2015-009346

特願２０１１－５２０２１９「センス鎖中の一般塩基またはミスマッチを使用したｓｉＲＮＡサイレンシング活性の亢進」拒絶査定不服審判事件〔平成２２年　１月２８日国際公開、ＷＯ２０１０／０１１８９５、平成２３年１２月　１日国内公表、特表２０１１－５２８９１０〕について、次のとおり審決する。

【結　論】 本件審判の請求は、成り立たない。

【理　由】 第１　手続の経緯 本願は、平成２１（２００９）年７月２４日（パリ条約による優先権主張外国庁受理　２００８年７月２５日　米国（ＵＳ））を国際出願日とする特許出願であって、平成２７年１月９日付けで拒絶査定がされたところ、同年５月２０日に拒絶査定不服審判の請求がされ、当審による平成２８年３月２４日付け拒絶理由（以下、単に「拒絶理由」という）に応答して、同年９月２８日に意見書および手続補正書が提出されたものである。 第２　本願発明 本願の請求項１～２０に係る発明（以下、「本願発明」という）は、平成２８年９月２８日付け手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１～２０に記載された発明特定事項により特定されるものであるところ、その請求項１に係る発明（以下、「本願発明１」という）は、以下のとおりのものと認める。 「【請求項１】 増加したＲＮＡｉサイレンシング活性を有する２本鎖ｉＲＮＡ剤であって、 ａ．標的遺伝子に１００％相補的であるアンチセンス鎖と、 ｂ．前記アンチセンス鎖に相補的であり、標的切断部位に相当する領域に少なくとも１つの修飾核酸塩基を含み、該修飾核酸塩基が、非天然核酸塩基であるか、一般核酸塩基であるか、または脱塩基性である、センス鎖と、 を含み、 前記センス鎖およびアンチセンス鎖が、それぞれ１９～２５核酸塩基長であり、前記切断部位領域が、前記センス鎖の５’末端から１０位に相当し、 前記増加したＲＮＡｉサイレンシング活性が、ＲＮＡｉサイレンシングアッセイにおいてそれぞれのＩＣ５０値を比較することによって決定される、対応する非修飾ｉＲＮＡ剤に対してである、ｉＲＮＡ剤。」 第３　引用例 １．引用例１ 拒絶理由において「引用例１」として引用した、本願優先日前に頒布された刊行物である国際公開第２００６／０９３５２６号（以下、「引用例１」という）には、以下の事項が記載されている。 なお、翻訳は当審によるものであり、下線は強調のため当審で付与したものである。以下、同様である。 （１－ａ）「本発明の１つの局面は、少なくとも１つの非天然核酸塩基を含む２本鎖オリゴヌクレオチドに関する。ある実施形態では、非天然核酸塩基はジフルオロトリル、ニトロインドリル、ニトロピロリル、ニトロイミダゾリルである。好ましい実施態様では、非天然核酸塩基はジフルオロトリルである。ある実施形態では、２本鎖オリゴヌクレオチドを含む２つのオリゴヌクレオチド鎖の１つのみが非天然核酸塩基を含む。」（要約１～４行目） （１－ｂ）「それゆえに、インビボにおける改善された血清への溶解性、細胞への分布、取り込み、安定性を有する修飾されたオリゴヌクレオチドの必要性が存在する。非天然核酸塩基を含む本発明のオリゴヌクレオチドはこの必要性を満たし、他に関連する利点を提供する。」（６頁１３～１６行目） （１－ｃ）「図６は、センス（オリゴヌクレオチド１００５）及びアンチセンス（オリゴヌクレオチド１００６）鎖の中段に位置する、ルシフェラーゼ遺伝子のサイレンシングにおける２，４－ジフルオロトリル非天然塩基修飾の効果を示す。」（７頁２０～２２行目） （１－ｄ）「図１０は、複数の２，４－ジフルオロトリル非天然塩基のルシフェラーゼｓｉＲＮＡへの取り込みにおける遺伝子のサイレンシング効果を示す。」（７頁２８～２９行目） （１－ｅ）「実施例１２ 非天然塩基修飾を有するｓｉＲＮＡセンス及びアンチセンス鎖 表１．修飾／非天然塩基を含むｓｉＲＮＡを構成するための２，４－ジフルオロトリル及び５－ニトロインドールを組み込んだ／含むオリゴヌクレオチド 表１において、上記、＊はホスホロチオエート結合を示し、Ｑ１０は２，４－ジフルオロトリル（２，４ジフルオロトルエン）；及びＱ１２は５－ニトロインドリル（５－ニトロインドール）を示す。」（１５８頁２０行目～１５９頁２行目、表１） （１－ｆ）「実施例１３ ルシフェラーゼ遺伝子のサイレンシング：２，４－ジフルオロトリル修飾のｓｉＲＮＡ２本鎖調製物の効果 ２本鎖の２つの鎖が、最終濃度が２０μＭの２本鎖となるように、リン酸緩衝生理食塩水でＰＣＲチューブ又はプレート（VWR, WEST Chester, PA）に配列された（表２）。アニーリングが、ＰＣＲチューブ又はプレートを収容できるサーマルサイクラーを用いて実行された（ABI PRISM 7000, Applied Biosystems, Foster City, CA）。オリゴリボヌクレオチドは、９０℃で２分間、そしてアッセイに使用する前に３７℃で１時間維持された。図５～１２を見よ。」（１５９頁３行目～１６０頁２行目） （１－ｇ）「 」（図６） （１－ｈ）「 」（図１０） 引用例１記載事項（１－ａ）及び（１－ｅ）の表１より、引用例１には、非天然核酸塩基を含む、それぞれ２１核酸塩基長のセンス鎖及びアンチセンス鎖が記載されており、 Ｓｅｑ．ＩＤ１０００として非修飾のセンス鎖、及び Ｓｅｑ．ＩＤ１００１として非修飾のアンチセンス鎖 が記載されているとともに、 Ｓｅｑ．ＩＤ１００５として５’末端から８位に非天然核酸塩基を含むセンス鎖、 Ｓｅｑ．ＩＤ１００９として５’末端から１２位に非天然核酸塩基を含むセンス鎖、及び Ｓｅｑ．ＩＤ１０２６として５’末端から８，１２位に非天然核酸塩基を含むセンス鎖 が記載されているといえる。 そして、引用例１記載事項（１－ｆ）より、引用例１には、４－ジフルオロトリル修飾のｓｉＲＮＡ２本鎖調製物を用いてルシフェラーゼ遺伝子のサイレンシングの実験を行ったことが記載されており、引用例１記載事項（１－ｃ）及び（１－ｇ）の図６で用いられている「１００５／１００１」、並びに引用例１記載事項（１－ｄ）及び（１－ｈ）の図１０で用いられている「１０２６／１００１」はともに、非天然核酸塩基を含むセンス鎖（１００５，１０２６）及び非修飾のアンチセンス鎖（１００１）を含む、２本鎖オリゴヌクレオチドである。 そうすると、引用例１には、次の発明（以下、「引用発明」という）が記載されていると認められる。 「遺伝子のサイレンシングに用いるｓｉＲＮＡ２本鎖オリゴヌクレオチドであって、 非天然核酸塩基を含むセンス鎖及び非修飾のアンチセンス鎖を含み、 前記センス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ２１核酸塩基長であり、センス鎖の５’末端から８，１２位に非天然核酸塩基を含む、 ｓｉＲＮＡ２本鎖オリゴヌクレオチド。」 ２．引用例２ 拒絶理由において「引用例２」として引用した、本願優先日前に頒布された刊行物である国際公開第２００７／０５３６９６号（以下、「引用例２」という）には、以下の事項が記載されている。 なお、翻訳は対応する国内公表公報である特表２００９－５１３７１６号公報を参考にした。 （２－ａ）「１．センス鎖とアンチセンス鎖とを含むｉＲＮＡ剤であって、センス鎖は少なくとも１５個連続したヌクレオチドからなり、前記センス鎖のヌクレオチドは、表１Ａ～１Ｈに示されたｉＲＮＡ剤すなわち番号がＡＬ－ＤＰ－２２４１～ＡＬ－ＤＰ－８６３１のｉＲＮＡ剤のうちいずれか１つのセンス鎖の配列との差異が１、２、または３ヌクレオチド以内であり、またアンチセンス鎖は少なくとも１５個連続したヌクレオチドからなり、前記アンチセンス鎖のヌクレオチドは、表１Ａ～１Ｈに示されたｉＲＮＡ剤すなわち番号がＡＬ－ＤＰ－２２４１～ＡＬ－ＤＰ－８６３１のｉＲＮＡ剤のうちいずれか１つのアンチセンス配列との差異が１、２、または３ヌクレオチド以内であることを特徴とする、ｉＲＮＡ剤。」（クレーム１） （２－ｂ）「１５．少なくとも１つの非天然の核酸塩基を含む、請求項１～３のいずれか１項に記載のｉＲＮＡ剤。 １６．非天然の核酸塩基はジフルオロトリル、ニトロインドリル、ニトロピロリルまたはニトロイミダゾリルである、請求項１５に記載のｉＲＮＡ剤。 １７．非天然の核酸塩基はジフルオロトリルである、請求項１５に記載のｉＲＮＡ剤。 １８．二本鎖オリゴヌクレオチドを構成している２つのオリゴヌクレオチド鎖のうち１つだけが非天然の核酸塩基を含んでいる、請求項１５に記載のｉＲＮＡ剤。」（クレーム１５～１８） （２－ｃ）「図１Ａ－１Ｉ：選択されたＲＮＡｉ作用薬に関する標的遺伝子発現抑制の用量－応答曲線を示す図。それぞれの標的遺伝子を、プラスミドに含めて遺伝子組換え手法によりＣｏｓ－７細胞内にクローニングし、その結果として標的遺伝子とレニラのルシフェラーゼとをコードするｍＲＮＡが発現され、該細胞をＲＮＡｉ作用薬で処理し、レニラのルシフェラーゼを定量した。細胞は、濃度を１００ｎＭ、２５ｎＭ、６．３ｎＭ、１．６ｎＭ、４００ｐＭ、１００ｐＭ、２４ｐＭ、６ｐＭ、１．５ｐＭ、３８０ｆＭとしたＲＮＡｉ作用薬で処理し、ＸＬｆｉｔプログラムを使用したパラメータ化曲線あてはめによって、ＩＣ５０値を決定した。」（５頁１６～２２行目） （２－ｄ）「表１Ｆ：１００％の標的範囲（基準１、実施例１参照）および１００％の標的効率（基準２、実施例１参照）を有するがｉＲＮＡ剤の非シード部分に３個までのユニバーサル塩基が許容されるインフルエンザウイルスを標的とするｉＲＮＡ剤の追加例（ｘはユニバーサル塩基の位置を示す） （以下省略）」（表１Ｆ） （２－ｅ）「表１Ｇ：１８０％の標的範囲（基準１、実施例１参照）および８０％の標的効率（基準２、実施例１参照）を有するがｉＲＮＡ剤の非シード部分に１個までのユニバーサル塩基が許容されるインフルエンザウイルスを標的とするｉＲＮＡ剤の追加例（ｘはユニバーサル塩基の位置を示す） （以下省略）」（表１Ｇ） （２－ｆ）「非天然の核酸塩基 ニトロピロリルおよびニトロインドリルは、ユニバーサル塩基として知られる化合物群のメンバーである非天然の核酸塩基である。ユニバーサル塩基は、オリゴヌクレオチド二重鎖の融解挙動や活性にそれほど影響せずに、天然に存在する４つの塩基のうちいずれとも置き換わることができる化合物である。」（７３頁３～７行目） （２－ｇ）「ジフルオロトリルはユニバーサル塩基として機能する非天然の核酸塩基である。ジフルオロトリルは天然の核酸塩基であるチミンの等価体である。」（７４頁１～２行目） （２－ｈ）「表１Ｆおよび表１Ｇは、センス鎖およびアンチセンス鎖の相互に相補的な部位にユニバーサル塩基を含むｉＲＮＡ剤を示している。しかしながら、これは本発明のｉＲＮＡ剤の１つの好ましい実施形態であり、ｉＲＮＡ剤中のユニバーサル塩基の効果は、ユニバーサル塩基がアンチセンス鎖中にある場合により顕著である。したがって、アンチセンス鎖中のユニバーサル塩基と対をなす部位にあるセンス鎖中の塩基は、ユニバーサル塩基、またはａ、ｕ、ｃもしくはｇのような任意の他の適切な塩基のいずれかでよいと考えられる。センス鎖中のそのような部位においてどの塩基がｉＲＮＡ剤の最も高い活性および／または選択性を与えるかについて試験することが好ましいであろう。別例として、問題になっているｉＲＮＡ剤によって発現を抑制しようとする標的遺伝子バリアントの大多数においてその特定の部位に存在する塩基を選択してもよい。」（７５頁１４～２４行目） （２－ｉ）「 」（図１Ａ） 第４　対比 本願発明１と引用発明を対比すると、引用発明の「遺伝子のサイレンシングに用いるｓｉＲＮＡ２本鎖オリゴヌクレオチド」は、本願発明１の「ＲＮＡｉサイレンシング活性を有する２本鎖ｉＲＮＡ剤」に相当する。 また、ｓｉＲＮＡ２本鎖オリゴヌクレオチドを構成するアンチセンス鎖が標的遺伝子に相補的であり、センス鎖がアンチセンス鎖に相補的であることは自明のことであるから、引用発明の「非天然核酸塩基を含むセンス鎖及び非修飾のアンチセンス鎖を含み」は、本願発明１の 「ａ．標的遺伝子に相補的であるアンチセンス鎖と、 ｂ．前記アンチセンス鎖に相補的であり、少なくとも１つの修飾核酸塩基を含み、該修飾核酸塩基が、非天然核酸塩基である、センス鎖と、 を含み」に相当する。 そして、引用発明の「前記センス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ２１核酸塩基長であり」は、本願発明１の「前記センス鎖およびアンチセンス鎖が、それぞれ１９～２５核酸塩基長であり」に相当する。 そうすると、両者は 「ＲＮＡｉサイレンシング活性を有する２本鎖ｉＲＮＡ剤であって、 ａ．標的遺伝子に相補的であるアンチセンス鎖と、 ｂ．前記アンチセンス鎖に相補的であり、少なくとも１つの修飾核酸塩基を含み、該修飾核酸塩基が、非天然核酸塩基である、センス鎖と、 を含み、 前記センス鎖およびアンチセンス鎖が、それぞれ１９～２５核酸塩基長である、ｉＲＮＡ剤。」 である点で一致し、以下の３点で相違する。 相違点１： 本願発明１は、標的遺伝子に１００％相補的であるアンチセンス鎖を含むのに対して、引用発明は１００％相補的であるという特定を有しない点。 相違点２： 本願発明１は、増加したＲＮＡｉサイレンシング活性を有する２本鎖ｉＲＮＡ剤であって、増加したＲＮＡｉサイレンシング活性が、ＲＮＡｉサイレンシングアッセイにおいてそれぞれのＩＣ５０値を比較することによって決定される、対応する非修飾ｉＲＮＡ剤に対してであるのに対して、引用発明はかかる特定を有しない点。 相違点３： 本願発明１は、標的切断部位に相当する領域に少なくとも１つの修飾核酸塩基を含み、切断部位領域がセンス鎖の５’末端から１０位に相当するのに対して、引用発明はセンス鎖の５’末端から８，１２位に非天然核酸塩基を含む点。 第５　当審の判断 上記相違点１～３について検討する。 相違点１について： ｓｉＲＮＡ２本鎖オリゴヌクレオチドを構成するアンチセンス鎖が標的遺伝子に対して機能を発揮する際に、特段の断りがなければ、当該標的遺伝子に対して１００％相補的であることは当業者の技術常識であるから、上記相違点１は実質的な相違点ではない。 また、仮に記載がないとして相違点であるとしても、標的遺伝子に対して１００％相補的なアンチセンス鎖を含むｓｉＲＮＡ２本鎖オリゴヌクレオチドとする程度のことは当業者であれば適宜なし得ることに過ぎない。 相違点２について： 引用例１記載事項（１－ｂ）より、引用例１には、インビボにおける改善された血清への溶解性、細胞への分布、取り込み、安定性を有する修飾されたオリゴヌクレオチドの必要性を、非天然核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを提供することで満たすことが記載されており、上記記載より、インビボにおける改善された血清への溶解性、細胞への分布、取り込み、安定性を有することで、非修飾のものに対して増加した遺伝子のサイレンシング活性を有するオリゴヌクレオチドとなるものと認められる。 そして、ｓｉＲＮＡによる遺伝子のサイレンシング活性を測定するにあたり、ＩＣ５０値を用いることは本願優先日前に広く行われていたことであって、例えば、引用例２記載事項（２－ｃ）及び（２－ｉ）の図１Ａにも、ＲＮＡｉ作用薬に関する標的遺伝子発現抑制の用量－応答曲線において、ＩＣ５０値を決定することが記載されている。 そうすると、引用発明において、非修飾の２本鎖オリゴヌクレオチドとＩＣ５０値を比較することによって、より改善された、増加した遺伝子のサイレンシング活性を有する修飾されたｓｉＲＮＡ２本鎖オリゴヌクレオチドを取得することは、当業者であれば容易になし得るものである。 相違点３について： 引用例１記載事項（１－ｃ）には、図６の説明として、センス鎖及びアンチセンス鎖の２，４－ジフルオロトリル非天然塩基修飾が、オリゴヌクレオチドの中段に位置する塩基を修飾した例として記載されている。 また、引用例１記載事項（１－ｅ）の表１におけるＳｅｑ．ＩＤ１０１１は、アンチセンス鎖ではあるものの、５’末端から１０位に非天然核酸塩基を含んでいる。 さらに、引用例２記載事項（２－ａ）～（２－ｂ）より、引用例２には、引用例１と同様に、センス鎖とアンチセンス鎖とを含むｉＲＮＡ剤であって、二本鎖オリゴヌクレオチドを構成している２つのオリゴヌクレオチド鎖のうち１つだけが非天然の核酸塩基を含んでいるｉＲＮＡ剤が記載されており、さらに、引用例２記載事項（２－ｆ）～（２－ｇ）より、非天然の核酸塩基として、ニトロピロリル、ニトロインドリル及びジフルオロトリルといったユニバーサル塩基が記載されている。また、引用例２記載事項（２－ｄ）～（２－ｆ）より、引用例２には、センス鎖およびアンチセンス鎖の相互に相補的な部位にユニバーサル塩基を含むｉＲＮＡ剤であって、センス鎖の５’末端から１０位にユニバーサル塩基（ｘ）を含むものも記載されている。 引用発明は、センス鎖の５’末端から８位および／または１２位に非天然核酸塩基を含むｓｉＲＮＡ２本鎖オリゴヌクレオチドであるが、引用例１，２の上記記載を勘案すれば、改善されたオリゴヌクレオチドを提供すべく、オリゴヌクレオチドの上記以外の中段の核酸塩基である、１０位に相当する核酸塩基を非天然核酸塩基に修飾してみようとすることは当然に思いつくことであると認められる。 そうすると、引用発明において、センス鎖の５’末端から１０位に非天然核酸塩基を含むものとすることは当業者であれば容易に想到し得るものである。 そして、本願発明１の効果について、平成２８年９月２８日付け意見書において審判請求人は、センス鎖の５’末端から１０位での修飾は、他の位置での修飾と比較してより効果的にサイレンシング活性を高めることができる旨主張しているが、本願の発明の詳細な説明の実施例１，２，４，６の結果である、表３，１４～１８，２０，２４をみても、センス鎖の５’末端から１０位に相当する核酸塩基の修飾が、他の位置の核酸塩基が修飾されたものと比較して、総じて格別な効果を奏しているとはいえない。 特に、表１６や表１８に至っては、本願発明１が規定する１０位の修飾（表１６におけるＡＤ－３３１９，ＡＤ－３３２３、表１８におけるＡＤ－３３４８，ＡＤ－３３５２）を、引用発明が規定するものに対応する１２位の修飾（表１６におけるＡＤ－３３２１，ＡＤ－３３２５、表１８におけるＡＤ－３３５０，ＡＤ－３３５４）とそれぞれ比較したとき、ＩＣ５０値（ｎＭ）が全て高いことから、１０位の修飾が１２位の修飾よりもＲＮＡｉサイレンシング活性において劣っていることさえ示されている。 さらにいえば、上述においては、本願発明１の２本鎖ｉＲＮＡ剤は２１核酸塩基長として判断したが、本願発明１では「前記センス鎖およびアンチセンス鎖が、それぞれ１９～２５核酸塩基長であり、前記切断部位領域が、前記センス鎖の５’末端から１０位に相当」と規定されており、このような規定では切断部位領域に相当する位置が核酸塩基長によって変化し得、「センス鎖の５’末端から１０位に相当」する位置が１つに定められない（本願発明１においても「標的切断部位に相当する領域」と表現されている）ことを考慮しても、センス鎖の５’末端から１０位に相当する核酸塩基の修飾が、他の位置の核酸塩基が修飾されたものと比較して、格別な効果を奏しているとは到底いえない。 よって、本願発明１がセンス鎖の５’末端から１０位に相当する核酸塩基を修飾することにより格別顕著な効果を奏しているとはいえない。 したがって、本願発明１は引用例１及び２に記載された発明から当業者が容易に発明をすることができたものである。 第６　結び 以上のとおりであるから、本願請求項１に係る発明は、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないものであり、他の請求項に係る発明について論及するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。 よって、結論のとおり審決する。