2022-019576

特願２０１９－５２５９５９「制御された化学量論を有するポリヌクレオチドライブラリおよびその合成」拒絶査定不服審判事件〔平成３０年 ５月２４日国際公開、ＷＯ２０１８／０９４２６３、令和 ２年 ２月１３日国内公表、特表２０２０－５０４７０９〕について、次のとおり審決する。

結 論 本件審判の請求は、成り立たない。

理 由 第１ 手続の経緯 本願は、２０１７年１１月１７日（パリ条約による優先権主張２０１６年１１月１８日、２０１７年８月２１日、及び２０１７年９月１４日 いずれも（ＵＳ）アメリカ合衆国）を国際出願日とする出願であって、その主な手続の経緯は次のとおりである。 令和３年１２月１７日付け：拒絶理由通知書 令和４年 ４月 ４日 ：意見書、手続補正書の提出 同年 ７月２６日付け：拒絶査定 同年１２月 ２日 ：審判請求書、手続補正書の提出 令和６年 １月１３日 ：審判請求理由を補充する手続補正書の提出 同年 ７月 ２日付け：拒絶理由通知書 令和７年 １月 ６日 ：手続補正書の提出 （以下、この手続補正書による手続補正を「本件補正」という。） 同年 １月１５日 ：上申書の提出 同年 ３月１２日付け：審尋 なお、令和７年３月１２日付けの審尋に対し、請求人からの回答書は提出されなかった。 第２ 本願発明 本願請求項１～１４に係る発明は、本件補正によって補正された特許請求の範囲１～１４に記載された事項により特定されたものであるところ、そのうち請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、以下のとおりである。 「【請求項１】 合成ポリヌクレオチドライブラリであって、前記合成ポリヌクレオチドライブラリは少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドを含み、各２本鎖ポリヌクレオチドは８０塩基から２００塩基の長さを含み、 少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有し、 各２本鎖ポリヌクレオチドは、 第１の非標的配列と第２の非標的配列、および１つ以上の標的核酸配列に相補的な第１の挿入配列を含む、第１のポリヌクレオチド鎖と、 前記第１の非標的配列と前記第２の非標的配列、および前記第１の挿入配列に相補的な第２の挿入配列を含む、第２のポリヌクレオチド鎖と、を含み、 前記第１のポリヌクレオチド鎖と前記第２のポリヌクレオチド鎖は部分的にハイブリダイズされる、合成ポリヌクレオチドライブラリ。」 第３ 当審が通知した拒絶の理由 当審が本件補正前（令和４年１２月２日提出の手続補正書）の特許請求の範囲の請求項１に関して令和６年７月２日付けで通知した拒絶の理由１（以下、「拒絶理由」という。）の概要は、次のとおりのものである。 理由１（サポート要件） 本件補正前の特許請求の範囲の請求項１に記載された発明について、実施例の記載をみても具体的にプローブライブラリが製造されたことが記載されておらず、当該プローブライブラリにより本願課題に対してどのような影響があるのかについては、技術常識を踏まえても不明であって、これらの実施例の記載によっては、本願課題を解決できたと解することはできず、その余の記載においても、具体的な試験結果は記載されておらず、技術常識を踏まえても、「合成ポリヌクレオチドライブラリ」が「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドを含」むことや「２本鎖ポリヌクレオチドを含むプローブライブラリ」であることなど発明を特徴付ける内容として記載された事項のいずれについても、本願課題を解決できたと解することはできないから、請求項１の記載は特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満足しない。 第４ 当審の判断 上記拒絶理由通知に対し、請求人は令和７年１月６日付けで手続補正書を提出して、請求項１の記載を上記「第２」で示したとおり補正した。 本願発明に関し、上記拒絶理由が解消したか否かを、以下検討する。 １ 発明の詳細な説明の記載事項 本願発明に関し、発明の詳細な説明及び図面には、以下の記載がある。なお、下線は当審で付した。 （１） 【００３３】～【００３４】 「【００３３】 本明細書で提供されるのは、ＧＣ含量、反復配列、後端アデニン、二次構造、標的配列結合への親和性、または予測データあるいは実験データに基づいて、ポリヌクレオチドの第２の集団を生成するための修飾されたヌクレオチド等の、規定された特性を有するポリヌクレオチドライブラリを合成するための方法である。例えば、ポリヌクレオチドライブラリが、増幅後に規定されたＧＣ含量に帰結するように合成用に選択される場合、ＧＣ含量に依存する合成工程におけるライブラリ内のポリヌクレオチドに関する種の表示の調整は、増幅後のポリヌクレオチド表示の改善をもたらす。ポリヌクレオチドライブラリのＧＣ含量は、少なくとも１０％、……７０％、……または９５％以上であり得る。いくつかの例では、ポリヌクレオチドライブラリのＧＣ含量は、多くとも１０％、２０％、３０％、……９０％、９５％、または１００％未満である。場合によっては、ＧＣ含量は、約５～９５％、１０～９０％、３０～８０％、４０～７５％、または５０～７０％の範囲である。 【００３４】 本明細書に記載されるポリヌクレオチドライブラリは、それらのＧＣ含量に適合させてもよい。……例えば、増加したポリヌクレオチド頻度が、主として約１０％から約３０％の範囲、および約７０％から約９０％のＧＣ含量を有するライブラリを設計することができる。……」 （２） 【０１５７】～【０１６０】 「【０１５７】 本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチドライブラリを生成するための方法であって、該方法は：少なくとも約５０００の非同一のポリヌクレオチドをコードするあらかじめ決定された配列を提供する工程；面を有する構造を提供する工程であって、面は複数のクラスタを含む、工程；少なくとも約５０００の非同一のポリヌクレオチドを合成する工程であって、少なくとも５０００の非同一のポリヌクレオチドの各々は異なる遺伝子座を伸長させる、工程；および、ポリヌクレオチドライブラリを形成するために少なくとも５０００の非同一のポリヌクレオチドを増幅する工程を含み、ここで、少なくとも５０００の非同一のポリヌクレオチドの約８０パーセントより多くは、ポリヌクレオチドライブラリに関する平均表示の少なくとも約２倍以内の量で表示される。……さらに本明細書で提供される方法において、少なくとも約５０００の非同一のポリヌクレオチドの約３０％より多くが、１０％から３０％または７０％から９０％のＧＣの割合を有するポリヌクレオチドを含む。…… 【０１５８】 本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチドライブラリを生成するための方法であって、該方法は：少なくとも約５０００の非同一のポリヌクレオチドをコードするあらかじめ決定された配列を提供する工程；面を有する構造を提供する工程であって、面は複数のクラスタを含む、工程；少なくとも約５０００の非同一のポリヌクレオチドを合成する工程であって、少なくとも５０００の非同一のポリヌクレオチドの各々は異なる遺伝子座を伸長させる、工程；および、ポリヌクレオチドライブラリを形成するために少なくとも５０００の非同一のポリヌクレオチドを増幅する工程であって、ポリヌクレオチドライブラリは、増幅反応後に７５％より大きい正確な配列比率を有する工程、を含む。……さらに本明細書で提供される方法において、少なくとも約５０００の非同一のポリヌクレオチドの約３０％より多くが、１０％から３０％または７０％から９０％のＧＣの割合を有するポリヌクレオチドを含む。…… 【０１５９】 本明細書で提供されるのは、少なくとも５０００の非同一のポリヌクレオチドを含む核酸ライブラリであって、少なくとも５０００の非同一のポリヌクレオチドは合成されたポリヌクレオチドの増幅産物であり、および少なくとも５０００の非同一のポリヌクレオチドの約８０％より多くが、核酸ライブラリに関する平均表示の少なくとも約２倍以内の量で表示される。……さらに本明細書において核酸ライブラリが提供され、少なくとも約５０００の非同一のポリヌクレオチドの約３０％より多くが、１０％から３０％または７０％から９０％のＧＣの割合を有するポリヌクレオチドを含む。…… 【０１６０】 本明細書において、少なくとも５０００の非同一のポリヌクレオチドを含む核酸ライブラリが提供され、ここでＧＣ含量が制御され、およびライブラリは、増幅反応後に７５％より大きい正確な配列比率を提供する。さらに本明細書において、増幅反応後に８５％より大きい正確な配列比率を有する核酸ライブラリが提供される。……さらに本明細書において核酸ライブラリが提供され、少なくとも約５０００の非同一のポリヌクレオチドの約３０％より多くが、１０％から３０％または７０％から９０％のＧＣの割合を有するポリヌクレオチドを含む。……」 （３） 実施例５（【０１９７】～【０２０１】） 「【０１９７】 実施例５：合成されたポリヌクレオチドライブラリのＰＣＲ増幅 【０１９８】 ９，９９６のポリヌクレオチド、ＧＣ含量の変動する無作為化された配列の各１００塩基の長さ、２０～８０％のＧＣ含量を設計し、実施例３に記載の類似する構成を有する構造上で合成した。ＧＣ表示に対するＰＣＲ増幅の効果を判定するために、ポリヌクレオチド集団を、高忠実度のＤＮＡポリメラーゼ（ＤＮＡポリメラーゼ１）を用いて６または２０のサイクルのいずれかで増幅した。代替的に、ポリメラーゼ選択が増幅後の全体的な配列表示に効果を有するかどうかを判定するために、２つの他の高忠実度のＰＣＲ酵素を使用し、６、８、１０、または１５サイクルの間、ポリヌクレオチド集団を増幅した。ＰＣＲ増幅後、サンプルは、次世代シーケンシングのために準備され、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑプラットフォーム上で配列決定された。１５０のｂｐ ＳＥの読み取りが、１００Ｘのおよその読み取り深度へと生成された。生のＦＡＳＴＱファイルが分析された。６、１０、または１５サイクルのいずれかのポリメラーゼによるポリヌクレオチド表示は、図１６に表される。ポリヌクレオチド表示の均一性が、様々な疾病に関して評価され、表４に概説される。 【０１９９】 【表４】 ［図：0001431424000001.jpg］ 【０２００】 増幅された各ポリヌクレオチド集団に関するドロップアウトの数を、図１５に示すように定量化し、増幅サイクル 対 集団のフラクションは平均閾値の１０％を下回った。ポリメラーゼ１ドロップアウトが素早く成長したのに対し、ポリメラーゼ２ドロップアウトは比較的一定のままであった。 【０２０１】 ＧＣ分布に対する過剰増幅の影響を評価した。図１８。一般的には、ＧＣ含量３０％～７０％のポリヌクレオチドは、近似曲線、Ｙ＝Ｘに従い、およびより多くのサイクルで頻度が増加した。７０％より多くのＧＣ含量を有するポリヌクレオチドが、概して２０サイクル後にわずかに頻度が多かったのに対し、３０％未満のＧＣ含量のポリヌクレオチドは、概して、６サイクル後にわずかに頻度が多かった。」 （４） 図１６～図１８ 「【図１６】 ［図：0001431424000002.jpg］ 【図１７】 ［図：0001431424000003.jpg］ 【図１８】 ［図：0001431424000004.jpg］ 」 （５） 図面の簡単な説明（【００１０】） 「【図面の簡単な説明】 【００１０】 …… 【図１５】ポリヌクレオチドの数 対 １つのポリヌクレオチドあたりのパーセントの測定数としてのＧＣ含量のプロットである。 …… 【図１７】記録された増幅後のポリヌクレオチド集団の均一性の定量化でのチャートを提供する。」 （６） 実施例６（【０２０２】～【０２０５】） 「【０２０２】 実施例６：全プレート増幅からのポリヌクレオチド表示と、平行なポリヌクレオチドクラスタ増幅との比較 【０２０３】 図１０に示されるように、平らなシリコンプレート上の１２１の遺伝子座を各々含む２５６のクラスタを有する構造上で、ポリヌクレオチドが合成された。ポリヌクレオチド合成は、実施例３からの一般的方法を使用して、ホスホラミダイトの化学作用によって行なわれた。構造上のポリヌクレオチドを切断して組み合わせた。 【０２０４】 プレートにわたってポリヌクレオチドを組み合わせて増幅した。増幅後に、図１９に見られるような線で表される平均値からの顕著なＧＣのバイアスと分散があった。その結果、より多くのシーケンシングが必要であり、およびより多くのドロップアウトがあった。 【０２０５】 クラスタの増幅からのポリヌクレオチドの分布は図２０に見られる。実行１と実行２では、平均値（線）からの度数分布は約８であり、および平均値からの分散は約１．７Ｘであった。ＧＣの割合は１７％から９４％の範囲であった。図２３と図２０は、再現性があることを例証し、およびポリヌクレオチド集団は、ＧＣバイアスの劇的な減少を示す（図２０）。加えて、０のドロップアウトがあり、および３０％少ないシーケンシングが求められた。」 （７） 図１９～図２０ 「【図１９】 ［図：0001431424000005.jpg］ 【図２０】 ［図：0001431424000006.jpg］ 」 （８） 図２３ 「【図２３】 ［図：0001431424000007.jpg］ 」 （９） 実施例７（【０２０６】～【０２０７】） 「【０２０６】 実施例７：種々のＧＣ含量で合成されたポリヌクレオチドライブラリ 【０２０７】 約１５％から約８５％のＧＣ含量を含む１３，０００のポリヌクレオチド配列のライブラリを、合成のためにあらかじめ選択した（図２２）。第１のポリヌクレオチドライブラリは構造上で合成され、および合成は、実施例３からの一般的方法を使用してホスホラミダイト化学作用によって行なわれた。構造上のポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドのＰＣＲバイアスのかかったライブラリを生成するために、増幅後に切断されて組み合わされた。ライブラリ内のポリヌクレオチド配列は、ＧＣ含量に従ってビンに入れられ、各ビンの化学量論は、ＰＣＲ増幅によって生成された、観察されたＧＣバイアスを考慮して適合された。例えば、より高い、またはより低いＧＣ含量を含むポリヌクレオチドは、増幅後に化学量論の表示を均一にするより高い初期濃度を有する。これは、増幅工程からのＰＣＲ ＧＣのバイアスを効果的に減らし、または除去する。第２のポリヌクレオチドライブラリは構造上で合成され、および合成は、実施例３からの一般的方法を使用してホスホラミダイト化学作用によって行なわれた。構造上のポリヌクレオチドは、増幅後に均一のＧＣの表示で（図２１Ａ）、ポリヌクレオチドの高度に均一なライブラリを生成するために（図２３）、切断されて組み合わされ、その後に増幅された。ＧＣの平衡なライブラリの１つの利点は、望ましいサンプリングカバー率のためにより少ないサンプリングが求められることである。例えば、ライブラリの８０％と９０％のカバー率のためのサンプリングは、単分散ライブラリのための理論上の最小に近づいた（図２４Ａと図２４Ｂ）。度合の変動する高いおよび低いＧＣ含量の両方を好むポリヌクレオチドライブラリをさらに合成した（それぞれ図２１Ｂと図２１Ｃ）。低いＧＣ含量（図２１Ｄ）または高いＧＣ含量（図２１Ｅ）を好むポリヌクレオチドライブラリをさらに合成した。」 （１０） 図２１Ａ～図２２ 「【図２１Ａ】 ［図：0001431424000008.jpg］ 【図２１Ｂ】 ［図：0001431424000009.jpg］ 【図２１Ｃ】 ［図：0001431424000010.jpg］ 【図２１Ｄ】 ［図：0001431424000011.jpg］ 【図２１Ｅ】 ［図：0001431424000012.jpg］ 【図２２】 ［図：0001431424000013.jpg］ 」 （１１） 図２４Ａ～Ｂ 「【図２４Ａ】 ［図：0001431424000014.jpg］ 【図２４Ｂ】 ［図：0001431424000015.jpg］ 」 （１２） 実施例８（【０２０８】～【０２０９】） 「【０２０８】 実施例８：８０量体および１２０量体のポリヌクレオチド長さで合成された、ＧＣの平衡なポリヌクレオチドライブラリ 【０２０９】 各々が８０の核酸長さである、およそ２０，０００の特有のポリヌクレオチドを含むライブラリを設計し、実施例７の一般的方法を使用してＧＣを平衡にし、そして構造上で合成した；合成は、実施例３からの一般的方法を使用して、ホスホラミダイトの化学作用によって行なわれた。各々が１２０の核酸の長さであり、ポリヌクレオチドを含む類似のライブラリをさらに合成した（図２６）。両ライブラリは高度に均一な分布を示し、＞９９％のユニーク配列が識別された。ライブラリはまた、ＧＣ含量の分散を通じて均一性を示し、複製を通じて高い一致を有し（図２７）、雑音にさらされる末尾に少数のポリヌクレオチドを有した。」 （１３） 図２６～図２７ 「【図２６】 ［図：0001431424000016.jpg］ 【図２７】 ［図：0001431424000017.jpg］ 」 （１４） 実施例９（【０２１０】～【０２１１】） 「【０２１０】 実施例９：ポリヌクレオチドライブラリの繰り返しの増幅後のＧＣ含量評価 【０２１１】 ２０－８０％のＧＣ含量を含む９，９９６の特有のポリヌクレオチドから成るポリヌクレオチドライブラリは、各々１００塩基の長さであり、実施例３からの一般的方法を使用して、ホスホラミダイト化学作用によって構造上で合成された。ライブラリを、２つの異なる高忠実度のＤＮＡポリメラーゼを用いて８または１５ＰＣＲサイクルのいずれかで増幅し、集団におけるポリヌクレオチドの頻度を、これらの２つの条件間で比較した（図２８）。同定線（ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｌｉｎｅ）（黒色破線）は、８または１５ＰＣＲサイクルのいずれか後の、集団内の同じ頻度のポリヌクレオチドを示す。８サイクルの増幅と比較して、同定線上の配列は、１５サイクル後の集団での過剰表示であり、線の下の配列は、１５サイクル後の集団での提示不足である。この場合、ポリメラーゼ１は、増加するＰＣＲサイクルと共にＧＣバイアスを示す。８サイクルの増幅と比較して、１５サイクルの増幅後、高ＧＣの配列（７０％を超えるＧＣ、中くらいの灰色）については過剰表示が観察され、低ＧＣの配列（３０％未満のＧＣ、最も暗い灰色）は提示不足であった。加えて、同様のＧＣ割合内での濃縮における大きな変動は、ＧＣ含量以外の因子、ヘアピン形成またはホモポリマー伸張等が、増幅バイアスに影響を及ぼし得ることを示唆する。ポリメラーゼ２は同じ配列表示バイアスを示さなかった。」 （１５） 図２８ 「【図２８】 ［図：0001431424000018.jpg］ 」 （１６） 実施例１０（【０２１２】～【０２１４】） 「【０２１２】 実施例１０：ポリヌクレオチドライブラリの繰り返しの増幅後のドロップアウトと表示評価 【０２１３】 種々のＤＮＡポリメラーゼ酵素での増幅によって導入されたバイアスを調査した。実施例９のポリヌクレオチドライブラリを、６、８、１０、または１５サイクル間、ＤＮＡポリメラーゼ１（図２９、暗い線）またはＤＮＡポリメラーゼ２（図２９、明るい線）のいずれかで増幅した。ＰＣＲサイクルの増加は、ポリヌクレオチド配列のドロップアウト頻度と相関していた。ドロップアウト頻度は、平均の１０％未満の豊富量を有する配列として定義される。この効果の範囲は、増幅に使用されたＤＮＡポリメラーゼに依存した。配列のより大きな部分は、ＤＮＡポリメラーゼ２での増幅と比較して、ＤＮＡポリメラーゼ１での増幅後にドロップアウトした（１５サイクルでのドロップアウトのおよそ２０倍多い）。種々のポリメラーゼは、ＧＣ含量、長さ、および配列の複雑性に応じて、異なるライブラリ配列の増幅のために最適である場合もある。 【０２１４】 各ＤＮＡポリメラーゼを用いて１５ＰＣＲサイクル増幅されたライブラリを、ポリヌクレオチド配列の表示を評価するためにより詳細に研究した（図３０）。 ＤＮＡポリメラーゼ１を用いたポリヌクレオチドライブラリの増幅は、１５ＰＣＲサイクル度に２０倍より多くの配列ドロップアウトをもたらした（図２９）。 ＤＮＡポリメラーゼ１を用いて増幅されたポリヌクレオチドの分布は、ＤＮＡポリメラーゼ２で増幅されたポリヌクレオチドの分布より大きかった。 ＤＮＡポリメラーゼ１で増幅されたライブラリのポリヌクレオチド分布は、平均値の１．５倍以内に存在する配列の６４％を有した。 同じライブラリをＤＮＡポリメラーゼ２で増幅した場合、＞８９％の配列が平均の１．５倍以内に存在し、ＤＮＡポリメラーゼ２で増幅されたライブラリがＤＮＡポリメラーゼ１よりもはるかに低いバイアスを有することを示した。 ＤＮＡポリメラーゼ１を用いて増幅されたライブラリに導入されたバイアスは、ポリヌクレオチドライブラリをカバーするのに必要なスクリーニング成果を高める。」 （１７） 図２９～図３０ 「【図２９】 ［図：0001431424000019.jpg］ 【図３０】 ［図：0001431424000020.jpg］ 」 （１８） 実施例１１（【０２１５】～【０２１７】） 「【０２１５】 実施例１１：次世代シーケンシング（ＮＧＳ）を用いた、エクソームを標的とするための制御された化学量論ポリヌクレオチドライブラリの使用 【０２１６】 １つ以上の遺伝子エクソンとオーバーラップする最大３７０，０００以上の非同一のポリヌクレオチドを含むライブラリ（プローブライブラリ）を標的とする第１のポリヌクレオチドｃＤＮＡは、実施例３からの一般的方法を使用して、ホスホラミダイト化学作用によって構造上で設計され、合成される。 ポリヌクレオチドは、対象の標的エクソンの続く捕捉のためのプローブを形成するために、ＰＣＲを使用して（または個体フェーズ合成中に直接）、ビオチン等の分子タグに結合される。 プローブをゲノム核酸のライブラリの配列にハイブリダイズし、未結合の配列から分離する。 未結合のプローブを洗い流して、ｃＤＮＡ配列で濃縮された標的ライブラリを残した。 次に、濃縮されたライブラリを、ＮＧＳを使用して配列し、および各予測される遺伝子に関する読み取りを、遺伝子を標的とするのに使用されるｃＤＮＡプローブの関数として測定する。 【０２１７】 いくつかの例では、標的配列の読み取り頻度は、標的配列の豊富量、プローブ結合、二次構造、または濃縮に関わらず標的配列のシーケンシング後に表示を低下させる他の因子によって影響を受ける。ポリヌクレオチドライブラリの化学量論的制御は、第２のポリヌクレオチドｃＤＮＡ標的ライブラリを得るために第１のポリヌクレオチドｃＤＮＡ標的ライブラリの化学量論の修正によって行われ、より少ない読み取りに帰結するポリヌクレオチドプローブ配列に関する化学量論を増加させる。この第２のｃＤＮＡ標的ライブラリは、実施例３からの一般的方法を使用し、ホスホラミダイト化学作用によって構造上で設計されて合成され、そして前記のように標的ゲノムＤＮＡライブラリの配列エクソンを濃縮するために使用される。」 （１９） 実施例１２（【０２１８】～【０２２０】） 「 【０２１８】 実施例１２：エクソームプローブライブラリを用いた化学量論制御の多数の反復 【０２１９】 エクソームプローブライブラリは、実施例１１の一般的方法を使用して合成され、試験された。化学量論的な修飾を多数、繰り返し、結果として制御された化学量論プローブライブラリ、ライブラリ１を得た。いくつかのコンパレータエクソーム濃縮キットと比較して、これは、標的の望ましいカバー率を得るために、有意に少ないシーケンシング読み取りをもたらす。正確なシーケンシングのために、標的エクソーム塩基の少なくとも９０％の３０ｘの読み取り深度が望ましく、および過剰シーケンシング（理論上の読み取り深度、３０ｘより大きな読み取り深度）がしばしば、均一性の問題を補うために必要とされる。制御された化学量論エクソームプローブライブラリは、５５ｘの理論上の読み取り深度で、標的塩基の９０％の３０ｘの読み取り深度を達成することができ（図３２Ａ）、これは、他のコンパレータエクソーム濃縮キットによって必要とされるよりも有意に少ないシーケンシングカバー率であり、およびより速い配列スループットであった（１実行あたりのサンプル、表５）。４．５Ｇｂのシーケンシングに標準化される場合、制御された化学量論プローブライブラリは１０ｘの読み取り深度の全標的塩基の＞９５％を提供し、これは他のコンパレータエクソームプローブキットより有意に高かった（図３２Ｂ）。 【０２２０】 【表５】 ［図：0001431424000021.jpg］ 」 （２０） 図３２Ａ～Ｂ 「【図３２Ａ】 ［図：0001431424000022.jpg］ 【図３２Ｂ】 ［図：0001431424000023.jpg］ 」 （２１） 実施例１４（【０２２３】～【０２２４】） 「【０２２３】 実施例１４：７０，０００のプローブパネルの生成 【０２２４】 ７０，０００の非同一のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド標的ライブラリ（プローブライブラリ）を、実施例３からの一般的方法を使用してホスホラミダイト化学作用によって、およびライブラリ２を生成するために実施例１１の一般的方法を使用して制御されたＧＣによって、構造上で設計して合成した。シーケンシング後の読み取り分布は図３４に示され、およびＧＣビン標的カバー率は、図３５Ａと図３５Ｂに示される。」 （２２） 図３４～図３５Ｂ「【図３４】 ［図：0001431424000024.jpg］ 【図３５Ａ】 ［図：0001431424000025.jpg］ 【図３５Ｂ】 ［図：0001431424000026.jpg］ 」 ２ 拒絶理由（特許法第３６条第６項第１号）に関する判断 （１） サポート要件の判断規範 特許請求の範囲の記載が、明細書のサポート要件に適合するか否かは、特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し、特許請求の範囲に記載された発明が、発明の詳細な説明に記載された発明であって、発明の詳細な説明の記載により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否か、また、その記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識等に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否かを検討して判断すべきものであり、本願明細書のサポート要件の存在は、本願出願人すなわち審判請求人が証明責任を負うと解するのが相当である。 （２）本願発明が解決しようとする課題 この点を踏まえて本願明細書をみると、【０００３】には以下の記載がある。 「高い忠実性と低コストでの非常に効率的な化学的遺伝子合成は、バイオテクノロジーと医療において、および基礎的な生物学的研究において中心的な役割を有している。デノボの遺伝子合成は、基礎的な生物学的研究およびバイオテクノロジーでの応用にとって強力なツールである。小規模での比較的短いフラグメントの合成のための様々な方法が知られているが、これらの技術にはしばしば、スケーラビリティ、自動化、速度、精度、およびコストの点で問題がある。」 そうすると、本願発明において解決されるべき課題（以下、「本願課題」という。）として「高い忠実性と低コストでの非常に効率的な化学的遺伝子合成におけるスケーラビリティ、自動化、速度、精度、およびコストの点での問題の解決」があり、請求項１の記載が特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たすといえるためには、請求項１に係る発明により本願課題が解決されたことが示される必要があるものといえる。 そして請求項１をみると、本願発明は合成ポリヌクレオチドライブラリに関する発明であって、「合成ポリヌクレオチドライブラリは少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドを含」むことと、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」することが記載されているので、これらの観点から本願課題の解決について検討する。 （２） 実施例の記載に基づく判断 まず、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドを含」み、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」する「合成ポリヌクレオチドライブラリ」が、本願課題を解決できたことを具体的に明示する実施例は記載されていない。 次に、「合成ポリヌクレオチドライブラリは少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドを含」むことと、及び、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」することについて記載された実施例に関して、以下、検討する。 ア 上記１の（３）～（５）は実施例５に関する記載である。ここで、【０２００】には「図１５」と記載されているが、「図１５」は段落０１９６にも記載があること、【０２００】や１の（５）にある図面の説明内容や明細書中で図面番号が順番に記載されていることを踏まえると、【０２００】の「図１５」は「図１７」の誤記であると解すべきものといえる。 実施例５はポリヌクレオチドの数が９９９６であって、請求項１に記載された「少なくとも５０００」の約２倍にあたる。次世代シーケンサーを用いたシーケンシングにおいて、カバー率等の結果品質はリード数に比例し、リード数はポリヌクレオチドライブラリに含まれるポリヌクレオチド数に連動するから、仮にライブラリに含まれるポリヌクレオチド数９９９６で実施した結果が本願発明における何らかの課題を解決するものであるとしても、そのことによって、より少ないリード数をもたらすライブラリに含まれるポリヌクレオチド数が５０００である場合にまでただちに拡張ないし一般化できるとはいえない（この点は、本項のイ以降で具体的にライブラリに含まれるポリヌクレオチド数が挙げられた部分においても同様である。）。 また、ＤＮＡポリメラーゼを用いて６または２０ＰＣＲサイクルのいずれかで増幅し、集団におけるポリヌクレオチドの頻度を、これらの２つの条件間で比較した場合に、３０％以下又は７０％以上のＧＣの割合を１００％満たし、かつ詳細は明らかではないが特定の組成からなるポリヌクレオチドライブラリと、３０％超で７０％未満のＧＣの割合を１００％満たし、かつ詳細は明らかではないが特定の組成からなるポリヌクレオチドライブラリとにおいてポリヌクレオチドの頻度に差が生じることがあることは【０２０１】や図１８の記載から理解できる。しかしながら、【０２０１】や図１８の記載はＧＣ含量％をいずれかの軸で並べたデータに基づくものではなく、３０％以下又は７０％以上のＧＣの割合を満たす任意の組成からなるポリヌクレオチドライブラリがポリヌクレオチドの頻度に差が生じることを抑制することを示すものではない。かえって、３０％以下又は７０％以上のＧＣの割合を満たしさえすればいかなるポリヌクレオチドライブラリであっても、ＰＣＲサイクルの増幅時に、集団におけるポリヌクレオチドの頻度に差を生じさせないとはいえないことは、図１９「増幅」、図２１Ａ、図２１Ｄ、図２１Ｅの図において例えば６５～６９％のＧＣの割合のものが増幅時に生じさせるポリヌクレオチドの頻度のばらつきと７０～７４％のＧＣの割合のものが増幅時に生じさせるポリヌクレオチドの頻度のばらつきとの間に格別の差違が生じているわけではないことからも明らかであり、ましてや、３０％以下又は７０％以上のＧＣの割合を満たすポリヌクレオチドがポリヌクレオチドライブラリ中に３０％含まれていれば集団におけるポリヌクレオチドの頻度に差を生じさせないとはいえる根拠を何ら見いだすことができない。 したがって、実施例５において図１８として、ＤＮＡポリメラーゼを用いて６または２０ＰＣＲサイクルのいずれかで増幅し、集団におけるポリヌクレオチドの頻度を、これらの２つの条件間で比較した場合に、３０％以下又は７０％以上のＧＣの割合を１００％満たし、かつ詳細は明らかではないが特定の組成からなるポリヌクレオチドライブラリと、３０％超で７０％未満のＧＣの割合を１００％満たし、かつ詳細は明らかではないが特定の組成からなるポリヌクレオチドライブラリとにおいてポリヌクレオチドの頻度に差が生じることが示されているとしても、詳細は明らかではない特定の組成を前提としない本願発明が「少なくとも５０００のポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」することで過剰増幅への影響が解消し、高い忠実性と低コストでの非常に効率的な化学的遺伝子合成におけるスケーラビリティ、自動化、速度、精度、およびコストの点での本願課題が解決すると解することはできない。 したがって、実施例５の記載によっては、本願課題を解決できたと解することはできない。 イ 上記１の（６）～（８）は実施例６に関する記載である。 合成対象となったポリヌクレオチドは、シリコンプレート上の遺伝子座とクラスタの数を踏まえると、その合計は５０００の約６倍にあたる３０９７６（＝１２１×２５６）であって、ポリヌクレオチド数の観点ではアで指摘したのと同様の問題がある。また、【０２０４】、【０２０５】や、図１９、２０、２３の記載からは、ポリヌクレオチド増幅後のポリヌクレオチド頻度あたりのＧＣ含量の割合のプロット、ポリヌクレオチドの数対ポリヌクレオチドの頻度のプロットとこれらに関する説明が記載され、特に図１９では、増幅後のポリヌクレオチドにおいてＧＣ含量とポリヌクレオチド頻度との関係が増幅前と比較して大きく異なることは理解できるが、アで述べたことと同じ理由から、「少なくとも５０００のポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」することでポリヌクレオチド増幅にともなう問題が解決できたと解することのできる記載ではない。 したがって、実施例６の記載によっては、本願課題を解決できたと解することはできない。 ウ 上記１の（９）～（１１）は実施例７に関する記載である。 実施例７はライブラリに含まれるポリヌクレオチドの数が５０００の約２．５倍にあたる１３０００であって、ポリヌクレオチド数の観点ではアで指摘したのと同様の問題がある。また、【０２０７】や図２１Ａ～ＥにはＧＣ含量を変化させた状態でポリヌクレオチドを増幅させた結果が記載されており、ＧＣ含量が均一の場合と比較して、高いＧＣ含量あるいは低いＧＣ含量を増加させた場合、増幅後に増加させた部分のポリヌクレオチド頻度が増加することが理解できるものの、発明の詳細な説明の記載では具体的に高いＧＣ含量あるいは低いＧＣ含量にあたる部分をどの程度増加すれば望ましいポリヌクレオチド頻度となるのかは記載されておらず、図面の記載をみてもこの点が明らかではない。またアで述べたことと同じ理由から、「少なくとも５０００のポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」することでポリヌクレオチド増幅にともなう問題を解決できたと解することはできない。 したがって、実施例7の記載によっては、本願課題を解決できたと解することはできない。 エ 上記１の（１２）～（１３）は実施例８に関する記載である。 実施例８はライブラリに含まれるポリヌクレオチドの数が５０００の４倍にあたる２００００であって、ポリヌクレオチド数の観点ではアで指摘したのと同様の問題がある。また、【０２０９】では「実施例７の一般的方法を使用してＧＣを平衡にし、そして構造上で合成した」こと、「ライブラリはまた、ＧＣ含量の分散を通じて均一性を示し、複製を通じて高い一致を有し（図２７）、雑音にさらされる末尾に少数のポリヌクレオチドを有した」ことが記載されているが、ＧＣ含量ごとの複製結果が示されているわけではないため、ライブラリに関して「少なくとも５０００のポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」したと判断できず、またアで述べたことと同じ理由から、上記記載によって本願課題を解決できたと解することはできない。 したがって、実施例８の記載によっては、本願課題を解決できたと解することはできない。 オ 上記１の（１４）～（１５）は実施例９に関する記載である。 実施例９はライブラリに含まれるポリヌクレオチドの数が５０００の約２倍にあたる９９９６であって、ポリヌクレオチド数の観点ではアで指摘したのと同様の問題がある。また、高ＧＣの配列や低ＧＣの配列において、ＤＮＡポリメラーゼによってＰＣＲでの増幅後における過剰表示や提示不足がみられる場合とみられない場合の双方が存在していることが記載されているものの、アで述べたことと同じ理由から、「少なくとも５０００のポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」することだけで過剰表示や提示不足への影響が解消すると理解できる内容ではない。 したがって、実施例９の記載によっては、本願課題を解決できたと解することはできない。 カ 上記１の（１６）～（１７）は実施例１０に関する記載である。 実施例１０は実施例９のポリヌクレオチドライブラリを使用し、種々のＤＮＡポリメラーゼ酵素での増幅によって導入されたバイアスを調査したものであって、実施例９に関し上記オで指摘した点は同様であると考えられるほか、ＤＮＡポリメラーゼ２での増幅と比較して、ＤＮＡポリメラーゼ１での増幅後にドロップアウトしたものが多くあることが具体的な試験結果とともに記載されており、「少なくとも５０００のポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」することだけで過剰表示や提示不足への影響が解消すると理解できる内容ではない。 したがって、実施例１０の記載によっては、本願課題を解決できたと解することはできない。 キ 上記１の（２１）～（２２）は実施例１４に関する記載であり、（１８）は実施例１４で引用する実施例１１に関する記載である。 （ア） 実施例１４は「７０，０００の非同一のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド標的ライブラリ（プローブライブラリ）」を実施例１１の一般的方法を使用して制御されたＧＣによって、構造上で設計して合成したものであって、ポリヌクレオチド数の観点ではアで指摘したのと同様の問題がある。 （イ） シーケンシング後の読み取り分布が図３４に示されているが、ＧＣの割合が１０％から３０％である場合と７０％から９０％である場合が読み取り状況に対しどのように影響したのかが示されていない。 （ウ） 図３５Ａと図３５Ｂをみると、縦軸が「読み取り深度（Ｘ回の読み取り）」、横軸が「標準化された％塩基」とされており（「１０－３０％ ＧＣ」等の記載を底部においた図として説明している。）、上記１の（２１）の「ＧＣビン標的カバー率は、図３５Ａと図３５Ｂに示される」との記載も考慮すると、横軸は塩基の出現頻度を百分率で示したものと理解できる。そして、それぞれが「１０－３０％ ＧＣ」、「＞３０－５０％ ＧＣ」、「＞５０－７０％ ＧＣ」、「＞７０－９０％ ＧＣ」というＧＣ含量別に、及び、それぞれが「ライブラリ２」と「コンパレータ（アレイベースのライブラリ）」別に記載されている。 また、「図面の簡単な説明」の図３５Ａ～Ｂに関する記載は「１０～３０％、および３０～５０％のＧＣ含量を有する標的」や「５０～７０％より大きい、および３０～５０％より大きいＧＣ含量を有する標的」に関するものであり、ＧＣ含量の範囲を区切った場合の、それぞれにおける読み取り深度の分布を示すことは理解できるものの、特に「１０－３０％ ＧＣ」及び「＞７０－９０％ ＧＣ」にあたる部分がライブラリ全体からみてどの程度の割合を示した場合に、適切な読み取り深度を達成できるのかという点は依然として不明であるから、「合成ポリヌクレオチドライブラリ」に含まれる「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」することを示すものであることを示すことが理解できるようには記載されたものと理解することができない。 （エ） 上記（ア）～（ウ）で検討したとおりであるから、実施例１４の記載によっては、本願課題を解決できたと解することはできない。 （３） 実施例以外の、発明の詳細な説明の記載に基づく判断 発明の詳細な説明のうち、実施例以外の部分で「合成ポリヌクレオチドライブラリは少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドを含」むこと、及び、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」することに関して記載されているのは上記１の（１）～（２）であるが、「合成ポリヌクレオチドライブラリは少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドを含」み、かつ、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」する場合に本願課題を解決できたと当業者が理解できる記載は、上記１の（１）～（２）のいずれにもみられない。 したがって、上記１の（１）～（２）の記載によっても、本願課題を解決できたと解することはできない。 （４） 小括 上記（１）～（３）で検討したとおり、本願の発明の詳細な説明をみても、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドを含」み、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」する「合成ポリヌクレオチドライブラリ」により、本願課題が解決できたと当業者が認識する記載があったとはいえず、また、ライブラリに含まれるポリヌクレオチドの数が少なければ少ないほど、ゲノムのカバー率や読み取り深度の倍率を高めることは困難になる一方、ライブラリに含まれるポリヌクレオチドの数が多ければ多いほど、ゲノムのカバー率や読み取り深度の倍率が高まるものの、コストや速度等の課題に反するという、ゲノムＤＮＡシーケンシングにおける技術常識を踏まえてもこの点は同様である。 したがって、本願発明は、発明の詳細な説明において、発明の課題が解決できることを当業者が本願出願時において認識できるように記載された範囲のものとはいえないから、本願は特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たすものとはいえない。 ３ 請求人の主張について （１） 本願発明に関して、請求人は、令和７年１月１５日付け上申書において、当審が検討した上記２の点のほか、以下のア～ウの旨を主張して、本願が特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たすことは明らかであると主張する。 ア 【００２５】や【００７３】にも記載されるように、標的配列の望ましい割合にわたって許容可能な読み取り数で実験結果を得るために必要な合計読み取り数が少なくなるため、標的核酸配列の１００％をカバーすると１塩基あたり５５読み取りになることが予想される場合、本発明に係る合成ポリヌクレオチドライブラリは、１塩基あたり３０読み取りでフラグメントの９０％をカバーすることを可能にし、本発明に係る合成ポリヌクレオチドライブラリは、下流のシーケンシングの効率を高める。 イ 実施例１２は、標的サンプルの塩基の９０％に対して、塩基あたり３０回の読み取り（読み取り深度３０倍）のみを使用して、理論上の読み取り深度５５倍を達成できる例示的なライブラリの能力を示しており、「均一性の問題を補うために必要とされる」過剰シーケンスが回避され、シーケンスカバレッジを高めるために必要な読み取り数が少なくなるため、例示的なライブラリではシーケンススループットも高速化された。 ウ 修正後の請求項１には、低ＧＣ含有量および高ＧＣ含有量のポリヌクレオチドが少なくとも３０％含まれたライブラリが記載されており、これは１０％を超えているところ、実施例１４では、合成ポリヌクレオチドライブラリの１０％を超える低ＧＣ含有量および高ＧＣ含有量のポリヌクレオチドの頻度を持つ例示のライブラリが、過剰シーケンスを必要とせずに、より高い読み取り深度を達成できることが立証されており、精度およびシーケンシングカバレッジが向上し、スループットが向上することが示されている。 （２） しかしながら、上のような請求人の主張ア～ウはいずれも採用することができない。その理由はそれぞれ以下のア～ウのとおりである。 ア 「標的核酸配列の１００％をカバーすると１塩基あたり５５読み取りになることが予想される場合、本発明に係る合成ポリヌクレオチドライブラリは、１塩基あたり３０読み取りでフラグメントの９０％をカバーすることを可能に」するとの主張に関し、請求項１の記載をみても「１塩基あたり５５読み取り」、「１塩基あたり３０読み取りでフラグメントの９０％をカバー」といった内容は含まれておらず、本願発明の発明特定事項に基づく主張ではない。 イ 上記１の（１９）～（２０）に記載のある実施例１２をみると、ライブラリに含まれるポリヌクレオチドの数が明示されず、「エクソームプローブライブラリは、実施例１１の一般的方法を使用して合成され、試験された。化学量論的な修飾を多数、繰り返し、結果として制御された化学量論プローブライブラリ、ライブラリ１を得た。」と記載されるのみである。また、上記１の（１８）に記載のある実施例１１をみると、「１つ以上の遺伝子エクソンとオーバーラップする最大３７０，０００以上の非同一のポリヌクレオチドを含むライブラリ（プローブライブラリ）を標的とする第１のポリヌクレオチドｃＤＮＡは、実施例３からの一般的方法を使用して、ホスホラミダイト化学作用によって構造上で設計され、合成される。」と記載されており、ライブラリに含まれるポリヌクレオチドの数は明記されておらず不明である。他に記載されている数値を考慮した場合でも、挙げられているのは実施例１１にある「最大３７０，０００以上」という、５０００よりははるかに大規模であることが理解できるもののみである。加えて、実施例１１や１２には使用されたライブラリのＧＣ含量に関しても明記がなく、不明である。 そうすると、読み取り深度に関する結果に基づく請求人の主張をみても、実施例１２の試験結果から、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドを含」み、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」する「合成ポリヌクレオチドライブラリ」にまで拡張ないし一般化できたと解することのできる事情があるとはいえず、本願課題が解決できたと解することはできない。 ウ 実施例１４では、合成ポリヌクレオチドライブラリの１０％を超える低ＧＣ含有量および高ＧＣ含有量のポリヌクレオチドの頻度を持つ例示のライブラリが、過剰シーケンスを必要としないと主張するが、実施例１４は「７０，０００の非同一のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド標的ライブラリ（プローブライブラリ）」を用いたものであり、その１０％は７，０００の非同一のポリヌクレオチドであって、本願発明の「合成ポリヌクレオチドライブラリ」のポリヌクレオチド数の下限である「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチド」をも上回る大量のポリヌクレオチドを用いた試験結果であるから、「少なくとも５０００の２本鎖ポリヌクレオチドの少なくとも３０％が、１０％から３０％又は７０％から９０％のＧＣの割合を有」する場合に本願課題を解決できたと解することはできない。 また、図３５Ａや図３５Ｂで示されている内容が、低ＧＣ含有量および高ＧＣ含有量のポリヌクレオチドの頻度を持つ例示のライブラリが、コンパレータエクソーム濃縮キットを用いたライブラリと比較することで、過剰シーケンスを必要とせずに、より高い読み取り深度を達成できることが立証されていると解しうるに足る具体的な根拠は示されていない。 仮に図３５Ａや図３５Ｂにそれが示されているといえるとしても、図３５Ａや図３５Ｂで示されている内容は、３０％以下又は７０％以上のＧＣの割合を満たすポリヌクレオチドのみによって構成されたポリヌクレオチドライブラリに係るものであると認められるところ、本願発明の発明特定事項のとおり、３０％以下又は７０％以上のＧＣの割合を満たすポリヌクレオチドがポリヌクレオチドライブラリ中に３０％含まれていれば過剰シーケンスを必要とせずに、より高い読み取り深度を達成できることが立証されているとする根拠は何ら見いだすことができない。 第５ むすび 以上のとおり、本願は、請求項１に係る発明について、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしておらず、特許を受けることができないものである。 したがって、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。 よって、結論のとおり審決する。