2022-004235

特願２０１９－５６８７７０「配列検出システムの調整および較正の特徴」拒絶査定不服審判事件〔平成３１年 ３月２１日国際公開、ＷＯ２０１９／０５５８５６、令和 ２年１１月２６日国内公表、特表２０２０－５３３９５１〕について、次のとおり審決する。

結 論 本件審判の請求は、成り立たない。

理 由 第１ 手続の経緯 本願は、平成３０年９月１４日（パリ条約による優先権主張 ２０１７年９月１５日 （ＵＳ）米国）を国際出願日とする出願であって、その主な手続の経緯は、次のとおりである。 令和３年 ３月１８日付け 拒絶理由通知書 令和３年 ６月２９日 意見書、手続補正書の提出 令和３年１１月１９日付け 拒絶査定 令和４年 ３月２２日 拒絶査定不服審判の請求 令和５年 ５月３０日付け 拒絶理由通知書 令和５年１２月２７日 意見書の提出 第２ 本願発明 本願の請求項１～２０に係る発明は、令和３年６月２９日提出の手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１～２０に記載されたとおりのものであるところ、その請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、次のとおりのものである。 「【請求項１】 ターゲット内のエンティティと特異的に相互作用する場合に１つ以上の機械的変化を示す機械的変化センサー、ここに各々のエンティティはタイプを有し； １つ以上の機械的変化を信号に変換する機械的変化－信号トランスデューサー； 信号を使用してターゲット内のエンティティのタイプの配列を決定する分析サブシステム；および １つ以上の操作パラメータに従って配列－検出システムを初期化し、および 配列－検出システムを制御して、信号を生成し、信号のサンプルを収集し、および信号を分析してターゲット内のエンティティのタイプの配列を決定する 制御サブシステム を含む配列検出システム。」 第３ 当審で通知した拒絶理由の概要 令和５年５月３０日付けで当審が通知した拒絶理由は、下記の理由３（実施可能要件）、理由４（サポート要件）及び理由５（明確性要件）を含むのである。それらの理由の概要は、以下のとおりである。 理由３（実施可能要件） 本願明細書の記載からでは、ヌクレオチド配列（ターゲット内のエンティティのタイプの配列）を決定できる「機械的変化を信号に変換する機械的変化－信号トランスデューサー」、「信号を使用してターゲット内のエンティティのタイプの配列を決定する分析サブシステム」、「制御サブシステム」を理解することができない。 よって、これらを具体化し、機能させること、更に、これらよりターゲット内のエンティティのタイプの配列を決定することは、当業者に過度の試行錯誤、実験を要すると認められるので、この出願は、発明の詳細な説明の記載が、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。 理由４（サポート要件） 請求項１に係る発明の解決しようとする課題は、ターゲット内のエンティティのタイプの配列を決定できる配列検出システムの提供であると認められる。 本願明細書には、「第１のタイプ」、「第２のタイプ」（図１２の「第１の実施形態」、「第２の実施形態」）という２つのシステムが記載されている。 本願明細書には、「第１のタイプ」のシステムに関し、図１～１１などを用いて説明がなされているが、「機械的変化－信号トランスデューサー」、「分析サブシステム」、「制御サブシステム」として、具体的にどのような装置やシステムを使用するかについて十分な説明がなされていない。 また、請求項１に係る発明が、図１３に関する「第２のタイプ」のシステムと解しても、「機械的変化－信号トランスデューサー」、「分析サブシステム」、「制御サブシステム」として、具体的にどのような装置やシステムを使用すれば、ヌクレオチド配列（ターゲット内のエンティティのタイプの配列）を決定できるのか、理解することはできない。 よって、請求項１に係る発明は、上記の課題を解決できることを当業者が認識できるように本願明細書の発明の詳細な説明に記載されたものとは認められないので、この出願は、特許請求の範囲の記載が、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。 理由５（明確性要件） 請求項１には、「ターゲット内のエンティティのタイプの配列を決定する分析サブシステム」、「１つ以上の操作パラメータに従って配列－検出システムを初期化し、および、配列－検出システムを制御して、信号を生成し、信号のサンプルを収集し、および信号を分析してターゲット内のエンティティのタイプの配列を決定する、制御サブシステム」が記載されているが、本願の図１３、１１、１２等を参照しても、「分析サブシステム」、「制御サブシステム」が具体的に如何なるものか、理解、特定できない。 更に、「制御サブシステム」についてみれば、「１つ以上の操作パラメータに従って配列－検出システムを初期化」における「操作パラメータ」が具体的に何であるのか不明であり、「配列－検出システム」の「初期化」も具体的に如何なる技術的事項を意図しているのか、本願の出願時の技術常識に照らしても、理解、特定できない。 よって、この出願は、特許請求の範囲の記載が、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。 第４ 本願明細書等の記載 この出願の願書に添付した明細書及び図面（以下、明細書、図面を、「本願明細書」、「図面」といい、これらを総称して「本願明細書等」ということがある。）には、以下の記載がある（下線は当審において付与した。）。 本ａ 「【０００３】 概要 本明細書では、ターゲット内のエンティティと特異的に相互作用する場合に１つまたはそれを超える機械的変化を示す機械的変化センサーを含む検出システムを論じる。各エンティティは、タイプ、１つまたはそれを超える機械的変化を信号に変換する機械的変化－信号トランスデューサー、および信号を使用してターゲット内のエンティティのタイプを決定する分析サブシステムを有する。本明細書は、活性部位内のヌクレオチドポリリン酸と特異的に会合する場合に機械的変化を示す核酸－ポリメラーゼ機械的変化コンポーネント；核酸－ポリメラーゼ機械的変化コンポーネントにおける機械的変化を出力信号に変換する機械的変化－信号トランスデューサー、および核酸ポリマーターゲット内のモノマータイプの配列を外部信号を使用して決定する分析サブシステムを含む、配列検出システムをさらに論じる。」 本ｂ 「【発明を実施するための形態】 【００３４】 本明細書では、ターゲット内のエンティティのタイプの配列を決定し得る信号を生成する配列ディテクターを論じる。・・・配列ディテクターは、信号を分析してエンティティタイプの配列を決定する、マイクロプロセッサ制御の信号分析コンポーネントなどのコンポーネントを含んでもよい。ターゲットにはエンティティの配列が含まれ、各エンティティにはタイプがある。・・・本明細書においては、ターゲットおよび対応する配列ディテクターの２つの異なる例について、以下の２つのサブセクションで論じている。第１の例のターゲットは、ストリングまたはワイヤで一緒に接続されたマクロスケールオブジェクトの線形配列である。各オブジェクトは、４つの異なる形状のいずれか１つを有する。オブジェクトのタイプは、オブジェクトの形状に対応する。第１の対応する配列ディテクターは、ターゲットが機械的変化センサーを通過し、機械的変化センサーが各オブジェクトと特異的に相互作用し、可変レジスターによるオブジェクトの形状の電気信号特性に変換される機械的変化センサーにおける機械的変化を生じる際に、時間変化する電気信号を生成する。第２の例のターゲットは、共有結合によって互いに結合したモノマーの配列を含む生体高分子である。以下の説明で例として使用するＤＮＡおよびＲＮＡポリマーにおいては、化学組成および構造が互いに異なる４つの一般的に発生する異なるタイプのモノマーがあり、追加のタイプのモノマーはあまり発生しない。第２の対応する配列ディテクターは、ターゲット生体高分子が機械的変化センサーを通過し、機械的変化センサーがモノマーと特異的に会合して機械的変化センサー内における機械的変化を生じ、ついでそれがカップラーによって可変レジスターに連絡される際に、時間変化する電気信号を生成する。これらの２つのタイプのディテクターは例であって、他の構成も存在し、実施し得る。」 本ｃ 「第１のタイプの機械的変化ベースの電気機械的配列ディテクター 【００３５】 図１は、１つの例において、最初の（タイプの）機械的変化ベースの配列ディテクター、へのターゲット入力、および決定された配列表示出力を示す。ターゲット１０２は、オブジェクト１０４～１１６の線形配列である。この例では、ターゲットに含まれるオブジェクトには４つの異なるタイプが存在する：（１）タイプａという円筒形オブジェクトタイプ１２０；（２）タイプｂという立方体オブジェクトタイプ１２２；（３）タイプｃという球体オブジェクトタイプ１２４；および（４）タイプｄという四角錐オブジェクトタイプ１２６。ターゲット１０２は、オブジェクト１０４～１１６がしっかりと取り付けられるワイヤまたはコードなどの線形間隔部材１３０を含む。ターゲットは、ターゲット内のオブジェクトタイプ１３２の配列の記号表示を出力する第１のタイプの配列ディテクターに機械的に入力される。 【００３６】 図２は、第１のタイプの機械的変化ベースの配列ディテクターをベースとする配列検出システムの１つの実施形態を示す。配列検出システム２０２には、ターゲット２０６が機械的に入力される機械的変化ベースの配列ディテクター２０４が含まれる。機械的変化ベースの配列ディテクターは、ターゲット２０８を機械的に出力し、電気信号２１０を分析サブシステムに出力する。分析サブシステムは、特定の配列ディテクターのコンピュータシステム２１２で実行されるコンピュータプログラムとして実装され、電気信号を処理してターゲット内のオブジェクトタイプの配列を決定し、オブジェクトタイプ２１４の決定した配列をコンピュータディスプレイデバイス２１６上に出力する。・・・ 【００３７】 図３Ａ～３Ｆは、１つの例において、図２に示す配列検出システムの機械的変化センサーコンポーネントを示す。図３Ａに示すように、機械的変化センサーコンポーネント３０２は、タイン３０６を含む多数の柔軟なバネ状のタインが取り付けられた剛性の円形リング３０４を含む漏斗型デバイスである。・・・機械的変化センサーコンポーネントを通過すると、オブジェクトは図３Ｆに示すように柔軟なタインを外側に押し、機械的変化コンポーネントの漏斗形状をゆがめる。 【００３８】 図４は、１つの例において、図２に示す配列検出システム内の機械的変化－検出サブシステムによる機械的変化センサーコンポーネントの形状の変化からの電圧信号の生成を示す。図４の左手側には、機械的変化センサーコンポーネントの漏斗様形状が歪んでいない場合の機械的変化－検出サブシステム４０２が示されている。図４の右側には、機械的変化センサーコンポーネントの漏斗様形状が、機械的変化－センサーコンポーネント内のオブジェクトの存在によって歪んだ場合の、機械的変化－検出サブシステム４０４が示されている。機械的変化－検出サブシステム４０２には、機械的変化センサーコンポーネント３０２、ポテンショメーター４０６、および電圧計４０８が含まれる。機械的変化センサーコンポーネント３０２は、一端が機械的変化センサーコンポーネントのタイン４１２の１つに取り付けられ、もう１つの端が摺動可能なポテンショメーターアーム４１４に取り付けられたコードまたはワイヤ４１０によってポテンショメーター４０６に機械的に接続されている。コードまたはワイヤ４１０は、３つの自由に回転するプーリー４１６～４１８を通過する。摺動可能なポテンショメーターアーム４１４は、ポテンショメーターアームシリンダ４２２内の弱いバネ４２０の力に抗してタイン４１２によって第１の位置に保持される。図４の右手側に示すように、オブジェクトの存在によって機械的変化センサーコンポーネントが歪むと、タイン４１２が下向きに押され、その結果、摺動可能なポテンショメーターアーム４１４がポテンショメーターアームシリンダー４２２内のバネ４２０によって上向きに引っ張られる。この例では、ポテンショメーター４０６は可変レジスターとして機能する。可変レジスターは、変更可能な電流フローに対する抵抗を備えた回路エレメントであり、ポテンショメーターは可変レジスターの一例である。図４の左手側に示す位置では、ポテンショメーターアームは抵抗４２６下方のポテンショメーター回路４２４に接続されており、その結果、電圧計４０８を通過する場合に電圧の低下はほとんどまたは全くない。しかしながら、ポテンショメーターアームが図４の右手側に示す位置にある場合、ポテンショメーターアームは抵抗４２８の途中のポイントでポテンショメーター回路４２４に接続され、その結果、電圧計を通過する場合に著しい電圧降下が存在する。したがって、機械的変化－検出サブシステムは、機械的変化センサーコンポーネントの形状の歪みの程度に応じて、変化する電圧信号を生成する。出力電圧信号の大きさは、機械的変化センサーコンポーネントの歪みの程度に対応する。 ・・・ 【００４０】 図６Ａ～６Ｄは、１つの例において、ターゲット内で発生する４種類のオブジェクトの各々によって生成される電圧信号を示す。・・・データは、矢印６２４などの矢印、および垂直破線６２６および６２８などの垂直破線によって図６Ａー６Ｄの各プロットに示すように、電圧信号がピーク高さの半分まで上昇したときに開始し、信号がピーク高さの半分まで戻ったときに終了する各電圧ー信号曲線の領域から収集される。分析サブシステムは、各々のオブジェクト表示電圧ー信号曲線、平均電圧大きさ６３０のような平均電圧の大きさμ、分散６３２のような分散σ２、および面積６３４のような電圧ー信号曲線下の面積Ａから計算する。 ・・・ 【００４５】 図９を参照して論じたように、配列検出システムの分析サブシステムによる平均電圧の大きさおよび分散を含む２つの派生値の使用は、図１を参照して記載するターゲットが各オブジェクトまたはターゲット内のエンティティを同定するのに十分である。 【００４６】 図１１は、図１～１０を参照して先に論じた配列検出システムをまとめたものである。オブジェクトまたはエンティティの配列１１０２を含むターゲットは、配列検出システム１１０４に入力され、機械翻訳コンポーネント１１０８によって機械的変化コンポーネント１１０６を介して機械的に翻訳される。電源１１１０は、機械翻訳のための電力を提供する。機械的変化コンポーネント１１０６は、カプラー１１１２によって可変抵抗コンポーネント１１１４に機械的に結合されている。機械的カプラーは、マクロスケールデバイスではストリングやコードなどの物理的カプラー、あるいはナノスケールおよびマイクロスケールデバイスではＤＮＡポリマーなどの線形分子によって２つ以上のエンティティを結合する。可変抵抗コンポーネント１１１４は、機械的変化コンポーネント１１０６の形状の変化によって引き起こされるカプラー１１１２の動きに応答して、電流１１１６に対する可変抵抗を提供する。電源１１１８は、電流フロー１１１６を駆動する。測定コンポーネント１１２０は、機械的変化コンポーネント１１０６の形状の変化とともに変化する出力電気信号１１２２を生成するために、電流フローチャネルまたは電流フロー自体の電位を測定する。出力信号は、図１１には示されていない分析サブシステムによって計算処理され、ターゲット１１０２中のオブジェクトタイプの配列の表示を生成する。」 「 ［図：0001412542000001.jpg］ 」（図１） 「 ［図：0001412542000002.jpg］ 」（図２） 「 ［図：0001412542000003.jpg］ 」（図４） 「 ［図：0001412542000004.jpg］ 」（図９） 「 ［図：0001412542000005.jpg］ 」（図１１） 本ｄ 「第２のタイプの機械的変化ベースの電気機械配列ディテクター 【００４７】 本明細書で論じている第２の（タイプの）配列検出システムは、マクロスケール、マイクロスケール、およびナノスケールのコンポーネントを含む混合スケールのデバイスである。第２の配列検出システムは、核酸ポリマー内のデオキシヌクレオチドモノマーの配列を決定する。 【００４８】 ・・・第１の配列検出システムでは、ターゲットの機械翻訳の電源はバッテリーまたは線電流から得られる電流であるのに対し、第２の配列検出システムでは、ターゲットの機械翻訳の電源はホスホアンヒドリド結合の加水分解および無機ピロリン酸塩の加水分解により生成された化学エネルギーである。第１の配列検出システムでは、ターゲットを翻訳する機械翻訳器は２対の逆回転電気モーター駆動ギアドラムであり、表２の行１２１０に示されているとおり、第２の配列検出システムでは、機械翻訳器はＥ．ｃｏｌｉ ＤＮＡポリメラーゼのクレノウ・フラグメントである。第１の配列検出システムにおいては、機械的変化コンポーネントは一連の漏斗様のばねまたは剛毛であり、第２の配列検出システムでは、表の３行目１２１２に示すように、機械的変化コンポーネントはＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ・フラグメントである。第１の配列検出システムにおいては、カプラーはコードまたはワイヤであり、第２の配列検出システムでは、表の４行目１２１４に示すように、カプラーはＤＮＡポリマーである。第１の配列検出システムでは、可変レジスターはポテンショメーターであり、第２の配列検出システムでは、表の５行目１２１６に示すように、可変レジスターはＭｓｐＡーポリンチャネル内に存在するＤＮＡポリマーカップラーの一部分である。・・・したがって、第１および第２の配列検出システムは、構成と操作が互いに似ているが、異なる特定のタイプのコンポーネントを含む。 【００４９】 図１３は、１つの例において、第２の配列検出システムに含まれる機械的変化ベースの配列ディテクターを示す。以下の議論では、機械的変化ベースの配列ディテクター１３０２を「セル」という。以下の議論では、機械的変化ベースの配列ディテクター１３０２を「セル」という。図１３の図は、さまざまなコンポーネントの相対的なサイズおよび体積を反映していない。多くの実施形態においては、セル１３０２はマクロスケールまたはマイクロスケールのデバイスであるが、機械的変化センサーコンポーネント１３０４はナノスケールのコンポーネントである。図１３は、コンポーネントの相対的なスケールを正確に描写するのではなく、機械的変化ベースの配列ディテクターのさまざまなコンポーネントの全体的な構成ならびに相対的な位置および向きを示すことを目的としている。 【００５０】 セル１３０２は、テフロンバリア１３１２および脂質二重層１３１４によって第２の溶液含有チャンバー１３１０から分離された第１の溶液含有チャンバー１３０８を備えた２部分容器１３０６を含む。１つの実施形態において、脂質二重層は、１，２ージフィタノイルーｓｎーグリセロールー３ーホスホコリンを含む。テフロンバリアは、脂質二重層で覆われた開口部１３１６を含むため、第１の溶液含有チャンバー１３０８および第２の溶液含有チャンバー１３１０は、開口部１３１６内の脂質二重層のみによって分離される。脂質二重層を通る狭いチャネル１３１６は、マイコバクテリアのポリン（「ＭｓｐＡポリン」）、８回転対称性を有する８量体のタンパク質凝集体によって提供される。狭いチャネルは、２つの溶液含有チャンバー間でイオンの受動拡散を可能にするのに十分な幅である。第１および第２の溶液含有チャンバー１３０８および１３１０は、ｐＨ ８．０の緩衝液を含む。・・・第１の溶液含有チャンバー１３０８には、デオキシヌクレオチド三リン酸およびプライマー関連デオキシリボ核酸テンプレートがさらに含まれる。プライマー関連デオキシリボ核酸テンプレート１３１８～１３１９は、第２の配列検出システムによってデオキシヌクレオチドモノマーの配列が決定されるターゲットである。ある種の実施形態において、第２の溶液含有チャンバー１３１０には、以下に論じるロックコンポーネントがさらに含まれる。第２の溶液含有チャンバー１３１０内の溶液は正電極または参照電極１３２０と流体接触し、第１の溶液含有チャンバー１３０８内の溶液は、負電極１３２２と流体接触する。 ・・・電極を通してセルに電圧が印加されると、負イオンはポリンチャネルを通って正の陽極に向かって流れ、正イオンはポリンチャネルを通って負の電極に向かって流れる。１つの例において、ＤＮＡまたはＲＮＡポリマーが細孔内に存在する場合、マイナスイオンの下向きの流れを抑制し得る。・・・ 【００５１】 別の実施形態において、テフロンバリアおよび脂質二重層を使用するのではなく・・・合成ポリマー膜が使用する。１つの例において、トリブロックコポリマーを膜に使用し得る。・・・ 【００５２】 １つの実施形態において、機械的変化センサーコンポーネント１３０４は、Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ・フラグメントである。クレノウ・フラグメントは、プロテアーゼで処理するかまたは遺伝子組み換え細菌株から目的の断片を発現させることにより、Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＮＡポリメラーゼＩから５’→３’エキソヌクレアーゼ構造ドメインを除去することにより得られる。クレノウ・フラグメントは、５’→３’重合機能を保持している。さらに後述するように、プライマー関連ＤＮＡテンプレートおよびデオキシヌクレオチド三リン酸を供給すると、Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ・フラグメントは、デオキシヌクレオチド三リン酸の逐次重合を触媒して、配列に相補的なコピーＤＮＡ鎖をテンプレートＤＮＡ鎖に形成する。結合成分１３２４は、ＤＮＡポリマーテザーである。それは、ＤＮＡポリマーは負に帯電し、印加電圧下で正極に向かって移動するため、機械的変化センサーコンポーネント１３０４に取り付き、電極に印加される電圧によってポリンチャネルに引き込まれる。以下にさらに論じるように、ポリンチャネル内の狭いくびれにまたがるＤＮＡポリマーテザーの小さな領域は、狭いくびれに沿って、２つの溶液含有チャンバー間のイオンの流れを調整する可変レジスターとして、狭いくびれに対するＤＮＡーポリマーテザーの小さな領域の位置に依存して異なる程度で一緒に作用する。Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ・フラグメントおよびポリンを含むシステムはＥ．ｃｏｌｉ ＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ・フラグメント内の活性部位を占める各々の異なるタイプのデオキシヌクレオチド三リン酸に対して差異を示すため、異なるデオキシヌクレオチド三リン酸が活性部位と特異的に会合した場合にＤＮＡーポリマーテザーはポリンチャネル内の狭いくびれに対して異なる動的位置を有し、それは伸長するＤＮＡポリマー鎖内に逐次的に取り込まれる各々の異なるタイプのデオキシヌクレオチド三リン酸についてポリンチャネルを通る異なる動的電流に反映される。分子と活性部位との間の特異的な会合にはキーインロックまたは誘導適合型の会合が含まれ、そこでは、分子の特定の静電気的および化学的な特徴が相補的な静電気的および化学的特徴の活性部位と関連して、活性部位と特異的に会合しない分子に対してよりも分子または分子のクラスに対してより大きな結合親和性に通じる。違いは、１つまたはそれを超えるコンホメーション変化、ポリンチャネルに対するクレノウ・フラグメントの動き、およびその他の変化に起因し得る。以下に論じる電流検出回路は、ポリンチャネルを流れる電流の変化に対応して変化する電圧信号を生成する。別の実施形態においては、上記のクレノウ・フラグメントの代わりに、多くの異なるポリメラーゼ、ポリメラーゼフラグメント、および配列決定のために生体高分子ターゲットと相互作用する他のタイプの生体分子を使用できる。デオキシヌクレオチドヘキサホスフェートなどのより大きなリン酸エステル、異なる炭水化物成分、異なる塩基、および異なる官能基を有するヌクレオチドなど、さまざまなタイプの天然および合成ヌクレオチドを使用できる。多くのさらなるタイプの機械的変化コンポーネントを使用して、さまざまな種類のターゲット生体高分子および合成ポリマーを配列決定することができる。これには、酵素やその他のタンパク質、配列特異的な様式でターゲットタンパク質と相互作用するタンパク質／核酸複合体が含まれる。また、第２の配列検出システムに適用する場合のフレーズ「機械的変化センサーコンポーネント」は、第２の配列検出システムに適用する場合、１つの例として、信号生成が、ポリメラーゼフラグメントの形状の変化、ポリンに関するポリメラーゼフラグメントの相対的位置の変化、および／またはポリンに関するポリメラーゼフラグメントの向きの変化を示すことを示すことに注意されたい。ある種の実施形態において、ポリメラーゼフラグメントの形状の変化は、可変レジスターの動きに通じる機械的変化を提供する。最終的に、機械的変化センサーコンポーネント、および機械的変化センサーコンポーネントとターゲットおよび細孔含有成分との相互作用により、可変レジスターの位置に機械的変化が生じる。別の実施形態において、ＤＮＡポリマー以外の結合コネクタおよび可変レジスターを使用できる。 【００５３】 第１の配列検出システムはマクロスケールシステムであり、第２の配列検出システムはマクロスケールおよびナノスケールのコンポーネントを含む混合スケールシステムであるが、第２の配列検出システムは第１の配列検出システムに類似している。両方の配列検出システムは、機械的変化センサーコンポーネントを使用して、機械的変化センサーコンポーネントによって現在処理または関連付けられているオブジェクトまたはエンティティの種類によって異なる機械的信号を生成する。両方の配列検出システムは、機械的変化センサーコンポーネントによって処理する、またはそれと会合する現在のオブジェクトまたはエンティティのタイプで変化する機械的信号を生成するために機械的変化センサーコンポーネントを用いる。両方の配列検出システムは、可変抵抗コンポーネントに機械的変化センサーコンポーネントを結合するために機械的結合を採用する。両方の配列検出システムは、機械的変化センサーコンポーネントによって生成された機械信号を電気信号に変換することにより、出力電圧信号を生成する。両方の配列検出システムは、出力信号の計算分析を使用して、ターゲット配列内のオブジェクトまたはエンティティのタイプの配列を識別するために一緒に使用される複数の派生値を生成する。第２の配列検出システムでは、検出したデオキシヌクレオチドーモノマータイプの配列は、テンプレート鎖ターゲット内のデオキシヌクレオチドーモノマータイプの配列に相補的であり、逆の極性を有している。」 「 ［図：0001412542000006.jpg］ 」（図１３） 本ｅ 「【００５５】 図１５は、１つの例において、並列配列決定を提供するセルのアレイを示す。並列配列決定は、システムの配列決定スループットを増大するために使用できる。セルのアレイには、セル１５０２などの複数のセルと、複数のセルからの電圧信号出力を並行して処理および分析する分析サブシステム１５０４が含まれる。一般に、配列検出システムによって出力される配列には、機械的変化センサーコンポーネント、機械的に結合し可変抵抗コンポーネント、および電流または電位測定回路を含む、配列検出システムコンポーネントにしばしば存在する種々の異なる操作エラーソースによるエラーが含まれ得る。したがって、望ましい精度のレベルに応じて、複数の同一のターゲットを配列決定し、複数の同一のターゲットについて決定した複数の配列からコンセンサス配列を計算で生成できる。多くの場合、複数のターゲットの配列が望ましい。図１５に示すセルのアレイでは、各セルに複数の異なるタイプのターゲットのそれぞれの複数のコピーをロードし得る。セルは、Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＮＡポリメラーゼＩのクレノウ・フラグメントとプライマー会合テンプレートとのランダムな会合に基づいて非決定的な順序で処理され、複数のタイプのターゲットから配列情報を連続的に生成する。分析サブシステム１５０２は、セル１５０４などの複数のセルから配列情報を連続的に収集し、各配列を特定のターゲットによって生成された配列のグループに割り当て、その後、各ターゲットのタイプから得られた配列のグループから各々の異なるタイプのターゲットについてコンセンサス配列を集める。並列処理を使用すると、複数のターゲットについて迅速かつ効率的なコンセンサス配列決定ができる。 ・・・ 【００６５】 図２２Ａ～２２Ｂは、１つの例において、第２の配列検出システムの可変抵抗コンポーネントを示す。図２２Ａに示すように、ＤＮＡーポリマーテザー２２０２はＤＮＡポリメラーゼ２２０４に付着し、ポリンチャネルを通って脂質二重層２２０６の下方のセルの第２の溶液含有チャンバー１３１０まで伸びている。デオキシヌクレオチド三リン酸は、コピー鎖伸長の間にＤＮＡポリメラーゼの活性部位に特異的に会合しているため、ＤＮＡポリメラーゼの動的コンホメーションの変化は、ポリンチャネルの狭い構造２２０８と比較してＤＮＡーポリマーテザーの翻訳をもたらす。 【００６６】 図２２Ｂは、ポリンチャネルの狭い狭窄に関するＤＮＡーポリマーテザーの翻訳が、ポリンチャネルを通るイオンの流れに対する抵抗を変化させることを示す。図２２Ｂは、ポリンチャネル２２１０～２２１３内のＤＮＡポリマーテザーの４つの異なる位置を示す。ＤＮＡーポリマーテザーは、直径の異なる一連の円として表される。円２２１６などの大径の円は、１つまたはそれを超えるデオキシヌクレオチドモノマーを表し、それは生まれたチャネルの狭い狭窄２２１８内に位置する場合に、ポリンチャネルを通るイオン流に高い抵抗を与える。・・・したがって、ポリンチャネル内のＤＮＡポリマーテザーの位置付けは、ポリンチャネルを通るイオン流に対する抵抗を変化させ、ＤＮＡポリメラーゼの活性側へのデオキシヌクレオチド三リン酸の特異的な取り込みによって生成される機械的な機械的ー変化信号を、図１４Ａ～１４Ｂを参照して先に論じた電流ー電圧変換回路により、出力電圧信号に変換される。 第２のタイプの形状ー変化ベースの配列ディテクターの較正および調整 【００６７】 図２３は、１つの例において、ＤＮＡポリメラーゼを可変抵抗コンポーネントに機械的に結合し、さらに可変抵抗コンポーネントの一部を形成するＤＮＡポリマーテザーのいくつかの特徴を示す。ＤＮＡーポリマーテザー２３０２は、ある種の実施形態において、ＤＮＡポリマーテザーがＤＮＡポリメラーゼに結合するリンカー２３０４、ある種の実施形態において、約６つのデオキシヌクレオチドモノマーを含むプレーレポーター領域２３０６、一般的に少なくとも４つのデオキシヌクレオチドモノマーを含むレポーター領域２３０８、および数個から数十個のデオキシヌクレオチドモノマー２３１０を含むポストーレポーター領域を含む。レポーター領域２３０８は、ＤＮＡポリメラーゼが、第２の配列検出システムの形状変化センサーコンポーネントによって示される形状変化を一緒に含む種々の異なるコンホメーションを示す場合に、ポリンチャネル内の狭い狭窄内にある領域である。種々のＤＮＡポリマーテザー領域の長さは、異なるポリンおよび／または異なるＤＮＡポリメラーゼを使用する異なる実施形態によって変化し得る。領域は、ＤＮＡポリマーテザーのＤＮＡポリメラーゼへの付着点とポリンチャネルの狭い狭窄の間の距離、およびＤＮＡポリメラーゼのコンホメーション変化によって誘導されるＤＮＡポリマーテザーの位置の変位範囲によって定義される。 【００６８】 図２３の下部に示すように、ＤＮＡポリマーテザーは、一般的に、ある程度の寸法の柔軟性を有している。セル２３１２に比較的低い電圧が印加されると、ＤＮＡポリマーテザーは種々の緩和状態２３１４のいずれかに落ち着くが、セル２３１６に高い電圧が印加されると、ＤＮＡポリマーテザーは種々の伸張状態または緊張状態２３１８のいずれかに落ち着く。所定のデオキシヌクレオチドモノマー２３２０は、緩和状態ではプレ－レポーターとレポーター領域の境界に存在し得るが、伸張した状態または緊張状態では、同じデオキシヌクレオチドモノマーがレポーター領域内のウェルに存在し得る。セルに印加する電圧を変えることにより、ＤＮＡテザーの静止位置またはベースライン位置、特に、ポリンチャネルの狭窄に対するレポーター領域の静止位置またはベースライン位置に対して、比較的細かい調整が行われる。これは、セルの出力電圧の大きさおよび機械的ー電気的信号変換の応答性に関してセルを較正する手段を提供する。 ・・・ 【００７６】 図２８は、１つの例において、第２のタイプの配列検出システムの操作を構成、較正、および調整するために調整し得る異なるタイプのパラメータをリストしている。最初の列２８０２には、配列検出の開始前にのみ一般的に調整可能な初期固定値のパラメータが含まれるが、ある種のマイクロ流体および他の実施形態において、セルの溶液を含むチャンバー中の溶液の組成を動的に変更することが可能かもしれず、これらの他のパラメータを動的に調整することが可能かもしれない。第２の列２８０４は、セルの操作中に調整できる値を有するパラメータを示すが、その調整にはかなりの遅延時間が伴う。第３の列２８０６は、セルの操作中に容易かつ直接的に調整できる連続的に調整可能なパラメータを含む。この３番目のグループのパラメータは、セルの操作中にコントロールコンポーネントによってセルを微調整するための基礎を提供する。 【００７７】 列２８０２に示されている最初に固定されたパラメータには、セルチャンバーで使用される緩衝液の１つまたはそれを超える一価カチオン／塩化物塩の一価カチオンのタイプ、一価カチオン／塩化物塩の濃度、セルチャンバーで使用される二価カチオン／塩化物塩のタイプおよび濃度、セルチャンバーで使用されるｐＨ緩衝化合物（またはその複数）のタイプ、ジチオトレイトールなどの還元剤を含む他のセルチャンバー緩衝液成分のタイプおよび濃度、ＤＮＡポリメラーゼのタイプ、ポリンのタイプ、テザーのタイプおよび構造は、可変抵抗コンポーネントにＤＮＡポリメラーゼを機械的に結合するためにおよび可変抵抗コンポーネントの一部として使用されるテザーのタイプおよび構造、プライマー会合テンプレートのタイプ、プライマー会合テンプレート濃度、ヌクレオチド三リン酸のタイプおよび濃度、膜または二重層の構成要素、電極のタイプ、セルチャンバーの容積、形状および寸法、ならびにセルの他のさまざまなパラメータが含まれる。異なるタイプの電極を使用する場合、異なるタイプの塩を電解質として使用できる。 【００７８】 最初に固定されたパラメータの多くは、図２６を参照して先に論じたヌクレオチド三リン酸?付加サイクルの長さに直接影響する。ヌクレオチド三リン酸－付加サイクルの長さは、ヌクレオチド三リン酸のタイプおよび濃度、ポリメラーゼのタイプ、緩衝液のｐＨ、および種々のイオン化した塩の濃度に敏感である。１つの例において、ある種の場合においては、Ｋ＋の代わりにＮａ＋、Ｌｉ＋、Ｒｂ＋、ＮＨ４＋および／またはＣｓ＋を用いると、ヌクレオチド三リン酸?付加サイクルを延長し、開孔電流を増加させ、または塩基識別を増加させる。これらのカチオンは、これらのカチオンの塩と種々の異なる無機および有機アニオンとを添加することによって導入し得る。他のカチオン、アニオン、および他の溶液成分の濃度は、ヌクレオチド三リン酸－付加サイクルの長さに影響し得る。したがって、第２のタイプの配列検出システムの操作を構成、較正、および調整するために調整できるパラメータとし得る。セルのタイプごとに、列２８０２に示されているパラメータの値を実験により評価して、最適またはほぼ最適な操作に合わせてセル操作を調整する。これには、ヌクレオチド三リン酸?付加サイクルの長さを調整して、配列決定精度の閾値レベルを保持しつつ望ましい配列決定速度を提供することが含まれる。 【００７９】 ある種のパラメータはセル操作中に調整可能で、ヌクレオチド三リン酸－付加サイクルの長さや、第２のタイプの配列検出システムの他の多くの操作特性に大きく影響する。これらは、化学反応およびシステムならびに他の多くのタイプのシステムの決定的で再現可能な結果を得るために変化および制御される古典的なパラメータである。これらのパラメータには、セルおよびその内容物の温度、圧力、およびｐＨが含まれる。ラグタイムに関連付けられる調整可能なパラメータは、最初に固定されたパラメータと同様に、実験により評価して、望ましいセル操作特性を提供するパラメータ値を選択し得ることに注意されたい。 【００８０】 調整可能なパラメータには、セルに印加する電圧の大きさ、印加電圧の極性、ならびに電流－電圧コンバーター回路および分析サブシステムの動作に関連する種々の機器パラメータが含まれ、マイクロ秒、ミリ秒、およびより長い時間尺度でセル操作を微調整する機会を提供する。第２のタイプの配列検出システムの操作を制御するためのこれらのパラメータの使用については、一連の制御フロー図で以下に記載する。 【００８１】 図２９Ａ～２９Ｃは、１つの例において、ポリンチャネル内にＤＮＡポリマーテザーを確実に保持するためのロックオリゴヌクレオチドの使用を示す。図２９Ａは、図２４で以前に使用したのと同じ図の規則を使用して、ロックオリゴヌクレオチドを有するＤＮＡ－ポリマーテザーを示す。図２９Ａに示すように、ロックオリゴヌクレオチド２９０２は、ＤＮＡ－ポリマーテザー２９０４のデオキシヌクレオチド－モノマー配列の一部に相補的なデオキシヌクレオチド－モノマー配列を有し、水素結合および塩基スタッキングを介してＤＮＡ－ポリマーテザーと安定して会合する。図２９Ｂ～Ｃは、セル操作中のロックオリゴヌクレオチドの使用を示す。最初は、ＤＮＡポリメラーゼ２９０６およびＤＮＡーポリマーテザー２９０８は、ポリン２９１０と会合しない。セル２９１２に電圧降下を印加すると、ＤＮＡポリマーテザーの糸がポリンチャネル２９１４に通り、ＤＮＡポリメラーゼがポア２９１６内に落ち着く（ｓｅａｔ）。次いで、ロックオリゴヌクレオチドは、セルの第２の溶液含有チャンバーに伸びるＤＮＡーポリマーテザー２９１８の部分と会合する。図２９Ｃに示すように、ロックオリゴヌクレオチドは、逆極性の電圧２９２２がセルに印加される場合にＤＮＡポリマーテザーがポリンチャネル２９２０から引き出されるのを防ぐ。その結果、印加された電圧降下２９２４の元の極性を復元すると、ポリン２９２６内にＤＮＡポリメラーゼが再度落ち着く（ｒｅｓｅａｔ）。しかしながら、はるかに大きな逆の大きさの電圧降下２９２８を適用すると、ロックオリゴヌクレオチド２９３０をＤＮＡポリマーテザー２９３２から剥ぎ取り、ＤＮＡポリメラーゼとＤＮＡポリマーテザーがポートから完全に解離するのに十分な力が発生する。ある種の実施形態において、ロックオリゴヌクレオチド以外のロックコンポーネントを使用し得る。例えば、ビオチン基をテザーに結合し、ストレプトアビジンをロックコンポーネントとして使用し得る。別の実施形態においては、他のタイプの生体高分子ロックコンポーネントも使用し得る。 【００８２】 図３０Ａ～３０Ｈは、第２のタイプの配列検出システムを使用した配列決定プロセスの一例を示す制御フロー図を提供する。ステップには、分析サブシステム内に実装された制御コンポーネントを含む、配列検出システムの制御コンポーネント内の制御ロジックによって実行される自動制御アクティビティが含まれるが、技術者が実行する手動および半手動のステップも含み得る。 【００８３】 図３０Ａは、ルーチンの「検出配列」についての制御－フロー図を提供し、これは、配列検出システムが最初に構成され、その後いくつかの異なる終了条件の１つが発生するまで出力信号を生成するように操作する１つの配列決定の実行を行うための配列検出システムの操作を表す。ステップ３００２において、ルーチンの「検出配列」は、それぞれが一定のインデックスに関連付けられる配列ディテクター操作上のパラメータ値のアレイへのポインターｐａｒａｍを受け取る。セルに印加して配列同定情報を含む出力信号を生成する電圧の大きさを含むパラメータなどの特定のパラメータは、ｐａｒａｍ［ボルトを読む］として示し、ここでボルトを読むとはポインターｐａｒａｍによって示されるパラメータのアレイ中のパラメータに関するインデックスである。これらのパラメータ値には、図２８を参照して先に論じた種々の固定および調整可能なパラメータの値が含まれる。パラメータ値には、以下にさらに論じるいくつかのしきい値、およびこれも以下に論じる種々のタイミングパラメータも含まれる。ステップ３００４においては、ルーチン「セットアップ・セル」は、配列－識別実験用の配列－検出セルを構成することをいう。セル構成には、自動構成ステップ、半自動構成ステップ、および手動構成ステップの１つまたはそれを超えるものが含まれる。テキスト「（ｐａｒａｍ）」は、ポインターｐａｒａｍが引数としてルーチンにパスされることを示す。ステップ３００６においては、ルーチンの「シークエンサーを構成する」を呼び出して、配列－ディテクターを準備して出力信号を生成し始める。図３０Ｂに参照して、ルーチンの「シークエンサーを構成する」を以下に論じる。ルーチン「シークエンサーを構成する」がステップ３００８で決定される成功の表示に戻る場合、ステップ３０１０で「シークエンサーを読む」が呼ばれ、配列ディテクターの分析サブシステムによってセルに導入された生体高分子の配列が決定される出力信号を生成する。その他、ルーチンの「シークエンサーを構成する」が失敗表示に戻る場合、ステップ３０１２においてエラー取り扱いルーチンが呼ばれる。このエラー取り扱いルーチンは配列識別実験用の配列－ディテクターを構成する不可能性を報告し得、ある種の実施形態において、自動化された改善ステップを行って構成の失敗を取り扱い、および／または技術者および他の個人に警告を行う。 【００８４】 １つの実施形態において、セルに電圧を印加し、出力電圧信号を分析して、図２５を参照して先に論じた配列情報マスキングノイズの期間を探る。配列情報マスキングノイズが検出されると、制御ロジックは、ＤＮＡポリマーテザーがポリンチャネルを介して引き込まれたこと、およびＤＮＡポリメラーゼ機械的変化センサーコンポーネントがポリン内に定着したと推測する。ステップ３０１６で、ローカル変数トライが０に初期化される。ステップ３０１８では、アレイｃｕｒｒｅｎｔＤａｔａによって表されるメモリバッファが、信号サンプルを保存するメモリバッファ内の次の位置を示すインデックスｎｘｔＳａｍｐｌｅとともに初期化される。ステップ３０２０では、パラメータ値ｐａｒａｍ［電圧を構成］によって示される大きさおよびパラメータｐａｒａｍ［Ｐｏｌを構成］によって示される極性を有する電圧が、サンプリングされた出力信号がメモリバッファｃｕｒｒｅｎｔＤａｔａに収集される間にセルに印加される。ステップ３０２２では、メモリバッファｃｕｒｒｅｎｔＤａｔａ中のデータが分析されて、パラメータ値ｐａｒａｍ［ノイズＴ］によって示される閾値ノイズレベルを超えるノイズがサンプリングされた信号に観察されるかどうかを判定する。ステップ３０２４で決定されるように、このようなノイズが観察されると、ルーチンの「シークエンサーを構成する」は、機械的変化－センサーコンポーネントがポリン内に定着したと推測する。ステップ３０２６で決定されるように、パラメータ値ｐａｒａｍ［ロック］が０に等しくない場合、図２９Ａ～２９Ｃを参照して先に論じたように、ステップ３０２８でテザーがロックされる。その後、ルーチンの「シークエンサーを構成」は成功の表示に戻る。ステップ３０２４で決定されるようなノイズが観測されない場合、およびステップ３０３０で決定されるローカル変数トライの値がパラメータ値ｐａｒａｍ［リトライ］よりも小さい場合、ステップ３０３２において逆極性電圧がセルに簡単に印加され、ステップ３０１８で開始する、ポリン内にＤＮＡ－ポリメラーゼ機械的変化－センサーコンポーネントを再び定着させようとする準備として、ステップ３０３４でローカル変数トライの値を増分する。ローカル変数トライに保存された値が、ステップ３０３０で決定されたパラメータｐａｒａｍ［リトライ］の値以上である場合、失敗の指示がルーチン「シークエンサーを構成」によって戻される。 【００８５】 図３０Ｃは、図３０Ａのステップ３０１０で「配列を読む」と呼ぶルーチンの制御－フロー図を提供する。ルーチン「配列を読む」は、配列検出システムによって行われる配列決定の実行を表す。ルーチン「配列を読む」は、終了条件が発生するまで一連の電圧－印加サイクルを繰り返す。ステップ３０４０において、アレイｃｕｒｒｅｎｔＤａｔａによって表されるメモリバッファは、信号サンプルを保存するメモリバッファ内の次の位置を示すインデックスｎｘｔＳａｍｐｌｅとともに初期化される。ステップ３０４２で、ルーチン「配列を読む」は、ｐａｒａｍ［ボルトを読む］および極性パラメータ［Ｐｏｌを読む］の電圧をパラメータバッファ［間隔を読む］で示される時間だけセルに適用し、メモリバッファｃｕｒｒｅｎｔＤａｔａにサンプリングされた出力信号を収集する。ステップ３０４４で、ルーチン「配列を読む」は次に、パラメータｐａｒａｍ［間隔を逆転］で示される時間の長さにわたって、大きさｐａｒａｍ［電圧を逆転］および極性ｐａｒａｍ［Ｐｏｌを逆転］の電圧をセルに印加する。この逆の極性の電圧印加は、図２５を参照して先に論じたように、シーケンス情報マスキングノイズの発生を抑制する。ステップ３０４６で、ルーチン「配列を読む」は、ルーチン「終了をチェック」を呼び出すことにより、終了イベントをチェックする。ステップ３０４８で決定されるように、終了イベントが発生すると、ルーチン「配列を読む」が戻る。そうでない場合、制御は別の電圧印加サイクルのステップ３０４２に戻る。図３０Ｂは、図３０Ａのステップ３０１０でルーチンの「シークエンサーを構成」という制御ーフロー図を提供する。ルーチンの「シークエンサーを構成」は、配列ー決定実験を行うための配列検出システムの構成を示す。 ・・・ 【００８６】 図３０Ｄは、図３０Ｄのステップ３０４６で呼び出されるルーチン「終了をチェック」の制御フロー図を提供する。・・・ 【００８７】 本発明を特定の実施形態に関して説明したが、本発明をこれらの実施形態に限定することを意図するものではない。本発明のスピリット内での修正は、当業者に明らかであろう。例えば、特定の配列検出システムは、種々の異なるタイプの機械的変化センサーコンポーネント、機械的カプラー、可変抵抗コンポーネント、電気信号生成コンポーネントおよび回路を使用できる。たとえば、特定の配列検出システムでは、さまざまな種類の機械的変化センサーコンポーネント、機械的カプラー、可変抵抗コンポーネント、電気信号生成コンポーネントおよび回路を使用し得る。例えば、前記した第２の配列検出システムは、異なるＤＮＡポリメラーゼおよびＤＮＡポリメラーゼフラグメントを使用し、異なるポリンを使用し、異なるタイプのポリマーを含む異なるタイプの機械的カプラーを使用し、多くの異なる形状、サイズ、および構成のセルを用い得る。ＭｓｐＡーポリンの代わりに使用できるポリペプチド細孔の例には、αーヘモリシン、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｍｅｇｍａｔｉｓポリンＡ、グラミシジンＡ、マルトポリン、ＯｍｐＦ、ＯｍｐＣ、ＰｈｏＥ、Ｔｓｘ、Ｆーｐｉｌｕｓ、ＳＰ１、ミトコンドリアポリン（ＶＤＡＣ）、Ｔｏｍ４０、外膜ホスホリパーゼＡ、およびナイセリア自動輸送体リポタンパク質（ＮａＩＰ）が含まれる。先に論じたクレノウ・フラグメントに代えて使用できるポリメラーゼまたはその断片の例には、Ｔ７ ＤＮＡポリメラーゼ、真核生物ミトコンドリアＤＮＡポリメラーゼγ、Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＮＡ Ｐｏｌ Ｉ、Ｔｈｅｒｍｕｓ ａｑｕａｔｉｃのＰｏｌ Ｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ Ｐｏｌ、真核生物ＤＮＡポリメラーゼα、δ、およびε、ＤＮＡポリメラーゼζ、Ｔ４ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｐｈｉ２９ ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＢ６９バクテリオファージＤＮＡポリメラーゼ、Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＮＡポリメラーゼＩＩＩ アルファサブユニット、古細菌Ｅｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａサブドメイン由来のポリメラーゼ、真核生物ポリメラーゼＰｏｌβ、Ｐｏｌσ、Ｐｏｌλ、Ｐｏｌμ、Ｓ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ Ｐｏｌ４、Ｐｏｌη、Ｐｏｌ イオタ、Ｐｏｌ カッパ、Ｅ．ｃｏｌｉ Ｐｏｌ ＩＶ（ＤＩＮＢ）、Ｅ．ｃｏｌｉ Ｐｏｌ Ｖ（ＵｍｕＤ’２Ｃ）、レトロウイルス逆転写酵素および真核生物テロメラーゼ、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼなどのウイルスＲＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡポリメラーゼＩ、ＲＮＡポリラーゼＩＩ、ＲＮＡポリメラーゼＩＩＩ、ＲＮＡポリメラーゼＩＶ、ＲＮＡポリメラーゼＶなどの真核生物ＲＮＡポリメラーゼ、および古細菌ＲＮＡポリメラーゼが含まれる。別のテザーの例には、ＰＥＧ（ポリエチレングリコール）、ＰＰＧ（ポリプロピレングリコール）、ＰＶＡ（ポリビニルアルコール）、およびＰＥ（ポリエチレン）のような合成ポリマーが含まれる。さらに、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ＰＮＡまたはＬＮＡラベル、モルホリノ、または鏡像異性ＤＮＡが含まれる。・・・多数の異なるタイプの修飾デオキシヌクレオチド三リン酸を、７ーデアザ デオキシアデノシン三リン酸に加えて、コピー鎖伸長に使用し得る。コピー鎖伸長は、テンプレート鎖の配列を決定するためにのみ使用されるため、配列決定中に生成されるコピー鎖の化学組成は、第２の配列検出システムの正常な操作とは無関係である。」 「 ［図：0001412542000007.jpg］ 」（図１５） 「 ［図：0001412542000008.jpg］ 」（図２８） 第５ 当審の判断 事案に鑑み、理由５、理由４、理由３の順で検討する。 １．理由５（明確性要件）の検討 （１）明確性要件の判断規範 特許を受けようとする発明が明確であるか否かは、特許請求の範囲の記載だけではなく、願書に添付した明細書の記載及び図面を考慮し、また、当業者の出願当時における技術常識を基礎として、特許請求の範囲の記載が、その技術的範囲に属するか否かの判断が困難となることにより第三者の利益が不当に害されるほどに不明確であるか否かという観点から判断すべきものと解される。 （２）「１つ以上の操作パラメータに従って配列－検出システムを初期化」する「制御サブシステム」について 本願明細書の【００７６】には「図２８は、１つの例において、第２のタイプの配列検出システムの操作を構成、較正、および調整するために調整し得る異なるタイプのパラメータをリストしている。最初の列２８０２には、配列検出の開始前にのみ一般的に調整可能な初期固定値のパラメータが含まれるが、ある種のマイクロ流体および他の実施形態において、セルの溶液を含むチャンバー中の溶液の組成を動的に変更することが可能かもしれず、これらの他のパラメータを動的に調整することが可能かもしれない。」との記載があり、同【００７７】～【００８０】及び図２８には、ｐＨ緩衝液のタイプ、ポリメラーゼのタイプ、ポリンのタイプを始めとする多数のパラメータが列挙されているが（いずれも本ｅ）（下線は当審で付与した。以下、同様。）、配列－検出システムを初期化するために用いられる操作パラメータが多数挙げられたパラメータのうちのどれであるのか、また、その操作パラメータが如何なる条件に至った場合に配列－検出システムが初期化されるかについての記載は、本願明細書に何ら存在しない。 また、本願明細書には、【００８４】、【００８５】以外に「初期化」の文言はなく、【００８４】、【００８５】においても、それぞれ「１つの実施形態において、セルに電圧を印加し、出力電圧信号を分析して、図２５を参照して先に論じた配列情報マスキングノイズの期間を探る。配列情報マスキングノイズが検出されると、制御ロジックは、ＤＮＡポリマーテザーがポリンチャネルを介して引き込まれたこと、およびＤＮＡポリメラーゼ機械的変化センサーコンポーネントがポリン内に定着したと推測する。ステップ３０１６で、ローカル変数トライが０に初期化される。ステップ３０１８では、アレイｃｕｒｒｅｎｔＤａｔａによって表されるメモリバッファが、信号サンプルを保存するメモリバッファ内の次の位置を示すインデックスｎｘｔＳａｍｐｌｅとともに初期化される。」、「図３０Ｃは、図３０Ａのステップ３０１０で「配列を読む」と呼ぶルーチンの制御－フロー図を提供する。ルーチン「配列を読む」は、配列検出システムによって行われる配列決定の実行を表す。ルーチン「配列を読む」は、終了条件が発生するまで一連の電圧－印加サイクルを繰り返す。ステップ３０４０において、アレイｃｕｒｒｅｎｔＤａｔａによって表されるメモリバッファは、信号サンプルを保存するメモリバッファ内の次の位置を示すインデックスｎｘｔＳａｍｐｌｅとともに初期化される。」との記載があるだけで（いずれも本ｅ）、これらの箇所の初期化が、同【００７７】～【００８０】、【００８３】及び図２８に多数列挙された操作パラメータのうちのどの操作パラメータに従ったものか、また、操作パラメータがどの条件に至った場合に配列－検出システムが初期化されるかについての記載は本願明細書に存在しない。 そして、本願明細書の他の記載や本願の出願時の技術常識を参酌しても、「１つ以上の操作パラメータに従って配列－検出システムを初期化」する「制御サブシステム」が、具体的に如何なるものであるかについて、当業者は理解し、特定することができないので、請求項１の記載は、第三者の利益が不当に害されるほどに不明確というべきである。 （３）審判請求人の主張について 審判請求人は、令和５年１２月２７日提出の意見書において、「本願の図２８は、初期固定パラメータのリスト２８０２、初期固定だが調整可能なパラメータのリスト２８０４、および継続的に調整可能なパラメータのリスト２８０６を含む動作パラメータのリストを示す。・・・これらのパラメータは、本出願の段落［００７６－００８０］で説明されています。・・・図３０Ａ～Ｄに提供される制御フロー図は、制御サブシステムの動作を示し、ステップ３００２、３０２０、３０４２、３０４４、および３０５２を含む、制御パラメータが受信され、適用され、使用されるステップを示します。２つの実施形態の操作特徴は、上で引用した段落を含め、本願全体で詳細に説明されており、図２８に列挙され、本願の段落［００７６－００８０］で説明されている動作パラメータと、配列検出システムの制御との関係を理解するための完全かつ完全な基礎を提供します。出願人は、上記の詳細な議論および図を考慮すると、「動作パラメータ」は明らかであると確信します。」、「配列検出システムの初期化については、以下の段落［００８３］で説明されています。」と指摘し、更に、「上記の文章およびイラストのすべてが、「機械的変化センサー」、「機械的変化信号トランスデューサー」、「分析サブシステム」、「配列検出システム」、「操作パラメータ」、「配列検出システムの初期化」、「信号」、「ターゲット」、および「エンティティ」という語句の意味を完全かつ完全に説明していると確信します。」等と指摘する。 しかし、審判請求人が指摘する全ての箇所を参照しても、「１つ以上の操作パラメータに従って配列－検出システムを初期化」という文言は全く見当たらないし、審判請求人が「配列検出システムの初期化」が記載されていると主張している【００８３】を参照しても、「初期化」の文言はなく、【００８３】に、「１つ以上の操作パラメータに従って配列－検出システムを初期化」に対応した具体的な記載があるとは認められない（そもそも、審判請求人は、【００８３】を摘記するだけで、かかる箇所の記載が、「配列検出システムの初期化」に対応していることについて具体的な説明を行っていない。）。 そうすると、審判請求人の上記指摘を考慮に入れても、「１つ以上の操作パラメータに従って配列－検出システムを初期化」する「制御サブシステム」が具体的に如何なるものか理解、特定することはできないから、令和５年５月３０日付け拒絶理由通知書で示した明確性要件違反の拒絶理由が解消するとはいえない。 よって、審判請求人の主張は、理由がない。 （４）理由５（明確性要件）の検討のまとめ 以上からすると、この出願は、特許請求の範囲の請求項１の記載が、特許法第３６条第６項第２号に規定する要件を満たしていない。 ２．理由４（サポート要件）の検討 （１）サポート要件の判断規範 特許請求の範囲の記載がサポート要件に適合するか否かは、特許請求の範囲の記載と発明の詳細な説明の記載とを対比し、特許請求の範囲に記載された発明が、発明の詳細な説明に記載された発明で、発明の詳細な説明の記載により当業者が当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否か、また、発明の詳細な説明に記載や示唆がなくとも当業者が出願時の技術常識に照らし当該発明の課題を解決できると認識できる範囲のものであるか否かを検討して判断すべきものと解される。 （２）本願発明が解決しようとする課題 本願明細書の【０００３】に「本明細書では、ターゲット内のエンティティと特異的に相互作用する場合に１つまたはそれを超える機械的変化を示す機械的変化センサーを含む検出システムを論じる。各エンティティは、タイプ、１つまたはそれを超える機械的変化を信号に変換する機械的変化－信号トランスデューサー、および信号を使用してターゲット内のエンティティのタイプを決定する分析サブシステムを有する。」と記載されることから、本願発明が解決しようとする課題は、ターゲット内のエンティティのタイプの配列を決定できる配列検出システムを提供することにあると認められる。 （３）サポート要件の検討 ア．「制御サブシステム」について 本願発明の「配列検出システム」は、「配列－検出システムを制御して、信号を生成し、信号のサンプルを収集し、および信号を分析してターゲット内のエンティティのタイプの配列を決定する制御サブシステムを含む」ものであるが、第５の１（２）、（３）で検討したとおり、本願明細書には、「１つ以上の操作パラメータに従って配列－検出システムを初期化」する「制御サブシステム」について具体的に説明する記載はなく、本願の出願時の技術常識に照らしても、当該「制御サブシステム」が具体的にどのような装置、システムであるのかについて当業者は理解、特定することができない。 したがって、本願発明は、「制御サブシステム」に関して、上記（２）で示した課題を解決できることを当業者が認識できるように本願明細書の発明の詳細な説明に記載されたものであるとは認められない。 イ．「機械的変化－信号トランスデューサー」及び「分析サブシステム」について 本願明細書によると、本願発明は、「第１のタイプ」（本ｃ）、「第２のタイプ」（本ｄ）の２つの実施形態を含むものである。 以下では、それぞれのタイプにおける「機械的変化－信号トランスデューサー」及び「分析サブシステム」について検討する。 （ア）第１のタイプについて 本願明細書には、「第１のタイプ」の「分析システム」に関する記載として、本願明細書の【００３４】に「第１の例のターゲットは、ストリングまたはワイヤで一緒に接続されたマクロスケールオブジェクトの線形配列である。各オブジェクトは、４つの異なる形状のいずれか１つを有する。オブジェクトのタイプは、オブジェクトの形状に対応する。第１の対応する配列ディテクターは、ターゲットが機械的変化センサーを通過し、機械的変化センサーが各オブジェクトと特異的に相互作用し、可変レジスターによるオブジェクトの形状の電気信号特性に変換される機械的変化センサーにおける機械的変化を生じる際に、時間変化する電気信号を生成する。」（本ｂ）、同【００３６】に「機械的変化ベースの配列ディテクターは、ターゲット２０８を機械的に出力し、電気信号２１０を分析サブシステムに出力する。分析サブシステムは、特定の配列ディテクターのコンピュータシステム２１２で実行されるコンピュータプログラムとして実装され、電気信号を処理してターゲット内のオブジェクトタイプの配列を決定し、オブジェクトタイプ２１４の決定した配列をコンピュータディスプレイデバイス２１６上に出力する。」（本ｃ）、同【００３８】に「機械的変化－検出サブシステムは、機械的変化センサーコンポーネントの形状の歪みの程度に応じて、変化する電圧信号を生成する。出力電圧信号の大きさは、機械的変化センサーコンポーネントの歪みの程度に対応する。」（本ｃ）、同【００４５】に「図９を参照して論じたように、配列検出システムの分析サブシステムによる平均電圧の大きさおよび分散を含む２つの派生値の使用は、図１を参照して記載するターゲットが各オブジェクトまたはターゲット内のエンティティを同定するのに十分である。」（本ｃ）、同【００４６】に「測定コンポーネント１１２０は、機械的変化コンポーネント１１０６の形状の変化とともに変化する出力電気信号１１２２を生成するために、電流フローチャネルまたは電流フロー自体の電位を測定する。出力信号は、図１１には示されていない分析サブシステムによって計算処理され、ターゲット１１０２中のオブジェクトタイプの配列の表示を生成する。」（本ｃ）との記載がある。 しかし、これらの本願明細書の記載及び図１、２、４、１１を合わせみても、「第１のタイプ」の「ターゲット」、「エンティティ」、「機械的変化センサー」が、具体的にいかなるものを想定しているのか（例えば、それらは、如何なる大きさのものか、図１、４以外に如何なる形状をとり得るのか、如何なる材質のものか、如何なる方法で入手できるものか、如何なる用途に用いられるものか等）明らかでないので、それらの特定を前提とした「第１のタイプ」の「機械的変化－信号トランスデューサー」が具体的に如何なるものであるのか、また、実際に、この「機械的変化－信号トランスデューサー」より、エンティティのタイプの配列を決定できるような電気信号（電圧信号）を「分析サブシステム」に与えることができるのかについて、当業者が認識できるように本願明細書及び図面が記載されているとは認められない。 よって、本願明細書、図面及び本願の出願時の技術常識を参酌しても、本願発明の「第１のタイプ」における「機械的変化－信号トランスデューサー」及び「分析サブシステム」が、具体的にどのような装置、システムであるのかについて当業者は理解、特定できない。 （イ）第２のタイプについて 本願明細書には、「第２のタイプ」の「分析システム」に関する記載として、【００３４】に「第２の例のターゲットは、共有結合によって互いに結合したモノマーの配列を含む生体高分子である。以下の説明で例として使用するＤＮＡおよびＲＮＡポリマーにおいては、化学組成および構造が互いに異なる４つの一般的に発生する異なるタイプのモノマーがあり、追加のタイプのモノマーはあまり発生しない。第２の対応する配列ディテクターは、ターゲット生体高分子が機械的変化センサーを通過し、機械的変化センサーがモノマーと特異的に会合して機械的変化センサー内における機械的変化を生じ、ついでそれがカップラーによって可変レジスターに連絡される際に、時間変化する電気信号を生成する。」（本ｂ）、【００５２】に「第２の配列検出システムに適用する場合のフレーズ「機械的変化センサーコンポーネント」は、第２の配列検出システムに適用する場合、１つの例として、信号生成が、ポリメラーゼフラグメントの形状の変化、ポリンに関するポリメラーゼフラグメントの相対的位置の変化、および／またはポリンに関するポリメラーゼフラグメントの向きの変化を示すことを示すことに注意されたい。ある種の実施形態において、ポリメラーゼフラグメントの形状の変化は、可変レジスターの動きに通じる機械的変化を提供する。最終的に、機械的変化センサーコンポーネント、および機械的変化センサーコンポーネントとターゲットおよび細孔含有成分との相互作用により、可変レジスターの位置に機械的変化が生じる。」（本ｄ）、【００５３】に「両方の配列検出システムは、機械的変化センサーコンポーネントによって生成された機械信号を電気信号に変換することにより、出力電圧信号を生成する。両方の配列検出システムは、出力信号の計算分析を使用して、ターゲット配列内のオブジェクトまたはエンティティのタイプの配列を識別するために一緒に使用される複数の派生値を生成する。」（本ｄ）、【００５５】に「分析サブシステム１５０２は、セル１５０４などの複数のセルから配列情報を連続的に収集し、各配列を特定のターゲットによって生成された配列のグループに割り当て、その後、各ターゲットのタイプから得られた配列のグループから各々の異なるタイプのターゲットについてコンセンサス配列を集める。並列処理を使用すると、複数のターゲットについて迅速かつ効率的なコンセンサス配列決定ができる。」（本ｅ）との記載がある。 以上の本願明細書の記載及び図１３の具体例（本ｄ）を参酌すると、「第２のタイプ」の「ターゲット」、「エンティティ」、「機械的変化センサー」は、それぞれ、ＤＮＡおよびＲＮＡポリマー、具体的にはＤＮＡテンプレート、ヌクレオチドモノマー（ＮＰＴ）、ポリメラーゼフラグメント（または可変レジスターとも解される。）に相当すると認められる。 しかし、【００５２】に記載された「ポリメラーゼフラグメントの形状の変化、ポリンに関するポリメラーゼフラグメントの相対的位置の変化、および／またはポリンに関するポリメラーゼフラグメントの向きの変化」、「ポリメラーゼフラグメントの形状の変化」により提供される「可変レジスターの動きに通じる機械的変化」等から生じる機械信号より得られる電気信号（出力電圧信号）だけで、実際にＤＮＡおよびＲＮＡポリマーのヌクレオチド配列（ターゲット内のエンティティのタイプの配列）を決定できることが本願の出願日における技術常識であったとは認められないし、事実、本願の出願前に頒布された文献（令和５年５月３０日付け拒絶理由通知書で提示した引用例１（国際公開第２０１６／１９６７５５号））の請求の範囲や図面によると、ヌクレオチド配列の決定においては、本願明細書に何らの説明がない、ヌクレオチドに含まれるタグやレポーター領域を有する持続性テザー等の追加的手段が必要であることが記載されている。 そうすると、本願明細書等の記載から、「第２のタイプ」の「機械的変化－信号トランスデューサー」が具体的に如何なるものであるのか、また、実際に、「機械的変化－信号トランスデューサー」より、ヌクレオチド配列を決定できるような電気信号（電圧信号）が「分析サブシステム」に与えられ、その電気信号（電圧信号）を使用するだけでヌクレオチド配列が決定できることを当業者が認識できるとは認められない。 よって、本願発明の「第１のタイプ」より具体化された「第２のタイプ」であっても、本願明細書等の記載及び本願の出願時の技術常識より、「機械的変化－信号トランスデューサー」及び「分析サブシステム」が、具体的にどのような装置、システムであるのかについて当業者は理解、特定できない。 （ウ）小括 以上からすると、本願発明は、「第１のタイプ」及び「第２のタイプ」のいずれにおいても、「機械的変化－信号トランスデューサー」及び「分析サブシステム」に関して、上記（２）で示した課題を解決できることを当業者が認識できるように、本願明細書の発明の詳細な説明に記載されたものであるとは認められない。 （４）審判請求人の主張 審判請求人は、令和５年１２月２７日提出の意見書において、第１の実施形態は、段落００３５～００３９において、図１～５を参照して説明され、第２の実施形態配列は、段落［００４７～００８４］で、図１３～２９Ｃを参照して説明されており、電圧信号解析はいずれの実施形態でも同様で、２つの形態で共通の解析サブシステムが使用され、その分析は、図６Ａ～１０を参照して段落００４０～００４６で詳細に論じられている旨、ターゲットＤＮＡポリマー内の異なるヌクレオチドは異なる電圧信号プロファイルを生成し、解析サブシステムは、これらの電圧信号プロファイルに基づいてエンティティのタイプを決定する旨、を主張する。 しかし、「第１のタイプ」の「ターゲット」、「エンティティ」、「機械的変化センサー」が、具体的にいかなるものを想定しているのか（例えば、それらが如何なる大きさのものか、図１、４以外に如何なる形状をとり得るのか、如何なる材質のものか、如何なる方法で入手できるものか、如何なる用途に用いられるものか等）、本願明細書をみても判然としないし、２つのタイプで共通できるような解析サブシステムが具体的に如何なるシステムであるのかも理解、特定できない。 また、本願明細書等の記載、更には、本願の出願日における技術常識を参酌しても、ポリメラーゼフラグメントの形状の変化等から生じる機械信号より得られる電気信号（電圧信号）を使用するだけで実際にヌクレオチド配列が決定できることを当業者が認識できるとは認められない。 よって、審判請求人の主張は、理由がない。 （５）理由４（サポート要件）の検討のまとめ 以上からすると、本願発明は、上記（２）で示した課題を解決できることを当業者が認識できるように、本願明細書の発明の詳細な説明に記載されたものであるとは認められないので、この出願は、特許請求の範囲の請求項１の記載が、特許法第３６条第６項第１号に規定する要件を満たしていない。 ３．理由３（実施可能要件）の検討 （１）実施可能要件の判断規範 発明の詳細な説明の記載が実施可能要件に適合するか否かは、明細書の発明の詳細な説明に、当業者が、明細書の発明の詳細な説明の記載及び出願時の技術常識に基づいて、過度の試行錯誤を要することなく、その発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されているか否かを検討して判断すべきものと解される。 （２）実施可能要件の検討 上記２（３）アで検討したとおり、本願明細書には、「１つ以上の操作パラメータに従って配列－検出システムを初期化」する「制御サブシステム」について具体的に説明する記載はなく、本願の出願時の技術常識に照らしても、当該「制御サブシステム」が具体的にどのような装置、システムであるのかを当業者は理解、特定することができない。 また、上記２（３）イで検討したとおり、本願明細書等を参照しても、「機械的変化－信号トランスデューサー」が具体的に如何なるものであるのか、また、実際に、「機械的変化－信号トランスデューサー」より、エンティティのタイプの配列を決定できるような電気信号（電圧信号）を「分析サブシステム」に与え、その電気信号（電圧信号）を使用するだけで実際にヌクレオチド配列等のエンティティのタイプの配列が決定できることを当業者が認識できたとは認められない。 そうすると、本願明細書等の記載及び本願の出願時の技術常識を参酌しても、「制御サブシステム」、「機械的変化－信号トランスデューサー」、「分析サブシステム」を具体化し、機能させること、更に、これらを用いることで、実際にターゲット内のエンティティのタイプの配列（ヌクレオチド配列）を決定することは、当業者に過度の試行錯誤・実験を要するものと認められる。 したがって、本願明細書の発明の詳細な説明の記載は、本願発明を実施することができる程度に明確かつ十分に記載されたものではない。 （５）理由３（実施可能要件）の検討のまとめ 以上からすると、この出願は、発明の詳細な説明の記載が、本願発明について、特許法第３６条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。 第６ むすび 以上のとおり、本願は、特許請求の範囲の請求項１の記載が特許法第３６条第６項第１号、第２号に規定する要件を満たしておらず、発明の詳細な説明の記載が、請求項１に係る発明について、同法同条第４項第１号に規定する要件を満たしていない。 したがって、本願は、請求項２～２０について検討するまでもなく、拒絶すべきものである。 よって、結論のとおり審決する。