2025-700923

特許第７６５１４７０号発明「核酸を解析するための方法および組成物」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。

結 論 特許第７６５１４７０号の請求項１～１７に係る特許を維持する。

理 由 第１ 手続の経緯 特許第７６５１４７０号（請求項の数１７。以下「本件特許」という。）に係る特許出願（特願２０２１－５５９２４５号）は、令和２年４月２日（パリ条約による優先権主張 ２０１９年１０月２３日 ２０１９年６月１４日 ２０１９年４月５日 いずれも（ＵＳ）米国）を国際出願日とするものであって、令和７年３月１７日にその特許権の設定の登録がなされ、同年３月２６日に特許掲載公報が発行された。 その後、令和７年９月２６日に、本件特許の請求項１～１７に係る特許に対して、特許異議申立人である本間陽樹（以下「申立人」という。）により、特許異議の申立てがなされ、同年１２月２３日に、特許異議申立書（以下「申立書」という。）を補正対象とする手続補正書（方式）が提出された。 第２ 本件発明 本件特許の請求項１～１７に係る発明は、それぞれ、その特許請求の範囲の請求項１～１７に記載された事項により特定される次のとおりのものである。 「【請求項１】 核酸ライブラリーを生成する方法であって、 Ｉ．（ｉ）一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物と、（ｉｉ）第１のオリゴヌクレオチドと、（ｉｉｉ）複数の第１の足場ポリヌクレオチド種と、（ｉｖ）第２のオリゴヌクレオチドと、（ｖ）複数の第２の足場ポリヌクレオチド種とを結合させるステップであって、 （ａ）前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種における各ポリヌクレオチドが、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第１のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域を含み； （ｂ）前記複数の第２の足場ポリヌクレオチド種における各ポリヌクレオチドが、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第２のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域を含み； （ｃ）前記核酸組成物、前記第１のオリゴヌクレオチド、前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種、前記第２のオリゴヌクレオチド、および前記複数の第２の足場ポリヌクレオチド種が、 Ａ．前記第１の足場ポリヌクレオチド種の分子が（ｉ）第１のｓｓＮＡ末端領域および（ｉｉ）前記第１のオリゴヌクレオチドの分子とハイブリダイズされ、それによって、前記第１のオリゴヌクレオチドの前記分子の末端が前記第１のｓｓＮＡ末端領域の末端に隣接しているハイブリダイゼーション産物を形成し、かつ Ｂ．前記第２の足場ポリヌクレオチド種の分子が（ｉ）第２のｓｓＮＡ末端領域および（ｉｉ）前記第２のオリゴヌクレオチドの分子とハイブリダイズされ、それによって、前記第２のオリゴヌクレオチドの前記分子の末端が前記第２のｓｓＮＡ末端領域の末端に隣接しているハイブリダイゼーション産物を形成する 条件下で結合され； （ｄ）前記ｓｓＮＡが、前記結合させるステップの前または前記結合させるステップ中に一本鎖核酸結合タンパク質（ＳＳＢ）と結合されず、前記ｓｓＮＡも前記ｓｓＮＡを含む核酸も、生物学的試料を取得した後かつ前記結合させるステップの前に修飾されない、ステップ、ならびに ＩＩ．前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第１のｓｓＮＡ末端領域の隣接している末端を共有結合で連結させ、かつ前記第２のオリゴヌクレオチドおよび前記第２のｓｓＮＡ末端領域の隣接している末端を共有結合で連結させ、それによって共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物を生成するステップ を含む、方法。 【請求項２】 前記結合させるステップの前に、前記第１のオリゴヌクレオチドおよび／または前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種と、ホスファターゼ活性を有する薬剤とを、前記第１のオリゴヌクレオチドおよび／または前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種が脱リン酸化される条件下で接触させるステップをさらに含み、それによって、脱リン酸化された第１のオリゴヌクレオチドおよび／または脱リン酸化された第１の足場ポリヌクレオチド種が生成される、請求項１に記載の方法。 【請求項３】 前記結合させるステップの前に、前記第２のオリゴヌクレオチドおよび／または前記複数の第２の足場ポリヌクレオチド種と、ホスファターゼ活性を有する薬剤とを、前記第２のオリゴヌクレオチドおよび／または前記複数の第２の足場ポリヌクレオチド種が脱リン酸化される条件下で接触させるステップをさらに含み、それによって、脱リン酸化された第２のオリゴヌクレオチドおよび／または脱リン酸化された第２の足場ポリヌクレオチド種が生成される、請求項１または２に記載の方法。 【請求項４】 前記結合させるステップの前に、前記第１の足場ポリヌクレオチド種の各々が、第１のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズされて複数の第１の足場二重鎖種を形成し、前記第２の足場ポリヌクレオチド種の各々が、第２のオリゴヌクレオチドとハイブリダイズされて複数の第２の足場二重鎖種を形成する、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。 【請求項５】 前記共有結合で連結させるステップが、前記ハイブリダイゼーション産物と、リガーゼ活性を有する薬剤とを、前記第１のｓｓＮＡ末端領域の末端が前記第１のオリゴヌクレオチドの末端に共有結合で連結され、かつ前記第２のｓｓＮＡ末端領域の末端が前記第２のオリゴヌクレオチドの末端に共有結合で連結される条件下で、接触させることを含む、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。 【請求項６】 前記複数の第１の足場二重鎖種における二重鎖の一部またはすべてが、前記第１のオリゴヌクレオチドの５’末端にアデニル化修飾を含み、前記複数の第１の足場二重鎖種が、ＡＴＰの非存在下で前記ｓｓＮＡと結合され、前記ｓｓＮＡに共有結合で連結され、それによって、共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物中間体が形成される、請求項４に記載の方法。 【請求項７】 前記共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物中間体が、前記複数の第２の足場二重鎖種およびＡＴＰと結合され、前記複数の第２の足場二重鎖種およびＡＴＰに共有結合で連結され、それによって共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物が形成される、請求項６に記載の方法。 【請求項８】 前記第１の足場ポリヌクレオチド種の各々についての前記ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域が、前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種の中の他の第１の足場ポリヌクレオチド種におけるｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域とは異なる、および 前記第２の足場ポリヌクレオチド種の各々についての前記ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域が、前記複数の第２の足場ポリヌクレオチド種の中の他の第２の足場ポリヌクレオチド種におけるｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域とは異なる、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。 【請求項９】 前記ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域が、ランダム配列を含む、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１０】 前記ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域が、１つまたは複数のユニバーサル塩基を含む、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１１】 （１）前記第１のオリゴヌクレオチドが、１つもしくは複数の修飾ヌクレオチドを含むか、前記第１の足場ポリヌクレオチド種の一部もしくはすべてが、１つもしくは複数の修飾ヌクレオチドを含むか、または前記第１のオリゴヌクレオチドが、１つもしくは複数の修飾ヌクレオチドを含み、かつ前記第１の足場ポリヌクレオチド種の一部もしくはすべてが、１つもしくは複数の修飾ヌクレオチドを含む；ならびに／あるいは （２）前記第２のオリゴヌクレオチドが、１つもしくは複数の修飾ヌクレオチドを含むか、前記第２の足場ポリヌクレオチド種の一部もしくはすべてが、１つもしくは複数の修飾ヌクレオチドを含むか、または前記第２のオリゴヌクレオチドが、１つもしくは複数の修飾ヌクレオチドを含み、かつ前記第２の足場ポリヌクレオチド種の一部もしくはすべてが、１つもしくは複数の修飾ヌクレオチドを含み、ここで、 前記１つまたは複数の修飾ヌクレオチドが、別のオリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたは核酸分子への前記オリゴヌクレオチドの共有結合性連結を遮断することができる、そして前記オリゴヌクレオチドが、前記ｓｓＮＡに隣接していない末端に前記１つまたは複数の修飾ヌクレオチドを含む、ならびに／あるいは 前記１つまたは複数の修飾ヌクレオチドが、別のオリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチドまたは核酸分子への前記足場ポリヌクレオチド種の共有結合性連結を遮断することができる、そして前記足場ポリヌクレオチド種が、前記ポリヌクレオチドの一方または両方の末端に前記１つまたは複数の修飾ヌクレオチドを含む、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１２】 前記１つまたは複数の修飾ヌクレオチドが、ライゲーションを遮断する修飾を含む、請求項１１に記載の方法。 【請求項１３】 前記共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物を変性させるステップをさらに含み、それによって一本鎖ライゲーション産物が生成される、請求項１から１１のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１４】 （１）前記一本鎖ライゲーション産物と、第３のオリゴヌクレオチドとを、前記第３のオリゴヌクレオチドが、前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第２のオリゴヌクレオチドのダイマーとハイブリダイズされる条件下で結合させるステップであって、それによって、オリゴヌクレオチドダイマーハイブリダイゼーション産物が形成され、ここで、前記オリゴヌクレオチドダイマーハイブリダイゼーション産物が、切断部位を含む、ステップ； （２）前記オリゴヌクレオチドダイマーハイブリダイゼーション産物と切断剤とを接触させるステップ をさらに含む、請求項１３に記載の方法。 【請求項１５】 前記核酸組成物が、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）を含むか、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）を含むか、またはｓｓＤＮＡおよびｓｓＲＮＡを含む、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１６】 前記ｓｓＮＡが前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種と結合されたとき、前記ｓｓＮＡの一方または両方のネイティブ末端が存在する、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１７】 前記ｓｓＮＡが、無細胞核酸からのものである、請求項１から１６のいずれか一項に記載の方法。」 以下、請求項番号に対応して、それぞれの請求項に係る発明を「本件発明１」、・・・「本件発明１７」といい、本件発明１～１７をまとめて「本件発明」ともいう。 第３ 申立理由の概要 申立人は、証拠として、以下の甲第１号証乃至甲第２０号証（以下、それぞれ「甲１」等と略記し、まとめて「甲号証」という。）を提出するとともに、申立書において、請求項１～１７に係る本件特許に対して、概略以下の１に示す特許異議申立理由（以下「申立理由」という。）を主張する。 また、上記の経緯において提出された証拠方法は、以下の２に示すとおりである。 １ 申立理由 （１）申立理由１（明確性要件違反） 本件特許の請求項１に記載された「前記ｓｓＮＡも前記ｓｓＮＡを含む核酸も、生物学的試料を取得した後かつ前記結合させるステップの前に修飾されない、ステップ」について、本件特許の請求項１に記載された「一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）」は、一本鎖ｃＤＮＡ（ｓｓｃＤＮＡ）が含まれるところ、ｃＤＮＡの調製には、化学反応基の付加、酵素処理、ＰｏｌｙＡやＰｏｌｙＴの付加、ポリッシングといった修飾を行うことは周知であって、既に修飾された一本鎖ｃＤＮＡについて「修飾されない」ことを要求する記載は明らかに矛盾を含むものであり、請求項１に記載された「修飾されない」は、何を意味するかが明らかでなく、本件特許の明細書の記載を考慮しても、「修飾されていない／修飾された」の意味が不明であるから、本件特許の請求項１～１７に係る特許は、特許法第３６条第６項第２号の要件を満たしていないため、同法第１１３条第４号に該当し、取り消されるべきものである（申立書１１～１３頁）。 （２）申立理由２（実施可能要件違反） 本件特許の請求項１に記載された複数の第１の足場ポリヌクレオチド種における各ポリヌクレオチドは、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域を含むものであるところ、当該ｓＮＡハイブリダイゼーション領域は限定がないため、ランダム配列のみならずその他様々な配列を含み得るものであるのに対し、本件特許の明細書及び図面には、該ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域がランダム配列を含まずに、その他の様々な配列を含む場合に、本件特許の請求項１～１７に記載された発明をどのように実施し、その効果を得るか、何ら記載されていないから、本件特許の明細書及び図面は、その発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が、その実施をすることができる程度に明確かつ十分に記載していないことは明らかであり、特許法第３６条第４項第１号の要件を満たしていないため、同法第１１３条第４号に該当し、取り消されるべきものである（申立書１３～１４頁）。 （３）申立理由３（新規性欠如） ア 請求項１～５、８、９、１１～１３、１５～１７に係る特許は、甲７の１に記載された発明であるから、これらの請求項に係る特許は、特許法第２９条第１項の規定に違反してされたものであり、同法第１１３条第２号に該当し、取り消されるべきものである（申立書１４～２２頁）。 イ 請求項１～５、８、９、１１～１３、１５～１７に係る特許は、甲６に記載された発明であるから、これらの請求項に係る特許は、特許法第２９条第１項の規定に違反してされたものであり、同法第１１３条第２号に該当し、取り消されるべきものである（申立書２２～２７頁）。 以下、上記ア、イの申立理由を、それぞれ「申立理由３－１」、「申立理由３－２」という。 （４）申立理由４（進歩性欠如） ア 請求項１～５、８、９、１１～１３、１５～１７に係る特許は、甲７の１に記載された発明又は甲６に記載された発明並びに甲６、甲７の１を含む甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、これらの請求項に係る特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してされたものであり、同法第１１３条第２号に該当し、取り消されるべきものである（申立書２、３、２７～２９頁）。 イ 請求項２、３、６、７、１０、１４、１５に係る特許は、甲７の１に記載された発明又は甲６に記載された発明並びに甲７の１、甲６、甲１、甲３、甲４、甲１４の１、甲１５～甲１９を含む甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、これらの請求項に係る特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してされたものであり、同法第１１３条第２号に該当し、取り消されるべきものである（申立書２、３、２９～３８頁）。 ウ 請求項１に係る特許は、甲１４の１に記載された発明又は甲７の１に記載された発明並びに甲１４の１、甲７の１、甲１を含む甲号証に記載された事項基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、請求項１に係る特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してされたものであり、同法第１１３条第２号に該当し、取り消されるべきものである（申立書２、３、３８～４０頁）。 以下、上記ア～ウの申立理由のうち、甲７の１を主引用例とする部分をまとめて「申立理由４－１」といい、 上記ア、イの申立理由のうち、甲６を主引用例とする部分をまとめて「申立理由４－２」といい、 上記ウの申立理由のうち、甲１４の１を主引用例とする部分を「申立理由４－３」という。 ２ 証拠方法 申立人が提出した甲号証は以下のとおりである。表記は概ね証拠説明書に従った。 甲１：国際公開第２０１４／１６４４６６号 甲２：国際公開第２０１８／１７５９９７号 甲３：国際公開第２０１８／１７５２５８号 甲４：国際公開第２０１８／０１３８３７号 甲５：Harkins et al., Nucleic Acids Research, 2020, vol. 48, no 8, e47 甲６：Gansauge et al., Nucleic Acids Research, 2017, vol. 45, no. 10, e79 甲７の１：Raine et al., Nucleic Acids Research, 2017, vol. 45, no 6, e36 甲７の２：米国特許出願公開第２０１９／０１９４６４９号 甲８の１：Gansauge and Meyer “A Method for Single- Stranded Ancient DNA Library Preparation” in Beth Shapiro et al. (eds.), Ancient DNA: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, vol.1963, pp.75-83 甲８の２：Springer Nature Link, https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9176-1_9 甲９：Burnham et al., Scientific Reports, 6, 27859, DOI: 10.1038/srep27859, 14 June 2016 甲１０：Snyder et al., Cell. 2016 January 14, 164, , 57-68, doi:10.1016/j.cell.2015.11.050 甲１１：Stiller et al., Oncotarget, Vol. 7, No. 37, 24 July 2016 甲１２：Aucamp et al., Biological Reviews, 2018, 93, pp.1649-1683 甲１３：Head et al., BioTechniques, 2014, vol. 56, no. 2, pp.61-77 甲１４の１：Kershaw et al., Recombinant and In Vitro RNA Synthesis, Springer Science + Business Media, pp.257-269, 2012 甲１４の２：Springer Nature Link https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-62703-113-4_19 甲１５：米国特許出願公開第２０１６／１７７３８０号 甲１６：国際公開第２０１９／２２２５２３号 甲１７：国際公開第２０１９／２３７０３２号 甲１８：Chen YR et al., A cost-effective method for Illumina small RNA-Seq library preparation using T4 RNA ligase I adenylated adapters. Plant Methods, 2012, 8(1), 41. 甲１９：国際公開第２０１３／１９１７７５号 甲２０：米国特許出願公開第２０１７／０１０１６７４号 第４ 主な甲号証 本件特許の出願前に公表された甲６、甲７の１、甲１４の１に記載された事項及びこれらに記載された発明は、以下のとおりである。外国語で記載された文献についてはその翻訳文を示す。下線は当審合議体による。 １ 甲６に記載された事項及び甲６に記載された発明 （１） 甲６に記載された事項 甲６ａ 標題、要旨 「T4 DNA リガーゼを用いた高度に分解した DNA からの一本鎖 DNA ライブラリー調製」 「要旨 ゲノム DNA のハイスループットシーケンシングのための DNA ライブラリー調製には通常、二本鎖 DNA 断片へのアダプターのライゲーションが必要となる。しかしながら、高度に分解した DNA、特に古代 DNA については、二本の DNA 鎖をそれぞれ別々にライブラリー分子へと変換する方が、ライブラリー調製がより効率的となることが判明している。我々は、3’ビオチン化ドナーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせたランダム塩基のストレッチを有するスプリンターオリゴヌクレオチドを利用し、T4 DNA リガーゼを用いた一本鎖 DNA ライゲーションに基づく、新規な一本鎖ライブラリー調製法、「ssDNA2.0」を提示する。このライゲーションスキームの詳細な評価により、一本鎖 DNA は CircLigase（過去に一本鎖ライブラリー調製における末端間ライゲーションに選択されていた RNA リガーゼ）よりも高濃度でアダプターオリゴヌクレオチドにライゲーション可能であり、かつライゲーションの偏りは、7 又は 8 個のランダムヌクレオチドを含むスプリンターを選択する場合に最小化できることを示す。我々は、ssDNA2.0 では CircLigase ベースのライブラリー調製よりも多量の投入 DNA が許容され、よりコストが抑えられ、かつより自動化に適合していることを示す。また、様々な供給源からの分解した DNA に対するライブラリー調製法の徹底的な比較も提供する。最も顕著な発見は、一本鎖ライブラリー調製法を用いると、ホルマリン中で長年保存された組織からのライブラリーの収量が数桁増加することである。」 甲６ｂ ２頁の図１ 「 ［図：0001434184000001.jpg］ 図１．高度に分解したDNA のライブラリー調製法。(A)ここで説明する一本鎖ライブラリー調製法（ssDNA2.0）では、DNA 断片（黒）は5'及び3'末端を脱リン酸化され、熱変性により一本鎖に分離される。3'ビオチン化アダプター分子（赤）は、アダプターと相補的なスプリンターオリゴヌクレオチドに含まれる6 個のランダムヌクレオチド（「N」と表示）のストレッチとのハイブリダイゼーション、及びT4 DNA リガーゼによるニック閉鎖を介してDNA 断片の3'末端に結合される。ストレプトアビジン被覆ビーズ上へのライゲーション産物の固定化後、スプリンターオリゴヌクレオチドは高温でのビーズ洗浄により除去される。第2 鎖の合成は、大腸菌DNA ポリメラーゼI のクレノウフラグメント及びエキソヌクレアーゼ作用による分解を防ぐためのホスホロチオエート骨格修飾（赤星）を有するプライマーを用いて実施する。取り込まれなかったプライマーは高温でのビーズ洗浄により除去される。これにより、T4 DNA リガーゼにより再度触媒される、その後の平滑末端ライゲーション反応におけるアダプターダイマーの形成が防止される。アダプターの自己ライゲーションは、アダプター中の3’ジデオキシ修飾により防止される。最終ライブラリー鎖は熱変性によりビーズから解放される。・・・(B)Gansauge 及びMeyer の文献(4)で最初に記述された一本鎖ライブラリー調製法では、・・・ (C)Meyer 及びKircher の文献(23)の実施における二本鎖ライブラリー調製の「454」法は、・・・ (D)ここに示すNew England Biolab 社のNEBNext Ultra II キットに実装されている「Illumina」二本鎖ライブラリー調製法には、・・・」 （２） 甲６に記載された発明 甲６には、３’ビオチン化ドナーオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせたランダム塩基のストレッチを有するスプリンターオリゴヌクレオチドを利用し、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼを用いた一本鎖ＤＮＡライゲーションに基づく一本鎖ライブラリーを調製する方法が記載されており（甲６ａ）、具体的には、５’末端及び３’末端を脱リン酸化し、熱変性により一本鎖に分離されたＤＮＡ断片を含む溶液と、３’末端をビオチン化したアダプター分子を混合し、当該アダプター分子と相補的な配列を含み、かつ、６個のランダムヌクレオチドを含むスプリンターオリゴヌクレオチドを用いて、当該ＤＮＡ断片の３’末端と、当該アダプター分子の５’末端が隣接するハイブリダイゼーション産物を形成し、当該ＤＮＡ断片と当該アダプター分子とをＴ４ ＤＮＡリガーゼにより結合させた後、アダプター分子を除去して伸長プライマーを用いてＤＮＡ合成を行い、その後、二重鎖アダプターを結合して一本鎖ＤＮＡを分離することが記載されている（甲６ｂのＡ）。ここで、当該スプリンターオリゴヌクレオチドの「アダプター分子と相補的な配列」は、当該アダプター分子の５’末端領域とハイブリダイズし、「６個のランダムヌクレオチド」は、ＤＮＡ断片の３’末端領域とハイブリダイズするものである。 したがって、甲６には、以下の発明（以下「甲６発明」という。）が記載されていると認める。 「一本鎖ライブラリーを調製する方法であって、 熱変性により一本鎖に分離されたＤＮＡ断片と、３’末端をビオチン化したアダプター分子を、当該アダプター分子と相補的な配列を含み、かつ、６個のランダムヌクレオチドを含むスプリンターオリゴヌクレオチドを用いて、当該ＤＮＡ断片の３’末端と、当該アダプター分子の５’末端が隣接するハイブリダイゼーション産物を形成し、当該ＤＮＡ断片と当該アダプター分子とを結合させた後、アダプター分子を除去して伸長プライマーを用いてＤＮＡ合成を行い、その後、二重鎖アダプターを結合して一本鎖ＤＮＡを分離することを含み、当該スプリンターオリゴヌクレオチドの「アダプター分子と相補的な配列」は、当該アダプター分子の５’末端領域とハイブリダイズし、「６個のランダムヌクレオチド」は、ＤＮＡ断片の３’末端領域とハイブリダイズする、方法。」 ２ 甲７の１に記載された事項及び甲７の１に記載された発明 （１） 甲７の１に記載された事項 甲７の１ａ 標題及び要旨 「全ゲノム重亜硫酸塩シーケンシングのための新しいライブラリー調製法、SPlinted Ligation Adapter Tagging (SPLAT)」 「要旨 DNAの亜硫酸水素ナトリウム処理と次世代シーケンシング（NGS）を組み合わせることで、ゲノムワイドなDNAメチル化プロファイルの解析が可能になる。全ゲノム亜硫酸水素ナトリウムシーケンシング（WGBS）のためのライブラリー調製は、亜硫酸水素ナトリウム処理の副作用（広範なDNA損傷につながる）のために困難である。最近、亜硫酸水素ナトリウムシーケンシングライブラリ調製のための新世代の方法が考案された。これらの方法は、DNAを最初に亜硫酸水素ナトリウム処理し、続いて一本鎖DNA断片にアダプタータグを付与することで、少量のDNA入力でWGBSを実施できる。本研究では、亜硫酸水素ナトリウム処理された一本鎖DNAのスプリントアダプタータグ（SPLAT）に基づく、迅速かつ費用対効果の高いWGBSライブラリー調製のための新たなアプローチを提示する。さらに、SPLAT を市販の WGBS ライブラリー調製技術 3 つと比較して検証した。そのうち 2 つはアダプタータグ付け前の亜硫酸水素塩処理に基づいており、もう 1 つは従来の WGBS 方法である。」 甲７の１ｂ ２頁左欄第２、３段落 「ライブラリー構築物の損傷を回避するために、シーケンスアダプターを亜硫酸水素塩処理後に組み込む方法（以下「ポスト亜硫酸水素塩」方法と呼ぶ。）が設計されている（19,20）。先駆的なポスト亜硫酸水素塩法であるPBAT（ポスト亜硫酸水素塩アダプタータグ付け）では、シーケンスアダプターは、亜硫酸水素塩に変換されたssDNAを最初のテンプレートとして使用して、2ラウンドのランダムプライマー伸長によって付加される。PBATは、ナノグラム範囲のDNA量からPCRフリーのWGBSライブラリーを構築することを可能にした（19）。そして、イルミナのTruSeq DNAメチル化キット（図1）などのさらなる開発への道を開いた。・・・。 本稿では、一本鎖亜硫酸水素塩処理DNA断片からライブラリーを調製するための新しいプロトコルである、スプリントアダプタータギング（SPLAT）について述べる。亜硫酸水素塩処理後のWGBS法が、生成されるシーケンシングデータの品質に及ぼす影響についての知見が不十分であったことから、SPLATの性能を市販の重亜硫酸塩処理後キット2種類（TruSeq DNA Methylation、Accel NGS Methyl-Seq）、従来のWGBS法1種類、そして他の一般的な標的アプローチ（RRBS、SureSelect Methyl-Seqによるターゲットキャプチャ、450k BeadArrays）と比較評価し、異なる手法間でのDNAメチル化データの一致性を確認した。」 甲７の１ｃ ２頁右欄１～２段落 「全ゲノム亜硫酸水素シーケンシングライブラリ調製のためのスプリントアダプタータグ付け（SPLAT）プロトコル アダプターアニーリング オリゴヌクレオチドは Integrated DNA Technologies 社より購入した。3’アダプター；ss1（5’GACGTGTGCTCTTCCGATCTNNNNNN-3’-アミノ修飾剤及び5’P-AGATCGGAAGAGCACACGTC）並びに 5’アダプター；ss2（5’-ACACGACGCTCTTCCGATCT 及び 5’NNNNNNAGATCGGAAGAGCGTCGTGT）はアダプターペアの 2 つのオリゴヌクレオチドを、100 mMNaCl、10 mM Tris-HCl(pH 8.0)、0.5 mM EDTA を含む 50 μl の溶液中で、最終濃度100 μM になるように混合して調製した。オリゴヌクレオチドは、混合物を 95℃まで加熱し、その後 10℃までゆっくりと温度を下げることでアニーリングした。 ライブラリー構築 ゲノム DNA を 300～400 bp にせん断（Covaris E220 System）し、亜硫酸水素ナトリウム（EZ DNA Methylation Gold, Zymo Research）で処理した。変換された DNA は、まず 5 単位のポリヌクレオチドキナーゼ（Thermo Fisher Scientific）を用いて、T4 DNA リガーゼバッファー（下記バッファー組成参照）中で総量 15 μl、37℃で15 分間処理した。反応混合物を加熱蓋付きサーマルサイクラー中で 95℃で 3～5 分間加熱し、その後氷水浴で冷却した。3’末端ライゲーションには、アダプターss1（最終濃度 10μM）、T4 DNA リガーゼバッファー（40 mM Tris-HCl pH 7.8、10 mM MgCl2、10 mM DTT、0.5 mM ATP）、PEG4000（5% w/v）、及び T4 DNA リガーゼ（Thermo Fisher Scientific）30単位、並びにヌクレアーゼフリー水を 30 μl の総容量となるように氷上で試料に加えた。ライゲーション反応混合物を 20℃で 1 時間インキュベートし、その後 AMPureXP ビーズ（BeckmanCoulter）を用いて 2:1 のビーズ対試料比で精製し、10 μl のヌクレアーゼフリー水で溶出させた。溶出した DNA は、加熱蓋付きサーマルサイクラーで 95℃で 3～5 分間加熱した後、氷水浴で冷却した。5'末端ライゲーションには、ss2（最終濃度 10 μM）、T4 DNA ライゲーションバッファー、PEG4000（5%、w/v）、30 単位の T4 DNA リガーゼ（Thermo Fisher Scientific）、およびヌクレアーゼフリーH2O を氷上で試料に添加し、総容量 20 μl とした。ライゲーション反応混合物を 20℃で 1 時間インキュベートし、AMPureXP ビーズを用いて 2:1 のビーズ対試料比で精製し、10 μl のヌクレアーゼフリー水で溶出させた。ライブラリーは KAPA HiFi Uracil + ReadyMix（KAPA Biosystems）及び以下のオリゴヌクレオチドを用いて 4 サイクルにわたり増幅した： 5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’、 5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATX6GTGACTGGAGTTCAGACGTGTGCTCTTCCGATCT-3’ ここで X6はIllumina インデックスバーコード配列を示す。最終ライブラリーは AMPure XP ビーズを用いて、ビーズ対試料比 1:1 で 2 回精製した。さらなる詳細については補足情報参照。」 甲７の１ｄ ３頁の図１ 「 ［図：0001434184000002.jpg］ 図 1．全ゲノム亜硫酸水素シーケンシングのためのライブラリー調製法の原理。・・・SPLAT プロトコルでは、突出したランダムヘキサマーを有するアダプターを一本鎖 DNA の 3'末端にアニーリングさせる。ランダムヘキサマーは「スプリント」として機能し、アダプター配列は標準的な T4 DNA ライゲーションを用いて一本鎖 DNA の 3'末端にリライゲーションされる。ランダムヘキサマーの末端 3’残基の修飾は、アダプターの自己ライゲーションを防止するために必要となる。第 2 のステップでは、5'末端にランダムヘキサマーのオーバーハングを有するアダプターをアニーリングさせ、同様に T4 DNA リガーゼを用いて一本鎖 DNA の 5'末端にライゲーションさせる。最後に、SPLAT ライブラリーをウラシル読み取りポリメラーゼを用いて PCR 増幅する。」 甲７の１ｄ ４頁右欄２段落 「結果 全ゲノム亜硫酸水素シーケンシングライブラリ調製のためのスプリントアダプタータグ付け（SPLAT） 本研究では、亜硫酸水素塩により変換された一本鎖 DNA 断片へのシーケンシングアダプターの効率的なライゲーションのための新たな概念を導入する代替的方法である SPLAT を開発した。SPLAT 法は、スプリントオリゴヌクレオチド(29)を利用して短い dsDNA 断片のストレッチを生成し、これにより続いて ssDNA のライゲーションよりも効率的な、T4DNAリガーゼを用いた標準的な dsDNA ライゲーションによりシーケンシングアダプターをライゲーションさせることが可能となる。図 1 に概要を示す SPLAT は（本研究で使用した WGBSのための他のライブラリー法とともに）、手頃な市販酵素を使用する高感度な手法である。100 ng の投入 DNA を用い、わずか 4 サイクルの PCR 増幅（KAPA HiFi Uracil+ポリメラーゼを使用）に付される SPLAT を使用することにより、全ゲノム亜硫酸水素シーケンシング（WGBS）に十分な量のライブラリーが得られる。ライブラリーサイズのプロファイル及びライブラリー定量の結果は、補足図 S3 及び S4 に示されている。亜硫酸水素塩による変換後、ランダムな 3'オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプター（20 ヌクレオチド）を ssDNA の 3'末端にアニーリングし、T4 DNA リガーゼを用いてライゲーションさせる。同様に第 2 ステップでは、ssDNA の 5'末端をランダムな 5'オーバーハングを含むアダプターを用いてライゲーションさせる。第 1 のライゲーションステップにおけるアダプターの自己ライゲーションを防止するため、アミノ修飾（3'アミノ修飾剤、Integrated DNA Technologies 社製）をランダムヘキサマーオリゴ中の 3'末端ヌクレオチドに付加する。第 2 のライゲーションステップではオリゴ修飾は不要である。ライブラリーはその後、ウラシル塩基を読むことができ、Illumina フローセル結合配列及びインデックス配列を含むオリゴに適合する KAPA HiFi Uracil+ポリメラーゼを利用して PCR により増幅される。」 （２） 甲７の１に記載された発明 甲７の１には、亜硫酸水素ナトリウム処理された一本鎖ＤＮＡのスプリントアダプタータグ（ＳＰＬＡＴ）に基づくライブラリーを調製する方法が記載されており（甲７の１ａ、ｂ）、具体的には、ゲノムＤＮＡを３００～４００ｂｐにせん断し、亜硫酸水素ナトリウムで処理することによって変換されたＤＮＡを含む溶液に対し、ポリヌクレオチドキナーゼで処理をした後、当該ＤＮＡの３’末端とランダムヘキサマー３’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ１とをＴ４ ＤＮＡリガーゼによりライゲーションを行ってライゲーション反応混合物を得て、その後、当該ＤＮＡの５’末端とランダムヘキサマー５’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ２とをＴ４ ＤＮＡリガーゼによりライゲーションを行ってライゲーション反応混合物を得たこと（甲７の１ｃ～ｅ）が記載されている。 したがって、甲７の１には、以下の発明（以下「甲７の１発明」という。）が記載されていると認める。 「亜硫酸水素ナトリウム処理された一本鎖ＤＮＡのスプリントアダプタータグ（ＳＰＬＡＴ）に基づくライブラリーを調製する方法であって、 ゲノムＤＮＡを３００～４００ｂｐにせん断し、亜硫酸水素ナトリウムで処理することによって変換されたＤＮＡを含む溶液に対し、ポリヌクレオチドキナーゼで処理をした後、当該ＤＮＡの３’末端とランダムヘキサマー３’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ１とをハイブリダイズさせ、両者をＴ４ ＤＮＡリガーゼによりライゲーションを行ってライゲーション反応混合物を得て、その後、当該ＤＮＡの５’末端とランダムヘキサマー５’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ２とをハイブリダイズさせ、両者をＴ４ ＤＮＡリガーゼによりライゲーションを行ってライゲーション反応混合物を得ることを含む、方法。」 ３ 甲１４の１に記載された事項及び甲１４の１に記載された発明 （１） 甲１４の１に記載された事項 甲１４の１ａ 標題、要旨 「T4 DNAリガーゼによるRNAのスプリントライゲーション」 「要旨 特定のRNA分子を連結するRNAのスプリントライゲーションは、T4 DNAリガーゼと、RNAと相補的な架橋DNAオリゴヌクレオチドを用いて行うことができる。この方法は、RNA:DNAハイブリッド構造にあるRNA分子を連結するT4 DNAリガーゼの特性を利用している。スプリントライゲーションは、RNA分子への修飾ヌクレオチドの導入、RNA内の特定の位置への放射性標識の挿入、そしてより小さな合成RNAからより長いRNA分子への組み立てに有用なツールである。このような修飾により、修飾RNAを用いた構造研究、共免疫沈降、RNA:RNAおよびRNA:タンパク質相互作用部位のマッピングなど、幅広い実験が可能になる。」 甲１４の１ｂ ２６０頁の図２ 「 ［図：0001434184000003.jpg］ 図２．2つのRNA分子を用いた典型的なスプリントライゲーションの模式図。まず、3’ RNAの5’末端をT4ポリヌクレオチドキナーゼ（PNK）を用いて32Pで標識する。続いて標識された3’ RNAを5’ RNAと混合し、架橋DNAオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせる。続いてT4 DNAリガーゼにより、RNA:DNAハイブリッド中の2つのRNAのライゲーションを触媒することができる。最後に、ライゲーション産物を反応中の他の分子から精製する。」 （２） 甲１４の１に記載された発明 甲１４の１には、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼによるＲＮＡのスプリントライゲーションに関する方法が記載されており（甲１４の１ａ）、具体的には、５’末端を３２Ｐで標識したＲＮＡ（３’ＲＮＡ）と、もう一つのＲＮＡ（５’ＲＮＡ）とを、これらのＲＮＡと相補的な架橋ＤＮＡオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせてＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッドを形成させた後、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼにより、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド中の３’ＲＮＡと５’ＲＮＡをライゲーションすることによって、ライゲーション産物を得る方法（甲１４の１ｂ）が記載されている。 したがって、甲１４の１には、以下の発明（以下「甲１４の１発明」という。）が記載されていると認める。 「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼによるＲＮＡのスプリントライゲーションに関する方法であって、５’末端を３２Ｐで標識したＲＮＡ（３’ＲＮＡ）を含む組成物に、もう一つのＲＮＡ（５’ＲＮＡ）を混合し、これらのＲＮＡと相補的な架橋ＤＮＡオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせてＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッドを形成させた後、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼにより、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド中の３’ＲＮＡと５’ＲＮＡをライゲーションすることによって、ライゲーション産物を得る方法。」 第５ 当審の判断 本件特許の請求項１～１７に係る特許は、申立理由１～４のいずれの理由によっても、取り消すことはできない。 その理由は、以下のとおりである。 １ 申立理由１（明確性要件違反）について 本件特許の請求項１に記載された「生物学的試料を取得した後かつ前記結合させるステップの前に修飾されない」について、本件特許の明細書（以下「本件明細書」という。）の段落【０１９１】には、「一部の実施形態では、標的核酸（例えば、ｓｓＮＡ）は、本明細書における足場アダプターまたはそれらの成分と結合させるステップの前に、長さに関して修飾されない。この文脈での「修飾されない」は、標的核酸が試料から単離され、次いで、標的核酸の長さも組成も修飾することなく、足場アダプターまたはそれらの成分と結合されることを意味する。」、「標的核酸（例えば、ｓｓＮＡ）の一方または両方の末端へのリン酸基または化学反応性基の付加は、一般に、核酸の修飾とも、核酸の長さの修飾とも見なされない。」と記載されている。 そうすると、請求項１に記載された「ｓｓＮＡ（一本鎖核酸）」が「修飾されない」とは、末端へのリン酸基や化学反応性基の付加は許容しつつ、ｓｓＮＡの核酸の長さや組成に変更がないことを意味すると理解できるから、請求項１に記載された「ｓｓＮＡ（一本鎖核酸）」が「一本鎖ｃＤＮＡ（ｓｓｃＤＮＡ）」を含むものであったとしても、ｃＤＮＡの調製において行う周知の修飾として申立人が列挙した「化学反応基の付加、酵素処理、ＰｏｌｙＡやＰｏｌｙＴの付加、ポリッシング」のうち、核酸の長さや組成が変化するものは、本件特許でいう「修飾」に該当し、変化しないものは該当しないことが、当業者であれば理解できる。また、核酸の「長さ」とは、核酸において、塩基配列を定める塩基の数であると解すべきことは当業者に明らかである。さらに、一本鎖ｃＤＮＡについて「修飾されない」ことを要求することが、技術的に矛盾を含むものでもない。 したがって、本件特許の請求項１及びこれを引用する請求項２～１７の記載は、明確である。 申立人は、申立書において、本件明細書の段落【０１４６】には、ｃＤＮＡの調製に必然的に伴う修飾である「末端処理」が列記されていることからみて、ｃＤＮＡを伴うｓｓＮＡを本件特許発明の方法で用いる場合、修飾である「末端処理」されたものを排除することは困難であるから、請求項１に記載された「修飾されない」の意味する範囲は不明である旨を主張する（申立書１２～１３頁）。 確かに、本件明細書の段落【０１４６】の第１文には、「末端処理」について、「一部の実施形態では、本明細書における方法は、一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物と、末端処理活性を有する薬剤とを、一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）分子が処理される条件下で接触させるステップを含み、それによって、末端処理されたｓｓＮＡ組成物が生成される。」と記載されている。 しかしながら、同段落の第２、３文における説明は、「末端処理」についての一般的な説明と理解することができ、同段落の第２、３文に列記された処理が、同段落の第１文の「末端処理」に含まれると解すべき事情は見あたらないから、本件特許の請求項１の「ｓｓＮＡ（一本鎖核酸）」が「修飾されない」ことの定義を変更するものではない。 そして、請求項１に記載された「ｓｓＮＡ（一本鎖核酸）」が「修飾されない」とは、末端へのリン酸基や化学反応性基の付加は許容しつつ、ｓｓＮＡの核酸の長さや組成に変更がないと理解できることは、既に説示したとおりであって、この判断は、本件明細書の段落【０１４６】の記載に左右されるものではない。 したがって、申立人の上記主張は、採用することができない。 ２ 申立理由２（実施可能要件違反）について 本件明細書の段落【００８７】、【００８８】、【０２０７】の記載は、以下のとおりである。 「【００８７】 一部の実施形態では、方法は、ｓｓＮＡ組成物と、オリゴヌクレオチドと、不確定配列の末端領域を有するｓｓＮＡの不均一集団のための足場として作用することができる様々なランダムｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域を有する複数の不均一足場ポリヌクレオチドとを結合させることにより、複合体を形成するステップを含む。」 「【００８８】 一部の実施形態では、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域は、既知配列のｓｓＮＡ末端領域とハイブリダイズするように設計された既知配列を含む。一部の実施形態では、既知配列の異なるｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域を有する２つまたはそれより多くの不均一足場ポリヌクレオチドは、既知配列のそれぞれのｓｓＮＡ末端領域とハイブリダイズするように設計される。ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域が既知配列を有する実施形態は、例えば、既知配列の末端領域を有するｓｓＮＡのサブセットからの核酸ライブラリーの生成に、有用であり得る。したがって、ある特定の実施形態では、本明細書における方法は、ｓｓＮＡ組成物と、オリゴヌクレオチドと、既知配列の１つまたは複数の末端領域を有する１つまたは複数のｓｓＮＡのための足場として作用することができる既知配列の１つまたは複数の異なるｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域を有する１つまたは複数の不均一足場ポリヌクレオチドとを結合させることにより、複合体を形成するステップを含む。」 「【０２０７】 一部の実施形態では、足場アダプターは、標的核酸を濃縮するために使用される。例えば、図５１に示されているように、足場アダプターを、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域内の塩基の一部またはすべてが定義されたまたは既知の塩基であるように、設計することができる。これらの足場アダプターは、足場アダプターｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域の定義されたまたは既知の塩基に相補的な配列を有する標的核酸と優先的にハイブリダイズすることができ、それによって、得られるライブラリー内の標的核酸が濃縮される。・・・」 上記のとおり、本件明細書の段落【００８７】、【００８８】、【０２０７】には、本件特許の請求項１に記載された「ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域」が、ランダム配列だけでなく、既知配列のｓｓＮＡ末端領域とハイブリダイズするように設計された既知配列を含むことが記載されている。 そうすると、本件明細書の記載に接した当業者は、本件特許の請求項１に記載された「ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域」には、「既知配列のｓｓＮＡ末端領域とハイブリダイズするように設計された既知配列」が含まれることを理解できるし、また、ハイブリダイズすれば本件発明の次の工程であるＩＩの工程によりライゲーションできることも理解できるから、ランダム配列だけでなく「既知配列のｓｓＮＡ末端領域とハイブリダイズするように設計された既知配列」である場合においても、本件特許の請求項１～１７に係る発明を実施し、その効果が得られることを理解できるといえる。 したがって、本件特許の明細書及び図面は、その発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が、本件特許の請求項１及びこれを引用する請求項２～１７に係る発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載したものである。 ３ 申立理由３（新規性欠如）、申立理由４（進歩性欠如）について ３－１ 甲７の１を主引例とする新規性欠如及び進歩性欠如（申立理由３－１、申立理由４－１） （１）本件発明１について ア 対比 本件発明１と甲７の１発明とを対比する。 甲７の１発明の「ゲノムＤＮＡを３００～４００ｂｐにせん断し、亜硫酸水素ナトリウムで処理することによって変換されたＤＮＡ」を用いた「亜硫酸水素ナトリウム処理された一本鎖ＤＮＡのスプリントアダプタータグ（ＳＰＬＡＴ）に基づくライブラリーを調製する方法」と、本件発明１の「一本鎖核酸結合タンパク質（ＳＳＢ）と結合されておらず、生物学的試料を取得した後から結合させるステップの前までの間に核酸の長さや組成についての修飾がされてない」「一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物」を用いた「核酸ライブラリーを生成する方法」とは、「一本鎖核酸」を用いた「核酸ライブラリーを生成する方法」である点に限り、一致する。 甲７の１発明の「ランダムヘキサマー３’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ１」のうち、「ランダムヘキサマー３’オーバーハング」を含む短鎖一本鎖部分は、変換されたＤＮＡをハイブリダイズする領域を含むものであり、残りの短鎖一本鎖部分は、「ランダムヘキサマー３’オーバーハング」を含む短鎖一本鎖部分とハイブリダイズする領域を含むものであるから、甲７の１発明の「ランダムヘキサマー３’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ１」のうち、「ランダムヘキサマー３’オーバーハング」を含む短鎖一本鎖部分は、本件発明１の「ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域」を含む「複数の第１の足場ポリヌクレオチド種」に相当し、残りの短鎖一本鎖部分は、本件発明１の「第１のオリゴヌクレオチド」に相当する。 そうすると、甲７の１発明の「当該ＤＮＡの３’末端とランダムヘキサマー３’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ１とをハイブリダイズさせ」る工程は、本件発明１の工程ＩのＡに相当し、甲７の１発明の「両者をＴ４ ＤＮＡリガーゼによりライゲーションを行ってライゲーション反応混合物を得」る工程は、本件発明１の工程ＩＩの「前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第１のｓｓＮＡ末端領域の隣接している末端を共有結合で連結させ」「それによって共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物を生成するステップ」に相当する。 また、甲７の１発明の「ＤＮＡの５’末端とランダムヘキサマー５’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ２」のうち、「ランダムヘキサマー５’オーバーハング」を含む短鎖一本鎖部分は、変換されたＤＮＡをハイブリダイズする領域を含むものであり、残りの短鎖一本鎖部分は、「ランダムヘキサマー５’オーバーハング」を含む短鎖一本鎖部分とハイブリダイズする領域を含むものであるから、甲７の１発明の「ＤＮＡの５’末端とランダムヘキサマー５’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ２」のうち、「ランダムヘキサマー５’オーバーハング」を含む短鎖一本鎖部分は、本件発明１の「ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域」を含む「複数の第２の足場ポリヌクレオチド種」に相当し、残りの短鎖一本鎖部分は、本件発明１の「第２のオリゴヌクレオチド」に相当する。 そうすると、甲７の１発明の「当該ＤＮＡの５’末端とランダムヘキサマー５’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ２とをハイブリダイズさせ」る工程は、本件発明１の工程ＩのＢに相当し、甲７の１発明の「両者をＴ４ ＤＮＡリガーゼによりライゲーションを行ってライゲーション反応混合物を得」る工程は、本件発明１の工程ＩＩの「前記第２のオリゴヌクレオチドおよび前記第２のｓｓＮＡ末端領域の隣接している末端を共有結合で連結させ」「それによって共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物を生成するステップ」に相当する。 したがって、本件発明１と甲７の１発明との一致点及び相違点は、次のとおりである。 ＜一致点＞ 「核酸ライブラリーを生成する方法であって、 Ｉ．（ｉ）一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物と、（ｉｉ）第１のオリゴヌクレオチドと、（ｉｉｉ）複数の第１の足場ポリヌクレオチド種と、（ｉｖ）第２のオリゴヌクレオチドと、（ｖ）複数の第２の足場ポリヌクレオチド種とを結合させるステップであって、 （ａ）前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種における各ポリヌクレオチドが、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第１のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域を含み； （ｂ）前記複数の第２の足場ポリヌクレオチド種における各ポリヌクレオチドが、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第２のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域を含み； （ｃ）前記核酸組成物、前記第１のオリゴヌクレオチド、前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種、前記第２のオリゴヌクレオチド、および前記複数の第２の足場ポリヌクレオチド種が、 Ａ．前記第１の足場ポリヌクレオチド種の分子が（ｉ）第１のｓｓＮＡ末端領域および（ｉｉ）前記第１のオリゴヌクレオチドの分子とハイブリダイズされ、それによって、前記第１のオリゴヌクレオチドの前記分子の末端が前記第１のｓｓＮＡ末端領域の末端に隣接しているハイブリダイゼーション産物を形成するものであり、 Ｂ．前記第２の足場ポリヌクレオチド種の分子が（ｉ）第２のｓｓＮＡ末端領域および（ｉｉ）前記第２のオリゴヌクレオチドの分子とハイブリダイズされ、それによって、前記第２のオリゴヌクレオチドの前記分子の末端が前記第２のｓｓＮＡ末端領域の末端に隣接しているハイブリダイゼーション産物を形成するものであって、 ＩＩ．前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第１のｓｓＮＡ末端領域の隣接している末端を共有結合で連結させ、かつ前記第２のオリゴヌクレオチドおよび前記第２のｓｓＮＡ末端領域の隣接している末端を共有結合で連結させ、それによって共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物を生成するステップ を含む、方法。」 ＜相違点＞ 相違点１ 一致点における工程Ｉの「結合させるステップ」について、本件発明１では、前記（ｃ）の条件Ａと条件Ｂとが「かつ」で結ばれた条件下で結合されることが特定されていることから、両者を同時に満足する条件下で行われるのに対し、甲７の１発明では、まず「当該ＤＮＡの３’末端とランダムヘキサマー３’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ１とをハイブリダイズさせ、両者をＴ４ ＤＮＡリガーゼによりライゲーションを行ってライゲーション反応混合物を得て」から「その後、当該ＤＮＡの５’末端とランダムヘキサマー５’オーバーハングを含む短鎖二本鎖アダプターであるｓｓ２とをハイブリダイズさせ、両者をＴ４ ＤＮＡリガーゼによりライゲーションを行ってライゲーション反応混合物を得る」ことが特定されていることから、条件Ａと条件Ｂの一方だけを満足する条件下で、順次行われる点。 相違点２ 「一本鎖核酸」を用いた「核酸ライブラリーを生成する方法」について、本件発明１は、「一本鎖核酸結合タンパク質（ＳＳＢ）と結合されておらず、生物学的試料を取得した後から結合させるステップの前までの間に核酸の長さや組成についての修飾がされてない」「一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物」を用いた「核酸ライブラリーを生成する方法」であるのに対し、甲７の１発明は、「ゲノムＤＮＡを３００～４００ｂｐにせん断し、亜硫酸水素ナトリウムで処理することによって変換されたＤＮＡ」を用いた「亜硫酸水素ナトリウム処理された一本鎖ＤＮＡのスプリントアダプタータグ（ＳＰＬＡＴ）に基づくライブラリーを調製する方法」である点。 イ 相違点１についての判断 工程Ｉの「結合させるステップ」は、ハイブリダイゼーションを生じさせる工程であるが、この工程Ｉの（ｃ）の条件として、所定の条件Ａと条件Ｂの両者を同時に満足する条件下で、工程Ｉの「結合させるステップ」を行うことと、両者の一方だけを満足する条件下で、工程Ｉの「結合させるステップ」を順次行うことは、技術的にみて同じ条件であるとはいえない。 したがって、相違点１は、実質的な相違点であるから、相違点２について検討するまでもなく、本件発明１は、甲７の１に記載された発明に該当しない。 甲７の１には、全ゲノム亜硫酸水素ナトリウムシーケンシング（ＷＧＢＳ）法における品質をＤＮＡメチル化のデータによって評価しようとすることが記載されている（甲７の１ｂ）ものの、工程Ｉの（ｃ）を、所定の条件Ａと条件Ｂの両者を同時に満足する条件下で行うことについて記載も示唆もない。 また、申立人が提出した甲６、甲１４の１、甲１、甲３、甲４、甲１５～甲１９を含む甲号証をみても、工程Ｉの（ｃ）を、所定の条件Ａと条件Ｂの両者を同時に満足する条件下で行うことが示唆されているとはいえない。 したがって、甲７の１発明において、工程Ｉの（ｃ）を、所定の条件Ａと条件Ｂの両者を同時に満足する条件下で行うものとして、相違点１に係る本件発明１の構成を備えたものとすることは、当業者といえども容易になし得たとはいえない。 ウ 効果について 本件特許の明細書には、Ｐ５とＰ７足場アダプター両方の組合せを用いること、すなわち、所定の条件Ａと条件Ｂの両者を同時に満足する条件下で工程Ｉの（ｃ）を行うことによって、適切なライブラリーが、５分ほども短いインキュベーション時間で生成されたこと（実施例１）、一本鎖ＤＮＡライブラリー調製方法をＲＮＡに応用することによって、より少ない酵素的ステップ、時間や試薬の節約に加えて、第２鎖合成を完全に省くことができるといった利益があること（実施例２）、アダプターと結合する前にｓｓＮＡを切断などにより修飾せず、サンプル核酸の末端情報を保存し、これを有効に利用できること（実施例４）が記載されており、このような本件発明１の奏する効果は、申立人が提出した甲７の１、甲６、甲１４の１、甲１、甲３、甲４、甲１５～甲１９を含む甲号証に示唆されるものではなく、本件特許の出願時の技術常識を踏まえても、当業者が予測できたものとはいえない。 （２）本件発明２～１７について 本件発明２～５、８、９、１１～１３、１５～１７は、本件発明１を引用するものであるから、甲７の１発明と対比すると、少なくとも相違点１の点で相違するものである。 また、本件発明６、７、１０、１４も、本件発明１を引用するものであるから、甲７の１発明と対比すると、少なくとも相違点１の点で相違するものである。 そして、上記（１）イで説示したように、相違点２について検討するまでもなく、相違点１は実質的な相違点であって、当業者が容易に想到し得たものではない。 （３）まとめ 以上のとおりであるから、請求項１～５、８、９、１１～１３、１５～１７に係る特許は、甲７の１に記載された発明に該当せず、また、請求項１～１７に係る特許は、甲７の１に記載された発明及び甲６、甲７の１、甲１、甲３、甲４、甲１４の１、甲１５～甲１９を含む甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものではない。 ３－２ 甲６を主引例とする新規性欠如及び進歩性欠如（申立理由３－２、申立理由４－２） （１）本件発明１について ア 対比 本件発明１と甲６発明とを対比する。 甲６発明のＤＮＡ断片は、一本鎖核酸結合タンパク質（ＳＳＢ）と結合されておらず、生物学的試料を取得した後から結合させるステップの前までの間に核酸の長さや組成についての修飾がされてないものであるから、甲６発明の「熱変性により一本鎖に分離されたＤＮＡ断片を含む溶液」を用いた「一本鎖ライブラリーを調製する方法」は、本件発明１の「一本鎖核酸結合タンパク質（ＳＳＢ）と結合されておらず、生物学的試料を取得した後から結合させるステップの前までの間に核酸の長さや組成についての修飾がされてない」「一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物」を用いた「核酸ライブラリーを生成する方法」に相当する。 甲６発明の「３’末端をビオチン化したアダプター分子」は、「スプリンターオリゴヌクレオチド」と「相補的な配列」を有するものであるから、本件発明１の「複数の第１の足場ポリヌクレオチド種」にハイブリダイズする「第１のオリゴヌクレオチド」に相当する。 甲６発明の「アダプター分子と相補的な配列を含み、かつ、６個のランダムヌクレオチドを含むスプリンターオリゴヌクレオチド」は、「アダプター分子と相補的な配列」を含むことから、アダプター分子をハイブリダイズするものであり、かつ、「６個のランダムヌクレオチドを含むスプリンターオリゴヌクレオチド」が「ＤＮＡ断片」と「ハイブリダイゼーション産物を形成」するものであるから、本件発明１の「ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第１のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域」を含む「複数の第１の足場ポリヌクレオチド種」に相当する。 そうすると、甲６発明の「熱変性により一本鎖に分離されたＤＮＡ断片」と「３’末端をビオチン化したアダプター分子」を「スプリンターオリゴヌクレオチド」を用いて「ハイブリダイゼーション産物を形成」する工程は、本件発明１の工程ＩのＡに相当し、甲６発明の「当該ＤＮＡ断片と当該アダプター分子とを結合」させる工程は、本件発明１の工程ＩＩの「前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第１のｓｓＮＡ末端領域の隣接している末端を共有結合で連結させ」「それによって共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物を生成するステップ」に相当する。 そうすると、本件発明１と甲６発明との一致点及び相違点は、次のとおりである。 ＜一致点＞ 「核酸ライブラリーを生成する方法であって、 Ｉ．（ｉ）一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物と、（ｉｉ）第１のオリゴヌクレオチドと、（ｉｉｉ）複数の第１の足場ポリヌクレオチド種とを結合させるステップであって、 （ａ）前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種における各ポリヌクレオチドが、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第１のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域を含み； （ｃ）前記核酸組成物、前記第１のオリゴヌクレオチド、前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種が、 Ａ．前記第１の足場ポリヌクレオチド種の分子が（ｉ）第１のｓｓＮＡ末端領域および（ｉｉ）前記第１のオリゴヌクレオチドの分子とハイブリダイズされ、それによって、前記第１のオリゴヌクレオチドの前記分子の末端が前記第１のｓｓＮＡ末端領域の末端に隣接しているハイブリダイゼーション産物を形成する 条件下で結合され； （ｄ）前記ｓｓＮＡが、前記結合させるステップの前または前記結合させるステップ中に一本鎖核酸結合タンパク質（ＳＳＢ）と結合されず、前記ｓｓＮＡも前記ｓｓＮＡを含む核酸も、生物学的試料を取得した後かつ前記結合させるステップの前に修飾されない、ステップ、ならびに ＩＩ．前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第１のｓｓＮＡ末端領域の隣接している末端を共有結合で連結させ、それによって共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物を生成するステップ を含む、方法。」 ＜相違点＞ 相違点３ 一致点における工程Ｉの「結合させるステップ」について、本件発明１では、前記（ｃ）の条件Ａに加えて、「Ｂ．前記第２の足場ポリヌクレオチド種の分子が（ｉ）第２のｓｓＮＡ末端領域および（ｉｉ）前記第２のオリゴヌクレオチドの分子とハイブリダイズされ、それによって、前記第２のオリゴヌクレオチドの前記分子の末端が前記第２のｓｓＮＡ末端領域の末端に隣接しているハイブリダイゼーション産物を形成する」という条件Ｂが存在し、両者が「かつ」で結ばれた条件下で結合されることが特定されていることから、両者を同時に満足する条件下で行われるのに対し、甲６発明では、条件Ｂに対応する事項が特定されていない点。 イ 相違点３についての判断 「第１のオリゴヌクレオチド、複数の第１の足場ポリヌクレオチド種」を用いることと、「第１のオリゴヌクレオチド、複数の第１の足場ポリヌクレオチド種」に加えて「第２のオリゴヌクレオチド」と「複数の第２の足場ポリヌクレオチド種」を用いることは、技術的にみて明らかな相違点である。 したがって、相違点３は、実質的な相違点であるから、本件発明１は、甲６に記載された発明に該当しない。 甲７の１には、本件発明１における「第２のオリゴヌクレオチド」と、「ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第２のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域」を含む「複数の第２の足場ポリヌクレオチド種」を含むことが記載されている（甲７の１ｃ～ｅ）。 しかしながら、上記３－１（１）イで説示したように、甲７の１には、全ゲノム亜硫酸水素ナトリウムシーケンシング（ＷＧＢＳ）法における品質をＤＮＡメチル化のデータによって評価しようとすることが記載されている（甲７の１ｂ）ものの、工程Ｉの（ｃ）の条件Ａに加えて、「Ｂ．前記第２の足場ポリヌクレオチド種の分子が（ｉ）第２のｓｓＮＡ末端領域および（ｉｉ）前記第２のオリゴヌクレオチドの分子とハイブリダイズされ、それによって、前記第２のオリゴヌクレオチドの前記分子の末端が前記第２のｓｓＮＡ末端領域の末端に隣接しているハイブリダイゼーション産物を形成する」という条件Ｂの両者を同時に満足する条件下で工程Ｉの（ｃ）を行うことについて記載も示唆もないし、申立人が提出した甲１４の１、甲１、甲３、甲４、甲１５～甲１９を含む甲号証をみても、所定の条件Ａと条件Ｂの両者を同時に満足する条件下で工程Ｉの（ｃ）を行うことが示唆されているとはいえない。 したがって、甲７の１において、本件発明１における「第２のオリゴヌクレオチド」と、「ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第２のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域」を含む「複数の第２の足場ポリヌクレオチド種」を用いることが示唆されていたとしても、甲６発明において、相違点３に係る本件発明１の構成を備えたものとすることは、当業者といえども容易になし得たとはいえない。 ウ 効果について 上記３－１（１）ウで説示したように、本件発明１の奏する効果は、申立人が提出した甲７の１、甲６、甲１４の１、甲１、甲３、甲４、甲１５～甲１９を含む甲号証に示唆されるものではなく、本件特許の出願時の技術常識を踏まえても、当業者が予測できたものとはいえない。 （２）本件発明２～１７について 本件発明２～５、８、９、１１～１３、１５～１７は、本件発明１を引用するものであるから、甲６発明と対比すると、少なくとも相違点３の点で相違するものである。 また、本件発明６、７、１０、１４も、本件発明１を引用するものであるから、甲６発明と対比すると、少なくとも相違点３の点で相違するものである。 そして、上記（１）イで説示したように、相違点３は実質的な相違点であって、当業者が容易に想到し得たものではない。 （３）まとめ 以上のとおりであるから、請求項１～５、８、９、１１～１３、１５～１７に係る特許は、甲６に記載された発明に該当せず、また、請求項１～１７に係る特許は、甲６に記載された発明及び甲６、甲７の１、甲１、甲３、甲４、甲１４の１、甲１５～甲１９を含む甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものではない。 ３－３ 甲１４の１を主引例とする進歩性欠如（申立理由４－３） （１）本件発明１について ア 対比 本件発明１と甲１４の１発明とを対比する。 甲１４の１発明の「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼによるＲＮＡのスプリントライゲーションに関する方法」と、本件発明１の「核酸ライブラリーを生成する方法」は、「核酸に関する方法」である点に限り、一致する。 甲１４の１発明の「５’末端を３２Ｐで標識したＲＮＡ（３’ＲＮＡ）を含む組成物」は、本件発明１の「一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物」に相当する。 甲１４の１発明の「これらのＲＮＡと相補的な架橋ＤＮＡオリゴヌクレオチド」は、５’末端を３２Ｐで標識したＲＮＡ（３’ＲＮＡ）」と「もう一つのＲＮＡ（５’ＲＮＡ）」の両方にハイブリダイズするものであるから、本件発明１の「ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第１のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域」を含む「複数の第１の足場ポリヌクレオチド種」に相当する。 甲１４の１発明の「もう一つのＲＮＡ（５’ＲＮＡ）」は、「これらのＲＮＡと相補的な架橋ＤＮＡオリゴヌクレオチド」とハイブリダイズするものであるから、本件発明１の「複数の第１の足場ポリヌクレオチド種」にハイブリダイズする「第１のオリゴヌクレオチド」に相当する。 そうすると、甲１４の１発明の「５’末端を３２Ｐで標識したＲＮＡ（３’ＲＮＡ）」と「もう一つのＲＮＡ（５’ＲＮＡ）」「と相補的な架橋ＤＮＡオリゴヌクレオチドとハイブリダイズさせてＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッドを形成」させる工程は、本件発明１の工程ＩのＡに相当し、甲１４の１発明の「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼにより、ＲＮＡ：ＤＮＡハイブリッド中の３’ＲＮＡと５’ＲＮＡをライゲーションすることによって、ライゲーション産物を得る」工程は、本件発明１の工程ＩＩの「前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第１のｓｓＮＡ末端領域の隣接している末端を共有結合で連結させ」「それによって共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物を生成するステップ」に相当する。 さらに、甲１４の１発明の「５’末端を３２Ｐで標識したＲＮＡ（３’ＲＮＡ）」は、一本鎖核酸結合タンパク質（ＳＳＢ）と結合されておらず、生物学的試料を取得した後から結合させるステップの前までの間に核酸の長さや組成についての修飾がされてないものである。 そうすると、本件発明１と甲１４の１発明との一致点及び相違点は、次のとおりである。 ＜一致点＞ 「核酸に関する方法であって、 Ｉ．（ｉ）一本鎖核酸（ｓｓＮＡ）を含む核酸組成物と、（ｉｉ）第１のオリゴヌクレオチドと、（ｉｉｉ）複数の第１の足場ポリヌクレオチド種を結合させるステップであって、 （ａ）前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種における各ポリヌクレオチドが、ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第１のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域を含み； （ｃ）前記核酸組成物、前記第１のオリゴヌクレオチド、前記複数の第１の足場ポリヌクレオチド種が、 Ａ．前記第１の足場ポリヌクレオチド種の分子が（ｉ）第１のｓｓＮＡ末端領域および（ｉｉ）前記第１のオリゴヌクレオチドの分子とハイブリダイズされ、それによって、前記第１のオリゴヌクレオチドの前記分子の末端が前記第１のｓｓＮＡ末端領域の末端に隣接しているハイブリダイゼーション産物を形成する 条件下で結合され； （ｄ）前記ｓｓＮＡが、前記結合させるステップの前または前記結合させるステップ中に一本鎖核酸結合タンパク質（ＳＳＢ）と結合されず、前記ｓｓＮＡも前記ｓｓＮＡを含む核酸も、生物学的試料を取得した後かつ前記結合させるステップの前に修飾されない、ステップ、ならびに ＩＩ．前記第１のオリゴヌクレオチドおよび前記第１のｓｓＮＡ末端領域の隣接している末端を共有結合で連結させ、それによって共有結合で連結されたハイブリダイゼーション産物を生成するステップ を含む、方法。」 ＜相違点＞ 相違点４ 核酸に関する方法が、本件発明１では、「核酸ライブラリーを生成する方法」であるのに対し、甲１４の１発明では、「Ｔ４ ＤＮＡリガーゼによるＲＮＡのスプリントライゲーションに関する方法」である点。 相違点５ 一致点における工程Ｉの「結合させるステップ」について、本件発明１では、前記（ｃ）の条件Ａと条件Ｂとが「かつ」で結ばれた条件下で結合されることが特定されていることから、両者を同時に満足する条件下で行われるものであるのに対し、甲１４の１発明では、対応する事項が特定されていない点。 イ 相違点５についての判断 事案に鑑み、相違点５について検討する。 相違点５は、相違点３と実質的に同じである。 したがって、上記３－２（１）イで説示したように、甲７の１において、本件発明１における「第２のオリゴヌクレオチド」と、「ｓｓＮＡハイブリダイゼーション領域および第２のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション領域」を含む「複数の第２の足場ポリヌクレオチド種」を用いることが示唆されていたとしても、工程Ｉの（ｃ）の条件Ａに加えて、「Ｂ．前記第２の足場ポリヌクレオチド種の分子が（ｉ）第２のｓｓＮＡ末端領域および（ｉｉ）前記第２のオリゴヌクレオチドの分子とハイブリダイズされ、それによって、前記第２のオリゴヌクレオチドの前記分子の末端が前記第２のｓｓＮＡ末端領域の末端に隣接しているハイブリダイゼーション産物を形成する」という条件Ｂの両者を同時に満足する条件下で工程Ｉの（ｃ）を行うことについて記載も示唆もないし、申立人が提出した甲１４の１、甲１、甲３、甲４、甲１５～甲１９を含む甲号証をみても、所定の条件Ａと条件Ｂの両者を同時に満足する条件下で工程Ｉの（ｃ）を行うことが示唆されているとはいえない。 よって、甲１４の１発明において、相違点５に係る本件発明１の構成を備えたものとすることは、当業者といえども容易になし得たとはいえない。 ウ 効果について 上記３－１（１）ウで説示したように、本件発明１の奏する効果は、申立人が提出した甲７の１、甲６、甲１４の１、甲１、甲３、甲４、甲１５～甲１９を含む甲号証に示唆されるものではなく、本件特許の出願時の技術常識を踏まえても、当業者が予測できたものとはいえない。 （３）まとめ 以上のとおりであるから、請求項１に係る特許は、相違点４について検討するまでもなく、甲１４の１に記載された発明及び甲１４の１、甲７の１、甲１を含む甲号証に記載された事項に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものではない。 第６ むすび 以上のとおり、本件特許の請求項１～１７に係る特許を、特許異議申立書に記載した申立理由によって取り消すことはできない。 また、他に本件特許の請求項１～１７に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。 よって、結論のとおり決定する。