2022-008372

本願は、平成２９年５月２６日（パリ条約による優先権主張 ２０１６年５月２７日 米国）を国際出願日とする出願であって、その主な手続の経緯は以下のとおりである。

令和３年 ５月２８日付け 拒絶理由通知書

令和３年 ９月 ８日 意見書、手続補正書の提出

令和４年 １月２５日付け 拒絶査定

令和４年 ６月 １日 審判請求書の提出

令和４年 ７月１３日 手続補正書（審判請求の理由）の提出

令和４年 ７月１４日 手続補足書（参考資料１）の提出

（１）引用文献１（国際公開第２０１５／１４２６７５号公報）

原査定の拒絶の理由で引用された、本願優先日前に頒布された刊行物である引用文献１には、次の事項が記載されている。なお、以下の日本語訳による摘記は、引用文献１に対応する日本語出願の公表公報である特表２０１７－５１３８１８号公報の記載に基づくものであり、その段落番号も便宜上そのまま記載した。下線は当審にて付記したものである。

ア 発明の名称

「キメラ抗原受容体を使用する癌の処置」

イ 特許請求の範囲

「【請求項３９】

抗原結合ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナル伝達ドメインを含む単離キメラ抗原受容体(ＣＡＲ)ポリペプチド分子であって、ここで、該抗原結合ドメインがＴＳＨＲ、ＣＤ１７１、ＣＳ－１、ＣＬＬ－１、ＧＤ３、Ｔｎ Ａｇ、ＦＬＴ３、ＣＤ３８、ＣＤ４４ｖ６、Ｂ７Ｈ３、ＫＩＴ、ＩＬ－１３Ｒａ２、ＩＬ－１１Ｒａ、ＰＳＣＡ、ＰＲＳＳ２１、ＶＥＧＦＲ２、ルイスＹ、ＣＤ２４、ＰＤＧＦＲ－ベータ、ＳＳＥＡ－４、ＭＵＣ１、ＥＧＦＲ、ＮＣＡＭ、ＣＡＩＸ、ＬＭＰ２、ＥｐｈＡ２、フコシルＧＭ１、ｓＬｅ、ＧＭ３、ＴＧＳ５、ＨＭＷＭＡＡ、ｏ－アセチル－ＧＤ２、葉酸受容体ベータ、ＴＥＭ１／ＣＤ２４８、ＴＥＭ７Ｒ、ＣＬＤＮ６、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＣＸＯＲＦ６１、ＣＤ９７、ＣＤ１７９ａ、ＡＬＫ、ポリシアル酸、ＰＬＡＣ１、ＧｌｏｂｏＨ、ＮＹ－ＢＲ－１、ＵＰＫ２、ＨＡＶＣＲ１、ＡＤＲＢ３、ＰＡＮＸ３、ＧＰＲ２０、ＬＹ６Ｋ、ＯＲ５１Ｅ２、ＴＡＲＰ、ＷＴ１、ＥＴＶ６－ＡＭＬ、精子タンパク質１７、ＸＡＧＥ１、Ｔｉｅ ２、ＭＡＤ－ＣＴ－１、ＭＡＤ－ＣＴ－２、Ｆｏｓ関連抗原１、ｐ５３変異体、ｈＴＥＲＴ、肉腫転座切断点、ＭＬ－ＩＡＰ、ＥＲＧ(ＴＭＰＲＳＳ２ ＥＴＳ融合遺伝子)、ＮＡ１７、ＰＡＸ３、アンドロゲン受容体、サイクリンＢ１、ＭＹＣＮ、ＲｈｏＣ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＢＯＲＩＳ、ＳＡＲＴ３、ＰＡＸ５、ＯＹ－ＴＥＳ１、ＬＣＫ、ＡＫＡＰ－４、ＳＳＸ２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ７２、ＬＡＩＲ１、ＦＣＡＲ、ＬＩＬＲＡ２、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＢＳＴ２、ＥＭＲ２、ＬＹ７５、ＧＰＣ３、ＦＣＲＬ５およびＩＧＬＬ１からなる群から選択される腫瘍抗原と結合する、単離ＣＡＲポリペプチド分子。」

【請求項４０】

(ｉ)抗原結合ドメインが抗体、抗体フラグメント、ｓｃＦｖ、Ｆｖ、Ｆａｂ、(Ｆａｂ’)２、単一ドメイン抗体(ＳＤＡＢ)、ＶＨまたはＶＬドメインまたはラクダ類ＶＨＨドメインを含む；および／または

(ii)膜貫通ドメインがＴ細胞受容体のアルファ鎖、ベータ鎖またはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、ＫＩＲＤＳ２、ＯＸ４０、ＣＤ２、ＣＤ２７、ＬＦＡ－１(ＣＤ１１ａ、ＣＤ１８)、ＩＣＯＳ(ＣＤ２７８)、４－１ＢＢ(ＣＤ１３７)、ＧＩＴＲ、ＣＤ４０、ＢＡＦＦＲ、ＨＶＥＭ(ＬＩＧＨＴＲ)、ＳＬＡＭＦ７、ＮＫｐ８０(ＫＬＲＦ１)、ＣＤ１６０、ＣＤ１９、ＩＬ２Ｒベータ、ＩＬ２Ｒガンマ、ＩＬ７Ｒα、ＩＴＧＡ１、ＶＬＡ１、ＣＤ４９ａ、ＩＴＧＡ４、ＩＡ４、ＣＤ４９Ｄ、ＩＴＧＡ６、ＶＬＡ－６、ＣＤ４９ｆ、ＩＴＧＡＤ、ＣＤ１１ｄ、ＩＴＧＡＥ、ＣＤ１０３、ＩＴＧＡＬ、ＣＤ１１ａ、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＡＭ、ＣＤ１１ｂ、ＩＴＧＡＸ、ＣＤ１１ｃ、ＩＴＧＢ１、ＣＤ２９、ＩＴＧＢ２、ＣＤ１８、ＬＦＡ－１、ＩＴＧＢ７、ＴＮＦＲ２、ＤＮＡＭ１(ＣＤ２２６)、ＳＬＡＭＦ４(ＣＤ２４４、２Ｂ４)、ＣＤ８４、ＣＤ９６(Ｔａｃｔｉｌｅ)、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＴＡＭ、Ｌｙ９(ＣＤ２２９)、ＣＤ１６０(ＢＹ５５)、ＰＳＧＬ１、ＣＤ１００(ＳＥＭＡ４Ｄ)、ＳＬＡＭＦ６(ＮＴＢ－Ａ、Ｌｙ１０８)、ＳＬＡＭ(ＳＬＡＭＦ１、ＣＤ１５０、ＩＰＯ－３)、ＢＬＡＭＥ(ＳＬＡＭＦ８)、ＳＥＬＰＬＧ(ＣＤ１６２)、ＬＴＢＲ、ＰＡＧ／Ｃｂｐ、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ３０、ＮＫｐ４６、ＮＫＧ２ＤおよびＮＫＧ２Ｃからなる群から選択されるタンパク質の膜貫通ドメインを含む、

請求項３９に記載の単離ＣＡＲポリペプチド分子。」

ウ 技術分野

「【０００２】

発明の分野

本発明は、概して腫瘍抗原の発現と関係する疾患を処置するための、キメラ抗原受容体(ＣＡＲ)を発現するように操作した免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の使用に関する。」

エ 発明の概要

「【０００４】

発明の要約

本発明は、少なくとも一部、ここに記載する腫瘍抗原に結合するＣＡＲを発現するように操作した免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)の、該腫瘍抗原の発現と関係する癌の処置における使用に関する。」

オ 発明を実施するための形態

「【０２５３】

用語“ｓｃＦｖ”は、軽鎖の可変領域を含む少なくとも１つの抗体フラグメントおよび重鎖の可変領域を含む少なくとも１つの抗体フラグメントを含む融合タンパク質をいい、ここで、軽鎖および重鎖可変領域は、例えば、合成リンカー、例えば、短可動性ポリペプチドリンカーを介して隣接して連結され、単一鎖ポリペプチドとして発現されることができ、ｓｃＦｖは、それが由来する完全抗体の特異性を維持する。断らない限り、ここで使用するｓｃＦｖは、ＶＬおよびＶＨ可変領域をいずれの順番でもよく、例えば、ポリペプチドのＮ末端およびＣ末端に対して、ｓｃＦｖはＶＬ－リンカー－ＶＨを含んでよく、またはＶＨ－リンカー－ＶＬを含んでよい。」

「【０３７４】 ある態様において、ＦＬＴ３に対する抗原結合ドメインは、例えば、ＷＯ２０１１０７６９２２、ＵＳ５７７７０８４、ＥＰ０７５４２３０、ＵＳ２００９０２９７５２９に記載の抗体およびいくつかの市販のカタログ抗体(R&D, ebiosciences, Abcam)の抗原結合部分、例えば、ＣＤＲである。」

「【０７２４】

ある面において、本発明は、ＦＬＴ３ ＣＡＲを発現するように操作された免疫エフェクター細胞(例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞)を提供することによる、それを必要とする対象における癌を処置する方法を提供し、ここで、癌細胞はＦＬＴ３を発現する。ある態様において、処置する癌はＡＭＬである。」

カ 実施例

「【１０３８】

実施例３：葉酸受容体－アルファ発現腫瘍を標的とするＣＡＲＴ

・・・

【１０４２】

続きを表示（全14行）

ＣＡＲ構築およびレンチウイルス産生。Dr. Silvana Canevari(Figini, M. et al. (1998) Cancer Res 58, 991-996)から恵与された抗ＦＲａ Ｃ４／ＡＦＲＡ４ ｓｃＦｖを含むｐＨＥＮ２プラスミドを、次のプライマーを使用する７２９ｂｐＣ４フラグメントのＰＣＲ増幅の鋳型として使用した：・・・消化ＰＣＲ産物を、次いで、導入遺伝子発現が伸長因子－１α(ＥＦ－１α)プロモーターにより駆動されるＣＤ３ｚまたはＣＤ２７－ＣＤ３ｚ Ｔ細胞シグナル伝達ドメインを含むｐＥＬＮＳベクターに挿入した。得られた構築物を消化して、ｐＥＬＮＳ－Ｃ４－ｚまたはＣ４－２７ｚを得た。

・・・

【１０４４】

ヒトＴ細胞およびトランスフェクション。・・・簡潔には、０.５×１０６ Ｔ細胞を感染効率(ＭＯＩ)２および５の濃縮Ｃ４－２７ｚおよびＭＯｖ１９－２７ｚベクターでそれぞれ感染させた。

・・・

【１０５４】

・・・Ｃ４およびＭＯｖ１９ ＣＡＲ Ｔ細胞の両者が、ＦＲＡｐｏｓ ＳＫＯＶ３卵巣癌細胞と一夜インキュベートしたときＩＦＮ－γ、ＴＮＦ－αおよびＩＬ－２サイトカインを産生する・・・

【１０５８】

２. インビボでのＣ４およびＭＯｖ１９ ＣＡＲ Ｔ細胞の同等な抗腫瘍活性

インビボでのＣ４ ＣＡＲ Ｔ細胞とＭＯｖ１９ ＣＡＲ Ｔ細胞の抗腫瘍能力を比較するために、大きな、確立された皮下ＳＫＯＶ３腫瘍(約３００ｍｍ３)を有するＮＳＧマウスに、腫瘍接種４０日および４７日後に１０７ＣＡＲ＋Ｔ細胞を静脈内注射した。・・・これらの結果は、Ｃ４ ＣＡＲの抗腫瘍活性が、先に十分に記載された(例えば、Song et al., Blood 119, 696-706 (2012); Song et al., Cancer Res 71, 4617-4627 (2011)参照)ＭＯｖ１９ ＣＡＲと同等であることを示し、Ｃ４ＣＡＲは、その親和性が低下しているにも関わらず、インビボ適用に適することが確認された。」

「【１０６３】

実施例４：ＣＡＲの親和性低下は治療有効性を上昇させる

・・・

【１０６５】

続きを表示（全18行）

この実施例において、Ｔ細胞に高親和性ｓｃＦｖを装備することが、ＣＡＲＴの腫瘍と、同じ抗原を低いレベルで発現する正常組織の不十分な鑑別により、ＣＡＲの有用性を制限し得るか否かが決定された。

・・・

【１０６７】

ｍＲＮＡエレクトロポレーションおよびレンチウイルス形質導入のためのＣＡＲ構築物産生

ＥｒｂＢ２またはＥＧＦＲに対するＣＡＲ ｓｃＦｖドメインを、関連する刊行物(Carter et al., 1992, Proc Nat Acad Sci USA, 89:4285; Zhou et al., 2007, J Mol Bio, 371:934)により提供される配列情報に基づき、ＰＣＲにより合成および／または増幅し、ＣＤ８膜貫通ドメインおよび４－１ＢＢおよびＣＤ３Ｚ細胞内シグナル伝達ドメインに連結させ、ｐＧＥＭ.６４Ａ ＲＮＡベースのベクター(Zhao et al., 2010, Cancer Res, 70:9053)またはｐＴＲＰＥレンチウイルスベクター(Carpenito et al., 2009, Proc Nat Acad Sci USA, 106:3360)にサブクローン化した。

・・・

【１０８０】

ＣＡＲを、多様なｓｃＦｖをＣＤ８アルファヒンジおよび膜貫通ドメインと、続いて４－１ＢＢおよびＣＤ３ζ細胞内シグナル伝達ドメイン連結することにより構築した。ＣＡＲを、レンチウイルスベクターテクノロジーまたはＲＮＡベースのベクターへのクローニングにより発現させた(Zhao et al., 2010, Cancer Res, 70:9053)。・・・認識閾値を比較するために、一団のＥｒｂＢ２ ＣＡＲ Ｔ細胞をＥｒｂＢ２高発現腫瘍細胞株(ＳＫ－ＢＲ３、ＳＫ－ＯＶ３およびＢＴ－４７４)またはＥｒｂＢ２低発現腫瘍細胞株(ＭＣＦ７、２９３Ｔ、Ａ５４９、６２４Ｍｅｌ、ＰＣ３、ＭＤＡ２３１およびＭＤＡ４６８)で刺激し、Ｔ細胞活性化をＣＤ１３７の上方制御(４－１ＢＢ；図４)、ＩＦＮ－γの分泌(図５)、ＩＬ－２の分泌(図６)および表面ＣＤ１０７ａ発現の誘発(図７)により評価した。・・・興味深いことに、高親和性ＣＡＲ Ｔ細胞は、低レベルのＥｒｂＢ２を発現する標的に曝したとき高レベルのＩＦＮ－γおよびＩＬ－２を分泌し、・・・

【１０８５】

親和性を低下させたＥｒｂＢ２ ＣＡＲ Ｔ細胞は、インビボで腫瘍を除き、生理学的レベルのＥｒｂＢ２を発現する組織を無視する

・・・

【１０８７】

ｓｃＦｖの親和性調整は、ＥＧＦＲ ＣＡＲ Ｔ細胞の治療指数を増加させる

・・・」

「【１１３９】

実施例９：ＣＡＲＴ治療に対する新規標的抗原の同定

ＣＡＲＴ治療についての戦略は、腫瘍細胞上の標的細胞表面抗原の優先的発現または標的を発現する正常細胞のアブレーションが臨床的に耐容性であるときによる。Ｂ細胞ＡＬＬにおいて、ＣＡＲＴ治療によるＣＤ１９へのターゲティングは、臨床的に有効であり、実行可能であることが示されている。しかしながら、Ｂ細胞ＡＬＬを有する一部患者は、ＣＤ１９を発現しないかもしくは低くまたはＣＡＲ１９治療後ＣＤ１９陰性疾患で再発する。さらに、Ｔ細胞ＡＬＬおよびＡＭＬは、ＣＡＲＴ１９細胞でのターゲティングに感受性ではない。それゆえに、種々の癌における標的表面抗原の欠如が、ＣＡＲベースの手法の開発を妨害している。この実施例において、急性白血病(ＡＬ)、例えば、ＡＬＬおよびＡＭＬにおける標的抗原発見の戦略を記載する。

・・・

【１１４３】

各候補遺伝子について計算した標準化ＭＦＩ値を図４９～５７に示す。図５８は、ＡＭＬおよびＡＬＬ、正常骨髄またはＡ３５７細胞株についてのＰＰ１Ｂハウスキーピング遺伝子に相対的な平均標準化ＭＦＩ値の累積的表示である。上記分析に基づき、急性白血病に対する次の新規標的抗原を同定した：Ｃ７９ａ、ＣＤ７２、ＬＡＩＲ１、ＦＣＡＲ、ＣＤ７９ｂ、ＬＩＬＲＡ２、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＢＳＴ２、ＥＭＲ２、ＣＬＥＣＬ１(ＣＬＬ－１)、ＬＹ７５、ＦＬＴ３、ＣＤ２２、ＫＩＴ、ＧＰＣ３、ＦＣＲＬ５およびＩＧＬＬ１。」

キ 図面の簡単な説明

「【０１８７】

【図３３】 図３３Ａおよび３３Ｂ：葉酸受容体アルファ(ＦＲＡ)特異的完全ヒトキメラ抗原受容体(ＣＡＲ)Ｔ細胞の産生。(図３３Ａ)ＣＤ３ζ細胞質ドメイン単独(Ｃ４－ｚ)またはＣＤ２７共刺激モジュール(Ｃ４－２７ｚ)との組み合わせを含むＣ４ベースのＣＡＲ構築物の略図。マウス抗ヒトＦＲＡ ＭＯｖ１９－２７ｚ ＣＡＲも示す。」

「【０２０７】

【図５３】 図５３Ａ、５３Ｂ、５３Ｃ、５３Ｄ、５３Ｅおよび５３Ｆ：個体サンプルにおける次の遺伝子についての標準化ＭＦＩ値を表すグラフである：ＬＹ７５(図５３Ａ)、ＳＩＲＰＢ１(図５３Ｂ)、ＦＬＴ３(図５３Ｃ)、ＣＤ２２(図５３Ｄ)、ＰＴＰＲＣ(図５３Ｅ)およびＧＰＲＣ５Ｄ(図５３Ｆ)。Ｙ軸は標準化ＭＦＩを表す；Ｘ軸は標的遺伝子を表す。」

ク 図面

「図３３Ａ

［図：0001411660000001.jpg］

」

「図５３Ｃ

［図：0001411660000002.jpg］

」

（２）引用文献２（米国特許第８０７１０９９号明細書）

原査定の拒絶の理由で引用された、本願優先日前に頒布された刊行物である引用文献２には、次の事項が記載されている。なお、英語で記載されているので、当審による翻訳文で示す。下線は当審にて付記したものである。

ア 発明の名称

「抗ＦＬＴ３抗体」

イ 要約

「本発明は、ヒトＦＬＴ３の細胞外ドメイン４又は５に高親和性で特異的に結合する、完全にヒト化した抗体を提供する。本発明はさらに、有効量の抗体を単独で、またはメトトレキセートを含む抗癌剤もしくは治療薬と組み合わせて投与することにより、白血病を治療する方法を提供する。」（第１頁右欄下から第８～２行）

ウ 特許請求の範囲

「１３． ヒトＦＬＴ３（配列番号４３）に特異的に結合する抗体または該抗体のフラグメントであって、配列SYAIS（配列番号１３）を有するＣＤＲＨ１、配列GIIPIFGTANYAQKFQG（配列番号１４）を有するＣＤＲＨ２、配列FALFGFREQAFDI（配列番号１５）を有するＣＤＲＨ３、配列RASQSISSYLN（配列番号１６）を有するＣＤＲＬ１、配列AASSLQS（配列番号１７）を有するＣＤＲＬ２、及び配列QQSYSTPFT（配列番号１８）を有するＣＤＲＬ３を含む、抗体または該抗体のフラグメント。

１４． 請求項１３に記載の抗体または該抗体のフラグメントであって、アミノ酸配列

(配列番号２３)

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDLATYYCQQSYSTPFTFGPGTKVDIK

からなるＶＬを含み、

（配列番号２０）

EVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSYAISWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADKSTSTAYMELSSLRSEDTAVYYCATFALFGFREQAFDIWGQGTTVTVSS

からなるＶＨを含む、請求項１３に記載の抗体または該抗体のフラグメント。」

エ 発明の詳細な説明

（ア）「ＦＬＴ３は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）の約９０％、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）の大部分、慢性骨髄性白血病（ＢＣ－ＣＭＬ）の急性転化で過剰発現している。ＦＬＴ３リガンド（ＦＬ）による刺激は、白血病細胞の増殖と生存を促進する。ＦＬＴ３シグナル伝達の阻害は樹状細胞のアポトーシスと免疫応答の阻害につながる。」（第１欄第１９～２５行）

（イ）「ＥＢ１０、ＮＣ７及びＤ４－３を含むいくつかの抗ＦＬＴ３抗体は、ＦＬＴ３のリガンド依存性（野生型レセプター）及びリガンド非依存性（変異型レセプター）の両方の活性化を阻害する（上記Piloto, Cancer Res.）。本発明に至るまで、本発明の抗ＦＬＴ３抗体の正確なＣＤＲ配列及びエピトープ結合ドメインは知られていなかった。」（第１欄第６３行～第２欄第４行）

（ウ）「本発明の抗体またはその断片は、野生型または変異型のＦＬＴ３に結合する。ＦＬＴ３は、野生型も変異型も、他の白血病と同様に、例えばＡＭＬやＡＬＬにおいて頻繁に発現する。」（第８欄第３７～４０行）

（エ）「本発明はまた、ヒトＦＬＴ３レセプターを標的とする全長ＩｇＧ１κの組換えヒトモノクローナル抗体ＮＣ７も含む。これはサブグループIのヒトγ-1重鎖とサブグループIIのヒトκ軽鎖から構成されている。ＮＣ７はヒトＦＬＴ３に高親和性で選択的に結合し、ＦＬ結合を阻害することが示された。」（第２３欄第３～８行）

（オ）「表１及び表２（合議体注：「表１～３」の誤記と認められる。）は、本発明の様々なＣＤＲのアミノ酸配列及び配列番号を示す。すべてのＣＤＲ配列は、Chothia規約を用いて決定された配列番号１及び１２を除き、Kabat規約を用いて決定されている。表３（合議体注：「表４」の誤記と認められる。）は、本発明に関連する種々の配列の配列番号を提供する。以下に開示するアミノ酸配列をコードするポリ核酸配列も本発明の範囲に含まれる。」（第２３欄第１５～２０行）

（カ）「表３ ＮＣ７抗体の重鎖及び軽鎖の可変領域ＣＤＲのアミノ酸配列

［図：0001411660000003.jpg］

」（第２４欄）

（キ）「表５ ＥＢ１０、ＮＣ７及びＤ４－３のIn vitroデータのまとめ

［図：0001411660000004.jpg］

」（第２４欄）