2025-700369

特許第７５６０４４７号発明「ＡＡＶトリプルプラスミドシステム」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。

結 論 特許第７５６０４４７号の特許請求の範囲を、訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項〔１～３３〕について訂正することを認める。 特許第７５６０４４７号の請求項１～３３に係る特許を維持する。

理 由 第１ 手続の経緯 １ 手続の経緯 特許第７５６０４４７号の請求項１～３３に係る特許（以下「本件特許」という。）についての出願は、令和１年１０月２４日（優先権主張 ２０１８年１０月２５日 （ＵＳ）米国）を国際出願日とする出願であって、令和６年９月２４日にその特許権の設定登録がされ、同年１０月２日に特許掲載公報が発行された。 その後、令和７年４月１日に、本件特許の請求項１～３３に係る特許に対して、特許異議申立人である川口結生（以下、「申立人」という。）により、特許異議の申立てがなされた。それ以降の手続の経緯は概ね次のとおりである。 令和７年 ７月１５日付け 取消理由通知書 同年１０月１４日 訂正請求書及び意見書の提出（特許権者） 同年１０月２１日付け 通知書（申立人宛） なお、申立人に令和７年１０月１４日に訂正請求があった旨の通知を送付し、期間を指定して意見を求めたが、申立人は、意見書を提出しなかった。 第２ 訂正の適否 １ 訂正の内容 令和７年１０月１４日提出の訂正請求書による訂正（以下「本件訂正」という。）における請求の趣旨の内容は、「特許第７５６０４４７号の特許請求の範囲を本訂正請求書に添付した訂正特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項１～３３について訂正することを求める」ものであり、その具体的内容は、次の訂正事項１～８のとおりである。なお、下線は訂正箇所を示す。 （１）訂正事項１ 特許請求の範囲の請求項１に、「（ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミド」と記載されているのを、「（ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミドであって、前記スタッファー配列は、配列番号９に対して少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む、導入遺伝子含有プラスミド」に訂正する（請求項１の記載を引用する請求項２～３３も同様に訂正する）。 （２）訂正事項２ 特許請求の範囲の請求項５に、「前記スタッファー配列が、１０００～５０００ヌクレオチド長の間の核酸配列または１０００～２０００ヌクレオチド長の間の核酸配列を含む」と記載されているのを、「前記スタッファー配列が、１０００～２０００ヌクレオチド長の間の核酸配列を含む」に訂正する（請求項５の記載を引用する請求項６～３３も同様に訂正する）。 （３）訂正事項３ 特許請求の範囲の請求項７に、「前記スタッファー配列が、配列番号９と少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含むかまたはからなる」と記載されているのを、「前記スタッファー配列が、配列番号９と少なくとも９０％の同一性を有する核酸からなる」に訂正する（請求項７の記載を引用する請求項９～３３も同様に訂正する）。 （４）訂正事項４ 特許請求の範囲の請求項１０に、「前記導入遺伝子含有プラスミドが、５’から３’の方向で、配列番号２、４、少なくとも１つの異種核酸、配列番号８、３、およびスタッファー配列の核酸配列を含み」と記載されているのを、「前記導入遺伝子含有プラスミドが、５’から３’の方向で、配列番号２、配列番号４、少なくとも１つの異種核酸、配列番号８、配列番号３、およびスタッファー配列の核酸配列を含み」に訂正する（請求項１０の記載を引用する請求項１１、１２、１５～３３も同様に訂正する）。 （５）訂正事項５ 特許請求の範囲の請求項１１に、「前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが５’ＩＴＲと３’ＩＴＲとの間に、ＤＮＡ力価タグをさらに含む」と記載されているのを、「前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが５’ＩＴＲと３’ＩＴＲとの間に、ＤＮＡ力価タグをさらに含み、前記ＤＮＡ力価タグは、配列番号１０または６１～７０の核酸配列のいずれか１つを含む」に訂正する（請求項１１の記載を引用する請求項１５～３３も同様に訂正する）。 （６）訂正事項６ 特許請求の範囲の請求項１２に、ａ）～ｄ）において、「ＤＮＡ力価タグをさらに含む」と記載されているのを、「ＤＮＡ力価タグをさらに含み」、「前記ＤＮＡ力価タグは、配列番号１０または６１～７０の核酸配列のいずれか１つを含む」に訂正する（請求項１２の記載を引用する請求項１５～３３も同様に訂正する）。 （７）訂正事項７ 特許請求の範囲の請求項１３に、「前記導入遺伝子含有プラスミドが、５’から３’の方向で、配列番号４３、４、少なくとも１つの異種核酸配列、配列番号８、３、およびスタッファー配列の核酸配列を含み」と記載されているのを、「前記導入遺伝子含有プラスミドが、５’から３’の方向で、配列番号４３、配列番号４、少なくとも１つの異種核酸配列、配列番号８、配列番号３、およびスタッファー配列の核酸配列を含み」に訂正する（請求項１３の記載を引用する請求項１４～３３も同様に訂正する）。 （８）訂正事項８ 特許請求の範囲の請求項１４に、「前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが５’ＩＴＲと３’ＩＴＲとの間に、ＤＮＡ力価タグをさらに含む」と記載されているのを、「前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが５’ＩＴＲと３’ＩＴＲとの間に、ＤＮＡ力価タグをさらに含み、前記ＤＮＡ力価タグは、配列番号１０または６１～７０の核酸配列のいずれか１つを含む」に訂正する（請求項１４の記載を引用する請求項１５～３３も同様に訂正する） ２ 一群の請求項について 訂正前の請求項１～３３について、請求項２～３３はそれぞれ請求項１を直接又は間接的に引用しているものであって、訂正事項１によって記載が訂正される請求項１に連動して訂正されるものである。 したがって、訂正前の請求項１～３３に対応する訂正後の請求項１～３３は、特許法第１２０条の５第４項に規定する一群の請求項である。 ３ 訂正の目的の適否、新規事項の有無、特許請求の範囲の拡張・変更の存否 （１）訂正事項１について ア 訂正の目的について 訂正前の請求項１に係る発明では、「スタッファー配列」に関して、導入遺伝子含有プラスミドが、ＩＴＲの外側にあるスタッファー配列を含むことのみを特定し、その配列については特定されていない。 これに対して、訂正後の請求項１は、「前記スタッファー配列は、配列番号９に対して少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む」と記載して、配列を特定することで、「スタッファー配列」を更に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。 イ 新規事項について 訂正事項１は、訂正前の請求項７に記載された事項に基づくものである。 したがって、訂正事項１は、本件特許の願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面（以下「本件特許明細書等」という。）に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。 ウ 特許請求の範囲の拡張・変更について 上記アから明らかなように、訂正事項１は、訂正前の請求項１に記載されていた「スタッファー配列」という発明特定事項を限定するものであり、訂正前の請求項１に記載された発明のカテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、または変更するものに該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。 （２）訂正事項２について ア 訂正の目的について 訂正前の請求項５に係る発明では、「前記スタッファー配列が、１０００～５０００ヌクレオチド長の間の核酸配列または１０００～２０００ヌクレオチド長の間の核酸配列を含む」と記載し、２つの範囲を択一的に記載していた。 訂正事項２は、訂正前の請求項５に択一的に記載されていた一方の範囲「１０００～５０００ヌクレオチド長の間の核酸配列」を削除するものであるとともに、「前記スタッファー配列」に含みうる核酸配列の上限を５０００ヌクレオチド長から２０００ヌクレオチド長まで減縮するものである。 したがって、訂正事項２は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。 イ 新規事項について 訂正事項２は、訂正前の請求項５、ならびに本件特許明細書等の段落【００９３】に記載された事項に基づくものである。 本件特許明細書等の段落【００９３】は、「ある実施形態において、スタッファー配列は、１０００～２０００ヌクレオチド長の間の核酸を含む。」と記載する。 したがって、訂正事項２は、本件特許明細書等に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。 ウ 特許請求の範囲の拡張・変更について 上記アから明らかなように、訂正事項２は、訂正前の請求項５に択一的に記載されていた一方の範囲「１０００～５０００ヌクレオチド長の間の核酸配列」を削除することで、訂正前の請求項５を減縮したものであり、当該訂正により訂正前の請求項５に記載された発明のカテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、または変更するものに該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。 （３）訂正事項３について ア 訂正の目的について 訂正事項３は、訂正前の請求項７において、「前記スタッファー配列が、配列番号９と少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含むかまたはからなる」と記載し、「含む」または「からなる」という２つの範囲を択一的に記載していた。 訂正事項３は、訂正前の請求項７に択一的に記載されていた一方の「含む」を削除するものであるとともに、「前記スタッファー配列が、配列番号９と少なくとも９０％の同一性を有する核酸からなる」と記載することで、「配列番号９と少なくとも９０％の同一性を有する核酸」にさらなる配列が付加される態様を除外し、「スタッファー配列」を更に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。 イ 新規事項について 訂正事項３は、訂正前の請求項７に記載された事項に基づくものである。 したがって、訂正事項３は、本件特許明細書等に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。 ウ 特許請求の範囲の拡張・変更について 上記アから明らかなように、訂正事項３は、「前記スタッファー配列は、配列番号９に対して少なくとも９０％の同一性を有する核酸からなる」と記載することで、「スタッファー配列」という発明特定事項を限定するものであり、当該訂正により訂正前の請求項７に記載された発明のカテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、または変更するものに該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。 （４）訂正事項４について ア 訂正の目的について 訂正事項４は、訂正前の請求項１０において、「配列番号２、４」、「配列番号８、３」と記載していたものを、それぞれ、「配列番号２、配列番号４」、「配列番号８、配列番号３」と記載することで、２の後ろに置かれた４及び８の後ろに置かれた３のそれぞれもまた配列番号であることを明確にしたものであり、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。 イ 新規事項について 訂正事項４は、本件特許明細書等の段落【００２２】等に記載された事項から自明な事項である。 本件特許明細書等の段落【００２２】は、「ある実施形態において、導入遺伝子含有プラスミドは、５’から３’の方向で、５’ＩＴＲ（例えば、配列番号２または４３）、プロモーター（例えば、配列番号４）、少なくとも１つの異種核酸配列、ポリＡ（ｐｏｌｙＡ）配列（例えば、配列番号８）、３’ＩＴＲ（例えば、配列番号３）、およびスタッファー配列（例えば、配列番号９）の核酸配列を含み」と記載する。 したがって、訂正事項４は、本件特許明細書等に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。 ウ 特許請求の範囲の拡張・変更について 上記アから明らかなように、訂正事項４は、配列番号であることを明確にしたものであり、実質的な内容の変更を伴うものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、または変更するものに該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。 （５）訂正事項５について ア 訂正の目的について 訂正前の請求項１１に係る発明では、「ＤＮＡ力価タグ」に関して、導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが５’ＩＴＲと３’ＩＴＲとの間に、ＤＮＡ力価タグをさらに含むことのみを特定し、その配列については特定されていない。 これに対して、訂正後の請求項１１は、「前記ＤＮＡ力価タグは、配列番号１０または６１～７０の核酸配列のいずれか１つを含む」と記載して、配列を特定することで、「ＤＮＡ力価タグ」を更に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。 イ 新規事項について 訂正事項５は、本件特許明細書等の段落【０１３１】及び【０１３２】に記載された事項から自明な事項である。 本件特許明細書等の段落【０１３１】は、「ある実施形態において、ＤＮＡ力価タグ配列は、約６０ヌクレオチド～約１００ヌクレオチド長（例えば、配列番号１０）であり、ヒトまたは標準的な実験動物に存在しない配列に基づいて設計される。」と記載し、【０１３２】は「ＤＮＡ力価タグをコードする核酸配列の非限定的な例には、配列番号６１～７０が含まれる。」と記載する。 したがって、訂正事項５は、本件特許明細書等に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。 ウ 特許請求の範囲の拡張・変更について 上記アから明らかなように、訂正事項５は、訂正前の請求項１１に記載されていた「ＤＮＡ力価タグ」という発明特定事項を限定するものであり、訂正前の請求項１１に記載された発明のカテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、または変更するものに該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。 （６）訂正事項６について ア 訂正の目的について 訂正前の請求項１２に係る発明では、「ＤＮＡ力価タグ」に関して、導入遺伝子含有プラスミドが、ＤＮＡ力価タグをさらに含むことのみを特定し、その配列については特定されていない。 これに対して、訂正後の請求項１２は、「前記ＤＮＡ力価タグは、配列番号１０または６１～７０の核酸配列のいずれか１つを含む」と記載して、配列を特定することで、「ＤＮＡ力価タグ」を更に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。 イ 新規事項について 訂正事項６は、本件特許明細書等の段落【０１３１】及び【０１３２】に記載された事項（上記の訂正事項５のイを参照）から自明な事項である。 したがって、訂正事項６は、本件特許明細書等に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。 ウ 特許請求の範囲の拡張・変更について 訂正事項６は、訂正前の請求項１２に記載されていた「ＤＮＡ力価タグ」という発明特定事項を限定するものであり、また訂正前の請求項１２に記載された発明のカテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、または変更するものに該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。 （７）訂正事項７について ア 訂正の目的について 訂正事項７は、訂正前の請求項１３において、「配列番号４３、４」、「配列番号８、３」と記載していたものを、それぞれ、「配列番号４３、配列番号４」、「配列番号８、配列番号３」と記載することで、４３の後ろに置かれた４及び８の後ろに置かれた３のそれぞれもまた配列番号であることを明確にしたものであり、特許法第１２０条の５第２項ただし書第３号に規定する明瞭でない記載の釈明を目的とするものである。 イ 新規事項について 訂正事項７は、本件特許明細書等の段落【００２２】等に記載された事項（上記の訂正事項４のイを参照）から自明な事項であるから、本件特許明細書等に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。 ウ 特許請求の範囲の拡張・変更について 上記アから明らかなように、訂正事項７は、配列番号であることを明確にしたものであり、実質的な内容の変更を伴うものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、または変更するものに該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。 （８）訂正事項８について ア 訂正の目的について 訂正前の請求項１４に係る発明では、「ＤＮＡ力価タグ」に関して、「導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが５’ＩＴＲと３’ＩＴＲとの間に、ＤＮＡ力価タグをさらに含む」ことのみを特定し、その配列については特定されていない。 これに対して、訂正後の請求項１４は、「前記ＤＮＡ力価タグは、配列番号１０または６１～７０の核酸配列のいずれか１つを含む」と記載して、配列を特定することで、「ＤＮＡ力価タグ」を更に限定するものであるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。 イ 新規事項について 訂正事項８は、本件特許明細書等の段落【０１３１】及び【０１３２】に記載された事項（上記の訂正事項５のイを参照）から自明な事項であるから、本件特許明細書等に記載した事項の範囲内の訂正であり、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項に適合するものである。 ウ 特許請求の範囲の拡張・変更について 上記アから明らかなように、訂正事項８は、訂正前の請求項１４に記載されていた「ＤＮＡ力価タグ」という発明特定事項を限定するものであり、訂正前の請求項１４に記載された発明のカテゴリーや対象、目的を変更するものではないから、実質上特許請求の範囲を拡張し、または変更するものに該当せず、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項に適合するものである。 ４ 独立特許要件 本件特許異議の申立ては、訂正前の請求項１～３３全てに対してされているので、訂正を認める要件として、特許法第１２０条の５第９項において読み替えて準用する特許法第１２６条７項に規定する独立特許要件は課されない。 ５ 小括 以上のとおりであるから、本件訂正請求による訂正は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号及び第３号に掲げる事項を目的とするものであり、かつ、同条第９項において準用する特許法第１２６条第５項及び第６項の規定に適合する。 したがって、特許請求の範囲を、訂正請求書に添付された特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項〔１～３３〕について訂正することを認める。 第３ 訂正後の本件発明 本件訂正請求により訂正された請求項１～３３に係る発明（以下、請求項１～３３に係る発明を、それぞれ「本件発明１」～「本件発明３３」という。）は、訂正特許請求の範囲の請求項１～３３に記載された次の事項により特定されるとおりのものである。 本件発明１ 「組換えアデノ随伴ウイルスベクター（ｒＡＡＶ）の産生のためのプラスミドシステムであって、以下の３つのプラスミド： （ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミドであって、前記スタッファー配列は、配列番号９に対して少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む、導入遺伝子含有プラスミド； （ｉｉ）ＡＡＶの複製（Ｒｅｐ）遺伝子配列とキャプシド（Ｃａｐ）遺伝子配列 とを含むプラスミド；および （ｉｉｉ）アデノウイルス（Ａｄ）ヘルパープラスミド； を含み、前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きい、プラスミドシステム。」 本件発明２ 「前記スタッファー配列は、導入遺伝子含有プラスミドがｒＡＡＶキャプシドにパッケージングされないように、前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンのサイズを増加させる、請求項１に記載のプラスミドシステム。」 本件発明３ 「前記スタッファー配列が、エンハンサー、プロモーター、スプライシング制御因子、ノンコーディングＲＮＡ、アンチセンス配列、コード配列、またはそれらの任意の組み合わせを欠いている、請求項１または２に記載のプラスミドシステム。」 本件発明４ 「前記スタッファー配列が、ヒトゲノムに見られる不活性なイントロンＤＮＡ配列を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明５ 「前記スタッファー配列が、１０００～２０００ヌクレオチド長の間の核酸配列を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明６ 「前記スタッファー配列が、ＧＡＰＤＨイントロン２、そのフラグメント、またはその変異体を含む、請求項１～５のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明７ 「前記スタッファー配列が、配列番号９と少なくとも９０％の同一性を有する核酸からなる、請求項６に記載のプラスミドシステム。」 本件発明８ 「前記スタッファー配列が、配列番号９またはそのフラグメントを含むかまたはからなる、請求項６に記載のプラスミドシステム。」 本件発明９ 「前記少なくとも１つの異種核酸が、ｅＧＦＰ導入遺伝子および／またはＳＥＡＰ導入遺伝子を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明１０ 「前記導入遺伝子含有プラスミドが、５’から３’の方向で、配列番号２、配列番号４、少なくとも１つの異種核酸、配列番号８、配列番号３、およびスタッファー配列の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその核酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、請求項１～８のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明１１ 「前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが５’ＩＴＲと３’ＩＴＲとの間に、ＤＮＡ力価タグをさらに含み、前記ＤＮＡ力価タグは、配列番号１０または６１～７０の核酸配列のいずれか１つを含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明１２ 「前記導入遺伝子含有プラスミドが、 ａ）ｉ）３’ＩＴＲの上流でかつポリＡ配列の下流、またはｉｉ）３’ＩＴＲの上流でかつ少なくとも１つの異種核酸配列の下流；またはｉｉｉ）５’ＩＴＲの下流でかつ少なくとも１つの異種核酸配列の上流；またはｉｖ）５’ＩＴＲの下流でかつ少なくとも１つの異種核酸配列のプロモーターの上流；またはｖ）５’ＩＴＲの下流でかつ３’ＩＴＲの上流に、ＤＮＡ力価タグをさらに含み； ｂ）ｉ）配列番号３の上流でかつ配列番号８の下流；またはｉｉ）配列番号３の上流でかつ少なくとも１つの異種核酸配列の下流；またはｉｉｉ）配列番号２の下流でかつ少なくとも１つの異種核酸配列の上流；またはｉｖ）配列番号２の下流でかつ配列番号４の上流；またはｖ）配列番号２の下流でかつ配列番号３の上流に、ＤＮＡ力価タグをさらに含み； ｃ）ｉ）３’ＩＴＲの上流でかつポリＡ配列の下流、またはｉｉ）３’ＩＴＲの上流でかつ少なくとも１つの異種核酸配列の下流；またはｉｉｉ）５’ＩＴＲの下流でかつ少なくとも１つの異種核酸配列の上流；またはｉｖ）５’ＩＴＲの下流でかつ少なくとも１つの異種核酸配列のプロモーターの上流；またはｖ）５’ＩＴＲの下流でかつ３’ＩＴＲの上流に、ＤＮＡ力価タグをさらに含み；またはｄ）ｉ）配列番号３の上流でかつ配列番号８の下流；またはｉｉ）配列番号３の上流でかつ少なくとも１つの異種核酸配列の下流；またはｉｉｉ）配列番号４３の下流でかつ少なくとも１つの異種核酸配列の上流；またはｉｖ）配列番号４３の下流でかつ配列番号４の上流；またはｖ）配列番号４３の下流でかつ配列番号３の上流に、ＤＮＡ力価タグをさらに含み、 前記ＤＮＡ力価タグは、配列番号１０または６１～７０の核酸配列のいずれか１つを含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明１３ 「前記導入遺伝子含有プラスミドが、５’から３’の方向で、配列番号４３、配列番号４、少なくとも１つの異種核酸配列、配列番号８、配列番号３、およびスタッファー配列の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその核酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、請求項１～８のいずれか一項に記載のプラスミドシステム」 本件発明１４ 「前記導入遺伝子含有プラスミドが、発現カセットの外側であるが５’ＩＴＲと３’ＩＴＲとの間に、ＤＮＡ力価タグをさらに含み、前記ＤＮＡ力価タグは、配列番号１０または６１～７０の核酸配列のいずれか１つを含む、請求項１３記 載のプラスミドシステム。」 本件発明１５ 「ａ）前記ＡＡＶ Ｒｅｐ遺伝子配列が、ＡＡＶ血清型２、５、８、９、またはそれらのハイブリッドに由来する； ｂ）前記ＡＡＶ Ｃａｐ遺伝子配列が、ＡＡＶ血清型２、５、８、９、またはそれらのハイブリッドに由来する； ｃ）Ｒｅｐ遺伝子配列およびＣａｐ遺伝子配列を含むプラスミドがプロモーターをさらに含む； ｄ）前記プロモーターがＡＡＶプロモーターである； ｅ）前記プロモーターがＡＡＶ Ｐ５プロモーターである；および／または ｆ）前記Ａｄヘルパープラスミドが、Ｅ１ａ、Ｅ１ｂ、Ｅ２ａ、Ｅ４ｏｒｆ６、またはＶＡ ＲＮＡから選択される１つまたは複数のアデノウイルス遺伝子を含む、請求項１～１４のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明１６ 「前記Ａｄヘルパープラスミドが、５’から３’の方向で、配列番号１８、１７、１６、および２０の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその核酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する配列で置換することができる、請求項１～１５のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明１７ 「前記Ａｄヘルパープラスミドが、５’から３’の方向で、配列番号２１、１６、３９、４０、２２、２３、および２０の核酸配列を含み、各核酸配列は、その対応する機能的フラグメントもしくは誘導体、またはその核酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する配列で置換することができまたはそれをコードする、請求項１～１５のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明１８ 「前記Ａｄヘルパープラスミドが、配列番号１４と少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明１９ 「前記Ａｄヘルパープラスミドが、配列番号１５と少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明２０ 「前記異種核酸が、ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質をコードする目的の異種遺伝子である、請求項１～１９のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明２１ 「前記ペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質が、酵素、抗体、ＭＨＣ分子、Ｔ細胞受容体、Ｂ細胞受容体、アプタマー、アビマー、受容体結合リガンド、ターゲティングペプチド、治療薬、または遺伝子編集分子である、請求項２０に記載のプラスミドシステム。」 本件発明２２ 「前記異種核酸が、アンチセンス、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ＥＧＳ、ｇＲＮＡ、ｓｇＲＮＡ、リボザイム、またはアプタマーなどの核酸配列である、請求項１～２１のいずれか一項に記載のプラスミドシステム。」 本件発明２３ 「請求項１～２２のいずれか一項に記載のプラスミドシステムを含む宿主細胞。」 本件発明２４ 「請求項２３に記載の宿主細胞によって産生された組換えアデノ随伴ウイルスベクター（ｒＡＡＶ）調製物。」 本件発明２５ 「請求項１～２２のいずれか一項に記載のプラスミドシステムで細胞に形質導入し、さらにｒＡＡＶを単離することを含む、組換えアデノ随伴ウイルスベクター（ｒＡＡＶ）を製造する方法。」 本件発明２６ 「請求項２５に記載の方法によって製造された組換えアデノ随伴ウイルスベクター（ｒＡＡＶ）調製物。」 本件発明２７ 「請求項１～２２のいずれか一項に記載のプラスミドシステムを含む医薬組成物。」 本件発明２８ 「請求項２４または請求項２６に記載のｒＡＡＶ調製物を含む医薬組成物。」 本件発明２９ 「ｉｎ ｖｉｔｒｏで核酸配列を対象の細胞に送達または移送する方法であって、細胞に請求項２４または請求項２６に記載のｒＡＡＶ調製物を接触させ、それによって核酸配列を細胞に送達することを含む、方法。」 本件発明３０ 「請求項２４または請求項２６に記載のｒＡＡＶ調製物を含む、核酸配列を対象の細胞に送達または移送するための組成物。」 本件発明３１ 「前記対象の細胞が培養中であるか、または対象に存在する、請求項３０に記載の組成物。」 本件発明３２ 「対象における疾患または障害を処置または予防するための組成物であって、請求項１～２２のいずれか一項に記載のプラスミドシステム、あるいは請求項２４または請求項２６に記載のｒＡＡＶ調製物を含む、組成物。」 本件発明３３ 「宿主細胞に請求項２４または請求項２６に記載のｒＡＡＶ調製物を接触させることを含む、ｉｎ ｖｉｔｒｏで宿主細胞に形質導入する方法。」 第４ 取消理由通知書に記載した取消理由について １ 取消理由の概要 本件訂正前の請求項１～５及び９～３３に係る特許に対して、当審が令和７年 ７月１５日付けで特許権者に通知した取消理由の要旨は、次のとおりである。 （１）訂正前の請求項１１、１２及び１４に係る発明について 請求項１１、１２及び１４に係る発明は、その特許請求の範囲の記載が特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものであるから、当該請求項１１、１２及び１４に係る特許は、取り消されるべきものである（以下、「取消理由１－１」という。）。 （２）訂正前の請求項１～３及び２３～２６に係る発明について 請求項１～３及び２３～２６に係る発明は、甲第１号証に記載された発明であって、特許法第２９条１項３号に該当するから、当該請求項１～３及び２３～２６に係る特許は、特許法第２９条１項の規定に違反してされたものであり、取り消されるべきものである（以下「取消理由１－２」という。）。 また、そうでなくても、請求項１～３及び２３～２６に係る発明は、甲第１号証に記載された発明に基いて、当業者が容易に想到することができたものであるから、当該請求項１～３及び２３～２６に係る特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してされたものであり、取り消されるべきものである（以下、「取消理由１－３」という。）。 （３）訂正前の請求項４、５、９、１０、１３、１５～２２及び２７～３３に係る発明について 請求項４及び５に係る発明は甲第１号証及び甲第８号証に記載された発明に基いて、請求項９、１０、１５、１７～２２及び２７～３３に係る発明は甲第１号証に記載された発明に基いて、請求項１３に係る発明は甲第１号証及び甲第６号証に記載された発明に基いて、並びに請求項１６に係る発明は甲第１号証及び甲第１０号証に記載された発明に基いて、当業者が容易に想到することができたものであるから、当該請求項４、５、９、１０、１３、１５～２２及び２７～３３に係る特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してされたものであり、取り消されるべきものである（以下、「取消理由１－４」という。）。 （４）取消理由で引用した証拠について 甲第１号証：国際公開２０１２／１５８７５７号 甲第６号証：Drug Delivery System 22-6, p.643-650,2007 甲第８号証：特表２０１６－５１７２７８号公報 甲第１０号証：特許第４４７３３４６号公報 ２ 甲号証の記載 （１）甲第１号証について 甲第１号証には、以下のア～エが記載されている（下線は当審が付した。）。 ア 「一態様において、p618プラスミドにより運ばれる導入遺伝子を含む組換えアデノ随伴ウイルス(AAV)を生成するには、RepおよびCapタンパク質によるAAVヘルパー機能、ならびにアデノウイルスE2A、E4および VA遺伝子の産物によって提供されるアデノウイルスヘルパー機能が必要である。一つの方法では、p618プラスミドを、AAVヘルパー機能を提供するプラスミドとともに、アデノウイルス感染ヒト胚腎臓293(293)細胞に同時導入する。別の方法では、293細胞に3つのプラスミドをトランスフェクションする。すなわち、導入遺伝子を含むp618と、AAVヘルパー機能を提供するプラスミドと、E2A、E4、VAの3つのアデノウイルス遺伝子を提供することで野生型(wt)アデノウイルスの代わりとなり、ウイルス複製を可能にする第3のプラスミドとである。第2の方法では、野生型アデノウイルス感染を回避できるという利点があり、アデノウイルスが存在しないと推定されるrAAV調製品が得られる。Shi et al,VirologyJ.,6:3(January 2009)を参照。」（15頁5～16行） イ 「 ［図：0001435187000001.jpg］ 」（5’ITR、3’ITR、λファージ由来のスタッファー配列を備えたAAVプロウイルスプラスミド（p618）（図３）） ウ 「実施例3:rAAVの生産 上記実施例2で考察したように、固有の制限酵素Not1とおよびBamHIでp618を消化した後、ポリリンカーに挿入することにより、49ヌクレオチドCMVエンハンサー/CMV-CBAハイブリッドプロモーターの制御下でヒトRod由来錐体変異因子１はp618に導入される。この導入遺伝子挿入後、プロウイルスプラスミドはp625と称した。 プロウイルスプラスミドp625は、安定したrepおよびcapを発現する宿主パッケージング細胞株B-50(国際特許出願公開第W099/15685号)に、アデノウイルスEl、E2a、およびE40RF6のDNAとともに同時導入される。プロウイルスプラスミドからの遺伝子発現カセットは、ヨードキサノール勾配精製に続いてヘパリンセファロースアガロースカラムクロマトグラフィーを用いて、AAV粒子にパッケージングされる。ベクターの力価は感染中心アッセイを用いて決定する。AAV-hRdCVFlウイルス調製物を調製し、所望の全量とする。」（23頁31行～24頁10行） エ 「別の実施形態では、プラスミドのバックボーンは、p618で例示されるようなスタッファー配列(図2および3参照)などのスタッファー配列をさらに含む。スタッファー配列は、バックボーンを拡大するために使用される非コード配列である。スタッファー配列は、そのウイルス由来の機能的要素を含まない。スタッファー配列は、遺伝子を転写せず、プロモーターも含まない。p618の場合、スタッファーはラムダファージ由来の5.1kbの配列である。スタッファーはプロウイルスプラスミドのサイズを8kbよりも大きいサイズに増大させる。スタッファーは、4.7kbの容量しかないrAAVキャプシドにバックボーン(すなわち組換えAAVゲノムの外側の全配列)がパッケージングされるのを防止する。」（13頁21～28行） 上記イ及びエからみて、甲第１号証には、λファージ由来の5.1 kbのスタッファー配列を有し、甲第１号証の図３に示される構造を有するp618プラスミドが記載されているといえる。 そして、上記アからみて、甲第１号証には、当該p618プラスミドにより運ばれる導入遺伝子を含む組換えAAVを生成するために、導入遺伝子を含むp618プラスミドと、RepおよびCapタンパク質によるAAVヘルパー機能を提供するプラスミドと、E2A、E4、VAの３つのアデノウイルス遺伝子を提供することでウイルス複製を可能にする第3のプラスミドとを293細胞にトランスフェクションすることが記載されている。 また、上記ウからみて、甲第１号証には、当該p618プラスミドを制限酵素Not1とBamHIで消化し、当該部位にヒトRod由来錐体変異因子１遺伝子を導入したp625プラスミドを、安定したrepおよびcapを発現する細胞株B-50に、アデノウイルスEl、E2a、およびE40RF6のDNAとともに同時導入し、AAV粒子にパッケージングすることが記載されており、甲第１号証には、p618プラスミドの5’ITRと3’ITRの間の領域に遺伝子を導入して、当該遺伝子をAAV粒子にパッケージングできることが具体的に示されているといえる。 以上からみて、甲第１号証には、次の発明（以下「甲１発明」という。）が記載されていると認められる。 「p618プラスミドにより運ばれる導入遺伝子を含む組換えAAVを生成するために、293細胞にトランスフェクションされる以下の３つのプラスミド： （ｉ）導入遺伝子を含むp618プラスミド、 （ｉｉ）Repおよび Capタンパク質によるAAVヘルパー機能を提供するプラスミド、 （ｉｉｉ）E2A、E4、VAの３つのアデノウイルス遺伝子を提供することでウイルス複製を可能にする第3のプラスミド」 ３ 当審の判断 上記１の各取消理由についての当審の判断は次のとおりである。 （１）本件発明１１、１２及び１４の取消理由１－１について 取消理由１－１は、具体的には、「ＤＮＡ力価タグ」に何が含まれるかが不明であるというものであったところ、上記第２の１の（５）、（６）及び（８）の訂正事項により、当該「ＤＮＡ力価タグ」は、本件特許明細書等の段落【０１３１】及び【０１３２】に「ＤＮＡ力価タグ」として具体的に記載されている配列番号１０または６１～７０の核酸配列に限定されたため、本件発明１１、１２及び１４に係る発明の範囲は明確となった。 よって、取消理由１－１は理由がない。 （２）本件発明１～３及び２３～２６の取消理由１－２と取消理由１－３について ア 甲１発明 上記２で認定したとおり、甲１発明は以下のとおりである。 「p618プラスミドにより運ばれる導入遺伝子を含む組換えAAVを生成するために、293細胞にトランスフェクションされる以下の３つのプラスミド： （ｉ）導入遺伝子を含むp618プラスミド、 （ｉｉ）Repおよび Capタンパク質によるAAVヘルパー機能を提供するプラスミド、 （ｉｉｉ）E2A、E4、VAの３つのアデノウイルス遺伝子を提供することでウイルス複製を可能にする第3のプラスミド」 イ 対比 本件発明１と甲１発明とを対比する。 甲１発明の「p618プラスミド」は、5’ITR、3’ITR、λファージ由来の5.1kbのスタッファー配列を備えたAAVプロウイルスプラスミドであって、当該スタッファー配列は「p618プラスミド」の、5’ITRと3’ITRの間の領域の外側にあり（上記２イの図３）、当該「5’ITR」、「3’ITR」、「λファージ由来の5.1kbのスタッファー配列」は本件発明１の「５’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）」、「３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）」、「それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列」にそれぞれ相当するから、本件発明１の「（ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、プラスミド」に相当する。 甲１発明の「導入遺伝子を含むp618プラスミド」は、甲第１号証の記載からみて、p618プラスミドの5’ITRと3’ITRの間の領域に導入遺伝子を含むものであるから、当該導入遺伝子は、本件発明１の「５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する異種核酸」に相当する。 以上からみて、甲１発明の「p618プラスミド」は、本件発明１の「（ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミドであって、前記スタッファー配列は、配列番号９に対して少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む、導入遺伝子含有プラスミド」と、「（ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミド」である限りにおいて一致する。 甲１発明の「Repおよび Capタンパク質によるAAVヘルパー機能を提供するプラスミド」は、本件発明１の「（ｉｉ）ＡＡＶの複製（Ｒｅｐ）遺伝子配列とキャプシド（Ｃａｐ）遺伝子配列とを含むプラスミド」に相当する。 甲１発明の「E2A、E4、VAの３つのアデノウイルス遺伝子を提供することでウイルス複製を可能にする第3のプラスミド」は「アデノウイルスヘルパー機能を有する」から、本件発明１の「（ｉｉｉ）アデノウイルス（Ａｄ）ヘルパープラスミド」に相当する。 甲１発明の「p618プラスミド」のバックボーンは、λファージ由来の5.1kbのスタッファー配列を含み、5.1kbは野生型ＡＡＶゲノムの4.7kbより大きいことから、本件発明１の「前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きい」に相当する。 甲１発明は、p618プラスミドにより運ばれる導入遺伝子を含む組換えAAVを生成するために複数のプラスミドを有するものであるから、本件発明１の「組換えアデノ随伴ウイルスベクター（ｒＡＡＶ）の産生のためのプラスミドシステム」に相当する。 以上からみて両者は、 「組換えアデノ随伴ウイルスベクター（ｒＡＡＶ）の産生のためのプラスミドシステムであって、以下の３つのプラスミド： （ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミド； （ｉｉ）ＡＡＶの複製（Ｒｅｐ）遺伝子配列とキャプシド（Ｃａｐ）遺伝子配列とを含むプラスミド；および （ｉｉｉ）アデノウイルス（Ａｄ）ヘルパープラスミド；を含み、 前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きい、プラスミドシステム。」である点で一致し、「スタッファー配列」が、本件発明１は、「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものであるのに対して、甲１発明は「λファージ由来の5.1kbのスタッファー配列」である点で相違する。 ウ 判断 本件発明１における「配列番号９」は、本件特許明細書等の表３の記載からみて、「ＧＡＤＰＨ」に由来するものと認められるところ、甲第１号証には、甲１発明の「λファージ由来の5.1kbのスタッファー配列」以外に、スタッファー配列について、「スタッファー配列は、バックボーンを拡大するために使用される非コード配列である。スタッファー配列は、そのウイルス由来の機能的要素を含まない。スタッファー配列は、遺伝子を転写せず、プロモーターも含まない。p618の場合、スタッファーはラムダファージ由来の5.1kbの配列である。」（上記２エ）と記載されているが、ＧＡＰＤＨ由来のものを使用することは記載されていない。 そして、本件優先日当時の技術常識を参酌しても、「スタッファー配列」である「バックボーンを拡大するために使用される非コード配列」として、世の中に数多く知られている「非コード配列」として、ＧＡＰＤＨ由来のものを採用する動機付けは見いだせない。 そうすると、甲第１号証の記載からでは、ＧＡＤＰＨに由来する「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものを「スタッファー配列」として使用することを当業者が容易に想到し得たとはいえない。 エ 小括 以上からみて、本件発明１は、甲第１号証に記載された発明とはいえず、また、甲第１号証に記載された発明に基いて、当業者が容易に想到することができたものとはいえない。 本件発明１を直接又は間接的に引用し、かつ本件発明１をさらに限定するというべき本件発明２、３及び２３～２６についても同様である。 よって、取消理由１－２と取消理由１－３は理由がない。 （３）本件発明４、５、９、１０、１３、１５～２２及び２７～３３の取消理由１－４について 上記（２）で述べたとおり、本件発明１は、甲第１号証に記載された発明とはいえず、甲第１号証に記載された発明に基いて、当業者が容易に想到することができたものでもない。 また、甲第６号証及び甲第１０号証には、「スタッファー配列」について記載も示唆もなく、甲第８号証の請求項２には、「フィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列」との記載はあるものの、ＧＡＰＤＨ由来のものを「スタッファー配列」として使用することについて記載も示唆もされていない。 そうすると、甲第１号証、甲第６号証、甲第８号証及び甲第１０号証の記載からでは、ＧＡＤＰＨに由来する「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものを「スタッファー配列」として使用することを当業者が容易に想到し得たとはいえない。 本件発明１を直接又は間接的に引用し、かつ本件発明１をさらに限定するというべき本件発明４、５、９、１０、１３、１５～２２及び２７～３３も、甲第１号証、甲第６号証、甲第８号証及び甲第１０号証に記載された発明に基いて、当業者が容易に想到することができたものとはいえない。 よって、取消理由１－４は理由がない。 （４）まとめ 以上のとおり、取消理由１－１～１－４は理由がない。 第５ 取消理由通知において採用しなかった特許異議申立理由について １ 取消理由通知において採用しなかった特許異議申立理由 訂正前の請求項１～３３に係る特許に対して、申立人が特許異議申立書において申立てたが、当審が取消理由通知において採用しなかった特許異議申立理由の要旨は、次の（１）～（３）のとおりと認める（以下、（１）～（３）の順に「申立理由１」～「申立理由３」という。）。 （１）申立理由１（特許法第２９条第１項） ア 申立理由１－１ 訂正前の請求項９～１２及び１４～１６は、甲第１号証に記載されているか、又は記載されているに等しい事項であるから、特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないものである（以下、「申立理由１－１」という。）。 ア 申立理由１－２ 訂正前の請求項１～３、５、９、１１、１２、１５、１６、２３～２６、２９及び３３は、甲第２号証に記載されているか、又は記載されているに等しい事項であるから、特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないものである（以下、「申立理由１－２」という。）。 イ 申立理由１－３ 訂正前の請求項１～２、１６、２３～２６及び３０～３２は、甲第３号証に記載されているか、又は記載されているに等しい事項であるから、特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないものである（以下、「申立理由１－３」という。）。 ウ 申立理由１－４ 訂正前の請求項１～２、１６、２３～２６、２８及び３０～３２は、甲第４号証に記載されているか、又は記載されているに等しい事項であるから、特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないものである（以下、「申立理由１－４」という。）。 エ 申立理由１－５ 訂正前の請求項１～２、１６及び２３～２６は、甲第５号証に記載されているか、又は記載されているに等しい事項であるから、特許法第２９条第１項第３号の規定により特許を受けることができないものである（以下、「申立理由１－５」という。）。 （２）申立理由２（特許法第２９条第２項） ア 申立理由２－１ 訂正前の請求項２～８、１１～１４及び１６～３３は、甲第１号証（主引例）、甲第２号証～甲第６号証、甲第８号証及び甲第１０号証の記載から当業者が容易に想到できたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。（以下、「申立理由２－１」という。）。 イ 申立理由２－２ 訂正前の請求項１～９、１１～１３及び１５～３３は、甲第２号証（主引例）、甲第１号証、甲第３号証～甲第６号証、甲第８号証及び甲第１０号証の記載から当業者が容易に想到できたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。（以下、「申立理由２－２」という。）。 ウ 申立理由２－３ 訂正前の請求項１～８、１３及び１６～３２は、甲第３号証（主引例）、甲第１号証、甲第２号証、甲第４号証～甲第８号証及び甲第１０号証の記載から当業者が容易に想到できたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。（以下、「申立理由２－３」という。）。 エ 申立理由２－４ 訂正前の請求項１～８、１３及び１６～３２は、甲第４号証（主引例）、甲第１号証～甲第３号証、甲第５号証～甲第８号証及び甲第１０号証の記載から当業者が容易に想到できたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。（以下、「申立理由２－４」という。）。 オ 申立理由２－５ 訂正前の請求項１～８、１３及び１６～３２は、甲第５号証（主引例）、甲第１号証～甲第４号証、甲第６号証～甲第８号証及び甲第１０号証の記載から当業者が容易に想到できたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。（以下、「申立理由２－５」という。）。 カ 申立理由２－６ 訂正前の請求項１は、甲第６号証（主引例）、甲第８号証及び甲第９号証の記載から当業者が容易に想到できたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。（以下、「申立理由２－６」という。）。 キ 申立理由２－７ 訂正前の請求項１は、甲第７号証（主引例）、甲第８号証及び甲第９号証の記載から当業者が容易に想到できたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものである。（以下、「申立理由２－７」という。）。 （３）申立理由３（特許法第３６条第４項第１号） 本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載は、訂正前の請求項１～３３を当業者が特許発明を実施できる程度に明確かつ十分に記載されておらず、特許法第３６条第４項第１項の規定により特許を受けることができないものである。 （４）証拠 甲第１号証：国際公開２０１２／１５８７５７号 甲第２号証：特表２０１８－５１５１０２号公報 甲第３号証：Molecular Therapy vol. 16 no.3, p. 458-465, march 2008 甲第４号証：Molecular Therapy vol.17 no.1, p. 144-152, jan. 2009 甲第５号証：Molecular Therapy Vol. 7, No. 5, S348, May 2003 甲第６号証：Drug Delivery System 22-6, p.643-650,2007 甲第７号証：Molecular Therapy Vol. 12, No. 4, p. 744-753, October 2005 甲第８号証：特表２０１６－５１７２７８号公報 甲第９号証：Gene Therapy 15, 840-848, 2008 甲第１０号証：特許第４４７３３４６号公報 ２ 当審の判断 上記１の各申立理由についての当審の判断は次のとおりである。 （１）申立理由１－１～１－５（特許法第２９条第１項）と申立理由２－１～２－７（特許法第２９条第２項） ア 甲第１号証の記載に基づく新規性、進歩性について（申立理由１－１と申立理由２－１） （ア） 甲第１号証について 上記第４の２（１）のとおりである。 （イ） 対比 上記第４の３（２）のイのとおりである。 （ウ） 判断 上記第４の３（２）のウのとおり、甲第１号証には、スタッファー配列について、ＧＡＰＤＨ由来のものを使用することは記載されておらず、甲第１号証の記載からでは、ＧＡＤＰＨに由来する「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものを「スタッファー配列」として使用することを当業者が容易に想到し得たとはいえない。 また、甲第２号証～甲第６号証、甲第８号証及び甲第１０号証にも、ＧＡＰＤＨ由来の「スタッファー配列」について記載も示唆もなく、本件優先日当時の技術常識を参酌しても、ＧＡＰＤＨに由来する「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものを採用する動機付けは見いだせないから、本件発明１は、甲１発明、甲第２号証～甲第６号証、甲第８号証及び甲第１０号証に記載の発明並びに本件優先日当時の技術常識から当業者といえども容易に想到し得たことではない。 （エ） 小括 以上からみて、本件発明１は、甲第１号証に記載された発明とはいえず、本件発明１を直接又は間接的に引用し、かつ本件発明１をさらに限定するというべき本件発明９～１２及び１４～１６についても同様である。 また、本件発明１は、甲第１号証～甲第６号証、甲第８号証及び甲第１０号証に基いて、当業者が容易に想到することができたものともいえない。 本件発明１を直接的又は間的に引用し、かつ本件発明１をさらに限定するというべき本件発明２～８、１１～１４及び１６～３３についても同様である。 よって、申立理由１－１と申立理由２－１は理由がない。 イ 甲第２号証の記載に基づく新規性、進歩性について（申立理由１－２と申立理由２－２） （ア） 甲第２号証について 甲第２号証の実施例１の【００７３】及び図１には、スペーサー１－ＡＡＶ２ ＩＴＲ１－ＣＭＶ－βグロビンイントロン－ＧＦＰ－βグロビンｐＡ－ＡＡＶ２ ＩＴＲ２－スペーサー２－ｏｒｉＣ－ＫａｎＲの構成要素を含む、pAAV-CMV-GFPベクターが得られたことが記載されている。 甲第２号証の【００７４】には、精製したスペーサーベクターを、ＡＡＶヘルパーベクターおよびアデノウイルスヘルパーベクターとともにＨＥＫ２９３細胞にＣａＰＯ４トランスフェクションによって共トランスフェクションしたことが記載されている。 甲第２号証の【００７５】には、ＡＡＶ２／８スペーサーを含むウイルス粒子を形質導入した細胞と、ＡＡＶ２／８スペーサーを含まないウイルス粒子を形質導入した細胞で、夾雑ｏｒｉＣまたはＫａｎＲ核酸の割合が前者（１％）では後者（３％）よりも低いことが記載されている。 甲第２号証の【００４５】には、ＡＡＶ粒子は、約４．７Ｋｂの核酸分子のためのパッケージング能力を有する。ＡＡＶ粒子にパッケージングされる核酸分子中に、長さ約３．０Ｋｂの所望の異種ポリヌクレオチドが挿入される場合、第１のスペーサーおよび／または第２のスペーサーは、長さ約２．０Ｋｂであり得る。したがって、異種ポリヌクレオチドと第１のスペーサーまたは第２のスペーサーとは、合わせて長さ約５．０Ｋｂ～８．０Ｋｂの長さを有するであろうことが記載されている。 上記からみて、甲第２号証には、ＡＡＶ粒子を産生するために、pAAV-CMV-GFPベクター、ＡＡＶヘルパーベクター、アデノウイルスヘルパーベクターをＨＥＫ２９３細胞に共トランスフェクションしたこと、が記載されている。 以上からみて、甲第２号証には、次の発明（以下「甲２発明」という。）が記載されていると認められる。 「ＡＡＶ粒子を産生するための以下の３つのベクター： （ｉ）スペーサー１－ＡＡＶ２ ＩＴＲ１－ＣＭＶ－βグロビンイントロン－ＧＦＰ－βグロビンｐＡ－ＡＡＶ２ ＩＴＲ２－スペーサー２－ｏｒｉＣ－ＫａｎＲの構成要素を含む、pAAV-CMV-GFPベクター； （ｉｉ）ＡＡＶヘルパーベクター；および （ｉｉｉ）アデノウイルスヘルパーベクター」 （イ） 対比 本件発明１と甲２発明とを対比する。 甲２発明の「pAAV-CMV-GFPベクター」は、ＣＭＶに由来する異種ポリヌクレオチドであるβグロビンイントロンが末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接して挿入されるものであり、ＩＴＲの外側にスペーサー２を含むものであり、スペーサー２は本件発明１の「スタッファー配列」に相当するから、異種ポリヌクレオチドが挿入されたpAAV-CMV-GFPベクターは、本件発明１の「（ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミド」に相当する。 甲２発明の「ＡＡＶヘルパーベクター」は、本件優先日当時の技術常識を参酌すると、本件発明１の「（ｉｉ）ＡＡＶの複製（Ｒｅｐ）遺伝子配列とキャプシド（Ｃａｐ）遺伝子配列とを含むプラスミド」に相当する。 甲２発明の「アデノウイルスヘルパーベクター」は、本件発明１の「（ｉｉｉ）アデノウイルス（Ａｄ）ヘルパープラスミド」に相当する。 甲２発明の「pAAV-CMV-GFPベクター」のスペーサーは、異種ポリヌクレオチドと第１のスペーサーまたは第２のスペーサーとは、合わせて長さ約５．０Ｋｂ～８．０Ｋｂの長さを有するものであり、野生型ＡＡＶゲノムの4.7kbより大きいことから、本件発明１の「前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きい」に相当する。 甲２発明は、pAAV-CMV-GFPベクターにより運ばれる異種ポリヌクレオチドを含む組換えAAVを生成するために複数のプラスミドを有するものであるから、本件発明１の「組換えアデノ随伴ウイルスベクター（ｒＡＡＶ）の産生のためのプラスミドシステム」に相当する。 以上からみて両者は、 「組換えアデノ随伴ウイルスベクター（ｒＡＡＶ）の産生のためのプラスミドシステムであって、以下の３つのプラスミド： （ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミド； （ｉｉ）ＡＡＶの複製（Ｒｅｐ）遺伝子配列とキャプシド（Ｃａｐ）遺伝子配列とを含むプラスミド；および （ｉｉｉ）アデノウイルス（Ａｄ）ヘルパープラスミド；を含み、 前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きい、プラスミドシステム。」である点で一致し、「スタッファー配列」が、本件発明１は、「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものであるのに対して、甲２発明は、本件発明１のような特定がない点で相違する。 （ウ） 判断 本件発明１における「配列番号９」は、本件特許明細書等の表３の記載からみて、「ＧＡＤＰＨ」に由来するものと認められるところ、甲第２号証には、スタッファー配列であるスペーサーとして、ＧＡＰＤＨ由来のものは記載されておらず、甲第１号証、甲第３号証～甲第６号証、甲第８号証及び甲第１０号証にも、ＧＡＰＤＨ由来の「スタッファー配列」について記載も示唆もなく、本件優先日当時の技術常識を参酌しても、ＧＡＰＤＨに由来する「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものを採用する動機付けは見いだせないから、本件発明１は、甲２発明、甲第１号証、甲第３号証～甲第６号証、甲第８号証及び甲第１０号証に記載の発明並びに本件優先日当時の技術常識から当業者といえども容易に想到し得たことではない。 （エ） 小括 以上からみて、本件発明１は、甲第２号証に記載された発明とはいえず、本件発明１を直接又は間接的に引用し、かつ本件発明１をさらに限定するというべき本件発明２、３、５、９、１１、１２、１５、１６、２３～２６、２９及び３３についても同様である。 また、本件発明１は、甲第１号証～甲第６号証、甲第８号証及び甲第１０号証に基いて、当業者が容易に想到することができたものともいえない。 本件発明１を直接的又は間接的に引用し、かつ本件発明１をさらに限定するというべき本件発明２～９、１１～１３及び１５～３３についても同様である。 よって、申立理由１－２と申立理由２－２は理由がない。 ウ 甲第３号証の記載に基づく新規性、進歩性について（申立理由１－３と申立理由２－３） （ア） 甲第３号証について 甲第３号証の458頁左欄1～4行目には、レーバー先天性黒内障（LCA）のRPE65型の動物モデルにおいて、最適化されたアデノ随伴ウイルス（AAV; AAV2.RPE65）を用い、その安全性と有効性を評価したことが記載されている。 甲第３号証の458頁右欄下から4行目～459頁左欄5行目には、AAV2.RPE65の導入遺伝子は、翻訳開始部位で操作された改変Kozak配列を有する、1.6キロ塩基(kb)のヒトRPE65相補的DNA(cDNA)から構成され、ベクターには、AAV逆方向反復配列からの逆方向パッケージング(すなわち、非導入遺伝子を含む)ベクターを防ぐために、長い(6.9kb)スタッファー配列が、含まれたことが記載されている。 甲第３号証の464頁左欄39-43行目には、ウイルスはHEK293細胞のトリプルトランスフェクションの後、Center for Cellular and Molecular Therapeuticsによって製造され、単離及び精製されたことが記載されている。 以上からみて、甲第３号証には、次の発明（以下「甲３発明」という。）が記載されていると認められる。 「ＡＡＶを産生するためのトリプルトランスフェクションに使用するための、翻訳開始部位で操作された改変Kozak配列を有する、1.6キロ塩基(kb)のヒトRPE65相補的DNA(cDNA)から構成され、AAV逆方向反復配列からの逆方向パッケージングを防ぐために、長い(6.9kb)スタッファー配列が含まれたベクター」 （イ） 対比 本件発明１と甲３発明とを対比する。 本件発明１は、ＡＡＶを産生するために用いる３つのプラスミドが、 （ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミドであって、前記スタッファー配列は、配列番号９に対して少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む、導入遺伝子含有プラスミド； （ｉｉ）ＡＡＶの複製（Ｒｅｐ）遺伝子配列とキャプシド（Ｃａｐ）遺伝子配列とを含むプラスミド；および （ｉｉｉ）アデノウイルス（Ａｄ）ヘルパープラスミド； で特定され、 前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいことも特定されているが、甲３発明は、トリプルトランスフェクションに使用するものなので、３つのベクターを用いるといえるところ、明らかなのは上記ベクターのみであって、他の２つのベクターは不明な点、で相違する。 （ウ） 判断 甲第３号証には、導入遺伝子含有プラスミド（本件発明１の（ｉ）に対応）に関して、「AAV2.RPE65の導入遺伝子は、翻訳開始部位で操作された改変Kozak配列を有する、1.6キロ塩基(kb)のヒトRPE65相補的DNA(cDNA)から構成され、ベクターには、AAV逆方向反復配列からの逆方向パッケージング(すなわち、非導入遺伝子を含む)ベクターを防ぐために、長い(6.9kb)スタッファー配列が、含まれた」との記載があり、長い(6.9kb)スタッファー配列は野生型ＡＡＶゲノムの4.7kbより大きいことから、導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいものであるとはいえるが、スタッファー配列として、ＧＡＰＤＨ由来のものは記載されておらず、甲第１号証、甲第２号証、甲第４号証～甲第８号証及び甲第１０号証にも、ＧＡＰＤＨ由来の「スタッファー配列」について記載も示唆もなく、本件優先日当時の技術常識を参酌しても、ＧＡＰＤＨに由来する「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものを「スタッファー配列」として採用する動機付けは見いだせないから、本件発明１は、甲３発明及び甲第１号証、甲第２号証、甲第４号証～甲第８号証及び甲第１０号証に記載の発明並びに本件優先日当時の技術常識から当業者といえども容易に想到し得たことではない。 （エ） 小括 以上からみて、本件発明１と甲３発明は、本件発明１の（ｉ）に対応する導入遺伝子含有プラスミドの構成において相違し、この点は甲第１号証～甲第２号証、甲第４号証～甲第８号証及び甲第１０号証に記載の発明並びに本件優先日当時の技術常識から当業者といえども容易に想到し得たことではないから、両者のその他の相違点について検討するまでもなく、本件発明１は、甲第３号証に記載された発明とはいえず、また、甲第１号証～甲第８号証及び甲第１０号証に基いて、当業者が容易に想到することができたものともいえない。 本件発明１を直接的又は間接的に引用し、かつ本件発明１をさらに限定するというべき本件発明２～８、１３及び１６～３２についても同様である。 よって、申立理由１－３と申立理由２－３は理由がない。 エ 甲第４号証の記載に基づく新規性、進歩性について（申立理由１－４と申立理由２－４） （ア） 甲第４号証について 甲第４号証は血友病治療用AAVベクターの製造に関し、144頁左欄17-21行目には、臨床ベクター中のキャプシドに入れられるDNA不純物を最小にするために、AAVのパッケージング限界を超えるバックボーンを有するベクター（cis）産生プラスミドを使用したことが記載されている。 また、AAVベクターの生成は、３つのプラスミドを用いたHEK293細胞（150頁左48行目）へのヘルパーウイルスを含まないトランスフェクションにより行ったこと、14個のAAVベクターロットがさらに製造され、分析されたこと、ヒト凝固第IX因子を発現する8個のAAV2および2個のAAV6ベクターロット(AAV-hFIX)は、～4,700 ntであるAAVのパッケージング限界を超える6,980bp バックボーンを含むベクタープラスミドを用いて作製されたこと（150頁左53行目）が記載されている。 以上からみて、甲第４号証には、次の発明（以下「甲４発明」という。）が記載されていると認められる。 「AAVのパッケージング限界を超える6,980bpバックボーンを有するベクタープラスミドを含む、ＡＡＶを産生するための３つのプラスミド」 （イ） 対比 本件発明１と甲４発明とを対比する。 本件発明１は、ＡＡＶを産生するために用いる３つのプラスミドが、 （ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミドであって、前記スタッファー配列は、配列番号９に対して少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む、導入遺伝子含有プラスミド； （ｉｉ）ＡＡＶの複製（Ｒｅｐ）遺伝子配列とキャプシド（Ｃａｐ）遺伝子配列とを含むプラスミド；および （ｉｉｉ）アデノウイルス（Ａｄ）ヘルパープラスミド； で特定され、 前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいことも特定されているが、甲４発明は、ベクタープラスミドのバックボーンが6,980bpであることは特定されているものの、３つのプラスミドが具体的にどのようなものであるかは不明である点、で相違する。 （ウ） 判断 甲４発明はベクタープラスミドのバックボーンが6,980bpであることが特定されており、また、甲第４号証には、導入遺伝子含有プラスミドに関して、「臨床ベクター中のキャプシドに入れられるDNA不純物を最小にするために、AAVのパッケージング限界を超えるバックボーンを有するベクター（cis）産生プラスミドを使用した」との記載があることから、甲４発明のベクタープラスミド、すなわち、本件発明１の「導入遺伝子含有プラスミド」に対応するプラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいものであるとはいえるが、当該バックボーンがスタッファー配列を含むこと、スタッファー配列として、ＧＡＰＤＨ由来のものは記載されておらず、甲第１号証～甲第３号証、甲第５号証～甲第８号証及び甲第１０号証にも、ＧＡＰＤ由来の「スタッファー配列」について記載も示唆もなく、本件優先日当時の技術常識を参酌しても、ＧＡＰＤＨに由来する「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものを「スタッファー配列」として採用する動機付けは見いだせないから、本件発明１は、甲４発明及び甲第１号証～甲第３号証、甲第５号証～甲第８号証及び甲第１０号証に記載の発明並びに本件優先日当時の技術常識から、当業者といえども容易に想到し得たことではない。 （エ） 小括 以上からみて、本件発明１と甲４発明は、本件発明１の（ｉ）に対応する導入遺伝子含有プラスミドの構成において相違し、この点は甲第１号証～甲第３号証、甲第５号証～甲第８号証及び甲第１０号証に記載の発明並びに本件優先日当時の技術常識から当業者といえども容易に想到し得たことではないから、両者のその他の相違点について検討するまでもなく、本件発明１は、甲第４号証に記載された発明とはいえず、また、甲第１号証～甲第８号証及び甲第１０号証に基いて、当業者が容易に想到することができたものともいえない。 本件発明１を直接的又は間接的に引用し、かつ本件発明１をさらに限定するというべき本件発明２～８、１３及び１６～３２についても同様である。 よって、申立理由１－４と申立理由２－４は理由がない。 オ 甲第５号証の記載に基づく新規性、進歩性について（申立理由１－５と申立理由２－５） （ア） 甲第５号証について 甲第５号証の論文の題目は「トリプルトランスフェクションによって産生された組換えアデノ随伴ウイルス粒子への宿主細胞およびプラスミドDNAのパッケージング」であり、甲第５号証の本文の第3～7行目には、AAV-hFIX16は、ヒトα-1アンチトリプシン（hAAT）プロモーターの制御下にヒト凝固因子IXのコード配列を含む組換えAAV2ベクターであり、HEK293細胞の３つのプラスミドのトランスフェクションにより産生され、本文の第7～9行目には、ベクタープラスミドの逆方向パッケージングは、約7000塩基対のオーバーサイズのプラスミドバックボーンを使用することにより排除されたこと、甲第５号証の本文の第27～29行目には、パッケージング限界までアデノウイルスのヘルパープラスミドやrep/capをコードするプラスミド配列よりも、ベクタープラスミド配列の優先的（2～5倍）なパッケージングが観察されたことが記載されている。 以上からみて、甲第５号証には、次の発明（以下「甲５発明」という。）が記載されていると認められる。 「約7000塩基対のオーバーサイズのプラスミドバックボーンを有するベクタープラスミドを含む、ＡＡＶを産生するための３つのプラスミド」 （イ） 対比 本件発明１と甲５発明とを対比する。 本件発明１は、ＡＡＶを産生するために用いる３つのプラスミドが、 （ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミドであって、前記スタッファー配列は、配列番号９に対して少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む、導入遺伝子含有プラスミド； （ｉｉ）ＡＡＶの複製（Ｒｅｐ）遺伝子配列とキャプシド（Ｃａｐ）遺伝子配列とを含むプラスミド；および （ｉｉｉ）アデノウイルス（Ａｄ）ヘルパープラスミド； で特定され、 前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいことも特定されているが、甲５発明は、ベクタープラスミドが約7000塩基対のオーバーサイズのプラスミドバックボーンを有することは特定されているものの、３つのプラスミドが具体的にどのようなものであるかは不明である点、で相違する。 （ウ） 判断 甲第５号証には、導入遺伝子含有プラスミド（本件発明１の（ｉ）に対応）に関して、「ベクタープラスミドの逆方向パッケージングは、約7000塩基対のオーバーサイズのプラスミドバックボーンを使用することにより排除された」との記載があり、導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいものであるとはいえるが、プラスミドバックボーンがスタッファー配列を含むこと、スタッファー配列として、ＧＡＰＤＨ由来のものは記載されておらず、甲第１号証～甲第４号証、甲第８号証及び甲第１０号証にも、ＧＡＰＤＨ由来の「スタッファー配列」について記載も示唆もなく、本件優先日当時の技術常識を参酌しても、ＧＡＰＤＨに由来する「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものを「スタッファー配列」として採用する動機付けは見いだせないから、本件発明１は、甲５発明及び甲第１号証～甲第４号証、甲第６号証～甲第８号証及び甲第１０号証に記載の発明並びに本件優先日当時の技術常識から、当業者といえども容易に想到し得たことではない。 （エ） 小括 以上からみて、本件発明１と甲５発明は、本件発明１の（ｉ）に対応する導入遺伝子含有プラスミドの構成において相違し、この点は甲第１号証～甲第４号証、甲第６号証～甲第８号証及び甲第１０号証に記載の発明並びに本件優先日当時の技術常識から当業者といえども容易に想到し得たことではないから、両者のその他の相違点について検討するまでもなく、本件発明１は、甲第５号証に記載された発明とはいえず、また、甲第１号証～甲第８号証及び甲第１０号証に記載された発明に基いて、当業者が容易に想到することができたものともいえない。 本件発明１を直接的又は間接的に引用し、かつ本件発明１をさらに限定するというべき本件発明２～８、１３及び１６～３２についても同様である。 よって、申立理由１－５と申立理由２－５は理由がない。 カ まとめ 以上からみて、申立理由１（１－１～１－５）と申立理由２（２－１～２－５）（主引例が、甲第２号証～甲第５号証のもの）は理由がない。 （２）申立理由２－６及び申立理由２－７（特許法第２９条第２項） ア 申立理由２－６（甲第６号証に基づく進歩性）について （ア）甲６発明 甲第６号証は、遺伝子治療用ベクターとして期待されているアデノ随伴ウイルス（AAV：adeno-associated virus）ベクターに関し、第６４６頁の図３の図３ａには、ベクタープラスミド、AAVヘルパープラスミド、及びアデノウイルスヘルパープラスミドの３種類のプラスミドベクターを293細胞へトランスフェクションすることにより，AAVベクターを作製することが記載されている。 以上からみて、甲第６号証には、次の発明（以下「甲６発明」という。）が記載されていると認められる。 「ＡＡＶベクターを産生するための以下の３つのプラスミド： （ｉ）ベクタープラスミド； （ｉｉ）AAVヘルパープラスミド；および （ｉｉｉ）アデノウイルスヘルパープラスミド」 （イ）対比 本件発明１と甲６発明とを対比する。 本件発明１は、ＡＡＶを産生するために用いる３つのプラスミドが、 （ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミドであって、前記スタッファー配列は、配列番号９に対して少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む、導入遺伝子含有プラスミド； （ｉｉ）ＡＡＶの複製（Ｒｅｐ）遺伝子配列とキャプシド（Ｃａｐ）遺伝子配列とを含むプラスミド；および （ｉｉｉ）アデノウイルス（Ａｄ）ヘルパープラスミド； で特定され、 前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいことも特定されているが、甲６発明は、導入遺伝子含有プラスミドが具体的に特定されておらず、導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいことも特定されていない点、で相違する。 （ウ）判断 甲第８号証の【０１７７】には、「図６に示される１２の定量結果で得られた残存プラスミドＤＮＡ不純物レベルにおいては、サイズ超過バックボーンを含まない（欠く）ベクタープラスミドを用いて調製されたベクター中の１０9ベクターゲノム当たりのプラスミドＤＮＡ不純物の平均は３０１ｐｇで、これはサイズ超過バックボーンを用いて調製されたベクターで測定された１０9ｖｇ当たりのプラスミドＤＮＡ不純物の平均である６０ｐｇと比較して、５倍高い値であった。従って、ベクタープラスミド内のサイズ超過バックボーンは、ウイルスベクターの調製において不純物の低減に使用することができる。」と記載され、甲第９号証の８４２頁右欄４４－４８行目には、「オーバーサイズ」のプラスミドバックボーンを使うこと、つまりAAVの天然の自然パッケージング限界である4.7kbを超えると、残存プラスミドDNAが約1/5に減少する。」と記載されていることから、甲６発明のベクタープラスミドにおいて、プラスミドＤＮＡ不純物の低減を目的として、導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンを野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいものとすることは当業者が容易に想到することができたといえる。 しかしながら、甲第６号証、甲第８号証及び甲第９号証には、スタッファー配列として、ＧＡＰＤＨ由来のものは記載されておらず、本件優先日当時の技術常識を参酌しても、ＧＡＰＤＨに由来する「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものを「スタッファー配列」として採用する動機付けは見いだせず、当業者といえども容易に想到し得たことではない。 （エ） 小括 以上からみて、本件発明１は、甲第６号証、甲第８号証及び甲第９号証に記載された発明に基いて、当業者が容易に想到することができたものとはいえない。 よって、申立理由２－６は理由がない。 イ 申立理由２－７（甲第７号証に基づく進歩性）について （ア）甲７発明 甲第７号証は、AAVベクター製造物中に残存する（カプシドに封入された）プラスミド由来配列の検出に関し、上記配列のコンタミネーションは、３プラスミド系、rep、cap、Adヘルパー要素を１プラスミドに搭載した２プラスミド系のどちらでも確認された（表１）。 以上からみて、甲第７号証には、次の発明（以下「甲７発明」という。）が記載されていると認められる。 「ＡＡＶを産生するための３プラスミド系」 （イ）対比 本件発明１と甲７発明とを対比する。 本件発明１は、ＡＡＶを産生するために用いる３つのプラスミドが、 （ｉ）５’および３’ＡＡＶ末端逆位反復配列（ＩＴＲ）に隣接する少なくとも１つの異種核酸と、それらＩＴＲの外側にあるスタッファー配列とを含む、導入遺伝子含有プラスミドであって、前記スタッファー配列は、配列番号９に対して少なくとも９０％の同一性を有する核酸を含む、導入遺伝子含有プラスミド； （ｉｉ）ＡＡＶの複製（Ｒｅｐ）遺伝子配列とキャプシド（Ｃａｐ）遺伝子配列とを含むプラスミド；および （ｉｉｉ）アデノウイルス（Ａｄ）ヘルパープラスミド； で特定され、 前記導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいことも特定されているが、甲７発明は、３つのプラスミドが具体的に特定されておらず、導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいことも特定されていない点、で相違する。 （ウ）判断 甲第８号証の【０１７７】には、「図６に示される１２の定量結果で得られた残存プラスミドＤＮＡ不純物レベルにおいては、サイズ超過バックボーンを含まない（欠く）ベクタープラスミドを用いて調製されたベクター中の１０9ベクターゲノム当たりのプラスミドＤＮＡ不純物の平均は３０１ｐｇで、これはサイズ超過バックボーンを用いて調製されたベクターで測定された１０9ｖｇ当たりのプラスミドＤＮＡ不純物の平均である６０ｐｇと比較して、５倍高い値であった。従って、ベクタープラスミド内のサイズ超過バックボーンは、ウイルスベクターの調製において不純物の低減に使用することができる。」と記載され、甲第９号証の８４２頁右欄４４－４８行目には、「オーバーサイズ」のプラスミドバックボーンを使うこと、つまりAAVの天然の自然パッケージング限界である4.7kbを超えると、残存プラスミドDNAが約1/5に減少する。」と記載されていることから、甲７発明のベクタープラスミドにおいて、プラスミドＤＮＡ不純物の低減を目的として、導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンを野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいものとすることは当業者が容易に想到することができたといえる。 しかしながら、甲第７号証、甲第８号証及び甲第９号証には、スタッファー配列として、ＧＡＰＤＨ由来のものは記載されておらず、本件優先日当時の技術常識を参酌しても、ＧＡＰＤＨに由来する「配列番号９」に対して「少なくとも９０％の同一性を有する核酸」を含むものを「スタッファー配列」として採用する動機付けは見いだせず、当業者といえども容易に想到し得たことではない。 （エ）小括 以上からみて、本件発明１は、甲第７号証、甲第８号証及び甲第９号証に記載された発明に基いて、当業者が容易に想到することができたものとはいえない。 よって、申立理由２－７は理由がない。 ウ まとめ 以上からみて、申立理由２－６及び申立理由２－７（主引例が、甲第６号証及び甲第７号証のもの）は理由がない。 （３）申立理由３（特許法第３６条第４項第１号） ア 申立人の主張の概要 申立人は、特許異議申立書において、本件特許明細書等の発明の詳細な説明には、図2、3A、3B、15A、15Bにスタッファーを有する導入遺伝子含有プラスミドが図示されているものの、実施例には、これらを使用してプラスミドバックボーンの逆方向パッケージングが減少したことを示すデータは記載されていないので、本件特許明細書等の発明の詳細な説明は本件特許発明１～３３を当業者が特許発明を実施できる程度に明確かつ十分に記載されていない旨、を主張する。 イ 判断 申立人が主張するとおり、本件特許明細書等の実施例には、野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいプラスミドバックボーンを用いることで、逆方向パッケージングが減少したことを示すデータは記載されていない。 しかしながら、当業者が明細書及び図面の記載並びに本件出願時の技術常識に基づいて発明を実施できるように発明の詳細な説明を記載することができるか、一連の工程に付することにより上記のような結果が得られることを明らかにする理論的な説明がなされている場合は、実際の実験結果を伴う実施例の記載は必要ではない。 ここで、本件特許明細書等の【００９０】には、「ＩＴＲは、パッケージングに必要な唯一のシスエレメントであることが示されており、ｒＡＡＶを作製するためにウイルス遺伝子を完全に欠失させることを可能にする。ローリングサークルＤＮＡ複製メカニズムは、ＩＴＲ内のＤ配列の存在により、ＩＴＲに隣接する導入遺伝子発現カセットのＤＮＡ配列を主に増幅（すなわち複製）するが、プラスミドＤＮＡバックボーン（例えば、複製起点、抗生物質耐性遺伝子発現カセットなど）も、隣接するＤ配列ドメインがないため低頻度ではあるが、ベクターキャプシドにパッケージされ得る。ＡＡＶは、野生型ウイルスゲノム（約４．７ｋｂａｓｅ）と同様であるかそれよりも小さいゲノムサイズのパッケージングに効率的である。バックボーンがキャプシドにパッケージングされるのに不都合となる程度にバックボーンのサイズを増加させることにより、プラスミドバックボーンのパッケージングを阻止することができる。バックボーンの拡大は、追加の「スタッファー」配列（すなわち、フィラー成分）によって達成することができ、野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいプラスミドバックボーンサイズをもたらす。理論に拘束されることを望まないが、拡大されたプラスミドバックボーンの存在は、ｒＡＡＶがプラスミドバックボーンをベクターキャプシド内にパッケージングする可能性を低減できることが示唆されている。いくつかの実施形態において、拡大されたプラスミドバックボーンは、スタッファー配列を使用することによって作製される。」（下線は当審による。以下、同様。）と記載されるとおり、野生型ＡＡＶゲノムよりも大きいプラスミドバックボーンを用いることで、逆方向パッケージングが減少するメカニズムが説明されている。 そして、甲第８号証には、「異種ポリヌクレオチド配列とフィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列を含んでなり、前記異種ポリヌクレオチド配列が４．７Ｋｂを下回る長さを有し、かつアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）の二つのＩＴＲ配列の内側に位置し、前記フィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列はアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）の二つのＩＴＲ配列の外側に位置し、該フィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列が４．７Ｋｂを上回る長さ、約５．０ないし１０．０Ｋｂの長さ、または約６．０ないし８．０Ｋｂの長さを有する組換えベクタープラスミド。」（請求項２）、「さらに、ベクタープラスミド「バックボーン」ＤＮＡのパッケージングが、ＩＴＲからの「逆方向パッケージング」を介してかなりの程度で起こり、それはサイズ超過（＞４．７ｂｐ）のバックボーンを用いることで大幅に減少する（図５）。」（【０１７２】）、「図６に示される１２の定量結果で得られた残存プラスミドＤＮＡ不純物レベルにおいては、サイズ超過バックボーンを含まない（欠く）ベクタープラスミドを用いて調製されたベクター中の１０9ベクターゲノム当たりのプラスミドＤＮＡ不純物の平均は３０１ｐｇで、これはサイズ超過バックボーンを用いて調製されたベクターで測定された１０9ｖｇ当たりのプラスミドＤＮＡ不純物の平均である６０ｐｇと比較して、５倍高い値であった。従って、ベクタープラスミド内のサイズ超過バックボーンは、ウイルスベクターの調製において不純物の低減に使用することができる。」【０１７７】と記載され、甲第９号証にも、「オーバーサイズ」のプラスミドバックボーンを使うこと、つまりAAVの天然の自然パッケージング限界である4.7kbを超えると、残存プラスミドDNAが約1/5に減少することが、記載されている（８４２頁右欄４４－４８行目）。 つまり、「導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンが野生型ＡＡＶゲノムよりも大きい」という構成により、導入遺伝子含有プラスミドのバックボーンの逆方向パッケージングが減少することは、本件出願時の技術常識であるか、上記工程に付することにより上記のような結果が得られることを明らかにする理論的な説明がなされているといえることから、本件特許明細書等の発明の詳細な説明は本件特許発明１～３３を当業者が特許発明を実施できる程度に明確かつ十分に記載されているといえる。 ウ まとめ 以上からみて、申立理由３は理由がない。 （４）まとめ 以上のとおりであるから、申立理由１～３はいずれも理由がない。 第６ むすび 以上のとおりであるから、取消理由通知に記載した取消理由及び特許異議申立書に記載した特許異議申立理由によっては、本件請求項１～３３に係る特許を取り消すことはできない。 また、他に本件請求項１～３３に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。 よって、特許法第１１４条４項の規定により、本件請求項１～３３に係る発明について結論のとおり決定する。