2022-701192

特許第７０７８８１２号発明「ＲＮＡの免疫原性を低減するための方法」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。

結 論 特許第７０７８８１２号の特許請求の範囲を訂正請求書に添付した訂正特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項〔１～１２〕、〔１３～１４〕について訂正することを認める。 特許第７０７８８１２号の請求項１～１４に係る特許を維持する。

理 由 第１ 手続の経緯 特許第７０７８８１２号（以下、「本件特許」という。）に係る発明についての出願（特願２０１８－５０９８９１号）は、２０１６年（平成２８年）８月２４日（パリ条約による優先権主張 ２０１５年８月２８日 （ＥＰ）欧州特許庁）を国際出願日とするものであり、令和４年５月２４日にその特許権の設定登録（請求項の数 １４）がされたものである。 これに対して、特許異議申立人 伊藤 匠（以下「申立人」という。）から、令和４年１２月１日提出の特許異議申立書によって、本件特許の全ての請求項１～１４に係る発明の特許を取り消すべき旨の特許異議の申立てがされた。以降の主な手続の経緯は下記のとおりである。 令和５年 ３月 ８日付け 取消理由通知書 同年 ６月１２日提出 意見書（特許権者） 同年 ９月１４日付け 取消理由通知書（決定の予告） 同年１０月３０日提出 訂正請求書及び意見書（特許権者） なお、申立人に対し、令和５年１１月１５日付け通知書により、上記訂正の請求があった旨を通知し、意見を述べる機会を与えたが、申立人から意見書は提出されなかった。 第２ 訂正の適否についての判断 １ 訂正の趣旨 令和５年１０月３０日提出の訂正請求書による訂正（以下「本件訂正」という。）は、本件特許の特許請求の範囲を、訂正請求書に添付した訂正特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項１～１４について訂正することを求めるものである。 ２ 訂正の内容 本件訂正の内容は、以下のとおりである。 （１）訂正事項１ 特許請求の範囲の請求項１の「少なくとも1種のペプチド又はタンパク質・・・を生産する方法であって、」、「前記修飾RNAによってコードされるペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列は、」及び「前記非修飾RNAによってコードされるペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、」という記載を、それぞれ「少なくとも1種のタンパク質・・・を生産する方法であって、」、「前記修飾RNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列は、」及び「前記非修飾RNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、」という記載に訂正する。 （２）訂正事項２ 特許請求の範囲の請求項１の「少なくとも1種の・・・を生産する方法であって、」という記載の直後に、「前記タンパク質がエリスロポエチンであり、」という記載を追加する。 （３）訂正事項３ 特許請求の範囲の請求項３の「少なくとも1種のペプチド又はタンパク質・・・を準備する方法であって、」、「前記第2のRNAによってコードされるペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列は、」及び「前記第1のRNAによってコードされるペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、」という記載を、それぞれ「少なくとも1種のタンパク質・・・を準備する方法であって、」、「前記第2のRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列は、」、及び「前記第1のRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、」という記載に訂正する。 （４）訂正事項４ 特許請求の範囲の請求項３の「少なくとも1種の・・・を準備する方法であって、」という記載の直後に、「前記タンパク質がエリスロポエチンであり、」という記載を追加する。 （５）訂正事項５ 特許請求の範囲の請求項４の「ペプチド又はタンパク質が、」という記載を、「タンパク質が、」に訂正する。 （６）訂正事項６ 特許請求の範囲の請求項５の「Ｕ含有量を低減することにより修飾されたRNAによってコードされるペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列が、」及び「非修飾RNAによってコードされるペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列と同一である、」という記載を、それぞれ「Ｕ含有量を低減することにより修飾されたRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列が、」及び「非修飾RNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一である、」という記載に訂正する。 （７）訂正事項７ 特許請求の範囲の請求項１２の「少なくとも1種のペプチド又はタンパク質・・・を得る方法であって、」という記載を、「少なくとも1種のタンパク質を・・・を得る方法であって、」という記載に訂正する。 （８）訂正事項８ 特許請求の範囲の請求項１２の「少なくとも1種の・・・を得る方法であって、」という記載の直後に、「前記タンパク質がエリスロポエチンであり、」という記載を追加する。 （９）訂正事項９ 特許請求の範囲の請求項１３に「少なくとも1種のペプチド又はタンパク質を・・・であって、」、「前記修飾RNAによってコードされるペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列は、」及び「前記天然に存在するRNAによってコードされるペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、」という記載を、それぞれ「少なくとも1種のタンパク質を・・・であって、」、「前記修飾RNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列は、」及び「前記天然に存在するRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、」という記載に訂正する。 （１０）訂正事項１０ 特許請求の範囲の請求項１３の「少なくとも1種の・・・であって、」という記載の直後に、「前記タンパク質がエリスロポエチンであり、」という記載を追加する。 （１１）一群の請求項について 訂正前の請求項２及び４～１１は請求項１を引用するものであり、請求項４～１２は請求項３を引用するものである。 また、請求項１４は請求項１３を引用するものである。 よって、訂正前の請求項１～１２に対応する訂正後の請求項１～１２、並びに訂正後の請求項１３及び１４に対応する訂正後の請求項１３及び１４は、それぞれ特許法第１２０条の５第４項に規定する一群の請求項であるから、訂正事項１～１０は、一群の請求項に対して請求されたものである。 ３ 訂正の目的の適否、新規事項の有無、及び特許請求の範囲の拡張・変更の存否 （１）訂正事項１、３、５～７及び９について 訂正事項１、３、５～７及び９は、訂正前の請求項１、３～５、１２及び１３における「ペプチド又はタンパク質」という選択肢から「ペプチド」を削除して、「タンパク質」のみにするものであるから、当該訂正事項１、３、５～７及び９は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。 そして、訂正事項１、３、５～７及び９は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、カテゴリーや対象、目的を変更するものには該当しない訂正であるから、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項及び第６項に適合するものである。 （２）訂正事項２、４、８及び１０について 訂正事項２、４、８及び１０は、訂正前の請求項１、３、１２及び１３における「タンパク質」を「エリスロポエチン」に限定するものであるから、当該訂正事項２、４、８及び１０は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に規定する特許請求の範囲の減縮を目的とするものである。 そして、訂正事項２、４、８及び１０は、願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であり、カテゴリーや対象、目的を変更するものには該当しない訂正であるから、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項及び第６項に適合するものである。 （３）独立特許要件について 本件特許異議の申立てにおいては、訂正前の請求項１～１４について特許異議の申立てがされているので、特許法第１２０条の５第９項において読み替えて準用する同法第１２６条７項の独立特許要件は課されない。 ４ 小括 以上のとおりであるから、本件訂正は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に掲げる事項を目的とするものであり、かつ、同条第９項で準用する同法第１２６条第５項及び第６項の規定に適合する。 したがって、特許請求の範囲を、訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項〔１～１２〕、〔１３～１４〕について訂正することを認める。 第３ 本件訂正発明 上記第２のとおり、本件訂正は認められるので、本件特許の請求項１～１４に係る発明は、訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲の請求項１～１４に記載された事項により特定される、次のとおりのものである。 以下、本件特許の請求項１～１４に係る発明を、請求項の番号順に、それぞれ「本件訂正発明１」等といい、これらをまとめて「本件訂正発明」ともいう。 「【請求項１】 少なくとも1種のタンパク質をコードする修飾RNAを生産する方法であって、前記タンパク質がエリスロポエチンであり、ウリジン(U)含有量を低減することによってRNAのヌクレオチド配列を修飾する工程を含み、U含有量の前記低減は、RNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換を含み、前記U以外のヌクレオシドが、アデノシン(A)、グアノシン(G)、及びシチジン(C)からなる群から選択され、前記修飾RNAはAに富み、非修飾RNAと比較して少なくとも40%までA含有量が増大しており、前記修飾RNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列は、前記非修飾RNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、前記RNAの修飾は、前記RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす、方法。 【請求項２】 (i)第1のRNAのヌクレオチド配列を準備する工程と、 (ii)第1のRNAのヌクレオチド配列と比較して低減されたU含有量を含む第2のRNAのヌクレオチド配列を設計する工程と (iii)第2のRNAを準備する工程と を含む、請求項1に記載の方法。 【請求項３】 少なくとも1種のタンパク質をコードするRNAの転写のための核酸分子を準備する方法であって、前記タンパク質がエリスロポエチンであり、 (i)第1のRNAのヌクレオチド配列をコードする第1のDNA配列を準備する工程と、 (ii)第1のRNAのヌクレオチド配列と比較して低減されたU含有量を含む第2のRNAのヌクレオチド配列をコードする第2のDNA配列を設計する工程であって、U含有量の前記低減は、RNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換を含む、工程と、 (iii)第2のDNA配列を含む核酸分子を準備する工程と を含み、前記U以外のヌクレオシドが、アデノシン(A)、グアノシン(G)、及びシチジン(C)からなる群から選択され、第2のRNAはAに富み、第1のRNAと比較して少なくとも40%までA含有量が増大しており、前記第2のRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列は、前記第1のRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、前記第2のRNAは、前記第1のRNAと比較して、細胞と接触した際に、これらの細胞からIFN-αの減少した分泌をもたらす、方法。 【請求項４】 タンパク質が、薬学的に活性、又は抗原性である、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。 【請求項５】 U含有量を低減することにより修飾されたRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列が、非修飾RNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一である、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。 【請求項６】 前記低減されたU含有量が、U含有量を低減することにより修飾されたRNAを非修飾RNAと比較してより低い免疫原性にする、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。 【請求項７】 U含有量を低減することにより修飾されたRNA中のU含有量が、非修飾RNAと比較して少なくとも10%、好ましくは少なくとも20%、より好ましくは少なくとも30%低減される、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。 【請求項８】 U含有量が、RNAの5'非翻訳領域、コード領域、及び3'非翻訳領域のうちの1つ又は複数において低減される、請求項1から7のいずれか一項に記載の方法。 【請求項９】 U含有量が、RNAのコード領域内で低減される、請求項1から8のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１０】 U含有量の前記低減が、少なくとも1個のUヌクレオシドを含むコドンを、同じアミノ酸をコードするが、より少ないUヌクレオシドを含む、好ましくはUヌクレオシドを含まない他のコドンによって変更する工程を含む、請求項1から9のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１１】 RNAがmRNAである、請求項1から10のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１２】 少なくとも1種のタンパク質をコードするRNAを得る方法であって、前記タンパク質がエリスロポエチンであり、(i)請求項3から11のいずれか一項に記載の方法に従ってRNA転写のための核酸分子を準備する工程と、(ii)鋳型として核酸分子を使用してRNAを転写する工程とを含む方法。 【請求項１３】 少なくとも1種のタンパク質をコードし、Aに富む修飾RNAであつて、前記タンパク質がエリスロポエチンであり、天然に存在するRNAから由来し、前記天然に存在するRNAと比較して低減されたU含有量を含むヌクレオチド配列を有し、U含有量の前記低減は、RNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換を含み、前記U以外のヌクレオシドが、アデノシン(A)、グアノシン(G)、及びシチジン(C)からなる群から選択され、前記修飾RNAのA含有量は、前記天然に存在するRNAと比較して少なくとも40%まで増大しており、前記修飾RNAによってコードされるタンパク質のアミノ撃配列は、前記天然に存在するRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、前記RNAの修飾は、前記RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす、修飾RNA。 【請求項１４】 治療における使用のための、請求項13に記載の修飾RNA。」 第４ 取消理由通知（決定の予告）の概要 本件訂正前の請求項１～１４に係る特許に対して、当審において令和５年９月１４日付け取消理由通知（決定の予告）で特許権者に通知した［取消理由１（進歩性）］の概要は、下記のとおりである。 なお、以下では、申立人が提出した甲第１号証、甲第２号証、・・・を、各甲号証の番号順に「甲１」、「甲２」・・・のように記載する。また、［取消理由１（進歩性）］は、申立人による進歩性の申立理由（以下「申立理由１」という。）と同趣旨である。 ［取消理由１（進歩性）］ 本件特許の請求項１～１４に係る発明は、本件特許の優先日前に日本国内又は外国において頒布された甲１～甲４に記載された発明又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明に基いて、本件特許の優先日前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから、上記請求項１～１４に係る特許は、特許法第２９条第２項の規定に違反してされたものであり、同法第１１３条第２号に該当し、取り消されるべきものである。 ＜甲号証一覧＞ 甲１：特表２０１５－５１３９１６号公報 甲２：Florian Heil et al., SCIENCE, Vol.303, 5 March 2004, p.1526-1529 甲３：Angela Meier et al., Journal of Virology, Vol.81, No.15, Aug.2007, p.8180-8191 甲４：特表２０１１－５１０６４０号公報 第５ 取消理由１（進歩性）についての当審の判断 １ 甲１に記載された事項及び甲１に記載された発明 （１）甲１には、以下の事項が記載されている。なお、下線は当審において付したものである。以下同様。 （甲１ａ） 「【請求項１】 目的のポリペプチドをインビボで産生する方法であって、前記目的のポリペプチドをコードする少なくとも１つの単離ｍＲＮＡに哺乳動物の細胞、組織又は生体を接触させることを含み、前記目的のポリペプチドは、フルクトース二リン酸アルドラーゼＡ（ＡＬＤＯＡ）、α－メチルアシル－ＣｏＡラセマーゼ（ＡＭＡＣＲ）、・・・コロニー刺激因子２（顆粒球マクロファージ）（ＧＭ－ＣＳＦ）、コロニー刺激因子３（顆粒球）（ＧＣＳＦ）、デオキシリボヌクレアーゼＩ（ＤＮＡｓｅ１）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、・・・血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）、及びＸ連鎖アポトーシス阻害剤（ＸＩＡＰ）からなる群より選択される、前記方法。 ・・・ 【請求項６】 前記単離ｍＲＮＡは、少なくとも１つの化学的に修飾されたヌクレオシドを含む、請求項１記載の方法。 【請求項７】 前記少なくとも１つの化学的に修飾されたヌクレオシドは、ピリジン－４－オン・リボヌクレオシド、５－アザ－ウリジン、２－チオ－５－アザ－ウリジン、２－チオウリジン、４－チオ－シュードウリジン、２－チオ－シュードウリジン、５－ヒドロキシウリジン、３－メチルウリジン、５－カルボキシメチル－ウリジン、１－カルボキシメチル－シュードウリジン、５－プロピニル－ウリジン、１－プロピニル－シュードウリジン、５－タウリノメチルウリジン、１－タウリノメチル－シュードウリジン、５－タウリノメチル－２－チオ－ウリジン、１－タウリノメチル－４－チオ－ウリジン、５－メチル－ウリジン、１－メチルシュードウリジン、４－チオ－１－メチル－シュードウリジン、２－チオ－１－メチル－シュードウリジン、１－メチル－１－デアザ－シュードウリジン、２－チオ－１－メチル－１－デアザ－シュードウリジン、ジヒドロウリジン、ジヒドロシュードウリジン、２－チオ－ジヒドロウリジン、２－チオ－ジヒドロシュードウリジン、２－メトキシウリジン、２－メトキシ－４－チオ－ウリジン、４－メトキシ－シュードウリジン、４－メトキシ－２－チオ－シュードウリジン、５－アザ－シチジン、シュードイソシチジン、・・・７－デアザ－８－アザ－アデニン、７－デアザ－２－アミノプリン、７－デアザ－８－アザ－２－アミノプリン、７－デアザ－２，６－ジアミノプリン、７－デアザ－８－アザ－２，６－ジアミノプリン、１－メチルアデノシン、Ｎ６－メチルアデノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデノシン、Ｎ６－（シス－ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－（シス－ヒドロキシイソペンテニル）アデノシン、Ｎ６－グリシニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６－スレオニルカルバモイルアデノシン、２－メチルチオ－Ｎ６－スレオニルカルバモイルアデノシン、Ｎ６，Ｎ６－ジメチルアデノシン、７－メチルアデニン、２－メチルチオ－アデニン、２－メトキシ－アデニン、イノシン、１－メチル－イノシン、ワイオシン、ワイブトシン、７－デアザ－グアノシン、７－デアザ－８－アザ－グアノシン、６－チオ－グアノシン、・・・、及びＮ２，Ｎ２－ジメチル－６－チオ－グアノシンからなる群より選択される、請求項６記載の方法。 【請求項８】 前記単離ｍＲＮＡは製剤化される、請求項１記載の方法。 ・・・ 【請求項１１】 前記単離ｍＲＮＡは、１日合計１ｕｇ～１５０ｕｇの用量で投与される、請求項８記載の方法。 【請求項１２】 前記単離ｍＲＮＡは、２以上の均等又は不均等に分割した用量で投与される、請求項１記載の方法。」（請求項１～１２） （甲１ｂ） 「【０００４】 発明の分野 本発明は、ポリヌクレオチド、一次構築物、および修飾ｍＲＮＡ分子（ｍｍＲＮＡ）の組成、これらの設計、調製、製造、および／または製剤化の方法、プロセス、キット、ならびにデバイスに関する。 ・・・ 【０００７】 他者は、目的とするポリペプチドを送達するためのｍＲＮＡの使用を研究しており、ｍＲＮＡ分子のある特定の化学修飾、具体的には、シュードウリジンおよび５－メチル－シトシンが免疫刺激作用を低下させたことを示している。 ・・・ 【００１１】 本発明は、目的とするポリペプチド（例えば、修飾ｍＲＮＡまたはｍｍＲＮＡ）をコードし、当技術分野における課題のうちの１つ以上を回避する構造的および／または化学的特徴、例えば、構造的および機能的完全性を保持し、発現の閾値を克服し、発現速度、半減期、および／またはタンパク質濃度を改善し、タンパク質局在化を最適化し、かつ免疫応答等の有害な生物応答および／または分解経路を回避しながら、核酸系治療薬の製剤化および送達の最適化に有用な特徴を有する核酸系化合物またはポリヌクレオチドを提供することによって、この必要性に対処する。 ・・・ 【００１８】 本発明に従って、これらのポリヌクレオチドは、好ましくは、当技術分野の他のポリペプチドをコードする分子の欠陥を回避するように修飾される。したがって、これらのポリヌクレオチドは、修飾ｍＲＮＡまたはｍｍＲＮＡと称される。 」（【０００４】～【００１８】） （甲１ｃ） 「【０１６５】 ＩＩ．ｍｍＲＮＡの設計および合成 本発明に従って用いるポリヌクレオチド、一次構築物、またはｍｍＲＮＡは、化学合成、一般にインビトロ転写（ＩＶＴ）と称される酵素合成、またはより長い前駆体の酵素的もしくは化学的切断等を含むが、これらに限定されない任意の利用可能な技法に従って調製され得る。ＲＮＡを合成する方法は、当技術分野において既知である・・・。 【０１６６】 本発明の一次構築物の設計および合成のプロセスは、概して、遺伝子構築ステップ、ｍＲＮＡ産生ステップ（修飾を伴うか、または伴わない）、および精製ステップを含む。酵素合成方法において、目的とするポリペプチドをコードする標的ポリヌクレオチド配列が、増幅されてｃＤＮＡ鋳型を産生するベクターへの組み込みのために最初に選択される。任意に、標的ポリヌクレオチド配列および／または任意の隣接配列は、コドン最適化され得る。その後、ｃＤＮＡ鋳型を用いて、インビトロ転写（ＩＶＴ）によってｍＲＮＡを産生する。産生後、ｍＲＮＡは、精製および浄化プロセスを経り得る。これらのステップは、以下でより詳細に提供される。 【０１６７】 遺伝子構築 遺伝子構築ステップは、遺伝子合成、ベクター増幅、プラスミド精製、プラスミド線形化および浄化、ならびにｃＤＮＡ鋳型合成および浄化を含み得るが、これらに限定されない。 【０１６８】 遺伝子合成 目的とするポリペプチドまたは標的が産生のために選択された時点で、一次構築物が設計される。一次構築物内で、目的とするポリペプチドをコードする結合ヌクレオシドの第１の領域は、選択された核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）転写物のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を用いて構築され得る。ＯＲＦは、野生型ＯＲＦ、アイソフォーム、変異形、またはその断片を含み得る。本明細書で使用するとき、「オープンリーディングフレーム」または「ＯＲＦ」は、目的とするポリペプチドをコードすることができる核酸配列（ＤＮＡまたはＲＮＡ）を指すよう意図される。ＯＲＦは、多くの場合、開始コドンＡＴＧで始まり、ナンセンスまたは終止コドンもしくはシグナルで終わる。 ・・・ 【０１７１】 ・・・ 本発明のいくつかの実施形態において有益であると見なされ得る特徴は、一次構築物によってコードされ得、第１または第２の隣接領域としてＯＲＦに隣接し得る。この隣接領域は、ＯＲＦの最適化前および／または後に一次構築物に組み込まれ得る。一次構築物が５’隣接領域と３’隣接領域の両方を含有する必要はない。そのような特徴の例には、非翻訳領域（ＵＴＲ）、コザック配列、オリゴ（ｄＴ）配列、および検出可能なタグが挙げられるが、これらに限定されず、ＸｂａＩ認識を有し得る複数のクローニング部位も挙げられ得る。 【０１７２】 いくつかの実施形態において、５’ＵＴＲおよび／または３’ＵＴＲが、隣接領域として提供され得る。複数の５’または３’ＵＴＲが、隣接領域に含まれ得、同一または異なる配列であり得る。隣接領域の任意の部分（そのような部分がない場合を含み）が、コドン最適化され得、それらのいずれも、独立して、コドン最適化の前および／または後に１つ以上の異なる構造または化学修飾を含有し得る。特徴の組み合わせは、第１および第２の隣接領域に含まれ得、他の特徴内に含有され得る。例えば、ＯＲＦは、ポリＡ尾部の鋳型付加のために、強力なコザック翻訳開始シグナルを含有し得る５’ＵＴＲおよび／またはオリゴ（ｄＴ）配列を含み得る３’ＵＴＲに隣接し得る。参照により全体が本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２０１００２９３６２５号に記載の５’ＵＴＲ等の５’ＵＴＲは、同一および／または異なる遺伝子由来の第１のポリヌクレオチド断片および第２のポリヌクレオチド断片を含み得る。 【０１７３】 表２および３は、隣接領域として本発明の一次構築物において利用され得る例示のＵＴＲの一覧を提供する。本発明の５’非翻訳領域の一覧が表２に示される。Ａ、Ｔ、Ｃ、もしくはＧを含む１個以上のヌクレオチドが末端に付加されるか、または末端から除去される５’ＵＴＲの変異形が利用され得る。」 （【０１６５】～【０１７３】） （甲１ｄ） 「【０２４９】 ＩＩＩ． 修飾 本明細書におけるポリヌクレオチド（一次構築物またはｍＲＮＡ分子等）において、「修飾」または必要に応じて「修飾された」という用語は、Ａ、Ｇ、Ｕ、またはＣリボヌクレオチドに対する修飾を指す。概して、本明細書において、これらの用語は、天然に存在する５’末端ｍＲＮＡキャップ部分におけるリボヌクレオチド修飾を指すようには意図されていない。ポリペプチドにおいて、「修飾」という用語は、基準の組の２０個のアミノ酸（部分）と比較した修飾を指す。」（【０２４９】） （甲１ｅ） 「【１０７５】 実施例１． 修飾ｍＲＮＡの産生 本発明に従う修飾ｍＲＮＡ（ｍｍＲＮＡ）は、標準的な実験室方法および材料を用いて作製することができる。目的とする遺伝子のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）は、ポリＡ尾部の鋳型付加のために、強力なコザック翻訳開始シグナルを含有し得る５’非翻訳領域（ＵＴＲ）および／またはオリゴ（ｄＴ）配列を含み得るα－グロビン３’ＵＴＲに隣接し得る。修飾ｍＲＮＡは、細胞の自然免疫応答を低減させるように修飾され得る。細胞の応答を低減させる修飾には、シュードウリジン（ψ）および５－メチル－シチジン（５ｍｅＣ、５ｍｃ、またはｍ５Ｃ）が含まれ得る（それぞれ、参照により全体が本明細書に組み込まれる、Ｋａｒｉｋｏ Ｋ ｅｔ ａｌ．Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ２３：１６５－７５（２００５）、Ｋａｒｉｋｏ Ｋ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ １６：１８３３－４０（２００８）、Ａｎｄｅｒｓｏｎ ＢＲ ｅｔ ａｌ．ＮＡＲ（２０１０）を参照のこと）。 ・・・ 【１０８５】 本明細書に記載の修飾ｍＲＮＡ作製方法を用いて、長い分子を含むすべての大きさの分子を産生することができる。記載の方法を用いて、酸性αグルコシダーゼ（ＧＡＡ）（３．２ｋｂ）、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子（ＣＦＴＲ）（４．７ｋｂ）、第ＶＩＩ因子（７．３ｋｂ）、リソソーム酸リパーゼ（４５．４ｋＤａ）、グルコセレブロシダーゼ（５９．７ｋＤａ）、およびイズロン酸２－スルファターゼ（７６ｋＤａ）を含む異なる大きさの分子の修飾ｍＲＮＡが作製された。」（【１０７５】～【１０８５】） （甲１ｆ） 「実施例１８～２３の材料および方法 Ｇ－ＣＳＦ（ｍＲＮＡ配列は配列番号１７０に示される；約１６０ヌクレオチド（ｎｕｌｃｅｏｔｉｄｅ）のポリＡ尾部は配列内に示されない；５’キャップ、キャップ１；５－メチルシトシンおよびシュードウリジンで完全に修飾）およびＥＰＯ（ｍＲＮＡ配列は配列番号１７３に示される；約１６０ヌクレオチドのポリＡ尾部は配列内に示されない；５’キャップ、キャップ１；５－メチルシトシンおよびシュードウリジンで完全に修飾）修飾ｍＲＮＡを、シリンジポンプ法を用いて脂質ナノ粒子（ＬＮＰ）として製剤化した。ＬＮＰは、最終的な脂質モル比５０：１０：３８．５：１．５（ＤＬｉｎ－ＫＣ２－ＤＭＡ：ＤＳＰＣ：コレステロール：ＰＥＧ－ｃ－ＤＯＭＧ）で、総脂質と修飾ｍＲＮＡの量比２０：１で製剤化した。表３８に列挙される製剤を、粒径、ゼータ電位、およびカプセル封入によって特徴付けた。」（【１１７３】の最終段落） （当審注：「EPO」はエリスロポエチンの略語である。また、「G-CSF」はコロニー刺激因子２(granulocyte colony stimulating factor(顆粒球コロニー刺激因子))の略語である。） （甲１ｇ） 実施例１８には、５－メチルシトシン及びシュードウリジンウリジンで修飾した修飾mRNA製剤をラットに投与して、EPO及びG-CSFをインビボで発現させたことが記載されている（【１１７５】～【１１７８】【表００３９】）。 （甲１ｈ） 実施例２２には、５－メチルシトシン及びシュードウリジンウリジンで修飾した修飾mRNA製剤をカニクイザルに投与して、EPO及びG-CSFをインビボで発現させたことが記載されている（【１１８６】～【１１８９】【表００４２】）。 （甲１ｉ） 「実施例５７． 修飾ｍＲＮＡの化学修飾の範囲 化学修飾５－メチルシトシンおよびシュードウリジン等であるがこれらに限定されない修飾ヌクレオチドは、哺乳動物細胞において、自然免疫応答を低下させ、ＲＮＡの発現を増加させることが示されている。驚くべきことであり、またこれまでに知られていないことには、化学修飾の量が１００％未満である場合、化学修飾が呈する効果を滴定することができる。以前は、完全な修飾が、化学修飾の有益な効果を誘発するのに必要かつ十分であり、ｍＲＮＡの１００％未満の修飾は、効果がほとんどないと考えられていた。しかしながら、今では、化学修飾の利益が、完全に満たない修飾により誘導され得、その効果は、標的、濃度、および修飾に依存することが示された。 【１３５０】 Ａ． ＰＢＭＣにトランスフェクトした修飾ＲＮＡ ９６０ｎｇの５－メチルシトシン（５ｍＣ）およびシュードウリジン（シュードＵ）で修飾されたＧ－ＣＳＦ ｍＲＮＡまたは未修飾Ｇ－ＣＳＦ ｍＲＮＡを、０．８μＬのＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００を用いて３人の正常な血液ドナー（Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）からの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）にトランスフェクトした。・・・表７９および８０は、ｍＲＮＡが完全に修飾されていない場合に、Ｇ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－α、およびＴＮＦ－αの化学修飾の量を滴定することができ、滴定可能傾向は各対象で同じではないことを示す。 【１３５１】 表７９． Ｇ－ＣＳＦ発現 【１３５２】 【表００７９】 ［図：0001411256000001.jpg］ 表８０． ＩＦＮ－αおよびＴＮＦ－αの発現 【１３５３】 【表００８０】 ［図：0001411256000002.jpg］ 」（【１３４９】の最終段落～【１３５３】【表００８０】）。 （甲１ｊ） 「【１４１０】 実施例６７． 自然免疫応答のインビボ検出研究 雌ＢＡＬＢ／Ｃマウス（ｎ＝５）に、５’キャップがキャップ１であるＧ－ＣＳＦ ｍＲＮＡ（Ｇ－ＣＳＦ ｍＲＮＡ未修飾）（ｍＲＮＡ配列は配列番号１７０に示される；約１６０ヌクレオチドのポリＡ尾部は配列内に示されない）、５－メチルシトシンおよびシュードウリジンで完全に修飾されたＧ－ＣＳＦ ｍＲＮＡ（Ｇ－ＣＳＦ ｍＲＮＡ ５ｍｃ／ｐＵ）、５－メチルシトシンおよびＮ１－メチル－シュードウリジンで完全に修飾された５’キャップを有するＧ－ＣＳＦ ｍＲＮＡ（Ｇ－ＣＳＦ ｍＲＮＡ ５ｍｃ／Ｎ１ｐＵ）もしくは５’キャップなしのＧ－ＣＳＦ ｍＲＮＡ（Ｇ－ＣＳＦ ｍＲＮＡ ５ｍｃ／Ｎ１ ｐＵキャップなし）、またはＲ８４８もしくは５％ショ糖のいずれかである対照を、表１０２に記載されるように、筋肉内注入した。血液を投薬の８時間後に採取し、ＥＬＩＳＡを用いてＧ－ＣＳＦおよびインターフェロン－α（ＩＦＮ－α）のタンパク質レベルをＥＬＩＳＡによって判定し、表１０２に示す。 【１４１１】 表１０２に示されるように、未修飾、５ｍｃ／ｐＵ、および５ｍｃ／Ｎ１ｐＵ修飾のＧ－ＣＳＦ ｍＲＮＡは、マウス血清におけるヒトＧ－ＣＳＦ発現をもたらした。キャップなしの５ｍＣ／Ｎ１ｐＵ修飾Ｇ－ＣＳＦ ｍＲＮＡは血清中にヒトＧ－ＣＳＦ発現を示さず、５’キャップ構造を有することがタンパク質翻訳に重要であることを協調する。 ・・・ 【１４１６】 表１０２． 血清中のヒトＧ－ＣＳＦおよびマウスＩＦＮ－α 【１４１７】 【表０１０２】 ［図：0001411256000003.jpg］ 」（【１４１０】～【１４１７】【表０１０２】） （２）甲１に記載された発明 甲１には、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを修飾したポリヌクレオチド（修飾mRNA又はmmRNAと称される。）の調製方法について（特に甲１ｂ～甲１ｅ）、G-CSFをコードするmRNA（以下「非修飾G-CSF mRNA」という。）を５－メチルシトシン及びシュードウリジンで修飾したG-CSF mRNA（以下「修飾G-CSF mRNA」という。）を、３人の正常な血液ドナー（Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）からの末梢血単核細胞(PBMC)、すなわちヒトの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）にトランスフェクトすることにより、G-CSFの発現量が増加し、かつ、IFN-αの発現量が減少したことが記載されている（甲１ｉ）。 そして、「非修飾G-CSF mRNA」でコードされるG-CSFと「修飾G-CSF mRNA」でコードされるG-CSFとは同一物質であるから、それぞれのアミノ酸配列も同一であると解される。 また、「修飾されたG-CSF mRNA」は、「非修飾G-CSF mRNA」のヌクレオチド配列中のウリジン(U)を５－メチルシトシン及びシュードウリジンに置換されて得られたものであり、「非修飾G-CSF mRNA」よりもウリジン(U)含有量が低減しているといえる（甲１ｄ）。 さらに、「ｃＤＮＡ鋳型を産生するベクターへの組み込み」、「ｃＤＮＡ鋳型を用いて、インビトロ転写（ＩＶＴ）によってｍＲＮＡを産生する」、「ｃＤＮＡ鋳型合成」、「目的とするポリペプチドをコードする結合ヌクレオシドの第１の領域は、選択された核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）転写物のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を用いて構築され得る」、及び「目的とするポリペプチドをコードすることができる核酸配列（ＤＮＡまたはＲＮＡ）を指すよう意図される」という記載（甲１ｃ）から、甲１には、mRNAのヌクレオチド配列をコードするDNA配列を作成する工程及び前記DNA配列を使用する方法が記載されているといえる。 そうすると、甲１には、下記の甲１Ａ～甲１Ｃ発明が記載されていると認められる。 （甲１Ａ発明） 「G-CSFをコードする修飾mRNA（「修飾G-CSF mRNA」）を生産する方法であって、 ウリジン(U)含有量を低減することによって、G-CSFをコードするmRNA（「非修飾G-CSF mRNA」）のヌクレオチド配列を修飾する工程を含み、U含有量の前記低減は、mRNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換を含み、 前記U以外のヌクレオシドが、５－メチルシトシン及びシュードウリジンであり、 前記「修飾G-CSF mRNA」によってコードされるG-CSFのアミノ酸配列は、前記「非修飾G-CSF mRNA」によってコードされるG-CSFのアミノ酸配列と同一であり、 前記「非修飾G-CSF mRNA」のヌクレオチド配列を修飾する工程は、前記「修飾G-CSF mRNA」をヒトの末梢血単核細胞(PBMC)にトランスフェクションした際に、前記細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす、方法。」 （甲１Ｂ発明） 「G-CSFをコードするmRNAの転写のための核酸分子を準備する方法であって、 (i)G-CSFをコードするmRNA（「非修飾G-CSF mRNA」）のヌクレオチド配列をコードする第1のDNA配列を準備する工程と、 (ii)「非修飾G-CSF mRNA」のヌクレオチド配列と比較して低減されたウリジン(U)含有量を含む、G-CSFをコードする修飾mRNA（「修飾G-CSF mRNA」）のヌクレオチド配列をコードする第2のDNA配列を設計する工程であって、U含有量の前記低減は、「非修飾G-CSF mRNA」のヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換を含む、工程と、 (iii)第2のDNA配列を含む核酸分子を準備する工程と、 を含み、 前記U以外のヌクレオシドが、５－メチルシトシン及びシュードウリジンであり、 前記「修飾G-CSF mRNA」のRNAによってコードされるG-CSFのアミノ酸配列は、前記「非修飾G-CSF mRNA」によってコードされるG-CSFのアミノ酸配列と同一であり、 前記「修飾G-CSF mRNA」は、前記「非修飾G-CSF mRNA」と比較して、ヒトの末梢血単核細胞(PBMC)にトランスフェクションした際に、前記細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす、前記方法。」 （甲１Ｃ発明） 「G-CSFをコードする修飾mRNA（「修飾G-CSF mRNA」）であって、 前記「修飾G-CSF mRNA」が、G-CSFをコードするmRNA（「非修飾G-CSF mRNA」 ）と比較して低減されたウリジン(U)含有量を含むヌクレオチド配列を有し、 U含有量の前記低減は、「非修飾G-CSF mRNA」のヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換を含み、 前記U以外のヌクレオシドが、５－メチルシトシン及びシュードウリジンであり、 前記「修飾G-CSF mRNA」によってコードされるG-CSFのアミノ酸配列は、前記「非修飾G-CSF mRNA」によってコードされるG-CSFのアミノ酸配列と同一であり、 前記「非修飾G-CSF mRNA」のヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換は、前記「修飾G-CSF mRNA」をヒトの末梢血単核細胞(PBMC)にトランスフェクションした際に、前記細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす、前記「修飾G-CSF mRNA」。」 ２ 本件訂正発明１について （１）本件訂正発明１と甲１Ａ発明との対比 甲１Ａ発明の「mRNA」及び本件訂正発明１の「RNA」は、いずれもRNAであり、甲１Ａ発明の「G-CSF」はタンパク質であるので、甲１Ａ発明の「G-CSFをコードする修飾mRNA（「修飾G-CSF mRNA」）」、及び「G-CSFをコードするmRNA（「非修飾G-CSF mRNA」）」は、それぞれ、本件訂正発明１の「少なくとも1種のタンパク質をコードする修飾RNA」、及び「RNA」にそれぞれ相当する。 そして、甲１Ａ発明において「「非修飾G-CSF mRNA」のヌクレオチド配列を修飾する工程は、前記「修飾G-CSF mRNA」をヒトの末梢血単核細胞(PBMC)にトランスフェクションした際に、前記細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす」ことは、本件訂正発明１において「前記RNAの修飾は、前記RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす」ことに相当する。 そうすると、本件訂正発明１と甲１Ａ発明とは、下記の点で一致及び相違する。 ＜一致点＞ 「少なくとも1種のタンパク質をコードする修飾RNAを生産する方法であって、 ウリジン(U)含有量を低減することによってRNAのヌクレオチド配列を修飾する工程を含み、 U含有量の前記低減は、RNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換を含み、 前記修飾RNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列は、前記RNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、 前記RNAの修飾は、前記RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす、方法。 ＜相違点１＞ 本件訂正発明１の「U以外のヌクレオシド」は「アデノシン(A)、グアノシン(G)、及びシチジン(C)からなる群から選択され」るのに対し、甲１Ａ発明の「U以外のヌクレオシド」は「５－メチルシトシン及びシュードウリジン」である点。 ＜相違点２＞ 本件訂正発明１では、「前記修飾RNAはAに富み、非修飾RNAと比較して少なくとも40％までA含有量が増大して」いることが特定されているのに対し、甲１Ａ発明では、このような特定がされていない点。 ＜相違点３＞ 修飾RNAがコードするタンパク質であって、前記RNAの修飾は、前記RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす前記タンパク質が、本件訂正発明１では「エリスロポエチン」であるのに対し、甲１Ａ発明では「G-CSF」である点。 （２）相違点１について検討する。 ア 甲１には、「修飾ｍＲＮＡは、細胞の自然免疫応答を低減させるように修飾され得る。細胞の応答を低減させる修飾には、シュードウリジン（ψ）および５－メチル－シチジン（５ｍｅＣ、５ｍｃ、またはｍ５Ｃ）が含まれ得る。」（甲１ｅ）という記載がある。 また、甲１には、「実施例５７. 修飾ｍＲＮＡの化学修飾の範囲」において、「化学修飾５－メチルシトシンおよびシュードウリジン等であるがこれらに限定されない修飾ヌクレオチドは、哺乳動物細胞において、自然免疫応答を低下させ、ＲＮＡの発現を増加させることが示されている」（甲１ｉ）という記載があり、さらに、哺乳動物細胞における自然免疫応答を低下させるために用いる化学修飾に用いるヌクレオシドとして、具体的に、各種のシュードウリジン誘導体を含むウリジン(U)誘導体、アデノシン(A)誘導体、グアノシン(G)誘導体、及びシチジン(C)誘導体等、多種多様なヌクレオシド（甲１ａの【請求項７】）が記載されている。 そして、上記（甲１ｅ）及び（甲１ｉ）の記載に加えて、甲１には、甲１Ａ発明の「修飾G-CSF mRNA」を、ヒトの末梢血単核細胞(PBMC)にトランスフェクトしたin vitro実験（甲１ｉ）、及びマウスに投与したin vivo実験（甲１ｊ）のいずれにおいても、「非修飾G-CSF mRNA」と比較して、「修飾G-CSF mRNA」によるG-CSF発現量が増加し、INF-α発現量が減少したことが記載されているので、甲１Ａ発明で「細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす」ことは、細胞の自然免疫応答を低下させることと同義であるといえる。 そうすると、甲１Ａ発明において、mRNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドを、「５－メチルシトシン及びシュードウリジン」以外の、細胞の自然免疫応答を低下させる作用、すなわち細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす作用を有するヌクレオシドを用いて置換することを、当業者は自然に想起するといえる。 イ ここで、mRNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドを「U以外のヌクレオシド」に置換することによって、細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす先行技術について、甲２及び甲３には、それぞれ以下の事項が記載されている。なお、甲２及び甲３は外国語で記載されているため、Fig.の記載以外は、当審合議体による訳文を記載する。 （ア）甲２には以下の事項が記載されている。 （甲２ａ） 「二本鎖リボ核酸（ｄｓＲＮＡ）は、ウイルス感染に関連する危険信号として機能し、自然免疫細胞の刺激につながる。対照的に、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）の免疫刺激の可能性はよくわかっておらず、ｓｓＲＮＡの自然免疫受容体は不明である。我々は、ヒト免疫不全ウイルス－１（ＨＩＶ－１）由来のグアノシン（Ｇ）及びウリジン（Ｕ）に富むｓｓＲＮＡオリゴヌクレオチドが、樹状細胞（ＤＣ）及びマクロファージを刺激して、インターフェロンα並びに炎症誘発性及び調節性サイトカインの分泌を促進することを報告する。Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）欠損マウスと遺伝的相補性を使用して、マウスＴＬＲ７とヒトＴＬＲ８がＧＵリッチｓｓＲＮＡの種特異的認識を仲介することを示す。これらのデータは、ｓｓＲＮＡがＴＬＲ７及びＴＬＲ８の生理学的リガンドを表すことを示唆している。」（p.1526の要約） （甲２ｂ） 「これにより、ＨＩＶ－１ ＲＮＡのＵ５領域からのＧＵに富む配列（ＲＮＡ４０）と、すべてのＵ又はＧヌクレオチドが、それぞれアデノシンに置換された２つの誘導体ＲＮＡ４１及びＲＮＡ４２を含む、ホスホチオエートで保護されたＲＮＡオリゴヌクレオチドの合成が促された（図１Ｂ）。 ・・・ ［図：0001411256000004.jpg］ 」（p.1526右欄７～13行、及びFig.1B） (当審注：「ＲＮＡ４１」は「ＲＮＡ４０」のウリジン（Ｕ）をアデノシン（Ａ）に置換したものである。) （甲２ｃ） 「ヒトＰＢＭＣは、ＤＯＴＡＰと複合体を形成したＲＮＡ４０で刺激すると、インターフェロンα（ＩＦＮ－α）も産生した（図１Ｅ）。・・・。興味深いことに、ＲＮＡ４２はＩＦＮ－αを誘導できなかったが、他の調節及び炎症性サイトカインは容易に誘導された（図１Ｃ及びＥ）。まとめると、これらのデータは、ＨＩＶ－１由来のＧＵリッチｓｓＲＮＡオリゴヌクレオチドがｐＤＣと同様にヒト骨髄細胞を活性化し、ＩＦＮ－α、ＩＬ－６、ＴＮＦ－α、及びＩＬ１２ｐ４０の産生をもたらすことを示している。ＩＦＮ－αの産生は、ＲＮＡオリゴヌクレオチドのＧＵ組成に強く依存しているが、ＵはＩＬ－６、ＴＮＦ－α、およびＩＬ１２ｐ４０の分泌の前提条件である。 並行して、精製されたマウスｐＤＣおよび骨髄由来マクロファージのＲＮＡ誘導性サイトカイン産生を分析した。ＲＮＡ４０はｐＤＣを刺激し、ＩＦＮ－α、ＩＬ－６、ＩＬ－１２ｐ４０、およびＴＮＦ－αを産生したが、ＲＮＡ４１とＲＮＡ４２は刺激しなかった（図２）。 ・・・ ［図：0001411256000005.jpg］ ・・・ ［図：0001411256000006.jpg］ 」（p.1526右欄下から21行～p.1527頁左欄15行、及びFig.1E、及びFig.2） (当審注：Fig.1E、及びFig.2の「RNA41」はＨＩＶ－１由来の「RNA40」のウリジン（Ｕ）をアデノシン（Ａ）に置換したものである（甲２ｂのFig.1Bを参照。）。 また、「ＤＯＴＡＰ」は「N-[1-(2,3-Dioleoyloxy)propyl]-N,N,Ntrimethylammoniununethyl-sulfate」であり、「ｐＤＣ」は形質細胞様樹状細胞(plasmacytoid dendritic cells)である。) （甲２ｄ） 「さらに、合成ＧＵ又はＵリッチＲＮＡオリゴヌクレオチドの使用は、ワクチン接種及び免疫療法のための強力な新しいアジュバントの生成に不可欠である可能性がある。」(p.1528右欄下から5行～末行) （イ）甲３には、以下の事項が記載されている。 （甲３ａ） 「免疫活性化は、ヒト免疫不全ウイルス１型（ＨＩＶ－１）感染症の大きな特徴であり、ＨＩＶ－１疾患の進行の強い予後因子である。しかし、ウイルス性ＨＩＶ－１感染症における免疫活性化の基礎となるメカニズムは完全には解明されていない。我々は、高活性抗レトロウイルス療法開始後、免疫活性の即時低下とＨＩＶ－１ウイルス血症の減少が密接に関連していることを示し、ＨＩＶ－１自体が免疫活性化に直接寄与することを示唆した。このメカニズムを提案するために、我々は、ＨＩＶ－１の一本鎖ＲＮＡが、ウリジンに富む複数のＴｏｌｌ様受容体７／８（ＴＬＲ７／８）リガンドをコードし、ＭｙＤ８８依存の強い形質細胞樹状細胞と単球の活性化、及びアクセサリー細胞依存のＴ細胞活性化を誘導することを実証した。したがって、ＨＩＶ－１にコードされたＴＬＲリガンドは、ウイルス性ＨＩＶ－１感染時に観察される免疫活性化に直接寄与していると考えられる。これらのデータは、ＨＩＶ－１によって誘発される慢性的な免疫活性化とそれに関連する免疫病態を直接的に軽減するために、ＴＬＲ経路を阻害する最初の根拠となるものである。」（p.8180の要約） （甲３ｂ） 「ＨＩＶ－１由来のＵリッチオリゴヌクレオチドは生存を促進し単球とｐＤＣのサイトカイン分泌を誘導する。・・・ さらに、単球およびｐＤＣを、これらのオリゴヌクレオチドに応答してＩＬ－６、ＩＦＮ－α及びＴＮＦ－αを産生する能力について、フローサイトメトリーアッセイのマルチパラメータにより評価した。ＵリッチＨＩＶ－１由来オリゴヌクレオチドで刺激した後、単球は有意な量のＴＮＦ－αとＩＬ－６を産生し（図４）、ｐＤＣは有意な量のＩＦＮ－αとＴＮＦ－αを産出した（図５）。・・・。ここでも、この活性化効果は、ＲＮＡ４０を含むＵ－ｒｉｃｈ変異体でのみ観察され、それぞれのＵ－ｔｏ－Ａ変異体では見られなかった（全ての比較においてＰ＜０．０５、図４Ｂ及びＤ、図５Ｂ及びＤ）。 ・・・ ［図：0001411256000007.jpg］ 」（p.8186頁左欄下から13～12行、同頁右欄11～23行、及びFig.5B） （当審注：「ＤＯＴＡＰ」は「N-[1-(2,3-Dioleoyloxy)propyl]-N,N,Ntrimethylammoniununethyl-sulfate」であり、「ｐＤＣ」は形質細胞様樹状細胞(plasmacytoid dendritic cells)である。 また、Fig,5Bの「RNA41」は、ＨＩＶ－１由来の「RNA40」のウリジン(U)をアデノシン(A)に置換したものであり（甲３のp.8186左欄２段落の最終文の「RNA40 and its U-to-A variant RNA41」、及び甲２ｂのFig.1Bを参照。）、Fig,5Bの「GagRNA1166(A)」、「VIFRNA327(A)」、「VPRRNA203(A)」、「GP160RNA523(A)」及び「GP160RNA2093(A)」は、それぞれＨＩＶ－１由来の「GagRNA1166」、「VIFRNA327」、「VPRRNA203」、「GP160RNA523」及び「GP160RNA2093」のウリジン(U)をアデノシン(A)に置換したものである（p.8181のTABLE 1.を参照。）。） （ウ）上記（ア）から、甲２には、ＨＩＶ－１由来の「RNA40」においてUヌクレオチドをアデノシン(A)に置換した「RNA41」と「DOTAP」との複合体は、ｐＤＣからのインターフェロン-α(IFN-α)を産生しないこと（甲２ａ～甲２ｃ）、すなわち当該細胞におけるIFN-α発現量を減少させたことが記載されているといえる。 また、上記（イ）から、甲３には、ＨＩＶ－１由来の「RNA40」、「GagRNA1166」、「VIFRNA327」、「VPRRNA203」、「GP160RNA523」及び「GP160RNA2093」という複数のRNAのそれぞれにおけるウリジン(U)をアデノシン(A)に置換したRNAである、「RNA41」、「GagRNA1166(A)」、「VIFRNA327(A)」、「VPRRNA203(A)」、「GP160RNA523(A)」及び「GP160RNA2093(A)」が、いずれもｐＤＣからのIFN-α産生しないこと（甲３ａ～甲３ｂ）、すなわち当該細胞におけるIFN-α発現量を減少させたことが記載されているといえる。 ウ 上記イから、本件特許の優先日当時、複数種のRNAについて、Uヌクレオチドをアデノシン(A)に変換して得られたRNAが、変換する前のRNAよりも、細胞におけるIFN-α発現量を減少させることが知られていたといえる。 エ そうすると、甲１Ａ発明において、mRNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドを、「５－メチルシトシン及びシュードウリジン」と同様に、細胞におけるIFN-α発現量を減少させる「アデノシン(A)」を用いて置換して、甲１Ａ発明を相違点１に係る本件訂正発明の構成を備えたものとすることを、当業者は容易に想到し得たといえる。 （３）相違点２について検討する。 ア 甲１の（甲１ｉ）には、５－メチルシトシン及びシュードウリジンを用い、修飾率を0.1％～100％の範囲で段階的に変化させて修飾したG-CSF mRNAについて、修飾率の変化(0.1％～100％の範囲)に伴い、G-CSF及びIFN-α発現量も変化することを示す実験結果(特に【１３５２】【表００７９】、【１３５３】【表００８０】)が記載されているので、甲１Ａ発明において、mRNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドを「アデノシン(A)」を用いて置換する際に、「修飾G-CSF mRNA」中の「アデノシン(A)」の最適な含有量を決定することを、当業者は当然に試みるといえる。 イ ここで、甲４には、RNA中の「アデノシン(A)」の含有量と、細胞におけるIFN-α分泌量について、以下の事項が記載されている。 （ア）甲４には、547ヌクレオチド長を有し、その中で24.7％のウリジン(U)部分(135/547)、25.0％のアデノシン(A)部分(137/547)を含むRNA比較塩基配列〔配列番号115:(N100)5〕と、546ヌクレオチド長を有し、その中で38.5％のウリジン(U)部分(210/546)、20.5％のアデノシン(A)部分(112/546)を含むRNA塩基配列〔配列番号118:(N40U20N40)5〕が記載されている（【００５２】）。 そして、〔配列番号118:(N40U20N40)5〕のウリジン(U)含有量(38.5％)は、〔配列番号115:(N100)5〕のウリジン(U)含有量(24.7％)と比較して55.9％((38.5-24.7)÷24.7×100)増加しており、〔配列番号118:(N40U20N40)5〕のアデノシン(A)含有量(20.5％)は、〔配列番号115:(N100)5〕のアデノシン(A)含有量(25.0％)と比較して18.0％((25.0-20.5)÷25.0×100)減少している。 （イ）甲４の実施例（【０１６９】～【０１７２】、【図2】）には、上記（ア）の塩基配列を有するRNAの存在下で、ヒト末梢血単核細胞(PBMC)におけるIFN-α分泌量を測定したことが記載されている。 そして、【図2】で観測されたように、〔配列番号115:(N100)5〕と比較してウリジン(U)含有量が55.9％増加し、かつアデノシン(A)含有量が18.0％減少した〔配列番号118:(N40U20N40)5〕の塩基配列を有するRNA存在下での、PBMCにおけるIFN-α分泌量は、〔配列番号115:(N100)5〕の塩基配列を有するRNA存在下での、PBMCにおけるIFN-α分泌量の約2倍である。 （ウ）そして、上記（イ）の記載は、〔配列番号115:(N100)5〕のRNAよりも、アデノシン(A)含有量が18.0％減少したRNA〔配列番号118:(N40U20N40)5〕の方が、PBMCにおけるIFN-α分泌量が多かったことを意味している。 ウ そうすると、甲４の記載を参酌した当業者は、RNA中の「アデノシン(A)」の含有量を多くした方が、細胞におけるIFN-α分泌量を低減し得る、すなわち細胞におけるIFN-αの産生を低減し得ることを理解するといえる。 エ 上記ア～ウから、甲１Ａ発明において、mRNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドを、「アデノシン(A)」を用いて置換する際に、細胞におけるIFN-αの産生を低減する程度を考慮して、「修飾G-CSF mRNA」中の「アデノシン(A)」の含有量を、「非修飾G-CSF mRNA」と比較して少なくとも40％まで増加させるようにして、甲１Ａ発明を相違点２に係る本件訂正発明の構成を備えたものとすることは、当業者が適宜調整し得た事項であるといえる。 （４）相違点３について検討する。 甲１には、修飾mRNAがコードするポリペプチドとして、コロニー刺激因子２（顆粒球マクロファージ）(GM-CSF)とともに、エリスロポエチン(EPO)が例示されており（甲１ａ）、５－メチルシトシン及びシュードウリジンウリジンで修飾した修飾mRNA製剤をカニクイザルに投与して、EPO及びG-CSFをインビボで発現させたことを示す実施例の記載もある（甲１ｆ～甲１ｈ）。 また、上記１（２）で説示したように、甲１には、「非修飾G-CSF mRNA」を５－メチルシトシン及びシュードウリジンで修飾した「修飾G-CSF mRNA」を、ヒトの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）にトランスフェクトすることにより、G-CSFの発現量が増加し、かつ、IFN-αの発現量が減少したことが記載されている（甲１ｉ）。 しかし、甲１には、エリスロポエチン(EPO)をコードする修飾mRNAをＰＢＭＣにトランスフェクトすることにより、EPOが発現するとともに、IFN-αの発現量が減少したことを確認した実施例は記載されていない。 そして、甲１、及び甲２～甲４の記載から、ＰＢＭＣに、EPOをコードする修飾mRNAをトランスフェクトした際に、G-CSFをコードする修飾mRNAをトランスフェクトした場合と同様に、EPOが発現するとともに、IFN-αの発現量が減少することを、当業者が推認できるとはいえない。 また、上記「EPOが発現するとともに、IFN-αの発現量が減少すること」が、本願優先日当時の技術常識をであったともいえない。 そうすると、EPOが発現するとともに、IFN-αの発現量が減少することを期待して、甲１Ａ発明の「G-CSF」を「EPO」に変更して、甲１Ａ発明を相違点３に係る本件訂正発明１の構成を備えたものすることを、当業者が容易に想到し得たとはいえない。 （５）上記（１）～（４）のとおりであるから、甲１Ａ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、甲１Ａ発明を相違点１～３に係る本件訂正発明１の構成を全て備えたものとすることを、当業者が容易に想到し得たとはいえない。 （６）本件訂正発明１の効果について ア 本件特許の明細書（以下「本件明細書」という。）には、本件訂正発明１で「前記修飾RNAはAに富み、非修飾RNAと比較して少なくとも40％までA含有量が増大して」いることが特定されていることについて、「(実施例1)mRNAの生成及び精製」、「(実施例2)mRNAを捕捉した脂質ナノ粒子(LNP)の調製」、「(実施例3)TransIT複合体化mRNAの調製」、「(実施例4)リポソームmRNA製剤の調製」（【０１７７】～【０１８１】）において、マウスEPO又はイヌEPOをコードするmRNAからアデノシン(A)に富む修飾RNAを調製したこと、これらの核酸配列（【０１８４】）及び各種ヌクレオチド組成％（下記【図１Ａ】及び【図１Ｂ】）が記載されている。 【図１Ａ】 ［図：0001411256000008.jpg］ 【図１Ｂ】 ［図：0001411256000009.jpg］ そして、【図１Ａ】における「ｍＥＰＯ，ｗｔＥＰＯ，ｏｒｉｇ.ｍＥＰＯ」（非修飾RNA）のアデノシン(A)含有量は24％であり、「Ａに富む、Ｕ欠乏」（修飾RNA）のアデノシン(A)含有量は34％であるので、【図１Ａ】の「修飾RNA」のアデノシン(A)含有量は、【図１Ａ】の「非修飾RNA」と比較して、42％((34-24)/24)増加している。 また、【図１Ｂ】における「ｃＥＰＯ，ｗｔＥＰＯ，ｏｒｉｇ.ｃＥＰＯ」（非修飾RNA）のアデノシン(A)含有量は20％であり、「Ａに富む、Ｕ欠乏」（修飾RNA）のアデノシン(A)含有量は33％であるので、【図１Ｂ】の「修飾RNA」のアデノシン(A)含有量は、【図１Ｂ】の「非修飾RNA」と比較して、65％((33-20)/20)増加している。 イ さらに、本件明細書には、本件訂正発明１の効果について、 「(実施例5) 製剤化したmRNAの投与/注射」（【０１８３】）で、実施例２～４で製剤化した修飾RNAをヒト樹状細胞にin vitroで、又はBALB/cマウスにin vivoで投与したことが記載されており、その結果が下記【図２】に示されている。 【図２】 ［図：0001411256000010.jpg］ 上記【図２】には、「Ａ－ｒｉｃｈ」(修飾RNA)がコードするEPOのアミノ酸配列と、「ｗｔ」(非修飾RNA)がコードするEPOのアミノ酸配列は同一であり、非修飾RNAを修飾してＡ－ｒｉｃｈである修飾RNAにすることによって、細胞と接触した際にINF-αの減少した分泌がもたらされたことが示されているといえる。 ウ 上記ア及びイから、本件明細書には、本件訂正発明１の「少なくとも1種のタンパク質」が「EPO」（エリスロポエチン）である場合に、非修飾RNAと比較して少なくとも40%までA含有量が増大している「修飾RNA」によってコードされる「EPO」のアミノ酸配列は、前記非修飾RNAによってコードされる「EPO」のアミノ酸配列と同一であるとともに、上記「修飾RNA」が細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす、という効果が奏されたことが記載されているといえる。 エ そして、本件訂正発明１による上記ウの効果を、甲１Ａ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が予測し得たとはいえない。 （７）上記（１）～（６）のとおりであるから、本件訂正発明１は、甲１Ａ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。 ３ 本件訂正発明２について 請求項１を引用する本件訂正発明２は、本件訂正発明１の方法において、さらに、 「(i)第1のRNAのヌクレオチド配列を準備する工程と、 (ii)第1のRNAのヌクレオチド配列と比較して低減されたU含有量を含む第2のRNAのヌクレオチド配列を設計する工程と、 (iii)第2のRNAを準備する工程とを含む」ことを特定したものである。 そして、甲１の「修飾G-CSF mRNA」の調製方法についての記載（特に甲１ｃ～甲１ｅ）から、上記特定をすることに格別の創意工夫を要したとはいえない。 しかし、上記２（５）と同様の理由により、甲１Ａ発明を相違点１～３に係る本件訂正発明２の構成を全て備えたものとすることを、当業者が容易に想到し得たとはいえない。 また、上記２（６）と同様の理由により、本件訂正発明２の効果を、甲１Ａ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が予測し得たとはいえない。 したがって、本件訂正発明２は、甲１Ａ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。 ４ 本件訂正発明３について （１）本件訂正発明３と甲１Ｂ発明とを対比する。 甲１Ｂ発明の「mRNA」及び本件訂正発明１の「RNA」は、いずれもRNAであり、甲１Ｂ発明の「G-CSF」はタンパク質であるので、甲１Ｂ発明の「G-CSFをコードするmRNA」、及び「G-CSFをコードするmRNA（「非修飾G-CSF mRNA」）のヌクレオチド配列をコードする第1のDNA配列」は、それぞれ、本件訂正発明３の「少なくとも1種のタンパク質をコードするRNA」、及び「第1のRNAのヌクレオチド配列」に相当する。 また、甲１Ｂ発明の「「非修飾G-CSF mRNA」のヌクレオチド配列と比較して低減されたウリジン(U)含有量を含む、G-CSFをコードする修飾mRNA（「修飾G-CSF mRNA」）のヌクレオチド配列をコードする第2のDNA配列」は、本件訂正発明３の「第2のRNAのヌクレオチド配列」に相当する。 そして、甲１Ｂ発明において「「修飾G-CSF mRNA」は、前記「非修飾G-CSF mRNA」と比較して、ヒトの末梢血単核細胞(PBMC)にトランスフェクションした際に、前記細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす」ことは、本件訂正発明３において「前記第2のRNAは、前記第1のRNAと比較して、細胞と接触した際に、これらの細胞からIFN-αの減少した分泌をもたらす」ことに相当する。 そうすると、両発明は、下記の点で一致及び相違する。 ＜一致点＞ 「少なくとも1種のタンパク質をコードするRNAの転写のための核酸分子を準備する方法であって、 (i)第1のRNAのヌクレオチド配列をコードする第1のDNA配列を準備する工程と、 (ii)第1のRNAのヌクレオチド配列と比較して低減されたU含有量を含む第2のRNAのヌクレオチド配列をコードする第2のDNA配列を設計する工程であって、U含有量の前記低減は、RNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換を含む、工程と、 (iii)第2のDNA配列を含む核酸分子を準備する工程とを含み、前記第2のRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列は、前記第1のRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、前記第2のRNAは、前記第1のRNAと比較して、細胞と接触した際に、これらの細胞からIFN-αの減少した分泌をもたらす、方法。」 ＜相違点４＞ 本件訂正発明３の「U以外のヌクレオシド」は「アデノシン(A)、グアノシン(G)、及びシチジン(C)からなる群から選択され」るのに対し、甲１Ｂ発明の「U以外のヌクレオシド」は「５－メチルシトシン及びシュードウリジン」である点。 ＜相違点５＞ 本件訂正発明３では、「第2のRNAはAに富み、第1と比較して少なくとも40％までA含有量が増大して」いることが特定されているのに対し、甲１Ｂ発明では、このような特定がされていない点。 ＜相違点６＞ 修飾RNAがコードするタンパク質であって、前記RNAの修飾は、前記RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす前記タンパク質が、本件訂正発明１では「エリスロポエチン」であるのに対し、甲１Ｂ発明では「G-CSF」である点。 （２）相違点４～６についての検討 相違点４及び５は、それぞれ、上記２（１）で説示した相違点１及び２と実質的に同一であるから、上記２（２）及び（３）と同様の理由により、甲１Ｂ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、甲１Ｂ発明を相違点４及び５に係る本件訂正発明３の構成を備えたものとすることを、当業者は容易に想到し得たといえる。 しかし、相違点６は、上記２（１）で説示した相違点３と実質的に同一であるから、上記２（４）と同様の理由により、甲１Ｂ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、甲１Ｂ発明を相違点６に係る本件訂正発明３の構成を備えたものとすることを、当業者は容易に想到し得たとはいえない。 また、上記２（６）と同様の理由により、本件訂正発明３の効果を、甲１Ｂ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が予測し得たとはいえない。 （３）したがって、本件訂正発明３は、甲１Ｂ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。 ５ 本件訂正発明４～１２について （１）本件訂正発明４～１２は、請求項１又は請求項３を直接的又は間接的に引用するものである。 そして、甲１には、薬学的に活性又は抗原性であると解されるポリペプチド（甲１ａの【請求項１】）、及び、「核酸系治療薬の製剤化および送達の最適化に有用な特徴を有する核酸系化合物またはポリヌクレオチドを提供する」こと（甲１ｂの【００１１】）が記載されているので、甲１Ａ発明及び甲１Ｂ発明の「G-CSF」を、「薬学的に活性、又は抗原性である」「タンパク質」（本件訂正発明４の特定事項に相当する。）にすることは、当業者が容易に想到し得た事項にすぎない。 （２）甲１Ａ発明において「前記「修飾G-CSF mRNA」をヒトの末梢血単核細胞(PBMC)にトランスフェクションした際に、前記細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす」こと、及び、甲１Ｂ発明において「前記「修飾G-CSF mRNA」は、前記「非修飾G-CSF mRNA」と比較して、ヒトの末梢血単核細胞(PBMC)にトランスフェクションした際に、前記細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす」ことは、いずれも、上記２（２）アと同様の理由により、本件訂正発明６において「前記低減されたU含有量が、U含有量を低減することにより修飾されたRNAを非修飾RNAと比較してより低い免疫原性にする」ことに相当する。 （３）甲１Ａ発明及び甲１Ｂ発明の「修飾G-CSF mRNA」は、「非修飾G-CSF mRNA」よりもU含有量が低減するように修飾されたものであるので（甲１ｆ）、本件訂正発明５の「U含有量を低減することにより修飾されたRNA」に相当する。 そして、「非修飾G-CSF mRNA」でコードされるG-CSFと「修飾G-CSF mRNA」でコードされるG-CSFとは同一物質であるから、それぞれのアミノ酸配列も同一である（本件訂正発明５の特定事項に相当する。）と解される。 また、適切に低減されたU含有量（％）を決定すること（本件訂正発明７の特定事項に相当する。）は、当業者が適宜調整し得た事項にすぎない。 さらに、甲１には、ヌクレオシドを修飾する位置についての記載（本件訂正発明８、９の特定事項に相当する。）があり（甲１ｃの【０１７１】～【０１７３】）、甲１Ａ発明及び甲１Ｂ発明のRNAはmRNA（本件訂正発明１１の特定事項に相当する。）である。 （４）甲１Ａ発明及び甲１Ｂ発明を、本件訂正発明１０の「少なくとも1個のUヌクレオシドを含むコドンを、同じアミノ酸をコードするが、より少ないUヌクレオシドを含む、好ましくはUヌクレオシドを含まない他のコドンによって変更する工程」を備えた方法にすること、及び、甲１Ａ発明及び甲１Ｂ発明を、本件訂正発明１２の工程(i)及び工程(ii)を備えた方法にすることは、いずれも、当業者が適宜なし得た事項にすぎない。 （５）しかし、上記２（４）及び上記４（２）と同様の理由により、甲１Ａ発明の「修飾mRNA」、及び甲１Ｂ発明の「修飾mRNA」がそれぞれコードする「G-CSF」を「EPO」に変更することを、当業者が容易に想到し得たとはいえない。 （６）上記（１）～（５）のとおりであるから、甲１Ａ発明、甲１Ｂ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、甲１Ａ発明、甲１Ｂ発明を、本件訂正発明４～１２の構成を備えたものとすることを、当業者は容易に想到し得たとはいえない。 （７）そして、上記２（６）と同様の理由により、本件訂正発明４～１２の効果を、甲１Ａ発明、甲１Ｂ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が予測し得たとはいえない。 そして、上記２（５）と同様の理由により、本件訂正発明４～１２によって、当業者が予測し得ない格別顕著な効果が得られたとはいえない。 （８）したがって、本件訂正発明４～１２は、甲１Ａ発明、甲１Ｂ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。 ６ 本件訂正発明１３について （１）本件訂正発明１３と甲１Ｃ発明とを対比する。 甲１Ｃ発明の「mRNA」及び本件訂正発明１３の「RNA」は、いずれもRNAであり、甲１Ｃ発明の「G-CSF」はタンパク質であるので、甲１Ｃ発明の「G-CSFをコードする修飾mRNA（「修飾G-CSF mRNA」）」、及び「G-CSFをコードするmRNA（「非修飾G-CSF mRNA」）」は、それぞれ、本件訂正発明１３の「少なくとも1種のタンパク質をコード」する「修飾RNA」、及び「天然に存在するRNA」に相当する。 また、甲１Ｃ発明において「「非修飾G-CSF mRNA」のヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換は、前記「修飾G-CSF mRNA」をヒトの末梢血単核細胞(PBMC)にトランスフェクションした際に、前記細胞におけるIFN-α発現量の減少をもたらす」ことは、本件訂正発明１３において「前記RNAの修飾は、前記RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす」ことに相当する。 そうすると、両発明は、下記の点で一致及び相違する。 ＜一致点＞ 「少なくとも1種のタンパク質をコードするRNAであって、天然に存在するRNAから由来し、 前記天然に存在するRNAと比較して低減されたU含有量を含むヌクレオチド配列を有し、 U含有量の前記低減は、RNAのヌクレオチド配列中のUヌクレオシドのU以外のヌクレオシドによる置換を含み、 前記修飾RNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列は、前記天然に存在するRNAによってコードされるタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、 前記RNAの修飾は、前記RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす、修飾RNA。」 ＜相違点７＞ 本件訂正発明１３の「U以外のヌクレオシド」は「アデノシン(A)、グアノシン(G)、及びシチジン(C)からなる群から選択され」るのに対し、甲１Ｃ発明の「U以外のヌクレオシド」は「５－メチルシトシン及びシュードウリジン」である点。 ＜相違点８＞ 本件訂正発明１３では、「修飾RNA」の修飾は「Aに富む修飾」であって「前記修飾RNAのA含有量は、前記天然に存在するRNAと比較して少なくとも40％まで増大して」いることが特定されているのに対し、甲１Ｃ発明では、このような特定がされていない点。 ＜相違点９＞ 修飾RNAがコードするタンパク質であって、前記RNAの修飾は、前記RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす前記タンパク質が、本件訂正発明１では「エリスロポエチン」であるのに対し、甲１Ｃ発明では「G-CSF」である点。 （２）相違点７～９についての検討 相違点７及び８は、それぞれ、上記２（１）で説示した相違点１及び２と実質的に同一であるから、上記２（２）及び（３）と同様の理由により、甲１Ｃ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、甲１Ｃ発明を相違点７及び８に係る本件訂正発明１３の構成を備えたものとすることを、当業者は容易に想到し得たといえる。 しかし、相違点９は、上記２（１）で説示した相違点３と実質的に同一であるから、上記２（４）と同様の理由により、甲１Ｃ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、甲１Ｃ発明を相違点９に係る本件訂正発明１３の構成を備えたものとすることを、当業者は容易に想到し得たとはいえない。 また、上記２（６）と同様の理由により、本件訂正発明１３の効果を、甲１Ｃ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が予測し得たとはいえない。 （３）したがって、本件訂正発明１３は、甲１Ｃ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。 ７ 本件訂正発明１４について 請求項１３を引用する本件訂正発明１４は、本件訂正発明１３の「修飾RNA」を「治療における使用のための」という用途に適用することを特定したものである。 そして、甲１には、「核酸系治療薬の製剤化および送達の最適化に有用な特徴を有する核酸系化合物またはポリヌクレオチドを提供する」ことが記載されているので（甲１ｂの【００１１】）、甲１Ｃ発明を「治療における使用のための」という用途に適用することを、当業者は容易に想到し得たといえる。 しかし、上記２（４）と同様の理由により、甲１Ｃ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、甲１Ｃ発明を相違点９に係る本件訂正発明１４の構成を備えたものとすることを、当業者は容易に想到し得たとはいえない。 また、上記２（６）と同様の理由により、本件訂正発明１４の効果を、甲１Ｃ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が予測し得たとはいえない。 したがって、本件訂正発明１４は、甲１Ｃ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。 ８ 取消理由１（進歩性）についての判断のまとめ 以上のとおりであるから、本件訂正発明１～１４は、甲１Ａ発明、甲１Ｂ発明、甲１Ｃ発明、及び甲１～甲４に記載された事項から、当業者が容易に発明をすることができたものであるとはいえない。 よって、本件訂正発明１～１４に係る特許は、取消理由１（進歩性）によって取り消されるものではない。 第６ 取消理由通知（決定の予告）において採用しなかった特許異議申立理由 １ 取消理由通知（決定の予告）において採用しなかった特許異議申立理由（以下、実施可能要件の理由を「申立理由２」、サポート要件の理由を「申立理由３」という。）は下記のとおりである。 申立理由２（対象請求項１～１４、実施可能要件）の要点は、請求項１～１４に係る特許は、本件特許明細書の発明の詳細な説明の記載が不備のため、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものであり、同法第１１３条第４号に該当し、取り消されるべきものである、というものである。 申立理由３（対象請求項１～１４、サポート要件）の要点は、請求項１～１４に係る特許は、特許請求の範囲の記載が不備のため、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものであり、同法第１１３条第４号に該当し、取り消されるべきものである、というものである。 ２ そして、申立人は、申立理由２及び３について、下記（１）～（４）の趣旨の主張をしているので、順次検討する。 なお、以下では、本件特許明細書の発明の詳細な説明を、「発明の詳細な説明」と記載する。また、申立理由２及び３は、令和５年３月８日付け取消理由通知の取消理由２（実施可能要件）及び取消理由３（サポート要件）と同趣旨であり、下記主張１～４における本件発明１～１４は、それぞれ訂正前の請求項１～１４に係る発明である。 （１）主張１ 本件発明１～１２は、物を生産する方法の発明であり、物を生産する発明の場合、(i)原材料、(ii)その処理工程及び(iii)生産物に関して、当業者が発明を実施できるように、発明の詳細な説明に記載されていなければならない。 しかし、発明の詳細な説明では、本件発明１～１２の修飾RNA（当審注：上記「(i)原材料」に相当する。）がコードするペプチド又はタンパク質が何ら特定されていないため、上記「(iii)生産物」であるペプチド又はタンパク質をコードする修飾RNAを当業者は具体的に特定することができないので、発明の詳細な説明の記載から、当業者は、物を生産する方法における上記「(i)原材料」と「(iii)生産物」の関係を把握できず、実施をすることができない（申立書p.91の第1段落～p.92の第1段落）。 上記主張１について検討する。 本件訂正発明１～１２では、訂正前の「少なくとも１種のペプチド又はタンパク質」が「エリスロポエチン」のみに限定されている（上記「第２」を参照。）。 当業者が本件訂正発明１～１２を実施できるといえるためには、発明の詳細な説明の記載から、エリスロポエチンをコードするRNA(非修飾RNA)におけるウリジン(U)含有量を低減して、非修飾RNAと比較して少なくとも40％までアデノシン(A)含有量を増大させたRNA(修飾RNA)を生産し、修飾RNAによってコードされるエリスロポエチンのアミノ酸配列は、非修飾RNAによってコードされるエリスロポエチンのアミノ酸配列と同一であり、前記RNAの修飾は、前記RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらす修飾RNAを、当業者が生産できるといえることが必要である。 これに対し、発明の詳細な説明には、非修飾RNA及び修飾RNAがコードするエリスロポエチンが、具体的に例示されている（【０１２４】）。 そして、上記「第５」の２（６）で説示したように、発明の詳細な説明の実施例には、 ・EPO（エリスロポエチン）をコードする非修飾RNAから、非修飾RNAにおけるウリジン(U)含有量を低減（「(ii)その処理工程」に相当する）して、非修飾RNAと比較して少なくとも40％までアデノシン(A)含有量を増大させた修飾RNAを生産したこと、そして、 ・修飾RNAによってコードされるEPOのアミノ酸配列は、非修飾RNAによってコードされるEPOのアミノ酸配列と同一であるとともに、修飾RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらしたこと、が記載されている。 そうすると、これらの記載から、「(i)原材料」すなわち「非修飾RNA」から、ウリジン(U)含有量を低減するという「(ii)その処理工程」によって、「(iii)生産物」すなわち「修飾RNA」を生産することができ、本件訂正発明１～１２を実施できることを、当業者は、理解できるといえる。 よって、請求人の上記主張１を採用することはできない。 （２）主張２ 発明の詳細な説明には、本件発明１～１２の修飾RNAの具体例としてEPO(エリスロポエチン)をコードする修飾RNAの生産しか記載されておらず、全てのペプチド又はタンパク質をコードする修飾RNAの生産が可能であるわけがないから、本件発明１～１２は、発明の詳細な説明に記載した範囲を超えている（申立書p.92の第2段落～p.93の第2段落）。 上記主張２について検討する。 本件訂正発明１～１２では、訂正前の「少なくとも１種のペプチド又はタンパク質」が「エリスロポエチン」のみに限定されている（上記「第２」を参照。）。 よって、請求人の上記主張２を採用することはできない。 （３）主張３ 本件発明１３及びそれに従属する本件発明１４は、「修飾RNA」に関係した物の発明である。そして、当該「修飾RNA」は、RNA療法に用いられるのであるから(発明の詳細な説明の【０００１】)、医薬品として使用される物質である。 しかし、発明の詳細な説明の実施例で修飾RNAの効果確認を行っているのはエリスロポエチン(EPO)をコードする修飾RNAのみであり、しかも発現を確認しただけであり薬効確認は行われていない。 EPOをコードする修飾RNAで確認された効果を持って、「少なくとも1種のペプチド又はタンパク質をコードし、Aに富み、A含有量は、前記天然に存在するRNAと比較して少なくとも40%まで増大した修飾RNA」という非常に広範囲な修飾RNAの効果までを予測することはできない。（p.93の第4段落～p.95の第2段落） 上記主張３について検討する。 本件訂正発明１～１２では、訂正前の「少なくとも１種のペプチド又はタンパク質」が「エリスロポエチン」のみに限定されている（上記「第２」を参照。）。 上記「第５」の２（６）で説示したように、発明の詳細な説明の実施例には、薬学的に活性なタンパク質であるEPO(エリスロポエチン)をコードする修飾RNAが細胞と接触した際に、IFN-αの減少した分泌をもたらしたこと（本件訂正発明１３の特定事項に相当する。）が記載されている。 そして、上記修飾RNAが「IFN-αの減少した分泌」をもたらすことは、上記修飾RNAが「治療上適用可能で非免疫原性のRNA」（【０００６】）であり、治療において使用し得ること（本件訂正発明１４の特定事項に相当する。）を意味している。 そうすると、上記実施例の記載から、当業者は、本件訂正発明１３及び１４の修飾RNAによって本件訂正発明の課題（【０００６】）を解決できることを認識できるといえるとともに、本件訂正発明１３と１４の修飾RNAを製造でき、また、使用できることを理解できるといえる。 よって、請求人の上記主張３を採用することはできない。 （４）主張４ 本件発明１３の修飾RNAは、「修飾RNAによってコードされるペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列は、前記天然に存在するRNAによってコードされるペプチド又はタンパク質のアミノ酸配列と同一であり、」という要件があるから、「修飾RNA」本願出願日前公知である天然のペプチド又はタンパク質が発現し、当該ペプチド又はタンパク質に固有の薬理効果を奏する。 そうすると、修飾RNAのヌクレオチド配列は新規であっても、その薬効（効能・効果）は非修飾RNAがコードするペプチド又はタンパク質と同一であるから、本件発明１３の修飾RNAは、医薬用途よりも広範囲な用途で特定できるものではない。 また、発明の詳細な説明には、修飾RNAがコードする特定のタンパク質と特定の疾患との関係が何ら記載されていない。 そして、本件発明１４には、治療における使用のための、請求項１３に記載の修飾RNAと記載されているだけであり、何の治療に用いるのかは記載されていない。 RNA療法に用いられる医薬品は、RNAがコードするペプチド又はタンパク質が使用される疾患の治療に使用することが明確であり、新規な疾患の治療に使用することはあり得ないのであるから、対象とする疾患が特定されていない本件発明１３及び１４は、実施可能要件違反、サポート要件違反である。（p.95の第3段落～p.96の第2段落）。 上記主張４について検討する。 本件訂正発明１～１２では、訂正前の「少なくとも１種のペプチド又はタンパク質」が「エリスロポエチン」のみに限定されている（上記「第２」を参照。）。 発明の詳細な説明には、本件訂正発明１３及び１４の修飾RNAがコードするタンパク質であるエリスロポエチンが、薬学的に活性なタンパク質、すなわち医薬品として使用し得るタンパク質であることが記載されており（【０１２４】）、本件特許の出願時の技術常識を参酌すれば、エリスロポエチンが、どのような疾患の治療に用い得るのかについて、当業者は理解できるといえる。 また、上記（３）で説示したように、本件訂正発明１３及び１４の修飾RNAは、「IFN-αの減少した分泌」をもたらす「治療上適用可能で非免疫原性のRNA」であり、治療において使用し得るものである。 そして、発明の詳細な説明の記載から、当業者は、本件訂正発明１３及び１４の修飾RNAによって本件訂正発明の課題（【０００６】）を解決できることを認識できるといえるとともに、本件訂正発明１３と１４の修飾RNAを製造でき、また、使用できることを理解できるといえることも、上記（３）で説示したとおりである。 よって、請求人の上記主張４を採用することはできない。 ３ 小括 以上のとおりであるから、申立理由２及び３（上記１）は、いずれも採用できない。 第７ むすび 以上のとおりであるから、令和５年３月８日付け取消理由通知に記載した取消理由２（実施可能要件）及び取消理由３（サポート要件）、令和５年９月１４日付け取消理由通知（決定の予告）に記載した取消理由１（進歩性）、及び特許異議申立書に記載した申立理由１～３によっては、請求項１～１４に係る特許を取り消すことはできない。 また、他に請求項１～１４に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。 よって、結論のとおり決定する。