2020-000013

特願２０１７－１５５４１０「標的ＤＮＡに特異的なガイドＲＮＡおよびＣＡＳタンパク質コード核酸またはＣＡＳタンパク質を含む、標的ＤＮＡを切断するための組成物、ならびにその使用」拒絶査定不服審判事件〔平成３０年 ２月 ８日出願公開、特開２０１８－ １９６９８〕について、次のとおり審決する。

結 論 本件審判の請求は、成り立たない。

理 由 第１ 手続の経緯 本願は、平成２５年１０月２３日（パリ条約による優先権主張 ２０１２年１０月２３日 米国、２０１３年 ３月２０日 米国、２０１３年 ６月２０日 米国）を国際出願日とする特許出願である特願２０１５－５３８０３３号の一部を、平成２９年 ８月１０日に新たな特許出願としたものであって、その手続の経緯は以下のとおりである。 平成２９年 ９月 ８日 ：手続補正書、上申書の提出 平成３０年 ９月１４日付け：拒絶理由通知書 平成３１年 ３月２５日 ：意見書、手続補正書の提出 平成３１年 ３月２７日 ：上申書、参考資料３７～３９の提出 平成３１年 ３月２８日 ：手続補足書（参考資料１～３６）の提出 令和 １年 ８月２１日 ：面接、参考資料４０の提出 令和 １年 ８月２６日付け：拒絶査定 令和 ２年 １月 ６日 ：審判請求書の提出 令和 ２年 ２月２０日 ：審判請求書を対象とする手続補正書の提出 令和 ２年 ２月２１日 ：手続補足書（参考資料４１～４３）の提出 令和 ２年 ７月 ７日 ：上申書の提出 第２ 本願発明 本願の請求項１～４１に係る発明は、平成３１年３月２５日に提出された手続補正書の特許請求の範囲の請求項１～４１に記載された事項により特定されるとおりのものと認めるところ、その請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、次のとおりのものである。 「【請求項１】 真核細胞における標的デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）の切断のためのタイプＩＩのクラスター化された規則的間隔の短いパリンドローム反復配列（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓシステムを含む組成物であって、該ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが （ｉ）Ｃａｓ９ポリペプチドおよび核局在化シグナルをコードする核酸、または核局在化シグナルを有するＣａｓ９ポリペプチド、および （ｉｉ）真核細胞中の標的ＤＮＡにハイブリダイズするガイドＲＮＡまたは該ガイドＲＮＡをコードする核酸、 を含み、ガイドＲＮＡがトランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）配列に融合したＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）配列を含むキメラガイドＲＮＡであり、該ｃｒＲＮＡ配列が該ｔｒａｃｒＲＮＡ配列に対して５’末端側にある、上記組成物。」 第３ 原査定の拒絶の理由 本願発明に対する原査定の拒絶の理由は、次のとおりである。 この出願の請求項１に係る発明は、本願の第一の優先日（以下「本願第１優先日」という。）である２０１２年１０月２３日より前に日本国内又は外国において、頒布された若しくは電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった下記の引用文献１に記載された発明並びに周知技術に基いて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。 引用文献１：Science, Aug 2012, Vol.337, p.816-821 & Supplementary Materials 第４ 認定事実 １ 引用文献１の記載 原査定で引用された、本願第１優先日より前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった引用文献１（Science, Aug 2012, Vol.337, p.816-821 & Supplementary Materials）は、「細菌の獲得免疫におけるデュアルＲＮＡ誘導性のプログラム可能なＤＮＡエンドヌクレアーゼ」と題する学術論文であって、次の事項が記載されている（なお、英文であるから当審による訳文を記載する。）。 （１－１）「クラスター化され、規則的に間隔が空いている短い回文の反復（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）系は、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）を用いて、侵入する核酸のサイレンシングを誘導することで、ウイルスやプラスミドに対する獲得免疫を細菌や古細菌に提供する。ここで私たちは、これらの系の一部において、成熟ｃｒＲＮＡが、トランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）と塩基対になって２つのＲＮＡからなる構造を形成し、ＣＲＩＳＰＲ関連タンパク質Ｃａｓ９に標的ＤＮＡの二本鎖切断を指示することを示す。・・・このデュアル－ｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡは、一本鎖ＲＮＡキメラとして設計されたときも、配列特異的に、Ｃａｓ９による二本鎖ＤＮＡ切断を誘導する。私たちの研究は、部位特異的ＤＮＡ切断のためにデュアル－ＲＮＡを使用するエンドヌクレアーゼのファミリーを明らかにし、ＲＮＡでプログラム可能なゲノム編集のためにこのシステムを利用する可能性を強調する。」（要約） （１－２）「ここで私たちは、ＩＩ型の系において、Ｃａｓ９タンパク質が、標的二本鎖ＤＮＡを切断するために、活性化ｔｒａｃｒＲＮＡと標的指向ｃｒＲＮＡの間の塩基対構造を必要とする酵素ファミリーを構成するものであることを示す。位置特異的切断は、標的であるプロトスペーサーＤＮＡとｃｒＲＮＡの間の塩基対を形成する相補性と、標的ＤＮＡの領域に並置される短いモチーフ［プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）と呼ばれる］により定められる場所で生じる。」（８１６頁中欄２５～３５行） （１－３）「私たちは、成熟ｃｒＲＮＡ単独では、Ｃａｓ９に触媒されるプラスミドＤＮＡの切断を導けないことを発見した。・・・しかしながら、ｃｒＲＮＡの反復配列と対を形成し、この系においてｃｒＲＮＡの成熟に必要不可欠であるｔｒａｃｒＲＮＡを追加することが、Ｃａｓ９がプラスミドＤＮＡを切断することの引き金となった。」（８１６頁右欄１９～２５行） （１－４）「私たちは、標的認識配列を５’末端に含み、その下流にｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの間に生じる塩基対相互作用を保持するヘアピン構造を含む２つのバージョンのキメラＲＮＡを設計した（図５Ｂ）。・・・プラスミドＤＮＡを用いた切断アッセイにおいて、長い方のキメラＲＮＡは、切断されたｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体を用いた場合に観察された場合と同じような挙動で、Ｃａｓ９によるＤＮＡ切断を誘導できることを観察によって確認した（図５Ｂ並びに図Ｓ１４Ａ及びＣ）。」（８２０頁左欄５～１８行） （１－５）「図５ Ｃａｓ９は、ｔｒａｃｒＲＮＡとｃｒＲＮＡの特徴を組み合わせた単一のエンジニアリングされたＲＮＡ分子を使用して、プログラムすることができる。（Ａ）（上）ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムにおいて、Ｃａｓ９は、活性化しているｔｒａｃｒＲＮＡ及び標的化ｃｒＲＮＡにより形成される２つのＲＮＡ構造により誘導されて、部位特異的に標的となった二本鎖ＤＮＡを切断する（図Ｓ１参照）。（下）ｃｒＲＮＡの３’末端をｔｒａｃｒＲＮＡの５’末端に融合することにより生成されたキメラＲＮＡ。 ［図：0001402005000001.jpg］ 」（８２０頁） （１－６）「ジンク－フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼは、ゲノムを操作するために設計された人工酵素として、大きな関心を集めた。私たちは、遺伝子ターゲティングとゲノム編集への応用に向けた大きな潜在能力をもたらし得るＲＮＡによりプログラムされたＣａｓ９に基づく代替的な手法を提案する。」（８２０頁右欄２～９行） （１－７）「プラスミドＤＮＡ切断アッセイ ・・・未処理の、あるいは制限酵素処理により鎖状化されたプラスミドＤＮＡ（３００ｎｇ（～８ｎＭ））は、精製されたＣａｓ９タンパク質（５０～５００ｎＭ）とｔｒａｃｒＲＮＡ：ｃｒＲＮＡ複合体（５０～５００ｎＭ、１：１）とともに、Ｃａｓ９プラスミド切断緩衝液（２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ７．５、１５０ｍＭ ＫＣＬ、０．５ｍＭ ＤＴＴ、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ）中で、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２を加えて、あるいは加えずに、３７℃で６０分間インキュベートした。」（SUPPLEMENTARY MATERIALS AND METHODS） ２ 周知例について （１）周知例１ 拒絶査定において周知技術を示すために引用文献２として引用され、本願第１優先日より前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった刊行物である、Gene Ther., 2008, Vol.15, No.22, p.1463-1468は、ゲノム編集技術の１つであるジンク－フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）に関する総説であって、次の事項が記載されている（なお、英文であるから当審による訳文を記載する。）。 （周１－１）「公表された報告は、種々の生物の内因性染色体における、成功したＺＦＮ誘導性の１４遺伝子のターゲティングについて述べている。哺乳類細胞で６遺伝子、ゼブラフィッシュで３遺伝子、ショウジョウバエで３遺伝子、線虫と植物細胞で１遺伝子ずつである。」（１４６４頁右欄１～５行） （２）周知例２ 本願第１優先日より前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった刊行物である、Methods, 2011, Vol.53, p.339-346には、次の事項が記載されている（なお、英文であるから当審による訳文を記載する。）。 （周２－１）「相同組換えのより高い効率が、ジンク－フィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮｓ）に基づく技術を用いることにより達成される。ＺＦＮは、あらかじめ定められたゲノムの位置において、ＤＮＡ二本鎖切断（ＤＳＢｓ）を引き起こす分子はさみである。・・・典型的には、ＺＦＮ誘導性のＤＳＢは、相同組換えの効率を数千倍に高める。全体では、ＺＦＮテクノロジーは、ショウジョウバエ、植物、ゼブラフィッシュ、ラット、そして、マウスあるいはヒトの多能性幹細胞を含め１０以上の生物にうまく適用された。」（３３９頁右欄最終段落～３４０頁左欄下から３行） （３）周知例３ 拒絶査定において周知技術を示すために引用文献３として引用され、本願第１優先日より前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった刊行物である、Nature Biotechnology, 2011, Vol.29, No.2, p.143-148には、次の事項が記載されている（なお、英文であるから当審による訳文を記載する。）。 （周３－１）「これらの結果は、ＴＡＬＥ－ヌクレアーゼキメラ（ＴＡＬＥＮｓ）の選択的ゲノム切断のため位置特異的エンドヌクレアーゼとしての潜在的な利用に関する関心に拍車をかけた。ここでは私たちは、内因性遺伝子の効率的な修復を仲介できるＴＡＬＥＮの開発を報告する。まず、私たちは、標的とされたエピソーマルレポーターと内因性遺伝子の制御を通して、哺乳類の細胞の環境におけるＴＡＬＥ活性を示す。」（１４３頁右欄８～１３行） （４）周知例４ 拒絶査定において周知技術を示すために引用文献４として引用され、本願第１優先日より前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった刊行物である、Nucleic Acids Research, 2011, Vol.39, e82には、次の事項が記載されている（なお、英文であるから当審による訳文を記載する。）。 （周４－１）「私たちは、このソフトウェアにより標的化されプラスミドを用いて組み立てたＴＡＬＥＮが酵母ＤＮＡ切断アッセイにおいて活性であり、ヒト細胞とシロイヌナズナのプロトプラストにおける遺伝子ターゲティングに効果的であることを示す。」（２頁右欄３５～４０行） （５）周知例５ 拒絶査定において周知技術を示すために引用文献５として引用され、本願第１優先日より前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった刊行物である、国際公開第２０１２／０１２７３８号には、次の事項が記載されている（なお、英文であるから、訳文として当該刊行物の国内公表公報である特表２０１３－５３７４１０号公報の記載事項及び摘記箇所を示す。）。 （周５－１）「【請求項１】 細胞中の少なくとも１つの内因性染色体配列を編集する方法であって、 ａ）前記細胞内に、（ｉ）少なくとも１つの標的化エンドヌクレアーゼであって、前記染色体配列中の標的切断部位に二本鎖切断を導入することができる、標的化エンドヌクレアーゼ、または前記標的化エンドヌクレアーゼをコードする核酸、および（ｉｉ）前記標的切断部位の少なくとも１つの側の染色体配列に対する実質的な配列同一性を有する第１の部分を含む少なくとも１つの一本鎖核酸を導入すること；ならびに ｂ）前記標的化エンドヌクレアーゼによって導入される前記二本鎖切断が、前記染色体配列が前記一本鎖核酸の配列と交換され、それによって前記染色体配列を編集する相同性指向プロセスによって修復される条件下に、前記細胞を維持すること を含む、方法。 ・・・ 【請求項１３】 前記標的化エンドヌクレアーゼが、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）ヌクレアーゼ、部位特異的ヌクレアーゼ、または人工標的ＤＮＡ二本鎖切断誘導剤である、請求項１に記載の方法。」 （周５－２）「【００６４】 （ｄ）細胞 本方法は、上記に記載の標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）を細胞内に導入することを含む。様々な細胞が、本方法における使用に適している。概して、細胞は、真核細胞または単細胞真核生物であろう。」 （周５－３）「【００６８】 （ｅ）細胞への送達 上記に記載の標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）は、様々な手段で細胞内に導入することができる。好適な送達手段には、微量注入、エレクトロポレーション、ソノポレーション、遺伝子銃、リン酸カルシウム媒介型トランスフェクション、陽イオン性トランスフェクション、リポソームトランスフェクション、デンドリマートランスフェクション、熱ショックトランスフェクション、ヌクレオフェクショントランスフェクション、マグネトフェクション、リポフェクション、インペールフェクション、光学トランスフェクション、専有の薬剤増強型の核酸取り込み、およびリポソーム、免疫リポソーム、ビロソーム、または人工ビリオンを介する送達が含まれる。一実施形態において、標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）は、ヌクレオフェクションによって細胞内に導入することができる。別の実施形態において、標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）は、微量注入によって細胞（例えば、１細胞胚）中に導入することができる。標的化エンドヌクレアーゼ分子（複数可）および核酸（複数可）は、細胞核または細胞質中に微量注入してもよい。」 （６）周知例６ 拒絶査定において周知技術を示すために引用文献６として引用され、本願第１優先日より前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった刊行物である、国際公開第２０１１／１３０３４６号には、次の事項が記載されている（なお、英文であるから、訳文として当該刊行物の国内公表公報である特表２０１３－５２３１８１号公報の記載事項及び摘記箇所を示す。）。 （周６－１）「【請求項１】 少なくとも一つの内因性タンパク質にタグを付けるための方法であって、該方法が： ａ）（ｉ）少なくとも一つの標的エンドヌクレアーゼあるいは標的エンドヌクレアーゼをコードする核酸、該標的エンドヌクレアーゼは標的部位に結合し、かつ内因性タンパク質をコードする染色体配列内の切断部位を切断することができるものである、および（ｉｉ）タグ配列を含む少なくとも一つのドナーポリヌクレオチド、該タグ配列は上流配列および下流配列に挟まれ、該上流配列および下流配列は染色体配列における切断部位の両側と実質的な配列同一性を共有するものである、を細胞内に導入すること、ならびに、 ｂ）標的エンドヌクレアーゼにより切断部位で導入された二本鎖切断が、タグ付き内因性タンパク質が生成されるように、ドナーポリヌクレオチド内のタグ配列が、内因性タンパク質をコードする染色体配列内にインフレームでインテグレートされるように、相同性指向過程により修復されるような条件下で、細胞を維持すること、 を含む方法。 【請求項２】 標的エンドヌクレアーゼがジンクフィンガーヌクレアーゼである、請求項１に記載の方法。 【請求項３】 細胞がほ乳類細胞である、請求項１に記載の方法。」 （周６－２）「【００７５】 （ｃ）細胞型 一般的に、細胞は真核細胞であろう。・・・ 【００７６】 ほ乳類細胞はほ乳類細胞株細胞であってもよい。・・・ 【００７７】 さらに他の実施形態では、細胞は幹細胞であってもよい。・・・ 【００７８】 さらなる実施形態では、細胞は一細胞胚（ｏｎｅ－ｃｅｌｌ ｅｍｂｒｙｏ）であってもよい。・・・」 （周６－３）「【０１０４】 （ｃ）細胞への送達 本方法は、標的エンドヌクレアーゼまたは標的エンドヌクレアーゼをコードする核酸およびドナーポリヌクレオチドを、細胞内に導入することを含む。適した細胞は上記（Ｉ）（ｃ）節に詳述される。 【０１０５】 適した送達方法には、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、ソノポレーション、微粒子銃（ｂｉｏｌｉｓｔｉｃｓ）、リン酸カルシウム介在トランスフェクション（ｃａｌｃｉｕｍ ｐｈｏｓｐｈａｔｅ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ）、陽イオントランスフェクション、リポソームトランスフェクション、デンドリマートランスフェクション、熱ショックトランスフェクション、ヌクレオフェクショントランスフェクション、マグネトフェクション、リポフェクション、インペールフェクション（ｉｍｐａｌｅｆｅｃｔｉｏｎ）、オプティカルトランスフェクション（ｏｐｔｉｃａｌ ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ）、専売薬剤（ｐｒｏｐｒｉｅｔａｒｙ ａｇｅｎｔ）で促進された核酸の取り込み、およびリポソーム、免疫リポソーム、ビロソーム、あるいは人工ビリオンを介する送達、が挙げられる。一つの実施形態では、分子はヌクレオフェクションにより細胞内に導入することができる。別の実施形態では、分子はマイクロインジェクションにより細胞内に導入することができる。分子は、細胞の核内あるいは細胞質内にマイクロインジェクションすることができる。」 （７）周知例７ 拒絶査定において周知技術を示すために引用文献７として引用され、本願第１優先日より前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった刊行物である、特表２００１－５０３９７１号公報には、次の事項が記載されている。 （周７－１）「注目する遺伝子は大腸菌β－ガラクトシダーゼ・リポーター遺伝子からなり、その発現は、Ｘ－Ｇａｌ（４－クロロ－５－ブロモ－３－インドリル－β－Ｄ－グラクトピラノシド）での染色により容易に検出できる。これは、その３’部分に真核細胞核局在シグナルをコードする配列を与える。組換えβ－ガラクトシダーゼの核局在により、Ｘｇａｌによってもまた検出可能な宿主細胞の内生β－ガラクトシダーゼとの交差反応により生ずるバックグラウンドノイズの問題の排除が可能となり、それゆえに固定されたプラスミドからの酵素活性の特異的検出が可能となる。」（２３頁下から２行～２４頁６行） （８）周知例８ 拒絶査定において周知技術を示すために引用文献８として引用され、本願第１優先日より前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった刊行物である、特開平１０－８０２７４号公報には、次の事項が記載されている。 （周８－１）「【請求項１】 核移行シグナル（ＮＬＳ）遺伝子およびテトラサイクリン・トランスアクチベーター（ｔＴＡ）遺伝子を含んでなる組み換え遺伝子。」 （９）周知例９ 拒絶査定において周知技術を示すために引用文献９として引用され、本願第１優先日より前に頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった刊行物である、特表２００２－５３８８４２号公報には、次の事項が記載されている。 （周９－１）「【０１４７】 （核局在化シグナルの導入はｔｅｔＲ媒介抑制を促進する） ｔｅｔＲ分布が主に細胞質で観察されたので、核局在シグナル（ＮＬＳ）をｔｅｔＲ遺伝子の３’末端に導入し、核への導入を促進し、そして結果的にｔｅｔＲ媒介の転写抑制を強化した。」 第５ 判断 １ 引用発明 摘記事項（１－１）～（１－５）及び（１－７）からみて、引用文献１には、クラスター化され、規則的に間隔が空いている短い回文の反復（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）系を構成するｔｒａｃｒＲＮＡ及びｃｒＲＮＡに基づいて設計されたキメラＲＮＡとＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質とにより、プラスミド中の、キメラＲＮＡと塩基対を形成する標的ＤＮＡが、緩衝液中で切断されることを実験により確認したことが記載されている。また、摘記事項（１－５）からみて、引用文献１には、当該キメラＲＮＡが、ｃｒＲＮＡの３’末端側にｔｒａｃｒＲＮＡの５’末端側を融合させたものであることが記載されている。 以上からみて、引用文献１には、次の発明（以下「引用発明」という。）が記載されていると認める。 「クラスター化され、規則的に間隔が空いている短い回文の反復（ＣＲＩＳＰＲ）／ＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）系を含む組成物であって、 （ａ）ＩＩ型Ｃａｓ９タンパク質、及び （ｂ）ｃｒＲＮＡの３’末端側にｔｒａｃｒＲＮＡの５’末端側が融合したキメラＲＮＡ を含み、キメラＲＮＡと塩基対を形成する、プラスミド中の標的ＤＮＡを緩衝液中で切断するための組成物。」 ２ 対比 本願発明と引用発明を対比する。引用発明の「ｃｒＲＮＡの３’末端側にｔｒａｃｒＲＮＡの５’末端側が融合したキメラＲＮＡ」は、プラスミド中の標的ＤＮＡと塩基対を形成するものであるから、本願発明の、「標的ＤＮＡにハイブリダイズ」し、「トランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）配列に融合したＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）配列を含」み、「該ｃｒＲＮＡ配列が該ｔｒａｃｒＲＮＡ配列に対して５’末端側にある」「キメラガイドＲＮＡ」に相当する。そうすると、本願発明と引用発明の一致点及び相違点は、次のとおりである。 【一致点】 「標的デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）の切断のためのタイプＩＩのクラスター化された規則的間隔の短いパリンドローム反復配列（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓシステムを含む組成物であって、該ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが （ｉ）Ｃａｓ９ポリペプチド、および （ｉｉ）標的ＤＮＡにハイブリダイズするガイドＲＮＡ、 を含み、ガイドＲＮＡがトランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）配列に融合したＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）配列を含むキメラガイドＲＮＡであり、該ｃｒＲＮＡ配列が該ｔｒａｃｒＲＮＡ配列に対して５’末端側にある、上記組成物。」 【相違点１】 本願発明は、「真核細胞」における標的ＤＮＡを切断するための組成物であって、Ｃａｓ９ポリペプチドが「核局在化シグナル」を有しているのに対して、引用発明は、「緩衝液中」の標的ＤＮＡを切断するための組成物であって、Ｃａｓ９ポリペプチドが「核局在化シグナル」を有していない点。 【相違点２】 本願発明は、Ｃａｓ９ポリペプチド及びガイドＲＮＡが、それらをコードする核酸である態様も含まれているのに対し、引用発明は、そのような態様が含まれていない点。 ３ 判断 （１）相違点１について 摘記事項（１－１）の特に「私たちの研究は、部位特異的ＤＮＡ切断のためにデュアル－ＲＮＡを使用するエンドヌクレアーゼのファミリーを明らかにし、ＲＮＡでプログラム可能なゲノム編集のためにこのシステムを利用する可能性を強調する。」（下線は当審による。）との記載からみて、引用文献１では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系をゲノム編集に利用する可能性が強調されているといえる。 また、摘記事項（１－６）からみて、引用文献１では、ゲノムを操作するための人工酵素として大きな関心を集めたジンク－フィンガーヌクレアーゼ（以下「ＺＦＮ」という。）や転写活性化様エフェクターヌクレアーゼ（以下「ＴＡＬＥＮ」という。）を例示した上で、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系が、遺伝子ターゲティングとゲノム編集への応用に向けた大きな潜在能力をもたらし得る「代替的な手法」として提案されているといえる。 以上からみて、引用文献１には、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系が、ＺＦＮやＴＡＬＥＮに替わり得る新たなゲノム編集の手法として提案されているといえる。 そして、摘記事項（周１－１）、（周２－１）、（周３－１）、（周４－１）、（周５－１）、（周５－２）、（周６－１）及び（周６－２）のとおり、本願第１優先日当時、ゲノム編集の主たる対象は真核細胞であって、ＺＦＮやＴＡＬＥＮが真核細胞中の標的ＤＮＡすなわち核内のゲノムを切断するものであることは周知であったから、引用文献１の記載に接した当業者にとって、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞の核内のゲノムに対して機能させようと試みることは、ごく自然な発想であるといえる。 また、摘記事項（周５－２）、（周５－３）、（周６－２）及び（周６－３）のとおり、本願第１優先日当時、タンパク質や核酸を真核細胞へ送達する各種手段は周知であり、また、摘記事項（周７－１）、（周８－１）及び（周９－１）のとおり、タンパク質を真核細胞の核内に移行させるための手段も周知であったから、当業者が前述のごく自然な発想を抱くことを妨げる特段の事情があったとはいえない。 したがって、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を、真核細胞における標的ＤＮＡの切断に用いることは当業者が容易に想到し得ることであり、その際に、真核細胞の核内に移行させるための常套手段である核局在化シグナルを引用発明のＣａｓ９ポリペプチドに付加することは、当業者が格別の創意工夫なくなし得たことであるといえる。 （２）相違点２について 本願第１優先日当時、細胞内で機能させるためのタンパク質やＲＮＡを、それらをコードする核酸の形態で細胞に導入することは常套手段であり、また、そのような核酸を真核細胞へ送達する手段も周知であった（例えば、摘記事項（周５－２）、（周５－３）、（周６－２）及び（周６－３）参照。）。 そして、前記（１）で検討したとおり、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞の核内のゲノムに対して機能させようとすることが十分に動機付けられる以上、それらを構成する成分であるＣａｓ９ポリペプチド及びキメラＲＮＡを、それらをコードする核酸の形態で導入することも、当業者が適宜なし得たことに過ぎない。 （３）本願発明の効果について 本願明細書の記載を参酌しても、本願発明が、引用文献１に記載された発明及び本願第１優先日当時の周知技術からは当業者が予測できない顕著な効果を奏するものとは推認できない。 （４）小括 以上からみて、本願発明は、引用文献１に記載された発明及び本願第１優先日より前に周知であった技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 ４ 審判請求人の主張について （１）審判請求人の主張 審判請求人が令和２年２月２０日に提出した、審判請求書を対象とする手続補正書による補正後の審判請求書においてする主張は、概略、次のア～ウである。 ア 引用文献１は「ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系に基づく手法が、ゲノムを操作するために設計された人工酵素であるジンク－フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼの代替方法となり得る」とは記載しておらず、８２０頁に「ジンク－フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼは、ゲノムを操作するために、人工的な酵素として考慮すべき興味を引いてきた（３５～３８）。我々は、遺伝子標的化及びゲノム編集用途について、考慮すべき可能性を提供するかもしれない、ＲＮＡプログラム化されたＣａｓ９に基づく異なる方法論を提唱する」と記載しているに過ぎない。そして、拒絶査定において引用された他の引用文献は、引用文献１の欠缺を何ら補うものではない。 加えて、本願第１優先日当時、次のような阻害要因１～８が存在したため、当業者が、真核細胞のゲノム中の標的核酸配列において部位特異的な二本鎖切断を導入するためにＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いることについて、動機付けられていたとはいえない。 （阻害要因１）Ｃａｓ９タンパク質は真核細胞内で発現される必要があり、細胞質ゾルにおいて正しく折りたたまれて適切なマルチドメイン構造を形成する必要があり、ユビキチン経路のような、真核細胞性のタンパク質品質管理システムにより分解されることなく安定性を保持する必要がある。 （阻害要因２）ガイドＲＮＡは、真核細胞性のヌクレアーゼによる分解を逃れる必要がある。 （阻害要因３）ガイドＲＮＡとＣａｓ９タンパク質とは、核内へと活性を有した状態で輸送される必要があり、真核細胞性の遮断因子との相互作用によって阻害されることなく、近接して複合体を形成する必要がある。 （阻害要因４）ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９複合体は、クロマチンに折り畳まれている真核細胞ゲノム内を成功裏に走査する必要がある。 （阻害要因５）ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９複合体は、原核細胞ゲノムやウイルスゲノムと比較して顕著に大きい真核細胞ゲノム内にある、クロマチンに折り畳まれている、特異的なＤＮＡ標的配列を成功裏に同定しそれに結合する必要がある。 （阻害要因６）ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９複合体は、真核細胞内における、実質的に低濃度のマグネシウムイオンの条件下でも酵素活性を維持する必要がある。 （阻害要因７）ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムが真核細胞で機能するには、オフターゲットＤＮＡ配列に結合するＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９複合体により引き起こされる細胞毒性の問題を克服する必要がある。 （阻害要因８）原核細胞内で機能するシステム（Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ、細菌性グループＩＩイントロン、リボスイッチなど）を真核細胞で機能させる数々の試みが失敗したことを当業者は認識していた。これらの失敗した過去の試みに鑑みれば、当業者はＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが、真核細胞内での標的ＤＮＡへの部位特異的二本鎖切断の導入に失敗するであろうと予測したといえる。 イ 平成３１年３月２８日提出の手続補足書に添付された、次に示す参考資料１、参考資料２、参考資料５、参考資料１２及び参考資料１３の記載からみて、本願第１優先日当時、引用文献１の共著者や他の当業者が、原核細胞性のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを真核細胞のＤＮＡ切断に使用することについては否定的であり、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９技術を真核細胞に適用することについて当業者に合理的な成功の期待がなかったといえるから、当業者がＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９技術を真核細胞に適用して、容易に標的核酸配列に部位特異的な二本鎖切断を導入することができた、と認定することはできない。また、当業者に合理的な成功の期待がなかったにもかかわらず、「十分な動機付けがあった」と認定することもできない。 参考資料１ ：Pandika, January 2014, Rising Stars (http://www.ozy.com/rising-stars-and-provocateurs/jennifer-doudna-crispr-code-killer/4690) 参考資料２ ：Edge.org, 2016 (https://www.edge.org/print/node/26810) 参考資料５ ：Carroll, 2012, Molecular Therapy, 20(9):1658-60 参考資料１２：Jinek et al., eLIFE e00471 (2013), DOI: 10.7554/eLife.00471, 1-9 参考資料１３：Catalyst Magazine, July 9, 2014, “The CRISPR Revolution,” 18-20 ウ 本願第１優先日当時の引用文献及び技術水準のもとでは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に用いることについて種々の阻害要因が存在し、合理的な成功の期待はなかったのであるから、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に成功裏に用いることができたことは、従来技術に対する本願発明の有利な効果であり、また格別な創意工夫に当たるものとして認識されるべきである。 （２）判断 ア 審判請求人の主張アについて 引用文献１に「ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系に基づく手法が、ゲノムを操作するために設計された人工酵素であるジンク－フィンガーヌクレアーゼや転写活性化様エフェクターヌクレアーゼの代替方法となり得る」という文言そのものが記載されているわけではないものの、前記３（１）で検討したとおり、摘記事項（１－１）及び（１－６）からみて、引用文献１には、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系が、ＺＦＮやＴＡＬＥＮに替わり得る新たなゲノム編集の手法として提案されているというべきである。 そして、本願第１優先日当時、ゲノム編集の主たる対象は真核細胞であって、ゲノム編集において、ＺＦＮやＴＡＬＥＮを真核細胞中の核内のゲノム切断に用いることは周知であったから、拒絶査定において引用された他の引用文献を参酌するまでもなく、引用文献１の記載のみから、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞の核内のゲノムに対して機能させようとすることは十分に動機付けられるというべきである。 加えて、審判請求人が示す（阻害要因１）～（阻害要因８）のいずれをみても、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞の核内のゲノムに対して機能させようと試みることが技術的に不可能であることや、引用文献１の記載内容と矛盾することを示すものではなく、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系の真核細胞への適用ができないとの認識にまで当業者を至らしめるものではないというべきである。 そして、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞の核内のゲノムに対して機能させようとすることは十分に動機付けられることに加え、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞に適用するにあたり、タンパク質や核酸を真核細胞へ送達するための周知技術（例えば、摘記事項（周５－２）、（周５－３）、（周６－２）及び（周６－３））を適用することや、タンパク質を真核細胞の核内に移行させるための周知技術である核局在化シグナル（例えば、摘記事項（周７－１）、（周８－１）及び（周９－１））をＣａｓ９ポリペプチドに付加することは、当業者が特段の創意工夫なくなし得ることであり、実際にそのような周知技術を適用するに際し格別の技術的困難性があったわけでもないから、当業者が、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞に適用する実験を実際に実施する上での阻害要因はなかったというべきである。 さらにいえば、（阻害要因１）～（阻害要因８）で示される事項に対して、本願発明が、本願第１優先日当時の当業者が通常は用いないような特段の技術を採用しているとか、特段の工夫をしているとの事情も見出せないから、これらの事項を理由として、当業者が、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞に適用することが困難であったと推認することもできない。 イ 審判請求人の主張イについて 参考資料１３の４頁左欄３段落には、「Ｄｏｕｄｎａは『私の研究室は、どのようにすればＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核細胞において適切に機能するかについて探索を始めた』と述べた。『その間、ハーバードのＧｅｏｒｇｅ ＣｈｕｒｃｈやＭＩＴのＦｅｎｇ Ｚｈａｎｇの研究グループもまた、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核細胞において機能し得るか否かを確認するため、懸命に作業を行っていた』」（訳文は当審が作成した。）と記載されている。そして、この記載からみれば、多くの研究グループが、同時期に、ＣＲＩＰＳＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に適用するための研究を行っていたといえ、このことは、当業者にとって、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に適用しようとすることには十分な動機付けがあったことをむしろ示唆するものといえる。 また、参考資料５の最終段落には「ＣＲＩＳＰＲ系が次の次の標的切断試薬を提供するかはまだわからないが、試してみる価値が明らかにある」（訳文は当審が作成した。）と記載されており、当該記載も、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に適用しようとすることに動機付けがあったことをむしろ示唆するものといえる。 さらに、参考資料１２の２頁本文１～２行の記載についても、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核生物において機能するかはわからなかったと述べるにとどまっている。 以上のように、審判請求人が、本願第１優先日当時、原核細胞性のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを真核細胞のＤＮＡ切断に使用することについて、当業者が否定的であったことの根拠として挙げる参考資料には、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に適用しようとすることに動機付けがあったことをむしろ示唆するものも含まれており、また、そうではない参考資料も、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９が真核細胞中のゲノムで機能するか否かは予測できなかったという指摘にとどまるものである。 そして、前記アで検討したとおり、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞の核内のゲノムに対して機能させようとすることは十分に動機付けられ、また、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞に適用する際には、当業者が、特段の創意工夫なく周知技術を適用すれば足りたのであって、この点に格別の技術的困難性はないのであるから、当業者がそのような試みを行うことを妨げるような事由があったということはできない。 さらにいえば、次に示す参考文献１及び２並びに審判請求人が提出した参考資料１２は、発行日が本願第１優先日より後ではあるものの、その投稿日は本願第１優先日より前又はほぼ同時期であって、本願発明者らとは異なる独立した複数の研究グループが投稿した論文である。そして、これらの論文には、核局在化シグナルを付加したＣａｓ９タンパク質を用いたＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系により、真核細胞の核内で標的配列の切断を行ったことが記載されている。このことは、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞中のゲノムに対して機能させようと試みることに十分な動機付けがあり、当業者がそのような試みを行うことの妨げはなかったことを示すものといえる。 参考文献１：Science, Vol.339, p.819-823（投稿日：2012年10月5日、発行日：2013年1月3日） 参考文献２：Science, Vol.339, p.823-826（投稿日：2012年10月26日、発行日：2013年1月3日） 参考資料１２：eLife, Vol.2, e00471, p.1-9（投稿日：2012年12月15日、発行日：2013年1月29日） ウ 審判請求人の主張ウについて 審判請求人は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を真核細胞に成功裏に用いることができたこと自体が、従来技術に対する本願発明の有利な効果であると主張する。 しかし、前記アで検討したとおり、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞の核内のゲノムに対して機能させようとすることは十分に動機付けられ、また、引用発明のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞に適用する際には、当業者が、特段の創意工夫なく周知技術を適用すれば足りたのであって、この点に格別の技術的困難性はないのであるから、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９系を真核細胞の核内のゲノムに対して機能させることができたという効果に顕著性を見出す余地などないというべきである。 ５ まとめ 以上からみて、審判請求人の主張はいずれも採用できず、本願発明は、引用文献１に記載された発明及び本願第１優先日より前に周知であった技術に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により、特許を受けることができないものである。 第６ むすび 以上のとおり、本願発明は、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができないから、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶されるべきものである。 よって、結論のとおり審決する。