2023-010137

特願２０２１－１５２８００「標的化核酸編集のための系、方法、及び組成物」拒絶査定不服審判事件〔令和 ４年 １月 ４日出願公開、特開２０２２－ ４１〕について、次のとおり審決する。

結 論 本件審判の請求は、成り立たない。

理 由 第１ 手続の経緯 本願は、平成３０年９月２１日（パリ条約による優先権主張 ２０１７年９月２１日）を国際出願日とする特願２０２０－５１６５２５号の一部を新たな特許出願として令和３年９月２１日に出願されたものであって、その主な手続の経緯は以下のとおりである。 令和５年 ２月１４日付け 拒絶査定 令和５年 ６月２０日 審判請求書、手続補正書の提出 令和７年 ５月１５日付け 拒絶理由通知書 令和７年 ８月２０日 意見書、手続補正書の提出 第２ 特許請求の範囲の記載 本願の特許請求の範囲は、令和７年８月２０日提出の手続補正書で補正された、請求項１～５からなるものであって、このうち請求項１は、次のとおりのものである。（下線は補正箇所である。また、以下、請求項１に記載された発明を「本願発明１」という。） 「【請求項１】 触媒的に不活性なＣａｓ１３エフェクタータンパク質（ｄＣａｓ１３）、または前記触媒的に不活性なＣａｓ１３エフェクタータンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む、エンジニアリングされた天然に存在しない系であって、前記Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質がＣａｓ１３ａであり、 前記系が機能性成分をさらに含むか、または前記ポリヌクレオチドが前記機能性成分をさらにコードし、 前記機能性成分が、塩基編集成分であり、前記塩基編集成分が、アデノシンデアミナーゼまたはその触媒ドメインを含み、前記アデノシンデアミナーゼまたはその前記触媒ドメインが、前記ｄＣａｓ１３の内部ループに挿入されており、前記アデノシンデアミナーゼは、ＲＮＡ２に作用するヒトアデノシンデアミナーゼ（ｈＡＤＡＲ２）、同一種由来のそのホモログ、または異なる種由来のそのオルソログである、系。」 第３ 当審における拒絶の理由の概要 当審が令和７年５月１５日付けで通知した拒絶の理由は、次の理由１及び２を含むものである。 １ 理由１（サポート要件） 本願は、特許請求の範囲の請求項１及びそれを引用する請求項２～５の記載が、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。 ２ 理由２（実施可能要件） 本願は、特許請求の範囲の請求項１及びそれを引用する請求項２～５記載の発明について、発明の詳細な説明の記載が、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。 第４ 当審の判断 １ 本願発明１について 本願発明１には「ＲＮＡ２に作用するヒトアデノシンデアミナーゼ（ｈＡＤＡＲ２）」と記載されているが、発明の詳細な説明に「ＲＮＡ２」は記載されておらず、また、「ＲＮＡ２」が技術用語として一般的に用いられているとも認められない。ここで、ＡＤＡＲ（ａｄｅｎｏｓｉｎｅ ｄｅａｍｉｎａｓｅｓ ｔｈａｔ ａｃｔ ｏｎ ＲＮＡ）はＲＮＡに作用するアデノシンデアミナーゼであり、また、Ｃａｓ１３ａは標的ＲＮＡを切断する活性を有し、前記「ＲＮＡ２」は「ＲＮＡ」の誤記であることは明らかであるといえるから、前記「ＲＮＡ２に作用するヒトアデノシンデアミナーゼ（ｈＡＤＡＲ２）」は「ＲＮＡに作用するヒトアデノシンデアミナーゼ２（ｈＡＤＡＲ２）」を意味していると解して、以下、検討する。 ２ 発明の詳細な説明の記載事項 本願の発明の詳細な説明には、以下の記載がある（下線は、当審が付与した。）。 （１） 技術分野 「【０００４】 本発明は、概して、核酸の標的化及び編集のための、特に、目的の標的遺伝子座でのアデニンのプログラム可能な脱アミノ化のための系、方法、及び組成物に関する。」 （２） 背景技術 「【０００５】 ゲノムシーケンシング技術及び分析方法の最近の進歩により、様々な生物学的機能及び疾患に関連する遺伝因子をカタログ化し、マッピングする能力は急速に向上している。個々の遺伝エレメントを選択的に摂動させることによる原因遺伝的変異の体系的なリバースエンジニアリングを可能にするとともに合成生物学、バイオテクノロジー的、及び医学的応用を進歩させるには、正確なゲノムターゲティング技術が必要である。標的化したゲノム摂動を生じさせるためにデザイナージンクフィンガー、転写アクチベーター様エフェクター（ＴＡＬＥ）、またはホーミングメガヌクレアーゼなどのゲノム編集技術が利用可能であるものの、新規戦略及び分子機構を利用した、かつ安価で、セットアップし易く、スケーリングが可能で、及び真核生物ゲノム内の複数の位置を標的化するのに適した新規のゲノムエンジニアリング技術が依然として必要とされている。それは、ゲノムエンジニアリング及びバイオテクノロジーにおける新規適用の主要なリソースとなるであろう。」 （３） 発明の概要 「【０００８】 いくつかの実施形態では、ｄＣａｓ１３タンパク質は、Ｃ末端、Ｎ末端、または両方で短縮される。いくつかの実施形態では、ｄＣａｓ１３は、Ｃ末端上の少なくとも２０、少なくとも４０、少なくとも６０、少なくとも８０、少なくとも１００、少なくとも１２０、少なくとも１４０、少なくとも１６０、少なくとも１８０、少なくとも２００、少なくとも２２０、少なくとも２４０、少なくとも２６０、または少なくとも３００アミノ酸により短縮される。いくつかの実施形態では、ｄＣａｓ１３は、Ｎ末端上の少なくとも２０、少なくとも４０、少なくとも６０、少なくとも８０、少なくとも１００、少なくとも１２０、少なくとも１４０、少なくとも１６０、少なくとも１８０、少なくとも２００、少なくとも２２０、少なくとも２４０、少なくとも２６０、または少なくとも３００アミノ酸により短縮される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質の短縮型は、Ｃ末端Δ９８４－１０９０、Ｃ末端Δ１０２６－１０９０、Ｃ末端Δ１０５３－１０９０、Ｃ末端Δ９３４－１０９０、Ｃ末端Δ８８４－１０９０、Ｃ末端Δ８３４－１０９０、Ｃ末端Δ７８４－１０９０、またはＣ末端Δ７３４－１０９０で短縮されており、短縮のアミノ酸位置は、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐ．Ｐ５－１２５ Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応する。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質の短縮型は、Ｃ末端Δ７９５－１０９５で短縮されており、短縮のアミノ酸位置は、Ｒｉｅｍｅｒｅｌｌａ ａｎａｔｉｐｅｓｔｉｆｅｒ Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応する。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質の短縮型は、Ｃ末端Δ８７５－１１７５、Ｃ末端Δ８９５－１１７５、Ｃ末端Δ９１５－１１７５、Ｃ末端Δ９３５－１１７５、Ｃ末端Δ９５５－１１７５、Ｃ末端Δ９７５－１１７５、Ｃ末端Δ９９５－１１７５、Ｃ末端Δ１０１５－１１７５、Ｃ末端Δ１０３５－１１７５、Ｃ末端Δ１０５５－１１７５、Ｃ末端Δ１０７５－１１７５、Ｃ末端Δ１０９５－１１７５、Ｃ末端Δ１１１５－１１７５、Ｃ末端Δ１１３５－１１７５、Ｃ末端Δ１１５５－１１７５で短縮されており、アミノ酸位置は、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｕｌａｅ Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応する。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質の短縮型は、Ｎ末端Δ１－１２５、Ｎ末端Δ１－８８、またはＮ末端Δ１－７２で短縮されており、短縮のアミノ酸位置は、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐ．Ｐ５－１２５ Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応する。いくつかの実施形態では、ｄＣａｓ１３は、Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質のＨＥＰＮドメインで、Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質の短縮型を含む。」 （４） 発明を実施するための形態 「【００４３】 Ｃａｓ１３遺伝子は、いくつかの多様な細菌ゲノムに見られ、典型的には、ｃａｓ１、ｃａｓ２、及びｃａｓ４遺伝子ならびにＣＲＩＳＰＲカセット（例えば、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ ｃｆ．ｎｏｖｉｃｉｄａ Ｆｘ１のＦＮＦＸ１＿１４３１－ＦＮＦＸ１＿１４２８）で同じ遺伝子座にある。従って、この推定新規ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系のレイアウトは、ＩＩ－Ｂ型と類似しているものと思われる。さらに、Ｃａｓ９と同様に、Ｃａｓ１３タンパク質は、トランスポゾンＯＲＦ－Ｂと相同の容易に同定可能なＣ末端領域を含有し、活性ＲｕｖＣ様ヌクレアーゼ、アルギニンリッチ領域、及びＺｎフィンガー（Ｃａｓ９にはない）を含む。しかしながら、Ｃａｓ９と異なり、Ｃａｓ１３はまた、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓコンテクストのないいくつかのゲノムにも存在し、ＯＲＦ－Ｂとのその比較的高い類似性から、これがトランスポゾン成分である可能性が示唆される。これが真正のＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系であったならば、Ｃａｓ１３は、Ｃａｓ９の機能性の類似体であり、新規ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタイプ、すなわちＶ型であろうことが示唆された（Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ Ｓｙｓｔｅｍｓ．Ｍａｋａｒｏｖａ ＫＳ，Ｋｏｏｎｉｎ ＥＶ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２０１５；１３１１：４７－７５を参照）。しかしながら、本明細書に記載される通り、Ｃａｓ１３は、同一のドメイン構造を有しない、従ってサブタイプＶ－Ｂと称されるＣ２ｃ１ｐとそれを区別するため、サブタイプＶ－Ａと称される。」 「【００７２】 不活性化Ｃａｓ１３またはＣａｓ１３ニッカーゼは、例えば、アデノシンデアミナーゼまたはその触媒ドメインを含む１つ以上の機能性ドメインと（例えば、融合タンパク質を介して）会合していてもよい。ある場合には、追加で少なくとも１つの異種ＮＬＳが提供されることが有利である。場合によっては、ＮＬＳをＮ末端に位置することが有利である。一般に、不活性化Ｃａｓ１３またはＣａｓ１３ニッカーゼ上に１つ以上の機能性ドメインを位置決めすることは、機能性ドメインの正しい空間的定位が、起因する機能効果により標的に影響を及ぼすことが可能になることである。例えば、機能性ドメインがそのアデノシンデアミナーゼ触媒ドメインである場合、アデノシンデアミナーゼ触媒ドメインは、空間的定位に置かれることで、標的アデニンと接触し、脱アミノ化することができる。これは、Ｃａｓ１３のＮ／Ｃ末端以外の位置を含み得る。いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼタンパク質またはその触媒ドメインは、Ｃａｓ１３の内部ループに挿入される。」 「【００７４】 いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１３エフェクターのＣ末端は、短縮することができる。例えば、少なくとも２０アミノ酸、少なくとも４０アミノ酸、少なくとも５０アミノ酸、少なくとも６０アミノ酸、少なくとも８０アミノ酸、少なくとも１００アミノ酸、少なくとも１２０アミノ酸、少なくとも１４０アミノ酸、少なくとも１５０アミノ酸、少なくとも１６０アミノ酸、少なくとも１８０アミノ酸、少なくとも２００アミノ酸、少なくとも２２０アミノ酸、少なくとも２４０アミノ酸、少なくとも２５０アミノ酸、少なくとも２６０アミノ酸、または少なくとも３００アミノ酸、または少なくとも３５０アミノ酸、または最大１２０アミノ酸、または最大１４０アミノ酸、または最大１６０アミノ酸、または最大１８０アミノ酸、または最大２００アミノ酸、または最大２５０アミノ酸、または最大３００アミノ酸、または最大３５０アミノ酸、または最大４００アミノ酸は、Ｃａｓ１３エフェクターのＣ末端で短縮され得る。Ｃａｓ１３短縮の例としては、Ｃ末端Δ９８４－１０９０、Ｃ末端Δ１０２６－１０９０、及びＣ末端Δ１０５３－１０９０、Ｃ末端Δ９３４－１０９０、Ｃ末端Δ８８４－１０９０、Ｃ末端Δ８３４－１０９０、Ｃ末端Δ７８４－１０９０、及びＣ末端Δ７３４－１０９０が挙げられ、ここで、アミノ酸位置は、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐ．Ｐ５－１２５ Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応する。Ｃａｓ１３短縮の例としては、Ｃ末端Δ７９５－１０９５も挙げられ、アミノ酸位置は、Ｒｉｅｍｅｒｅｌｌａ ａｎａｔｉｐｅｓｔｉｆｅｒ Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応する。Ｃａｓ１３短縮の例としては、Ｃ末端Δ８７５－１１７５、Ｃ末端Δ８９５－１１７５、Ｃ末端Δ９１５－１１７５、Ｃ末端Δ９３５－１１７５、Ｃ末端Δ９５５－１１７５、Ｃ末端Δ９７５－１１７５、Ｃ末端Δ９９５－１１７５、Ｃ末端Δ１０１５－１１７５、Ｃ末端Δ１０３５－１１７５、Ｃ末端Δ１０５５－１１７５、Ｃ末端Δ１０７５－１１７５、Ｃ末端Δ１０９５－１１７５、Ｃ末端Δ１１１５－１１７５、Ｃ末端Δ１１３５－１１７５、Ｃ末端Δ１１５５－１１７５がさらに挙げられ、ここで、アミノ酸位置は、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｕｌａｅ Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応する。当業者であれば、他のＣａｓ１３ｂオルソログ、または他のＣａｓ１３タイプもしくはサブタイプ、例えば、Ｃａｓ１３ａ、Ｃａｓ１３ｃ、もしくはＣａｓ１３ｄに対して同様の短縮を設計できることが理解されるであろう。 【００７５】 いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質のＮ末端は、短縮され得る。例えば、少なくとも２０アミノ酸、少なくとも４０アミノ酸、少なくとも５０アミノ酸、少なくとも６０アミノ酸、少なくとも８０アミノ酸、少なくとも１００アミノ酸、少なくとも１２０アミノ酸、少なくとも１４０アミノ酸、少なくとも１５０アミノ酸、少なくとも１６０アミノ酸、少なくとも１８０アミノ酸、少なくとも２００アミノ酸、少なくとも２２０アミノ酸、少なくとも２４０アミノ酸、少なくとも２５０アミノ酸、少なくとも２６０アミノ酸、または少なくとも３００アミノ酸、または少なくとも３５０アミノ酸、または最大１２０アミノ酸、または最大１４０アミノ酸、または最大１６０アミノ酸、または最大１８０アミノ酸、または最大２００アミノ酸、または最大２５０アミノ酸、または最大３００アミノ酸、または最大３５０アミノ酸、または最大４００アミノ酸は、Ｃａｓ１３エフェクターのＮ末端で短縮され得る。Ｃａｓ１３短縮の例としては、Ｎ末端Δ１－１２５、Ｎ末端Δ１－８８、またはＮ末端Δ１－７２が挙げられ、ここで、短縮のアミノ酸位置は、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐ．Ｐ５－１２５ Ｃａｓ１３ｂタンパク質のアミノ酸位置に対応する。」 「【０１５７】 いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼは、哺乳類、鳥類、カエル、イカ、魚類、ハエ及び線虫を含むがこれらに限定されない１つ以上の後生動物種に由来する。いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼは、ヒト、イカまたはＤｒｏｓｏｐｈｉｌａアデノシンデアミナーゼである。 【０１５８】 いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼは、ヒトＡＤＡＲ、例えば、ｈＡＤＡＲ１、ｈＡＤＡＲ２、ｈＡＤＡＲ３である。いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼは、Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ ｅｌｅｇａｎｓ ＡＤＡＲタンパク質、例えば、ＡＤＲ－１及びＡＤＲ－２である。いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ＡＤＡＲタンパク質、例えば、ｄＡｄａｒである。いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼは、ｓｑｕｉｄ Ｌｏｌｉｇｏ ｐｅａｌｅｉｉ ＡＤＡＲタンパク質、例えば、ｓｑＡＤＡＲ２ａ及びｓｑＡＤＡＲ２ｂである。いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼは、ヒトＡＤＡＴタンパク質である。いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼは、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ＡＤＡＴタンパク質である。いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼは、ヒトＡＤＡＤタンパク質、例えば、ＴＥＮＲ（ｈＡＤＡＤ１）及びＴＥＮＲＬ（ｈＡＤＡＤ２）である。」 「【０１６４】 ｈＡＤＡＲ１及びｈＡＤＡＲ２タンパク質のある特定の突然変異は、Ｋｕｔｔａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．（２０１２）１０９（４８）：Ｅ３２９５－３０４；Ｗａｎｔ ｅｔ ａｌ．ＡＣＳ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．（２０１５）１０（１１）：２５１２－９；及びＺｈｅｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１７）４５（６）：３３６９－３３７（その全体を参照により本明細書に組み込む）に記載されている。」 「【０３０４】 いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓタンパク質は、失活Ｃａｓ１３である。いくつかの実施形態では、失活Ｃａｓ１３は、ＨＥＰＮドメインに１つ以上の突然変異を含む失活Ｃａｓ１３ａタンパク質である。いくつかの実施形態では、失活Ｃａｓ１３ａは、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ ｗａｄｅｉにおいてＲ４７４Ａ及びＲ１０４６Ａに対応する突然変異（ＬｗａＣａｓ１３ａ）を含む。いくつかの実施形態では、失活Ｃａｓ１３は、Ｂｅｒｇｅｙｅｌｌａ ｚｏｏｈｅｌｃｕｍ ＡＴＣＣ ４３７６７から生じるＣａｓ１３ｂタンパク質のＲ１１６Ａ、Ｈ１２１Ａ、Ｒ１１７７Ａ、Ｈ１１８２Ａ、またはＣａｓ１３ｂオルソログのそれに対応するアミノ酸位置のうちの１つ以上を含む失活Ｃａｓ１３ｂタンパク質である。」 「【０３６６】 ある特定の例示の実施形態では、ＣＲＩＳＰＲエフェクタータンパク質は、表２から選択されるＣａｓ１３ａタンパク質である。 【表２】 ［図：0001435451000001.jpg］ ［図：0001435451000002.jpg］ 」 （５） 実施例 「【０８６１】 ＡＤの選択及び設計： 多くのＡＤを使用し、各々は、活性レベルが変化している。これらのＡＤは、 【０８６２】 １．ヒトＡＤＡＲ（ｈＡＤＡＲ１、ｈＡＤＡＲ２、ｈＡＤＡＲ３） 【０８６３】 ２．イカＯｃｔｐｕｓ ｖｕｌｇａｒｉｓ ＡＤＡＲ 【０８６４】 ３．イカＳｅｐｉａ ＡＤＡＲ；Ｄｏｒｙｔｅｕｓｔｈｉｓ ｏｐａｌｅｓｃｅｎｓＡＤＡＲ 【０８６５】 ＡＤＡＴ（ヒトＡＤＡＴ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ＡＤＡＴ）」 「【０９０１】 ＲＮＡ編集のための哺乳類構築物の設計及びクローニング ＰｓｐＣａｓ１３ｂは、ＨＥＰＮドメインの触媒部位で、２つのヒスチジンからアラニンへの突然変異（Ｈ１３３Ａ／Ｈ１０５８Ａ）を介して触媒的に不活性に作成された（ｄＰｓｐＣａｓ１３ｂ）。ヒトＡＤＡＲ１及びＡＤＡＲ２のデアミナーゼドメインを合成し、ＰＣＲ増幅し、ｐｃＤＮＡ－ＣＭＶベクター骨格にギブソンクローニングし、ＧＳまたはＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号２９６）リンカーを介して、Ｃ末端でｄＰｓｐＣａｓ１３ｂに融合した。異なるリンカーについて試験した実験では、以下の追加のリンカー：ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ、ＥＡＡＡＫ（配列番号２９７）、ＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳＧＧＳ（配列番号２９８）、及びＳＧＳＥＴＰＧＴＳＥＳＡＴＰＥＳ（ＸＴＥＮ）（配列番号２９９）を、ｄＰｓｐＣａｓ１３ｂとＡＤＡＲ２ｄｄとの間にクローニングした。適切な突然変異体をｄＰｓｐＣａｓ１３ｂ－ＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号７６１）骨格にギブソンクローニングすることによって、特異性突然変異体を生成した。」 「【０９３３】 ＲＥＰＡＩＲｖ１系を疾患細胞に送達することは、治療的使用の前提条件であるため、従って、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターなどの治療上適切なウイルスベクターにパッケージングすることができるＲＥＰＡＩＲｖ１構築物を設計しようとした。ＡＡＶベクターは、４．７ｋｂのパッケージング制限を有し、プロモーター及び発現調節エレメントと共に、大きいサイズのｄＣａｓ１３ｂ－ＡＤＡＲＤＤ（４４７３ｂｐ）を収容することができない。サイズを低下させるため、ＲＮＡ編集活性のためのＡＤＡＲ２ＤＤ（Ｅ４８８Ｑ）に融合したｄＣａｓ１３の様々なＮ末端及びＣ末端短縮を試験した。試験した全てのＣ末端短縮は、まだ機能しており、かつ、ルシフェラーゼシグナルを回復することができることが判明し（図５９）、最大の短縮であるＣ末端Δ９８４－１０９０（融合タンパク質４，１５２ｂｐの合計サイズ）は、ＡＡＶベクターのパッケージング制限内に収まるほど十分に小型であった。」 「【０９４９】 Ｃａｓ１３ｂ６（ＲａｎＣａｓ１３ｂ）、Ｃａｓ１３ｂ１１（ＰｇｕＣａｓ１３ｂ）、及びＣａｓ１３ｂ１２（ＰｓｐＣａｓ１３ｂ）を含むＣａｓ１３ｂオルソログを試験した。オルソログごとに、Ｃａｓ１３ｂオルソログのＮ末端（赤色）及びＣ末端（青色）の各々から２０アミノ酸を徐々に短縮した。その後、この短縮されたタンパク質をＡＤＡＲ２ｄｄ（Ｅ４８８Ｑ）に融合し、発現対照としてＧａｕｓｓｉａルシフェラーゼを有するＣｙｐｒｉｄｉｎａルシフェラーゼにおける成熟前終止コドンのＲＮＡ編集活性のための融合タンパク質を評価した。Ｃａｓ１３ｂ６（ＲａｎＣａｓ１３ｂ）のＣ末端の３００アミノ酸を短縮することで、ＲＮＡ編集活性の約２／３を保持することができた一方、ＡＡＶのパッケージング制限に許容できるほど近くタンパク質を短くすることができたことが判明した。ＡＡＶは概して、約４．７ｋｂのゲノムをパッケージングすることができ、パッケージング効率は、大きいゲノムでは減少する。Ｃａｓ１３ｂ６、Ｃａｓ１３ｂ１１、及びＣａｓ１３ｂ１２の試験結果を図６７～６９にそれぞれ示す。」 ３ 引用文献の記載事項 （１） 引用文献７ 同拒絶の理由で本願の原出願の出願時（以下、単に「本願出願時」という。）の技術水準を示すために引用された刊行物であるＣｅｌｌ， ２０１７年０８月１０日， Ｖｏｌ．１７０， ｐｐ．７１４－７２６（以下、「引用文献７」という。）には、次の事項が記載されている。（引用文献７は英語で記載されているので、合議体による翻訳文で示す。以下、同様である。） ア Ｃａｓ１３ａによるＲＮＡ誘導型ＲＮＡ切断のための分子構造 （表題） イ 図１ ＬｂｕＣａｓ１３ａ－ｃｒＲＮＡ－標的ＲＮＡ複合体の全体構造 （Ａ） ＬｂｕＣａｓ１３ａのドメイン構成 （Ｂ） ｃｒＲＮＡ－標的ＲＮＡ二重鎖の模式図 （Ｃ） リボン表示におけるＬｂｕＣａｓ１３ａ－ｃｒＲＮＡ－標的ＲＮＡ複合体の全体構造の正面図および背面図。ｃｒＲＮＡガイド鎖を褐色（反復領域）および赤色（スペーサー）で示す。標的ＲＮＡを青色で示す。図Ｓ１及び表Ｓ１も参照。 ［図：0001435451000003.jpg］ （２） 引用文献８ 同拒絶の理由で本願出願時の技術水準を示すために引用された刊行物であるＣｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ Ｂｉｏｌｏｇｙ， ２０２２， Ｖｏｌ．５， Ａｒｔｉｃｌｅ７１， ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０３８／ｓ４２００３－０２２－０３０２５－４（以下、「引用文献８」という。）には、次の事項が記載されている。 ア Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ ｃａｐｓｕｌａｔｕｓ由来のＲＮＡ依存性ＲＮａｓｅ Ｃａｓ１３ａの構造および機構 （表題） イ 図１ ＲｃＣａｓ１３ａ－ｃｒＲＮＡ複合体の全体構造 ａ 触媒活性に重要な残基がそれぞれ赤色（ｔｒａｎｓ－ｓｓＲＮＡ切断）およびピンク色（ｐｒｅ－ｃｒＲＮＡプロセシング）で強調されているＲｃＣａｓ１３ａのドメイン構造 ｂ ２つの独立した活性部位の位置を赤色の円で示し、ｃｒＲＮＡのシード領域（位置１０－１４）をシアン色の円で示す。 ｃ ＲＮａｓｅ活性部位を拡大し、触媒活性に重要な残基（Ａｒｇ ４６４／Ｈｉｓ ４６９およびＡｒｇ １０５２／Ｈｉｓ １０５７）を赤色スティックモデルとして強調する。 ｄ プレｃｒＲＮＡプロセシング部位の拡大図であり、プレｃｒＲＮＡ切断に必須のＡｒｇ １０８５、Ａｓｎ １０８９およびＨｉｓ １１１３（下記参照）がピンク色で強調されている。ｃｒＲＮＡを橙色スティックモデルとして示す。 ［図：0001435451000004.jpg］ ４ 理由１（サポート要件）について （１） 本願発明１が解決しようとする課題は、発明の詳細な説明における「本発明は、概して、核酸の標的化及び編集のための、特に、目的の標的遺伝子座でのアデニンのプログラム可能な脱アミノ化のための系、方法、及び組成物に関する。」（【０００４】段落）、「新規戦略及び分子機構を利用した、かつ安価で、セットアップし易く、スケーリングが可能で、及び真核生物ゲノム内の複数の位置を標的化するのに適した新規のゲノムエンジニアリング技術が依然として必要とされている。」（【０００５】段落）との記載、請求項１における「触媒的に不活性なＣａｓ１３エフェクタータンパク質（ｄＣａｓ１３）、または前記触媒的に不活性なＣａｓ１３エフェクタータンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む、エンジニアリングされた天然に存在しない系であって、前記Ｃａｓ１３エフェクタータンパク質がＣａｓ１３ａであり、 前記系が機能性成分をさらに含むか、または前記ポリヌクレオチドが前記機能性成分をさらにコードし、 前記機能性成分が、塩基編集成分であり、前記塩基編集成分が、アデノシンデアミナーゼまたはその触媒ドメインを含み、前記アデノシンデアミナーゼまたはその前記触媒ドメインが、前記ｄＣａｓ１３の内部ループに挿入されており、」との記載、及び請求項４における「請求項１に記載の系を細胞に送達することを含む、標的配列のプログラム可能なかつ標的化された塩基編集の方法；ただし、ヒトを処置する方法を除く。」との記載に基づくと、塩基編集成分であるアデノシンデアミナーゼまたはその触媒ドメインが内部ループに挿入されている、触媒的に不活性なＣａｓ１３ａエフェクタータンパク質（ｄＣａｓ１３ａ）を用いて、標的遺伝子座でのアデニンを脱アミノ化するための系を提供すること、及び前記系を用いた標的配列のプログラム可能なかつ標的化された塩基編集の方法を提供することであると認められる。 ここで、本願発明１が特許法第３６条第６項第１号に規定するサポート要件を満たすためには、発明の詳細な説明に、当業者が以下のア～ウの点を理解でき、本願発明１が上記課題を解決できることを認識できるように記載されている必要がある。 ア （Ｃａｓ１３ａの不活性化） 様々な由来のＣａｓ１３ａを触媒的に不活性化できること イ （内部ループの選択） 様々な由来のｄＣａｓ１３ａについて、アデノシンデアミナーゼまたはその触媒ドメインを挿入した場合でも、標的遺伝子座でのアデニンを脱アミノ化するための標的結合性を維持でき、さらに、挿入したアデノシンデアミナーゼまたはその触媒ドメインが標的遺伝子座でのアデニンに作用できる立体配置となるような、ｄＣａｓ１３ａの内部ループを選択できること ウ （アデノシンデアミナーゼの選択） 様々な由来のｄＣａｓ１３ａそれぞれの内部ループに挿入しても、標的遺伝子座でのアデニンに対して脱アミノ化活性を発揮できるようなｈＡＤＡＲ２、同一種由来のそのホモログ、または異なる種由来のそのオルソログを選択できること （２）ア（Ｃａｓ１３ａの不活性化）について 発明の詳細な説明には、Ｃａｓ１３ａの不活性化については、「いくつかの実施形態では、失活Ｃａｓ１３ａは、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ ｗａｄｅｉにおいてＲ４７４Ａ及びＲ１０４６Ａに対応する突然変異（ＬｗａＣａｓ１３ａ）を含む。」（【０３０４】段落）と記載されるにとどまり、Ｃａｓ１３ａを触媒的に不活性化した実施例は記載されていない。一方、Ｃａｓ１３ｂの不活性化については、Ｒｉｅｍｅｒｅｌｌａ ａｎａｔｉｐｅｓｔｉｆｅｒ Ｃａｓ１３ｂ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｕｌａｅ Ｃａｓ１３ｂ、又はＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ ｓｐ．Ｐ５－１２５ Ｃａｓ１３ｂのアミノ酸位置に基づいてＣａｓ１３ｂのＣ末端又はＮ末端の短縮型が例示され（【０００８】、【００７４】、【００７５】段落）、実施例３－５にはＨＥＰＮドメインの触媒部位を変異させたＣａｓ１３ｂ（Ｈ１３３Ａ／Ｈ１０５８Ａ）（【０９０１】段落）及びＣａｓ１３ｂの短縮型（【０９３３】【０９４９】段落）を調製したことが記載されている。 しかし、Ｃａｓ１３ｂとＣａｓ１３ａは、Ｃａｓ１３ファミリーにおいて異なるサブタイプとして分類されているとおり、ドメイン配置も異なり、互いにアミノ酸配列の同一性が高いとはいえない。そして、発明の詳細な説明（【００４３】段落）にも記載されているとおり、Ｃａｓ１３は多様な細菌が有しており、Ｃａｓ１３ファミリーメンバーのひとつであるＣａｓ１３ａについて、表２（【０３６６】段落）には由来細菌が異なる３３種類が例示されているところ、例えば、１３４０アミノ酸残基である配列番号３４、１４３７アミノ酸残基である配列番号３５、６９７アミノ酸残基である配列番号６４、２０４アミノ酸残基である配列番号６５、１０８２アミノ酸残基である配列番号６６等、アミノ酸残基数だけでも多様であり、残基数に応じて立体構造も多様であるといえるから、上記のＣａｓ１３ｂの短縮型やＨＥＰＮドメインの触媒部位の変異と同様にして、あるいは、「Ｒ４７４Ａ及びＲ１０４６Ａに対応する突然変異」との示唆のみから、Ｃａｓ１３ａを不活性化できると推認することはできない。また、様々な由来のＣａｓ１３ａを触媒的に不活性化できる汎用的な手法が、本願出願時において広く知られていたとも認められない。したがって、本願出願時の技術水準を考慮しても、発明の詳細な説明におけるＣａｓ１３ａの不活性化に関する開示は不足しており、当業者が上記ア（Ｃａｓ１３ａの不活性化）の点を理解できるとは認められない。 審判請求人は、令和７年８月２０日提出の意見書において、【０３０４】段落の上記記載がＣａｓ１３ａの触媒活性を失わせるための特定の変異を直接特定していること、参考文献１（Ｎａｔｕｒｅ ５３８：２７０－２７３， ２０１６）においてＣａｓ１３ａにおけるＲＮＡに不可欠なＨＥＰＮドメインが同定されていること、引用文献７においてＣａｓ１３ａの結晶構造が報告されていること、参考文献２（Ｓｃｉｅｎｃｅ ３５３：ａａｆ５５７３， ２０１６）においてＣａｓ１３ａが特徴付けされその触媒メカニズムが実証されていることに基づいて、Ｃａｓ１３ａを触媒的に不活性化できることは、本願明細書に明示的に開示されており、また本願優先日以前からの技術常識であると主張している。 しかし、上述のとおり、本願の発明の詳細な説明において、Ｃａｓ１３ａが列挙されている表２（【０３６６】段落）には、【０３０４】段落、参考文献１、引用文献７及び参考文献２に記載されたＣａｓ１３ａとはアミノ酸長が大きく異なるＣａｓ１３ａも含まれており、例えば、配列番号６５に示された２０４アミノ酸残基からなるＣａｓ１３ａにおいて、【０３０４】段落にいう「Ｒ４７４Ａ及びＲ１０４６Ａに対応する」位置がどこに当たるのかは不明であるから、それらについても触媒的に不活性化するための指針が示されていると認めることはできない。 （３）イ（内部ループの選択）について 発明の詳細な説明において、「一般に、不活性化Ｃａｓ１３またはＣａｓ１３ニッカーゼ上に１つ以上の機能性ドメインを位置決めすることは、機能性ドメインの正しい空間的定位が、起因する機能効果により標的に影響を及ぼすことが可能になることである。例えば、機能性ドメインがそのアデノシンデアミナーゼ触媒ドメインである場合、アデノシンデアミナーゼ触媒ドメインは、空間的定位に置かれることで、標的アデニンと接触し、脱アミノ化することができる。これは、Ｃａｓ１３のＮ／Ｃ末端以外の位置を含み得る。いくつかの実施形態では、アデノシンデアミナーゼタンパク質またはその触媒ドメインは、Ｃａｓ１３の内部ループに挿入される。」（【００７２】段落）と記載されているものの、Ｃａｓ１３（Ｃａｓ１３ａ及びＣａｓ１３ｂ）における内部ループについて、具体的な位置等は示されていない。そして、令和４年１２月１４日提出の意見書の（５）において、審判請求人は、「「内部ループ」という用語は、当技術分野においては十分に確立された技術用語であり、当業者であれば「内部ループ」の意味を理解することができます。ループとは、αヘリックスやβシートなどの通常のタンパク質二次構造を典型的には連結させるための明確に確立されたタンパク質構造です。そのようなループ領域は、ルーチンかつ慣用のモデリング技術および方法を使用して、配列から容易にモデル化することができます。」と述べている。しかし、ループ領域をモデル化することができるとしても、タンパク質二次構造を連結するループ領域はＣａｓ１３ａにおいて多数見いだされ、また、Ｃａｓ１３ａの内部にはガイドＲＮＡと標的ＲＮＡが存在するから（必要であれば、引用文献７：図１、引用文献８：図１等参照）、いずれの内部ループを選択すれば、嵩高いアデノシンデアミナーゼタンパク質またはその触媒ドメインを挿入してもＣａｓ１３ａの標的結合性を維持することができるのか、また、アデノシンデアミナーゼタンパク質またはその触媒ドメインを標的アデニンと接触し脱アミノ化できる場に配置することができるのかを当業者が推認することは困難であり、しかも本願の発明の詳細な説明にそのための指針は示されていない。そして、上記（２）で述べたとおり、Ｃａｓ１３ａはその由来に応じてアミノ酸残基数が大きく異なり、それに応じて立体構造（ループ領域の位置や数、ガイドＲＮＡの位置など）も多様であるところ、何らの指針が示されていない状態では、当業者といえども、様々な由来のｄＣａｓ１３ａについて、どのようにしてアデノシンデアミナーゼまたはその触媒ドメインを挿入する内部ループを選択すればよいのか、理解することができるとは、到底認めることができない。 審判請求人は、令和７年８月２０日提出の意見書において、アデノシンデアミナーゼを標的アデニンと接触させるための空間的配置に関する一般的な指針として上記【００７２】段落の記載を挙げている。 しかし、この記載は、標的アデニンと接触し、脱アミノ化することができる位置にアデノシンデアミナーゼを配置するという達成すべき課題を述べているにとどまり、また、位置としてはＮ末端、Ｃ末端、及び内部が挙げられているから、Ｃａｓ１３ａの全体にわたって配置できる可能性があると述べているにすぎない。よって、【００７２】段落に、アデノシンデアミナーゼを標的アデニンと接触させるための空間的配置に関する指針が示されていると認めることはできない。 さらに、審判請求人は、本願優先日時点において、タンパク質ループへのドメイン挿入はタンパク質工学における標準的な技術であり、構造解析に基づいて適切なループ領域を特定することは、当業者にとって熟知された手法であったこと、引用文献７にも記載されているようにＣａｓ１３ａの結晶構造は既に公表されており、内部ループの特定に必要な構造情報は提供されていたこと、タンパク質融合に柔軟なグリシン－セリンリンカーを使用することは、当技術分野において一般的な手法であったことに基づき、これらの確立された方法と本願明細書の開示を鑑みれば、当業者であればＣａｓ１３ａ内の適切な内部ループを特定することは十分に可能であり、そして既知のリンカー戦略を用いてアデノシンデアミナーゼを挿入することも過度の実験を行うことなく十分に可能であったと主張している。 しかし、本願発明１において求められているのは、単に機能を維持した状態でアデノシンデアミナーゼ又はその触媒ドメインをｄＣａｓ１３の内部ループに挿入することではなく、内部に包含するガイドＲＮＡと標的ＲＮＡに対するｄＣａｓ１３ａの結合性を維持した上で、当該標的ＲＮＡに存在する標的アデニンと接触し脱アミノ化できる立体的な位置関係と機能を保持した状態でアデノシンデアミナーゼ又はその触媒ドメインを、ｄＣａｓ１３の内部ループに挿入することである。このようなｄＣａｓ１３ａとアデノシンデアミナーゼ又はその触媒ドメインとの組み合わせに特有の条件下でのＣａｓ１３ａの内部ループの選択について、発明の詳細な説明に具体的な開示をすることなく、一般的な開示のみで当業者が理解できるに足りるとは、到底認めることができない。 （４）ウ（アデノシンデアミナーゼの選択）について 本願発明１における「ホモログ」及び「オルソログ」について、発明の詳細な説明には、「「ホモログ」は、それがそのホモログであるところのタンパク質と同じまたは同様の機能を果たす同じ種のタンパク質」であり、「ホモログタンパク質は、構造上関係がなくてもよく、または構造上部分的にのみ関係している」こと、「「オルソログ」は、それがそのオルソログであるところのタンパク質と同じまたは同様の機能を果たす異なる種のタンパク質」であり、「オルソログタンパク質は、構造上関係があってもよいがなくてもよく、または構造上部分的にのみ関係している」ことが記載されており（【００４２】段落）、令和７年８月２０日提出の意見書においては、当該記載に基づいて「ホモログとは、同じ種において同じまたは類似の機能を果たすタンパク質を指し、オルソログとは、異なる種において同じまたは類似の機能を果たすタンパク質を指す」と述べている。また、同意見書において、【０１５８】、【０１６４】、【０８６１】～【０８６５】段落の記載に基づいて、ｈＡＤＡＲ２のホモログとしてｈＡＤＡＲ１を、ｈＡＤＡＲ２のオルソログとしてイカ（Ｄｏｒｙｔｅｕｔｈｉｓ ｐｅａｌｅｉｉ）のＡＤＡＲ２、およびＤｒｏｓｏｐｈｉｌａのＡＤＡＲを挙げている。そうすると、本願発明１における「ＲＮＡ２に作用するヒトアデノシンデアミナーゼ（ｈＡＤＡＲ２）、同一種由来のそのホモログ、または異なる種由来のそのオルソログ」とは、ヒト及び他の生物種由来の、ＲＮＡに作用するアデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡＲ）全般を意味していると認められる。 発明の詳細な説明には、ヒトＡＤＡＲ１及びＡＤＡＲ２のデアミナーゼドメインをｄＣａｓ１３ｂのＣ末端に融合したことが記載されているものの（【０９０１】段落）、ｄＣａｓ１３ａを用いた例は記載されていない。また、ｄＣａｓ１３ａ及びｄＣａｓ１３ｂのいずれについても、内部ループにアデノシンデアミナーゼタンパク質またはその触媒ドメインを挿入した例は記載されていない。さらに、【０１５６】－【０１５８】段落に列挙されているアデノシンデアミナーゼタンパク質のうち、ＡＤＡＲまたはその触媒ドメインであれば、ｄＣａｓ１３ａの内部ループに挿入した場合に、標的アデニンと接触できる立体構造を有しており、かつ、脱アミノ化作用を維持できることを理解できるように、具体的な根拠に基づいて説明されていない。仮に、ＡＤＡＲをｈＡＤＡＲ２に特定した場合であっても、ｄＣａｓ１３ａの内部ループに挿入した場合に、標的アデニンと接触できる立体構造を有し、かつ、脱アミノ化作用を維持できることを理解できるように記載されているとはいえない。そして、上記（２）で述べたとおり、Ｃａｓ１３ａはその由来に応じてアミノ酸残基数が大きく異なり、それに応じて立体構造（ループ領域の位置や数、ガイドＲＮＡの位置など）も多様であるのだから、由来の異なるそれぞれのｄＣａｓ１３ａについて、どのようなＡＤＡＲやその触媒ドメインを内部ループに挿入すれば標的遺伝子座でのアデニンに対して脱アミノ化活性を発揮できるのかも、当業者といえども認識できないといえる。よって、様々な由来のｄＣａｓ１３ａそれぞれの内部ループに挿入しても、標的遺伝子座でのアデニンに対して脱アミノ化活性を発揮できるようなＡＤＡＲをどのように選択すればよいのか、理解できるとは認められない。 審判請求人は、同意見書において、補正により、アデノシンデアミナーゼを、ｈＡＤＡＲ２、同一種由来のそのホモログ、または異なる種由来のそのオルソログに限定したことにより、ウの要件は満たされたと述べている。 上述したとおり、補正後の「ＲＮＡ２に作用するヒトアデノシンデアミナーゼ（ｈＡＤＡＲ２）、同一種由来のそのホモログ、または異なる種由来のそのオルソログ」は、ヒト及び他の生物種由来の、ＲＮＡに作用するアデノシンデアミナーゼ（ＡＤＡＲ）全般を意味していると解釈すべきものであって、ＡＤＡＲの他にＡＤＡＴやＡＤＡＤを包含していた補正前の「アデノシンデアミナーゼ」の範囲は、補正により、減縮されていると認められる（【０１５６】段落）。しかし、上述したとおり、【０１５６】－【０１５８】段落に列挙されているアデノシンデアミナーゼのうち、ＡＤＡＲまたはその触媒ドメインであれば、ｄＣａｓ１３ａの内部ループに挿入した場合に、標的アデニンと接触できる立体構造を有しており、かつ、脱アミノ化作用を維持できることを理解できるように、具体的な根拠に基づいて説明されていないから、審判請求人の主張は採用できない。 （５）小括 以上のとおり、上記ア～ウの点は、いずれも、発明の詳細な説明に当業者が理解できるように記載されているとはいえなないから、本願発明１が上記課題を解決できると当業者が認識できるとは認められない。 よって、本願発明１は、発明の詳細な説明に記載したものでない。 ５ 理由２（実施可能要件）について 上記のような発明の詳細な説明の記載、及び、本願出願時の技術水準を考慮すると、上記４で示したのと同様の理由により、本願発明１の「系」を作ることができ、かつ、使用できるように、発明の詳細な説明が記載されているとは認められない。 よって、この出願の発明の詳細な説明は、当業者が本願発明１を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものでない。 第４ むすび 以上のとおり、本願発明１について、特許請求の範囲の記載が特許法第３６条第６項第１項の規定を満たしておらず、また、発明の詳細な説明の記載が特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていないから、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。 よって、結論のとおり審決する。