2022-700285
翻訳促進剤、翻訳鋳型ｍＲＮＡ、転写鋳型ＤＮＡ、翻訳鋳型ｍＲＮＡの生産方法、および、タンパク質の生産方法
- 審判番号
- 2022-700285
- 法域
- 特許
- 審判種別
- 異議申立（異議の決定）
- 出願番号
- 特願2021-033276外部サイト（J-PlatPat）へ移動します
- 登録番号
- 6945902
- 請求日
- 2022年04月05日
- 審決日
- 2022年12月27日
- 公報発行日
- 2023年03月31日
- 結論
- 訂正認容
- 当事者
- 【権利者】ＮＵＰｒｏｔｅｉｎ株式会社
- 【権利者代理人】松本 征二
- 【異議申立人】渡辺 陽子
- 分類
- P1652.161-YAA(C12N)
- 条文（本文から自動抽出・参考）
- 特許法第120条の5第2項、特許法第120条の5第9項、特許法第29条の2、特許法第126条第5項、特許法第126条第6項
- データ出所
- 審決公報（XML）
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結論
理由
目次 ▾ 13項目
第１ 手続の経緯
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特許第６９４５９０２号の請求項１～８に係る特許についての出願は、令和３年３月３日に出願され、令和３年９月１７日にその特許権の設定登録がされ、同年１０月６日に特許掲載公報が発行された。
その後、令和４年４月５日に、本件特許の請求項１～５に係る特許に対して、特許異議申立人である渡辺 陽子（以下、「申立人」という。）から特許異議の申立てがされたものである。
よって、本件特許異議申立てに係る審理対象は、請求項１～５に係る特許についてであり、請求項６～８に係る特許は、本件審理の対象外である。
手続の経緯は以下のとおりである。
令和４年 ４月 ５日 特許異議申立書の提出
同年 ６月２２日 取消理由通知書
同年 ８月２４日 訂正請求書、意見書（特許権者）の提出
同年１０月１２日 意見書（申立人）の提出
第２ 訂正の適否
１ 訂正事項
令和４年８月２４日付けの訂正請求書による訂正（以下、「本件訂正」という。）の請求は、特許請求の範囲を、上記訂正請求書に添付された訂正特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項１～９について訂正することを求めるものであり、その内容は、以下のとおりである（下線は、訂正箇所を示す。）。また、本件訂正は、訂正前の請求項１を直接的又は間接的に引用する訂正前の請求項２～８を含む一群の請求項１～９についてされたものであり、さらに、訂正が認められた場合には、訂正後の請求項６～８、９については、一群の請求項である請求項１～５とは別の訂正単位とすることが求められているものである。
（１） 訂正事項１
特許請求の範囲の請求項１に、
「目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の５´末端に隣接して連結される５´非翻訳領域としての核酸である第１配列と、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の３´末端に隣接して連結される３´非翻訳領域としての核酸である第２配列と、の組合せであり」とあるのを、
「目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の５´末端に隣接して連結される５´非翻訳領域としての核酸である第１配列と、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の３´末端に隣接して連結される３´非翻訳領域としての核酸である第２配列と、の組合せであり（ただし、第２配列がポリＡ配列を含まない場合は第２配列の核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること、第２配列がポリＡ配列を含む場合は第２配列からポリＡ配列を除いた核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること、を除く。）」に訂正する。
請求項１の記載を引用する請求項２～５も同様に訂正する。
（２） 訂正事項２
特許請求の範囲の請求項６に、
「無細胞タンパク質合成系に用いる転写鋳型ＤＮＡであって、該転写鋳型ＤＮＡは、請求項１～５の何れか一項に記載の翻訳鋳型ｍＲＮＡをコードする領域と、第１配列の５´末端に配置されるプロモーター領域とを含む、転写鋳型ＤＮＡ。」とあるうち、請求項１を引用するものについて独立形式に改め、
「無細胞タンパク質合成系に用いる転写鋳型ＤＮＡであって、該転写鋳型ＤＮＡは、翻訳鋳型ｍＲＮＡをコードする領域と、第１配列の５´末端に配置されるプロモーター領域と、続きを表示（全16行）を含み、翻訳鋳型ｍＲＮＡは、翻訳促進剤と、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域と、を含み、翻訳促進剤は、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の５´末端に隣接して連結される５´非翻訳領域としての核酸である第１配列と、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の３´末端に隣接して連結される３´非翻訳領域としての核酸である第２配列と、の組合せであり、翻訳鋳型ｍＲＮＡをＭＸｆｏｌｄで解析した際に、第１配列および第２配列は、接合部を形成し、第１配列の接合部より３´側の核酸の数および第２配列の接合部より５´側の核酸の数の和が２５以下である転写鋳型ＤＮＡ。」に訂正する。
請求項６の記載を引用する請求項７および請求項８も同様に訂正する。
（３） 訂正事項３
（訂正事項３－１）
特許請求の範囲の請求項８に、
「タンパク質の生産方法であって、細胞の不存在下であってかつ翻訳鋳型ｍＲＮＡをタンパク質に翻訳するための要素の存在下で、請求項１～５の何れか一項に記載の翻訳鋳型ｍＲＮＡまたは請求項７に記載の翻訳鋳型ｍＲＮＡの生産方法で生産した翻訳鋳型ｍＲＮＡを用いてタンパク質を合成する工程、を備える、タンパク質の生産方法。」とあるうち、請求項７を引用するものについて、
「タンパク質の生産方法であって、細胞の不存在下であってかつ翻訳鋳型ｍＲＮＡをタンパク質に翻訳するための要素の存在下で、請求項７に記載の翻訳鋳型ｍＲＮＡの生産方法で生産した翻訳鋳型ｍＲＮＡを用いてタンパク質を合成する工程、を備える、タンパク質の生産方法。」に訂正する。
（訂正事項３－２）
特許請求の範囲の請求項８に、
「タンパク質の生産方法であって、細胞の不存在下であってかつ翻訳鋳型ｍＲＮＡをタンパク質に翻訳するための要素の存在下で、請求項１～５の何れか一項に記載の翻訳鋳型ｍＲＮＡまたは請求項７に記載の翻訳鋳型ｍＲＮＡの生産方法で生産した翻訳鋳型ｍＲＮＡを用いてタンパク質を合成する工程、を備える、タンパク質の生産方法。」とあるうち、請求項１を引用するものについて、独立形式に改め、
「タンパク質の生産方法であって、細胞の不存在下であってかつ翻訳鋳型ｍＲＮＡをタンパク質に翻訳するための要素の存在下で、翻訳鋳型ｍＲＮＡを用いてタンパク質を合成する工程、を備え、翻訳鋳型ｍＲＮＡは、続きを表示（全14行）翻訳促進剤と、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域と、を含み、翻訳促進剤は、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の５´末端に隣接して連結される５´非翻訳領域としての核酸である第１配列と、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の３´末端に隣接して連結される３´非翻訳領域としての核酸である第２配列と、の組合せであり、翻訳鋳型ｍＲＮＡをＭＸｆｏｌｄで解析した際に、第１配列および第２配列は、接合部を形成し、第１配列の接合部より３´側の核酸の数および第２配列の接合部より５´側の核酸の数の和が２５以下であるタンパク質の生産方法。」と記載し、新たに請求項９とする。
２ 訂正の判断
（１）訂正事項１について
ア 訂正の目的について
訂正事項１は、「・・・第１配列と、・・・第２配列と、の組み合わせ」である「翻訳促進剤」において、「第２配列がポリＡ配列を含まない場合は第２配列の核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること、第２配列がポリＡ配列を含む場合は第２配列からポリＡ配列を除いた核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること」を除く訂正であるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書１号に規定する「特許請求の範囲の減縮」を目的とするものである。
イ 願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であること
本件明細書に記載された本件訂正前の発明は、比較的短い５’ＵＴＲにもかかわらず、目的タンパク質を合成できる翻訳促進剤、翻訳鋳型ｍＲＮＡ、転写鋳型ＤＮＡ、翻訳鋳型ｍＲＮＡの生産方法、および、タンパク質の生産方法を提供することを課題とするものであり（本件明細書【００１２】）、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の５’末端側のＵＴＲである第１配列および３’末端側のＵＴＲである第２配列において、第１配列および第２配列が接合部を形成できるように設計することで上記課題を解決できることが記載されている（同【００１１】）と認められる。そして、第１配列および第２配列が相補対を形成する領域を意味する接合部が形成されれば、第１配列及び第２配列の核酸の長さには制限がないことや、第２配列は、３’末端側にポリＡ配列を更に含んでもよいことが記載されていると認められる（同【００１９】～【００２４】、【００３０】）。
そうすると、訂正事項１によって、「第２配列がポリＡ配列を含まない場合は第２配列の核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること、第２配列がポリＡ配列を含む場合は第２配列からポリＡ配列を除いた核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること」を除いた訂正後の発明においても、第１配列および第２配列が接合部を形成することで、上記課題は解決するものと認められるから、訂正事項１が本件明細書に開示された技術的事項に新たな技術的事項を付加したものでないことは明らかであり、訂正事項１は、当業者によって、本件明細書の全ての記載を総合することにより導かれる技術的事項との関係において、新たな技術的事項を導入しないものであることが明らかであるということができる。
よって、訂正事項１は、特許法第１２０条の５第９項で準用する同法第１２６条第５項に適合するものである。
ウ 実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更する訂正ではないこと
訂正事項１は、上記アのとおり「・・・第１配列と、・・・第２配列と、の組み合わせ」である「翻訳促進剤」において、「第２配列がポリＡ配列を含まない場合は第２配列の核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること、第２配列がポリＡ配列を含む場合は第２配列からポリＡ配列を除いた核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること」を除くものであるから、実質上特許請求の範囲を拡張し、または変更するものではないことは明らかであるから、特許法第１２０条の５第９項で準用する同法第１２６条第６項に適合するものである。
エ 独立特許要件について
本件特許異議申立事件においては、訂正前の請求項１～５に係る特許に対して特許異議の申立てがされているから、訂正後の請求項１～５については、特許法第第１２０条の５第９項において読み替えて準用する同法第１２６条第７項に規定する要件（いわゆる「独立特許要件」）は課されない。
（２）訂正事項２について
ア 訂正の目的について
訂正事項２は、訂正前の請求項１～５を引用していた訂正前の請求項６を、訂正前の請求項１のみを引用するように改めるとともに、請求項間の引用関係を解消し、請求項１の記載を引用しないものとし、独立形式の請求項へ改めるための訂正である。
これは、請求項６を引用する請求項７、８についても同様である。
よって、訂正事項２は、特許法第１２０条の５第２項ただし書１号に規定する「特許請求の範囲の減縮」を目的とする訂正であるとともに、特許法第１２０条の５第２項ただし書第４号に規定する「他の請求項の記載を引用する請求項の記載を当該他の請求項の記載を引用しないものとすること」を目的とする訂正である。
イ 願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であること
訂正事項２は、上記アで検討したとおり、訂正前の請求項１～５を引用していた訂正前の請求項６を、訂正前の請求項１のみを引用するように改めるとともに、請求項間の引用関係を解消し、請求項１の記載を引用しないものとし、独立形式の請求項へ改めるための訂正であるから、本件特許明細書の記載から導かれる技術的事項との関係において、新たな技術的事項を導入するものではなく、願書に添付した明細書又は図面に記載した事項の範囲内においてしたものといえる。
これは、請求項６を引用する請求項７、８についても同様である。
よって、訂正事項２は、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項の規定に適合している。
ウ 実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更する訂正ではないこと
訂正事項２は、上記アで検討したとおり、訂正前の請求項１～５を引用していた訂正前の請求項６を、訂正前の請求項１のみを引用するように改めるとともに、請求項間の引用関係を解消し、請求項１の記載を引用しないものとし、独立形式の請求項へ改めるための訂正であるから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当しない。
これは、請求項６を引用する請求項７、８についても同様である。
よって、訂正事項２は、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項の規定に適合している。
エ 独立特許要件について
訂正前の請求項６～８に係る訂正については、いずれも特許異議の申立てがされていないが、上記２（２）「訂正事項２について」に記載したとおり、請求項６～８についての訂正には、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に掲げる特許請求の範囲の減縮を目的とするものが含まれているから、訂正後の請求項６～８に係る特許について、独立特許要件について検討する。
訂正前の請求項６に係る発明は、拒絶理由を発見しないとして特許されたものであり、訂正後の請求項６が、訂正前の請求項１のみを引用する態様に限定し、また独立形式としたことにより、新たな拒絶理由が生じるものではなく、また、異議申立書とともに提出された証拠をみても、訂正後の請求項６に係る発明について記載ないし示唆はないから、請求項６に係る発明については、特許を取り消すべき理由を発見しない。
これは、請求項６を引用する請求項７、８についても同様である。
よって、訂正事項２は、特許法第第１２０条の５第９項において読み替えて準用する同法第１２６条第７項に規定する要件を満たすものである。
（３）訂正事項３について
ア 訂正の目的について
訂正事項３の訂正事項３－１は、訂正前の請求項１～５及び請求項７を引用していた訂正前の請求項８を、請求項７のみを引用するように改めるものであるから、訂正事項３－１は、特許法第１２０条の５第２項ただし書１号に規定する「特許請求の範囲の減縮」を目的とする訂正である。
訂正事項３の訂正事項３－２は、訂正前の請求項１～５及び請求項７を引用していた訂正前の請求項８を、訂正前の請求項１のみを引用するように改めるとともに、請求項間の引用関係を解消し、訂正前の請求項１の記載を引用しないものとし、独立形式の請求項へ改め、新たに請求項９とする訂正であるから、特許法第１２０条の５第２項ただし書１号に規定する「特許請求の範囲の減縮」を目的とする訂正であるとともに、特許法第１２０条の５第２項ただし書第４号に規定する「他の請求項の記載を引用する請求項の記載を当該他の請求項の記載を引用しないものとすること」を目的とする訂正である。
イ 願書に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面に記載した事項の範囲内の訂正であること
上記アで検討したとおり、訂正事項３の訂正事項３－１は、訂正前の請求項１～５及び請求項７を引用していた訂正前の請求項８を、請求項７のみを引用するように改めものであり、訂正事項３－２は、訂正前の請求項１～５及び請求項７を引用していた訂正前の請求項８を、訂正前の請求項１のみを引用するように改めるとともに、請求項間の引用関係を解消し、訂正前の請求項１の記載を引用しないものとし、独立形式の請求項へ改め、新たに請求項９とする訂正であるから、本件特許明細書の記載から導かれる技術的事項との関係において、新たな技術的事項を導入するものではなく、願書に添付した明細書又は図面に記載した事項の範囲内においてしたものといえる。
よって、訂正事項３は、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第５項の規定に適合している。
ウ 実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更する訂正ではないこと
上記アで検討したとおり、訂正事項３の訂正事項３－１は、訂正前の請求項１～５及び請求項７を引用していた訂正前の請求項８を、請求項７のみを引用するように改めものであり、訂正事項３－２は、訂正前の請求項１～５及び請求項７を引用していた訂正前の請求項８を、訂正前の請求項１のみを引用するように改めるとともに、請求項間の引用関係を解消し、請求項７の記載を引用しないものとし、独立形式の請求項へ改め、新たに請求項９とする訂正であるから、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものには該当しない。
よって、訂正事項３は、特許法第１２０条の５第９項で準用する特許法第１２６条第６項の規定に適合している。
エ 独立特許要件について
訂正前の請求項８に係る訂正については、いずれも特許異議の申立てがされていないが、上記２（３）「訂正事項３について」に記載したとおり、請求項８についての訂正には、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１号に掲げる特許請求の範囲の減縮を目的とするものが含まれているから、訂正後の請求項８、９に係る特許について、独立特許要件について検討する。
訂正前の請求項８に係る発明は、拒絶理由を発見しないとして特許されたものであり、訂正後の請求項８が、請求項７のみを引用する態様に限定したことにより、新たな拒絶理由が生じるものではなく、また、異議申立書とともに提出された証拠をみても、訂正後の請求項８に係る発明について記載ないし示唆はないから、請求項８に係る発明については、特許を取り消すべき理由を発見しない。
また、訂正後の請求項９が、訂正前の請求項１のみを引用する態様に限定し、また独立形式としたことにより、新たな拒絶理由が生じるものではなく、異議申立書とともに提出された証拠をみても、訂正後の請求項９に係る発明について記載ないし示唆はないから、請求項９に係る発明については、特許を取り消すべき理由を発見しない。
よって、訂正事項２は、特許法第第１２０条の５第９項において読み替えて準用する同法第１２６条第７項に規定する要件を満たすものである。
３ 小括
以上のとおりであるから、本件訂正は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第１及び４号に掲げる事項を目的とするものであり、かつ、同条第９項において準用する同法第１２６条第５～７項の規定に適合する。
また、訂正が認められた場合に、請求項６～８、９については、一群の請求項の他の請求項とは別の訂正単位とする求めがされているので、これを認める。
よって、特許請求の範囲を、訂正請求書に添付された特許請求の範囲のとおり、訂正後の請求項〔１～５〕、〔６～８〕、９について訂正することを認める。
第３ 訂正後の本件発明
本件特許の請求項１～９に係る発明は、訂正特許請求の範囲の請求項１～９に記載された事項によって特定されるとおりのものであるところ、本件審理の対象である本件特許の請求項１～５に係る発明は、以下のとおりのものである。（下線は、訂正箇所を示す。なお、第１で述べたとおり、訂正前の請求項６～８に係る特許は、本件審理の対象外であるため、これらに対応する訂正後の請求項６～９も、本件審理の対象ではない。）
以下、訂正後の請求項１に係る発明を、項番に従い、「本件発明１」などという。また、訂正前の本件発明を、「訂正前本件発明１」などという。
「【請求項１】翻訳促進剤と、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域と、を含む翻訳鋳型ｍＲＮＡであって、続きを表示（全23行）翻訳促進剤は、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の５´末端に隣接して連結される５´非翻訳領域としての核酸である第１配列と、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の３´末端に隣接して連結される３´非翻訳領域としての核酸である第２配列と、の組合せであり（ただし、第２配列がポリＡ配列を含まない場合は第２配列の核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること、第２配列がポリＡ配列を含む場合は第２配列からポリＡ配列を除いた核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること、を除く。）翻訳鋳型ｍＲＮＡをＭＸｆｏｌｄで解析した際に、第１配列および第２配列は、接合部を形成し、第１配列の接合部より３´側の核酸の数および第２配列の接合部より５´側の核酸の数の和が２５以下である翻訳鋳型ｍＲＮＡ。【請求項２】第１配列の核酸の長さが３以上である請求項１に記載の翻訳鋳型ｍＲＮＡ。【請求項３】第２配列の核酸の長さが２０以上である請求項１または２に記載の翻訳鋳型ｍＲＮＡ。【請求項４】第２配列が接合部より３´側にＡ（アデニン）が連続するポリＡ配列を更に含む請求項１～３の何れか一項に記載の翻訳鋳型ｍＲＮＡ。【請求項５】第１配列および／または第２配列が、１個以上のステムまたはステムループを含む請求項１～４の何れか一項に記載の翻訳鋳型ｍＲＮＡ。」
第４ 当審が通知した取消理由及び特許異議申立ての理由の概要
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１ 取消理由通知書に記載した取消理由の概要
当審が令和４年６月２２日付けの取消理由通知で通知した取消理由の概要は、以下に示すとおりである。
訂正前本件発明１～５は、本件特許出願の日前の日本語特許出願であって、その出願後に国際公開がされた他の特許出願であるＰＣＴ／ＪＰ２０２０／０３９１６０（先願１）の願書に最初に添付された明細書、特許請求の範囲又は図面（下記甲１）に記載された発明と同一であり、しかも、本件特許出願の発明者が他の特許出願に係る上記の発明をした者と同一ではなく、また本件特許出願の時において、その出願人が上記他の特許出願の出願人と同一でもないので、特許法第２９条の２の規定により、特許を受けることができない。
したがって、本件発明１～５に係る特許は特許法第２９条の２の規定に違反してされたものであり、同法第１１３条第２号に該当し取り消されるべきものである。
２ 特許異議申立理由の概要
申立人が特許異議申立書に記載した申立理由の概要及び添付した証拠方法は、以下に示すとおりである。
訂正前本件発明１～５は、本件特許出願の日前の日本語特許出願であって、その出願後に国際公開がされた他の特許出願であるＰＣＴ／ＪＰ２０２０／０３９１６０の願書に最初に添付された明細書、特許請求の範囲又は図面（下記甲１）に記載された発明と同一であり、しかも、本件特許出願の発明者が他の特許出願に係る上記の発明をした者と同一ではなく、また本件特許出願の時において、その出願人が上記他の特許出願の出願人と同一でもないので、特許法第２９条の２の規定により、特許を受けることができない。
したがって、本件発明１～５に係る特許は特許法第２９条の２の規定に違反してされたものであり、同法第１１３条第２号に該当し取り消されるべきものである。
（証拠方法）
甲第２号証の１：甲第１号証の［０１１４］に記載の「ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列を有し、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列に対して１００％の相補性を有する３´ＵＴＲ配列を有する人工合成ｍＲＮＡ」において、ＥＧＦＰを有するＯＲＦの代わりに５×Ｆｌａｇをコードする塩基配列に置き換えた人工合成ｍＲＮＡの２次構造をＭＸｆｏｌｄで予測した結果
甲第３号証：Ｎｏｇｉｍｏｒｉら、「Ｄｏｍ３４ ｍｅｄｉａｔｅｓ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ ｅｘｏｇｅｎｏｕｓ ＲＮＡ ｉｎ ｔｈｅ ａｎｔｉｖｉｒａｌ ＯＡＳ／ＲＮａｓｅ Ｌ ｐａｔｈｗａｙ」、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２０１９、Ｖｏｌ．４７、Ｉｓｓｕｅ １、ｐｐ．４３２－４４９
（上記甲第１号証、甲第３号証、甲第４号証を「甲１」、「甲３」、「甲４」といい、甲第２号証の１～甲第２号証の５を「甲２の１」～「甲２の５」という。「甲２の１」～「甲２の５」は、まとめて「甲２」ということがある。）
第５ 当審の判断
本件発明１～５に係る特許は、当審が通知した取消理由通知書に記載した取消理由及び申立人による申立理由によっては、取り消すことができない、と判断する。
その理由は以下のとおりである。
１ 取消理由について
（１）甲号証の記載事項
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ア 甲１の記載事項
本件特許の出願日である令和３年３月３日より前の令和１年１０月１７日を優先日とし、令和２年１０月１６日に出願され、本願の出願日より後の令和３年４月２２日に国際公開された先願１の国際出願日における明細書等（甲１）には、以下の事項が記載されている。
「［請求項１］ タンパク質をコードするｍＲＮＡの５´非翻訳領域と、前記５´非翻訳領域に対する相補性が４０％以上８０％以下である３´非翻訳領域と、を備える、人工合成ｍＲＮＡ。」
「［００２５］ 本発明の一実施形態のｍＲＮＡは、タンパク質をコードするｍＲＮＡの５´ＵＴＲと、５´ＵＴＲとの相補性が４０％以上８０％以下である３´ＵＴＲと、を備える。換言すると、本発明の実施形態のｍＲＮＡは、目的タンパク質をコードする翻訳領域と、目的タンパク質とは異なるタンパク質をコードするｍＲＮＡの５´ＵＴＲと、５´ＵＴＲとの相補性が４０％以上８０％以下である３´ＵＴＲと、を備える。この形態とすることにより、翻訳効率を向上させることができる。翻訳効率をより向上させる観点から、３´ＵＴＲにおける５´ＵＴＲとの相補性が５０％以上７５％以下であることが好ましい。翻訳効率を向上させることができる結果、目的タンパク質の発現効率を向上させることができる。」
「［００３０］ 本実施形態のｍＲＮＡは、その翻訳に必要な５´キャップ構造（m7G（7-メチルグアノシン）が５´末端ヌクレオシドに５´－５´三リン酸橋を介して結合した構造）及びポリ（Ａ）鎖を備えてもよい。ポリ（Ａ）鎖の長さは、特に限定されないが、例えば、３０～２００塩基である。５´キャップ構造には翻訳開始因子ｅＩＦ４Ｅが結合し、ポリ（Ａ）鎖にはポリ（Ａ）鎖結合タンパク質ＰＡＢＰ（poly（A）-binding protein）が結合することによって、両者が足場タンパク質である翻訳開始因子ｅＩＦ４Ｇを介して複合体を形成することにより、ｍＲＮＡは環状構造を形成する（Wells SE, et al. Mol Cell. 1998;2:135-140）。さらに、翻訳終結因子ｅＲＦ３はＰＡＢＰ－ｅＩＦ４Ｇと複合体を形成することにより、３´ＵＴＲをループアウトする（Uchida N, et al. J Biol Chem. 2002; 277: 50286-50292）。このようなｍＲＮＡの環状化は、翻訳終結部位と翻訳開始部位を物理的に近づけ、翻訳を終えたリボソームを、３´ＵＴＲを経ることなく終止コドンから次の翻訳開始にリサイクルすることで、翻訳開始の効率に大きく寄与する。５´末端キャップ構造とポリ（Ａ）鎖は、このような翻訳の効率化だけでなく、エキソヌクレアーゼによる末端からのｍＲＮＡ分解を阻害することでｍＲＮＡを安定化し、翻訳の効率化とｍＲＮＡ安定化の両過程において転写後の遺伝子発現制御に大きく貢献する。」
「［００４４］ ２．研究材料及び方法（１）プラスミドＲＮＡトランスフェクション用のベクターとして、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２を用いた。ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２の作製方法としては、Ｎｏｇｉｍｏｒｉ ｅｔ ａｌ．，“Ｄｏｍ３４ ｍｅｄｉａｔｅｓ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ｏｆ ｅｘｏｇｅｎｏｕｓ ＲＮＡ ｉｎ ｔｈｅ ａｎｔｉｖｉｒａｌ ＯＡＳ／ＲＮａｓｅ Ｌ ｐａｔｈｗａｙ” Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， Ｖｏｌｕｍｅ ４７，Ｉｓｓｕｅ １，１０ Ｊａｎｕａｒｙ ２０１９，Ｐａｇｅｓ ４３２－４４９に記載された方法を用いた。［００４５］ （２）非翻訳領域の挿入続きを表示（全48行）・ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲの挿入ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列に関しては、配列番号１と配列番号２に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＫｐｎＩ、ＸｈｏＩサイトに挿入した。ここで、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列は、配列番号２７に示す。・・・［００４９］ ・ＬＤＨＢの５´ＵＴＲの挿入ＬＤＨＢの５´ＵＴＲ配列に関しては、ＨｅＬａ細胞から抽出したｔｏｔａｌ ＲＮＡと、配列番号９と配列番号１０に示すオリゴヌクレオチドとを用いた逆転写ＰＣＲ法により単離した。単離した配列は、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＫｐｎＩ、ＸｈｏＩサイトに挿入した。ここで、ＬＤＨＢの５´ＵＴＲ配列は、配列番号３１に示す。・・・［００５４］ ・ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が７５％である３´ＵＴＲの挿入ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が７５％である３´ＵＴＲ配列に関しては、配列番号１９と配列番号２０に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＫｐｎＩ、ＸｈｏＩサイトに挿入した。ここで、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が７５％である３´ＵＴＲ配列は、配列番号３６に示す。［００５５］ ・ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲの挿入ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲ配列に関しては、配列番号２１と配列番号２２に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＫｐｎＩ、ＸｈｏＩサイトに挿入した。ここで、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲ配列は、配列番号３７に示す。・・・［００５７］ ・β－ｇｌｏｂｉｎの５´ＵＴＲの挿入β－ｇｌｏｂｉｎの５´ＵＴＲ配列に関しては、配列番号４１と配列番号４２に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＫｐｎＩ、ＸｈｏＩサイトに挿入した。ここで、β－ｇｌｏｂｉｎの５´ＵＴＲ配列は、配列番号９４に示す。・・・［００６１］ ・β－ｇｌｏｂｉｎの５´ＵＴＲ配列と相補性が７４％である３´ＵＴＲの挿入β－ｇｌｏｂｉｎの５´ＵＴＲ配列と相補性が７４％である３´ＵＴＲに関しては、配列番号４９と配列番号５０に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＥｃｏＲＩ、ＸｂａＩサイトに挿入した。ここで、β－ｇｌｏｂｉｎの５´ＵＴＲ配列と相補性が７４％である３´ＵＴＲ配列は、配列番号９８に示す。［００６２］ ・β－ｇｌｏｂｉｎの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲの挿入β－ｇｌｏｂｉｎの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲに関しては、配列番号５１と配列番号５２に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＥｃｏＲＩ、ＸｂａＩサイトに挿入した。ここで、β－ｇｌｏｂｉｎの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲ配列は、配列番号９９に示す。・・・［００６４］ ・ＲＰＳ８の５´ＵＴＲの挿入ＲＰＳ８の５´ＵＴＲ配列に関しては、配列番号５５と配列番号５６に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＫｐｎＩ、ＸｈｏＩサイトに挿入した。ここで、ＲＰＳ８の５´ＵＴＲ配列は、配列番号１０１に示す。・・・［００６８］ ・ＲＰＳ８の５´ＵＴＲ配列と相補性が７１％である３´ＵＴＲの挿入ＲＰＳ８の５´ＵＴＲ配列と相補性が７１％である３´ＵＴＲに関しては、配列番号６３と配列番号６４に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＥｃｏＲＩ、ＸｂａＩサイトに挿入した。ここで、ＲＰＳ８の５´ＵＴＲ配列と相補性が７１％である３´ＵＴＲ配列は、配列番号１０５に示す。［００６９］ ・ＲＰＳ８の５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲの挿入ＲＰＳ８の５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲに関しては、配列番号６５と配列番号６６に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＥｃｏＲＩ、ＸｂａＩサイトに挿入した。ここで、ＲＰＳ８の５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲ配列は、配列番号１０６に示す。・・・［００７５］ ・ＬＤＨＢの５´ＵＴＲ配列と相補性が７５％である３´ＵＴＲの挿入ＬＤＨＢの５´ＵＴＲ配列と相補性が７５％である３´ＵＴＲに関しては、配列番号７７と配列番号７８に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＥｃｏＲＩ、ＸｂａＩサイトに挿入した。ここで、ＬＤＨＢの５´ＵＴＲ配列と相補性が７５％である３´ＵＴＲ配列は、配列番号１１２に示す。［００７６］ ・ＬＤＨＢの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲの挿入ＬＤＨＢの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲに関しては、配列番号７９と配列番号８０に示すオリゴヌクレオチドをハイブリダイズし、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＥｃｏＲＩ、ＸｂａＩサイトに挿入した。ここで、ＬＤＨＢの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲ配列は、配列番号１１３に示す。・・・［００７８］ ・Ｃａｓ９ ｍＲＮＡ合成プラスミドの作製Ｃａｓ９のｃＤＮＡ配列はＭａｉｌ ｅｔ ａｌ “ＲＮＡ－ｇｕｉｄｅｄ ｈｕｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ｖｉａ Ｃａｓ９” Ｓｃｉｅｎｃｅ． ２０１３ Ｆｅｂ １５；３３９（６１２１）：８２３－６ に記載されているｈＣａｓ９プラスミド（Ａｄｄｇｅｎｅ ｐｌａｓｍｉｄ ＃ ４１８１５）と、配列番号８３と配列番号８４に示すオリゴヌクレオチドとを用いたＰＣＲ法により単離した。単離した配列をｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＨｉｎｄＩＩＩサイトに挿入したプラスミドと、配列番号８３と配列番号８５に示すオリゴヌクレオチドを用いたインバースＰＣＲ法によりｐＢＫ－Ｆ－ｈＣａｓ９－ｐＡ７２プラスミドを得た。ここでｈＣａｓ９のｃＤＮＡ配列は配列番号１１５に示し、ｈＣａｓ９のアミノ酸配列は配列番号１１６に示す。［００７９］ ・Ｃａｓ９ ｍＲＮＡ合成プラスミドへのＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲの挿入ｐＢＫ－Ｆ－ｈＣａｓ９－ｐＡ７２プラスミドと、配列番号８６と配列番号８７に示すオリゴヌクレオチドを用いたインバースＰＣＲ法により、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲを挿入した。ここで、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲは、配列番号２７に示す。［００８０］ ・Ｃａｓ９ ｍＲＮＡ合成プラスミドへのＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が７５％である３´ＵＴＲの挿入ｐＢＫ－Ｆ－ｈＣａｓ９－ｐＡ７２プラスミドと、配列番号８８と配列番号８９に示すオリゴヌクレオチドを用いたインバースＰＣＲ法により、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が７５％である３´ＵＴＲを挿入した。ここで、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が７５％である３´ＵＴＲ配列は、配列番号３６に示す。［００８１］ ・Ｃａｓ９ ｍＲＮＡ合成プラスミドへのＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲの挿入ｐＢＫ－Ｆ－ｈＣａｓ９－ｐＡ７２プラスミドと、配列番号９０と配列番号９１に示すオリゴヌクレオチドを用いたインバースＰＣＲ法により、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲを挿入した。ここで、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と相補性が５０％である３´ＵＴＲ配列は、配列番号３７に示す。［００８２］ ・ｐ５３のｃＤＮＡの挿入ｐ５３のｃＤＮＡ配列は、Ｕ２０Ｓ細胞から抽出したｔｏｔａｌ ＲＮＡと、配列番号２５と配列番号２６に示すオリゴヌクレオチドとを用いた逆転写ＰＣＲ法により単離した。単離したｐ５３のｃＤＮＡ配列は、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＨｉｎｄＩＩＩサイトに挿入した。ここで、ｐ５３のｃＤＮＡ配列は配列番号３９に示し、ｐ５３のアミノ酸配列は配列番号４０に示す。［００８３］ （３）ＲＮＡ合成各種ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２、各種ｐＢＫ－５Ｆ－ｐ５３－ｐＡ７２および各種ｐＢＫ－Ｆ－ｈＣａｓ９－ｐＡ７２プラスミドを、ＢｓｍＢＩで処理したものを鋳型として、５ｘＦｌａｇ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２、５ｘＦｌａｇ－ｐ５３－ｐＡ７２およびＦｌａｇ－ｈＣａｓ９－ｐＡ７２ ｍＲＮＡを合成した。ＲＮＡ合成は、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ（タカラバイオ株式会社）を用い、このＴ７ ＲＮＡポリメラーゼの取扱い説明書に従って行った。」
「［０１１１］ （ｖｉ）実験６図１７は、作製した人工合成ｍＲＮＡを示す図である。・・・」
「［０１２０］ 図２３は、得られた効果の推定メカニズムを説明するための図である。本実施形態の人工合成ｍＲＮＡは、ＧＡＰＤＨの５´非翻訳領域と、ＧＡＰＤＨの３´非翻訳領域と、を備える。もしくは、本実施形態の人工合成ｍＲＮＡは、５´非翻訳領域と、５´非翻訳領域との相補性が４０％以上８０％以下である３´非翻訳領域と、を備える。換言すると、本実施形態の人工合成ｍＲＮＡは、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列に対して、３´ＵＴＲ配列は、いずれも部分的な相補性を有する。このような部分的な相補性がｍＲＮＡの環状化を促進することにより、リボソームを効率的にリサイクルさせるため、翻訳効率が向上すると考えられる。」
「［図：0001395211000001.jpg］」
イ 甲２の記載事項
甲２の１～甲２の５には、甲１の［０１１４］及び［０１１１］に記載される、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列を有し、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列に対して、それぞれ１００％、９４％、８８％、７５％、５０％の相補性を有する３´ＵＴＲ配列を有する人工合成ｍＲＮＡにおいて、ＥＧＦＰを有するＯＲＦの代わりに５×Ｆｌａｇをコードする塩基配列に置き換えた人工合成ｍＲＮＡの２次構造をＭＸｆｏｌｄで予測した結果が示されている。
（ア）「［図：0001395211000002.jpg］」（甲２の１）
（イ）「［図：0001395211000003.jpg］」（甲２の２）
（ウ）「［図：0001395211000004.jpg］」（甲２の３）
（エ）「［図：0001395211000005.jpg］」（甲２の４）
（オ）「［図：0001395211000006.jpg］」（甲２の５）
ウ 甲３の記載事項
甲１の実施例において、ＲＮＡトランスフェクション用のベクターの作製方法を記載したものとして引用された学術論文である甲３には、以下の事項が記載されている（翻訳は申立人が提出した抄訳を援用した。）。
「ｍＲＮＡのインビトロ合成の鋳型であるｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰを以下のように構築した。プライマー対ＮＨ７３３／ＮＨ７３２及びｐＣＭＶ－５×Ｆｌａｇ－ＥＧＦＰ（３０）を鋳型として使用してＥＧＦＰ ｃＤＮＡをＰＣＲ増幅し、ｐＢｌｕｓｃｒｉｐｔ ＩＩ ＳＫ（－）（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）のＸｈｏＩサイト及びＥｃｏＲＩサイトに挿入してｐＢＫ－５×Ｆｌａｇ－ＥＧＦＰを構築した。次に、７２ヌクレオチドのポリ（Ａ）テールを含むβ－グロビン３´ＵＴＲを、プライマー対ＮＨ７３４／ＮＨ７７０及びｐＦｌａｇ－ＣＭＶ／ＴＯ－ＢＧＧ（６）を鋳型として使用してＰＣＲ増幅し、ｐＢＫ－５×Ｆｌａｇ－ＥＧＦＰのＥｃｏＲＩサイト及びＢａｍＨＩサイトに挿入した。」（第４３３頁左欄下から１９～９行）
エ 甲４の記載事項
ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＩＩファージミドベクターの取扱説明書である甲４には、甲３で用いられたｐＢｌｕｓｃｒｉｐｔ ＩＩ ＳＫ（－）の構造について以下の事項が記載されている（翻訳は申立人が提出した抄訳を援用した。）。
「［図：0001395211000007.jpg］」（第３頁の図１）
（２）甲１に記載された発明
甲１には、特有の構造をとることにより、翻訳効率が向上したｍＲＮＡの発明が記載されており（［請求項１］、［００２５］）、［００２５］にも記載されているとおり、ｍＲＮＡがタンパク質をコードする翻訳領域を有することは技術常識であるから、甲１には、以下の発明が記載されていると認められる。
「目的タンパク質をコードする翻訳領域と、タンパク質をコードするｍＲＮＡの５´非翻訳領域と、前記５´非翻訳領域に対する相補性が４０％以上８０％以下である３´非翻訳領域と、を備える、人工合成ｍＲＮＡ」（以下、「甲１発明」という。）
（３）本件発明１と甲１発明との対比・判断
ア 対比
本件発明１と甲１発明とを対比する。
まず、甲１発明の「目的タンパク質をコードする翻訳領域」は、本件発明１の「目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域」に相当する。
甲１発明の「タンパク質をコードするｍＲＮＡの５´非翻訳領域と、前記５´非翻訳領域に対する相補性が４０％以上８０％以下である３´非翻訳領域」は、甲１の［００２５］によると翻訳効率を向上させることができるから、本件発明１の「目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の５’末端に隣接して連結される５’非翻訳領域としての核酸である第１配列と、目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の３’末端に隣接して連結される３’非翻訳領域としての核酸である第２配列と、の組合せであ」る「翻訳促進剤」に相当する。
甲１発明の「人工合成ｍＲＮＡ」は目的タンパク質の翻訳の鋳型となることは明らかであるから、本件発明の「翻訳鋳型ｍＲＮＡ」に相当する。
また、本件明細書によると本件発明の「接合部」とは「第１配列２および第２配列３が相補対を形成する領域を意味する」（本件明細書【００２３】）ものであるところ、甲１発明のｍＲＮＡが有する５´非翻訳領域と３´非翻訳領域とは、十分に高い相同性を有しているから、相補対を形成する領域、すなわち「接合部」を形成すると解するのが自然である。甲１発明の具体例である実施例でも、図１７に実験６の人工合成ｍＲＮＡが接合部を有するものとして示されているとおりである（甲２も参照。）。
そうすると、両者は、「翻訳促進剤と、
目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域と、
を含む翻訳鋳型ｍＲＮＡであって、
翻訳促進剤は、
目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の５´末端に隣接して連結される５´非翻訳領域としての核酸である第１配列と、
目的タンパク質のアミノ酸配列をコードするコード領域の３´末端に隣接して連結される３´非翻訳領域としての核酸である第２配列と、
の組合せであり、
翻訳鋳型ｍＲＮＡをＭＸｆｏｌｄで解析した際に、第１配列および第２配列は、接合部を形成する、
翻訳鋳型ｍＲＮＡ。」で一致し、以下の点で一応相違する。
一応の相違点１：
本件発明１では、「・・・第１配列と、・・・第２配列と、の組み合わせ」である「翻訳促進剤」において、「第２配列がポリＡ配列を含まない場合は第２配列の核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること、第２配列がポリＡ配列を含む場合は第２配列からポリＡ配列を除いた核酸の長さと第１配列の核酸の長さが同じになること」を除くことが特定されているのに対し、甲１発明では、第２配列（（ポリＡ配列を含む場合にはそれを除く）の核酸の長さと第１配列の核酸の長さの関係が特定されていない点
一応の相違点２：
本件発明１では「第１配列の接合部より３´側の核酸の数および第２配列の接合部より５´側の核酸の数の和が２５以下である」ことが特定されているのに対し、甲１発明では、第１配列の接合部より３´側の核酸の数および第２配列の接合部より５´側の核酸の数の和が特定されていない点
イ 判断
まず、上記一応の相違点１について検討するに、甲１には、第１配列及び第２配列（ポリＡ配列を含む場合にはそれを除く）の核酸の長さの異同に関する一般的な記載はなく、それを規定するという技術思想は認められない。
また、上記一応の相違点２については、甲１発明は、［００３０］、［０１２０］からみて、５´ＵＴＲ配列に対し部分的な相補性を３´ＵＴＲ配列に付与することで、ｍＲＮＡの環状化を促進し、翻訳終結部位と翻訳開始部位とを物理的に近づけることにより翻訳効率を向上させるものと解されるから、「第１配列の接合部より３´側の核酸の数および第２配列の接合部より５´側の核酸の数の和」は小さいものと認められるが、甲１には、当該数の和に関する一般的な記載はなく、それを規定するという技術思想は認められない。
そこで、上記一応の相違点１、２を、甲１発明の具体物として記載された実験６～１０の人工合成ｍＲＮＡの構造が共に満たすか否か、以下で検討する。（なお、甲１には、［０１２７］～［０１３０］に異なる２つの実験１０が記載されていることから、以下、［０１２７］～［０１２８］に記載される実験１０を「実験１０－１」、［０１２９］～［０１３０］に記載される実験１０を「実験１０－２」という。）
（ア）一応の相違点１について
まず、甲１に記載される実験６～１０－２の人工合成ｍＲＮＡは、ＲＮＡトランスフェクション用ベクター内で構築されていることから（［００４４］～［００４５］、［００４９］、［００５４］、［００５５］、［００５７］、［００６１］、［００６２］、［００６４］、［００６８］、［００６９］、［００７５］、［００７６］、［００７８］～［００８３］）、人工合成ｍＲＮＡの具体的な構造、特に、５´ＵＴＲ配列と目的タンパク質をコードする翻訳領域、また、目的タンパク質をコードする翻訳領域と３´ＵＴＲ配列との連結態様を明らかとするため、ＲＮＡトランスフェクション用ベクターの構造を検討する。
実験６～１０－２で使用されたＲＮＡトランスフェクション用ベクターは、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２を用いたことが記載され、当該ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２は、甲３に記載された方法を用いて作製したこと、５´ＵＴＲ配列はｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＫｐｎＩ、ＸｈｏＩサイトに挿入し、５´ＵＴＲ配列と部分的な相補性がある３´ＵＴＲ配列は、ｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＥｃｏＲＩ、ＸｂａＩサイトに挿入したことが記載されている（［００４４］～［００４５］、［００４９］、［００５４］、［００５５］、［００５７］、［００６１］、［００６２］、［００６４］、［００６８］、［００６９］、［００７５］、［００７６］、［００７８］～［００８１］）。なお、甲１の［００５４］、［００５５］には、ＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列と所定の相補性を有する３´ＵＴＲ配列をｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＫｐｎＩ、ＸｈｏＩサイトに挿入したと記載されているものの、ＫｐｎＩ、ＸｈｏＩサイトは、５´ＵＴＲ配列挿入箇所と重複するものであり、当該ＫｐｎＩ、ＸｈｏＩサイトへ３´ＵＴＲ配列を挿入すると、目的タンパク質をコードする翻訳領域の３´側に３´ＵＴＲ配列を挿入できないこと、実験６～１０で用いられた他の３´ＵＴＲ配列は全てｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２のＥｃｏＲＩ、ＸｂａＩサイトに挿入していることからすると、［００５４］、［００５５］に記載される３´ＵＴＲ配列の挿入箇所はＥｃｏＲＩ、ＸｂａＩサイトの誤記であると認められる。
そして、甲３によれば、ＲＮＡトランスフェクション用のベクターであるｐＢＫ－５Ｆ－ＥＧＦＰ－ｐＡ７２は、ｐＢｌｕｓｃｒｉｐｔ ＩＩ ＳＫ（－）のＸｈｏＩ、ＥｃｏＲＩサイトへ５×Ｆｌａｇ－ＥＧＦＰを挿入して作製したものであり、ｐＢｌｕｓｃｒｉｐｔ ＩＩ ＳＫ（－）のマルチクローニングサイト領域は、ＫｐｎＩサイト、ＸｈｏＩサイト、ＥｃｏＲＩサイト、ＸｂａＩサイトの順に位置しているから、甲１の実験６～１０－２で用いられた人工合成ｍＲＮＡは、５´ＵＴＲ配列と目的タンパク質をコードする翻訳領域、また、目的タンパク質をコードする翻訳領域と３´ＵＴＲ配列のそれぞれが直結するものである。（ｐＢｌｕｓｃｒｉｐｔ ＩＩ ＳＫ（－）については甲４を参照。）。
続いて、甲１の実験６～１０－２で使用された人工合成ｍＲＮＡの５´ＵＴＲ配列及び３´ＵＴＲ配列の構造について検討する。
実験６～１０－２で使用された人工合成ｍＲＮＡは、上記のとおり、５´ＵＴＲ配列と目的タンパク質をコードする翻訳領域、また、目的タンパク質をコードする翻訳領域と３´ＵＴＲ配列のそれぞれが直結しているため、実験６～８に示されるＧＡＰＤＨの５´ＵＴＲ配列、該５´ＵＴＲ配列と部分的な相補性がある３´ＵＴＲ配列はそれぞれ６４塩基、実験９のβ－ｇｌｏｂｉｎの５´ＵＴＲ配列、該５´ＵＴＲ配列と部分的な相補性がある３´ＵＴＲ配列はそれぞれ５０塩基、実験１０－１のＲＰＳ８の５´ＵＴＲ配列、該５´ＵＴＲ配列と部分的な相補性がある３´ＵＴＲ配列はそれぞれが５６塩基からなるものである（［００４５］、［００５４］、［００５５］、［００５７］、［００６１］、［００６２］、［００６４］、［００６８］、［００６９］）。
そうすると、上記実験６～１０－１に示された人工合成ｍＲＮＡは、「第２配列の核酸の長さと第１配列の核酸の長さ」が同じとなり、また、５´ＵＴＲ配列と３´ＵＴＲ配列との核酸の長さを異なるものとする技術思想も甲１には記載されていないから、一応の相違点１は、実質的な相違点である。
一方、実験１０－２に示された人工合成ｍＲＮＡは、ＬＤＨＢの５´ＵＴＲ配列が１１１塩基、該５´ＵＴＲ配列と部分的な相補性がある３´ＵＴＲ配列が６０塩基でそれぞれ構成されているから（［００４９］、［００７５］、［００７６］）、当該人工合成ｍＲＮＡは、「第２配列の核酸の長さと第１配列の核酸の長さ」が異なるものであることは明らかであり、該人工合成ｍＲＮＡに関しては、一応の相違点１は、実質的な相違点ではない。
（イ）一応の相違点２について
上記のとおり、実験１０－２に示される人工合成ｍＲＮＡにおいて、一応の相違点１は実質的な相違点ではないから、続いて、一応の相違点２について検討する。
本件明細書【００２５】の記載からすると、「接合部」は相補対を形成する核酸の端部から端部までの領域を意味するから、実験１０－２のＬＤＨＢの５´ＵＴＲ配列、該５´ＵＴＲ配列と部分的な相補性がある３´ＵＴＲ配列を用いた人工合成ｍＲＮＡは、５´ＵＴＲ配列の１５番目から７３番目までの塩基、３´ＵＴＲ配列の１番目から５９番目までの塩基が接合部を形成しているものである（［００４９］、［００７５］、［００７６］）。
そうすると、実験１０－２に示される人工合成ｍＲＮＡは、５´ＵＴＲ配列の７４番目から１１１番目までの３８塩基が「第１配列の接合部より３´側の核酸」となるから、「第１配列の接合部より３´側の核酸の数および第２配列の接合部より５´側の核酸の数の和」が２５より大きくなることは明らかである。また、「第１配列の接合部より３´側の核酸の数および第２配列の接合部より５´側の核酸の数の和」を２５以下とする技術思想も甲１には記載されていないから、一応の相違点２は、実質的な相違点となる。
（ウ）小括
したがって、甲１発明の具体物として記載された実験６～１０－２に示される人工合成ｍＲＮＡの構造を検討しても、本件発明１は甲１発明と実質的に同一であるとはいえない。
よって、本件発明１は、甲１による取消理由が存在しない。
また、本件発明１を引用する本件発明２～５についても、本件発明１と同様の理由により、甲１による取消理由は存在しない。
２ 申立人による意見について
申立人が特許異議申立書に記載した申立理由は、令和４年６月２２日付けの取消理由通知で通知した取消理由と同趣旨のものであるところ、令和４年１０月１２日付け意見書において、申立人は以下のとおり主張している。
甲１の［０１２９］及び［０１３０］（並びに図２８）に記載の実験１０（合議体注：上記実験１０－２のことである。）では、５´ＵＴＲ配列および３´ＵＴＲ配列は同じ長さではないし、甲１には、５´ＵＴＲ配列および３´ＵＴＲ配列は同じ長さが好ましい実施形態であることを示唆する記載もない。
したがって、訂正後の請求項１に係る発明は、依然として甲１に記載された発明と同一である。
上記主張について検討すると、上記１（３）イで判断したとおり、甲１には、第１配列及び第２配列（ポリＡ配列を含む場合にはそれを除く）の核酸の長さの異同に関する一般的な記載はない。そして、上記１（３）イ（イ）のとおり、当該実験１０－２で示された人工合成ｍＲＮＡにおいては、「第１配列の接合部より３´側の核酸の数および第２配列の接合部より５´側の核酸の数の和」が２５より大きくなることは明らかであり、一応の相違点２は実質的な相違点であるといえるから、本件発明１は実験１０－２の人工合成ｍＲＮＡｓと実質的に同一であるとはいえない。
以上のとおりであるから、特許異議申立人の主張を採用することはできない。
第６ むすび
以上のとおりであるから、当審で通知した取消理由及び申立人による申立理由によっては、本件発明１～５に係る特許を取り消すことはできない。
また、ほかに本件発明１～５に係る特許を取り消すべき理由を発見しない。
よって、結論のとおり決定する。
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2022-700285