2022-800017

上記当事者間の特許第６６９２８５６号発明「ＲＮＡ依存性標的ＤＮＡ修飾およびＲＮＡ依存性転写調節のための方法および組成物」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。

結 論 本件審判の請求は、成り立たない。 審判費用は、請求人の負担とする。

理 由 第１ 手続の経緯 本件無効審判の請求に係る特許第６６９２８５６号（以下「本件特許」という。）に係る出願は、平成２５年３月１５日（パリ条約による優先権主張 ２０１２年５月２５日 米国、２０１２年１０月１９日 米国、２０１３年１月２８日 米国、２０１３年２月１５日 米国）を国際出願日とする特願２０１５－５１４０１５号の一部を平成３０年５月２１日に新たな特許出願とした特願２０１８－９７３６９号であって、令和２年４月１７日に設定登録がなされたものである。その後の主な手続の経緯は、以下のとおりである。 令和４年 ２月２５日 審判請求書及び甲第１～８号証の提出（請求 人） 同年 ９月１５日 審判事件答弁書及び乙第１～１２３号証の提 出（被請求人） 同年１２月１３日付け 審理事項通知（請求人及び被請求人宛） 令和５年 ３月 ７日 口頭審理陳述要領書及び甲第９～２２－４号 証の提出（請求人） 同年 ３月 ９日 口頭審理陳述要領書及び乙第１２４～１４３ 号証の提出（被請求人） 同年 ３月２３日 口頭審理 同年 ３月２９日 上申書（被請求人）の提出 同年 ３月３１日 上申書（請求人）の提出 同年 ５月 ９日 上申書（請求人）及び甲第２３～２５号証の 提出 同年 ５月１０日 上申書（被請求人）及び乙第１４４～１６２ 号証の提出 第２ 本件発明 本件特許の請求項１～１１１に係る発明（以下、請求項の番号に従って「本件発明１」などという。また、これらを総称して「本件発明」という。）は、それぞれ本件特許の特許請求の範囲の請求項１～１１１に記載された事項により特定されるとおりのものであるところ、請求項１～１１１の記載は、次のとおりである。 「【請求項１】 標的ＤＮＡを修飾する方法であって、 細胞内で該標的ＤＮＡを複合体と接触させることを含み、 該複合体は、 （ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド並びに （ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡであって、 （ｉ）該標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメント；および （ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する、２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む、該タンパク質結合セグメント を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ を含む複合体であり、 該細胞は、植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物であり、 該細胞は、インビボのヒト細胞ではなく、ヒト生殖細胞ではなく、およびヒト胚細胞ではなく、 該修飾は標的ＤＮＡの切断である、 前記標的ＤＮＡを修飾する方法。 【請求項２】 前記細胞が動物細胞であり、該動物細胞が哺乳類細胞である、請求項１に記載の方法。 【請求項３】 前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８?１５塩基対を形成する、請求項１または２に記載の方法。 【請求項４】 前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして１５?１８塩基対を形成する、請求項１または２に記載の方法。 【請求項５】 前記ハイブリダイズして前記タンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡを形成するヌクレオチド間の相補性が７０％よりも大きい、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。 【請求項６】 前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。 【請求項７】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾ヌクレオチド塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。 【請求項８】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、ホスホロチオエート、ホスホルアミダート、非リン酸ジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート、５’－アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。 【請求項９】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 （ｉ）ホスホロチオエート、逆の極性を有する連結および脱塩基性ヌクレオシド連結から選択される、非天然ヌクレオシド間連結、 （ｉｉ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、並びに （ｉｉｉ）２’‐Ｏ‐メトキシメチル、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される修飾された糖部分、 の１つまたはそれ以上を含む、 請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１０】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）、２’－ジメチルアミノオキシエトキシ、２’－ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される、修飾された糖部分の１つまたはそれ以上を含む、 請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１１】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ５－メチルシトシン、５－ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４－チオウラシル、８－ハロアデニン、８－アミノアデニン、８－チオールアデニン、８－チオアルキルアデニン、８－ヒドロキシルアデニン、８－ハログアニン、８－アミノグアニン、８－チオールグアニン、８－チオアルキルグアニン、８－ヒドロキシルグアニン、５－ハロウラシル、５－ブロモウラシル、５－トリフルオロメチルウラシル、５－ハロシトシン、５－ブロモシトシン、５－トリフルオロメチルシトシン、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノ－アデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６もしくはＯ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシルおよび５－プロピニルシトシンから選択される、核酸塩基の１つまたはそれ以上を含む、 請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１２】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに、取り込み、分布、代謝または排出を向上させる部分、から選択される部分に結合されている、 請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１３】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、１つまたはそれ以上の部分又は結合体に化学的に連結されている、請求項１～１１のいずれか１項に記載の方法。 【請求項１４】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、介在ヌクレオチドによって共有結合されていない、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。 【請求項１５】 前記接触が、 （ａ）前記Ｃａｓ９ポリペプチド又は前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および （ｂ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡまたは前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド を前記細胞に導入することを含む、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１６】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド：の１つまたはそれ以上が、組み換え発現ベクターである、請求項１５に記載の方法。 【請求項１７】 前記組み換え発現ベクターが、ウイルスベクターである、請求項１６に記載の方法。 【請求項１８】 前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターからなる群から選択される、請求項１７に記載の方法。 【請求項１９】 前記組み換え発現ベクターが、プラスミドベクター、コスミドベクター、ミニサークルベクター、ファージベクターおよびウイルスベクターからなる群から選択される、請求項１６に記載の方法。 【請求項２０】 さらに、ドナーポリヌクレオチドを細胞に導入することを含む、請求項１５～１９のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２１】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの前記細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２２】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドのカルボキシル末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの前記細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項１～２０のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２３】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む、請求項１～２２のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２４】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９タンパク質に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する、請求項１～２３のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２５】 前記標的ＤＮＡが、非相同末端結合（ＮＨＥＪ）修復機構により編集される、請求項１～２４のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２６】 前記標的ＤＮＡが、相同組換え修復（ＨＤＲ）機構により編集される、請求項１～２４のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２７】 前記標的ＤＮＡが、ドナーポリヌクレオチドの配列を、該標的ＤＮＡ分子の切断された鎖に挿入することにより編集される、請求項１～２４のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２８】 組成物であって、 （ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド、または該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びに （ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドを含み、 該ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、 （ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含む、ＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および （ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡである、 前記組成物であって、 真核生物細胞内で、該標的ＤＮＡを、前記Ｃａｓ９ポリペプチドと前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体と接触させることにより、前記Ｃａｓ９ポリペプチドを標的ＤＮＡへと導くための組成物。 【請求項２９】 組成物であって、 （ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド、または該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びに （ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドを含み、 該ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、 （ｉ）標的ＤＮＡ内の１８～２５ヌクレオチド長の標的配列に対して、１００％の相補性を有するヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および （ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡである、 前記組成物。 【請求項３０】 組成物であって、 （ａ）Ｃａｓ９ポリペプチド、または該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、並びに （ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチドを含み、 該ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、 （ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含む、ＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および （ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、 以下の（Ａ）～（Ｄ） （Ａ）前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８～１５塩基対または１５～１８塩基対を形成すること： （Ｂ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、該Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進すること： （Ｃ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドのカルボキシル末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進すること： （Ｄ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド：の１つまたはそれ以上が、ウイルス発現ベクターであること： の少なくとも一つの特徴を有する、前記組成物。 【請求項３１】 前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８～１５塩基対または１５～１８塩基対を形成する、請求項２８～３０のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項３２】 前記ハイブリダイズして前記タンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡを形成するヌクレオチド間の相補性が７０％よりも大きい、請求項２８～３１のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項３３】 前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項２８～３２のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項３４】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、該Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項２８～３３のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項３５】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドのカルボキシル末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項２８～３３のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項３６】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドと前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、インビボのヒト細胞、ではない真核生物細胞中に存在する、請求項２８～３５のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項３７】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾ヌクレオチド塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項２８～３６のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項３８】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、ホスホロチオエート、ホスホルアミダート、非リン酸ジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート、５’－アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む、請求項２８～３６のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項３９】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 （ｉ）ホスホロチオエート、逆の極性を有する連結および脱塩基性ヌクレオシド連結から選択される、非天然ヌクレオシド間連結、 （ｉｉ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、並びに （ｉｉｉ）２’‐Ｏ‐メトキシメチル、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される修飾された糖部分、 の１つまたはそれ以上を含む、 請求項２８～３６のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項４０】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）、２’－ジメチルアミノオキシエトキシ、２’－ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される、修飾された糖部分の１つまたはそれ以上を含む、 請求項２８～３６のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項４１】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ５－メチルシトシン、５－ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４－チオウラシル、８－ハロアデニン、８－アミノアデニン、８－チオールアデニン、８－チオアルキルアデニン、８－ヒドロキシルアデニン、８－ハログアニン、８－アミノグアニン、８－チオールグアニン、８－チオアルキルグアニン、８－ヒドロキシルグアニン、５－ハロウラシル、５－ブロモウラシル、５－トリフルオロメチルウラシル、５－ハロシトシン、５－ブロモシトシン、５－トリフルオロメチルシトシン、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノ－アデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６もしくはＯ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシルおよび５－プロピニルシトシンから選択される、核酸塩基の１つまたはそれ以上を含む、 請求項２８～３６のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項４２】 該ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに、取り込み、分布、代謝または排出を向上させる部分、から選択される部分に結合されている、 請求項２８～４１のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項４３】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、１つまたはそれ以上の部分又は結合体に化学的に連結されている、請求項２８～４１のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項４４】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、介在ヌクレオチドによって共有結合されていない、請求項２８～４２のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項４５】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド：の１つまたはそれ以上が、組み換え発現ベクターである、請求項２８～４４のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項４６】 前記組み換え発現ベクターが、ウイルスベクターである、請求項４５に記載の組成物。 【請求項４７】 前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターからなる群から選択される、請求項４６に記載の組成物。 【請求項４８】 前記組み換え発現ベクターが、プラスミドベクター、コスミドベクター、ミニサークルベクター、ファージベクターおよびウイルスベクターからなる群から選択される、請求項４５に記載の組成物。 【請求項４９】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む、請求項２８～４８のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項５０】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９タンパク質に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する、請求項２８～４９のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項５１】 ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドを含有する組成物であって、 該ＤＮＡ標的化ＲＮＡが （ａ）標的ＤＮＡ内の標的配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含む、ＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および （ｂ）Ｃａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含むタンパク質結合セグメント を含み、 真核生物細胞内で、該標的ＤＮＡを、前記Ｃａｓ９ポリペプチドと前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体と接触させることにより、前記Ｃａｓ９ポリペプチドを標的ＤＮＡへと導くための組成物。 【請求項５２】 ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドであって、 該ＤＮＡ標的化ＲＮＡが （ａ）標的ＤＮＡ内の１８～２５ヌクレオチド長の標的配列に対して、１００％の相補性を有するヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および （ｂ）Ｃａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含むタンパク質結合セグメント を含む、前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。 【請求項５３】 ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドであって、 該ＤＮＡ標的化ＲＮＡが （ａ）標的ＤＮＡ内の標的配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含む、ＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および （ｂ）Ｃａｓ９タンパク質と相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含むタンパク質結合セグメント を含み、 以下の（Ａ）および（Ｂ） （Ａ）前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８～１５塩基対または１５～１８塩基対を形成すること： （Ｂ）前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチドが、ウイルス発現ベクターであること： の少なくとも一つの特徴を有する、前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。 【請求項５４】 前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８～１５塩基対または１５～１８塩基対を形成する、請求項５１に記載の組成物、または、請求項５２または５３に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡもしくは該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。 【請求項５５】 前記ハイブリダイズして前記タンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡを形成するヌクレオチド間の相補性が７０％よりも大きい、請求項５１または５４に記載の組成物、または、請求項５２～５４のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡもしくは該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。 【請求項５６】 前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項５１、５４～５５のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２～５５のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡもしくは該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。 【請求項５７】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾ヌクレオチド塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項５１、５４～５６のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２～５６のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。 【請求項５８】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、ホスホロチオエート、ホスホルアミダート、非リン酸ジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート、５’－アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む、請求項５１、５４～５６のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２～５６のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。 【請求項５９】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 （ｉ）ホスホロチオエート、逆の極性を有する連結および脱塩基性ヌクレオシド連結から選択される、非天然ヌクレオシド間連結、 （ｉｉ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、並びに （ｉｉｉ）２’‐Ｏ‐メトキシメチル、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される修飾された糖部分、 の１つまたはそれ以上を含む、 請求項５１、５４～５６のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２～５６のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。 【請求項６０】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）、２’－ジメチルアミノオキシエトキシ、２’－ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される、修飾された糖部分の１つまたはそれ以上を含む、 請求項５１、５４～５６のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２～５６のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。 【請求項６１】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ５－メチルシトシン、５－ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４－チオウラシル、８－ハロアデニン、８－アミノアデニン、８－チオールアデニン、８－チオアルキルアデニン、８－ヒドロキシルアデニン、８－ハログアニン、８－アミノグアニン、８－チオールグアニン、８－チオアルキルグアニン、８－ヒドロキシルグアニン、５－ハロウラシル、５－ブロモウラシル、５－トリフルオロメチルウラシル、５－ハロシトシン、５－ブロモシトシン、５－トリフルオロメチルシトシン、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノ－アデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６もしくはＯ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシルおよび５－プロピニルシトシンから選択される、核酸塩基の１つまたはそれ以上を含む、 請求項５１、５４～５６のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２～５６のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。 【請求項６２】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに、取り込み、分布、代謝または排出を向上させる部分、から選択される部分に結合されている、 請求項５１、５４～６１のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２～６１のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。 【請求項６３】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、１つまたはそれ以上の部分又は結合体に化学的に連結されている、請求項５１、５４～６１のいずれか一項に記載の組成物、または、請求項５２～６１のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ。 【請求項６４】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、介在ヌクレオチドによって共有結合されていない、請求項５１、５４～６２のいずれか一項に記載の組成物、請求項５２～６２のいずれか１項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または請求項５２～５６のいずれか一項に記載の、前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド。 【請求項６５】 １つまたはそれ以上の核酸であって、 （ａ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする、１つまたはそれ以上のヌクレオチド配列を含み、該ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、 （ｉ）標的ＤＮＡ内の標的配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメント、および （ｉｉ）Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、前記ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、 前記１つまたはそれ以上のヌクレオチド配列は、真核生物細胞において機能的な１つまたはそれ以上のプロモーターに作動可能に連結しており、並びに、 （ｂ）Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、真核生物細胞において機能的なプロモーターに作動可能に連結している、ヌクレオチド配列、 を含んでもよい、 前記１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項６６】 前記核酸は１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターである、請求項６５に記載の１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項６７】 前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターが、１つまたはそれ以上のウイルスベクターである、請求項６６に記載の１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項６８】 前記１つまたはそれ以上のウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターからなる群から選択される、請求項６７に記載の１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項６９】 前記１つまたはそれ以上の組み換え発現ベクターが、プラスミドベクター、コスミドベクター、ミニサークルベクター、ファージベクターおよびウイルスベクターからなる群から選択される、請求項６６に記載の１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項７０】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列が、前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に共有結合的に連結された、タンパク質形質導入ドメインをコードし、ここで、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの前記真核生物細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項６５～６９のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項７１】 前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８?１５塩基対または１５～１８塩基対を形成する、請求項６５～７０のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項７２】 前記ハイブリダイズして前記タンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡを形成するヌクレオチド間の相補性が７０％よりも大きい、請求項６５～７１のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項７３】 前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項６５～７２のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項７４】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む、請求項６５～７３のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項７５】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９タンパク質に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する、請求項６５～７４のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸。 【請求項７６】 キットであって、 （ａ）Ｃａｓ９ポリペプチドまたは該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードする核酸、並びに （ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上の核酸を含み、 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、 （ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および （ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、該ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、 （ａ）および（ｂ）は単一のまたは別々の容器中に存在する、 前記キットであって、 真核生物細胞内で、該標的ＤＮＡを、前記Ｃａｓ９ポリペプチドと前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体と接触させることにより、前記Ｃａｓ９ポリペプチドを標的ＤＮＡへと導くためのキット。 【請求項７７】 キットであって、 （ａ）Ｃａｓ９ポリペプチドまたは該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードする核酸、並びに （ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上の核酸を含み、 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、 （ｉ）標的ＤＮＡ内の１８～２５ヌクレオチド長の標的配列に対して、１００％の相補性を有するヌクレオチドを含むＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および （ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、該ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、 （ａ）および（ｂ）は単一のまたは別々の容器中に存在する、 前記キット。 【請求項７８】 キットであって、 （ａ）Ｃａｓ９ポリペプチドまたは該Ｃａｓ９ポリペプチドをコードする核酸、並びに （ｂ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上の核酸を含み、 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、 （ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメントであって、該標的ＤＮＡが植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物内に存在するＤＮＡ標的化セグメント、および （ｉｉ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、該タンパク質結合セグメントは、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、該ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む該タンパク質結合セグメント を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡであり、 （ａ）および（ｂ）は単一のまたは別々の容器中に存在する、 前記キットであり、 以下の（Ａ）および（Ｂ） （Ａ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、および前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする１つまたはそれ以上のＤＮＡポリヌクレオチド：の１つまたはそれ以上が、ウイルス発現ベクターであること： （Ｂ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドのカルボキシル末端またはアミノ末端に、タンパク質形質導入ドメインが共有結合的に連結されており、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進すること： の少なくとも一つの特徴を有する、前記キット。 【請求項７９】 前記標的ＤＮＡが染色体ＤＮＡである、請求項７６～７８のいずれか一項に記載のキット。 【請求項８０】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む前記核酸、および前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするヌクレオチド配列を含む前記１つまたはそれ以上の核酸：の１つまたはそれ以上が、組み換え発現ベクターである、請求項７６～７９のいずれか一項に記載のキット。 【請求項８１】 前記組み換え発現ベクターが、ウイルスベクターである、請求項８０に記載のキット。 【請求項８２】 前記ウイルスベクターが、レトロウイルスベクター、レンチウイルスベクター、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純疱疹ウイルスベクターからなる群から選択される、請求項８１に記載のキット。 【請求項８３】 前記組み換え発現ベクターが、プラスミドベクター、コスミドベクター、ミニサークルベクター、ファージベクターおよびウイルスベクターからなる群から選択される、請求項８０に記載のキット。 【請求項８４】 タンパク質形質導入ドメインが、前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に共有結合的に連結されており、ここで、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞の基質から小器官内への移行を促進する、請求項７６～８３のいずれか一項に記載のキット。 【請求項８５】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾ヌクレオチド塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項７６～８４のいずれか一項に記載のキット。 【請求項８６】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、ホスホロチオエート、ホスホルアミダート、非リン酸ジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート、５’－アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む、請求項７６～８４のいずれか一項に記載のキット。 【請求項８７】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 （ｉ）ホスホロチオエート、逆の極性を有する連結および脱塩基性ヌクレオシド連結から選択される、非天然ヌクレオシド間連結、 （ｉｉ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、並びに （ｉｉｉ）２’‐Ｏ‐メトキシメチル、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される修飾された糖部分、 の１つまたはそれ以上を含む、 請求項７６～８４のいずれか一項に記載のキット。 【請求項８８】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）、２’－ジメチルアミノオキシエトキシ、２’－ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される、修飾された糖部分の１つまたはそれ以上を含む、 請求項７６～８４のいずれか一項に記載のキット。 【請求項８９】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ５－メチルシトシン、５－ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４－チオウラシル、８－ハロアデニン、８－アミノアデニン、８－チオールアデニン、８－チオアルキルアデニン、８－ヒドロキシルアデニン、８－ハログアニン、８－アミノグアニン、８－チオールグアニン、８－チオアルキルグアニン、８－ヒドロキシルグアニン、５－ハロウラシル、５－ブロモウラシル、５－トリフルオロメチルウラシル、５－ハロシトシン、５－ブロモシトシン、５－トリフルオロメチルシトシン、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノ－アデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５－置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６もしくはＯ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシルおよび５－プロピニルシトシンから選択される、核酸塩基の１つまたはそれ以上を含む、 請求項７６～８４のいずれか一項に記載のキット。 【請求項９０】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに、取り込み、分布、代謝または排出を向上させる部分、から選択される部分に結合されている、 請求項７６～８９のいずれか一項に記載のキット。 【請求項９１】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、１つまたはそれ以上の部分又は結合体に化学的に連結されている、請求項７６～８９のいずれか１項に記載のキット。 【請求項９２】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、介在ヌクレオチドによって共有結合されていない、請求項７６～９０のいずれか１項に記載のキット。 【請求項９３】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つまたはそれ以上の変異を含む、請求項７６～９２のいずれか一項に記載のキット。 【請求項９４】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９タンパク質に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する、請求項７６～９３のいずれか一項に記載のキット。 【請求項９５】 患者の治療的な処置方法において用いるための、請求項２８～６４のいずれか一項に記載の組成物、請求項５２～６４のいずれか一項に記載のＤＮＡ標的化ＲＮＡ、請求項５２～５６、６４のいずれか一項に記載の、前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードするＤＮＡポリヌクレオチド、請求項６５～７５のいずれか一項に記載の１つまたはそれ以上の核酸、または請求項７６～９４のいずれか一項に記載のキット。 【請求項９６】 遺伝子改変された真核生物細胞であって、 １つまたはそれ以上の （ａ）ＤＮＡ標的化ＲＮＡおよび／または該ＤＮＡ標的化ＲＮＡをコードする核酸であって、該ＤＮＡ標的化ＲＮＡは、 （ｉ）標的ＤＮＡ内の配列に対して相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化セグメント、および （ｉｉ）Ｃａｓ９ポリペプチドと相互作用するタンパク質結合セグメントであって、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドを含み、該ｄｓＲＮＡは、ｔｒａｃｒＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）の相補的ヌクレオチドを含む前記タンパク質結合セグメント を含む単一分子ＤＮＡ標的化ＲＮＡ、並びに、 （ｂ）前記Ｃａｓ９ポリペプチドおよび／またはＣａｓ９ポリペプチドをコードする核酸 を含む前記遺伝子改変された真核生物細胞であって、 インビボのヒト細胞ではなく、ヒト生殖細胞ではなく、およびヒト胚細胞ではない、前記遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項９７】 前記２つの相補的な一続きのヌクレオチドは、ハイブリダイズして８～１５塩基対または１５～１８塩基対を形成する、請求項９６に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項９８】 該ハイブリダイズして該タンパク質結合セグメントのｄｓＲＮＡを形成するヌクレオチド間の相補性が７０％よりも大きい、請求項９６または９７に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項９９】 前記標的ＤＮＡが前記真核生物細胞の染色体ＤＮＡである、請求項９６～９８のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１００】 タンパク質形質導入ドメインが、前記Ｃａｓ９ポリペプチドのアミノ末端またはカルボキシル末端に共有結合的に連結されており、ここで、前記タンパク質形質導入ドメインは、前記Ｃａｓ９ポリペプチドの細胞基質から細胞小器官内への移行を促進する、請求項９６～９９のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１０１】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、修飾ヌクレオチド塩基、修飾骨格または非天然ヌクレオシド間連結、修飾された糖部分、Ｌｏｃｋｅｄ核酸およびペプチド核酸の１つまたはそれ以上を含む、請求項９６～１００のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１０２】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、ホスホロチオエート、ホスホルアミダート、非リン酸ジエステル、ヘテロ原子、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’－アルキレンホスホネート、５’－アルキレンホスホネート、キラルホスホネート、ホスフィネート、３’－アミノホスホルアミダート、アミノアルキルホスホルアミダート、ホスホロジアミダート、チオノホスホルアミダート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル、セレノホスフェートおよびボラノホスフェートの１つまたはそれ以上を含む非天然ヌクレオシド間連結を含む、請求項９６～１００のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１０３】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 （ｉ）ホスホロチオエート、逆の極性を有する連結および脱塩基性ヌクレオシド連結から選択される、非天然ヌクレオシド間連結、 （ｉｉ）Ｌｏｃｋｅｄ核酸（ＬＮＡ）、並びに （ｉｉｉ）２’‐Ｏ‐メトキシメチル、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される修飾された糖部分、 の１つまたはそれ以上を含む、 請求項９６～１００のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１０４】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）、２’－ジメチルアミノオキシエトキシ、２’－ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’‐Ｏ‐メチルおよび２’‐フルオロから選択される、修飾された糖部分の１つまたはそれ以上を含む、 請求項９６～１００のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１０５】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ５－メチルシトシン、５－ヒロドキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２－アミノアデニン、アデニンの６－メチル誘導体、グアニンの６－メチル誘導体、アデニンの２－プロピル誘導体、グアニンの２－プロピル誘導体、２－チオウラシル、２－チオチミン、２－チオシトシン、５－プロピニルウラシル、５－プロピニルシトシン、６－アゾウラシル、６－アゾシトシン、６－アゾチミン、偽ウラシル（ｐｓｅｕｄｏｕｒａｃｉｌ）、４－チオウラシル、８－ハロアデニン、８－アミノアデニン、８－チオールアデニン、８－チオアルキルアデニン、８－ヒドロキシルアデニン、８－ハログアニン、８－アミノグアニン、８－チオールグアニン、８－チオアルキルグアニン、８－ヒドロキシルグアニン、５－ハロウラシル、５－ブロモウラシル、５－トリフルオロメチルウラシル、５－ハロシトシン、５－ブロモシトシン、５－トリフルオロメチルシトシン、５－置換ウラシル、５－置換シトシン、７－メチルグアニン、７－メチルアデニン、２－Ｆ－アデニン、２－アミノ－アデニン、８－アザグアニン、８－アザアデニン、７－デアザグアニン、７－デアザアデニン、３－デアザグアニン、３－デアザアデニン、三環式ピリミジン、フェノキサジンシチジン、フェノチアジンシチジン、置換フェノキサジンシチジン、カルバゾールシチジン、ピリドインドールシチジン、７－デアザグアノシン、２－アミノピリジン、２－ピリドン、５?置換ピリミジン、６－アザピリミジン、Ｎ－２、Ｎ－６もしくはＯ－６置換プリン、２－アミノプロピルアデニン、５－プロピニルウラシルおよび５－プロピニルシトシンから選択される、核酸塩基の１つまたはそれ以上を含む、 請求項９６～１００のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１０６】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが、 ポリアミン、ポリアミド、ポリエチレングリコール、ポリエーテル、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、チオコレステロール、脂肪族鎖、リン脂質、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ－カルボニル－オキシコレステロール部分、ビオチン、フェナジン、葉酸、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、色素、クマリン、取り込みを増強する部分、分解への耐性を増強する部分および／または配列特異的なハイブリダイゼーションを強化する部分、並びに、取り込み、分布、代謝または排出を向上させる部分、から選択される部分に結合されている、 請求項９６～１０５のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１０７】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、１つまたはそれ以上の部分又は結合体に化学的に連結されている、請求項９６～１０５のいずれか１項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１０８】 前記ＤＮＡ標的化ＲＮＡが２つのＲＮＡ分子を含み、そのそれぞれが、ハイブリダイズしてｄｓＲＮＡを形成する２つの相補的な一続きのヌクレオチドの一方を含み、該２つのＲＮＡ分子は、介在ヌクレオチドによって共有結合されていない、請求項９６～１０６のいずれか１項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１０９】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、ＲｕｖＣドメインおよび／またはＨＮＨドメインに１つ以上の変異を含む、請求項９６～１０８のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１１０】 前記Ｃａｓ９ポリペプチドが、対応する野生型Ｃａｓ９タンパク質に比して、低いヌクレアーゼ活性を有する、請求項９６～１０９のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。 【請求項１１１】 前記遺伝子改変された真核生物細胞が、インビボのヒト細胞ではない、請求項９６～１１０のいずれか一項に記載の遺伝子改変された真核生物細胞。」 第３ 当事者の主張及び証拠方法 １ 請求人の主張及び証拠方法 請求人は、 「特許第６６９２８５６号の特許請求の範囲の請求項１、２、６、１５乃至１９、２１、２２、２５、２８乃至３０、３３乃至３６、４５乃至４８、５１乃至５３、５６、６５乃至７０、７３、７６乃至８４、９５、９６、９９、１００及び１１１に記載された発明についての特許を無効とする。審判費用は被請求人の負担とする」 との審決を求め、以下の（１）～（３）の点を主張し、証拠方法として以下の（４）に記載の書証を提出した。 （１）本件発明の優先日 本件発明の特徴点である、真核細胞中でのＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システム（合議体注：本件発明のＣａｓ９ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体のことと解される。）による標的遺伝子の切断は、第１及び第２優先基礎出願の出願書類には記載されていないから、本件特許は、第１及び第２優先基礎出願に基づく優先権主張の利益を享受することができず、第３優先基礎出願の出願日である２０１３年１月２８日に出願したものとみなすべきである。 （２）無効理由１（拡大先願／甲１） 本件特許の請求項１、２、６、１５乃至１９、２１、２２、２５、２８乃至３０、３３乃至３６、４５乃至４８、５１乃至５３、５６、６５乃至７０、７３、７６乃至８４、９５、９６、９９、１００及び１１１に記載された発明は、その出願の日（上記（１）のとおり、第３優先基礎出願の出願日である２０１３年１月２８日）前の外国語特許出願であって、その出願後に国際公開がされたＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０７４６６７（国際公開第２０１４／０９３６２２号、特表２０１６－５０１５３１号公報／甲第１号証）の国際出願日における国際出願の明細書、請求の範囲又は図面に記載された発明と同一であり、またこの出願の時において、その出願人が上記外国語特許出願の出願人と同一でもないので、特許法第１８４条の１３で読み替えられた同法第２９条の２の規定により、特許を受けることができないものであり、上記発明に係る特許は、同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきものである。 （３）無効理由２（拡大先願／甲２） 本件特許の請求項１、２、６、１５乃至１９、２１、２２、２５、２８乃至３０、３３乃至３６、４５乃至４８、５１乃至５３、５６、６５乃至７０、７３、７６乃至８４、９５、９６、９９、１００及び１１１に記載された発明は、その出願の日（上記（１）のとおり、第３優先基礎出願の出願日である２０１３年１月２８日）前の外国語特許出願であって、その出願後に国際公開がされたＰＣＴ／ＫＲ２０１３／００９４８８（国際公開第２０１４／０６５５９６号、特表２０１６－５００００３号公報／甲第２号証）の国際出願日における国際出願の明細書、請求の範囲又は図面に記載された発明と同一であり、またこの出願の時において、その出願人が上記外国語特許出願の出願人と同一でもないので、特許法第１８４条の１３で読み替えられた同法第２９条の２の規定により、特許を受けることができないものであり、上記発明に係る特許は、同法第１２３条第１項第２号に該当し、無効とすべきものである。 （４）証拠方法 甲第１号証：特表2016-501531号公報 甲第２号証：特表2016-500003号公報 甲第３号証：米国特許出願61/652086号の出願書類 甲第４号証：米国特許出願61/716526号の出願書類 甲第５号証：米国特許出願61/736527号の出願書類 甲第６号証：米国出願61/717324号の出願書類 甲第７号証：Decision on Motions of Patent Interference No. 106,115 甲第８号証：DECLARATION OF TECHNICAL EXPERT CHAD MIRKIN, PH.D., IN SUPPORT OF BROAD 甲第９号証：Catalyst Magazine 18-20 <https://berkeley.app.box.com/v/catalyst-9-1> 甲第１０号証：eLIFE; Vol.2, e00471 (2013) <https://elifesciences.org/articles/00471＞ 甲第１１号証：米国のPatent Interference No.106,115でBROAD側の提出した「BROAD OPPOSITION 2 <https://acts.uspto.gov/ifiling/PublicView.jsp> 甲第１２号証：Decision on Priority of Patent Interference No. 106,115 <https://acts.uspto.gov/ifiling/PublicView.jsp> 甲第１３号証：DECLARATION OF BRYAN R. CULLEN, PH.D. UNDER 37 C.F.R. § 1.132 <https://acts.uspto.gov/ifiling/PublicView.jsp> Interference No. 106,115のBroad Ex.3451 甲第１４号証：PLoS ONE; Vol. 3 (9), e3121, 1-15 (2008) 甲第１５号証：J.Mol.Biol.; Vol.223, 67-78 (1992) 甲第１６号証：Genes & Development; Vol.7, 2016-2032 (1993) 甲第１７号証：EMBO J.; Vol.15(3), 569-580 (1996) 甲第１８号証：Journal of Virology; Vol.73 (3), 1868-1877 (1999) 甲第１９号証：Gene Therapy; Vol.16, 1189-1201 (2009) 甲第２０号証：米国特許出願14/054,414のNOTICE OF ALLOWANCE 甲第２１号証：米国のPatent Interference No.106,115のCAFCにおける控訴審でBROAD側の提出した「OPENING BRIEF FOR CROSS-APPELLANTS」 甲第２２号証：Genome Biology; Vol.18, 218 (2017) 甲第２２－３号証：Addgene: p3s-Cas9-HN Sequences <https://www.addgene.org/104171/sequences/> Addgene p3s-Cas9-HN Sequencing Result - Sequence Analyzer <https://www.addgene.org/browse/sequence/199282/ > 甲第２２－４号証：NCBI Blast: Cas9-WT (p3s-Cas9-HN) vs PCT KR 2013 009488 <https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi > 甲第２３号証：Decision - Motions of Patent Interference No. 106,132 甲第２４号証：米国のPatent Interference No.106,048のCAFCにおける控訴審No.2017-1907の判決 甲第２５号証：ウィキペディア「細胞膜透過ペプチド」 <https://ja.wikipedia.org/wiki/細胞膜透過ペプチド > （以下、「甲１」、「甲２」等という。） ２ 被請求人の主張及び証拠方法 被請求人は、 「本件無効審判の請求は成り立たない、審判費用は請求人の負担とする」 との審決を求め、請求人の主張する上記無効理由は理由がない旨主張し、証拠方法として以下の書証を提出した。 乙第１号証：PRESS RELEASE, The Nobel Prize in Chemistry 2020 乙第２の１号証：Doyon博士の意見書 乙第２の２号証：乙第２の１号証翻訳文 乙第２の３号証：乙第２の１号証の参考文献と本件甲・乙号証の対応 乙第２の４号証：Doyon博士の履歴書 乙第３の１号証：Randou博士の意見書 乙第３の２号証：乙第３の１号証翻訳文 乙第４の１号証：Wahle博士の意見書 乙第４の２号証：乙第４の１号証翻訳文 乙第５の１号証：Zamore博士の意見書 乙第５の２号証：乙第５の１号証翻訳文 乙第６の１号証：Sontheimer博士の証言書 乙第６の２号証：乙第６の１号証翻訳文 乙第７の１号証：Barrangou博士の証言書 乙第７の２号証：乙第７の１号証翻訳文 乙第８号証：異議の決定（異議2020-700867） 乙第９号証：審決（不服2017-13795） 乙第１０号証：審決（不服2017-019510） 乙第１１号証：審決（不服2020-000013） 乙第１２の１号証：Science; Vol.337(6096), 816-821および Supplementary Information 乙第１２の２号証：乙第１２の１号証翻訳文 乙第１３号証：Nature Methods; Vol.8(1), 74-79 (2010) 乙第１４号証：Nature; Vol.482(7385), 331-338 (2012) 乙第１５号証：Annu. Rev. Genet.; Vol.45, 273-297 (2011) 乙第１６号証：Nature Reviews Microbiology; Vol.9, 467-477 (2011) 乙第１７号証：Nature; Vol.463(7280), 568-571 (2010) 乙第１８号証：Nature; Vol.468(7320), 67-72 (2010) 乙第１９号証：Science; Vol.327(5962), 167-170 (2010) 乙第２０号証：Microbiology; Vol.155(3), 733-740 (2009) 乙第２１号証：Nucleic Acids Research; Vol.39(21), 9275-9282 (2011) 乙第２２号証：Journal of Bacteriology; Vol.190(4), 1401-1412 (2008) 乙第２３号証：Nature; Vol.471(7340), 602-607 およびSupplementary Information (2011) 乙第２４号証：Journal of Bacteriology; Vol.190(4), 1390-1400 (2008) 乙第２５号証：Curr. Opin. Microbiol.; Vol.14(3), 321-327 (2011) 乙第２６号証：The Journal of Cell Biology; Vol.137(2), 291-303 (1997) 乙第２７号証：Molecular and Cellular Biology; Vol.20(1), 213-223 (2000) 乙第２８号証：Nature Protocols; Vol.2(10), 2325-2331 (2007) 乙第２９号証：Proc. Natl. Acad. Sci. USA; Vol.105(50), 19821-19826 (2008) 乙第３０号証：PLoS ONE; Vol.3(9), e3121, 1-15 (2008) 乙第３１号証：Journal of Genetics and Genomics; Vol.39(5), 209-215 (2012) 乙第３２号証：Methods in Molecular Biology: Molecular Embryology Methods and Protocols; Vol.97, 487-490 (1999) 乙第３３号証：Methods in Molecular Biology: Molecular Methods in Developmental Biology Xenopus and Zebrafish； Vol.127, 125-132 (1999) 乙第３４号証：Developmental Biology; Vol.217(2), 394-405 (2000) 乙第３５号証：Nature Biotechnology; Vol.26(6), 695-701 (2008) 乙第３６号証：Nature Biotechnology; Vol.26(6), 702-708およびSupplementary Information (2008) 乙第３７号証：Nature Protocols; Vol.4(12), 1855-1868 (2009) 乙第３８号証：PLoS ONE; Vol.4(2), e4348, 1-13 (2009) 乙第３９号証：Proc. Natl. Acad. Sci. 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Mol. Biol.; Vol.223(1), 67-78 (1992) 乙第１１５号証：Genes &. Development; Vol.7(10), 2016-2032 (1993) 乙第１１６号証：本件優先基礎出願１（米国特許出願61/652086号）の翻訳文 乙第１１７号証：本件優先基礎出願2（米国特許出願61/716256号）の翻訳文 乙第１１８号証：Gene Therapy; Vol.6(2), 263-270 (1999) 乙第１１９号証：Journal of Virology; Vol.73(3), 1868-1877 (1999) 乙第１２０号証：Gene Therapy; Vol.16, 1189-1201 (2009) 乙第１２１号証：Methods; Vol.56(3), 351-357 (2012) 乙第１２２の１号証：欧州特許出願EP18152360.2/欧州特許EP3401400に係る異議申立事件の決定の理由 乙第１２２の２号証：欧州特許出願EP18152360.2/欧州特許EP3401400に係る異議申立事件の予備的請求 乙第１２３号証：欧州特許出願EP13793997.1/欧州特許EP2800811に係る異議申立事件の決定の理由 乙第１２４号証：知的財産高等裁判所 令和４年１２月２１日判決言渡 令和３年（行ケ）第１０１２９号審決取消請求事件判決文 乙第１２５号証：Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A; Vol.85, 166-5170 (1988) 乙第１２６号証：PloS One; 1:e162, 1-4 (2007) 乙第１２７号証：MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY; Vol.7(6), 2087-2096 (1987) 乙第１２８号証：Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A; Vol.97(11), 5995-6000 (2000) 乙第１２９号証：MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY; Vol.8(19), 4204-4211 (1988) 乙第１３０号証：Methods in Molecular Biology; Vol.113, 465-471 (1999) 乙第１３１号証：Nucleic Acids Res.; Vol.39(21), 9275-9282, Supplementary Figures (2011) （乙第２１号証 について引用箇所の追加） 乙第１３２号証：CRISPR 2012: 5th Annual CRISPR research meeting Program & Conference Logistics 乙第１３３号証：Science; Vol.339(6121), 823-826 (2013) 乙第１３４号証：Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.; Vol.93, 3094-3098 (1996) 乙第１３５号証：Molecular and Cellular Biology; Vol. 21(1), 289-297 (2001) 乙第１３６号証：Mechanisms of Development; Vol.118, pp.91-98 (2002) 乙第１３７号証：Nature Biotechnology; Vol.29, 143-148 および Supplementary Information (2010) 乙第１３８号証：Life; Vol.62(3), 183-193 (2010) 乙第１３９号証：THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY; Vol.269(14), 10444-10450 (1994) 乙第１４０号証：DIABETES; Vol.52, 1732-1737 (2003) 乙第１４１号証：Circulation Journal; Vol.66, 1155-1160 (2002) 乙第１４２号証：RNA; Vol.9, 493-501 (2003) 乙第１４３号証：THE JOURNAL OF GENE MEDICINE; Vol.8, 433-441 (2006) 乙第１４４号証：Genesis, The Journal of Genetics and Development; Vol.51(12), 835-843 (2013) 乙第１４５号証：Cell Research; Vol.23, 720-723 (2013) 乙第１４６号証：特表2016-505256号公報 乙第１４７号証：THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY; Vol.276(14), 11323-11334 (2001) 乙第１４８号証：Nucleic Acids Research; Vol.29, 4826-4833 (2001) 乙第１４９号証：Biochimie; Vol.92, 1715-1721 (2010) 乙第１５０号証：Proceedings of the National Academy of Sciences; Vol.85, 5166-5170 (1988) 乙第１５１号証：Nature; Vol.456, 357-362 (2008) 乙第１５２号証：Streptococcus-bacterial genus-Microbiology Dictionary, Hardy Diagnostics URL:https://catalog.hardydiagnostics.com/cp_prod/Content/hugo/Streptococcus.htm 乙第１５３号証：Nature Review Genetics; Vol.11, 636-646 (2010) 乙第１５４号証：Nature; Vol.457, 405-412 (2009) 乙第１５５号証：Nature; Vol.411, 494-498 (2001) 乙第１５６号証：Nature; Vol.471, 602-609 (2011),およびSupplementary Information 乙第１５７号証：Biology of the Cell; Vol.100, 125-138 (2008) 乙第１５８号証：Proceedings of the Royal Society of London. Series A, Containing Papers of a Mathematical and Physical Character; Vol.106, 724-749 (1924) 乙第１５９号証：Science; Vol.351(6268), 84-88 (2016), およびSupplementary materials 乙第１６０号証：Nature; Vol.529, 490-495 (2016) 乙第１６１号証：Curr.Biol.; Vol.26;15(2), R61-64 (2016) 乙第１６２号証：GENES & DEVELOPMENT; Vol.16, 948-958 (2002) （以下、「乙１」、「乙２」等という。） 第４ 当審の判断 １ 証拠の記載事項 （１）甲１の記載事項 甲１（特表2016-501531号公報）には、次の事項が記載されている（下線は当審で付与した。以下の証拠についても同様である。）。 「【特許請求の範囲】 【請求項１】 目的ゲノム遺伝子座における標的配列の操作により生物または非ヒト生物を改変する方法において、 Ａ）－Ｉ．ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系キメラＲＮＡ（ｃｈｉＲＮＡ）ポリヌクレオチド配列であって、 （ａ）真核細胞中の標的配列にハイブリダイズし得るガイド配列、 （ｂ）ｔｒａｃｒメイト配列、および （ｃ）ｔｒａｃｒ配列、 を含むポリヌクレオチド配列、および ＩＩ．ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするポリヌクレオチド配列であって、場合により少なくとも１つ以上の核局在化配列を含む配列 ［（ａ）、（ｂ）および（ｃ）は、５’から３’配向で配置されており、 転写されると前記ｔｒａｃｒメイト配列が前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズし、かつ前記ガイド配列が前記標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向し、および 前記ＣＲＩＳＰＲ複合体は、（１）前記標的配列にハイブリダイズされる前記ガイド配列、および（２）前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズされる前記ｔｒａｃｒメイト配列と複合体形成している前記ＣＲＩＳＰＲ酵素を含み、かつ前記ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするポリヌクレオチド配列は、ＤＮＡまたはＲＮＡである］、 または （Ｂ）Ｉ．ポリヌクレオチドであって、 （ａ）真核細胞中の標的配列にハイブリダイズし得るガイド配列、および （ｂ）少なくとも１つ以上のｔｒａｃｒメイト配列 を含むポリヌクレオチド、 ＩＩ．ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするポリヌクレオチド配列、および ＩＩＩ．ｔｒａｃｒ配列を含むポリヌクレオチド配列 ［転写されると前記ｔｒａｃｒメイト配列が前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズし、かつ前記ガイド配列が前記標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向し、および 前記ＣＲＩＳＰＲ複合体は、（１）前記標的配列にハイブリダイズされる前記ガイド配列、および（２）前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズされる前記ｔｒａｃｒメイト配列と複合体形成している前記ＣＲＩＳＰＲ酵素を含み、かつ前記ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするポリヌクレオチド配列は、ＤＮＡまたはＲＮＡである］ を含む天然に存在しないまたはエンジニアリングされた組成物を送達することを含む、方法。 【請求項２】 前記ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするポリヌクレオチド配列、ガイド配列、ｔｒａｃｒメイト配列またはｔｒａｃｒ配列の一部または全部がＲＮＡである、請求項１に記載の方法。 【請求項３】 前記ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードする配列、前記ガイド配列、ｔｒａｃｒメイト配列またはｔｒａｃｒ配列をコードするポリヌクレオチドがＲＮＡであり、かつリポソーム、ナノ粒子、エキソソーム、微小胞、または遺伝子銃によって送達される、請求項１または２に記載の方法。 【請求項４】 前記ポリヌクレオチドが、１つ以上のベクターを含むベクター系内に含まれる、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。 【請求項５】 目的ゲノム遺伝子座における標的配列の操作により生物または非ヒト生物を改変する方法であって、 組成物を発現させるため組成物を作動可能にコードする１つ以上のウイルスベクターを含むウイルスベクター系を含む天然に存在しないまたはエンジニアリングされた組成物を送達することを含み、前記組成物が、 （Ａ）天然に存在しないまたはエンジニアリングされた組成物であって Ｉ．ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系キメラＲＮＡ（ｃｈｉＲＮＡ）ポリヌクレオチド配列に作動可能に結合している第１の調節エレメントであって、前記ポリヌクレオチド配列が、 （ａ）真核細胞中の標的配列にハイブリダイズし得るガイド配列、 （ｂ）ｔｒａｃｒメイト配列、および （ｃ）ｔｒａｃｒ配列、 を含む、第１の調節エレメント、および ＩＩ．ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードする酵素コード配列に作動可能に結合している第２の調節エレメントであって、場合により少なくとも１つ以上の核局在化配列を含む第２の調節エレメント ［（ａ）、（ｂ）および（ｃ）は、５’から３’配向で配置されており、 成分ＩおよびＩＩは、前記系の前記同じまたは異なるベクター上にあり、 転写されると前記ｔｒａｃｒメイト配列が前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズし、かつ前記ガイド配列が前記標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向し、および 前記ＣＲＩＳＰＲ複合体は、（１）前記標的配列にハイブリダイズされる前記ガイド配列、および（２）前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズされる前記ｔｒａｃｒメイト配列と複合体形成している前記ＣＲＩＳＰＲ酵素を含む］ を含む１つ以上のベクターを含むベクター系を含む組成物、 または （Ｂ）天然に存在しないまたはエンジニアリングされた組成物であって Ｉ．第１の調節エレメントであって、 （ａ）真核細胞中の標的配列にハイブリダイズし得るガイド配列、および （ｂ）少なくとも１つ以上のｔｒａｃｒメイト配列 に作動可能に結合している第１の調節エレメント、 ＩＩ．ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードする酵素コード配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント、および ＩＩＩ．ｔｒａｃｒ配列に作動可能に結合している第３の調節エレメント ［成分Ｉ、ＩＩおよびＩＩＩは前記系の前記同じまたは異なるベクター上にあり、 転写されると前記ｔｒａｃｒメイト配列が前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズし、かつ前記ガイド配列が前記標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向し、および 前記ＣＲＩＳＰＲ複合体は、（１）前記標的配列にハイブリダイズされる前記ガイド配列、および（２）前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズされる前記ｔｒａｃｒメイト配列と複合体形成している前記ＣＲＩＳＰＲ酵素を含む］ を含む１つ以上のベクターを含むベクター系を含む組成物 を含む、方法。 【請求項６】 前記ウイルスベクターの１つ以上が、リポソーム、ナノ粒子、エキソソーム、微小胞、または遺伝子銃によって送達される、請求項５に記載の方法。 【請求項７】 目的ゲノム遺伝子座中の標的配列の異常により引き起こされる病態の治療または阻害が必要とされる対象または非ヒト対象における目的ゲノム遺伝子座中の標的配列の異常により引き起こされる病態を治療または阻害する方法であって、前記標的配列の操作により前記対象または非ヒト対象を改変することを含み、前記病態は、 組成物を発現させるためその組成物を作動可能にコードする１つ以上のＡＡＶまたはレンチウイルスベクターを含むＡＡＶまたはレンチウイルスベクター系を含む天然に存在しないまたはエンジニアリングされた組成物を送達すること を含む治療を提供することを含む前記標的配列の操作による治療または阻害に感受性があり、前記標的配列は発現時の前記組成物により操作され、前記組成物が、 （Ａ）天然に存在しないまたはエンジニアリングされた組成物であって、 Ｉ．ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系キメラＲＮＡ（ｃｈｉＲＮＡ）ポリヌクレオチド配列に作動可能に結合している第１の調節エレメントであって、前記ポリヌクレオチド配列が、 （ａ）真核細胞中の標的配列にハイブリダイズし得るガイド配列、 （ｂ）ｔｒａｃｒメイト配列、および （ｃ）ｔｒａｃｒ配列 を含む、第１の調節エレメント、および ＩＩ．少なくとも１つ以上の核局在化配列を含むＣＲＩＳＰＲ酵素をコードする酵素コード配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント ［（ａ）、（ｂ）および（ｃ）は、５’から３’配向で配置されており、 成分ＩおよびＩＩは、前記系の前記同じまたは異なるベクター上にあり、 転写されると前記ｔｒａｃｒメイト配列が前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズし、かつ前記ガイド配列がＣＲＩＳＰＲ複合体と前記標的配列との配列特異的結合を指向し、および 前記ＣＲＩＳＰＲ複合体は、（１）前記標的配列にハイブリダイズされる前記ガイド配列、および（２）前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズされる前記ｔｒａｃｒメイト配列と複合体形成している前記ＣＲＩＳＰＲ酵素を含む］ を含む１つ以上のベクターを含むベクター系を含む組成物、 または （Ｂ）天然に存在しないまたはエンジニアリングされた組成物であって、 Ｉ．第１の調節エレメントであって （ａ）真核細胞中の標的配列にハイブリダイズし得るガイド配列、および （ｂ）少なくとも１つ以上のｔｒａｃｒメイト配列 に作動可能に結合している第１の調節エレメント、 ＩＩ．ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードする酵素コード配列に作動可能に結合している第２の調節エレメント、および ＩＩＩ．ｔｒａｃｒ配列に作動可能に結合している第３の調節エレメント ［成分Ｉ、ＩＩおよびＩＩＩは前記系の前記同じまたは異なるベクター上にあり、 転写されると前記ｔｒａｃｒメイト配列が前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズし、かつ前記ガイド配列が前記標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向し、および 前記ＣＲＩＳＰＲ複合体は、（１）前記標的配列にハイブリダイズされる前記ガイド配列、および（２）前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズされる前記ｔｒａｃｒメイト配列と複合体形成している前記ＣＲＩＳＰＲ酵素を含む］ を含む１つ以上のベクターを含むベクター系を含む組成物 を含む、方法。 【請求項８】 インビトロ、および／またはエキソビボで実行される、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。 【請求項９】 発現を誘導することを含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。 【請求項 １０】 前記生物または対象が真核生物である、請求項１～９のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１１】 前記生物または対象が非ヒト真核生物である、請求項１０に記載の方法。 【請求項１２】 前記生物または対象が哺乳動物または非ヒト哺乳動物である、請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１３】 前記ウイルスベクターがＡＡＶまたはレンチウイルスベクターである、請求項４～８のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１４】 前記ＣＲＩＳＰＲ酵素がＣａｓ９である、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１５】 前記ガイド配列の発現が前記Ｔ７プロモーターの制御下にあり、Ｔ７ポリメラーゼの前記発現によってドライブされる、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１６】 前記ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするｍＲＮＡを細胞に送達することを含む、請求項１～１５のいずれか一項に記載のＣＲＩＳＰＲ酵素を送達する方法。 【請求項１７】 前記ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードする前記ポリヌクレオチドまたは酵素コード配列が、前記ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするｍＲＮＡを前記細胞に送達することにより前記細胞に送達される、請求項１～１６のいずれか一項に記載の方法。 【請求項１８】 前記ＡＡＶまたはレンチウイルスをコードする１つまたは複数の核酸分子を含有するまたはそれから本質的になる１つまたは複数のプラスミドをＡＡＶ感染細胞またはレンチウイルス感染細胞に形質移入すること、および前記ＡＡＶまたはレンチウイルスの複製およびパッケージングに必須のＡＡＶＡＡＶまたはレンチウイルスｒｅｐおよび／またはｃａｐおよび／またはヘルパー核酸分子を提供することを含む、請求項７に記載のＡＡＶまたはレンチウイルスベクターを調製する方法。 【請求項１９】 前記ＡＡＶまたはレンチウイルスをコードする１つまたは複数の核酸分子を含有するまたはそれから本質的になる１つまたは複数のプラスミドをＡＡＶ感染細胞またはレンチウイルス感染細胞に形質移入すること、および前記ＡＡＶまたはレンチウイルスの複製およびパッケージングに必須のＡＡＶＡＡＶまたはレンチウイルスｒｅｐおよび／またはｃａｐおよび／またはヘルパー核酸分子を提供することを含む、請求項７に記載の方法で使用するＡＡＶまたはレンチウイルスベクターを調製する方法。 【請求項２０】 前記ＡＡＶまたはレンチウイルスの複製およびパッケージングに必須の前記ＡＡＶまたはレンチウイルスｒｅｐおよび／またはｃａｐが、前記細胞に１つまたは複数のヘルパープラスミドまたは１つまたは複数のヘルパーウイルスを形質移入することにより供給される、請求項１８または１９に記載の方法。 【請求項２１】 前記ヘルパーウイルスが、ポックスウイルス、アデノウイルス、レンチウイルス、ヘルペスウイルスまたはバキュロウイルスである、請求項２０に記載の方法。 【請求項２２】 前記ポックスウイルスがワクシニアウイルスである、請求項２１に記載の方法。 【請求項２３】 前記細胞が哺乳類細胞である、請求項１８～２２のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２４】 前記細胞が昆虫細胞であり、前記ヘルパーウイルス（存在する場合）がバキュロウイルスである、請求項１８～２２のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２５】 前記標的配列に５’－ＮＲＧ（式中Ｎは任意のヌクレオチドである）がその３’末端で隣接しまたは後に続き、または前記ＣＲＩＳＰＲ酵素が、コリネバクター属（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒ）、ステレラ属（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、レジオネラ属（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ）、トレポネーマ属（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ）、ユーバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクトバシラス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、フラビイボラ属（Ｆｌａｖｉｉｖｏｌａ）、フラボバクテリウム属（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、スフェロケタ属（Ｓｐｈａｅｒｏｃｈａｅｔａ）、アゾスピリラム属（Ａｚｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、グルコンアセトバクター属（Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、ネイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、ロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）、パービバキュラム属（Ｐａｒｖｉｂａｃｕｌｕｍ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ニトラティフラクター属（Ｎｉｔｒａｔｉｆｒａｃｔｏｒ）、マイコプラズマ属（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）およびカンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）からなる群に属する属である（またはそれに由来する）、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。 【請求項２６】 医薬または治療において使用される、請求項１～２５のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項２７】 目的ゲノム遺伝子座における標的配列の操作により生物もしくは非ヒト生物を改変する方法または目的ゲノム遺伝子座の標的配列の欠陥により引き起こされる病態を治療もしくは阻害する方法において使用される、請求項１～２５のいずれか一項に記載の組成物。 【請求項２８】 エキソビボ遺伝子またはゲノム編集における請求項１～２５のいずれか一項に記載の組成物の使用。 【請求項２９】 エキソビボ遺伝子またはゲノム編集用医薬、または目的ゲノム遺伝子座における標的配列の操作により生物もしくは非ヒト生物を改変する方法または目的ゲノム遺伝子座の標的配列の欠陥により引き起こされる病態を治療もしくは阻害する方法において使用される医薬の製造における、請求項１～２５のいずれか一項に記載の組成物の使用。 【請求項３０】 組成物であって、 Ａ）－Ｉ．ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ系キメラＲＮＡ（ｃｈｉＲＮＡ）ポリヌクレオチド配列であって、 （ａ）真核細胞中の標的配列にハイブリダイズし得るガイド配列、 （ｂ）ｔｒａｃｒメイト配列、および （ｃ）ｔｒａｃｒ配列 を含むポリヌクレオチド配列、および ＩＩ．ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするポリヌクレオチド配列であって、場合により少なくとも１つ以上の核局在化配列を含む配列 ［（ａ）、（ｂ）および（ｃ）は、５’から３’配向で配置されており、 転写されると前記ｔｒａｃｒメイト配列が前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズし、かつ前記ガイド配列が前記標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向し、および 前記ＣＲＩＳＰＲ複合体は、（１）前記標的配列にハイブリダイズされる前記ガイド配列、および（２）前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズされる前記ｔｒａｃｒメイト配列と複合体形成している前記ＣＲＩＳＰＲ酵素を含み、かつ前記ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするポリヌクレオチド配列は、ＤＮＡまたはＲＮＡである］、 または （Ｂ）Ｉ．ポリヌクレオチドであって、 （ａ）真核細胞中の標的配列にハイブリダイズし得るガイド配列、および （ｂ）少なくとも１つ以上のｔｒａｃｒメイト配列 を含むポリヌクレオチド、 ＩＩ．ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするポリヌクレオチド配列、および ＩＩＩ．ｔｒａｃｒ配列を含むポリヌクレオチド配列 ［転写されると前記ｔｒａｃｒメイト配列が前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズし、かつ前記ガイド配列が前記標的配列へのＣＲＩＳＰＲ複合体の配列特異的結合を指向し、および 前記ＣＲＩＳＰＲ複合体は、（１）前記標的配列にハイブリダイズされる前記ガイド配列、および（２）前記ｔｒａｃｒ配列にハイブリダイズされる前記ｔｒａｃｒメイト配列と複合体形成している前記ＣＲＩＳＰＲ酵素を含み、かつ前記ＣＲＩＳＰＲ酵素をコードするポリヌクレオチド配列は、ＤＮＡまたはＲＮＡである］ を含む組成物において；医薬または治療に使用されるか；または目的ゲノム遺伝子座における標的配列の操作により生物または非ヒト生物を改変する方法に使用されるか；または目的ゲノム遺伝子座の標的配列の欠陥により引き起こされる病態を治療または阻害する方法に使用されるか；またはエキソビボ遺伝子またはゲノム編集に使用される、組成物。 【請求項３１】 前記ポリヌクレオチドが１つ以上のベクターを含むベクター系内に含まれる、請求項３０に記載の組成物。」 （２）甲２の記載事項 甲２（特表2016-500003号公報）には、次の事項が記載されている。 「【特許請求の範囲】 【請求項１】 標的DNAに特異的なガイドRNAもしくはガイドRNAをコードするDNA、およびCasタンパク質コード核酸もしくはCasタンパク質を含有する、真核細胞または真核生物中の標的DNAを切断するための組成物。 【請求項２】 標的DNAが内在性の標的DNAである、請求項１に記載の組成物。 【請求項３】 ガイドRNAがcrRNAおよびtracrRNAを含むデュアルRNAである、請求項１に記載の組成物。 【請求項４】 ガイドRNAが一本鎖ガイドRNA（sgRNA）である、請求項１に記載の組成物。 【請求項５】 一本鎖ガイドRNAがcrRNAおよびtracrRNAの一部を含む、請求項４に記載の組成物。 【請求項６】 ガイドRNAが、更に、一本鎖ガイドRNA、またはデュアルRNAのcrRNAの5'末端に1つ以上の付加的なヌクレオチドを含む、請求項１に記載の組成物。 【請求項７】 ガイドRNAが、更に、一本鎖ガイドRNA、またはデュアルRNAのcrRNAの5'末端に２つの付加的なグアニンヌクレオチドを含む、請求項１に記載の組成物。 【請求項８】 真核細胞または真核生物において標的化突然変異生成を誘発する、請求項１に記載の組成物。 【請求項９】 in vitroにおいて真核細胞または真核生物のゲノムの遺伝子型決定に使用するための、請求項１に記載の組成物。 【請求項１０】 ガイドRNAおよびCasタンパク質がペアとして機能し、前記ペアが異なる鎖上に２つのニックを生じさせる２つのガイドRNAを含む、請求項１に記載の組成物。 【請求項１１】 ガイドRNAが、単離されたRNAの形態であるか、またはベクターにコードされ、前記ベクターがウイルスベクター、プラスミドベクター、もしくはアグロバクテリウムベクターである、請求項１に記載の組成物。 【請求項１２】 標的DNAに特異的なガイドRNAおよびCas9タンパク質を含有する、請求項１に記載の組成物。 【請求項１３】 ex vivoもしくはin vivoにおいて真核細胞または真核生物中の標的DNAを切断するための、請求項１に記載の組成物。 【請求項１４】 Casタンパク質コード核酸またはCasタンパク質がストレプトコッカス属菌（Streptococcus sp.）に由来する、請求項１に記載の組成物。 【請求項１５】 前記ストレプトコッカス属菌（Streptococcus sp.）が化膿性連鎖球菌（Streptococcus pyogens）である、請求項１４に記載の組成物。 【請求項１６】 Casタンパク質がNGGトリヌクレオチドを認識する、請求項１５に記載の組成物。 【請求項１７】 Casタンパク質がCas9タンパク質またはその変異型である、請求項１に記載の組成物。 【請求項１８】 Casタンパク質がタンパク質形質導入ドメインに結合される、請求項１に記載の組成物。 【請求項１９】 Cas9タンパク質の変異型が、その中の触媒アスパラギン酸残基が他の任意のアミノ酸に変更されたCas9の突然変異型である、請求項１７に記載の組成物。 【請求項２０】 前記アミノ酸がアラニンである、請求項１９に記載の組成物。 【請求項２１】 Casタンパク質コード核酸が、配列番号１のヌクレオチド配列、または配列番号１と少なくとも50％の相同性を有するヌクレオチド配列を含む、請求項１に記載の組成物。 【請求項２２】 真核細胞または真核生物における標的化突然変異生成のための、請求項１～２１のいずれか１項に記載の組成物の使用。 【請求項２３】 請求項１～２１のいずれか１項に記載の組成物を含む、真核細胞または真核生物中の標的DNAを切断するためのキット。 【請求項２４】 真核細胞または真核生物にCasタンパク質コード核酸もしくはCasタンパク質、およびガイドRNAもしくはガイドRNAをコードするDNAを同時トランスフェクトまたは連続トランスフェクトするステップを含む、Casタンパク質およびガイドRNAを有する真核細胞あるいは真核生物を作製する方法。 【請求項２５】 ガイドRNAがcrRNAおよびtracrRNAを含むデュアルRNAである、請求項２４に記載の方法。 【請求項２６】 ガイドRNAが一本鎖ガイドRNAである、請求項２４に記載の方法。 【請求項２７】 一本鎖ガイドRNAがcrRNAおよびtracrRNAの一部を含む、請求項２６に記載の方法。 【請求項２８】 ガイドRNAが、更に、一本鎖ガイドRNA、またはデュアルRNAのcrRNAの5'末端に1つ以上の付加的なヌクレオチドを含む、請求項２４に記載の方法。 【請求項２９】 ガイドRNAが、更に、一本鎖ガイドRNA、またはデュアルRNAのcrRNAの5'末端に２つの付加的なグアニンヌクレオチドを含む、請求項２４に記載の方法。 【請求項３０】 真核細胞または真核生物が、Cas9タンパク質およびガイドRNAによって同時トランスフェクトまたは連続トランスフェクトされる、請求項２４に記載の方法。 【請求項３１】 連続トランスフェクションが、最初にCasタンパク質コード核酸によるトランスフェクション、続いて裸のガイドRNAによる第二のトランスフェクションによって行われる、請求項２４に記載の方法。 【請求項３２】 Casタンパク質がCas9タンパク質またはその変異型である、請求項２４に記載の方法。 【請求項３３】 Casタンパク質コード核酸またはCasタンパク質がストレプトコッカス属菌（Streptococcus sp.）に由来する、請求項２４に記載の方法。 【請求項３４】 前記ストレプトコッカス属菌（Streptococcus sp.）が化膿性連鎖球菌（Streptococcus pyogens）である、請求項３３に記載の方法。 【請求項３５】 Cas9タンパク質の変異型が、その中の触媒アスパラギン酸残基が他の任意のアミノ酸に変更されたCas9の突然変異型である、請求項３２に記載の方法。 【請求項３６】 前記アミノ酸がアラニンである、請求項３５に記載の方法。 【請求項３７】 ガイドRNAおよびCasタンパク質がペアとして機能し、前記ペアが異なるDNA鎖上に２つのニックを生じさせる２つのガイドRNAを含む、請求項２４に記載の方法。 【請求項３８】 ２つのニックが少なくとも100bp離れている、請求項３７に記載の方法。 【請求項３９】 トランスフェクションが、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、DEAE-デキストラン処理、リポフェクション、ナノ粒子媒介性トランスフェクション、タンパク質形質導入ドメイン媒介性形質導入、ウイルス媒介性遺伝子送達、およびプロトプラストへのPEG媒介性トランスフェクションからなる群より選択される方法によって行われる、請求項２４に記載の方法。 【請求項４０】 請求項２４～３９のいずれか１項に記載の方法によって作製される、Casタンパク質およびガイドRNAを含有する真核細胞または真核生物。 【請求項４１】 標的DNAを有する真核細胞または真核生物に請求項１～２１のいずれか１項に記載の組成物をトランスフェクトするステップを含む、真核細胞または真核生物中の標的DNAを切断する方法。 【請求項４２】 真核生物が哺乳類または植物である、請求項４１に記載の方法。 【請求項４３】 ガイドRNAおよびCasタンパク質がペアとして機能し、前記ペアが異なるDNA鎖上に２つのニックを生じさせる２つのガイドRNAを含む、請求項４１に記載の方法。 【請求項４４】 ２つのニックが少なくとも100bp離れている、請求項４３に記載の方法。 【請求項４５】 トランスフェクションが同時トランスフェクションまたは連続トランスフェクションである、請求項４１に記載の方法。 【請求項４６】 連続トランスフェクションが、最初にCasタンパク質コード核酸によるトランスフェクション、続いて裸のガイドRNAによる第二のトランスフェクションによって行われる、請求項４５に記載の方法。 【請求項４７】 切断のパターンを分析するステップを更に含み、前記パターンがゲノム内の突然変異または多型（variation）の検出を示す、請求項４１に記載の方法。 【請求項４８】 請求項１～２１のいずれか１項に記載の組成物によって編集されたゲノムを有する胚。 【請求項４９】 請求項４８に記載の胚を卵管に移入することによって得られるゲノム改変動物。 【請求項５０】 請求項２４～３９のいずれか１項に記載の方法によって作製されたゲノム改変プロトプラストから再生された植物。 【請求項５１】 請求項１～２１のいずれか１項に記載の組成物を動物の胚に導入するステップ；およびその胚を偽妊娠した代理母の卵管に移入して、ゲノム改変動物を生じさせるステップ、を含む、ゲノム改変動物を作製する方法。 【請求項５２】 標的DNA配列に特異的なガイドRNAおよびCasタンパク質を含有する、単離された生体サンプル中の突然変異または多型を遺伝子型決定するための組成物。 【請求項５３】 突然変異または多型が人工ヌクレアーゼによって細胞内に誘発される、請求項５２に記載の組成物。 【請求項５４】 突然変異または多型が自然発生突然変異または多型である、請求項５２に記載の組成物。 【請求項５５】 標的DNA配列に特異的なガイドRNAおよびCasタンパク質を含有する、単離された生体サンプル中の病原微生物の核酸配列を遺伝子型決定するための組成物。 【請求項５６】 請求項５２～５５のいずれか１項に記載の組成物を含む、単離された生体サンプル中の突然変異または多型を遺伝子型決定するためのキット。 【請求項５７】 請求項５２～５５のいずれか１項に記載の組成物を用いて、単離された生体サンプル中の突然変異または多型を遺伝子型決定する方法。」 （３）甲３の記載事項 甲３（第１優先基礎出願の出願書類）には、次の事項が記載されている。なお、甲３は、英語で記載されているため、その翻訳文である乙１１６により摘記する。（被請求人は、甲３翻訳文を提出しているが、令和５年４月７日付け口頭審理陳述要領書の第６頁において、被請求人が提出した乙１１６の翻訳文の内容について争いがない旨を述べている。） ア 発明の名称 「ＲＮＡ指向性部位特異的ＤＮＡ修飾のための方法および組成物」 イ 特許請求の範囲 「54. 以下を含む標的DNAにおける部位特異的修飾の方法： 前記標的DNAを、以下を含む複合体と接触させる工程 (i) 標的DNA 中の配列に相補的なヌクレオチド配列を含むDNA標的化RNA、または、それをコードするDNAポリヌクレオチドであって；および (ii) 部位特異的酵素活性を示す部位特異的修飾ポリペプチド、または、それをコードするポリヌクレオチド。 ・・・ 58. 前記標的DNAが細胞内の染色体の一部である、請求項54記載の方法。 ・・・ 61. 前記細胞が真核単細胞生物である、請求項58記載の方法。 ・・・ 65. 前記細胞が植物細胞である、請求項58記載の方法。 66. 前記細胞が動物細胞である、請求項58記載の方法。 ・・・ 73. 前記酵素活性が前記標的DNAを修飾する、請求項54に記載の方法。 74. 前記酵素活性が、ヌクレアーゼ活性、メチルトランスフェラーゼ活性、デメチラーゼ活性、DNA修復活性、DNA損傷活性、脱アミノ化活性、ジスムターゼ活性、アルキル化活性、脱プリン活性、酸化活性、ピリミジンニ量体形成活性、インテグラーゼ活性、トランスポザーゼ活性、リコンビナーゼ活性、ポリメラーゼ活性、リガーゼ活性、ヘリカーゼ活性、フォトリアーゼ活性またはグリコシラーゼ活性である、請求項73記載の方法。 75. 前記DNA修飾酵素活性がヌクレアーゼ活性である、請求項74記載の方法。 76. 前記ヌクレアーゼ活性が、標的DNAに二本鎖切断を導入する、請求項75に記載の方法。」 ウ 背景 「[0001]近年、特定のDNA配列を標的とするように設計された操作されたヌクレアーゼ酵素は、細胞および生物全体の遺伝子操作のための強力なツールとしてかなりの注目を集めており、標的遺伝子の欠失、置換および修復、ならびにゲノムへの外因性配列（導入遺伝子）の挿入を可能にする。部位特異的DNAヌクレアーゼを操作するための2つの主要な技術が出現してきており、これらは両方とも、配列非特異的DNAエンドヌクレアーゼドメインが操作されたDNA結合ドメインに融合されるキメラエンドヌクレアーゼ酵素の構築に基づいている。しかし、それぞれの新しいゲノム遺伝子座を標的とするには、新しいヌクレアーゼ酵素の設計が必要であり、これらのアプローチは時間と費用の両方を必要とする。さらに、どちらの技術も精度に限界があり、予測できない オフターゲット効果をもたらす可能性がある。 [0002]各新規な標的配列に対する新規なタンパク質の設計を必要としない様式で、標的DNA内の異なる位置へのヌクレアーゼ活性（または他のタンパク質活性）の正確な標的化を可能にする技術が、当該分野において必要とされている。本開示は、この必要性に対処する。」 エ 詳細な説明 「［0072］本開示は、標的化配列を含み、修飾ポリペプチドと共に、標的DNAおよび/または標的DNAに結合したポリペプチドの部位特異的修飾を提供するDNA標的化RNAを提供する。本開示はさらに、修飾ポリペプチドを提供する。本開示はさらに、標的DNAおよび/または標的DNAに結合したポリペプチドの部位特異的修飾の方法、ならびにその方法を実施するためのキットおよび組成物を提供する。」 「DNA標的化RNA ［0073］本開示は、関連ポリペプチド（例えば、部位特異的修飾ポリペプチド）の活性を標的DNA内の特異的標的配列に向けるDNA標的化RNAを提供する。本発明のDNA標的化RNAは、第1のセグメント（本明細書では「DNA標的化セグメント」または「DNA標的化配列」とも呼ばれる）および第2のセグメント（本明細書では「タンパク質 結合セグメント」または「タンパク質結合配列」とも呼ばれる）を含む。」 「DNA標的化RNAのDNA標的セグメント ［0074］対象のDNA標的化RNAのDNA標的セグメントは、標的DNA中の配列に相補的であるヌクレオチド配列を含む。換言すれば、対象DNA標的化RNAのDNA標的化セグメントは、ハイブリダイゼーション（すなわち、塩基対合）を介して配列特異的な様式で標的DNAと相互作用する。このように、DNA標的化セグメントのヌクレオチド配列は変化し得、そしてDNA標的化RNAおよび標的DNAが相互作用する標的DNA内の位置を決定する。対象のDNA標的化RNAのDNA標的セグメントは、標的DNA内の任意の所望の配列にハイブリダイズするように修飾され得る（例えば、遺伝子工学によって）。」 「DNA標的化RNAのタンパク質結合セグメント [0076]対象DNA標的化RNAのタンパク質結合セグメントは、部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用する。本発明のDNA標的化RNAは、結合したポリペプチドを、上記のDNA標的化セグメントを介して標的DNA内の特定のヌクレオチド配列に誘導する。対象のDNA標的化RNAのタンパク質結合セグメントは、互いに相補的である2つのヌクレオチドの範囲を含む。タンパク質結合セグメントの相補的なヌクレオチドはハイブリッド形成して二本鎖RNA二本鎖（dsRNA）を形成する（図1Aおよび1B参照）。 ・・・ [0078]本発明の二分子DNA標的化RNAは、2つの別個のRNA分子を含む。本発明の二分子DNA標的RNAの2つのRNA分子の各々は、2つのRNA分子の相補的ヌクレオチドがハイブリダイズじてタンパク質結合セグメントの二本鎖RNA二本鎖を形成するように、互いに相補的であるヌクレオチドの伸長を含む（図1A）。 [0079]本発明の単一分子DNA標的化RNAは、互いに相補的であり、ハイブリダイズしてタンパク質結合セグメントの二本鎖RNA二本鎖（dsRNA二本鎖）を形成する介在ヌクレオチド（「リンカー」または「リンカーヌクレオチド」）によって共有結合的に連結された2つのヌクレオチド範囲（ターゲッター‐RNAおよびアクチベーターRNA）を含み、その結果、ステム-ループ構造が生じる（図1B）。ターゲッター‐RNAとアクティベーターRNAは、ターゲッター‐RNAの3'末端とアクティベーターRNAの5’末端を介して共有結合することができる。あるいは、ターゲッター‐RNAとアクティベーターRNAは、ターゲッター‐RNAの5'末端とアクティベーターRNAの3'末端を介して共有結合することができる。 ・・・ [0083]例示的な二分子DNA標的化RNAは、crRNA様（CRISPR RNAまたは「ターゲッター‐ RNA」またはcrRNA反復）分子および対応するtracrRNA様（トランス作用CRISPR RNAまたは「活性化因子RNA」またはtracrRNA）分子を含む（図1A参照）。crRNA様分子（ターゲッター-RNA）は、DNA標的化RNAのDNA標的化セグメント（一本鎖）と、DNA標的化RNAのタンパク質結合セグメントのdsRNA二本鎖の半分を形成するヌクレオチドの伸長（「二本鎖形成セグメント」）の両方を含む。対応するtracrRNA様分子 （アクティベーター-RNA）は、DNA標的化RNAのタンパク質結合セグメントのdsRNA 二本鎖の残りの半分を形成するヌクレオチドの範囲（二本鎖形成セグメント）を含む（図1A参照）。言い換えれば、crRNA様分子のヌクレオチドの伸長は、tracrRNA様分子のヌクレオチドの伸長と相補的であり、これとハイブリダイズして、DNA標的化RNAのタンパク質結合ドメインのdsRNA二本鎖を形成する。したがって、それぞ のcrRNA様分子は、対応するtracrRNA様分子を有すると言える。crRNA様分子はさらに、一本鎖DNA標的セグメントを提供する。したがって、crRNA様分子とtracrRNA様分子は（対応する対として）ハイブリッド形成してDNA標的化RNAを形成する（図1A参照）。所与のcrRNAまたはtracrRNA分子の正確な配列は、RNA分子が見出される種に特徴的である。様々なcrRNAとtracrRNAsが個別に、また対応する相補的な対で図6-9に示されている。二重分子DNA標的化RNAは、任意の対応するcrRNAおよびtracrRNA対を含むことができる。」 「部位特異的修飾ポリペプチド [0089]本発明のDNA標的化RNAおよび本発明の部位特異的修飾ポリペプチドは、 複合体を形成する。DNA標的化RNAは、（上記のように）標的DNAの配列に相補的なヌクレオチド配列を含むことによって、複合体に標的特異性を提供する。複合体の部位特異的修飾ポリペプチドは部位特異的活性を提供する。換言すれば、部位特異的修飾ポリぺプチドは、DNA標的化RNAの少なくともタンパク結合セグメント（上記）との結合により、DNA配列（例えば、染色体配列または染色体外配列、例えば、エピソーム配列、小環状配列、ミトコンドリア配列、クロロプラスト配列など）に誘導される。 ・・・ [0091]ある場合には、部位特異的修飾ポリペプチドは、天然に存在する修飾ポリぺプチドである。他の場合において、部位特異的修飾ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチドではない（例えば、以下に議論するようなキメラポリペプチド、または修飾された天然に存在するポリペプチド、例えば、突然変異、欠失、挿入）。 [0092]例示的な天然の部位特異的修飾ポリぺプチドは、天然に存在するCas9/Csnlエンドヌクレアーゼの非限定的かつ非網羅的なリストとして、図12に提供される。これらの天然に存在するポリペプチドは、本明細書に開示されるように、DNA標的化RNAに結合し、それによって標的DNA内の特定の配列に向けられ、標的DNAを切断して二本鎖切断を生成する。本発明の部位特異的修飾ポリペプチドは、RNA結合部分および活性部分の2つの部分を含む。いくつかの実施形態において、本発明の部位特異的修飾ポリぺプチドは、（i）DNA標的化RNAと相互作用するRNA結合部分を含み、ここで、DNA標的化RNAは、標的DNA中の配列に相補的なヌクレオチド配列を含む;および（ii）部位特異的酵素活性（例えば、DNAメチル化に対する活性、DNA切断に対する活性、ヒストンアセチル化に対する活性、ヒストンメチル化に対する活性など）を示す活性部分を含み、ここで、酵素活性の部位は、DNA標的化RNAによって決定される。」 「例示的な部位特異的修飾ポリぺプチド [0096]いくつかの場合において、部位特異的修飾ポリペプチドは、図2に示される Cas9/Csnlアミノ酸配列のアミノ酸7-166または731-1003.または図12に示されるアミノ酸配列のいずれかにおける対応するドメインに対して、少なくとも約75%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約99%、または100%のアミノ酸配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。」 「DNA標的RNAおよび/または部位特異的修飾ポリペプチドをコードする核酸 [00120]本開示は、対象のDNA標的化RNAおよび/または対象の部位特異的修飾ポリぺプチドをコードするヌクレオチド配列を含む核酸を提供する。いくつかの実施形態において、本発明のDNA標的化RNAコード核酸は、発現ベクター、例えば組換え発現ベクターである。 [00121]いくつかの実施形態において、本発明の方法は、標的DNAと接触させること、またはDNA標的化RNAおよび/または部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む1以上の核酸を細胞（または細胞の集団）に導入することを含む。 いくつかの実施形態において、標的DNAを含む細胞はインビトロである。いくつか の実施形態において、標的DNAを含む細胞はインビボである。DNA標的化RNAおよび/または部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む適切な核酸は、発現ベクターを含み、ここで、DNA標的化RNAおよび/または部位特異的修飾ポリぺプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターは、「組換え発現ベクター」である。 ・・・ [00124]多くの適切な発現ベクターが当業者に公知であり、多くが市販されている。以下のベクターは、真核生物宿主細胞のための例として提供される:pXTl、 pSG5（Stratagene）、pSVK3、pBPV、pMSG、およびpSVLSV40（Pharmacia）。しかしながら、宿主細胞と適合性がある限り、任意の他のベクターを使用することができる。 ・・・ [00126]いくつかの実施形態において、DNA標的化RNAおよび/または部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、制御要素、例えば、プロモーターなどの転写制御要素に作動可能に連結される。転写制御要素は、真核細胞、例えば哺乳動物細胞;または原核細胞（例えば細菌細胞または古細菌細胞）のいずれかにおいて機能的であり得る。いくつかの実施形態において、DNA標的化RNAおよび/または部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、原核細胞および真核細胞の両方において、DNA標的化RNAおよび/または部位特異的修飾ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の発現を可能にする複数の制御要素に作動可能に連結される。 [00127]適切な真核生物プロモーター（真核細胞において機能するプロモーター）の非限定的な例には、サイトメガロウイルス（CMV）前初期、単純ヘルペスウイルス（HSV）チミジンキナーゼ、初期および後期SV40レトロウイルス由来の長末端反復配列（LTR）、およびマウスメタロチオネイン-1由来のものが含まれる。適切なベクターおよびプロ モーターの選択は、十分に当業者の範囲内である。発現ベクターはまた、翻訳開始のためのリボソーム結合部位および転写ターミネーターを含んでもよい。発現ベクターはまた、発現を増幅するための適切な配列を含み得る。発現ベクターはまた、部位特異的修飾ポリペプチドに融合され、それによってキメラポリぺプチドを生じるタンパク質タグ（例えば、6 xHisタグ、ヘマグルチニンタグ、緑色蛍光タンパク質など）をコードするヌクレオチド配列を含み得る。 ・・・ [00129]核酸を宿主細胞に導入する方法は当技術分野で公知であり、任意の公知の方法を用いて、核酸（例えば、発現構築物）を幹細胞または前駆細胞に導入することができる。適切な方法は、例えば、感染、リポフレクション、エレクトロポレーション、リン酸カルシウム沈殿、ポリエチレンイミン（PEI）媒介トランスフェクション、DEAE-デキストラン媒介トランスフェクション、リポソーム媒介トランスフェクションなどを含む。」 「[00157]ある場合には、部位特異的修飾ポリペプチドは、DNA標的化RNAと標的DNAとの間の相補性領域によって規定される標的DNA配列において標的DNAを切断するヌクレアーゼ活性を示す。ヌクレアーゼ活性は標的DNAを切断して二本鎖切断を生じる。これらの切断は次の2通りの方法、非相同末端結合と相同的修復（図4）で細胞によって修復される。非相同末端結合（NHEJ）では、二本鎖切断は切断末端が互いに直接連結することによって修復される。そのため、新しい核酸材料は部位に挿入されないが、いくつかの核酸材料は失われ、欠失を生じ得る。相同性指向性修復では、切断された標的DNA配列に相同性を有するドナーポリヌクレオチドが、切断された標的DNA配列の修復のための鋳型として使用され、その結果、ドナーポリヌクレオチドから標的DNAへ遺伝情報が伝達される。そのため、新しい核酸材料を部位に挿入/コピーすることができる。ある場合には、標的DNAを対象ドナーポリヌクレオチドと接触させる。ある場合には、対象ドナーポリヌクレオチドが対象細胞に導入される。NHEJおよび/または相同性指向性修復による標的DNAの修飾は、例えば、遺伝子補正、遺伝子置換、遺伝子タグ付け、導入遺伝子挿入、ヌクレオチド欠失、遺伝子破壊、遺伝子突然変異などをもたらす。」 「目的の標的細胞 [00165]上記の適用のいくつかにおいて、本発明の方法は、インビトロおよび/またはエキソビボおよび/またはインビトロで、有糸分裂細胞または分裂後細胞においてDNA 切断およびDNA修飾を誘導するために（例えば、個体に再導入され得る遺伝子改変された細胞を生成するために）使用され得る。DNA標的化RNAは、標的DNAにハイブリダイズすることによって特異性を提供するので、開示された方法における対象の有糸分裂細胞および/または分裂後細胞は、任意の生物由来の細胞（例えば、細菌細胞、古細菌細胞、単細胞真核生物の細胞、植物細胞、動物細胞、無脊椎動物の細胞（例えば、ショウジョウバエ、刺胞動物、棘皮類、線虫など）、脊椎動物の細胞（例えば、魚類、両生類、爬虫類、鳥類、哺乳類）、哺乳類の細胞 齧歯類の細胞、ヒトの細胞など）を含み得る。任意のタイプの細胞（例えば、幹細胞、例えば、胚性幹細胞（ES）細胞、誘導多能性幹（iPS）細胞、生殖細胞;体細胞、例えば、線維芽細胞、造血細胞、ニューロン、筋細胞、骨細胞、肝細胞、膵臓細胞など）が対象であり得る。細胞は、確立された細胞株由来であってもよいし、または初代細胞であってもよく、ここで、「初代細胞」、「初代細胞株」、および「初代培養物」は、本明細書において、被験体に由来し、培養物の限られた数の継代（すなわち、分裂）の間インビトロで増殖させた細胞および細胞培養物を指すために互換的に使用される。例えば、一次培養物は、0回、1回、2回、4回、5回、10回、または15回継代された培養物であるが、発症段階を通過するには十分な回数ではない。典型的には、本発明の一次細胞株は、インビトロで10継代未満維持される。」 「[00173]いくつかの実施形態において、DNA標的化RNAは、RNAとして直接提供され得る。そのような場合、DNA標的化RNAは、直接的な化学合成によって産生されてもよく、またはDNA標的化RNAをコードするDNAからインビトロで転写されてもよい。DNAテンプレートからRNAを合成する方法は、当該技術分野において周知である。いくつかの場合において、DNA標的化RNAは、RNAポリメラーゼ酵素（例えば、T7ポリメラーゼ、T3ポリメラーゼ、SP6ポリメラーゼなど）を用いてインビトロで合成される。一旦合成されると、RNAは、標的DNAに直接接触してもよく、または核酸を細胞に導入するための周知の技術（例えば、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、トランスフェクションなど）のいずれかによって細胞に導入されてもよい。」 「[00178]本発明の部位特異的修飾ポリペプチドは、代わりに、ポリペプチドとして細胞に提供されてもよい。このようなポリペプチドは、必要に応じて、生成物の溶解度を増大させるポリペプチドドメインに融合され得る。ドメインは、規定されたプロテアーゼ切断部位、例えば、TEVプロテアーゼによって切断されるTEV配列を介してポリぺプチドに連結され得る。リンカーはまた、1つ以上の柔軟な配列、例えば1～10個のグリシン残基を含んでもよい。いくつかの態様において、融合タンパク質の切断は、生成物の溶解度を維持する緩衝液中で、例えば、0.5-2Mの尿素の存在下で、可溶性を増加させるポリぺプチドおよび/またはポリヌクレオチドの存在下などで行われる。関心のあるドメインは、エンドソーム分解性ドメイン（例えば、インフルエンザHAドメイン）;および産生を補助する他のポリペプチド（例えば、IF2ドメイン、GSTドメイン、GRPEドメインなど）を含む。ポリペプチドは、改良された安定性のために処方され得る。例えば、ペプチドはPEG化されてもよく、ここで、ポリエチレンオキシ基は血流中の寿命を延長する。 [00179]さらにまたは別法として、本発明の部位特異的修飾ポリペプチドをポリぺプチド浸透性ドメインに融合させて、細胞による取り込みを促進してもよい。多くの浸透性ドメインが当技術分野で公知であり、ペプチド、ペプチド模倣物、および非ペプチド担体を含む本発明の非組み込みポリペプチドにおいて使用され得る。例えば、浸透性ペプチドは、ぺネトラチンと呼ばれる、Drosophila melanogaster転写因子 Antennapaediaの第3アルファヘリックスに由来し得、これは、アミノ酸配列 RQIKIWFQNRRMKWKKを含む。別の例として、浸透性ぺプチドは、HIV-1 tat塩基性領域アミノ酸配列を含み、これは、例えば、天然に存在するtatタンパク質のアミノ酸49-57を含み得る。他の浸透性ドメインは、ポリアルギニンモチーフ、例えば、HIV-1 revタンパクのアミノ酸34?56の領域、ノナアルギニン、オクタアルギニンなどを含む。（例えば、Futaki et al.（2003）Curr Protein Pept Sci. 2003 Apr； 4（2）： 8796； and Wender et al.（2000）Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2000 Nov. 21；97（24）：13003- 8； published U.S. Patent applications 20030220334； 20030083256； 20030032593； and 20030022831，（本明細書において、トランスロケーションぺプチドおよびぺプトイドの教示については、参照により具体的に組み込まれる）。ノナ-アルギニン（R9）配列は、特徴づけられているより効率的なPTDの1つである（Wender et al. 2000； Uemura et al.2002）。融合がなされる部位は、ポリペプチドの生物学的活性、分泌または結合特性を最適化するために選択され得る。最適な部位は、日常的な実験によって決定される。）」 「［00198］このようにして遺伝子改変された細胞は、例えば、疾患を治療するため、または抗ウイルス、抗病原性、もしくは抗がん治療薬としての遺伝子治療などの目的で、農業における遺伝子改変された生物の生産のために、もしくは生物学的研究のために、被験体に移植され得る。被験体は、新生児、少年、または成人であり得る。特に興味深いのは哺乳類の被験体である。本発明の方法で処理することができる哺乳動物種には、イヌ科の動物およびネコ、ウマ、ウシ、ヒツジなど、ならびに霊長類、特にヒトが含まれる。動物モデル、特に小さな哺乳類、例えばネズミ、ウサギ目などを実験的研究に使用することができる。」 オ 実施例 「[00248] Streptococcus pyogenes Cas9/Csnlエンドヌクレアーゼの配列に基づく組換えDNA標的化ポリぺプチドを、大腸菌において異種的に発現させ、当技術分野における標準的な手順に従って、アフィニティー、イオン交換およびゲル濾過クロマトグラフィーエ程の組み合わせによって精製した。タンパク質を溶出し、20mM HEPES 7.5 150mM塩化カリウムおよびImM TCEP中に保存した。標的化RNAは、標準的なプロトコルに従って、化学合成(二重分子DNA標的化RNAのターゲティング部分およびアクチベーター部分について）またはT7 RNAポリメラーゼ（単一分子DNA標的化RNA）を用いるインビトロ転写のいずれかによって得られた。 個々の一本鎖の化学合成により標的DNAを得た。次いで、標準的な手順に従って、T4ポリヌクレオチドキナーゼおよび[γ-32P]- ATPを使用して、その5'末端でストランドの1つ（DNA-標的化RNA中の標的化グ配列に相補的なストラ ンド）を[32P]-標識した。次いで、等モル量の2本のDNA鎖を混合し、95°Cに3分間加熱し、室温まで徐冷することによって、2本の鎖をアニールした。 [00249] DNA 切断は、20mM HEPES pH7.5、l00mM塩化カリウム、5mM塩化マグネシウム、1mMジチオスレイトールおよび5 %（v/v）グリセロールを含有する切断緩衝液中で、上記DNA-標的化ポリぺプチド（最終濃度500nM）を、DNA-標的化RNA（濃度500nM）および標的DNA(10 nM）と共に、総容量10マイクロリットルでインキュベートすることによって行った。二重分子DNA-標的化RNAによって誘導される反応については、DNA-標的化ポリぺプチドへの添加の前に、ターゲッター-RNAおよびアクチベーターRNAを等モル量で混合し、95°Cに1分間加熱し、室温まで徐冷することによってアニールした。 DNA-標的化RNA/ポリぺプチド複合体を、切断緩衝液中で室温で15分間インキュベートすることによって組み立てた。 次いで、集合した複合体を標的DNAに添加し、37°Cで1時間インキュベートした。20マイクロリットルのホルムアミドクエンチ緩衝液（ホルムアミド中、5% グリセロール、1mM EDTA、0.025% ドデシル硫酸ナトリウム）の添加によって反応をクエンチし、続いて12%ポリアクリルアミド、7M尿素変性ゲル上で分離した。切断生成物を、標準的な手順に従ってリンイメージングにより可視化した。 [00250]結果を図3および5に示す。 [00251]図3A～Cは、部位特異的修飾ポリペプチド（Streptococcus pyogenesのCas9/Csnl蛋白質によって例示される）による標的遺伝子の切断を示す。（A）放射性標識された標的DNAを、Cas9/Csnlおよび種々のDNA標的化RNA種（示されるように）の存在でインキュベートした。切断産物を変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動を用いて分離し、ホスホイメージングにより可視化した。（B）Cas9/Csnl部位特異的修飾ポリぺプチドと共に使用されるDNA標的化RNAの模式図。試験した単一分子DNA標的化RNA（RNAキメラA）の一方は効率的な標的DNA切断を支持したが、他方の試験した単一分子DNA標的化RNA（RNAキメラB）は支持しなかった。（C）DNA標的化RNA配列およびDNA標的の模式図。 [00252]図5Aおよび5Bは、標的DNA切断を示す。図5A.種々の異なる種由来のCas9/Csnl部位特異的修飾ポリペプチド（図12の配列参照）およびDNA標的化RNAを用いた、標的DNA切断。図3と同じ条件下で標的切断を行った。この実験は、種々のCas9/Csnl部位特異的修飾ポリペプチドが、同じDNA標的化RNAを利用し得ることを実証する。B.図5Aで用いたDNA標的RNAの模式図。」 カ 図面の簡単な説明 「[0004]図1Aおよび1Bは、それぞれ部位特異的修飾ポリペプチドおよび標的DNAと結合した2つの例示的な本発明のDNA標的化RNAの概略図を提供する。DNA標的化RNAは、一本鎖「DNA標的化セグメント」および二本鎖RNAの範囲を含む「タンパク質結合セグメント」を含む。（A）DNA標的化RNAは、2つの別個のRNA分子（「二重分子」または「2分子」DNA標的化RNAと呼ばれる）を含み得る。二分子DNA 標的化RNAは、「ターゲッター-RNA」および「アクチベーター-RNA」を含む。（B）DNA標的化RNAは、単一のRNA分子（「単一分子」DNA標的化RNAと呼ばれる）を含むことができる。単一分子DNA標的化RNAは、「リンカーヌクレオチド」を含む。 [0005]図2は、Streptococcus pyogenes由来のCas9/Csnlタンパク質のアミノ酸配列を示す。ドメイン1と2は、多くの異なる種のCas9/Csnlタンパク質の間でさまざまな程度に保存されている（図10-12も参照）。ドメイン1および2の存在は、Cas9/Csnlタンパク質の特徴である。ドメイン1は、RuvCエンドヌクレアーゼドメインを規定するCas9/Csnlに存在する3つのモチーフのうちの1 つである。描かれたドメイン2は、RuvCエンドヌクレアーゼドメインおよびHNHエンドヌクレアーゼドメインのモチーフ2および3の組み合わせである。 [0006] 図3A～Cは、部位特異的修飾ポリぺプチド（Streptococcus pyogenesのCas9/Csnlタンパク質によって例示される）による標的DNA切断を示し、これは、DNA標的化RNAによって誘導される。（A）放射性標識された標的DNAを、組換えCas9/Csnlおよび種々のDNA標的化RNA種（示されるように）の存在下でインキュベートした。切断生成物は変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動を用いて分離し,ホスホイメージングにより可視化した。（B）Cas9/Csnl部位特異的修飾ポリペプチドと共に使用されるDNA標的化RNAの概略図。試験した単一分子DNA標的化RNA（RNAキメラA）の1つは効率的な標的DNA切断を支持したが、試験した他の単一分子DNA標的化RNA（RNAキメラB）は支持しなかったことに留意されたい。（C）DNAを標的とするRNA配列およびDNA標的の概略図。 [0007]図4は、Cas9/Csnl部位特異的修飾ポリペプチドおよびDNA標的化RNAを用いて導入された二本鎖DNA切断を介する標的DNA編集を示す。 [0008]図5Aおよび5Bは、標的DNA切断を示す。図5A.種々の異なる種由来のCas9/Csnl部位特異的修飾ポリペプチド（図12の配列参照）およびDNA標的化RNAを用いた、標的DNA切断。図3と同じ条件下で標的切断を行った。この実験は、種々のCas9/Csnl部位特異的修飾ポリペプチドが、同じDNA標的化RNAを利用し得ることを実証する。B.図5Aで用いたDNA標的RNAの模式図。」 キ 図面 「 ［図：0001426157000001.jpg］ 」（図１） 「 ［図：0001426157000002.jpg］ 」（図２） 「 ［図：0001426157000003.jpg］ 」（図３Ａ） 「 ［図：0001426157000004.jpg］ 」（図３Ｂ） 「 ［図：0001426157000005.jpg］ 」（図３Ｃ） 「 ［図：0001426157000006.jpg］ 」（図４） 「 ［図：0001426157000007.jpg］ 」（図５Ａ） 「 ［図：0001426157000008.jpg］ 」（図５Ｂ） （４）乙１５の記載事項 乙１５（Annu. Rev. Genet.; Vol.45, 273?97 (2011)）は、第１優先基礎出願の出願日よりも前に発行された、「ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、細菌と古細菌の免疫システム：適応防御と制御のための万能な低分子ＲＮＡ」と題する総説であって、次の事項が記載されている。 「成熟したｃｒＲＮＡはＣａｓ９とともに、プロトスペーサー配列のＰＡＭ近傍で相同性が駆動する切断を行うことにより、侵入した二本鎖ＤＮＡのマッチングを妨害する。プロトスペーサーの３‘末端やＰＡＭのミスマッチにより、ファージやプラスミドはＣＲＩＳＰＲにコードされた免疫を回避することができる。」（第２８１頁右欄第１３～２０行） （５）乙１９の記載事項 乙１９（Science; Vol.327(5962), 167-170 (2010)）は、第１優先基礎出願の出願日よりも前に発行された、「ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、細菌と古細菌の免疫システム」と題する総説であって、次の事項が記載されている。 「プロトスペーサーに隣接するファージ配列の分析により、ＣＲＩＳＰＲモチーフまたはプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）と呼ばれる保存配列の存在が明らかになった。ファージはまた、ＣＲＩＳＰＲモチーフを変異させることによってＣＲＩＳＰＲシステムを回避する可能性があり、これはＣＲＩＳＰＲモチーフがＣＲＩＳＰＲにコードされた免疫に関与していることを示している。さらに、ＣＲＩＳＰＲモチーフの変異は、一致するＣＲＩＳＰＲスペーサーが存在するにもかかわらず、ファージ耐性を失わせる可能性がある。ＣＲＩＳＰＲ遺伝子座にこのモチーフがないことで、このシステムは侵入してきた標的ＤＮＡに特異的に作用し、宿主染色体上での自己免疫反応を防ぐことができるのだろう。」（第１６９頁右欄第１５～３０行） （６）乙２５の記載事項 乙２５（Curr. Opin. Microbiol.; Vol.14(3), 321-327 (2011)）は、第１優先基礎出願の出願日よりも前に発行された、「ＣＲＩＳＰＲに基づく適応免疫システム」と題する総説であって、次の事項が記載されている。 「ＤＮＡ標的化システムの場合、その経路が自身のＣＲＩＳＰＲ内の対応するスペーサー（侵入者のプロトスペーサーと一致する）を標的化しないことが重要である。ＰＡＭは、自己と非自己を区別するための１つのメカニズムを提供し、侵入者のＣＲＩＳＰＲシステムによって認識されるＰＡＭは、ＣＲＩＳＰＲの潜在的標的を挟むリピート配列には存在しない。」（第４頁第２５～２９行） （７）乙７２の記載事項 乙７２（Nonviral Vectors for Gene Therapy; Chapter 7, 139-142, 147-153 (1999)）は、第１優先基礎出願の出願日よりも前に発行された、「遺伝子治療のための非ウイルス性ベクター」と題する書籍の一部であって、その「第７章 外来ＤＮＡの核への送達」には、次の事項が記載されている。 「より大きな分子は、さまざまな輸送因子の助けを借りて細孔の中央チャネルを介して能動的に輸送されるために、核局在化シグナル（ＮＬＳ）配列を必要とする。・・・今日最も詳細な情報が利用できる経路は、リジンおよびアルギニンに富む（基本的な）ＮＬＳを有するタンパク質の、いわゆる古典的な輸送経路である。」（第１４１頁第２１～２９行） 「ＩＶ．核への取込効率を高める試み 通常は好核性でないタンパク質へのＮＬＳの付加が、それらの効率的な核標的化を可能にすることは十分に確立されている。」（第１４８頁第３７～４０行） （８）乙７９の記載事項 乙７９（Trends in Biotechnology; Vol.22(7), 346-353 (2004)）は、第１優先基礎出願の出願日よりも前に発行された、「コドンの偏りと異種タンパク質発現」と題する総説であって、次の事項が記載されている。 「一般に、ある遺伝子が発現宿主でめったに使用されないコドンを多く含むほど、異種タンパク質が妥当なレベルで発現される可能性は低くなる。・・・したがって、発現を改善するための一般的な戦略は、コードされたタンパク質のアミノ酸配列を変更することなく、宿主のコドン使用をより厳密に反映するように、標的遺伝子の稀なコドンを変更することである。」（第３４８頁右欄第３９～４８頁） ２ 本件発明の優先日について （１）当審の判断 第１優先基礎出願は、上記１（３）アのとおり、「ＲＮＡ指向性部位特異的ＤＮＡ修飾のための方法および組成物」の発明を記載した米国仮出願であって、それまで細胞および生物全体の遺伝子操作のための強力なツールとして注目されていた、部位特異的ＤＮＡヌクレアーゼを操作するための２つの主要な技術に代わり得る新しい技術の発明を開示するものとされている（上記１（３）ウ）。 そして、特許請求の範囲には、ＤＮＡ標的化ＲＮＡ及び部位特異的修飾ポリペプチドを含む複合体を標的ＤＮＡに接触させることにより標的ＤＮＡを部位特異的に修飾する方法の発明（上記１（３）イ 請求項５４）が記載され、前記標的ＤＮＡが真核単細胞、植物細胞、動物細胞等の細胞内の染色体の一部であること（上記１（３）イ 請求項５８、６１、６５、６６）、前記部位特異的修飾ポリペプチドが有する酵素活性がヌクレアーゼ活性であって、前記ＤＮＡ修飾がＤＮＡの二本鎖切断であること（上記１（３）イ 請求項７３～７６）も記載されている。 これに関して、詳細な説明には、特許請求の範囲に記載された発明で用いるＤＮＡ標的化ＲＮＡは、ＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含むこと（上記１（３）エ [0073]）、ＤＮＡ標的化セグメントは、標的ＤＮＡ中の配列に相補的であるヌクレオチド配列を含むこと（上記１（３）エ [0074]）、及び、タンパク質結合セグメントは、部位特異的修飾ポリペプチドと相互作用するもので、ハイブリダイズして二本鎖ＲＮＡを形成する、互いに相補的な２つのヌクレオチドの範囲を含み（上記１（３）エ [0076]）、ｃｒＲＮＡ及び対応するｔｒａｃｒＲＮＡを含むこと（上記１（３）エ [0083]）が、記載されている。また、特許請求の範囲に記載された発明で用いる部位特異的修飾ポリペプチドは、ＤＮＡ標的化ＲＮＡと複合体を形成するものであって、図２及び図１２にアミノ酸配列が記載された各種細菌由来の天然のＣａｓ９／Ｃｓｎ１タンパク質（第１優先基礎出願の出願書類では、「Ｃａｓ９／Ｃｓｎエンドヌクレアーゼ」、「Ｃａｓ９／Ｃｓｎ部位特異的修飾ポリペプチド」とも記載されているが、以下においては、これらを本件特許明細書の記載に合わせて「Ｃａｓ９ポリペプチド」と記載する。）やその修飾体であることが記載されている（上記１（３）エ [0089]、[0091]、[0092]、カ[0005]）。さらに、特許請求の範囲に記載された発明で用いる複合体は、ＤＮＡ標的化セグメントが、標的ＤＮＡと配列特異的に塩基対合し、その場で部位特異的修飾ポリペプチドが標的ＤＮＡを修飾（切断など）するという機序により作用するものであることが記載されている（上記（３）エ [0089]、カ [0004]、キ 図１）。 このように、詳細な説明には、特許請求の範囲に記載された発明で用いるＣａｓ９ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体の構造及び作用機序が、詳細かつ具体的に記載されている。 そのうえで、実施例には、特許請求の範囲に記載された方法の発明で実際に標的ＤＮＡを切断できたことが図３及び図５の２つの実験により示されている。このうち図３の実験は、３種類の標的ＤＮＡに対してＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ由来Ｃａｓ９ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを用いた緩衝液中の実験であり（図３Ｃ）、ＤＮＡ標的化ＲＮＡとしてＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含むものを用いること（図３Ｂ）、いずれの標的ＤＮＡにも切断が生じたこと（図３Ａ）が記載されている（上記（３）オ [0249]、[0251]、カ [0006]、キ 図３Ａ～Ｃ）。また、図５の実験は、共通の標的ＤＮＡに対して由来の異なる６種類のＣａｓ９ポリペプチド及び共通のＤＮＡ標的化ＲＮＡを用いた緩衝液中の実験であり、ＤＮＡ標的化ＲＮＡとしてＤＮＡ標的化セグメント及びタンパク質結合セグメントを含むものを用いること（図５Ｂ）、いずれのＣａｓ９ポリペプチドであっても標的ＤＮＡに切断が生じたこと（図５Ａ）が記載されている（上記（３）オ [0249]、[0251]、カ [0008]、キ 図５Ａ～Ｂ）。 したがって、第１優先基礎出願の出願書類には、特許請求の範囲の請求項５４、７３～７６に記載された「標的ＤＮＡ中の配列に相補的なヌクレオチド配列を含むＤＮＡ標的化ＲＮＡ、及び、ヌクレアーゼ活性を示す部位特異的修飾ポリペプチドを含む複合体と標的ＤＮＡを接触させる工程を含む、標的ＤＮＡにおける部位特異的切断の方法」の発明（以下、「優先基礎発明」という。）が、複合体の構造、作用機序、及び具体的データを伴って詳細に記載されているということができる。 一方、上述のとおり、特許請求の範囲には、標的ＤＮＡを切断する方法を、真核単細胞、植物細胞、動物細胞等の細胞内の染色体の一部を標的として行うことも記載されている（上記１（３）イ 請求項５８、６１、６５、６６）。 これに関して、詳細な説明には、優先基礎発明を、インビトロの細胞のみならずインビボの細胞にも適用できること（上記１（３）エ [00121]）や、任意の生物に由来する任意のタイプの細胞のＤＮＡに適用できることが、具体的な生物種や細胞種を挙げて記載され（上記１（３）エ [00165]）、その適用を具現化するための技術的手段として、部位特異的修飾ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体を、その成分をコードする核酸の形態で細胞に導入する手段と、複合体をそのまま細胞に導入する手段の、２通りの技術的手段が記載されている（上記１（３）エ [00121]）。このうち、前者の技術的手段については、真核細胞での外来核酸の発現に適した発現ベクターの周知の具体例が列挙され（上記１（３）エ [00124]）、発現ベクターにおいて、当該核酸は、その発現に適した各種制御要素（プロモーター、リボソーム結合部位、転写ターミネーター、発現を増幅するための配列）に作動可能に連結されることが、制御要素の周知の具体例を挙げて記載され（上記１（３）エ [00126]）、発現ベクター等の核酸を細胞に導入する周知の手段が多数列挙されている（上記１（３）エ [00129]）。また、後者の技術的手段については、複合体の成分であるＤＮＡ標的化ＲＮＡは、化学合成やインビトロ合成により製造でき、周知の技術（例えば、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、トランスフェクション）で細胞に導入できること（上記１（３）エ [00173]）が記載され、複合体のもう一つの成分であるＣａｓ９ポリペプチド等の部位特異的修飾ポリペプチドは、溶解度を増大させるドメイン、安定性を改良するドメイン、細胞による取込を促進するための浸透性ドメインなどと融合できることが、各ドメインの具体例とともに記載されている（上記１（３）エ [00178]、[00179]）。また、実施例には、Ｃａｓ９ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡそれぞれの製造方法（上記１（３）オ [0248]）に加え、大腸菌で組換え発現して得られたＣａｓ９ポリペプチドと化学合成したＤＮＡ標的化ＲＮＡとを緩衝液中で１５分間インキュベートすることにより、Ｃａｓ９ポリペプチドとＤＮＡ標的化ＲＮＡの複合体を得たことが記載されている（上記１（３）オ）。 そして、優先基礎発明を真核単細胞、植物細胞、動物細胞等の細胞内のＤＮＡに適用して得られた遺伝子改変細胞は、抗ウイルス、抗病原性、抗がん治療薬としての遺伝子治療などの目的や、農業における遺伝子改変された生物の生産や生物学的研究などの幅広い用途に使用されることも記載されている（上記１（３）エ [00198]）。 このとおり、第１優先基礎出願の出願書類は、部位特異的ＤＮＡヌクレアーゼを操作するための２つの主要な技術に代わり得る新しい技術として、部位特異的修飾ポリペプチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体を提供することに主眼を置いたものであり、当該複合体の製造方法に加え、当該複合体が標的ＤＮＡを部位特異的に切断することも具体的データに基づき開示している。また、当該出願書類は、部位特異的修飾ポリヌクレオチド及びＤＮＡ標的化ＲＮＡを含む複合体が、インビトロの細胞だけでなくインビボの細胞（例えば、真核細胞）内の標的ＤＮＡにも適用できることを開示しており、その適用の有用性とともに、その適用が当業者にとって周知の技術的手段を用いることで具現化できることを開示しているといえる。 したがって、優先基礎発明を、植物細胞、動物細胞または単細胞真核生物等の真核細胞内の標的ＤＮＡに適用することは、第１優先権基礎出願の出願書類全体の記載を総合することにより導かれる技術的事項であって、当該技術的事項を備える本件発明は、第１優先基礎出願に基づく優先権主張の利益を享受することができるものである。 （２）請求人の主張について ア 請求人の主張 （ア）第１及び第２優先基礎出願の出願書類における開示の不足 第１及び第２優先基礎出願の出願書類には、真核細胞中でＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを実施する具体的な態様は記載されておらず、将来の課題として、各種の真核細胞の名称が羅列して例示されているのみである。当該出願書類は、真核細胞中で作用するように適応したＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムにおけるＰＡＭ配列の役割について何も教示していない。また、第１及び第２優先基礎出願の出願日当時、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを真核細胞中で作用させるのにコドン最適化が必要かどうかも不明であった。 それに対して、真核細胞中でＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを実施したことを記載する甲１及び甲２においては、第１及び第２優先基礎出願の出願書類には記載されていない創意工夫（例えば、Ｃａｓ９ポリペプチドの特定の位置への核局在化シグナルＮＬＳの結合、及びＣａｓ９ポリペプチドをコードする核酸におけるコドン最適化）を行っており、これらは周知慣用技術を超えるものである。 （イ）真核細胞へのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システム導入の障壁 第１及び第２優先基礎出願の出願日当時、当業者は、真核細胞へのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システム導入には次のａ～ｅの障壁があると考え、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９複合体が真核細胞で首尾よく機能し得るとは認識できなかった。 ａ ＲＮＡの分解 第１及び第２優先基礎出願の出願日当時、真核細胞が、原核細胞には存在しないリボヌクレアーゼ（ＲＮＡを切断する酵素）を発現していることや、真核細胞への二本鎖ＲＮＡの導入が、ＲＮＡを分解するＲＮＡ干渉やインターフェロン応答を引き起こすことが知られていた。したがって、当業者は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムのＲＮＡ成分の安定性に関する障壁を経験する可能性を理解していた。 ｂ 折りたたみや複合体形成 第１及び第２優先基礎出願の出願日当時、真核細胞は細胞内の温度、イオン濃度（例えば、マグネシウムイオン濃度）及びｐＨが原核細胞とは異なる可能性があり、真核細胞の環境が、原核細胞由来のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムの形成及び機能に予測できない影響を及ぼし得ると当業者は理解していた。 ｃ 真核細胞による耐性 第１及び第２優先基礎出願の出願日当時、当業者は、細菌の適用免疫系であるＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムが真核細胞に毒性や細胞死を引き起こす可能性を認識していた。 ｄ 共局在化 真核細胞は、原核細胞とは異なり、膜構造により分離された核内にＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムの標的である染色体ＤＮＡを含む。第１及び第２優先基礎出願の出願日当時、当業者はＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムの成分を核内に同時に局在化させるのに必要な条件があるかどうかを知らなかった。 ｅ クロマチン 真核細胞のゲノムＤＮＡは、タンパク質（主にヒストン）と結合した複雑で密に詰め込まれた構造であるクロマチン構造をとっており、天然のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９の標的である小さなＤＮＡ分子とは異なる。第１及び第２優先基礎出願の出願日当時、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムがクロマチンで構成される真核細胞の染色体を編集することができるのか不明であった。 （ウ）原核細胞宿主から真核細胞宿主への転用の失敗事例 当業者は、原核細胞宿主から真核細胞宿主への転用の失敗事例ａ～ｅを知っていたから、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを用いて真核細胞のゲノムを編集するには独特の条件が必要であると予測し、実験結果がなければ、合理的に成功を期待することはなかった。 ａ グループＩＩイントロン グループＩＩイントロンは、原核細胞に由来し、ＲＮＡ成分を必要とするＲＮＡ誘導エンドヌクレアーゼであり、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムに最も近い前例である。これを真核細胞に適用するのに、大量のマグネシウムイオンの注入が必要だが、そのような高マグネシウムイオン濃度は真核細胞に有害であった。 そして、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムもマグネシウム依存性であることが報告されていたから、当業者は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを真核細胞に適用するに当たって、グループＩＩイントロンと同様の障害を予想した。 ｂ Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼ バクテリオファージ由来Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼは、ほとんど全てのＤＮＡに適合すると予想されていたにもかかわらず、高等真核細胞の大部分でまだ利用されていない。 ｃ ハンマーヘッドリボザイム ハンマーヘッドリボザイムは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムと同様に、核酸切断に関与し、それはＲＮＡ分子に依存する可能性がある。ｉｎ ｖｉｖｏでのリボザイム活性を決定する最も重要な因子は、リボザイムと標的核酸とが共局在することであるが、ＲＮＡ分子は真核細胞中で分解されやすいから、標的部位への輸送中にリボザイムのかなりの部分が分解されるにちがいなく、当業者は、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのリボザイム活性は、ｉｎ ｖｉｖｏでの活性は予測できないと考えていた。 ｄ リボスイッチ リボスイッチは、特定の化学物質群に結合してそれに反応して形を変えるＲＮＡであり、細菌に存在するものであるが、試験管内のリボスイッチを真核細胞内で機能させることに失敗した。この原因が、ＲＮＡが試験管と細胞とでは異なるように折りたたまれたことにある可能性が高いと考えられている。 ｅ ｐＡｇｏ 原核細胞のｐＡｇｏ核酸誘導ヌクレアーゼは、試験管内で核酸誘導の方法で裸のＤＮＡを切断できるが、ヒストンに巻きついたＤＮＡは切断できない。また、ｐＡｇｏは好熱性細菌に由来するため、哺乳動物細胞のゲノム編集に必要な３７℃では機能しないし、大腸菌で発現させると沈殿してしまう。さらに、正しいガイド核酸を付加するのは困難である。これらの要因により、哺乳動物細胞でプログラム可能にゲノムを編集するｐＡｇｏは得られていない。 （エ）米国特許商標庁におけるインターフェアランスの決定 米国特許商標庁ＰＴＡＢにおけるインターフェアランスＮｏ．１０６，１１５においては、上記（イ）及び（ウ）と同様の主張が考慮されて、甲１等に係るＴｈｅ Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃの発明が先願（Ｓｅｎｉｏｒ Ｐａｒｔｙ）であり、本件発明が後願（Ｊｕｎｉｏｒ Ｐａｒｔｙ）である旨の妥当な決定が行われた（甲７）。 （オ）ＺＦＮやＴＡＬＥＮとＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムの相違 被請求人は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）や転写活性化様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）の真核細胞中における従来技術に基づいてＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムが真核細胞中で実施できることを主張する。 しかし、ＺＦＮやＴＡＬＥＮは、元々真核細胞を対象とした技術であるのに対して、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムは本来的に原核細胞を対象とした技術であるうえ、ＺＦＮやＴＡＬＥＮはＤＮＡ結合ドメインとＤＮＡ切断ドメインを人工的に結合させてなる人工物であるのに対して、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムは天然の原核細胞で生じるＤＮＡ標的化ＲＮＡとＣａｓ９ポリペプチドとからなる点で構造的に異なり、両者は標的ＤＮＡへの配列特異的結合の作用機序も異なるものである。 したがって、ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムの真核細胞への適用の参考にはならない。 イ 当審の判断 （ア）第１及び第２優先基礎出願の出願書類における開示の不足について ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムが標的ＤＮＡ配列を切断するためには、標的ＤＮＡ配列の下流にプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）配列が必要であることは第１優先基礎出願の出願日当時の周知技術であったと認められる（上記１（４）～（６））。そして、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムは、ＤＮＡ標的化セグメントが、標的ＤＮＡと配列特異的に塩基対合し、その場でＣａｓ９ポリペプチドがＤＮＡを切断するという機序で作用するものであり（上記１（３）エ [0089]、カ [0004]、キ 図１）、標的ＤＮＡを真核細胞内のものとする場合でも、上記周知技術どおり、標的ＤＮＡ配列の下流にＰＡＭが存在すべきであろうことは、当業者にとって自明の事項である。また、外来遺伝子を宿主真核細胞内で効率よく発現させるために、当該外来遺伝子の適宜の位置に核内への能動輸送のための核局在化シグナル（ＮＬＳ）を付加すること（上記１（７））や、宿主細胞に応じてコドンを最適化すること（上記１（８））は、いずれも第１優先基礎出願の出願日における周知慣用技術であったから、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを真核細胞内で発現させる際に、核局在化シグナル（ＮＬＳ）の付加やコドン最適化が有用であることは、当業者がごく自然に考える程度のことである。 請求人は、Ｃａｓｐポリペプチドの特定の位置への核局在化シグナル（ＮＬＳ）の結合やＣａｓ９ポリペプチドをコードする核酸におけるコドン最適化は、真核細胞中でＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを実施したことを記載する甲１及び甲２における創意工夫であって、周知慣用技術を超えるものである旨主張する。しかし、核局在化シグナル（ＮＬＳ）は、甲１においては、請求項１に「場合により少なくとも１つ以上の核局在化配列を含む」と、単なる任意付加的事項として記載されているにとどまり（上記１（１））、甲２においては、特許請求の範囲に記載さえされていない（上記１（２））。よって、Ｃａｓ９ポリペプチドの特定の位置に核局在化シグナル（ＮＬＳ）を結合することが、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを真核細胞に適用する場合の特徴的な構成であるとも創意工夫であるともいえない。また、コドン最適化については、甲１においても甲２においても特許請求の範囲に記載さえされておらず（上記１（１）、（２））、やはり、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを真核細胞に適用する場合の特徴的な構成であるとも創意工夫であるともいえない。 したがって、第１優先基礎出願の出願書類に、プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）、核局在化シグナル（ＮＬＳ）、及びコドン最適化に関する明示的記載がないからといって、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システム、すなわち優先基礎発明の真核細胞への適用が妨げられるとは認められない。 そうすると、第１優先基礎出願の出願日の周知技術を踏まえると、優先基礎発明を植物細胞、動物細胞又は単細胞真核生物といった真核細胞内の標的ＤＮＡに適用することが、第１優先基礎出願の出願書類に当業者が実施可能な程度に記載されていると認めることができるから、「第１及び第２優先基礎出願の出願書類には、・・・将来の課題として、各種の真核細胞の名称が羅列して例示されているのみである。」との請求人の主張は当たらない。 （イ）真核細胞へのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システム導入の障壁について 請求人は、上記ア（イ）のとおり、ＲＮＡの分解（ａ）、折りたたみや複合体形成（ｂ）、真核細胞による耐性（ｃ）、共局在化（ｄ）、クロマチン（ｅ）の点が、真核細胞へのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システム導入の障壁となる旨主張する。 しかし、請求人の上記主張ａ～ｅは、原核細胞と真核細胞の相違から、第１優先基礎出願の出願書類の実施例に記載された緩衝液中のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを真核細胞に適用する際に生じ得る事象の一般的・抽象的な可能性または懸念を述べるにとどまるものであって、具体的にこれらの事象が生じることが確認されていたことを示すものではないから、真核細胞にＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを導入する際に克服しなければならない障壁であるとは認められない。 （ウ）原核細胞宿主から真核細胞宿主への転用の失敗事例について 請求人は、上記ア（ウ）のとおり、当業者は、グループＩＩイントロン（ａ）、Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼ（ｂ）、ハンマーヘッドリボザイム（ｃ）、リボスイッチ（ｄ）、ｐＡｇｏ（ｅ）のように、原核細胞宿主から真核細胞宿主への転用が失敗した事例を知っていたから、実験結果がなければ、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを用いて真核細胞のゲノムを編集することに合理的に成功を期待しなかった旨主張する。 しかし、上記事例は、いずれも、原核細胞宿主由来であるという限度でＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムと関連するにとどまり、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムとは関連性の低い技術に関するものにすぎず、それらの真核細胞宿主への転用が失敗した例を報告する論文があったとしても、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムの真核細胞への適用を妨げるとか、当該適用に成功を期待しなかったとまではいうことはできない。 （エ）米国特許商標庁におけるインターフェアランスの決定について 日本国特許法と米国特許法は法体系が異なり、日本国特許法には、先発明主義の下で採用されているインターフェアランス手続やその決定に係る規定は存在しない。 また、本件特許の対応欧州特許について、欧州特許庁異議申立部は、請求人が述べる技術的障害は本件特許の実施可能性に疑問をもたらすものではない旨、第１優先基礎出願がＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを真核生物細胞で実施するための十分な教示を有している旨を説示しており（乙１２２の１）、上記２（１）の当審の判断と同様の判断をしている。 そうすると、米国特許商標庁におけるインターフェアランスの決定（甲７）の内容が、上記２（１）の判断を左右する理由にはならない。 （オ）ＺＦＮやＴＡＬＥＮとＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムの相違 本件発明が第１優先基礎出願の出願書類に記載されたものであるとの当審の判断は、上記２（１）のとおり、当該出願書類の記載事項及び当該出願の出願日当時の周知技術に基づくものである。そして、当該出願書類は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムの真核細胞への適用をＺＦＮやＴＡＬＥＮとの類似性により説明するものではなく、上記２（１）の判断で考慮した技術常識もＺＦＮやＴＡＬＥＮに関するものではないのだから、上記２（１）の当審の判断が、ＺＦＮやＴＡＬＥＮとＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムとの間の相違の有無や程度に影響を受けることはない。 （カ）小括 以上のとおり、請求人の上記主張はいずれも採用の限りでなく、本件発明は、第１優先基礎出願の出願書類に記載されたものと認めることができるから、第１優先基礎出願に基づく優先権主張の利益を享受することができるものである。 ３ 無効理由１（拡大先願／甲１）について 上記１に示したとおり、本件特許は、第１優先基礎出願に基づく優先権主張の利益を享受することができるから、特許法第２９条の２の規定の適用に当たっては、本件特許は第１優先基礎出願の出願日である２０１２年５月２５日に出願されたものとみなされることになる。 それに対して、甲１出願の第１優先基礎出願の出願日（２０１２年１２月１２日）は、本件特許の第１優先基礎出願の出願日（２０１２年５月２５日）よりも後であるから、甲１出願は、たとえ第１優先基礎出願に基づく優先権主張の利益を享受することができたとしても、本件特許に対して、特許法第２９条の２でいう「他の特許出願」には当たらない。 したがって、請求人が主張する無効理由１は理由がない。 ４ 無効理由２（拡大先願／甲２）について 上記１に示したとおり、本件特許は、第１優先基礎出願に基づく優先権主張の利益を享受することができるから、特許法第２９条の２の規定の適用に当たっては、本件特許は第１優先基礎出願の出願日である２０１２年５月２５日に出願されたものとみなされることになる。 それに対して、甲２出願の第１優先基礎出願の出願日（２０１２年１０月２３日）は、本件特許の第１優先基礎出願の出願日（２０１２年５月２５日）よりも後であるから、甲２出願は、たとえ第１優先基礎出願に基づく優先権主張の利益を享受することができたとしても、本件特許に対して、特許法第２９条の２でいう「他の特許出願」には当たらない。 したがって、請求人が主張する無効理由２は理由がない。 第５ むすび 以上のとおりであるから、請求人の主張及び証拠方法によっては、本件発明１、２、６、１５乃至１９、２１、２２、２５、２８乃至３０、３３乃至３６、４５乃至４８、５１乃至５３、５６、６５乃至７０、７３、７６乃至８４、９５、９６、９９、１００及び１１１についての特許を無効とすることはできない。 審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項で準用する民事訴訟法第６１条の規定により請求人の負担とする。 よって、結論のとおり審決する。