2022-018073

特願２０２０－５１０１１５「ダイナミックヒト重鎖抗体ライブラリー」拒絶査定不服審判事件〔平成３１年 ２月２８日国際公開、ＷＯ２０１９／０３６８４２、令和 ２年１２月２４日国内公表、特表２０２０－５３７６３２〕について、次のとおり審決する。

結 論 本件審判の請求は、成り立たない。

理 由 理 由 第１ 手続の経緯 本願は、平成２９年 ８月２１日を国際出願日とする特許出願であって、その手続の概要は、以下のとおりである。 令和 ２年 ８月２１日 ：手続補正書の提出 令和 ３年 ９月 ９日付け：拒絶理由通知書 令和 ４年 ３月１４日 ：手続補正書の提出 令和 ４年 ３月１８日 ：上申書の提出 令和 ４年 ７月 ６日付け：拒絶査定 令和 ４年１１月１０日 ：審判請求書の提出 令和 ６年 １月 ９日付け：拒絶理由通知書 令和 ６年 ６月１８日 ：意見書・手続補正書の提出 （以下、令和６年６月１８日提出の手続補正書による手続補正を 「本件補正」という。） 第２ 本願発明 本願の請求項１に係る発明（以下「本願発明」という。）は、本件補正により補正された特許請求の範囲の請求項１に記載された事項により特定される、次のとおりのものである。（下線は補正箇所である。） 「 【請求項１】 ポリヌクレオチドメンバーを含むライブラリーであって、全てのポリヌクレオチドメンバーは、ＦＷ１－ＨＶＲ１－ＦＷ２－ＨＶＲ２－ＦＷ３－ＨＶＲ３－ＦＷ４の順序で配置された、３つのＨＶＲ領域及び４つのＦＷ領域から構成される抗体重鎖可変領域をコードし、 ポリヌクレオチドメンバーの少なくとも１つは下記のＨＶＲ－Ｈ１及びＨＶＲ－Ｈ２を含む抗体重鎖可変領域をコードし、 前記ＨＶＲ－Ｈ１は、 （式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）； （式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び （式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、 前記ＨＶＲ－Ｈ２は、 （式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）； （式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）； （式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）； （式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）； （式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）； （式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び （式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、 ライブラリーが、抗体軽鎖可変領域をコードする少なくとも１のポリヌクレオチドを更に含む、 ライブラリー。」 第３ 当審における拒絶の理由 令和 ６年 １月 ９日付けで当審が通知した拒絶理由の理由２、４の概要は、次のとおりのものである。 １ 理由２（サポート要件） 本件補正前（令和４年３月１４日提出の手続補正書）の特許請求の範囲の請求項１～２４に記載された発明は、 本願明細書は、ライブラリー全体のうちのいずれか１のポリヌクレオチドがコードする抗体重鎖可変領域においてＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２として特定のアミノ酸配列を含むものであれば、残りの全てのポリヌクレオチドがコードする抗体重鎖可変領域がこれら特定のアミノ酸配列と無関係なライブラリーであっても、発明の課題が解決できることを当業者が認識できるように記載されているものとはいえないから、本願は特許請求の範囲の記載が、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件（サポート要件）を満たしていない。 ２ 理由４（明確性） 請求項１には「ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２及びＨＶＲ－Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域」が記載されている。 「ＨＶＲ－Ｈ１」、「ＨＶＲ－Ｈ２」、「ＨＶＲ－Ｈ３」はＫａｂａｔ定義に基づく相補性決定領域（ＣＤＲ）に係る技術常識を参酌できない独自のものである一方で、それらが重鎖可変領域のうち特殊なフレームワークとの関係でいずれに位置するかは特許請求の範囲において定義されておらず、「ＨＶＲ－Ｈ１」、「ＨＶＲ－Ｈ２」、「ＨＶＲ－Ｈ３」は、それぞれ重鎖可変領域のうちのいかなる部分を指しているか明らかでない。 よって、請求項１に係る発明は明確でない。 請求項１を引用する請求項２～２４に係る発明、および請求項２５に係る発明についても同様である。 第４ 当審の判断 １ 理由２（サポート要件）について （１） 本願発明の詳細な説明の記載事項 発明の詳細な説明には、次の事項が記載されている。 （ア） 「【発明の詳細な説明】 【技術分野】 【０００１】 本開示は、抗体重鎖（例えば、ダイナミックヒト抗体の重鎖）をコードする合成ポリヌクレオチドを含有するライブラリー、ならびにそれに関する抗体重鎖、抗体、細胞、動物、方法、及びキットに関する。 【背景技術】 【０００２】 モノクローナル抗体は、生物学的研究、医学的診断、及び医薬品を含む、様々な分野で非常に有用なものとなった。その潜在的な結合特異性の多様性により、有益な特異性及び能力を持つ抗体ができる。しかしながら、この多様性のために、膨大な数の抗体をスクリーニングして、所望の特性を有する１つ以上の抗体を特定するのは、困難であり、手のかかるものである。 【０００３】 目的の抗体を特定する１つの方法は、クローニングしたＢ細胞配列のライブラリー、ファージディスプレイライブラリー、酵母ディスプレイライブラリーなどの抗体ライブラリーをスクリーニングすることである。これらのライブラリーにより、多数のユニーク抗体配列を表す多数の抗体をスクリーニングして、目的の特異的性質、例えば、特定の標的への結合、結合親和性、選択性などを有する抗体を特定することができる。しかしながら、現在のライブラリーには、特定の制限がある。ヒトＢ細胞レパートリーなどの生物源に由来するライブラリーは、その生物源からクローニングすることができる抗体配列に限られる。合成ライブラリーは、生物学的に得られたライブラリーと比較して、非天然配列を含み得るが、これについても、特定の時間枠で合成することができる抗体の量という制限がある。更に、非常に大きなライブラリーには、より多くの時間と、網羅的なスクリーニングアプローチが必要であり、そうでなければ、目的の抗体について、ライブラリーのごく一部しか実際にスクリーニングすることができない。 【０００４】 したがって、潜在的に機能関連性の高いダイナミック抗体を設計及び構築するために、明確に定義された開発可能な配列プロファイルを有する、十二分な一連のダイナミックユニットを含有するダイナミック抗体ライブラリーの開発が必要とされている。そのようなライブラリーは、ライブラリー中の抗体上の抗体結合部位の多様性だけでなく、所与の抗原上の新規エピトープ及び／または立体構造エピトープを備える抗体スクリーニングの効率も大きく改善させるだろう。更に、そのようなライブラリーにより、高い親和性及び開発可能性プロファイルを有する目的の特定の抗体が特定される可能性が高まるだろう。 【０００５】 本明細書で引用される全ての参考文献は、特許出願、特許公報、非特許文献及びＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔアクセッション番号を含め、それぞれの個々の参考文献が参照により援用されることが具体的かつ個別に示される場合と同様に、その全体が参照により本明細書に援用される。【発明の概要】 【０００６】 上記及び他の必要性を満たすために、本明細書で開示されるのは、ダイナミックヒト抗体を可能にする、重鎖超可変領域（ＨＶＲ）及び重鎖可変領域（例えば、ＶＨ領域）などの抗体配列である。これらの配列は、高い能力で標的に結合し、及び／または複数の有用なエピトープを認識し、及び／または低い配列同一性（およそ６０％以下の配列同一性）で異なる種間で共有されるエピトープと交差反応することができる、柔軟性の高いＨＶＲ配列ループを有する抗体ができるように設計された。有利には、これらの抗体配列により、より小さなライブラリーでありながら、多数の有用な抗体を含有し、及び／または所与のライブラリーサイズで多様性がはるかに大きいライブラリーの作製が可能となる。そのようなライブラリーは、広範囲の標的に特異的である目的の新規抗体、またはいくつかの場合では、目的の複数の標的と交差反応する新規抗体を特定するために使用することができる。更に、新たに特定されたダイナミックユニットを使用して、物理的にコンパクトなライブラリーで抗体結合部位の幅広い立体構造の柔軟性を把握する、ダイナミック抗体ライブラリーを設計及び構築するための新しい概念及び方法論が、本明細書で紹介され、実施される。更に、そのような抗体を使用した結果（以下に記載）は、これらのライブラリーから、配列同一性の低い（例えば、６０％～７０％未満の）異種由来の所与の抗原上の立体構造エピトープ及び／または進化的に保存された部位を標的とする抗体が特定できることを浮き彫りにしている。」 （イ） 「【発明を実施するための形態】 【００６８】 本開示は、抗体重鎖（例えば、ダイナミックヒト抗体の重鎖）をコードする合成（例えば、非天然）ポリヌクレオチドを含有するライブラリーを提供する。有利には、本明細書で開示される抗体重鎖は、目的の複数の基質に対するより効果的な基質結合及び／または特異性を得るための柔軟性の高いループを生成するように設計されたＨＶＲ配列を含む。これらのＨＶＲ配列により、既存の技法よりも広いエピトープカバレッジを有する、より小さな抗体ライブラリーの作製が可能となる。」 （ウ） 「【実施例】 【０１７０】 本開示は、以下の実施例を参照することによって、より十分に理解されるであろう。しかしながら、実施例は、本開示の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。本明細書に記載される実施例及び実施形態は、例示のみを目的にするものであり、それらを考慮した様々な変形または変更が当業者に想起され、本出願の趣旨及び範囲ならびに添付の特許請求の範囲内に含まれることを理解されたい。 【０１７１】 実施例１：超可変領域のダイナミックモチーフ最小セットの特定 抗体可変ドメインの可変性を構造レベルで理解するために、抗体可変ドメインの幾何学的アラインメントをマッピングし、更に、その幾何学的アラインメントに基づいて、構造エントロピー及び配列エントロピーを計算するアルゴリズムを開発した。そのようなアプローチを取ることは、よく確立されたＶ（Ｄ）Ｊ遺伝子再構成プロセスによって決定される抗体多様性の古典的理論を、ダイナミックユニットによる立体構造多様性（Ｌｉｎｕｓ Ｐａｕｌｉｎｇによる鋳型指向立体構造選択；例えば、Ｊａｍｅｓ，Ｌ．ａｎｄ Ｔａｗｆｉｋ，Ｄ．“Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ－ａ ６０－ｙｅａｒ－ｏｌｄ ｈｙｐｏｔｈｅｓｉｓ ｒｅｖｉｓｉｔｅｄ”，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｃｉ．２００３ Ｊｕｌ；２８（７）：３６１－８参照）と組み合わせて併用し、抗体結合部位の選択及び適合によって、ほぼ無限のエピトープ空間のサンプリングを可能にするものである。一例として、本アルゴリズムを使用して、１１３のヒト抗体可変重鎖ドメインの高解像度結晶構造に関する構造及び配列の可変性を解析した。可変重鎖ドメインの全ての位置について、エントロピーを計算し、それをプロットした（図１Ａ；構造エントロピーは太線、配列エントロピーは点線）。幾何学的アラインメントに基づいた構造エントロピー及び配列エントロピーの計算によって得られた結果を使用して、超可変（ＨＶＲ）領域を特定し、これらの可変領域上の重要な位置を特定した。比較のために、例示的な抗体重鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ（上記の方法によって定義）及びＣＤＲ（Ｋａｂａｔによって定義）を特定した（図１Ｂ）。 【０１７２】 興味深いことに、構造アラインメントによって評価された可変性は、配列アラインメントで観察された可変性よりも概して低かった。構造アラインメントによって評価した場合、可変性は概して低かったが、劇的な構造変化を伴う部位／領域は多数あり、これらの可変部位が抗体機能に重要な役割を果たす可能性が示唆される。更に、これらの超可変領域のいくつかは、複数の立体構造を持ち、高い柔軟性を示した。可変性の高い残基領域の特定により、新しい抗体設計に活用できる、抗体可変ドメインの保存及び可変性に関するより包括的な全体像が得られた。このダイナミックモチーフの特定により、少ないアミノ酸配列数で広範囲な構造多様性をカバーすることが可能になった。抗体設計に対するこのアプローチの驚くべき利点は、より限定された数のダイナミックモチーフを可変領域に利用して広範囲の抗体構造多様性をカバーし、目的の複数の抗原への結合を可能にし得る幅広い柔軟性をこれらの抗体に提供できることであった。したがって、ダイナミック重鎖ライブラリーは、不変残基には単一のヒト生殖細胞系列配列またはヒト生殖細胞系列由来配列を使用して構築したが、超可変領域のＨＶＲ＿Ｈ１及びＨＶＲ＿Ｈ２には限定された数のダイナミックモチーフ（１０６、１０１０またはそれ以上と比べて）を使用することで、これらの２つの領域で特定された広範囲の構造可変性を把握した。 【０１７３】 実施例２：共通重鎖ライブラリーの構築 重鎖ライブラリーの構築 重鎖ライブラリーの構築を開始するために、可変領域ＨＶＲ－Ｈ１について、表２に示される式に基づき、３グループの縮重オリゴを設計し、１１２のユニークＨＶＲ－Ｈ１配列を得た。可変領域ＨＶＲ－Ｈ２については、表２に示される式に基づき、７グループの縮重オリゴを設計し、５６５のユニークＨＶＲ－Ｈ２配列を得た。合成した縮重オリゴを、次のプロトコルにより、二本鎖ＤＮＡに変換した。０．７５μＬの０．２μＭ鋳型オリゴを、１０μＬの５ｘ ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭフォワードプライマー、１μＬの１００μＭリバースプライマー、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ ＨＳ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び３３μＬの水と混合した。ＰＣＲ溶液を９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で６秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。ＶＨ＿ｖｒ１は、プライマーペアＦ＿１９９９（ＣＧＴＴＴＧＴＣＣＴＧＴＧＣＡＧＣＴＴＣＣＧＧ）（配列番号２１１）及びＲ＿１９９９（ＣＧＡＧＧＣＣＣＴＴＡＣＣＣＧＧＧＧＣＣＴＧＡＣＧ）（配列番号２１２）を使用して増幅し、一方、ＶＨ＿ｖｒ２は、プライマーペアＦ＿２００３（ＣＣＧＧＧＴＡＡＧＧＧＣＣＴＣＧＡＧＴＧＧ）（配列番号２１３）及びＲ＿２００３（ＧＡＧＣＡＣＧＴＣＣＧＴＴＣＧＡＡＴＴＧＴＣＧＣＧＡＣＴＴＡＴＡＧ）（配列番号２１４）を使用して増幅した。 【０１７４】 二本鎖のＶＨ＿ｖｒ１及びＶＨ＿ｖｒ２を、その５’末端または３’末端にある重複配列を介して結合させた。使用したプロトコルは、次のとおりであった。２０ｎｇのＶＨ＿ｖｒ１及び２０ｎｇのＶＨ＿ｖｒ２鋳型を、１０μＬの５ｘ ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭ Ｆ＿１９９９プライマー、１μＬの１００μＭ Ｒ＿２００３プライマー、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ ＨＳ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び水（最大５０μＬ）と混合し、その混合物を、９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で１０秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。次いで、これらのＰＣＲフラグメントをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、ＢｓｐＥＩ及びＢｓｔＢＩ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で消化し、その後、同じ２つの酵素で消化したフィルターベクターＦＴＶ０１４にクローニングした。このライゲーション混合物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収した。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＨ－ｖｒ１２を構成した。 表２：ＨＶＲ－Ｈ１及びＨＶＲ－Ｈ２設計バリアント配列の式 ［図：0001422785000001.jpg］ ［図：0001422785000002.jpg］ 【０１７５】 次のプロトコルにより、１０５に近い配列多様性を有するＶＨ＿ｖｒ３をコードする数百の縮重オリゴを設計し、合成し、二重鎖ＤＮＡに変換した。０．７５μＬの０．２μＭ鋳型オリゴを、１０μＬの５ｘ ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭフォワードプライマー、１μＬの１００μＭリバースプライマー、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ ＨＳ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び３３μＬの水と混合した。ＰＣＲ溶液を９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で６秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。フォワードプライマーは、Ｓ１０８９（ＡＣＡＡＣＴＧＡＡＣＡＧＣＴＴＡＡＧＡＧＣＴＧＡＧＧＡＣＡＣＴＧＣＣＧＴＣＴＡＴＴＡＴＴＧ）（配列番号２１５）であり、リバースプライマーは、Ｓ１０９０（ＧＡＧＧＡＧＡＣＧＧＴＧＡＣＴＡＧＴＧＴＴＣＣＴＴＧＡＣＣＣＣＡ）（配列番号２１６）であった。次いで、得られた合成ＤＮＡをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、ＡｆｌＩＩ及びＳｐｅＩ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で消化し、その後、同じ２つの制限酵素で消化したフィルターベクターＦＴＶ０１２にクローニングした。このライゲーション混合物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収した。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＨ－ｖｒ３を構成した。 【０１７６】 全長ＶＨライブラリーを組み立てるために、精製したＶＨ－ｖｒ３ライブラリープラスミド混合物をＡｆｌＩＩ及びＳｐｅＩ（ＮＥＢ）で消化し、ｖｒ３コードフラグメントをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、同じ２つの制限酵素で消化したＶＨ－ｖｒ１２ライブラリープラスミド混合物にクローニングした。ライゲーション産物を脱塩した後（ＱＩＡｑｕｉｃｋ（登録商標）ＰＣＲ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ））、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）を実施した。ＲＣＡは、以下のように実施した。４０ｎｇのライゲーション産物を、１０μＬの１０ｘ ＮＥＢｕｆｆｅｒ４、５０μＬの１００μＭ ｐｄ（Ｎ）８、及び水（最大８８．５μＬ）と混合し、９５℃で３分間加熱し、１サイクルずつ１℃下がる６５サイクル（各サイクル３０秒）でアニーリングした。１０μＬの１０ｍＭ ｄＮＴＰミックス、１μＬの１００×ＢＳＡ、及び０．５μＬのＰｈｉ２９ＤＮＡポリメラーゼを添加した後、アニーリングした反応物を３０℃で一晩インキュベートした。ＲＣＡ産物を最初にＮｏｔＩで消化し、ＤＮＡフラグメントを精製し（ＱＩＡｑｕｉｃｋ（登録商標）ＰＣＲ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ）、ＸｈｏＩで更に消化した。次いで、消化した産物をＴ４ ＤＮＡリガーゼ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）でライゲートした。エタノール沈殿による精製後、このライゲーション産物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行った。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＨ－ｖｒ１２３を構成した。これらのコンストラクトはそれぞれ同じフレームワーク領域、すなわち、ＦＷ－Ｈ１（配列番号１６５）、ＦＷ－Ｈ２（配列番号１６６）、ＦＷ－Ｈ３（配列番号１６７）、及びＦＷ－Ｈ４（配列番号１６８）を共有した。 【０１７７】 上記の２つの重鎖ライブラリーのプラスミド混合物をＰｖｕＩ及びＡｃｃ６５Ｉで消化し、同じ２つの制限酵素で同じく消化したファージミドベクターＦａｄ４０にライゲートした。このライゲーション混合物を用いて、ＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、得られたライブラリーを精製し、定量し、完全なファージミドライブラリーの組み立てのために保存した。 【０１７８】 ＶＬライブラリーの構築 軽鎖ライブラリーの構築を開始するために、可変領域ＶＬ＿ｖｒ１及びＶＬ＿ｖｒ２のそれぞれについて、縮重オリゴ１８グループ及び定義済みオリゴ５つを設計した。これらを、次のプロトコルにより二本鎖ＤＮＡに変換した。０．７５μＬの０．２μＭ鋳型オリゴを、１０μＬの５ｘ ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭフォワードプライマー、１μＬの１００μＭリバースプライマー、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ ＨＳ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び３３μＬの水と混合した。ＰＣＲ溶液を９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で６秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。ＶＬ＿ｖｒ１は、プライマーペアＦ＿２８９８（ＴＡＣＴＴＡＴＧＴＡＧＧＣＧＡＴＣＧＧＧＴＣＡＣＣＡＴＣＡＣＣＴＧＣ）（配列番号２１７）及びＲ＿２８９８（ＣＧＧＡＧＣＴＴＴＴＣＣＴＧＧＴＴＴＣＴＧＴＴＧＡＴＡＣ）（配列番号２１８）を使用して増幅し、一方、ＶＬ＿ｖｒ２は、プライマーペアＦ＿２０１３（ＧＡＡＡＣＣＡＧＧＡＡＡＡＧＣＴＣＣＧＡＡＧ）（配列番号２１９）及びＲ＿２０１３（ＣＧＴＣＣＣＧＧＡＡＣＣＧＧＡＴＣＣＡＧＡＧＡＡＧＣＧＡＧ）（配列番号２２０）を使用して増幅した。 【０１７９】 二本鎖のＶＬ＿ｖｒ１及びＶＬ＿ｖｒ２を、その５’末端または３’末端にある重複配列を介して結合させた。使用したプロトコルは、次のとおりであった。２０ｎｇのＶＬ＿ｖｒ１及び２０ｎｇのＶＬ＿ｖｒ２鋳型を、１０μＬの５ｘ ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭ Ｆ＿２８９８プライマー、１μＬの１００μＭ Ｒ＿２０１３プライマー、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ ＨＳ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び水（最大５０μＬ）と混合し、その混合物を、９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で１０秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。次いで、これらのＰＣＲフラグメントをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、ＰｖｕＩ及びＢａｍＨＩ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で消化し、その後、同じ２つの酵素で消化したフィルターベクターＦＴＶ０１５にクローニングした。このライゲーション混合物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収した。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＬ－ｖｒ１２を構成した。 【０１８０】 次のプロトコルにより、ＶＬ＿ｖｒ３をコードする縮重オリゴを２２グループ設計し、合成し、二本鎖ＤＮＡに変換した。０．７５μＬの０．２μＭ鋳型オリゴを、１０μＬの５ｘ ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭフォワードプライマーＦ２９２９（ＡＣＣＡＴＣＡＧＣＡＧＴＣＴＧＣＡＧＣＣＧＧＡＡＧＡＣＴＴＣＧＣＡＡＣ）（配列番号２２１）、１μＬの１００μＭリバースプライマーＲ２９２９（ＧＡＴＣＴＣＣＡＣＣＴＴＧＧＴＡＣＣＣＴＧＴＣＣＧＡＡ）（配列番号２２２）、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ ＨＳ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び３３μＬの水と混合した。ＰＣＲ溶液を９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で６秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。次いで、ＶＬ＿ｖｒ３をコードする二本鎖ＤＮＡをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、ＰｓｔＩ及びＡｃｃ６５Ｉ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で消化し、その後、同じ２つの制限酵素で消化したフィルターベクターＦＴＶ０１３にクローニングした。このライゲーション混合物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収した。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＬ－ｖｒ３を構成した。 【０１８１】 全長ＶＬライブラリーを組み立てるために、精製したＶＬ－ｖｒ３ライブラリープラスミド混合物をＰｓｔＩ及びＡｃｃ６５Ｉ（ＮＥＢ）で消化し、ｖｒ３コードフラグメントをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ Ｇｅｌ Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、その後、同じ２つの制限酵素で消化したＶＬ－ｖｒ１２ライブラリープラスミド混合物にクローニングした。このライゲーション産物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収した。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＬ－ｖｒ１２３を構成した。次いで、制限酵素ＰｖｕＩ及びＡｃｃ６５Ｉを使用して、ライブラリープラスミドＶＬ－ｖｒ１２３のｖｒ１２３インサートをファージミドベクターＦａｄ４０に移した。Ｆａｄ４０－ｖｒ１２３を含有するライブラリーのサイズは、４＊１０７に達した。 【０１８２】 完全なダイナミックライブラリーの構築 ダイナミックライブラリーは、ＶＨ－ｖｒ１２３ライブラリーに由来する重鎖ライブラリーと、Ｆａｄ４０－ｖｒ１２３ライブラリーに由来する軽鎖ライブラリーとから構成された。ＶＨ－ｖｒ１２３ライブラリープラスミドとＦａｄ４０－ｖｒ１２３ライブラリープラスミドの両方をＢｓｐＥＩ及びＳｐｅＩ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で消化した。ＶＨ－ｖｒ１２３ライブラリーに由来する重鎖をコードするＤＮＡフラグメントを、Ｆａｄ４０－ｖｒ１２３ライブラリーに由来するベクター骨格にクローニングした。ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）前に、ライゲーション産物を脱塩した（ＱＩＡｑｕｉｃｋ（登録商標）ＰＣＲ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ））。ＲＣＡは、以下のように実施した。４０ｎｇのライゲーション産物を、１０μＬの１０ｘ ＮＥＢｕｆｆｅｒ４、５０μＬの１００μＭ ｐｄ（Ｎ）８、及び水（最大８８．５μＬ）と混合し、９５℃で３分間加熱し、１サイクルずつ１℃下がる６５サイクル（各サイクル３０秒）でアニーリングした。１０μＬの１０ｍＭ ｄＮＴＰミックス、１μＬの１００×ＢＳＡ、及び０．５μＬのＰｈｉ２９ＤＮＡポリメラーゼを添加した後、アニーリングした反応物を３０℃で一晩インキュベートした。ＲＣＡ産物を最初にＮｏｔＩで消化し、ＤＮＡフラグメントを精製し（ＱＩＡｑｕｉｃｋ（登録商標）ＰＣＲ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ）、Ａｃｃ６５Ｉで更に消化した。次いで、消化した産物をＴ４ ＤＮＡリガーゼ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）でライゲートした。エタノール沈殿による精製後、ライゲーション産物でＥＲ２７３８細胞をエレクトロポレーションによって形質転換した。プレートから合計１．４＊１０１０のコロニーを回収し（２ｘＹＴ、１％グルコース、１００μｇ／ｍＬのアンピシリン）、ＤＰＬ６ライブラリーを作製した。 【０１８３】 実施例３：目的の抗体を単離するための共通重鎖ライブラリーのスクリーニング ダイナミックライブラリーファージミド粒子の調製 抗原パンニングのためのダイナミックライブラリーファージミド粒子を調製するために、ダイナミックライブラリーを含むＥＲ２７３８細胞（上の実施例２に記載）５．０リットルを、０．１の開始ＯＤ６００で、２ｘＹＴ、２％グルコース、１００μｇ／ｍＬのアンピシリン及び１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリンを含む培地中に播種した。培養液を、２５０ｒｐｍで振盪しながら、０．６～０．８のＯＤ６００に達するまで、３７℃で成長させた。次いで、多重感染度（ＭＯＩ）１０で、３７℃で３０分間、細胞にＭ１３ＫＯ７ヘルパーファージを感染させた。感染したＥＲ２７３８細胞を、２ｘＹＴ、１００μｇ／ｍＬのアンピシリン及び５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む３．２リットルの培地中、２２℃で一晩、成長させた。次いで、培養上清を１０，０００ｒｐｍで１５分間、遠心分離によって回収し、０．４５μｍの低結合メンブレンフィルター（Ｃｏｒｎｉｎｇ）に通して濾過した。次いで、ＰＥＧ／ＮａＣｌを使用して、濾過した上清からファージミド粒子を沈殿させ、ＰＢＳ中に再懸濁した。ＰＥＧ／ＮａＣｌによる沈殿と、それに続くＰＢＳ中への再懸濁のラウンドを追加で実施した。ファージ濃度をＯＤ２６８の測定（ＯＤ２６８の１単位を約１＊１０１３ファージ粒子／ｍＬと仮定）によって決定し、プラークアッセイによって確認した。ライブラリーファージミド粒子を、２０％グリセロール中、－８０℃で保存した。 【０１８４】 ファージライブラリーパンニング １～３０μｇ／ｍｌの濃度の抗原タンパク質をＭａｘｉｓｏｒｐストリップ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号４４６４６９）上に４℃で一晩コーティングした。各ライブラリーに対して、複数の抗原ウェルを準備した。コーティングしたウェルを、まず、５％ミルク含有ＰＢＳを用いて、室温で１～２時間ブロッキングし、ＰＢＳで洗浄した。次いで、１，１００μＬ／ウェルのファージミド粒子溶液（典型的に、２％ミルク含有ＰＢＳ中、１～５＊１０１２個のファージ）を４つの平行ウェルに添加し、１～２時間インキュベートした。次いで、Ｔｗｅｅｎ ２０の濃度を上げながら（０．１％から０．３％）、ＰＢＳでウェルを数回洗浄し、最後にＰＢＳだけで洗浄した。結合したファージミド粒子を、１００μＬの０．２Ｍグリシン－ＨＣｌを用いて、室温で１０分間、ウェルから溶出した。溶出したファージを、直ちに、１８μＬの１Ｍ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌで中和した（ｐＨ９．１）。 【０１８５】 あるいは、ＫｉｎｇＦｉｓｈｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）により、Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（Ｍ２８０、ストレプトアビジン、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ番号６０２１０）を製造元の説明書に従って使用して、ファージミドライブラリーパンニングを実施した。３００μＬのＤｙｎａｂｅａｄｓをＰＢＳで洗浄し、ビオチン化した抗ヒトＦｃとともに、室温で２０分間、インキュベートした。次いで、ビーズを５％ＢＳＡのＰＢＳで、室温で１時間、ブロッキングした。Ｆｃ融合抗原（７０～１００ｐｍｏｌ）を１時間の室温でのインキュベーションによって捕捉した。次いで、ビーズをＰＢＳで１回洗浄し、１ｍＬのファージライブラリー溶液（典型的に、５％ＢＳＡ－ＰＢＳ中５＊１０１２～１＊１０１３個のファージ粒子）とともに１～２時間インキュベートした。次いで、ビーズをＰＢＳ／Ｔｗｅｅｎ（０．１％～０．３％）及びＰＢＳで数回洗浄し、結合したファージを、１００μＬの０．２Ｍグリシン－ＨＣｌを用いて、室温で１０分間、ビーズから溶出した。溶出したファージを、直ちに、１８μＬの１Ｍ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌで中和した（ｐＨ９．１）。抗原のそれぞれに対して、合計３ラウンドまたは４ラウンドのパンニングを実施し、１０倍を超える過剰量の精製ヒトＦｃを含めて、バックグラウンド結合を減らした。 【０１８６】 試験した抗原のいくつかについては、２ｍＬの抗原（１０～３０μｇ／ｍＬ）を使用して、イムノチューブを４℃で一晩コーティングした。ブロッキング、洗浄、及び溶出の各溶液の量は、必要に応じて増やした。 【０１８７】 濃縮したファージの増幅 溶出した濃縮ファージプールを次のように更に増幅した。溶出したファージミド粒子をＥＲ２７３８細胞に３７℃で３０分間、感染させた。次いで、感染細胞を、２％グルコース、１００μｇ／ｍＬのアンピシリン及び１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリンを含む２ｘＹＴ寒天プレート上に播種した。プレートからコロニーを回収し、１００ｍｌの２％グルコース、１００μｇ／ｍＬのアンピシリン及び１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリン中で成長させ、Ｍ１３ＫＯ７ヘルパーファージを感染させた。増幅したファージを上記プロセスによって精製及び定量した。通常、パンニングの最終ラウンド後に溶出したファージを使用してＥＲ２７３８細胞の感染を行い、得られたＥＲ２７３８コロニーを上清ＥＬＩＳＡスクリーニングアッセイのために採取した。 【０１８８】 上清サンドイッチＥｌｉｓａアッセイ 細菌上清中に存在するＦａｂを測定するために、高感度サンドイッチＥｌｉｓａアッセイを構築した。マイクロプレートをポリクローナル抗ヒトＩｇＧ（Ｆａｂ特異的）（Ｓｉｇｍａ Ｉ５２６０）でコーティングして、細菌上清中に存在するＦａｂを捕捉し、次いで、ＨＲＰ標識ヤギ抗ヒトＦｃを使用して、Ｆａｂの捕捉量を検出した。各ウェルのＡ４５０を測定して、Ｆａｂ結合活性を決定した。一次ヒットは、ＥＬＩＳＡシグナルがバックグラウンドの少なくとも２倍であるものと定義し、以下の実施例（実施例４）で更に特徴付けた。 【０１８９】 構築したライブラリーを用いて、１２のヒト標的（ＴＡＧＴ－１、ＴＡＧＴ－２、ＴＡＧＴ－３、ＴＡＧＴ－４、ＴＡＧＴ－５、ＴＡＧＴ－６、ＴＡＧＴ－７、ＴＡＧＴ－８Ｈ、ＴＡＧＴ－９、ＴＡＧＴ－１０Ｈ、ＴＡＧＴ－１１、及びＴＡＧＴ－１２）、及び２つの対応するマウス標的（ＴＡＧＴ－８Ｍ及びＴＡＧＴ－１０Ｍ）をスクリーニングした。これらの１４の抗原を用いて、合計６９０の親和性の高いユニークポジティブヒットが特定された。バリアントグループの大部分（表２）が、異なる標的抗原に結合する抗体、または２つの種間で交差反応する抗体（例えば、ＴＡＧＴ－８Ｈ及びＴＡＧＴ－８Ｍに結合）を形成することができた。確認されたバインダーのバリアントグループは、表２に示される設計バリアントグループのサブセットであった。設計バリアントの大部分が、確認されたバインダー中にも認められた（表３）。（表２の設計式と、表３のポジティブヒットの式を対比して参照されたい）。 表３：ポジティブヒットしたＨＶＲ－Ｈ１及びＨＶＲ－Ｈ２設計バリアント配列の式 ［図：0001422785000003.jpg］ ［図：0001422785000004.jpg］ 」 （２）本願発明が解決しようとする課題 本願の発明の詳細な説明には【発明が解決しようとする課題】の項目は存在しない。 そこで、【背景技術】、【発明の概要】及び【発明を実施するための形態】の記載より、本願発明が解決しようとする課題を検討すると、冒頭の【背景技術】欄の[０００４]には、「したがって、潜在的に機能関連性の高いダイナミック抗体を設計及び構築するために、明確に定義された開発可能な配列プロファイルを有する、十二分な一連のダイナミックユニットを含有するダイナミック抗体ライブラリーの開発が必要とされている。」と記載されている。そして【発明の概要】欄の［０００６］には、「これらの抗体配列により、より小さなライブラリーでありながら、多数の有用な抗体を含有し、及び／または所与のライブラリーサイズで多様性がはるかに大きいライブラリーの作製が可能となる。そのようなライブラリーは、広範囲の標的に特異的である目的の新規抗体、またはいくつかの場合では、目的の複数の標的と交差反応する新規抗体を特定するために使用することができる。」と記載されている。そして、【発明を実施するための形態】として、[００６８]に、「本開示は、抗体重鎖（例えば、ダイナミックヒト抗体の重鎖）をコードする合成（例えば、非天然）ポリヌクレオチドを含有するライブラリーを提供する。有利には、本明細書で開示される抗体重鎖は、目的の複数の基質に対するより効果的な基質結合及び／または特異性を得るための柔軟性の高いループを生成するように設計されたＨＶＲ配列を含む。これらのＨＶＲ配列により、既存の技法よりも広いエピトープカバレッジを有する、より小さな抗体ライブラリーの作製が可能となる。」と記載されている。 これら記載から、本願発明は、特異性を得るための柔軟性の高いループを生成するように設計されたＨＶＲ配列という手段を用いることで、潜在的に機能関連性の高いダイナミック抗体を設計及び構築するために、明確に定義された開発可能な配列プロファイルを有する、十二分な一連のダイナミックユニットを含有するダイナミック抗体ライブラリーを提供することを企図したものと解される。 したがって、本願発明が解決しようとする課題は、[０００４]、［０００６］、[００６８]の記載によれば、「潜在的に機能関連性の高いダイナミック抗体を設計及び構築するために、明確に定義された開発可能な配列プロファイルを有する、十二分な一連のダイナミックユニットを含有するダイナミック抗体ライブラリーの開発」であると認められる。 （３）サポート要件に係る判断について 発明の詳細な説明には、重鎖超可変領域（ＨＶＲ）及び重鎖可変領域（例えば、ＶＨ領域）などの抗体配列が開示され、これらの配列は、高い能力で標的に結合し、及び／または複数の有用なエピトープを認識し、及び／または低い配列同一性（およそ６０％以下の配列同一性）で異なる種間で共有されるエピトープと交差反応することができる、柔軟性の高いＨＶＲ配列ループを有するダイナミックヒト抗体ができるように設計されたものである旨、これらの抗体配列により、より小さなライブラリーでありながら、多数の有用な抗体を含有し、及び／または所与のライブラリーサイズで多様性がはるかに大きいライブラリーの作製が可能となった旨が記載されている（[０００６]）。 そして、このことを技術的に裏付ける実施例２及び実施例３として、可変領域ＨＶＲ－Ｈ１について、表２に示される式に基づき、配列番号１９８～２００までの３グループの縮重オリゴを設計し、１１２のユニークＨＶＲ－Ｈ１配列を得たこと、可変領域ＨＶＲ－Ｈ２については、表２に示される式に基づき、配列番号２０１～２０７までの７グループの縮重オリゴを設計し、５６５のユニークＨＶＲ－Ｈ２配列を得たこと（［０１７３］）、これらを結合させたライゲーション混合物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収し、ライブラリーＶＨ－ｖｒ１２を得たこと（［０１７４］）、構築したライブラリーを用いて、１２のヒト標的及び２つの対応するマウス標的を含む１４の抗原を用いてスクリーニングし、合計６９０の親和性の高いユニークポジティブヒットが特定され（［０１７３］）、バリアントグループの大部分（表２）が、異なる標的抗原に結合する抗体、または２つの種間で交差反応する抗体（例えば、ＴＡＧＴ－８Ｈ及びＴＡＧＴ－８Ｍに結合）を形成することができたこと（［０１８９］）が記載されている。 すなわち、可変領域ＨＶＲ－Ｈ１については、配列番号１９８～２００までの３グループの縮重オリゴを設計し、１１２のユニークＨＶＲ－Ｈ１配列を得、可変領域ＨＶＲ－Ｈ２については、配列番号２０１～２０７までの７グループの縮重オリゴを設計し、５６５のユニークＨＶＲ－Ｈ２配列を得、さらにこれらを結合させたライゲーション混合物、すなわち、１１２のユニークＨＶＲ－Ｈ１配列と５６５のユニークＨＶＲ－Ｈ２配列をランダムにライゲーションすることに生成された、数万通り又はそれ以上の多様性を持つ混合物を用いれば、合計６９０の親和性の高いユニークポジティブヒットが特定され、既存の技法よりも広いエピトープカバレッジを有する、十二分な一連のダイナミックユニットを含有するダイナミック抗体ライブラリーが得られることを理解することができる。 したがって、ライブラリーを構成する各ポリヌクレオチドメンバーが請求項１において定義された、ＨＶＲ－Ｈ１及びＨＶＲ－Ｈ２を含む抗体重鎖可変領域をコードする場合は、実施例２及び実施例３の記載より、上記（２）で示した課題を解決できることを当業者は認識できるといえる。 しかしながら、本願発明は、「ポリヌクレオチドメンバーの少なくとも１つは下記のＨＶＲ－Ｈ１及びＨＶＲ－Ｈ２を含む抗体重鎖可変領域をコードし」と規定されていることからも明らかなように、請求項１のＨＶＲ－Ｈ１及びＨＶＲ－Ｈ２を含まないポリヌクレオチドメンバー、例えば、ヒトＢ細胞レパートリーなどの生物源からクローニングすることができるポリヌクレオチドをポリヌクレオチドのその余のメンバーとして含むものである。 一方、発明の詳細な説明には、ＦＷ１－ＨＶＲ１－ＦＷ２－ＨＶＲ２－ＦＷ３－ＨＶＲ３－ＦＷ４の順序で配置された、３つのＨＶＲ領域及び４つのＦＷ領域から構成される抗体重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドメンバーの１つが上記１１２種類のＨＶＲ－Ｈ１のうちの１つ及び５６５種類のＨＶＲ－Ｈ２のうちの１つを含んでいれば、残りがそれ以外のポリヌクレオチドであったとしても、既存の技法よりも広いエピトープカバレッジを有する、十二分な一連のダイナミックユニットを含有するダイナミック抗体ライブラリーが得られたことを裏付ける記載は存在しない。 同様に、ライブラリー中の１つ程度のポリヌクレオチドメンバーが上記特定配列の組み合わせを含むとしても、直ちにその１つに対応する親和性の高いユニークポジティブヒットが得られたことや、抗原上の新規エピトープ及び／または立体構造エピトープを備える抗体スクリーニングの効率が大きく改善したことや、高い親和性及び開発可能性プロファイルを有する目的の特定の抗体が特定される可能性が高まったことは、発明の詳細な説明に記載されていないので、本願発明は、本願発明に係る構成によって、上記の（２）で示した課題が解決できない範囲を明らかに包含している。 したがって、本願発明は、発明の詳細な説明に、上記課題を解決できると当業者が認識できるように記載された範囲を超えるものである。 （４）審判請求人の主張に対して 審判請求人が、令和６年６月１８日提出の意見書においてした主張とそれらに対する合議体の判断は次のとおりである。 ア 審判請求人の主張 補正後請求項１において、補正前の「ポリヌクレオチドを含むライブラリーであって、前記ポリヌクレオチドのうちの１つは、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２及びＨＶＲ－Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、」との記載を、「ポリヌクレオチドメンバーを含むライブラリーであって、全てのポリヌクレオチドメンバーは、ＦＷ１－ＨＶＲ１－ＦＷ２－ＨＶＲ２－ＦＷ３－ＨＶＲ３－ＦＷ４の順序で配置された、３つのＨＶＲ領域及び４つのＦＷ領域から構成される抗体重鎖可変領域をコードし、ポリヌクレオチドメンバーの少なくとも１つは下記のＨＶＲ－Ｈ１及びＨＶＲ－Ｈ２を含む抗体重鎖可変領域をコードし、」とした。 補正後請求項１～２４は本拒絶理由に該当しないと思料する。 イ 判断 本件補正により本願発明のポリヌクレオチドメンバーを含むライブラリーにおいて、「全てのポリヌクレオチドメンバーは、ＦＷ１－ＨＶＲ１－ＦＷ２－ＨＶＲ２－ＦＷ３－ＨＶＲ３－ＦＷ４の順序で配置された、３つのＨＶＲ領域及び４つのＦＷ領域から構成される抗体重鎖可変領域をコード」することが特定された。 しかしながら、抗体重鎖可変領域が４つのＦＷ領域すなわちフレームワーク領域と３つのＨＶＲ領域すなわち超可変領域を含むものであることは、抗体をコードするポリヌクレオチドとして通常のことに過ぎない。 ライブラリーに含まれる個々の抗体をコードするポリヌクレオチドメンバーの少なくとも１つが、上記１１２種類のＨＶＲ－Ｈ１のうちの１つ及び５６５種類のＨＶＲ－Ｈ２のうちの１つであるというだけでは、ライブラリーが既存の技法よりも広いエピトープカバレッジを有する、十二分な一連のダイナミックユニットを含有し、抗原上の新規エピトープ及び／または立体構造エピトープを備える抗体スクリーニングの効率も大きく改善され、高い親和性及び開発可能性プロファイルを有する目的の特定の抗体が特定される可能性が高まったということはできないので、上記の補正により拒絶の理由は解消しない。 （５）小括 このとおり、本願発明は、発明の詳細な説明に記載したものであるとは認められないから、本願は特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。 ２ 理由４（明確性）について （１） 本願発明について 本願発明は、「ポリヌクレオチドメンバーを含むライブラリーであって、全てのポリヌクレオチドメンバーは、ＦＷ１－ＨＶＲ１－ＦＷ２－ＨＶＲ２－ＦＷ３－ＨＶＲ３－ＦＷ４の順序で配置された、３つのＨＶＲ領域及び４つのＦＷ領域から構成される抗体重鎖可変領域をコードし、ポリヌクレオチドメンバーの少なくとも１つは下記のＨＶＲ－Ｈ１及びＨＶＲ－Ｈ２を含む抗体重鎖可変領域をコード」することを発明特定事項とするものである。 これら発明特定事項のうちＨＶＲ－Ｈ１及びＨＶＲ－Ｈ２については、「ＦＷ１－ＨＶＲ１－ＦＷ２－ＨＶＲ２－ＦＷ３－ＨＶＲ３－ＦＷ４の順序で配置された、３つのＨＶＲ領域及び４つのＦＷ領域から構成される抗体重鎖可変領域をコード」することから、抗体重鎖可変領域に配置されていること、ＦＷ領域に挟まれていることについては理解することができる。 しかしながら、ＨＶＲ－Ｈ１及びＨＶＲ－Ｈ２が、どのような構造からなるＦＷ１、ＦＷ２、ＦＷ３、ＦＷ４に挟まれているのかについては、特許請求の範囲において明らかにされていない。 （２） 発明の詳細な説明の記載について 発明の詳細な説明［００８３］段落には、「本明細書で使用されるとき、「超可変領域（ＨＶＲ）」は、配列が超可変性であり、及び／または構造的に定義されたループを形成する、抗体ドメインの領域を指す。一般に、抗体は、６つのＨＶＲを含み、３つがＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）にあり、３つがＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）にある。例えば、・・・を参照されたい。各ＶＨ及びＶＬは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、次の順序：ＦＷ１－ＨＶＲ１－ＦＷ２－ＨＶＲ２－ＦＷ３－ＨＶＲ３－ＦＷ４で配置された、３つのＨＶＲ及び４つのフレームワーク（ＦＷ）領域から構成される。本開示全体を通して、重鎖の３つのＨＶＲは、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、及びＨＶＲ－Ｈ３と称される。本開示全体を通して、重鎖の４つのフレームワーク領域は、ＦＷ－Ｈ１、ＦＷ－Ｈ２、ＦＷ－Ｈ３及びＦＷ－Ｈ４と称される。比較のために、図１Ｂに示される例示的な抗体重鎖可変ドメインのＨＶＲの定義（本明細書で使用されるもの）は、相補性決定領域（ＣＤＲ）のＫａｂａｔ定義とは異なる・・・。」と記載されている。 （３） 明確性に係る判断について 特許請求の範囲において、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、ＨＶＲ－Ｈ３について、どのような長さのアミノ酸配列からなるＦＷ１、ＦＷ２、ＦＷ３、ＦＷ４に挟まれ、抗体重鎖可変領域上のアミノ酸の位置（残基番号）は特許請求の範囲において特定されておらず、発明の詳細な説明においても、「アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、次の順序：ＦＷ１－ＨＶＲ１－ＦＷ２－ＨＶＲ２－ＦＷ３－ＨＶＲ３－ＦＷ４で配置された、３つのＨＶＲ及び４つのフレームワーク（ＦＷ）領域から構成される。」との記載以上の開示はない。 そして、図１Ｂに示される例示的な抗体重鎖可変ドメインのＨＶＲの定義（本明細書で使用されるもの）は、相補性決定領域（ＣＤＲ）のＫａｂａｔ定義とは異なる・・・。」と記載されているのであるから、Ｋａｂａｔ定義に基づく相補性決定領域（ＣＤＲ）の抗体重鎖可変領域中の存在位置に係る技術常識を参酌することはできない。 したがって、「ＨＶＲ－Ｈ１」、「ＨＶＲ－Ｈ２」、「ＨＶＲ－Ｈ３」はＫａｂａｔ定義に基づく相補性決定領域（ＣＤＲ）に係る技術常識を参酌できない独自のフレームワークに挟まれた位置に存在するものであるため、「ＨＶＲ－Ｈ１」、「ＨＶＲ－Ｈ２」、「ＨＶＲ－Ｈ３」が、それぞれ抗体重鎖可変領域上のどのアミノ酸の位置（残基番号）に存在するのかは、本願の出願時の技術常識を参酌しても、当業者は理解することができない。 よって、本願発明は第三者に不測の不利益を及ぼしうる程度に明確でない。 （４）審判請求人の主張に対して 審判請求人が、令和６年６月１８日提出の意見書においてした主張とそれらに対する合議体の判断は次のとおりである。 ア 審判請求人の主張 本願図１Ｂからも明らかなとおり、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、ＨＶＲ－Ｈ３は、それぞれ、ＦＷ－Ｈ１とＦＷＨ２、ＦＷ－Ｈ２とＦＷ－Ｈ３、及びＦＷ－Ｈ３とＦＷ－Ｈ４の間に位置する超可変領域を意味する。そして、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、ＨＶＲ－Ｈ３のそれぞれの位置は、補正後請求項１に記載のとおり、抗体重鎖可変領域において、ＦＷ１－ＨＶＲ１－ＦＷ２－ＨＶＲ２－ＦＷ３－ＨＶＲ３－ＦＷ４の順序で配置されている。 補正後請求項１において、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、ＨＶＲ－Ｈ３は、それらが重鎖可変領域のうち特殊なフレームワークとの関係での位置について明確であり、重鎖可変領域のうちいかなる部分を指しているか明確であると思料する。 イ 判断 本件補正により本願発明のポリヌクレオチドメンバーを含むライブラリーにおいて、「全てのポリヌクレオチドメンバーは、ＦＷ１－ＨＶＲ１－ＦＷ２－ＨＶＲ２－ＦＷ３－ＨＶＲ３－ＦＷ４の順序で配置された、３つのＨＶＲ領域及び４つのＦＷ領域から構成される抗体重鎖可変領域をコード」することが特定された。 しかしながら、抗体重鎖可変領域が４つのＦＷ領域すなわちフレームワーク領域と３つのＨＶＲ領域すなわち超可変領域を含むものであることは、抗体をコードするポリヌクレオチドとして通常のことに過ぎず、翻訳によって生じるアミノ酸配列のＮ末端からの絶対位置において何らの情報を与えるものではない。 ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、ＨＶＲ－Ｈ３について、「例示的」として図１Ｂに ［図：0001422785000005.jpg］ と記載されていることから判断しても、本願発明のライブラリーにおいては、抗体において相補性決定領域（ＣＤＲ）の定義に最も汎用されているＫａｂａｔ定義とはＮ末端からの絶対位置や長さが異なることを包含するものであることは明らかである。 そうであるにも関わらず、特許請求の範囲において、出願人によって新たに設定された技術用語である、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、ＨＶＲ－Ｈ３について、特許請求の範囲及び発明の詳細な説明のいずれにおいてもそれらの存在する位置や包含するアミノ酸長等に係る定義は置かれていない。なお、図１Ｂに係る記載の全ては「例示的」なものに過ぎないから、図１Ｂの記載をもって本願発明のＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、ＨＶＲ－Ｈ３の抗体重鎖可変領域における位置が明らかになるとはいえない。 そうすると、補正後請求項１により、ＨＶＲ－Ｈ１、ＨＶＲ－Ｈ２、ＨＶＲ－Ｈ３が、重鎖可変領域のうちいかなる部分を指しているか当業者に明確であるとの請求人の主張は採用することができない。 （５）小括 このとおり、本願発明は、明確であるとは認められないから、本願は特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。 第５ むすび 以上のとおり、本願は、請求項１について、特許法第３６条第６項第１号及び第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていないから、他の請求項について検討するまでもなく、拒絶すべきものである。 よって、結論のとおり審決する。