2019-006665

特願２０１６－５０２９３５「スタッファー／フィラーポリヌクレオチド配列を含むベクターおよびその使用方法」拒絶査定不服審判事件〔平成２６年 ９月１８日国際公開、ＷＯ２０１４／１４４４８６、平成２８年 ６月１６日国内公表、特表２０１６－５１７２７８〕について、次のとおり審決する。

結 論 本件審判の請求は、成り立たない。

理 由 第１ 手続の経緯 この出願（以下「本願」という。）は、２０１４年（平成２６年）３月１４日を国際出願日（パリ条約による優先権主張 ２０１３年３月１５日 米国）とする特許出願であって、その手続の主な経緯は次のとおりである。 平成３１年 １月１７日付け：拒絶査定 平成３１年 ５月２２日 ：審判請求書、手続補正書の提出 令和 ２年 ９月 ２日付け：拒絶理由通知書 令和 ３年 ３月 ３日 ：意見書、手続補正書の提出 令和 ３年 ３月 ４日 ：意見書、手続補正書の提出 第２ 本願発明 本願の請求項１～５０に係る発明は、令和３年３月４日にされた手続補正により補正された特許請求の範囲の請求項１～５０に記載された事項により特定されるとおりのものであるところ、その請求項１及び３０に係る発明は、その請求項１及び３０に記載された事項により特定される次のとおりのものである。 「【請求項１】 異種ポリヌクレオチド配列を含むベクターゲノムと、 第１の不活性のフィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列を含んでなり、 前記異種ポリヌクレオチド配列が４．７Ｋｂを下回る長さを有し、かつアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）の二つのＩＴＲ配列の内側に位置し、前記不活性のフィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列はアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）の二つのＩＴＲ配列の外側に位置し、該第１の不活性のフィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列が７．０ないし１０．０Ｋｂの長さを有する組換えベクタープラスミド。」 「【請求項３０】 請求項１ないし２７のいずれかの組換えベクタープラスミドのベクターゲノムを含んでなるＡＡＶ粒子。」 第３ 当審による拒絶理由の概要 令和２年９月２日付けで当審が通知した拒絶理由には、理由１及び２として、次の理由が含まれている。 本願請求項３０に係る発明は、本願の優先権主張の日（以下「本願優先日」という。）前に日本国内又は外国において、頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった、下記の引用例１に記載された発明であるから、特許法２９条１項３号に該当し、特許を受けることができず、また、下記の引用例１に記載された発明に基いて、本願優先日前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。 引用例１：Molecular Therapy. (2009) vol.17, no.1, p.144-152 第４ 認定事実 １ 引用例１に記載された事項 引用例１には、以下の事項が記載されている（英文であるため当審により和訳したものを摘記する。また、下線は当審により付した。）。 （１－１）「ＤＮＡ不純物レベルに対するベクタープラスミドのバックボーンサイズの影響 これまでの研究で、キャプシド化されたプラスミドＤＮＡ不純物は、主に、ＩＴＲ含有ベクター（シス）生産プラスミドのバックボーンに由来することが報告されている。組換えＡＡＶ２及びＡＡＶ６における残留プラスミドＤＮＡ不純物量に対するベクタープラスミドのバックボーンサイズの影響を評価した。残留プラスミドＤＮＡのレベルは、ベクター調製に使用した３つの生産プラスミドの全てに共通する配列であるＡｍｐＲに特異的なプライマー及びプローブを用いたＱ－ＰＣＲにより測定した（表１）。この実験で比較したベクターは、それぞれ、共通の方法（グラジエント クロマトグラフィー）…を用いて調製及び精製された。オーバーサイズ（６９８０ｂｐ）のバックボーンを有するベクタープラスミドを用いて調製された５つのロット（ロット ０６００２、００３Ａ、ＮＨＰ、０８０２、０８０３）で測定された平均残留プラスミドＤＮＡレベルは１４．２±２．６ｐｇ／１０９ｖｇであり、より小さいサイズ（２６２０又は２６３８ｂｐ）のバックボーンを有するベクタープラスミドを用いて調製された５つのロット（ロット Ｎ０７０１、０７０１、０７０２、０７０３、０８０１）で測定した平均値１０７．６±２７．６ｐｇ／１０９ｖｇよりも７．６倍低かった（Ｐ＜０．００１）。したがって、ベクター生産プラスミドにおけるオーバーサイズのバックボーンの使用は、プラスミド由来のＤＮＡ不純物の有意な減少を達成した。」（１４６頁右欄１７～４０行） （１－２）「 ［図：0001395537000001.jpg］ 」（１４７頁表１） （１－３）「材料及び方法 ＡＡＶの調製及び精製：ベクターの調製は、改変を加えた（１８）、３つのプラスミドを用いた、ＨＥＫ２９３細胞のヘルパーウイルスフリーなトランスフェクション（３０）によって行われた。臨床ＡＡＶ２－ｈＦＩＸベクター（ロット１０５３）は、二重ＣｓＣｌ勾配超遠心（勾配のみの方法）によって精製された。本研究において、１４個の追加のＡＡＶベクターロットを調製し、分析した。ヒト凝固第ＩＸ因子を発現する８つのＡＡＶ２と２つのＡＡＶ６ベクターロット（ＡＡＶ－ｈＦＩＸ）は、ＡＡＶの～４７００ｎｔパッケージング限界を超える６９８０ｂｐのバックボーンを含むベクタープラスミドを使用して調製された。１つのＡＡＶ２と４つのＡＡＶ６ベクターロットは、２６２０ｂｐ又は２６３８ｂｐのバックボーンを有するベクタープラスミドを用いて調製された。」（１５０頁左欄下から１１～１行） ２ 引用発明 摘記事項（１－１）からみて、引用例１には、キャプシド化されたプラスミドＤＮＡ不純物は主にＩＴＲ含有ベクター（シス）生産プラスミドのバックボーンに由来することがこれまでの研究で報告されていること、並びに組換えＡＡＶ２及びＡＡＶ６における残留プラスミドＤＮＡ不純物量に対するベクタープラスミドのバックボーンサイズの影響を評価したところ、オーバーサイズ（６９８０ｂｐ）のバックボーンを有するベクタープラスミドを用いて調製された５つのロット（ロット ０６００２、００３Ａ、ＮＨＰ、０８０２、０８０３）で測定された平均残留プラスミドＤＮＡレベルは１４．２±２．６ｐｇ／１０９ｖｇであり、より小さいサイズ（２６２０又は２６３８ｂｐ）のバックボーンを有するベクタープラスミドを用いて調製された５つのロットで測定した平均値よりも７．６倍低かったことが記載されている。 そして、摘記事項（１－３）からみて、引用例１には、ヒト凝固第ＩＸ因子を発現するＡＡＶ（ＡＡＶ－ｈＦＩＸ）が、ＡＡＶの～４７００ｎｔパッケージング限界を超える６９８０ｂｐのバックボーンを含むベクタープラスミドを、ＨＥＫ２９３細胞にトランスフェクションすることにより調製されたことが記載されている。 以上からみて、引用例１には、ＡＡＶのパッケージング限界を超える６９８０ｂｐのバックボーンを含むＩＴＲ含有ベクタープラスミドを、ＨＥＫ２９３細胞にトランスフェクションすることにより調製された組換えＡＡＶの５つのロット（ロット ０６００２、００３Ａ、ＮＨＰ、０８０２、０８０３）で測定された平均残留プラスミドＤＮＡレベルが１４．２±２．６ｐｇ／１０９ｖｇであったことが記載されているといえる。 また、摘記事項（１－１）からみて、引用例１には、残留プラスミドＤＮＡのレベルを「ＡｍｐＲ」すなわちアンピシリン耐性遺伝子に特異的なプライマー及びプローブを用いたＱ－ＰＣＲにより測定したことが記載されているから、引用例１に記載されたベクタープラスミドのバックボーンにはアンピシリン耐性遺伝子が含まれているといえる。 さらに、摘記事項（１－２）からみて、引用例１には、組換えＡＡＶの５ロット（０６００２、００３Ａ、ＮＨＰ、０８０２、０８０３）を調製するために用いたベクタープラスミドが、ヒト凝固第ＩＸ因子（ｈＦＩＸ）をコードする４２９７ｎｔの導入遺伝子を有することが記載されているといえる。 以上からみて、引用例１には、ＩＴＲ含有ベクタープラスミドにオーバーサイズのバックボーンを使用することにより、当該ＩＴＲ含有ベクタープラスミド由来のＤＮＡ不純物が有意に減少した組換えＡＡＶである、以下の発明（以下「引用発明」という。）が記載されていると認める。 「アンピシリン耐性遺伝子を含む６９８０ｂｐのバックボーン、及びヒト凝固第ＩＸ因子をコードする４２９７ｎｔの導入遺伝子を有するＩＴＲ含有ベクタープラスミドをＨＥＫ２９３細胞にトランスフェクションして調製された、当該ＩＴＲ含有ベクタープラスミド由来のＤＮＡ不純物が有意に減少した組換えＡＡＶ。」 第５ 対比、判断 １ 対比 （１）本願発明３０について 本願の請求項３０は、本願の請求項１～２７を引用する形式で記載されているところ、そのうちの請求項１を引用する部分に係る発明（以下「本願発明３０」という。）は、以下のとおりであると認める（分説は当審による。）。 「ａ 異種ポリヌクレオチド配列を含むベクターゲノムと、 ｂ 第１の不活性のフィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列を含んでなり、 ａ－１ 前記異種ポリヌクレオチド配列が４．７Ｋｂを下回る長さを有し、かつアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）の二つのＩＴＲ配列の内側に位置し、 ｂ－１ 前記不活性のフィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列はアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）の二つのＩＴＲ配列の外側に位置し、該第１の不活性のフィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列が７．０ないし１０．０Ｋｂの長さを有する 組換えベクタープラスミドの ベクターゲノムを含んでなるＡＡＶ粒子。」 ここで、本願発明３０に係る「ＡＡＶ粒子」は、本願発明３０における「組換えベクタープラスミド」の「ベクターゲノムを含んでなる」ものと特定されている。そして、本願発明３０において、当該「ベクターゲノム」は「異種ポリヌクレオチド配列を含む」ものと特定されているから、当該「ベクターゲノム」には、少なくとも「異種ポリヌクレオチド配列」が含まれていることになる。そこで、当該「ベクターゲノム」に含まれる他の成分について、本願明細書の記載も参酌しつつ検討する。 まず、「ベクターゲノム」という文言について、本願明細書の【００５０】に「…ＡＡＶベクターゲノムは、複製およびパッケージングのために同一分子上（ｉｎ ｃｉｓ）に必要な配列（例えばＩＴＲ配列）を含む」と記載され、【００８０】に「…ベクターゲノムは、ウイルス（例えばＡＡＶ）によってパッケージまたはカプシド化され、異種ポリヌクレオチド配列を含むベクタープラスミドの一部を指す。組換えベクタープラスミドのプラスミド部位は、…バックボーン配列を含むが、それ自体はウイルス（例えばＡＡＶ）によってパッケージ／カプシド化されない」（下線は当審による。）と記載されている。 そうすると、本願明細書の記載からみて、本願発明３０でいう「ベクターゲノム」は、本願発明３０における「組換えベクタープラスミド」に由来し、本願発明３０に係る「ＡＡＶ粒子」にパッケージ（カプシド化）される領域のことであるといえる。そして、本願優先日当時のＡＡＶに関する技術常識を考慮すれば、ＡＡＶ粒子にパッケージ（カプシド化）される領域は、通常、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列と、その内側に位置する領域であるといえるから、本願発明３０における「組換えベクタープラスミド」からＡＡＶ粒子にパッケージ（カプシド化）される領域は、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列と、その内側に位置し、異種ポリヌクレオチド配列を含む領域であるといえる。 一方、本願明細書の図６に関し、本願明細書の【０１７７】に「図６に示される１２の定量結果で得られた残存プラスミドＤＮＡ不純物レベルにおいては、サイズ超過バックボーンを含まない（欠く）ベクタープラスミドを用いて調製されたベクター中の１０９ベクターゲノム当たりのプラスミドＤＮＡ不純物の平均は３０１ｐｇで、これはサイズ超過バックボーンを用いて調製されたベクターで測定された１０９ｖｇ当たりのプラスミドＤＮＡ不純物の平均である６０ｐｇと比較して、５倍高い値であった。従って、ベクタープラスミド内のサイズ超過バックボーンは、ウイルスベクターの調製において不純物の低減に使用することができる」（下線は当審による。）と記載され、また、本願明細書の図５に「サイズ超過のバックボーンを用いると残存プラスミドＤＮＡは約４０分の１（０．１～１．０％）に減少する」（下線は当審による。）と記載されていることからみて、サイズ超過のバックボーンを用いることにより、ＡＡＶ粒子のベクターゲノムに含まれる残存プラスミドＤＮＡは大幅に減少するといえるものの、一方で、たとえサイズ超過のバックボーンを有する組換えベクタープラスミドを用いたとしても、ＡＡＶ粒子のベクターゲノムには、ごく少量の残存プラスミドＤＮＡが含まれるといえる。そして、本願発明３０における「組換えベクタープラスミド」は、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の外側に位置する領域に、「７．０ないし１０．０Ｋｂの長さを有する」「第１の不活性のフィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列」を有しているから、サイズ超過のバックボーンを有しているといえるものの、上述のとおり、たとえサイズ超過のバックボーンを有する「組換えベクタープラスミド」を用いたとしても、ＡＡＶ粒子のベクターゲノムには、６０ｐｇ／１０９ｖｇ程度のごく少量の残存プラスミドＤＮＡが含まれるといえる。 以上からみて、本願発明３０に係る「ＡＡＶ粒子」は、本願発明３０における「組換えベクタープラスミド」の、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列と、その内側に位置し、４．７Ｋｂを下回る長さを有する異種ポリヌクレオチド配列を含む領域と、当該領域の外側、すなわちＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の外側に位置する領域に由来する残存プラスミドＤＮＡをごく少量（６０ｐｇ／１０９ｖｇ程度）含む「ベクターゲノム」を含んでなるものであると換言できる。 （２）本願発明３０と引用発明との対比 ア 引用発明について 引用発明に係る「アンピシリン耐性遺伝子を含む６９８０ｂｐのバックボーン、及びヒト凝固第ＩＸ因子をコードする４２９７ｎｔの導入遺伝子を有するＩＴＲ含有ベクタープラスミドをＨＥＫ２９３細胞にトランスフェクションして調製された」ものであるところ、引用発明の「ヒト凝固第ＩＸ因子をコードする４２９７ｎｔの導入遺伝子」は、引用発明の組換えＡＡＶに「導入」すなわちパッケージ（カプシド化）されるべきものであるから、本願優先日当時のＡＡＶに関する技術常識からみて、当該「ヒト凝固第ＩＸ因子をコードする４２９７ｎｔの導入遺伝子」は、引用発明における「ＩＴＲ含有ベクタープラスミド」において、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の内側に位置しているといえる。 また、引用発明の「アンピシリン耐性遺伝子を含む６９８０ｂｐのバックボーン」は、本願優先日当時のＡＡＶに関する技術常識からみて、引用発明における「ＩＴＲ含有ベクタープラスミド」において、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の外側に位置しているといえる。 以上からみて、引用発明に係る「組換えＡＡＶ」は、「アンピシリン耐性遺伝子を含む６９８０ｂｐのバックボーン」が、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の外側に位置し、「ヒト凝固第ＩＸ因子をコードする４２９７ｎｔの遺伝子」が、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の内側に位置する「ＩＴＲ含有ベクタープラスミド」をＨＥＫ２９３細胞にトランスフェクションして調製されるものであり、そのように調製された、引用発明に係る「組換えＡＡＶ」は、引用発明における「ＩＴＲ含有ベクタープラスミド」の、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列と、その内側に位置し、「ヒト凝固第ＩＸ因子をコードする４２９７ｎｔの遺伝子」を含む領域と、当該二つのＩＴＲ配列の外側に位置する６９８０ｂｐの領域に由来するＤＮＡ不純物を少量含む「ベクターゲノム」を含んでなるものであると換言できる。 イ 対比 本願発明３０に係る「ＡＡＶ粒子」と、引用発明に係る「組換えＡＡＶ」とを対比する。 前記（１）で検討したとおり、本願発明３０に係る「ＡＡＶ粒子」は、本願発明３０における「組換えベクタープラスミド」の、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列と、その内側に位置し、４．７Ｋｂを下回る長さを有する異種ポリヌクレオチド配列を含む領域と、当該領域の外側、すなわちＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の外側に位置する領域に由来する残存プラスミドＤＮＡをごく少量（６０ｐｇ／１０９ｖｇ程度）含む「ベクターゲノム」を含んでなるものである。 そして、前記アで検討したとおり、引用発明に係る「組換えＡＡＶ」は、引用発明における「ＩＴＲ含有ベクタープラスミド」の、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列と、その内側に位置し、「ヒト凝固第ＩＸ因子をコードする４２９７ｎｔの遺伝子」を含む領域と、当該二つのＩＴＲ配列の外側に位置する６９８０ｂｐの領域に由来するＤＮＡ不純物を少量含む「ベクターゲノム」を含んでなるものである。 ここで、引用発明における「ヒト凝固第ＩＸ因子をコードする４２９７ｎｔの遺伝子」が、ＡＡＶにとって異種のものであることは明らかであるから、当該「ヒト凝固第ＩＸ因子をコードする４２９７ｎｔの導入遺伝子」は、本願発明３０における、４．７Ｋｂを下回る長さを有する異種ポリヌクレオチド配列に相当する。 また、引用発明における「ＤＮＡ不純物」は、引用発明における「ＩＴＲ含有ベクタープラスミド」の、二つのＩＴＲ配列の外側に位置する６９８０ｂｐの領域に由来するものであるから、本願発明３０における「残存プラスミドＤＮＡ」に相当する。そして、摘記事項（１－１）及び（１－２）からみて、引用例１に記載された、「オーバーサイズ（６９８０ｂｐ）のバックボーンを有するベクタープラスミドを用いて調製された５つのロット（ロット０６００２、００３Ａ、ＮＨＰ、０８０２、０８０３）」は、ＩＴＲ含有ベクタープラスミド由来のＤＮＡ不純物を１１～１７．７ｐｇ／１０９ｖｇ（平均１４．２±２．６ｐｇ／１０９ｖｇ）含んでいるところ、この数値は、本願明細書で示されている残存プラスミドＤＮＡの量（６０ｐｇ／１０９ｖｇ程度）と同等であるから、引用発明に係る「組換えＡＡＶ」のベクターゲノムに含まれている「ＤＮＡ不純物」すなわち「残存プラスミドＤＮＡ」は、本願発明３０と同程度にごく少量であるといえる。 そうすると、本願発明３０に係る「ＡＡＶ粒子」に含まれている「ベクターゲノム」と、引用発明に係る「組換えＡＡＶ」に含まれている「ベクターゲノム」とは、いずれも、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列と、その内側に位置し、４．７Ｋｂを下回る長さを有する異種ポリヌクレオチド配列を含む領域と、当該二つのＩＴＲ配列の外側に位置する領域に由来する残存プラスミドＤＮＡをごく少量含む点で相違ないから、そのような「ベクターゲノム」を含むＡＡＶである、本願発明３０に係る「ＡＡＶ粒子」と引用発明に係る「組換えＡＡＶ」との間にも相違はないことになる。 また、仮に、本願発明３０に係る「ＡＡＶ粒子」と、引用発明に係る「組換えＡＡＶ」との間に差異があったとしても、そのような差異はわずかであるといえ、本願発明３０は、引用発明、引用例１の記載、及び本願優先日当時のＡＡＶに関する周知技術に基づいて、当業者が容易になし得た発明であって、本願明細書の記載を参酌しても、本願発明３０が奏する効果に顕著な点があるとはいえない。 したがって、本願発明３０は、引用例１に記載された発明である。また、本願発明３０は、引用発明、引用例１の記載、及び本願優先日当時のＡＡＶに関する周知技術に基づいて、当業者が容易になし得た発明である。 ２ 請求人の主張について （１）令和３年３月４日提出の意見書における請求人の主張について 請求人は上記意見書において、要するに、引用例１に記載されている組換えベクタープラスミドを用いて調製された引用発明は、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の外側に７．０ないし１０．０Ｋｂの長さを有する不活性のフィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列を有する本願発明１の組換えベクタープラスミドのベクターゲノムを含んでなる本願発明３０のウイルス粒子とは異なるものであり、また、引用例１に記載された発明から容易に想到できたものでもないと主張する。 上記請求人の主張について検討する。 確かに、本願発明３０における「組換えベクタープラスミド」と、引用発明における「ＩＴＲ含有ベクタープラスミド」との間には、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の外側に位置する配列について、本願発明３０では「７．０ないし１０．０Ｋｂの長さを有する」、「第１の不活性のフィラーまたはスタッファーポリヌクレオチド配列を含」むものであると特定されているのに対し、引用発明は、「アンピシリン耐性遺伝子を含む６９８０ｂｐのバックボーン」であると特定されている点で相違しているといえる。 しかし、この相違点は、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の外側に位置しており、本来、ＡＡＶにパッケージ（カプシド化）されない領域に関するものであり、しかも、本願発明３０及び引用発明において、当該領域は、いずれも、ＡＡＶにパッケージ（カプシド化）される量が大幅に減少するサイズ超過のバックボーンである点で共通している。そして、前記１（２）イで検討したとおり、そのようなサイズ超過のバックボーンを有する、本願発明３０における「組換えベクタープラスミド」に由来するベクターゲノムと、引用発明における「ＩＴＲ含有ベクタープラスミド」に由来するベクターゲノムとは、いずれも、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列と、その内側に位置し、４．７Ｋｂを下回る長さを有する異種ポリヌクレオチド配列を含む領域と、当該二つのＩＴＲ配列の外側に位置する領域に由来する残存プラスミドＤＮＡをごく少量含む点で相違がないというべきである。 そして、本願明細書の記載や、本願優先日当時の技術常識を勘案しても、ＡＡＶの二つのＩＴＲ配列の外側に位置する配列が、本願発明３０における「組換えベクタープラスミド」のように「７．０ないし１０．０Ｋｂの長さを有する」場合と、引用発明における「ＩＴＲ含有ベクタープラスミド」のように「６９８０ｂｐ」の場合とで、ＡＡＶ粒子にパッケージ（カプシド化）される「ベクターゲノム」に差異が生じるとはいえない。 したがって、請求人の上記主張は採用できない。 ３ 小括 以上のとおりであるから、本願発明３０は、引用発明と相違なく、したがって、引用例１に記載された発明である。また、本願発明３０は、引用発明、引用例１の記載、及び本願優先日当時のＡＡＶに関する周知技術に基づいて、当業者が容易になし得た発明である。 第６ むすび 以上のとおり、本願発明３０は、特許法２９条１項３号に該当し、特許を受けることができず、また、引用例１に記載された発明に基いて本願優先日前に当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法２９条２項の規定により特許を受けることができない。 したがって、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶されるべきものである。 よって、結論のとおり審決する。