2020-700032

特許第６５４５６２１号発明「遺伝子産物の発現を変更するためのＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系および方法」の特許異議申立事件について、次のとおり決定する。

【結　論】 特許第６５４５６２１号の明細書及び特許請求の範囲を訂正請求書に添付された訂正明細書及び特許請求の範囲のとおり、訂正後の〔１～２４〕について訂正することを認める。 特許第６５４５６２１号の請求項１～２４に係る特許を維持する。

【理　由】 第１　手続の経緯 特許第６５４５６２１号の請求項１～２４に係る特許についての出願は、平成２５年１２月１２日（パリ条約による優先権主張　２０１２年１２月１２日　米国（ＵＳ）、２０１３年１月２日　米国（ＵＳ）、２０１３年３月１５日　米国（ＵＳ）、２０１３年６月１７日　米国（ＵＳ）、２０１３年７月２日　米国（ＵＳ）、２０１３年１０月１５日　米国（ＵＳ））に出願され、令和１年６月２８日にその特許権の設定登録がされ、令和１年７月１７日に特許公報が発行された。本件特許異議の申立ての経緯は、次のとおりである。 令和２年　１月１７日　　　特許異議申立人岡ヤエ子による請求項１～２４に係る特許に対する特許異議の申立て 令和２年　３月１８日付け　取消理由通知書 令和２年　７月２２日　　　特許権者による意見書及び訂正請求書の提出 なお、令和２年７月２２日付け訂正請求に対して、特許異議申立人は意見書を提出しなかった。 第２　訂正の適否 １　訂正の内容 令和２年７月２２日付け訂正請求書において特許権者が請求する訂正（以下、「本件訂正」という。）は、一群の請求項［１～２４］について訂正事項１及び２の訂正を求める、次のとおりのものである。 （１）訂正事項１ 特許請求の範囲の請求項１に「前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と会合し」と記載されているのを、「前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロとスペーサー隣接モチーフ）配列と隣接しており」に訂正する。 請求項１を引用する請求項２～２４も同様に訂正する。 （２）訂正事項２ 明細書の段落【００８４】に「標的配列がＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）；すなわち、ＣＲＩＳＰＲ複合体により認識される短い配列と会合するはずであることが考えられる。」と記載されているのを、「標的配列がＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）；すなわち、ＣＲＩＳＰＲ複合体により認識される短い配列と関連付けられているはずであることが考えられる。」に訂正する。 ２　訂正の適否 （１）訂正事項１ 訂正事項１は、「標的配列」と「ＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列」との関係を、「会合し」から「隣接しており」に訂正するものである。 ここで、「ＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列」は、その名のとおり、プロトスペーサーすなわち標的配列に隣接するモチーフであって、標的配列と会合するものではないことが技術常識であるし、明細書（段落【０１３２】及び【０１４５】）及び図面（図１及び２）にもその旨記載されている。このとおり、訂正前請求項１の「前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と会合し」は、誤りであって、本来、「前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と隣接しており」の意味を表示するものと客観的に認めることができるから、訂正事項１は、特許法第１２０条の５第２項ただし書き第２号に掲げる誤記の訂正を目的とするものといえ、新規事項の追加に該当せず、また、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではない。 （２）訂正事項２ 訂正事項２は、「標的配列」と「ＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列」との関係を、「会合するはずである」から「関連付けられているはずである」に訂正するものである。 ここで、本件の出願当初明細書（国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０７４７４３、国際公開第２０１４／０９３６６１号）の、訂正事項２に係る部分に対応する部分には、「without wishing to be bound by theory, it is believed that the target sequence should be associated with a PAM (protospacer adjacent motif) ; that is, a short, sequence recognized by the CRISPR complex」と記載されており、「associated with」が「会合」と翻訳されたことがわかる。しかし、「ＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列」は、その名のとおり、プロトスペーサーすなわち標的配列に隣接するモチーフであって、標的配列と会合するものではないことが技術常識であるし、出願当初明細書の上記部分以外の「associated with」（段落［００２１］、［０１０６］、［０１１１］等）は、本件特許明細書においてすべて「関連」と翻訳されている（段落【００２０】、【００８６】、【０１０８】等）。このとおり、訂正事項２に係る部分に対応する部分の「associated with」は、「会合」ではなく「関連」と翻訳すべきものであったことが明らかであるから、訂正事項２は、特許法第１２０条の５第２項ただし書き第２号に掲げる誤訳の訂正を目的とするものといえ、新規事項の追加に該当せず、また、実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものではない。 （３）小括 以上のとおりであるから、本件訂正は、特許法第１２０条の５第２項ただし書第２号に掲げる事項を目的とするものであり、かつ、同条第９項で準用する同法第１２６条第５項及び第６項の規定に適合する。したがって、訂正後の請求項［１～２４］について訂正を認める。 第３　本件発明 本件訂正により訂正された請求項１～２４に係る発明は、訂正特許請求の範囲の請求項１～２４に記載された次の事項により特定されるとおりのものである。 「【請求項１】 クラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）－ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）（ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ）ベクター系であって、 ａ）１つ以上のエンジニアリングされたＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ガイドＲＮＡをコードする１つ以上のヌクレオチド配列に作動可能に結合している第１の調節エレメントであって、前記ガイドＲＮＡが、真核細胞中のポリヌクレオチドにおける標的配列にハイブリダイズし、前記ガイドＲＮＡが、単一転写産物中にガイド配列、ｔｒａｃｒメイト配列及びｔｒａｃｒ配列を含むキメラＲＮＡであり、前記ｔｒａｃｒ配列が、４０以上のヌクレオチドの長さを含む、第１の調節エレメント； ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント； を含む１つ以上のベクターを含み； 成分（ａ）及び（ｂ）が、前記系の同じ又は異なるベクター上に位置し、 それによって、真核細胞におけるインビボでの前記ガイドＲＮＡの転写及び前記Ｃａｓ９タンパク質の発現が、前記標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進し、前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と隣接しており、それによって、前記標的配列における前記ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が、前記ポリヌクレオチドを改変し；並びに、前記Ｃａｓ９タンパク質及び前記１つ以上のガイドＲＮＡは、いっしょに天然に存在しない、 ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓベクター系。 【請求項２】 前記ｔｒａｃｒ配列が、６７ヌクレオチドの長さを含む、請求項１に記載の系。 【請求項３】 前記ｔｒａｃｒ配列が、７５ヌクレオチドの長さを含む、請求項１に記載の系。 【請求項４】 前記ｔｒａｃｒ配列が、８９ヌクレオチドの長さを含む、請求項１に記載の系。 【請求項５】 前記Ｃａｓ９タンパク質が、核局在化シグナル（ＮＬＳ）を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の系。 【請求項６】 前記Ｃａｓ９タンパク質が、触媒ドメインにおいて１つ以上の突然変異を含み、その結果、前記突然変異Ｃａｓ９タンパク質が、前記ポリヌクレオチドの１の鎖を開裂する能力を欠き、ニッカーゼである、請求項１～５のいずれか一項に記載の系。 【請求項７】 前記１つ以上のベクターが、１つ以上のウイルスベクターを含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の系。 【請求項８】 前記１つ以上のウイルスベクターが、１つ以上のレトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴又は単純ヘルペスウイルスベクターを含む、請求項７に記載の系。 【請求項９】 前記Ｃａｓ９タンパク質が、ＲｕｖＣ Ｉ、ＲｕｖＣ ＩＩ又はＲｕｖＣ ＩＩＩ触媒ドメインにおいて１つ以上の突然変異を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の系。 【請求項１０】 前記Ｃａｓ９タンパク質が、化膿性連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）Ｃａｓ９（ＳｐＣａｓ９）タンパク質の位置ナンバリングに対して、Ｄ１０Ａ、Ｈ８４０Ａ、Ｎ８５４Ａ及びＮ８６３Ａからなる群から選択される突然変異を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の系。 【請求項１１】 前記ｔｒａｃｒ配列と前記ｔｒａｃｒメイト配列との間のハイブリダイゼーションが、二次構造を有する転写物をもたらす、請求項１に記載の系。 【請求項１２】 前記二次構造が、ヘアピンを含む、請求項１１に記載の系。 【請求項１３】 前記真核細胞が、哺乳動物細胞である、請求項１～１２のいずれか一項に記載の系。 【請求項１４】 前記哺乳動物細胞が、ヒト細胞である、請求項１３に記載の系。 【請求項１５】 前記Ｃａｓ９タンパク質をコードする前記ヌクレオチド配列が、真核細胞における発現のためにコドン最適化されている、請求項１～１４のいずれか一項に記載の系。 【請求項１６】 修復テンプレートが、前記開裂ポリヌクレオチド中に挿入される、請求項１～１５のいずれか一項に記載の系。 【請求項１７】 （ａ）及び（ｂ）が、同じベクター上に存在する、請求項１～１６のいずれか一項に記載の系。 【請求項１８】 （ａ）及び（ｂ）が、異なるベクター上に存在する、請求項１～１６のいずれか一項に記載の系。 【請求項１９】 前記Ｃａｓ９タンパク質が、ヌクレアーゼである、請求項１～５、７、８、及び１１～１８のいずれか一項に記載の系。 【請求項 ２０】 真核細胞中のポリヌクレオチドにおける標的配列を変更する方法であって、請求項１～１９のいずれか一項に記載の系を前記真核細胞中に導入することを含み、前記ガイドＲＮＡが、前記標的配列にハイブリダイズし、前記方法は、治療法によるヒト又は動物の身体の治療のための方法ではなく、人間の生殖系列の遺伝的同一性を改変するためのプロセスではなく、前記系をヒト体内の細胞中に導入する工程を含まない、方法。 【請求項 ２１】 真核細胞のポリヌクレオチドの少なくとも１つの遺伝子産物の発現を変更する方法であって、請求項１～１９のいずれか一項に記載の系を前記真核細胞中に導入することを含み、前記ポリヌクレオチドが、標的配列を含有し、前記ガイドＲＮＡが、前記標的配列にハイブリダイズし、前記方法は、治療法によるヒト又は動物の身体の治療のための方法ではなく、人間の生殖系列の遺伝的同一性を改変するためのプロセスではなく、前記系をヒト体内の細胞中に導入する工程を含まない、方法。 【請求項２２】 ａ）部位特異的遺伝子ノックアウトのための； ｂ）部位特異的ゲノム編集のための； ｃ）ＤＮＡ配列特異的干渉のための；又は ｄ）多重化ゲノムエンジニアリングのための； 請求項１～１９のいずれか一項に記載の系の使用であって、 前記使用が、人間の生殖系列の遺伝的同一性を改変するためのプロセスを含まず；及び 前記使用が、（ｉ）インビトロ若しくはエクスビボであり；又は（ｉｉ）治療法によるヒト又は動物の身体の治療のための方法ではなく、前記系をヒト体内の細胞中に導入する工程を含まない、使用。 【請求項２３】 前記使用が、外因性テンプレートポリヌクレオチドとの相同組換えによって前記開裂標的ポリヌクレオチドを修復することをさらに含み、前記修復が、前記標的ポリヌクレオチドの１つ以上のヌクレオチドの挿入、欠失又は置換を含む突然変異をもたらす、請求項２２の使用。 【請求項２４】 非ヒトトランスジェニック動物又はトランスジェニック植物の製造における、請求項１～１９のいずれか一項に記載の系の使用であって、前記使用が、治療法による動物の身体の治療のための方法ではない、使用。」 （以下、それぞれ「本件発明１」、「本件発明２」等という。これらをまとめて「本件発明」ということもある。） 第４　取消理由通知に記載した取消理由について １　取消理由の概要 訂正前の請求項１～２４に係る特許に対して、当審が令和２年３月１８日付けで特許権者に通知した取消理由の概要は、次のとおりである。 請求項１の「前記標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進し、前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と会合し」は、技術的に正確でない記載であり、当該記載を含む請求項１及び請求項１を引用する請求項２～２４は、特許を受けようとする発明が明確でないから、本件特許は、特許法第３６条第６項第２項に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものである。 ２　当審の判断 上記第３のとおり、本件訂正の訂正事項１により、請求項１の「前記標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進し、前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と会合し」は、「前記標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進し、前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と隣接しており」と、技術的に正確な記載に訂正され、その結果、請求項１～２４において特許を受けようとする発明が明確となった。 したがって、上記取消理由は理由がない。 第５　取消理由通知において採用しなかった特許異議申立理由について １　取消理由通知において採用しなかった特許異議申立理由 訂正前の請求項１～２４に係る特許に対して、異議申立人が申し立てたが、当審が取消理由通知において採用しなかった特許異議申立理由の要旨は、次の通りである。 （１）特許異議申立理由１（新規事項追加） 請求項１の「それによって、真核細胞におけるインビボでの前記ガイドＲＮＡの転写及び前記Ｃａｓ９タンパク質の発現が、前記標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進し、」は、平成２９年１月１３日付け手続補正書により追加されたものである。上記記載は、請求項１における「前記ポリヌクレオチドを改変」すなわち、ＤＮＡ二本鎖切断に至るまでのステップであると解されるが、願書に最初に添付した明細書、特許請求の範囲又は図面（以下、「出願当初明細書等」という。）には、請求項１の「真核細胞におけるインビボ」という特定条件化でのＤＮＡ二本鎖切断に至るまでのステップは記載されていないから、請求項１の上記記載は、新たな技術的事項を追加するものである。 したがって、平成２９年１月１３日付け手続補正書でした補正は、出願当初明細書等に記載した事項の範囲内においてしたものでなく、特許法第１７条の２第３項に規定する要件を満たしていないから、本件特許は、同法第１１３条第１号の規定により取り消されるべきものである。 （２）特許異議申立理由２（明確性要件違反） 本件特許は、次のア及びイの点で、特許請求の範囲の請求項１及びそれを引用する請求項２～２４、請求項２２及びそれを引用する請求項２３の記載が不備のため、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない特許出願に対してなされたものであるから、同法第１１３条第２号の規定により取り消されるべきものである。 ア　請求項１には、「真核細胞におけるインビボ」とある。「インビボ」とは、生体内のことを指すが、どの範囲までを生体とするかについて共通の技術常識は存在しないから、定義がない以上、組織を生体とするかどうかなど、その範囲が明確でない。 したがって、請求項１及びそれを引用する請求項２～２４において特許を受けようとする発明が明確でない。 イ　請求項２２には、「請求項１～１９のいずれか一項に記載の系の使用であって、・・・前記使用が、（ｉ）インビトロ若しくはエクスビボであり」と記載されているが、請求項１には、「真核細胞におけるインビボでの前記ガイドＲＮＡの転写及び前記Ｃａｓ９タンパク質の発現が、前記標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進」することが記載されているから、請求項２２の「前記使用が、（ｉ）インビトロ若しくはエクスビボであり」とはどのような態様を指すものであるか、明確でない。 したがって、請求項２２及びそれを引用する請求項２３において特許を受けようとする発明が明確でない。 （３）特許異議申立理由３（甲５に基づく新規性、進歩性欠如） ア　本件特許の優先日 本件発明１の発明特定事項「ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント；を含む１つ以上のベクターを含み；」に関して、本件特許の第１～３優先明細書（甲１～３）には、「第２の調節エレメント」が核局在配列を有する場合は記載されているが、有さない場合については記載されていない。核局在配列を有さない場合は、第４優先明細書（甲４）で初めて記載された事項である。 また、本件発明１の発明特定事項「前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と会合し、それによって、前記標的配列における前記ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が、前記ポリヌクレオチドを改変し」に関しても、本件特許の第１～３優先明細書には記載がなく、第４優先明細書で初めて記載された。 したがって、本件発明１及びそれを引用する本件発明２～２４は、第１～３優先権主張の利益を享受することができず、それらの新規性等の判断基準日は、第４優先日（２０１３年６月１７日）である。 イ　甲５に基づく新規性、進歩性欠如 本件発明１～２４は、本件特許の第４優先日（２０１３年６月１７日）よりも前の２０１３年１月３日に発行された甲５に記載された発明であるか、又は、当該発明に基づいて、その出願前に当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第１項第３号に該当し、又は、同条第２項の規定により、特許を受けることができないから、これらの発明に係る特許は、同法第１１３条第２号の規定により取り消されるべきものである。 （４）特許異議申立理由４（甲６に基づく新規性、進歩性欠如） 上記（３）アのとおり、本件発明１及びそれを引用する本件発明２～２４は、第１～３優先権主張の利益を享受することができず、それらの新規性等の判断基準日は、第４優先日（２０１３年６月１７日）である。 そして、本件発明１～２４は、本件特許の第４優先日（２０１３年６月１７日）よりも前の２０１３年３月４日に発行された甲６に記載された発明であるか、又は、当該発明に基づいて、その出願前に当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第１項第３号に該当し、又は、同条第２項の規定により、特許を受けることができないから、これらの発明に係る特許は、同法第１１３条第２号の規定により取り消されるべきものである。 （５）特許異議申立理由５（甲７に基づく進歩性欠如） 本件発明１～２４は、本件特許の第１優先日（２０１２年１２月１２日）よりも前の２０１２年６月２８日に発行された甲７に記載された発明に基づいて、その出願前に当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないから、これらの発明に係る特許は、同法第１１３条第２号の規定により取り消されるべきものである。 （６）特許異議申立理由６（甲８に基づく新規性、進歩性欠如） 上記（３）アのとおり、本件発明１及びそれを引用する本件発明２～２４は、第１～３優先権主張の利益を享受することができず、それらの新規性等の判断基準日は、第４優先日（２０１３年６月１７日）である。 そして、本件発明１～２４は、本件特許の第４優先日（２０１３年６月１７日）よりも前の２０１３年１月２９日に発行された甲８に記載された発明であるか、又は、当該発明に基づいて、その出願前に当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第１項第３号に該当し、又は、同条第２項の規定により、特許を受けることができないから、これらの発明に係る特許は、同法第１１３条第２号の規定により取り消されるべきものである。 （７）特許異議申立理由７（甲９に基づく新規性、進歩性欠如） 上記（３）アのとおり、本件発明１及びそれを引用する本件発明２～２４は、第１～３優先権主張の利益を享受することができず、それらの新規性等の判断基準日は、第４優先日（２０１３年６月１７日）である。 そして、本件発明１～２４は、本件特許の第４優先日（２０１３年６月１７日）よりも前の２０１３年３月２６日に発行された甲９に記載された発明であるか、又は、当該発明に基づいて、その出願前に当業者が容易に発明をすることができたものであって、特許法第２９条第１項第３号に該当し、又は、同条第２項の規定により、特許を受けることができないから、これらの発明に係る特許は、同法第１１３条第２号の規定により取り消されるべきものである。 （８）特許異議申立理由８（甲１０に基づく拡大先願） 本件発明１～２４は、その出願の日前の特許出願であって、その出願後に出願公開がされた甲１０出願の願書に最初に添付された明細書又は図面に記載された発明と同一であり、しかも、この出願の発明者がその出願前の特許出願に係る上記の発明をした者と同一ではなく、またこの出願の時において、その出願人が上記特許出願の出願人と同一でもないので、特許法第２９条の２の規定により特許を受けることができないから、これらの発明に係る特許は、同法第１１３条第２号の規定により取り消されるべきものである。 （９）証拠方法 甲１：米国特許仮出願第６１／７３６，５２７号明細書（２０１２年１２月１２日出願） 甲２：米国特許仮出願第６１／７４８，４２７号明細書（２０１３年１月２日出願） 甲３：米国特許仮出願第６１／７９１，４０９号明細書（２０１３年３月１５日出願） 甲４：米国特許仮出願第６１／８３５，９３１号明細書（２０１３年６月１７日出願） 甲５：Science, vol.339, pp.823-826 (Published online 3 January 2013) & Supplementary Materials 甲６：Nucleic Acids Research, vol.41, pp.4336-4343 (Published online 4 March 2013) 甲７：Science, vol.337, pp.816-821 (Published online 28 June 2012) & Supplementary Materials 甲８：Nature Biotechnol., vol.31, pp.227-229 (Published online 29 January 2013) & Supplementary Materials 甲９：Cell Research, vol.23, pp.465-472 (Published online 26 March 2013) & Supplementary information 甲１０：国際公開第２０１３／１７６７７２号 甲１１：Science, vol.339, pp.819-823 (Published online 3 January 2013) 甲１２：Science, vol.337, pp.808-809 (17 August 2012) 甲１３：Cell Research, vol.23, pp.15-17 (Published online 4 September 2012) 甲１４：Proc.Natl.Acad.Sci.USA., vol.93, pp.3094-3098 (1996) ２　当審の判断 （１）特許異議申立理由１（新規事項追加）について ア　本件特許の出願当初の明細書及び図面の記載事項 本件特許の出願当初（ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０７４７４３）の明細書及び図面には次の事項が記載されている。（なお、英語で記載されているので、対応する日本語出願の公表公報である特表２０１６－５００２６２号公報の記載に基づく翻訳で示し、記載箇所もその段落番号等で示す。） （当初－ア）　「一部の実施形態において、ｔｒａｃｒ配列およびｔｒａｃｔメイト配列は、単一転写物内に含有され、その結果、２つの間のハイブリダイゼーションが二次構造、例えば、ヘアピンを有する転写物を産生する。ヘアピン構造において使用される好ましいループ形成配列は、４ヌクレオチド長であり、最も好ましくは、配列ＧＡＡＡを有する。・・・このようなヘアピン構造の例示的説明を、図１１Ｂの下方位置に提供し、最後の「Ｎ」およびループの上流の５’側の配列の部分は、ｔｒａｃｒメイト配列に対応し、ループの３’側の配列の部分は、ｔｒａｃｒ配列に対応する。」（段落【００６３】） （当初－イ）　「例示的なＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ系は、４つの遺伝子Ｃａｓ９、Ｃａｓ１、Ｃａｓ２、およびＣｓｎ１のクラスター、ならびに２つの非コードＲＮＡエレメント、ｔｒａｃｒＲＮＡおよび非反復配列の短いストレッチ（スペーサー、それぞれ約３０ｂｐ）により間隔が空いている反復配列の特徴的アレイ（ダイレクトリピート）を含有する化膿性連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｙｏｇｅｎｅｓ）ＳＦ３７０からのＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座である。この系において、ターゲティングされるＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）を４つの連続ステップにおいて生成する（図２Ａ）。第１に、２つの非コードＲＮＡ、プレｃｒＲＮＡアレイおよびｔｒａｃｒＲＮＡがＣＲＩＳＰＲ遺伝子座から転写される。第２に、ｔｒａｃｒＲＮＡがプレｃｒＲＮＡのダイレクトリピートにハイブリダイズし、次いでそれが個々のスペーサー配列を含有する成熟ｃｒＲＮＡにプロセシングされる。第３に、成熟ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体がＣａｓ９を、ｃｒＲＮＡのスペーサー領域とプロトスペーサーＤＮＡとの間のヘテロ二本鎖形成を介してプロトスペーサーおよび対応するＰＡＭからなるＤＮＡ標的に指向する。最後に、Ｃａｓ９は、ＰＡＭの上流の標的ＤＮＡの開裂を媒介してプロトスペーサー内でＤＳＢを創成する（図２Ａ）。この例は、このＲＮＡプログラマブルヌクレアーゼ系を適応させて真核細胞の核中のＣＲＩＳＰＲ複合体活性を指向する例示プロセスを記載する。」（段落【０１３２】） （当初－ウ）　「図１１は、ＳｐＣａｓ９をリプログラミングして哺乳動物細胞中の複数のゲノム遺伝子座をターゲティングすることができることのさらなる説明を提供する。図１１Ａは、下線付き配列により示される５つのプロトスペーサーの局在を示すヒトＥＭＸ１遺伝子座の模式図を提供する。図１１Ｂは、プレｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒＲＮＡのダイレクトリピート領域間のハイブリダイゼーションを示すプレｃｒＲＮＡ／ｔｒｃｒＲＮＡ複合体の模式図（上図）および２０ｂｐのガイド配列、ならびにヘアピン構造にハイブリダイズしている部分ダイレクトリピートおよびｔｒａｃｒＲＮＡ配列からなるｔｒａｃｒメイトおよびｔｒａｃｒ配列を含むキメラＲＮＡ設計の模式図（下図）を提供する。ヒトＥＭＸ１遺伝子座中の５つのプロトスペーサーにおけるＣａｓ９媒介開裂の効力を比較するＳｕｒｖｅｙｏｒアッセイの結果を、図１１Ｃに説明する。プロセシングされたプレｃｒＲＮＡ／ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体（ｃｒＲＮＡ）またはキメラＲＮＡ（ｃｈｉＲＮＡ）のいずれかを使用してそれぞれのプロトスペーサーをターゲティングする。」（段落【０１４８】） （当初－エ）　「 」（図２Ａ） （当初－オ）　「 」（図１１） イ　判断 本件特許の出願当初の図２Ａには、天然の化膿性連鎖球菌のＣＲＩＳＰＲ遺伝子座にコードされるＣＲＩＳＰＲ系の作用機序として、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座から転写されプロセシングされて生じた成熟ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体が、ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座から発現したＣａｓ９タンパク質とＣＲＩＳＰＲ複合体を形成すること、ＣＲＩＳＰＲ複合体中のｃｒＲＮＡのスペーサー領域と標的ＤＮＡのプロトスペーサーとの間の二本鎖形成により、ＣＲＩＳＰＲ複合体が標的ＤＮＡ上に指向されること、ＣＲＩＳＰＲ複合体中のＣａｓ９タンパク質が標的ＤＮＡの開裂を媒介することが記載されている（上記（当初－イ）、（当初－エ））。また、図１１Ｂには、ガイド配列、ｔｒａｃｒメイトＲＮＡ及びｔｒａｃｒ配列を含むキメラＲＮＡの構造が記載され（上記（当初－ア）、（当初－オ））、図１１Ｃには、図１１Ａに記載されたヒトＥＭＸ１遺伝子座のプロトスペーサー１～５のいずれかを標的とするガイド配列を有するキメラＲＮＡ（ｃｈｉＲＮＡ）とＳｐＣａｓ９を哺乳動物細胞に適用することにより、プロトスペーサー１及び５を標的とした場合に、それぞれ５．６％及び３．３％で、プロセシングされたプレｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体（ｃｒＲＮＡ）と同様のインデルが生じたことが記載されている（上記（当初－ウ）、（当初－オ））。 ここで、上記図１１の実験の「哺乳動物細胞」、「ヒトＥＭＸ１遺伝子座のプロトスペーサー１～５」、「キメラＲＮＡ」、「ＳｐＣａｓ９」及び「インデル」は、それぞれ、本件特許の請求項１の「真核細胞」、「真核細胞中のポリヌクレオチドにおける標的配列」、「キメラＲＮＡ」、「ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質」及び「ポリヌクレオチドを改変」に該当する。そして、上記図１１及びその説明には、キメラＲＮＡによる「インデル」（ポリヌクレオチドの改変）が引き起こされた機序については記載されていないものの、用いたキメラＲＮＡは、化膿性連鎖球菌等の天然のＣＲＩＳＰＲ系のＲＮＡ成分のうちの必要部分である、ｃｒＲＮＡに由来するガイド配列及びｔｒａｃｒメイト配列と、ｔｒａｃｒ配列の部分配列とを連結してなるものであり（上記（当初－オ）の特にＢ）、しかも、上記図１１の実験で、ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体を用いたときと同様の「インデル」（ポリヌクレオチドの改変）がキメラＲＮＡにより引き起こされたのであるから、その機序は、上記図２Ａの作用機序と同様であることが自明である。 このとおり、本件特許の請求項１の「それによって、真核細胞におけるインビボでの前記ガイドＲＮＡの転写及び前記Ｃａｓ９タンパク質の発現が、前記標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進し、」は、出願当初明細書の図１１の実験において哺乳動物細胞に適用されたＣＲＩＳＰＲ系について、同図２Ａに記載された天然のＣＲＩＳＰＲ系から自明な作用機序を記載したものにすぎないから、出願当初明細書等の記載から自明な事項であり、新たな技術的事項を追加するものとはいえない。 したがって、特許異議申立理由１は理由がない。 （２）特許異議申立理由２（明確性要件違反）について ア　上記理由アについて 請求項１は、上記第３のとおり、「クラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）－ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）（ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ）ベクター系であって、 ａ）１つ以上のエンジニアリングされたＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ガイドＲＮＡをコードする１つ以上のヌクレオチド配列に作動可能に結合している第１の調節エレメントであって、前記ガイドＲＮＡが、真核細胞中のポリヌクレオチドにおける標的配列にハイブリダイズし、前記ガイドＲＮＡが、単一転写産物中にガイド配列、ｔｒａｃｒメイト配列及びｔｒａｃｒ配列を含むキメラＲＮＡであり、前記ｔｒａｃｒ配列が、４０以上のヌクレオチドの長さを含む、第１の調節エレメント； ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント； を含む１つ以上のベクターを含み； 成分（ａ）及び（ｂ）が、前記系の同じ又は異なるベクター上に位置し、 それによって、真核細胞におけるインビボでの前記ガイドＲＮＡの転写及び前記Ｃａｓ９タンパク質の発現が、前記標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進し、前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と隣接しており、それによって、前記標的配列における前記ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が、前記ポリヌクレオチドを改変し；並びに、前記Ｃａｓ９タンパク質及び前記１つ以上のガイドＲＮＡは、いっしょに天然に存在しない、 ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓベクター系。」 というものである（下線は、当審による。）。 ここで、異議申立人が指摘する「真核細胞におけるインビボ」とは、文理上、「前記ガイドＲＮＡの転写及び前記Ｃａｓ９タンパク質の発現」が行われる場のことと解される。 そして、上記下線部の記載から、「前記ガイドＲＮＡ」は、「真核細胞中のポリヌクレオチドにおける標的配列にハイブリダイズ」するものであって、「前記ガイドＲＮＡの転写及び前記Ｃａｓ９タンパク質の発現」は、「前記標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進し、・・・前記標的配列における前記ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が、前記ポリヌクレオチドを改変し」という作用を発揮するものであるから、ガイドＲＮＡ及びＣａｓ９タンパク質は、真核細胞中でＣＲＩＳＰＲ複合体を形成してポリヌクレオチドを改変するものであると理解できる。 また、上記「（ａ）」及び「（ｂ）」のとおり、「ガイドＲＮＡをコードする１つ以上のヌクレオチド配列」及び「Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列」は「ベクター」に含まれており、ベクターとは、外来遺伝物質を別の細胞に人為的に運ぶために利用される核酸分子を意味することが技術常識であるから、「ガイドＲＮＡをコードする１つ以上のヌクレオチド配列」及び「Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列」はベクターにより真核細胞内に導入され、真核細胞内で「前記ガイドＲＮＡの転写及び前記Ｃａｓ９タンパク質の発現」が行われると理解できる。 このとおり、異議申立人が指摘する「真核細胞におけるインビボ」、すなわち「前記ガイドＲＮＡの転写及び前記Ｃａｓ９タンパク質の発現」が行われる場とは、真核細胞内であることが明らかである。 したがって、請求項１の「真核細胞におけるインビボ」は、その範囲が不明確であるということはできない。 イ　上記理由イについて 請求項２２には、「請求項１～１９のいずれか一項に記載の系の使用」の発明が記載され、「前記使用が、（ｉ）インビトロ若しくはエクスビボであり」との記載は、請求項１～１９のいずれか一項に記載の「ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓベクター系」の「使用」の態様を特定するものであると解すべきである。ここで、請求項１～１９に記載の「ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓベクター系」は、請求項１の「前記ガイドＲＮＡが、真核細胞中のポリヌクレオチドにおける標的配列にハイブリダイズし」及び「真核細胞におけるインビボでの前記ガイドＲＮＡの転写」の記載に照らすと、真核細胞に作用するものであることが明らかであるから、請求項２２の「前記使用が、（ｉ）インビトロ若しくはエクスビボであり」とは、請求項１～１９のいずれか一項に記載の「ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓベクター系」が「インビトロ若しくはエクスビボ」に存在する真核細胞に対して使用されることを意味すると優に理解できる。 したがって、請求項２２の「前記使用が、（ｉ）インビトロ若しくはエクスビボであり」の態様は不明確とはいえない。 ウ　小括 以上のとおりであるから、特許異議申立理由２は、理由がない。 （３）本件特許の優先日について 異議申立人は、異議申立理由３、４、６及び７の前提として、本件発明１の構成要件「ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント；を含む１つ以上のベクターを含み；」及び「前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と会合し、それによって、前記標的配列における前記ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が、前記ポリヌクレオチドを改変し」は第１～３優先明細書に記載されていないから、本件発明は第１～３優先権主張の利益が享受できず、新規性・進歩性等の判断基準日は早くとも第４優先日である旨主張するので、以下に検討する。 ア　本件第１優先明細書（甲１）の記載事項 本件第１優先明細書（甲１）には、次の事項が記載されている。（英語で記載されているので、当審による翻訳文で示す。） （甲１－ア）　「１またはそれ以上のベクターを含むベクター系であって、ここで系は、 ａ．ｔｒａｃｒメイト配列に作動可能に連結された第１の調節エレメント、及びｔｒａｃｒメイト配列の上流にガイド配列を挿入するための１つ又は複数の挿入部位を含み、ここで、発現されると、ガイド配列は真核細胞の標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向し、ここでＣＲＩＳＰＲ複合体は、（１）標的配列にハイブリダイズするガイド配列、及び（２）ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズするｔｒａｃｒメイト配列と複合したＣＲＩＳＰＲ酵素を含み、 ｂ．　核局在化配列を含む前記ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードする酵素コード配列に作動可能に連結された第２の調節エレメント を含む。」（第２７７頁特許請求の範囲の請求項１） （甲１－イ）　「７．　ＣＲＩＳＰＲ酵素がＩＩ型 ＣＲＩＳＰＲ系酵素である、請求項１記載のベクター系。」（第２７７頁特許請求の範囲の請求項７） （甲１－ウ）　「８．　ＣＲＩＳＰＲ酵素がＣａｓ９酵素である、請求項１記載のベクター系。」（第２７７頁特許請求の範囲の請求項８） （甲１－エ）　「一部の実施形態において、ｔｒａｃｒ配列およびｔｒａｃｔメイト配列は、単一転写物内に含有され、その結果、２つの間のハイブリダイゼーションが二次構造、例えば、ヘアピンを有する転写物を産生する。ヘアピン構造において使用される好ましいループ形成配列は、４ヌクレオチド長であり、最も好ましくは、配列ＧＡＡＡを有する。・・・このようなヘアピン構造の例示的説明を、図１２Ｂの下方位置に提供し、最後の「Ｎ」およびループの上流の５’側の配列の部分は、ｔｒａｃｒメイト配列に対応し、ループの３’側の配列の部分は、ｔｒａｃｒ配列に対応する。」（段落［００６７］） （甲１－オ）　「例示的なＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ系は、４つの遺伝子Ｃａｓ９、Ｃａｓ１、Ｃａｓ２、およびＣｓｎ１のクラスター、ならびに２つの非コードＲＮＡエレメント、ｔｒａｃｒＲＮＡおよび非反復配列の短いストレッチ（スペーサー、それぞれ約３０ｂｐ）により間隔が空いている反復配列の特徴的アレイ（ダイレクトリピート）を含有する化膿性連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｙｏｇｅｎｅｓ）ＳＦ３７０からのＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座である。この系において、ターゲティングされるＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢ）を４つの連続ステップにおいて生成する（図２Ａ）。第１に、２つの非コードＲＮＡ、プレｃｒＲＮＡアレイおよびｔｒａｃｒＲＮＡがＣＲＩＳＰＲ遺伝子座から転写される。第２に、ｔｒａｃｒＲＮＡがプレｃｒＲＮＡのダイレクトリピートにハイブリダイズし、次いでそれが個々のスペーサー配列を含有する成熟ｃｒＲＮＡにプロセシングされる。第３に、成熟ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体がＣａｓ９を、ｃｒＲＮＡのスペーサー領域とプロトスペーサーＤＮＡとの間のヘテロ二本鎖形成を介してプロトスペーサーおよび対応するＰＡＭからなるＤＮＡ標的に指向する。最後に、Ｃａｓ９は、ＰＡＭの上流の標的ＤＮＡの開裂を媒介してプロトスペーサー内でＤＳＢを創成する（図１Ａ）。この例は、このＲＮＡプログラマブルヌクレアーゼ系を適応させて真核細胞の核中のＣＲＩＳＰＲ複合体活性を指向する例示プロセスを記載する。」（段落［００１５０］） （甲１－カ）　「図１２は、ＳｐＣａｓ９をリプログラミングして哺乳動物細胞中の複数のゲノム遺伝子座をターゲティングすることができることのさらなる説明を提供する。図１２Ａは、下線付き配列により示される５つのプロトスペーサーの局在を示すヒトＥＭＸ１遺伝子座の模式図を提供する。図１２Ｂは、プレｃｒＲＮＡおよびｔｒａｃｒＲＮＡのダイレクトリピート領域間のハイブリダイゼーションを示すプレｃｒＲＮＡ／ｔｒｃｒＲＮＡ複合体の模式図（上図）および２０ｂｐのガイド配列、ならびにヘアピン構造にハイブリダイズしている部分ダイレクトリピートおよびｔｒａｃｒＲＮＡ配列からなるｔｒａｃｒメイトおよびｔｒａｃｒ配列を含むキメラＲＮＡ設計の模式図（下図）を提供する。ヒトＥＭＸ１遺伝子座中の５つのプロトスペーサーにおけるＣａｓ９媒介開裂の効力を比較するＳｕｒｖｅｙｏｒアッセイの結果を、図１２Ｃに説明する。プロセシングされたプレｃｒＲＮＡ／ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体（ｃｒＲＮＡ）またはキメラＲＮＡ（ｃｈｉＲＮＡ）のいずれかを使用してそれぞれのプロトスペーサーをターゲティングする。」（段落［００１７８］） （甲１－キ）　「 」（図１Ａ） （甲１－ク）　「 」（図１２） イ　構成要件「ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント；を含む１つ以上のベクターを含み；」について 本件第１優先明細書の上記（甲１－ア）に記載された「ベクター系」は、本件発明１の「ベクター系」に相当し、上記（甲１－ア）に「ｂ．」として記載されたとおり、「第２の調節エレメント」は、「ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードする酵素コード配列に作動可能に連結された」ものである。そして、上記（甲１－ウ）には、上記（甲１－ア）の「ＣＲＩＳＰＲ酵素」が「Ｃａｓ９酵素」である場合が記載され、「Ｃａｓ９酵素」は、上記（甲１－イ）に記載されたようなＩＩ型のものであることが広く知られていたから、本件第１優先明細書には、ＩＩ型Ｃａｓ９酵素をコードする配列に作動可能に結合している第２の調節エレメントを含む１つ以上のベクターを含むベクター系、すなわち、本件発明１の構成要件「ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント；を含む１つ以上のベクターを含み；」が記載されているといえる。 異議申立人は、本件第１優先明細書には、「ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント」として、核局在配列を有する場合しか記載されていないから、核局在配列を有さない場合をも含む「ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント」は、第１優先権主張の利益を享受することができない旨主張する。 しかし、核局在配列は、「ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列」とも「第２の調節エレメント」とも異なる別個の構成成分であって、その存在の有無が「第２の調節エレメント」が「ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している」ことに影響を及ぼすものではない。したがって、核局在配列の有無は、本件第１優先明細書に、ＩＩ型Ｃａｓ９酵素をコードする配列に作動可能に結合している第２の調節エレメントを含む１つ以上のベクターを含むベクター系が記載されている事実を左右しないから、異議申立人の上記主張は失当である。 ウ　構成要件「前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と会合し、それによって、前記標的配列における前記ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が、前記ポリヌクレオチドを改変し」について 本件発明１の上記構成要件は、上記第２のとおり、訂正事項１により、「前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と隣接しており、それによって、前記標的配列における前記ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が、前記ポリヌクレオチドを改変し」と訂正された。 本件第１優先明細書の図１Ａには、天然の化膿性連鎖球菌のＣＲＩＳＰＲ系の作用機序、すなわち、成熟ｃｒＲＮＡ、プロセシングされたｔｒａｃｒＲＮＡ及びＣａｓ９からなる複合体が、ＰＡＭ配列と隣接したプロトスペーサー（標的配列）を認識して、Ｃａｓ９により標的ＤＮＡの二本鎖切断（ＤＳＢ）が引き起こされることが記載されている（上記（甲１－オ）、（甲１－キ））。また、図１２Ｂには、ガイド配列、ｔｒａｃｒメイトＲＮＡ及びｔｒａｃｒ配列を含むキメラＲＮＡの構造が記載され、図１２Ｃには、当該キメラＲＮＡを用いて図１２Ａに記載されたヒトＥＭＸ１遺伝子座のプロトスペーサー配列を標的としたＣａｓ媒介開裂の実験結果が記載されているところ、ＰＡＭに隣接したプロトスペーサー（１）を標的とした場合に、５．６％で、プロセシングされたプレｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体（ｃｒＲＮＡ）と同様のインデルが生じたことが記載されている（上記（甲１－カ）、（甲１－ク））。そして、上記図１２及びその説明には、キメラＲＮＡによるインデル（ポリヌクレオチドの改変）が引き起こされた機序については記載されていないものの、用いたキメラＲＮＡは、化膿性連鎖球菌等の天然のＣＲＩＳＰＲ系のＲＮＡ成分のうちの必要部分である、ｃｒＲＮＡに由来するガイド配列及びｔｒａｃｒメイト配列と、ｔｒａｃｒ配列の部分配列とを連結してなるものであり（上記（甲１－ク）の特にＢ）、しかも、上記図１２の実験で、ｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体を用いたときと同様のインデル（ポリヌクレオチドの改変）がキメラＲＮＡにより引き起こされたのであるから、その機序は、上記図１Ａの作用機序と同様であることが自明である。 したがって、本件第１優先明細書には、本件発明１の構成要件「前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と隣接しており、それによって、前記標的配列における前記ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が、前記ポリヌクレオチドを改変し」という事項が記載されているといえる。 エ　小括 以上のとおりであるから、異議申立人が指摘する本件発明１の構成要件「ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質をコードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント；を含む１つ以上のベクターを含み；」及び「前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と会合し、それによって、前記標的配列における前記ＣＲＩＳＰＲ複合体の形成が、前記ポリヌクレオチドを改変し」は、いずれも本件第１優先明細書に記載されており、本件発明は第１優先権主張の利益を享受できるものであるから、その新規性・進歩性等の判断基準日は第１優先日（２０１２年１２月１２日）である。 （４）特許異議申立理由３（甲５に基づく新規性、進歩性欠如）について 上記（３）のとおり、本件発明は第１優先権主張の利益を享受できるものであって、その新規性・進歩性等の判断基準日は第１優先日である。 これに対して、甲５は、本件第１優先日である２０１２年１２月１２日よりも後の２０１３年１月３日に発行された刊行物であるから、本件発明が新規性・進歩性を欠如することの根拠とすることはできない。 したがって、特許異議申立理由３は理由がない。 （５）特許異議申立理由４（甲６に基づく新規性、進歩性欠如）について 上記（３）のとおり、本件発明は第１優先権主張の利益を享受できるものであって、その新規性・進歩性等の判断基準日は第１優先日である。 これに対して、甲６は、本件第１優先日である２０１２年１２月１２日よりも後の２０１３年３月４日に発行された刊行物であるから、本件発明が新規性・進歩性を欠如することの根拠とすることはできない。 したがって、特許異議申立理由４は理由がない。 （６）特許異議申立理由５（甲７に基づく新規性、進歩性欠如）について ア　甲７の記載事項 本件第１優先日よりも前に発行された学術論文である甲７には、次の事項が記載されている。（英語で記載されているので、当審による翻訳文で示す。） （甲７－ア）　「クラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）系は、侵入する核酸の抑制を誘導するために、ＣＲＩＳＰＲＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）を利用するウイルスやプラスミドに対する獲得免疫を、細菌や古細菌に提供するものである。この系の一部分において、成熟ｃｒＲＮＡが、トランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）と塩基対を組むことで、標的ＤＮＡに二本鎖切断を導入するようにＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質Ｃａｓ９を誘導する２つのＲＮＡからなる構造を形成することを示す。このデュアル－ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡは、一本鎖ＲＮＡキメラとして設計されたときも、配列特異的なＣａｓ９による二本鎖ＤＮＡ切断を誘導する。私たちの研究は、部位特異的ＤＮＡ切断のためにデュアル－ＲＮＡを使用するエンドヌクレアーゼのファミリーを明らかにし、ＲＮＡでのプログラムが可能なゲノム編集のためにこのシステムを利用する可能性を強調する。」（第８１６頁要約） （甲７－イ）　「ここで私たちは、ＩＩ型の系において、Ｃａｓ９タンパク質が、標的二本鎖ＤＮＡを切断するために、活性化ｔｒａｃｒＲＮＡと標的指向ｃｒＲＮＡの間の塩基対構造を必要とする酵素ファミリーを構成するものであることを示す。位置特異的切断は、標的であるプロトスペーサーＤＮＡとｃｒＲＮＡの間の塩基対を形成する相補性と、標的ＤＮＡの領域に並置される短いモチーフ［プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）と呼ばれる］により定められる場所で生じる。私たちの研究は、さらに、Ｃａｓ９エンドヌクレアーゼファミリーが単一のＲＮＡ分子でプログラムされて特定のＤＮＡ部位を切断できることを示している。これにより、ゲノムのターゲティングと編集のために二本鎖ＤＮＡ破壊を生成するシンプルで多用途のＲＮＡ指向システムを開発する可能性が高まる。」（第８１６頁中欄第２５行～右欄第３行） （甲７－ウ）　「ｔｒａｃｒＲＮＡの全長が位置特異的なＣａｓ９に触媒されるＤＮＡ切断において必要かどうかを決定するために、全長の成熟（４２ヌクレオチドの）ｃｒＲＮＡと、５’あるいは３’末端を欠く様々な切断型のｔｒａｃｒＲＮＡを用いて再構成されたＣａｓ９－ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体を試験した。・・・野生型配列のヌクレオチド２３から４８を保持する大幅に切断された型のｔｒａｃｒＲＮＡが、頑強なデュアルＲＮＡ誘導性のＣａｓ９に触媒されるＤＮＡ切断を支持することができた（図３Ａ・・・）。」（第８１８頁左欄下から５行～中欄第８行） （甲７－エ）　「図３　Ｃａｓ９に触媒される標的ＤＮＡの切断は、ｔｒａｃｒＲＮＡの活性化ドメインを必要とし、ｃｒＲＮＡのシード配列により制御される。（Ａ）Ｃａｓ９－ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体は、４２ヌクレオチド長のｃｒＲＮＡ－ｓｐ２と切断型のｔｒａｃｒＲＮＡ構成体を用いて再構築され、図１Ｂと同様に切断活性についてアッセイされた。・・・（Ｃ）Ｃａｓ９仲介性ＤＮＡ切断を誘導することができるｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの最小領域（青い陰が付された領域）。 」（第８１８頁図３） （甲７－オ）　「私たちは、標的認識配列を５’末端に含み、その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造を含む２つのバージョンのキメラＲＮＡを設計した。・・・プラスミドＤＮＡを用いた切断アッセイにおいて、長い方のキメラＲＮＡは、切断ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体を用いた場合に観察された場合と同じような挙動でＣａｓ９によるＤＮＡ切断を誘導できることを観察によって確認した（図５Ｂ及び図Ｓ１４、Ａ及びＣ）。短い方のキメラＲＮＡは、このアッセイでは効果的に機能せず、ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ塩基対相互作用を超えた５～１２位のヌクレオチドが効率的なＣａｓ９結合及び／又は標的認識に重要であることが確認された。短いｄｓＤＮＡを基質として用いる切断アッセイでも同様の結果が得られ、標的ＤＮＡの切断部位の位置が二重ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡをガイドとして用いた場合の観察結果と同一であることがさらに示された（図５Ｃ及び図Ｓ１４、Ｂ及びＣ）。」（第８２０頁左欄第５行～第２９行） （甲７－カ）　「図５　Ｃａｓ９は、ｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの特徴を組み合わせた単一のエンジニアリングされたＲＮＡ分子を使用して、プログラムすることができる。 （Ａ）（上）ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムにおいて、Ｃａｓ９は、活性化しているｔｒａｃｒＲＮＡ及び標的化ｃｒＲＮＡにより形成される２つのＲＮＡ構造により誘導されて、部位特異的に標的となった二本鎖ＤＮＡを切断する。（下）ｃｒＲＮＡの３’末端をｔｒａｃｒＲＮＡの５’末端に融合することにより生成されたキメラＲＮＡ。（Ｂ）プロトスペーサー４標的配列と野生型ＰＡＭを備えるプラスミドが、ｔｒａｃｒＲＮＡ（４－８９）：ｃｒＲＮＡ－ｓｐ４複合体によって、あるいは、ｃｒＲＮＡの３’末端をＧＡＡＡテトラループとともにｔｒａｃｒＲＮＡの５’末端に付加することで設計されインビトロ転写されたキメラＲＮＡによってプログラムされたＣａｓ９による切断の標的となった。切断反応はＸｍｎＩによる制限マッピングにより分析された。キメラＲＮＡＡとＢの配列は、ＤＮＡ標的指向配列（黄色）、ｃｒＲＮＡリピート由来配列（オレンジ）、そしてｔｒａｃｒＲＮＡ由来配列（水色）とともに示される。（Ｃ）プロトスペーサー４二本鎖ＤＮＡ切断反応は図１Ｂのように行った。 」 （甲７－キ）　「図Ｓ１４　デュアル－ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡを模した一本鎖キメラＲＮＡにガイドされたＣａｓ９はプロトスペーサーＤＮＡを切断する。図５を参照。・・・ 」 （甲７－ク）　「ジンク－フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼは、ゲノムを操作するために設計された人工酵素として、大きな関心を集めた。私たちは、遺伝子ターゲティングとゲノム編集への応用に向けた大きな潜在能力をもたらし得るＲＮＡによりプログラムされたＣａｓ９に基づく代替的な手法を提案する。」（第８２０頁右欄第２行～第９行） （甲７－ケ）　「プラスミドＤＮＡ切断アッセイ ・・・未処理の、あるいは制限酵素処理により鎖状化されたプラスミドＤＮＡ（30　　0ng（～8nM））は、精製されたＣａｓ９タンパク質（50-500nM）とｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体（50-500nM、 1:1）とともに、Ｃａｓ９プラスミド切断緩衝液（20mM HEPES pH7.5、 150mM KCl、 0.5mM DTT、 0.1mM EDTA）中で、10mM MgCl2を加えて、あるいは加えずに、３７℃で６０分間インキュベートした。」（SUPPLEMENTARY MATERIALS AND METHODS） イ　甲７発明の認定 上記（甲７－ア）、（甲７－イ）、（甲７－オ）、（甲７－カ）、（甲７－ク）から、甲７では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系を構成するｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡに基づいて設計されたキメラＲＮＡとＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を用いたＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系により、緩衝液中でＰＡＭ配列に隣接する標的配列が開裂されることが実験により確認されている。よって、甲７には、Ｃａｓ９タンパク質及び前記１つ以上のキメラＲＮＡが、いっしょに天然に存在しないＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系が記載されているといえる。また、図５Ｂに示されたキメラＡは、上述のキメラＲＮＡの１つの態様であり、ｔｒａｃｒＲＮＡ由来の２６ヌクレオチドの長さの配列を有するものであるから、甲７には以下の発明（以下、「甲７発明」という。）が記載されていると認められる。 「クラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）－ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）（ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ）系であって、 ａ）ｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡに基づいて設計されたキメラＲＮＡであって、前記キメラＲＮＡは、緩衝液中のポリヌクレオチドにおける標的配列にハイブリダイズし、前記キメラＲＮＡは、標的認識配列を５’末端に含み、その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造を含む、キメラＲＮＡであるキメラＡと、 ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質、 を含み、 前記ｔｒａｃｒＲＮＡが、２６のヌクレオチドの長さを有し、 前記緩衝液中で前記Ｃａｓ９タンパク質及び前記キメラＲＮＡが、前記標的配列においてＣＲＩＳＰＲ複合体を形成して前記標的配列を開裂し、 前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と隣接しており、 前記Ｃａｓ９タンパク質及び前記キメラＲＮＡが、いっしょに天然に存在しない、 ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系。」 ウ　対比 本件発明１の「ガイド配列」に関して、本件明細書の段落【００６０】には、「一般に、ガイド配列は、標的配列とハイブリダイズし、標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向するために標的ポリヌクレオチド配列との十分な相補性を有する任意のポリヌクレオチド配列である」と記載されている。 また、本件発明１の「ｔｒａｃｒ配列及びｔｒａｃｒメイト配列」に関して、本件　　明細書の段落【００１９】には、「ＣＲＩＳＰＲ複合体は、前記ポリヌクレオチド内の標的配列にハイブリダイズされるガイド配列と複合体形成しているＣＲＩＳＰＲ酵素を含み、前記ガイド配列は、次いでｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズするｔｒａｃｒメイト配列に結合している」、段落【００１７】には、「一部の実施形態において、ＣＲＩＳＰＲ酵素は、Ｃａｓ９酵素である」、段落【００６３】には、「一部の実施形態において、ｔｒａｃｒ配列およびｔｒａｃｔメイト配列（当審注：「ｔｒａｃｒメイト配列」の誤記と認める。引用部分について以下同じ。）は、単一転写物内に含有され、その結果、２つの間のハイブリダイゼーションが二次構造、例えば、ヘアピンを有する転写物を産生する。ヘアピン構造において使用される好ましいループ形成配列は、４ヌクレオチド長であり、最も好ましくは、配列ＧＡＡＡを有する」と記載されている。 これらの記載からみて、本件発明１の「ｔｒａｃｒ配列」と「ｔｒａｃｒメイト配列」は、互いにハイブリダイズして、「ガイド配列」や「Ｃａｓ９」とともに、「ＣＲＩＳＰＲ複合体」を形成するものであり、「ｔｒａｃｒ配列」と「ｔｒａｃｒメイト配列」が単一転写物内に含有される場合は、互いにハイブリダイゼーションすることでヘアピン構造を形成するものといえる。 一方、甲７発明の「キメラＲＮＡ」も、「標的認識配列を５’末端に含み、その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造」を含むものであって、Ｃａｓ９タンパク質と複合体を形成し、「標的認識配列」が「標的配列にハイブリダイズする」ことで「前記標的配列の開裂する」ものである。 よって、甲７発明の「ａ）ｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡに基づいて設計されたキメラＲＮＡであって、前記キメラＲＮＡは、・・・ポリヌクレオチドにおける標的配列にハイブリダイズし、前記キメラＲＮＡは、標的認識配列を５’末端に含み、その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造を含む、キメラＲＮＡであるキメラＡ」は、本件発明１の「標的配列にハイブリダイズし」「ガイド配列、ｔｒａｃｒメイト配列及びｔｒａｃｒ配列を含むキメラＲＮＡ」である「エンジニアリングされたＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ガイドＲＮＡ」に相当する。 以上のことから、本件発明１と甲７発明とは、 「クラスター化等間隔短鎖回分リピート（ＣＲＩＳＰＲ）－ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）（ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ）系であって、 ａ）１つ以上のエンジニアリングされたＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ガイドＲＮＡであって、前記ガイドＲＮＡが、ポリヌクレオチドにおける標的配列にハイブリダイズし、前記ガイドＲＮＡが、ガイド配列、ｔｒａｃｒメイト配列及びｔｒａｃｒ配列を含むキメラＲＮＡである、ガイドＲＮＡ； ｂ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質； を含み、 前記Ｃａｓ９タンパク質及び前記ガイドＲＮＡが前記標的配列においてＣＲＩＳＰＲ複合体を形成し、 前記標的配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ複合体によって認識されるＰＡＭ（プロトスペーサー隣接モチーフ）配列と隣接しており、 前記Ｃａｓ９タンパク質及び前記１つ以上のガイドＲＮＡが、いっしょに天然に存在しない、 ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系。」 である点で一致し、次の相違点１～４で相違する。 ［相違点１］ 本件発明１は、「ガイドＲＮＡが、真核細胞中のポリヌクレオチドにおける標的配列にハイブリダイズ」し、「真核細胞におけるインビボでの前記ガイドＲＮＡの転写及び前記Ｃａｓ９タンパク質の発現が、前記標的配列におけるＣＲＩＳＰＲ複合体の形成を促進」するのに対して、甲７発明では、「キメラＲＮＡは、緩衝液中のポリヌクレオチドにおける標的配列にハイブリダイズ」し、「前記緩衝液中で前記Ｃａｓ９タンパク質及び前記キメラＲＮＡが、前記標的配列においてＣＲＩＳＰＲ複合体を形成」する点。 ［相違点２］ 本件発明１は、「前記ポリヌクレオチドを改変」するのに対して、甲７発明では、「前記標的配列を開裂」するにとどまる点。 ［相違点３］ 本件発明１は、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系ガイドＲＮＡを「コードする１つ以上のヌクレオチド配列に作動可能に結合している第１の調節エレメント」と、ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質を「コードするヌクレオチド配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント」を含む「１つ以上のベクターを含み；成分（ａ）及び（ｂ）が、前記系の同じ又は異なるベクター上に位置」する、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ「ベクター」系であるのに対して、甲７発明は、「キメラＲＮＡ」と「Ｃａｓ９タンパク質」とを含むＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系である点。 ［相違点４］ ｔｒａｃｒ配列が、本件発明１は、「４０以上のヌクレオチドの長さを含む」のに対して、甲７発明は、「２６のヌクレオチドの長さを有し」ている点。 エ　判断 まず、上記相違点４について検討すると、甲７には、全長成熟ｃｒＲＮＡ（ｃｒ－ＲＮＡ－ｓｐ２）と、５’又は３’末端で配列が欠如した様々な切断型のｔｒａｃｒＲＮＡを組み合わせて再構成された二本鎖のＣａｓ９－ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体を用いた試験において、天然配列のヌクレオチド２３－４８（ｔｒａｃｒ配列のヌクレオチド長は２６）を共通に保持したｔｒａｃｒＲＮＡ（４－８９、１５－８９、２３－８９、１５－５３、２３－５３、及び２３－４８）がＣａｓ９によるＤＮＡ切断に有効であることが示されている（甲７－エ）。 また、ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡは一本鎖のキメラＲＮＡに設計でき（甲７－ア）、ｔｒａｃｒ配列のヌクレオチド長が２６（天然配列のヌクレオチド２３－４８）の長いキメラＡが、二本鎖のｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体を用いた場合と同じような挙動でＣａｓ９によるＤＮＡ切断を誘導したこと、他方、ｔｒａｃｒ配列のヌクレオチド長が１８（天然配列のヌクレオチド２３－４０）の短いキメラＢの場合には、ＤＮＡ切断を誘導できなかったこと（甲７－オ、甲７－カ）が示されている。 以上の甲７の実験結果に接した本件優先日の当業者は、２６ヌクレオチド長よりも短いｔｒａｃｒ配列は、Ｃａｓ９の開裂効果が劣ることから、Ｃａｓ９タンパク質による標的配列の開裂には、少なくとも天然配列のヌクレオチド２３－４８を保持した２６ヌクレオチド長のｔｒａｃｒ配列を含む必要があることは理解するといえる。しかし、甲７には、２６ヌクレオチドより長いｔｒａｃｒ配列の方が好ましいことを示す記載は見当たらないし、本件優先日当時、ｔｒａｃｒ配列の長さが大きければ大きいほど好ましいという技術常識が存在したとも認めることができない。 一方、本件明細書の図１６及び図１７には、ヒト細胞中のゲノムのＥＭＸ１遺伝子座のプロトスペーサー１～３、ＰＶＡＬＢ遺伝子座のプロトスペーサー４及び５を標的とした場合に、ｔｒａｃｒ配列の長さが４５及び６３のキメラＲＮＡ（それぞれ「＋６７」及び「＋８５」と表示されたもの）は、ｔｒａｃｒ配列の長さが２６のキメラＲＮＡ（「＋４８」と表示されたもの）よりもゲノム改変効率が高いことが具体的データにより示され、これらの結果について段落【０１６２】には「ＥＭＸ１およびＰＶＡＬＢ遺伝子座中の５つ全ての標的について、ｔｒａｃｒ配列長さの増加に伴うゲノム改変効率の一貫した増加が観察された」と記載されている。 そうすると、甲７の記載や本件優先日の技術常識を勘案しても、ゲノムの改変効率を向上させる観点で、甲７発明のｔｒａｃｒ配列の長さについて、甲７に具体的に開示されている２６から４０以上に変更することを、当業者が動機付けられていたということはできない。また、ｔｒａｃｒ配列の長さを４０以上に設定するという技術手段を採用することで、真核細胞におけるゲノム改変効率が向上するという効果を当業者が予測できたと認めることもできない。 したがって、相違点４に係る本件発明１の構成要件、すなわち「ｔｒａｃｒ配列が、４０以上のヌクレオチドの長さを含む」とすることは、甲７の記載や本件優先日の技術常識を参酌しても、当業者が容易に想到し得たとはいえないものである。 オ　異議申立人の主張について 異議申立人は、相違点４に関して、甲７の図５Ｃに示された、（ｉ）ｃｒＲＮＡ（４２ｎｔ）とｔｒａｃｒＲＮＡ（２３－４８）の併用よりも、それらを連結してなるキメラＡの方が高いＤＮＡ切断活性を示したこと、及び、（ｉｉ）ｔｒａｃｒＲＮＡ（２３－４８）及びｔｒａｃｒＲＮＡ（２３－８９）のそれぞれを同一のｃｒＲＮＡと併用した場合、ｔｒａｃｒＲＮＡが長い方（２３－８９）が高いＤＮＡ切断活性を示したこと、に基づけば、当業者であれば、より高いＤＮＡ切断活性を得る目的で、キメラＲＮＡを用い、それに含まれるｔｒａｃｒＲＮＡに由来する配列の３’側配列を伸ばすことを容易に想到し得る旨主張する。 しかし、上記（ｉ）に関しては、図５Ｃにおいて、ｃｒＲＮＡ（４２ｎｔ）及びｔｒａｃｒＲＮＡ（２３－４８）の併用の場合とキメラＡを用いた場合とで、後者の方がＤＮＡ切断活性が高いと判断できるほど明確な差があるわけではない。実際、甲７本文でも、図５Ｃの結果に関して、「長い方のキメラＲＮＡは、切断ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体を用いた場合に観察された場合と同じような挙動でＣａｓ９によるＤＮＡ切断を誘導できることを観察によって確認した（図５Ｂ及び図Ｓ１４、Ａ及びＣ）。短い方のキメラＲＮＡは、このアッセイでは効果的に機能せず、ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ塩基対相互作用を超えた５～１２位のヌクレオチドが効率的なＣａｓ９結合及び／又は標的認識に重要であることが確認された。短いｄｓＤＮＡを基質として用いる切断アッセイでも同様の結果が得られ・・・（図５Ｃ及び図１４、Ｂ及びＣ）」（甲７－オ）のとおり、ｃｒＲＮＡ（４２ｎｔ）とｔｒａｃｒＲＮＡ（２３－４８）の併用と、それらを連結してなるキメラＡを用いた場合とは、「同じような挙動」と考察されているにすぎない。また、図５と同様の実験の結果を示す図Ｓ１４においても、ｃｒＲＮＡ（ｓｐ１又はｓｐ２）とｔｒａｃｒＲＮＡ（２３－４８）の併用の場合と、それらを連結してなるキメラＡを用いた場合とでは、同等のＤＮＡ切断活性が示されている（甲７－キのＢ）。したがって、異議申立人が指摘する上記（ｉ）は、甲７から導き出される事項であるとはいえない。 また、上記（ｉｉ）に関しても、図５Ｃにおいて、ｃｒＲＮＡ（４２ｎｔ）及びｔｒａｃｒＲＮＡ（２３－４８）の併用の場合とｃｒＲＮＡ（４２ｎｔ）及びｔｒａｃｒＲＮＡ（２３－８９）の併用の場合とで、後者の方がＤＮＡ切断活性が高いと判断できるほど明確な差があるわけではない。実際、甲７本文では、図５Ｃの結果に関して、ｃｒＲＮＡ及びｔｒａｃｒＲＮＡの併用の場合のｔｒａｃｒＲＮＡに着目した考察は記載されていない（甲７－オ）。また、図５と同様の実験の結果を示す図Ｓ１４においては、ｃｒＲＮＡ（ｓｐ２）と併用するｔｒａｃｒＲＮＡが長い方（２３－８９）が短い方（２３－４８）よりもＤＮＡ切断活性が低いと読み取れるデータも記載されている（甲７－キのＢの右図）。したがって、異議申立人が指摘する上記（ｉｉ）も、甲７から導き出される事項であるとはいえない。 このとおり、異議申立人の上記主張は、その前提（上記（ｉ）及び（ｉｉ））において失当であるから、採用することはできない。 カ　小括 以上のとおりであるから、相違点１～３について検討するまでもなく、本件発明１は甲７に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものということはできない。また、本件発明１を直接的又は間接的に引用する本件発明２～２４についても同様である。 したがって、特許異議申立理由５は理由がない。 （７）特許異議申立理由６（甲８に基づく新規性、進歩性欠如）について 上記（３）のとおり、本件発明は第１優先権主張の利益を享受できるものであって、その新規性・進歩性等の判断基準日は第１優先日である。 これに対して、甲８は、本件第１優先日である２０１２年１２月１２日よりも後の２０１３年１月２９日に発行された刊行物であるから、本件発明が新規性・進歩性を欠如することの根拠とすることはできない。 したがって、特許異議申立理由６は理由がない。 （８）特許異議申立理由７（甲９に基づく新規性、進歩性欠如）について 上記（３）のとおり、本件発明は第１優先権主張の利益を享受できるものであって、その新規性・進歩性等の判断基準日は第１優先日である。 これに対して、甲９は、本件第１優先日である２０１２年１２月１２日よりも後の２０１３年３月２６日に発行された刊行物であるから、本件発明が新規性・進歩性を欠如することの根拠とすることはできない。 したがって、特許異議申立理由７は理由がない。 （９）特許異議申立理由８（拡大先願）について ア　上記（３）のとおり、本件発明は第１優先権主張の利益を享受することができるものであるから、その拡大先願についての判断基準日は、第１優先日である２０１２年１２月１２日である。 一方、２０１３年３月１５日に出願された甲１０出願は、４つの優先権主張を伴うものであるところ、第１優先日（２０１２年５月２５日）及び第２優先日（２０１２年１０月１９日）が本件第１優先日よりも前であるから、甲１０出願の当初明細書等と甲１０第１優先明細書（米国特許仮出願６１／６５２、０８６号）又は第２優先明細書（米国特許仮出願６１／７１６、２５６号）とに共通して記載された発明が本件発明と同一である場合には、特許異議申立理由８は理由があることになる。この観点から、以下、検討する。 イ　甲１０出願の当初明細書等の記載事項 甲１０出願（ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０３２５８９）の出願当初の明細書及び図面には次の事項が記載されている。（なお、英語で記載されているので、対応する日本語出願の公表公報である特表２０１５－５２３８５６号公報の記載に基づく翻訳で示し、記載箇所もその段落番号等で示す。また、下線は当審にて付記したものである。） （甲１０－ア）　「【請求項１２】 （ｉ） （ａ）標的ＤＮＡ内の配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント；および （ｂ）部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する第二セグメント を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列；並びに （ｉｉ） （ａ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および （ｂ）部位特異的酵素活性を示す活性部位であって、酵素活性の部位が前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡによって決定される、活性部位 を含む前記部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列 を含む、組み換え発現ベクター。」（特許請求の範囲の請求項１２） （甲１０－イ）　「【請求項１２２】 宿主細胞において標的ＤＮＡの転写を選択的に調節する方法であって、前記宿主細胞に、 ａ） ｉ）前記標的ＤＮＡ内の標的配列に対し相補的なヌクレオチド配列を含む第一セグメント； ｉｉ）部位特異的ポリペプチドと相互作用する第二セグメント；および ｉｉｉ）安定性制御配列 を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含む核酸；並びに ｂ） ｉ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡと相互作用するＲＮＡ結合部位；および ｉｉ）低減されたエンドデオキシリボヌクレアーゼ活性を示す活性部位 を含む変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチド、または前記変異型Ｃａｓ９部位特異的ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸 を導入することを含み、 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡおよび前記変異型Ｃａｓ９ポリペプチドが前記細胞内で複合体を形成し、前記複合体が前記細胞内の標的ＤＮＡの転写を選択的に調節する、上記方法。」（特許請求の範囲の請求項１２２） （甲１０－ウ）　「【請求項１３０】 前記宿主細胞が真核細胞である、請求項１２２に記載の方法。」（特許請求の範囲の請求項１３０） （甲１０－エ）　「【請求項１４０】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡである、請求項１２２に記載の方法。」（特許請求の範囲の請求項１４０） （甲１０－オ）　【図９】二つの種からの例示ｔｒａｃｒＲＮＡ（活性化ＲＮＡ）およびｃｒＲＮＡ（標的化ＲＮＡ）配列を示す。・・・また、標的化ＲＮＡおよび活性化ＲＮＡの特色を組み込む単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡの設計も示される。」（段落【００３３】） （甲１０－カ）　「 」 （甲１０－キ）　「主題のＤＮＡ標的化ＲＮＡは単一ＲＮＡ分子（単一ＲＮＡポリヌクレオチド）であり、「単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡ」、「単一誘導ＲＮＡ」、または「ｓｇＲＮＡ」と称される。」（段落【００８０】） （甲１０－ク）　「実施例２：ヒト細胞でのＲＮＡプログラムゲノム編集 下で提供されるデータは、Ｃａｓ９がヒト細胞の核に発現および局在し得るここと、およびＣａｓ９がヒト細胞内で単一誘導ＲＮＡ（「ｓｇＲＮＡ」；Ｃａｓ９結合およびＤＮＡ標的化部位認識の双方に必要な特色を含む）と集合することを示す。これら複合体は、二重鎖切断を形成し得、Ｃａｓ９およびｓｇＲＮＡの双方を必要とする活性である、ｓｇＲＮＡ配列に相補的な部位におけるゲノムＤＮＡにおける非相同性末端結合（ＮＨＥＪ）修復を刺激し得る。ＲＮＡ配列の３’末端における伸展は、生細胞のＤＮＡ標的活性を強化する。・・・ 【０５０８】　生細胞内でのＣａｓ９：ｓｇＲＮＡ集合を強化する手段として、次に、誘導ＲＮＡの推定Ｃａｓ９結合領域を伸展する効果を試験した。ＣＬＴＡ１ｓｇＲＮＡの二つの新しいバージョンを、ｃｒＲＮＡとｔｒａｃｒＲＮＡとの間の塩基対形成相互作用を模倣する６または１２の塩基対をらせん体にさらに含むように設計した（図３１Ａ）。さらに、Ｓ．ピオゲネスｔｒａｃｒＲＮＡの天然配列を基に、誘導ＲＮＡの３’末端を五つのヌクレオチドで伸展した［９］。Ｕ６またはＨ１ＰｏｌＩＩＩプロモーターのいずれかの制御下でこれらの３’伸長ｓｇＲＮＡをコードするベクターを、Ｃａｓ９－ＨＡ－ＮＬＳ－ＧＦＰ発現ベクターと一緒に細胞に形質移入し、部位特異的ゲノム切断を、Ｓｕｒｖｅｙｏｒアッセイを用いて試験した（図３１Ｂ）。結果によって、切断は、Ｃａｓ９およびＣＬＴＡ１ｓｇＲＮＡの双方を必要とするが、Ｃａｓ９またはｓｇＲＮＡのいずれかが単独で発現された場合には起こらなかったことが確認された。さらに、Ｃｅｌ－１ヌクレアーゼ切断によって検知された通り、ＮＨＥＪの実質的に増大した頻度を観察し、一方で、対照ＺＦＮ対で得られたＮＨＥＪ変異誘発の頻度は大きく変わらなかった。 【０５０９】　図３１は、ｓｇＲＮＡ構築物の３’伸展が部位特異的ＮＨＥＪ媒介性変異誘発を強化することを示す。（Ａ）ＣＬＴＡ１ｓｇＲＮＡ発現のための構築物（上）を、本来のＣａｓ９結合配列（ｖ１．０）または４個の塩基対で伸展されたｄｓＲＮＡ二重鎖（ｖ２．１）もしくは１０個の塩基対で伸展されたｄｓＲＮＡ二重鎖（ｖ２．２）を含む転写物を生成するように設計した。（Ｂ）Ｃａｓ９および／またはＣＬＴＡｓｇＲＮＡｖ１．０、ｖ２．１またはｖ２．２を発現するＨＥＫ２９３Ｔ細胞から単離されたゲノムＤＮＡのＳｕｒｖｅｙｏｒヌクレアーゼアッセイ。ＣＬＴＡ座位を標的とするために以前使用されたＺＦＮ構築物［１０］を、非相同性末端結合によるＤＳＢ誘導性ＤＮＡ修復を検知するための陽性対照として使用した。」（段落【０４９５】～【０５０９】） （甲１０－ケ）　「 」（図３１Ａ） （甲１０－コ）　「 」（図３１Ｂ） ウ　判断 上記（甲１０－ア）～（甲１０－オ）のとおり、甲１０出願の当初明細書等には、本件発明と同様のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系が記載されている。また、実施例２には、ヒト細胞中のゲノムを標的とする、３’側の長さの異なる３種類のｓｇＲＮＡ（甲１０－ケのｖ１．０、ｖ２．１及びｖ２．２）を用いた実験が記載され、このうちｖ２．２のｔｒａｃｒ配列部分の長さが４１であること（甲１０－ケ）から、甲１０出願の当初明細書等の実施例２には、本件発明１の構成要件「前記ガイドＲＮＡが、単一転写産物中にガイド配列、ｔｒａｃｒメイト配列及びｔｒａｃｒ配列を含むキメラＲＮＡであり、前記ｔｒａｃｒ配列が、４０以上のヌクレオチドの長さを含む」が記載されているといえる。また、実施例２の結果（甲１０－コ）に基づいて「ｓｇＲＮＡ構築物の３’伸展が部位特異的ＮＨＥＪ媒介性変異誘発を強化することを示す。」（甲１０－コ）という考察が記載されており、ｔｒａｃｒ配列が長いほど部位特異的変異誘発が強化されるという技術思想も読み取れる。 しかしながら、甲１０出願の当初明細書等の実施例２は、甲１０第１優先明細書にも甲１０第２優先明細書にも、記載されていない。また、甲１０出願の当初明細書等と甲１０第１優先明細書又は甲１０第２優先明細書に共通して記載されたｓｇＲＮＡは、上記（甲１０－カ）のストレプトコッカス・ピオゲネスの配列に基づく、ｔｒａｃｒ配列の長さが２６ヌクレオチドのもの（甲１０第１優先明細書の図９Ａ、甲１０第２優先明細書の図９Ａ）及びリステリア・イノキュアの配列に基づく、ｔｒａｃｒ配列の長さが２７ヌクレオチドのもの（甲１０第１優先明細書の図９Ｂ、甲１０第２優先明細書の図９Ｂ）のみであって、甲１０第１優先明細書及び甲１０第２優先明細書には、ｔｒａｃｒ配列の長さが４０ヌクレオチド以上のｓｇＲＮＡは具体的に記載されていないし、ｔｒａｃｒ配列部分の長さに着目すること、ましてｔｒａｃｒ配列部分の長さを長くすることによりＤＮＡ標的活性（部位特異的ＮＨＥＪ媒介性変異誘発）を強化するという技術思想は表れていない。 したがって、本件発明と同一の発明が、甲１０出願の当初明細書等と甲１０第１優先明細書又は第２優先明細書とに共通して記載されているということはできないから、特許異議申立理由８は理由がない。 第６　むすび 以上のとおりであるから、取消理由通知に記載した取消理由、及び、特許異議申立書に記載された特許異議申立理由によっては、請求項１～２４に係る特許を取り消すことはできない。 他に請求項１～２４に係る特許を取り消すべき理由は発見しない。 よって、結論のとおり決定する。