプターと結合する１４塩基長の突出末端が相補部分中に形成されるということもできること。 （２４ｉｉｉ）甲２－４発明においては、アクセプター、ドナー及び鋳型の全てに骨格修飾ヌクレオチドが含まれていること。 （２４ｉｖ）甲２－４発明におけるアクセプターの相補部分は１４塩基長、ドナーの相補部分は２０塩基長、鋳型の相補部分は３４塩基長であること。 （２４ｖ）甲２－３発明のアクセプター、ドナー及び鋳型の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計は３４塩基長であること。 そうすると、本件発明１と甲２－４発明との一致点及び相違点は、以下のとおりとなる。 ア 一致点 「修飾オリゴヌクレオチドの製造方法であって、 該方法は、オリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼの存在下で処理して該修飾オリゴヌクレオチドを生成することを含み、 オリゴヌクレオチド原理用断片は、該修飾オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉｉｉ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する、方法： （ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、修飾ヌクレオチドを含む。」 イ 相違点１０ 本件発明１では、「修飾オリゴヌクレオチド」の相補部分が「１１～２７塩基長」であり、かつ、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、「（ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である」ことが特定されるのに対し、甲２－４発明では、これらに対応する塩基長が３４塩基長である点。 ウ 相違点１１ 本件発明１では、オリゴヌクレオチド原料断片が、「合計４本以上」であるのに対し、甲２－４発明では、「アクセプター」、「ドナー」及び「鋳型」の３本である点。 エ 相違点１２ 本件発明１では、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、「（ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該修飾オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在」することが特定されるのに対し、甲２－４発明では、ライゲーションされる連結部は、アクセプターとドナーの間に１存在するが、鋳型鎖には存在せず、骨格修飾オリゴヌクレオチド中には合計１つ存在しか存在しないこと。 オ 相違点１３ 本件発明１では、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、（ｉｉ）に関し、突出末端が「１～１０塩基長」であることが特定されるのに対し、甲２－４発明では、突出末端が形成されるといえるのか直ちには明らかではなく、強い突出末端に対応する可能性がある部分を言及したとしても、アクセプター及び鋳型とドナーとに分けた場合に、アクセプター及び鋳型側に、ドナーと結合する２０塩基長の突出末端が相補部分中に形成されるということができ、ドナー及び鋳型とアクセプターとに分けた場合は、ドナー及び鋳型側に、アクセプターと結合する１４塩基長の突出末端が相補部分中に形成されるものということができるにとどまる点。 カ 相違点１４ 本件発明１では、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、「（ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～１７塩基長の相補部分を含（む）」ことが特定されるのに対し、甲２－４発明では、アクセプターの相補部分が１４塩基長であり、ドナーの相補部分が２０塩基長であり、鋳型の相補部分が３４塩基長であって、これら以外には原料はない点。 （４）相違点１１について 事案に鑑み、まず相違点１１について検討し、さらに相違点１０についても検討する。 上記（１）で述べたように、甲２－４は、その著者が、「最近、Ｔ４リガーゼを分子クラウディング状態下で用いて、より短い修飾核酸断片を結合することにより、より長い骨格修飾核酸断片の合成に関連する問題を回避できることを示した」ことを踏まえて、甲２－４において、「基本プロトコール１として、二重鎖中の２つのオリゴヌクレオチドをライゲーションするリガーゼの能力を評価することができる小規模ライゲーションを記載する」等し、「鋳型オリゴヌクレオチドに対向する隣接したオリゴヌクレオチドのライゲーションについて説明する」ものである。 したがって、甲２－４発明は、「２つのオリゴヌクレオチド」、すなわち、アクセプター及びドナー、並びに、それらと相補的な「鋳型オリゴヌクレオチド」の３本の原料となるオリゴヌクレオチドを用いて、アクセプターとドナーとをライゲーションすることを主眼とするプロトコールであると理解できる。 甲２－４には、「この反応の設定は、付着性末端又は平滑末端さえも含む二重鎖のライゲーションに適合することができる。」（第２頁本文第６段落）との記載が見られるが、付着性末端等に適合させる場合に、プロトコールをどのように適合させるのかについては記載が無いから、付着性末端になる部分をアクセプター、ドナー又は鋳型のいずれに設けるのか、及び、本件発明１でいう「オリゴヌクレオチド原料断片」に対応するものが、どのような構成で何本存在することとなるかについては明らかではない。 したがって、甲２－４発明において、本件発明１でいう「オリゴヌクレオチド原料断片」に対応するものを、「合計４本以上」とすることは、動機づけられていたとはいえない。 これに対し、本件発明１は、３（２）で述べたとおり、本件発明１の課題であった、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いる、相補部分を含むオリゴヌクレオチドの効率的な製造方法を提供することを、４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片を用いる場合において実現したものであり、特に、「効率的な製造」に関しては、本件明細書等の実施例１８（本エ、本オ）に示されるように、本件発明１は、相補部分２８塩基長のオリゴヌクレオチドを製造する際に比べて製造される修飾オリゴヌクレオチドにおける不純物Ｎ±１ｍｅｒの残存率が低下するという格別の効果が奏されるものである。 甲２－４には、このような効果に関する記載は見当たらない。 また、申立２で提出された他の証拠である甲２－１～甲２－３及び甲２－５の１～甲２－１０の全てをみても、上記の効果に関する記載は見当たらない。 そして、本件特許の優先日における技術常識としては、本件明細書等に、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いた場合に酵素縮合が可能か不明であったと記載される（本ア）とおりであると認められるところ、このような技術常識を踏まえれば、上記の効果はなおさら予測可能であるとはいえない。 よって、相違点１１については、当業者が容易に想到し得たということはできない。 （５）相違点１０について 上記（４）によれば、相違点１０について検討するまでもなく、本件発明１は、甲２－４に記載された発明に甲２－１～甲２－３及び甲２－５の１～２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえないとも結論づけられるが、相違点１０については、申立２において、甲２－５の１及び甲２－５の２を根拠に特に主張する点があるため、念のために検討する。 甲２－５の１は、「クラウディング条件下でＴ４ ＤＮＡリガーゼを用いたＸＮＡライゲーション」と題する論文であり、その著者に、甲２－４の著者３名全員が含まれ、かつ、甲２－４の中で、主要参考文献として記載されるものであって（第１７頁左欄第３段落、同頁右欄最下段落）。そして、甲２－５の２は、甲２－５の１に付随する補足資料である。 甲２－５の１及び甲２－５の２は、甲２－５の１の冒頭（第６４０８頁要約欄（太字部分））に記載されるように、従前、ライゲーション部位に複数の連続したＸＮＡヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドの酵素的結合について報告されていなかったところ、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼが、１０％ｗ／ｖのＰＥＧ８０００及び３Ｍのベタインの存在下で、２’ＯＭｅ－ＲＮＡ二重鎖、ＨＮＡ、ＬＮＡ及びＦＡＮＡの混合配列をライゲーションすることができたことを報告するものであり、具体的な実験方法は、甲２－５の２に記載されるように（第Ｓ３頁第４段落）、ライゲーション反応は、表Ｓ１に示されるドナー、アクセプター及び鋳型オリゴヌクレオチドが所定の最終濃度となるように所定の反応混合液中で混合されるものである。そして、甲２－５の１及び甲２－５の２を通じて、図示等される全ての実験データは、原料のオリゴヌクレオチドとしては、ドナー、アクセプター及び鋳型の３つを用いたものである（特に、甲２－５の１の図１～３、甲２－５の表Ｓ１～Ｓ３及び図Ｓ１～Ｓ５を参照。）。 そして、甲２－５の２の表Ｓ３（第Ｓ１０頁）には、「Ａ７－Ｄ８／Ｔ５」及び「Ａ７－Ｄ１１／Ｔ１８」として、いずれも、アクセプターが１２塩基長、ドナーが１０塩基長、鋳型が２２塩基長であり、表Ｓ１に示されるそれらヌクレオチド配列（第Ｓ５頁）からみてアクセプターとドナーの全てのヌクレオチドが鋳型に対して相補部分となっているものをライゲーションさせたところ、収率が前者で９４％、後者で９８％であったことが記載されている。 以上によれば、甲２－５の１及び甲２－５の２においては、確かに、アクセプターが１２塩基長、ドナーが１０塩基長、鋳型が２２塩基長という、甲２－４に比べて短い塩基長で実施したことがみてとれるが、その前提条件として、オリゴヌクレオチドとしては「アクセプター」、「ドナー」及び「鋳型」の３者しか用いていないものしか記載されておらず、本件発明１のようにオリゴヌクレオチド原料断片が４本以上の場合にどのようにすればよいかについて、記載はない。したがって、甲２－５の１及び甲２－５の２を考慮しても、甲２－４発明において、本件発明１でいう「オリゴヌクレオチド原料断片」に対応するものが４本以上の場合に、製造される骨格修飾オリゴヌクレオチドを「１１～２７塩基長の相補部分を含む」ものとすることについて動機付けがあるとはいえない。 また、甲２－５の２に表Ｓ３に記載される「収率」とは、本件明細書等における実施例１８で所定の計算式で定められた「不純物の残存率」とは異なるものであり、高い収率が、前記所定の計算式で定められた「不純物の残存率」が低いことを示すとは限らないし、その他に前記「不純物の残存率」を示唆する記載もないから、甲２－５の１及び甲２－５の２をみても、本件発明１で奏されている、相補部分２８塩基長のオリゴヌクレオチドを製造する際に比べて製造される修飾オリゴヌクレオチドにおける不純物Ｎ±１ｍｅｒの残存率が低下するという効果が予測可能であったという根拠は、何ら見当たらない。 したがって、甲２－５の１及び甲２－５の２を考慮しても、甲２－４発明において、相違点１０について当業者が容易に想到し得たことということはできない。 （６）小括 以上のとおり、相違点１２～１４について検討するまでもなく、本件発明１は、甲２－４に記載された発明に甲２－１～甲２－３及び甲２－５の１～甲２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 さらに、本件発明２～１４は、いずれも本件発明１を引用するものであるから、本件発明１と同様の理由により、甲２－４に記載された発明に甲２－１～甲２－３及び甲２－５の１～甲２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 したがって、申立２の申立理由８及び９（甲２－４を主引例とする進歩性）は、いずれも理由がない。 ９ 申立２の申立理由１０及び１１（甲２－９を主引例とする進歩性）について （１）甲２－９の記載事項 甲２－９（英文のため記載事項の認定は当審による日本語訳で記載する。）は、「ＰＥＧ化されたオリゴヌクレオチドの酵素的生成」と題する論文であり、「遺伝子治療、ｓｉＲＮＡ及び治療用アプタマー」のような「オリゴヌクレオチドベースの治療薬」に用いることを念頭に、「より好ましい薬物動態学的プロファイルを示すＰＥＧ化核酸」を得るために、活性化ＰＥＧの穏やかな化学反応による共有結合が広く使用されているが、この論文では「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いたＰＥＧ化核酸の酵素的な生成方法」を報告するとされるものである（要約欄）。 そのような方法として、甲２－９ではスキームとして以下の図１を示しながら、「ＰＥＧ－ドナーと呼ばれる短いＰＥＧ化オリゴヌクレオチド配列を、オリゴ－アクセプターと呼ばれる第２の二本鎖ＤＮＡへ、酵素的に結合することを通して、ＰＥＧ化二本鎖ＤＮＡ（ＰＥＧ－オリゴ）を得るために、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを採用した」ことが記載されている（第４３３頁左欄第２段落）。 ［図：0001426843000027.jpg］ そして、具体的な実験として、「より短いＰＥＧ－ドナーによるＰＥＧ化オリゴヌクレオチドの酵素的生成」について記載しており（第４３９頁左欄第２段落）、以下の図５Ａとともに、「ＰＥＧ２０ｋＤａ－Ｍａｌを９マーの５’－チオール修飾オリゴｓ（表１）にコンジュゲートして、短いＰＥＧ－ｓを得た。ＰＥＧ－ｓを１２マーのオリゴヌクレオチドｓ’にアニーリングして、オリゴ－アクセプターＡに結合する３ヌクレオチドのオーバーハングを有する短い二本鎖ＰＥＧ－Ｓ（表１参照）を得た。ＰＥＧ－Ｓ及びＡを、図５Ａに模式的に示すように、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼによって酵素的にライゲーションした。」と記載している。 ［図：0001426843000028.jpg］ そして、表１には、以下にその抜粋を示すとおり、「９マーの５’－チオール修飾オリゴ」の「ｓ」、「１２マーのオリゴヌクレオチド」の「ｓ’」、「オリゴアクセプター」の「Ａ」、及び、「オリゴアクセプターＡに結合する３塩基長のヌクレオチドオーバーハングを有する短い二本鎖」部分の「Ｓ」について、それぞれ、ヌクレオチド配列が示されている。 ［図：0001426843000029.jpg］ ・・・ ［図：0001426843000030.jpg］ （２）甲２－９に記載された発明（甲２－９発明） 以上によれば、甲２－９には、次の発明（以下、「甲２－９発明」という。）が記載されていると認められる。 「ＰＥＧ化されたオリゴヌクレオチドの酵素的生成方法であって、 該方法は、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いて、ＰＥＧ－ドナーと呼ばれる短いＰＥＧ化オリゴヌクレオチド配列を、オリゴ－アクセプターと呼ばれる第２の二本鎖ＤＮＡへ、酵素的に結合させて、ＰＥＧ化二本鎖ＤＮＡ（ＰＥＧ－オリゴ）を得ることを含み、 ＰＥＧ－ドナーとしては、９マーのオリゴ「ｓ」と、１２マーのオリゴヌクレオチド「ｓ’」をアニーリングして、３ヌクレオチドのオーバーハングを有する短い二本鎖ＰＥＧ－Ｓを用い、オリゴ－アクセプターとしては、１９マーの一本鎖アクセプターａと、１６マーのａに相補的な配列を有する一本鎖のａ’とからなるＰＥＧ－Ａを用いる、方法。」 （３）対比 甲２－９発明における「ｓ」、「ｓ’」、「ａ」及び「ａ’」は、いずれも、本件発明１における「オリゴヌクレオチド原料断片」に相当する。また、甲２－９発明における「ＰＥＧ化二本鎖ＤＮＡ（ＰＥＧ－オリゴ）」、「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼ」及び「生成方法」は、それぞれ、本件発明１における「修飾オリゴヌクレオチド」、「オリゴヌクレオチドリガーゼ」及び「製造方法」に相当する。 さらに、甲２－９発明について、本件発明１の条件（ｉ）～（ｖ）に関連する事項を整理すると以下のとおりである。 （２９ｉ）甲２－９発明において、ＰＥＧ化二本鎖ＤＮＡを生成する際にライゲーションにより連結されることが明らかな連結部は、「ａ」と「ｓ」との間に１つ、「ａ’」と「ｓ’」の間に１つ存在するから、各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、ＰＥＧ化二本鎖ＤＮＡ中に合計２つ存在すること。 （２９ｉｉ）甲２－９発明における「オーバーハング」は、本件発明１の「突出末端」に相当し、該「オーバーハング」は、そのヌクレオチド配列からみて、ＰＥＧ化二本鎖ＤＮＡの相補部分に形成されるものであり、３塩基長であること。 （２９ｉｉｉ）甲２－９発明においては、「ｓ」の５’末端においてＰＥＧ化されており、「ａ’」の５’末端においてＦＡＭが結合していること。 （２９ｉｖ）甲２－９発明において、「ｓ」の相補部分は９塩基長であり、「ｓ’」では１２塩基長であり、「ａ’」では１６塩基長であるが、「ａ」では１９塩基長であること。 （２９ｖ）甲２－３発明のオリゴヌクレオチドの相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計は２８塩基長であること。 そうすると、本件発明１と甲２－９発明との一致点及び相違点は、以下のとおりとなる。 ア 一致点 「修飾オリゴヌクレオチドの製造方法であって、 該方法は、合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼの存在下で処理して該修飾オリゴヌクレオチドを生成することを含み、 合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片は、該修飾オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｉｉｉ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する、方法： （ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該修飾オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し； （ｉｉ）該修飾オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、かつ該突出末端が１～１０塩基長であり；かつ （ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、修飾ヌクレオチドを含む。」 イ 相違点１５ 本件発明１では、製造される「オリゴヌクレオチド」の相補部分が「１１～２７塩基長」であり、かつ、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、「（ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である」ことが特定されるのに対し、甲２－９発明では、いずれも、２８塩基長である点。 ウ 相違点１６ 本件発明１では、オリゴヌクレオチド原料断片に関する条件として、「（ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～１７塩基長の相補部分を含（む）」ことが特定されるのに対し、甲２－３発明では、「ｓ」の相補部分は９塩基長であり、「ｓ’」では１２塩基長であり、「ａ’」では１６塩基長であるが、「ａ」では１９塩基長である点。 （４）相違点１５及び１６について 上記（１）で述べたように、甲２－９は、ＰＥＧ化核酸を得るためには、従前、活性化ＰＥＧの穏やかな化学反応による共有結合が広く使用されていたが、この論文では「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いたＰＥＧ化核酸の酵素的な生成方法」を報告するとしており、この点に主眼があるものである。 そして、甲２－９では、表１を参照しながら、速く効率的に所望のＰＥＧ化ＤＮＡを得るために、異なるＰＥＧ－ドナーや、オリゴ－アクセプターを使って反応を最適化したこと、ＰＥＧ－ドナーは、「（ｉ）Ｔ４ ＤＮＡリガーゼ活性に求められる基質長に関して、異なる長さのオリゴヌクレオチド配列」を採用して試験したことが記載されているが、表１の中で最も短いオリゴヌクレオチドは、上述の「ａ」、「ａ’」、「ｓ」及び「ｓ’」の組み合わせであり、これより短くすることについては甲２－９には記載がない。また、甲２－９では、当該最も短いオリゴヌクレオチドの組み合わせの試験結果について、ミスマッチ二量体の形成による二次産物の出現が観察されたこと等が記載されていることからみて（第４３９頁右欄第２段落、図５Ｂ、第４４０頁右欄第２段落）、より短いオリゴヌクレオチドの組み合わせにすることが暗に示唆されていると理解することもできない。 したがって、甲２－９発明について、ＰＥＧ化二本鎖ＤＮＡの相補部分の塩基長を短くすること、又は、「ａ」の塩基長を短くすること、のいずれについても動機づけられているということはできない。 そうすると、相違点２と同様に、相違点１５についても、当業者が容易に想到し得たということはできないし、同様の理由により、相違点１６についても、当業者が容易に想到し得たと言うことはできない。 （５）小括 以上のとおり、本件発明１は、甲２－９に記載された発明に甲２－１～甲２－８及び甲２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 さらに、本件発明２～１４は、いずれも本件発明１を引用するものであるから、本件発明１と同様の理由により、甲２－１～甲２－８及び甲２－１０の記載事項を組み合わせても当業者が容易に発明をすることができたものとはいえない。 したがって、申立２の申立理由１０及び１１（甲２－９を主引例とする進歩性）は、いずれも理由がない。 １０ 申立人の主張について 申立２においては、本件特許の設定登録前の審査中に本件特許の特許権者が主張した進歩性に関する意見の内容について、反論しているので、検討する。 申立２では、甲２－４（第１頁本文第１段落）等の記載を根拠に、「天然核酸ＤＮＡ及びＲＮＡと比較して、骨格修飾核酸が酵素的及び化学的により安定であり、さらに、相補的標的に対する増大した親和性を示すことができる」ことを教示するから、特許権者の「（ｂ）修飾されたオリゴヌクレオチド原料断片は相補的標的にアニールする能力が比較的低いと考えられている」との主張は明らかに根拠がない等と主張する（申立２における項目（１４－１６－２）） 確かに、甲２－４には、上述の記載がみられるが、上述の甲２－４の「天然核酸ＤＮＡ及びＲＮＡと比較して、骨格修飾核酸が・・・、相補的標的に対する増大した親和性を示すことができる」との記載は、オリゴヌクレオチド基質の鎖長の観点を含めた記載ではない。 これに対し、本件発明は、３．（２）アで述べたとおり、従前、「アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いた場合に酵素縮合が可能か不明であった」こと等を背景として、「アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いる、相補部分を含むオリゴヌクレオチドの効率的な製造方法を提供すること」を課題とするものであるところ、ここでいう「短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質」は、文言どおり、短鎖であり、かつ、修飾型塩基を含むという条件下であることを明記している。そして、短鎖であれば、相補部分が短くなる分、アニーリング能に低下が生じることは当業者の技術常識であり、その程度が、修飾型塩基を含むものとすることによる親和性の増大との関係で、本件発明における相補部分が１１～２７塩基長の場合にどの程度となるのかは、甲２－４には記載はない。 そうすると、本件特許明細書等で記載の「アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチド基質を原料として用いた場合に酵素縮合が可能か不明であった」という点は、甲２－４の記載と何ら矛盾するものではない。 したがって、当該主張は採用できない。 また、申立２においては、特許権者の進歩性に関する主張に対して、その他縷々反論しているが、進歩性欠如の申立理由に対しては、上記の５～９で述べたとおりであるし、効果の裏付けについては、上記の３でも述べたとおりであるから、いずれの主張も採用できない。 第５ むすび 以上のとおりであるから、いずれの特許異議の申立の理由及び証拠によっても、本件請求項１～１４に係る特許を取り消すことはできない。 また、他に本件請求項１～１４に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。 よって、特許法第１１４条第４項の規定により、本件請求項１～１４に係る特許について、結論のとおり決定する。