2023-016173

特願２０２０－５５５１５６「歯周病の診断方法、使用、キット」拒絶査定不服審判事件〔令和 １年１０月１７日国際公開、ＷＯ２０１９／１９７６４２、令和 ３年 ８月２６日国内公表、特表２０２１－５２１４２４〕について、次のとおり審決する。

結 論 本件審判の請求は、成り立たない。

理 由 第１ 手続の経緯の概要 本願は、２０１９年（平成３１年）４月１２日（パリ条約による優先権主張 ２０１８年４月１２日 （ＥＰ）欧州特許庁）を国際出願日とする出願であって、本願の出願後の主な手続の経緯の概要は、以下のとおりである。 令和２年１２月１０日 手続補正書の提出 令和５年 ３月２８日付け 拒絶理由通知 令和５年 ６月２８日 意見書、手続補正書の提出 令和５年 ８月 １日付け 拒絶査定 令和５年 ９月２６日 審判請求書、手続補正書の提出 第２ 本願発明 本願の請求項１～１９に係る発明は、令和５年９月２６日に提出された手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１～１９に記載された事項により特定されるとおりのものであると認められるところ、その請求項６に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、以下のとおりのものである。 【請求項６】 ヒト患者の唾液試料において、前記ヒト患者が歯周病であるかを評価するためのバイオマーカーとしての、以下の： α－１－酸性糖タンパク質（Ａ１ＡＧＰ）及びプロフィリン、又は α－１－酸性糖タンパク質（Ａ１ＡＧＰ）、プロフィリン及びＳ１００カルシウム結合タンパク質Ａ９（Ｓ１００Ａ９）； のタンパク質の使用。 なお、本願発明は、令和５年９月２６日に提出された手続補正書で補正はなされておらず、拒絶査定時の請求項６と同一である。 第３ 原査定の拒絶の理由の概要 原査定の拒絶の理由は、以下のものを含む。 （進歩性）この出願の請求項６に係る発明は、その優先日前に日本国内又は外国において、頒布された下記の刊行物に記載された発明又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった発明に基いて、その優先日前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。 ＜引用文献等一覧＞ １．特表２０１５－５２９３３３号公報 第４ 当審の判断 １ 引用文献１ （１）引用文献１の記載 本願優先日前に公知となった刊行物で、原査定の引用文献１として引用された特表２０１５－５２９３３３号公報（以下、「引用文献１」という。）には以下の記載がある。なお、下線は合議体が付した。 ア 特許請求の範囲 【請求項１】 歯周疾患の状態を診断するための方法であって、以下： 歯肉溝滲出液（ＧＣＦ）サンプルおよび唾液サンプルの少なくとも一方を提供すること； 歯周炎の特定の状態を同定するための１セットのタンパク質バイオマーカーを選択すること；および 歯周疾患の前記状態を診断するための、前記選択されたセットのタンパク質バイオマーカーの発現レベルを決定すること、 を含む、方法。 【請求項２】 前記セットのタンパク質バイオマーカーを、歯肉炎の状態と歯周炎の状態とを区別するために選択する、請求項１に記載の方法。 【請求項７】 前記セットのタンパク質バイオマーカーに、アルファ－１－酸性糖タンパク質１および２、マトリクスメタロプロテイナーゼ－９、ペプチジル－プロリルｃｉｓ－ｔｒａｎｓイソメラーゼＡ、ならびにハプトグロビン関連タンパク質（ＩＰＩ００４３１６４５．１）からなる群から選択される、少なくとも１種のタンパク質が含まれる、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。 イ 発明の詳細な説明 【０００２】 歯肉炎は、歯茎の軟部組織炎症を伴う、歯周疾患の非破壊形態（non－destructive form）である。歯肉炎は、典型的には、歯に付着した、細菌性バイオフィルムまたは歯垢の身体的応答（bodily response）として起こる。適切な処置が欠如する場合には、歯肉炎は、歯周炎へ進行し得、これは、歯周疾患の破壊形態（destructive form）を代表する。歯周炎は、より軽度の前記疾患（a milder of the disease）から開始し得るが、これは後に、重度の歯周炎へ進行する。歯周炎は、常に歯肉炎の発現が先行する。・・・ 【００４４】 例 例１ 歯肉溝滲出液（ＧＣＦ）および唾液のプロテオームを分析して、例えば、歯肉炎、軽度の歯周炎、および重度の歯周炎などの異なる口腔疾患の状態のバイオマーカーを同定した。ＧＣＦおよび唾液サンプルを、何人かの患者の口腔から非侵襲的に採取した。フーリエ変換－タンデム質量スペクトル計（ＦＴ ＭＳ／ＭＳ）に連結された、液体クロマトグラフィー法を使用して、前記サンプル内からタンパク質バイオマーカーを分離して、前記タンパク質バイオマーカーを同定した。 【００４５】 健康な口腔状態および疾患の口腔状態を区別するであろうバイオマーカーのパネルを試行して解明するために、前記ＦＴ ＭＳ／ＭＳプロテオームアプローチを、歯周病について健康なボランティア、歯肉炎のボランティア、軽度のおよび重度の歯周炎のボランティア、ならびに無歯ボランティア（無歯対照）から採取したサンプルに適用した。特に、前記ＦＴ ＭＳ／ＭＳアプローチがなされることにより： １．歯周病について健康的かおよび疾患的かを区別すること ２．歯肉炎および歯周炎を区別すること ３．軽度および重度の歯周炎を区別すること ができる、新規なタンパク質バイオマーカーを、歯肉溝滲出液（ＧＣＦ）および誘導唾液の非推定プロテオーム分析により見出した。 【００４６】 研究計画 表１ ［図：0001421929000001.jpg］ 【００４７】 患者ボランティアの５つの群を、表１に定義するとおりに採用した。臨床的に示唆され得るルーチンの治療以外に計画された介入なしで（with no interventions planned other than routine therapy that may be clinically indicated）、前記研究を横断的研究として行った。サンプリングのために、１回の来院のみがベースラインにおいて必要であったが、群３および４の患者は、ルーチンの歯周測定（periodontal scaling）、歯根表面創面切除および予防を必要とし、したがって、彼らの治療の完了後、再検査され、３か月後にサンプリングした。したがって、縦断的分析が、群３および４について利用可能であった。前記臨床評価を、熟練した研究歯科医（a trained study dental surgeon）により実行した。 【００４８】 サンプル採取 ボランティアは、標準ろ紙片（Periopapers（登録商標））上で非侵襲的に、前記歯肉（歯茎）縁から採取されたＧＣＦの６個のサンプルを提供することを求められた。彼らはまた、滅菌マーブル（sterile marble）を彼らの口腔内を５分間回転させて、体積測定用段階的滅菌ガラス採取バイル（a graduated sterile glass collection vile）中に吐き出すことより、誘導唾液サンプルを提供することを求められた。 【００４９】 ＧＣＦおよび唾液を、１０人のボランティアから採取し、そのそれぞれを５つの表現型群：健康、歯肉炎、軽度の歯周炎、重度の歯周炎、およびa -ve対照群（a -ve control group）として無歯患者、に明確に定義した。したがって、合計５０人のボランティアを採用してサンプリングした。前記歯周組織炎を除去して改善された健康を回復するために、歯周炎のボランティア（群３および４）を次いで非外科的に処置した。ＧＣＦおよび唾液をまた、これらの２つの群においては、処置後３か月後に採取して、縦断的データを提供した。 【００５０】 表２は、ベースライン時点および治療後の時点で、５つの発現型群を表す５０人の患者から得られた平均臨床データを提示する。ＧＣＦおよび唾液サンプルを、１０人のボランティアから採取し、そのそれぞれを５つの表現型群：群Ｉ（健康）、群ＩＩ（歯肉炎）、群ＩＩＩ（軽度の歯周炎）、群ＩＶ（重度の歯周炎）、群Ｖ（陰性対照群としての無歯患者）、に明確に定義し、ここで、前記表現型群を、予め定義された臨床データ閾値に基づいて定義する。前記歯周組織炎を除去して改善された健康を回復するために、歯周炎のボランティア（群３および４）を、非外科的に処置したので、「ベースライン」および「再調査」の両方の臨床データを有する。 【００５１】 表２ ［図：0001421929000002.jpg］ 【００５２】 サンプル処理 ＧＣＦサンプル ＧＣＦサンプルを、ボランティア毎に６本の歯の近心面頬面（mesio-buccal）サイトから、従来のとおりに（as is convention）３０秒間、Perotron 8000（登録商標）で体積を読み、Periopaper片上に採取した（Chapple et al 1999）。これらを１．５ｍＬ スクリュートップクライオチューブ中の、４００μＬの１００ｍＭ 炭酸アンモニウム緩衝液中に置いた。前記ＧＣＦサンプルを、直ちに－８０℃まで凍結した。分析に先立って、ＧＣＦを氷上で解凍した。前記チューブを３０秒間ボルテックスして、溶液を清潔なスナップトップエッペンドルフチューブ中に除去した。２００μＬの炭酸アンモニウム（１００ｍＭ）を、前記片に添加した。これらを、３０秒間、再度ボルテックスして、１３，０００ＲＰＭで５分間、再度遠心分離した。溶液を除去して、前のものに添加した。群内の各サンプルから、１５０μＬを合わせて、群毎に、単一の「プールされた（pooled）」サンプルを得た。個別の患者サンプルを戻して（held back）、いったん好ましいバイオマーカーパネルが解明されたところで、患者特有レベルでの研究後の再評価が可能となるようにした。したがって、６×１．５ｍＬ「母集団」サンプルが、表３に示すとおり、ＭＳによるプロテオーム分析に利用可能であった。 【００５３】 表３ ［図：0001421929000003.jpg］ 【００５４】 唾液サンプル 唾液の分泌を、滅菌マーブルを使用して誘導し、１５ｍＬファルコンチューブ中に５分間採取した。チューブを、－８０℃で凍結させた。分析に先立って、前記唾液を４℃で解凍した。追加のファルコンチューブを、解凍前に秤量して、透明の（clarified）唾液を移動した。いったん解凍されたところで、前記唾液を、１．５ｍＬ スナップトップエッペンドルフチューブ中に等分して、１３，０００ＲＰＭで５分間、遠心分離した。上澄みを、前記予め秤量されたチューブ中に移動した。前記破片ペレット（debris pellet）をまた、今後の分析のために保持した。唾液の重量および体積の両方を記録した。群毎に、１０μＬの各唾液サンプルを、ＧＣＦサンプルと同様のやり方で合わせた。しかしながら、ＧＣＦとは異なり、唾液は、無歯患者群（群５）から利用可能であったため、合計７×１０５μＬの「母集団」の唾液サンプルとなった。ＧＣＦについては、前記個別の患者サンプルを戻して、今後の「患者レベル」分析が可能となるようにした。前記プールされた唾液サンプルを、１３，０００ＲＰＭで５分間、遠心分離して、１００μＬを保持した。これは、最終サンプル中に、破片が移動されないことを保証するものであった。炭酸アンモニウム（１００μＬ、２００ｍＭ）を、各サンプルに添加した。 【００５５】 ＬＣ ＦＴ ＭＳ／ＭＳによるサンプル分析 ジチオトレイトール（dithiothrietol）を、ＧＣＦおよび唾液サンプルの両方に添加し（２０μＬ、５０ｍＭ）、これらを、６０℃で４５分間振とうしながらインキュベートして、あらゆるジスルフィド結合を還元した。前記サンプルを、ヨードアセトアミド（１００μＬ、２２ｍＭ）の添加および暗所での２５分間室温でのインキュベートの前に室温に戻した。ヨードアセトアミドは、システイン残基上の遊離チオール基をアルキル化する。ジチオトレイトール（２．８μＬ、５０ｍＭ）を添加して、残留する、あらゆるヨードアセトアミドをクエンチした。１μｇのＬｙｓ－Ｃ（リシン残基のＣ末端でタンパク質を切断するもの）を、各サンプル（１：１００ 酵素：タンパク質）に添加して、３７℃で振とうしながら４時間インキュベートした。２μｇのトリプシン（リシンおよびアルギニン残基のＣ末端でタンパク質を切断するもの）を添加し、一晩３７℃で、消化を継続した。 【００５６】 前記サンプルを、（ｉＴＲＡＱラベリングに必要な）脱塩に先立って真空遠心分離乾燥した。前記サンプルを酸性化して（２００μＬ、０．５％ ＴＦＡ）、マクロトラップ（Michrom）を使用して脱塩を行った。前記トラップをアセトニトリルで湿らせ（３×５０％、２００μＬ）、続いてトリフルオロ酢酸で洗浄した（３×０．１％、２００μＬ）。前記サンプルを、次いで前記トラップをにより負荷し、溶離液は、再度前記トラップを通った。前記トラップを、再度トリフルオロ酢酸で洗浄し（３×０．１％、２００μＬ）、最終的にペプチドをアセトニトリルで溶離した（７０％、１００μＬ）。前記サンプルを、真空遠心分離乾燥した。 【００５７】 前記乾燥サンプルを、以下の表４に示すとおり、前記ｉＴＲＡＱ ８－ｐｌｅｘラベルでラベルした。前記ラベリングにより、全てのサンプルが連続的に混合され、一連の条件下で、三連で（in triplicate）行うことが可能となる。続いて、前記個別群のサンプルを、前記ｉＴＲＡＱラベルから同定した。 【００５８】 表４ 【表４】 ［図：0001421929000004.jpg］ 【００５９】 全ての個別のサンプルを、ＧＣＦおよび唾液のそれぞれについて、一緒に混合する前に、前記サンプルをラベルして２時間室温でインキュベートした。前記合わせたサンプル（１つのプールされた唾液および１つのプールされたＧＣＦ）を、真空遠心分離乾燥した。前記サンプルを、前記ＳＣＸシステムのための１００μＬの移動相Ａ中に再懸濁させた（１０ｍＭ ＫＨ２ＰＯ４、ｐＨ ３、２０％ ＭｅＣＮ）。前記ペプチドを上記の移動相Ａおよび移動相Ｂを使用した、強カチオン交換クロマトグラフィーを使用して、分離した（１０ｍＭ ＫＨ２ＰＯ４、５００ｍＭ ＫＣｌ、ｐＨ ３、２０％ ＭｅＣＮ）。勾配を、９０分間かけた。１５個の画分を回収した。画分１５および１２を合わせて、同様に１３および１４を合わせて、１３画分を得た。 【００６０】 図２および３を参照して、２１４ｎｍで記録された前記ＵＶを有する、得られたＳＣＸ ＵＶトレースを、唾液サンプルおよびＧＣＦサンプルのそれぞれについて示す。前記唾液およびＧＣＦサンプルを、次いで、上記のマクロトラップＬＣカラムで脱塩して、真空遠心分離して、２００μＬの０．１％ギ酸中に再度懸濁した。２０μＬの前記サンプルを、２個のジップチップ（ziptip）で脱塩して、２０μＬ中で溶離した。 【００６１】 画分分析 各画分を、三連で、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳにより分析した。ペプチドを移動相Ａ（０．１％ ギ酸）中で、１５０ｍｍ Acclaim PepMap100 C18カラム上に負荷した。ペプチドを、３５０ｎｌ／分の流速で、３．２％から４４％の移動相Ｂ（アセトニトリル＋０．１％ ギ酸）の線形勾配により、分離した。３．２％の移動相Ｂにおいて再平衡化する前に、前記カラムを、次いで９０％の移動相Ｂで洗浄した。前記カラムオーブンを、３５℃まで加熱した。前記ＬＣシステムを、Advion Triversa Nanomate（Advion，Ithaca，NY）に連結し、これは、１．７ｋＶのスプレー電圧で前記ペプチドを注入した。ペプチドを、前記LTQ－Orbitrap Velos ETD(Thermo Fischer Scientific，Bremen，ドイツ国)中に、直接注入した。前記質量分析計に、フルＦＴ－ＭＳスキャン（ｍ／ｚ ３８０～１６００）を行い、続いて、３種の最も存在量のあるイオンの解離衝突誘起解離（ＣＩＤ）ＭＳ／ＭＳスキャンを行い、これに続いて同一の３種のイオンの高エネルギー衝突解離（ＨＩＤ）を行った。前記ＣＩＤスペクトルを使用して、前記ペプチドを同定し、前記ＨＣＤスペクトルを使用してそれらを定量した。 【００６２】 データ分析 前記データを、Proteome Discoverer（V1.2，Thermo Fisher Scientific）を使用して分析した。データを技術的反復（technical repeat）として分析した。MascotおよびSEQUESTアルゴリズムを使用して、使用した同一の設定で前記データを探索した。前記データベースは、Socranskyにより記載されたとおりの、口腔細菌が補充された前記ＩＰＩヒトデータベースであった。このデータベースを、リバースバージョン（reverse version）で連結して、過誤率（false discovery rate）を提供した。前記データを、以下の設定で探索した：セミトリプシンを、最大で２個の切断部欠如を有する前記酵素として選択し、前記前駆体イオンについて５ｐｐｍの質量精度であり、フラグメントイオン質量許容差を０．５Ｄａに設定した（semi-trypsin was selected as the enzyme with a maximum of 2 missed cleavages，5 ppm mass accuracy for the precursor ion，fragment ion mass tolerance was set to 0.5 Da）。システインのカルボキシアミドメチル化ならびにＮ－末端およびリシン残渣へのｉＴＲＡＱ添加を、静的修正として設定した。セリン、トレオニンおよびチロシンのホスホリル化を、メチオニンの酸化およびチロシンへのｉＴＲＡＱ添加と同様に、可変修正（variable modification）として設定した。 【００６３】 各技術的複製からの前記探索結果を合わせて、２つまたは３つ以上のペプチドで同定されたタンパク質を、同定されたとおりに分類した。唯一のペプチドのみが、タンパク質定量に使用され、タンパク質グループ化を用いた（唯一のペプチドを含むタンパク質のみが使用された）。 【００６４】 ＧＣＦ分析予備結果－見出されたタンパク質 全てのＧＣＦサンプルの前記分析から、２７０種のタンパク質が、２つまたは３つ以上のペプチドで同定された。これは、２６４種のヒトタンパク質および６種の細菌タンパク質を含むものであった。前記同定されたタンパク質を、添付の追加の表１において、関連する定量値に沿って示す。全てのタンパク質を、健康な対照群に対する比で示す（ラベル１１３－健康）。このデータを、続いて、採取されたＧＣＦ体積に正規化して、またｌｏｇ変換して（底２）、陽性または陰性生存量値を得た。 【００６５】 あらゆる前記疾患状態において、単に同定されるタンパク質はなかった。前記タンパク質の大部分は、健康なもの、歯肉炎および疾患間での、存在量の減少を示した（歯肉炎では２２９種の、軽度の歯周炎では１９５種の、および重度の歯周炎では１７４種のタンパク質が、健康なものと比較してより低い存在量であった）。前記群にわたる存在量のこの減少は、組織がより炎症を起こすものとして、および表２に証明されるとおり、ＧＣＦ体積の増加によるものであり得る。代替的に、ＧＣＦの「非正規化」分析を、この問題に対処するために行ってもよく、これは、文献において認識されている（Lamster et al 1986，Chapple et al 1994＆1999）。 【００６６】 見出されたタンパク質に行われた、ＧＣＦクラスタリング分析 見出されたタンパク質を、前記PolySNAP 3ソフトウェアを使用してクラスタリングした。PolySNAP 3は、各一次元タンパク質プロファイルを、他の全てと比較し、ピアソンパラメータのおよびスピアマン非パラメータの相関係数の加重平均を使用して、類似スコアを生じさせる。前記プロファイルを、主成分分析、ガンマ統計法、および計量多次元尺度法（ＭＭＤＳ）を含む統計法の組み合わせを使用してクラスタリングした。前記データを、次いで、系統樹、ＰＣＡプロット、およびＭＭＤＳプロットで視覚化した。この分析において、群平均リンク階層的クラスタリング法および完全リンク階層的クラスタリング法を使用して、前記データをグループ化した。全ての場合において、使用したクラスターの数を、自動的にPolySNAP 3により設定した。 前記群平均クラスタリングから、３回のクラスタリングを行った。最大数のタンパク質を有する前記群を、各点において再クラスタリングした。 【００６７】 第１回のクラスタリング 図４を参照すると、第１回の分析により、６個のクラスターが提供された。クラスター１は、前記タンパク質の大部分（２４３種のタンパク質）を含み、クラスター２は、１９種のタンパク質を含み、クラスター３、５および６は、それぞれ１種のみのタンパク質を含み、クラスター４は、５種のタンパク質を含むものであった。 【００６８】 引き続き図４を参照すると、クラスター４は、疾患の間に存在量が減少するが、分割後に（post-resolution）ベースラインに戻らない、１セットのタンパク質を含むため、関心の対象であり得る。クラスター２として同定された前記１９種のタンパク質は、歯周炎でのレベルのようにベースラインに戻る前に、歯肉炎で存在量の増加を示す。これは、血液を含む前記ＧＣＦサンプルの１種によるものであり得るが、出血は、歯肉炎および歯周炎の決定的な臨床サインであり、血液関連タンパク質は、健康および疾患について極めて識別的であり得る。ヘモグロビンアルファおよびベータを含むこの群において同定された、数種の血液関連タンパク質がある。これは、血液が存在する可能性があるにもかかわらず、歯肉炎および歯周炎および健康を区別し得る群として関心の対象であり得る。クラスター３および５は、例えば、未処置の歯周炎を、健康／歯肉炎と区別すると思われる。 前記タンパク質、同定された、関心のあるクラスターである、クラスター３、４および５を、添付の追加の表２に示す。 【００６９】 第２回のクラスタリング 図５を参照すると、図４のクラスター１からの前記２４３種のタンパク質を再クラスタリングし、合計４つの群を得た。群１Ａは、前記タンパク質の主要部（２３３種）を含み、群１Ｂおよび１Ｃは、それぞれ２種のタンパク質を含み、群１Ｄは、６種のタンパク質を含むものであった。群１Ｄは、歯周炎で増加する前に、健康および歯肉炎間でほとんど変化を示さない。軽度の歯周炎および処置された軽度の歯周炎間で相対的存在量が下落して、前記処置された重度の歯周炎でベースラインへ戻っている。群１Ｃで同定された前記２種のタンパク質は、前記処置されたサンプル中で前記ベースラインに向かって戻る前に、歯肉炎まで減少して２つの歯周炎群まで大きく減少して、疾患に従うと思われる（appear to follow）。かかるタンパク質は、処置が成功したか否かの結果測定として分析したものと想定され得る。 関心のあるクラスター中で同定された前記タンパク質である、クラスター１Ｃおよび１Ｄを、添付の追加の表３に示す。 【００７０】 第３回のクラスタリング 図６を参照すると、図５のクラスター１Ａからの前記２３３種のタンパク質を再度クラスタリングし、４つのクラスターを得たが、存在量の変化は、ここでは、対数スケールで２より小さい（４倍の増加／減少）。最大クラスター（１Ａ１）は、なお１７１種のタンパク質を含み、クラスター１Ａ２は、５０種のタンパク質を含み、１Ａ３は、１０種のタンパク質を含み、１Ａ４は、２種のタンパク質を含むものであった。再び、この分析において、潜在的に関心のある群があるように思われる。 関心のある各クラスター中で同定された前記タンパク質である、クラスター１Ａ３および１Ａ４を、添付の追加の表４に示す。 【００７１】 最終回のクラスタリング 図７を参照すると、図６のクラスター１Ａ１からの前記１７１種のタンパク質について、最終回のクラスタリングが行われた。これにより、図６に示す４つの群が得られた。この分析から、関心があると思われるクラスターはない。 複数回のクラスタリング分析により、ＧＣＦ中に、歯周炎の異なる疾患状態を区別し得る、いくつかの群があることが示唆される。 【００７２】 唾液分析予備結果－見出されたタンパク質 全ての唾液サンプルを、ＧＣＦサンプルと同様に分析した。３１４種のタンパク質が、２つまたは３つ以上のペプチドで同定され、これは、３０７種のヒトタンパク質および７種の細菌タンパク質を含むものであった。１種のタンパク質を、１種のサンプル群（無歯）においてのみ同定した。前記同定されたタンパク質を、添付の追加の表５において、関連する定量値に沿って示す。 【００７３】 見出されたタンパク質に行われた唾液クラスタリング分析 第１回のクラスタリング 前記クラスタリング分析について、前記無歯サンプルは含まれなかった。PolySNAP 3を使用してクラスタリング分析を行った。図８を参照すると、第１回のクラスタリングにより、５個のクラスターを得た。最大クラスター（１）は、２９７種のタンパク質を含む一方で、クラスター２および５は、それぞれ１種のタンパク質を含むものであった。クラスター３は、１１種のタンパク質を含み、クラスター４は、３種のタンパク質を含むものであった。前記ＧＣＦデータセットと同様に、疾患で下方制御されて処置後にベースラインに戻らない、タンパク質の群がある。クラスター２は、重度の歯周炎を、より軽度の状態と区別すると思われる。 関心のある前記クラスターにおいて同定された前記タンパク質である、クラスター２を、添付の追加の表６に示す。 【００７４】 第２回のクラスタリング 図９を参照して、図８からのクラスター１を、再クラスタリングして、さらに４つのクラスター群を得た。最大の群は、１６６種のタンパク質を含むものであった（クラスター１Ａ）。クラスター１Ｂおよび１Ｄは、それぞれ１４種および１種のタンパク質を含むものであった。これらの２つの群は、歯肉炎／軽度の歯周炎および重度の歯周炎を区別し得る。しかしながら、両方の場合において、重度の歯周炎への前記シグナルは健康レベルに近いが、処置後に、軽度および重度の歯周炎の両方についてタンパク質存在量の増加が起こる。クラスター１Ｃは、１１６種のタンパク質を含むものであった。この群において、健康および歯肉炎間ではほとんど変化を示さず、その後、重度の歯周炎への大幅な増加の前に、軽度の歯周炎への増加がある。これらの値は、前記処置されたサンプルにおいて減少するが、前記歯肉炎の群より、なお高いレベルである。 関心のある各クラスターにおいて同定された前記タンパク質である、クラスター１Ｂおよび１Ｃを、添付の追加の表７に示す。 【００７５】 第３回のクラスタリング 図１０を参照すると、図９からのクラスター１Ａを、再クラスタリングした。クラスター１Ａにより、５つの群が得られ、最大クラスター（１Ａ１）は、１５０種のタンパク質を含むものであった。ここでは、いかなる顕著なクラスターがあるとも思われない。クラスター１Ａ４により、３種のタンパク質が提供され、クラスター１Ａ５により、１種のタンパク質が提供された。クラスター１Ａ４および１Ａ５における前記タンパク質バイオマーカーは全て、軽度の歯周炎におけるものよりは大きく、重度の歯周炎におけるものよりは小さい、健康および歯肉炎間でタンパク質存在量の増加または減少を示す。 クラスター１Ａ４および１Ａ５において同定された前記タンパク質を、添付の追加の表８に示す。 【００７６】 図１１を参照すると、図９からのクラスター１Ｃを、再クラスタリングして、３つのクラスターを得た。クラスター１Ｃ２は、７種のタンパク質を含み、これらは、処置後の減少の前の、重度の歯周炎まで、タンパク質存在量の近線形的増加を示す。この群は、さらにクラスタリングされなかった。クラスター１Ｃ２において同定された前記タンパク質を、添付の追加の表９に示す。 【００７７】 最終回のクラスタリング 図１２を参照すると、図１０からのクラスター１Ａ１を再クラスタリングした。５つのクラスターが観測され、重度の歯周炎についての存在量の増加を示すタンパク質の群（クラスター１Ａ１ｂ）が観測されたが、その他の群には観測されなかった。このクラスター中で同定された、５種のタンパク質があった。クラスター１Ａ１ｂにおいて同定された前記タンパク質を、添付の追加の表１０に示す。 【００７８】 ＧＣＦおよび唾液データセットの比較 前記２個のデータセットにおいて観測された前記タンパク質を比較して、唾液およびＧＣＦサンプルの両方において見出されたタンパク質バイオマーカーを同定した。図１３を参照すると、９５種のタンパク質が、前記ＧＣＦおよび唾液中で同定され、図１３のベン図の重複領域により表される。これは、前記ＧＣＦデータセットで同定されたタンパク質の総数のおよそ３分の１である。 【００７９】 前記重複領域において観測された前記タンパク質を、添付の追加の表１１に示す。追加の表１１中の前記タンパク質についての関連する存在量データを回収して、続いて、観測された前記タンパク質存在量について変換して、Ｌｏｇ（２）比を描いた。さらに、前記ＧＣＦについての２つの値を測定して、一方を回収した体積に正規化し、他方についてはしなかった。 【００８０】 ＧＣＦが、唾液の構成成分であるとされる場合には、および唾液が、前記同一のＧＣＦ体積に正規化されない場合には、前記３つの値を比較することが有用であり得る。これらの三重の値の分析は、これらのタンパク質のいくつかが極めて類似のプロファイルを有することを示す。存在量の値の大きな増加または減少を伴う、それらのタンパク質バイオマーカーのいくつかを、図１４～１７に描く。 ・・・ 【００９７】 ［図：0001421929000005.jpg］ ［図：0001421929000006.jpg］ ［図：0001421929000007.jpg］ ・・・ ウ 引用文献１の【００９７】に記載されている【表９】「追加の表５」の「Ａ６：１１４／１１３」欄は、【００５８】を参酌するに、唾液疾患状態が健康な場合に対する歯肉炎の場合のタンパク質の存在量の比の値を示し、同様に「Ａ６：１１６／１１３」欄は、唾液疾患状態が健康な場合に対する重度の歯周炎の場合のタンパク質の存在量の比の値を示す。ここで、「プロフィリン－１」は「Ａ６：１１４／１１３」欄が２．３０６であって、「Ａ６：１１６／１１３」欄が７．２４９である。これは、当該タンパク質の存在量が歯肉炎の場合は健康な場合に比較して２．３０６倍であったこと、重度の歯周炎の場合は健康な場合に比較して７．２４９倍だったことを示す。 同様にアルファ－１－酸性糖タンパク質２は、「Ａ６：１１４／１１３」欄が１．５３５であって、「Ａ６：１１６／１１３」欄が４．６９９である。これは、当該タンパク質の存在量が歯肉炎の場合は健康な場合に比較して１．５３５倍であったこと、重度の歯周炎の場合は健康な場合に比較して４．６９９倍だったことを示す。 同様にアルファ－１－酸性糖タンパク質１は、Ａ６：１１４／１１３」欄が１．４２４であって、「Ａ６：１１６／１１３」欄が４．４２３である。これは、当該タンパク質の存在量が歯肉炎の場合は健康な場合に比較して１．４２４倍であったこと、重度の歯周炎の場合は健康な場合に比較して４．４２３倍だったことを示す。 （２）引用発明、および引用文献１に記載された技術的事項 上記（１）より、引用文献１には、下記の発明（以下、「引用発明」という。）が記載されていると認められる。なお、参考のため、認定の根拠となった主な箇所を括弧内に示す。 （引用発明） 「歯周疾患の状態を診断するための方法であって、以下： 唾液サンプルを提供すること； 歯周炎の特定の状態を同定するための１セットのタンパク質バイオマーカーを選択すること；および 歯周疾患の前記状態を診断するための、前記選択されたセットのタンパク質バイオマーカーの発現レベルを決定すること、 を含む、方法であって、（請求項１） 前記セットのタンパク質バイオマーカーに、アルファ－１－酸性糖タンパク質１および２が含まれる、（請求項７） 方法。」 また、上記（１）より、引用文献１には、下記の技術的事項（以下、「引用文献１に記載された技術的事項」という。）が記載されていると認められる。なお、参考のため、認定の根拠となった主な箇所を括弧内に示す。 （引用文献１に記載された技術的事項） 「唾液サンプル中のプロフィリン－１は、歯肉炎の場合は健康な場合に比較して２．３０６倍、重度の歯周炎の場合は健康な場合に比較して７．２４９倍のタンパク質の存在量を示すこと（【００５８】、【００９７】、上記ウ）」 ２ 対比 本願発明と引用発明とを対比する。 引用発明の「唾液サンプル」は、本願発明の「唾液試料」に相当する。また、引用発明の「唾液サンプル」は、引用文献１の【００４６】～【００４７】で患者ボランティアから採取されており、ヒト患者由来であることは明らかである。 引用発明の「歯周炎」は、本願発明の「歯周病」に相当する。 引用発明の「アルファ－１－酸性糖タンパク質１および２」は、本願発明の「α－１－酸性糖タンパク質（Ａ１ＡＧＰ）」に相当する。 引用発明の「歯周疾患の状態を診断するための方法」において、「歯周炎の特定の状態を同定するための１セットのタンパク質バイオマーカーを選択する」ことや、「前記セットのタンパク質バイオマーカーに、アルファ－１－酸性糖タンパク質１および２が含まれる」ことは、本願発明の「ヒト患者が歯周病であるかを評価するためのバイオマーカーとしての、α－１－酸性糖タンパク質（Ａ１ＡＧＰ）のタンパク質の使用」に相当する。 以上によれば、本願発明と引用発明とは、以下の点で一致し、また相違する。 （一致点） ヒト患者の唾液試料において、前記ヒト患者が歯周病であるかを評価するためのバイオマーカーとしての、以下の： α－１－酸性糖タンパク質（Ａ１ＡＧＰ） のタンパク質の使用。 （相違点） 本願発明では、ヒト患者が歯周病であるかを評価するためのバイオマーカーとしてさらにプロフィリンを使用するのに対し、引用発明ではプロフィリンを使用していない点。 ３ 判断 上記１（２）の引用文献１に記載された技術的事項に記載したように、プロフィリン－１タンパク質の存在量は、歯肉炎の場合は健康な場合に比較して２．３０６倍、および重度の歯周炎の場合は健康な場合に比較して７．２４９倍である。そして、当該技術的事項を踏まえると、重度の歯周炎の場合は歯肉炎の場合に比較して７．２４９／２．３０６すなわち３．１４４倍だったと理解でき、これは、プロフィリン－１（本願発明の「プロフィリン」に相当することは明らかである。）が、ヒト患者が重度の歯周炎の場合に、健康な場合や歯肉炎の場合に比較して３倍～７倍以上のタンパク質の存在量を示すものであり、誤差の範囲を大きく越えて差示的であるといえる。そうすると、プロフィリンは「ヒト患者が歯周病であるかを評価するため」に良好に使用できるものと認められる。また、疾患の評価に際して、より精度よく評価を行うために複数のマーカーを組み合わせることは、例示するまでもなく周知慣用である。以上によれば、引用発明においてヒト患者が歯周病であるかを評価する際に、α－１－酸性糖タンパク質（Ａ１ＡＧＰ）に加えて、既に歯周病であるかを評価するために良好に使用できることが示されたプロフィリンを使用し、本願発明の構成とすることは、当業者が容易になし得たものであるし、プロフィリンの使用を阻害するような事情も見当たらない。 また、本願明細書に開示された実施例を見るに、【０１０２】の【表１】の最上行はα－１－酸性糖タンパク質（Ａ１ＡＧＰ）とプロフィリンをバイオマーカーとして使用した場合のＡＵＣ ＬＯＯＣＶ値（バイオマーカーとしての性能の評価値）が０．８８５であり、α－１－酸性糖タンパク質（Ａ１ＡＧＰ）とプロフィリンの組み合わせがバイオマーカーとして機能することが読み取れるが、その機能は、【表１】に列挙されている他のバイオマーカーの組み合わせと比べて特に優れているものではない。一方、上記１（１）ウに記載したことに基づくと、アルファ－１－酸性糖タンパク質１では、タンパク質の存在量が重度の歯周炎の場合は歯肉炎の場合に比較して４．４２３／１．４２４すなわち３．１０６倍になるし、アルファ－１－酸性糖タンパク質２では、４．６９９／１．５３５すなわち３．０６倍になる。すなわち、引用文献１において、α－１－酸性糖タンパク質１、２は、重度の歯周病の場合に健康な場合や歯肉炎の場合に比較して１．４倍～３倍以上のタンパク質の存在量を示し、上述のようにプロフィリンも同様に３倍～７倍以上のタンパク質の存在量を示す。このことに鑑みると、α－１－酸性糖タンパク質とプロフィリンの組み合わせは十分にバイオマーカーとして機能することが理解できる。以上によれば、本願発明の効果は、引用発明や引用文献１から予想される効果に比して、進歩性の存在を推認できる程の格別の効果であるとは認めることができない。 したがって、本願発明は、引用発明から当業者が容易に発明をすることができたものである。 ４ 審判請求書における主張 審判請求人は、審判請求書において、「補正後の本願発明と、引用文献に記載の発明を対比すると、本願発明では、病態の指標についてタンパク質の濃度について定量的に検討するのに対し、引用文献１に記載の発明では、プロテオソームの分析により、タンパク質プロファイルの重複領域におけるタンパク質の存在量の変化からバイオマーカーを選択する発明に関し、そもそも発明が異なります。」と主張しているので、これについて検討する。 引用発明は唾液試料中のタンパク質の存在量を確認しているのであって、タンパク質プロファイルの重複領域（引用文献１の【００７８】、【００７９】を参酌するに、唾液試料とＧＣＦ試料の重複を意味すると思われる。）におけるタンパク質の存在量を確認しているものではないし、引用発明は本願発明と同様にタンパク質の存在量を見ているものであるから、この点で本願発明と相違するものではなく、審判請求人の主張は採用することができない。 第５ むすび 以上のとおり、本願発明は、特許法第２９条第２項の規定により、特許を受けることができないものであるから、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。 よって、結論のとおり審決する。