2021-012911

特願２０１９－１３７７９７「無カプシドＡＡＶベクター、組成物ならびにベクター製造および遺伝子運搬のための方法」拒絶査定不服審判事件〔令和 ２年 １月１６日出願公開、特開２０２０－ ７３１２〕について、次のとおり審決する。

結 論 本件審判の請求は、成り立たない。

理 由 第１ 手続の経緯 本願は、平成２４年３月１２日（パリ条約による優先権主張外国庁受理 ２０１１年３月１１日 米国（ＵＳ）、２０１１年３月１２日 欧州特許庁（ＥＰ））を国際出願日とする特願２０１３－５５７１３８号の一部を、特許法第４４条第１項の規定により平成２９年５月１０日に新たな特許出願とした特願２０１７－９３７５１号の一部を、さらに特許法第４４条第１項の規定により令和１年７月２６日に新たな特許出願としたものである。 以降の主な手続の経緯は次のとおりである。 令和１年 ８月２６日受付 手続補正書 令和２年 ６月１６日付け 拒絶理由通知 令和２年１２月２２日受付 意見書 令和３年 ５月１９日付け 拒絶査定 令和３年 ９月２７日受付 審判請求書 令和３年１２月 １日受付 手続補正書（方式） 第２ 本願発明 本願の請求項に係る発明は、令和１年８月２６日受付の手続補正書により補正された特許請求の範囲の請求項１～５に記載された事項により特定されるものと認められるところ、その請求項１に係る発明（以下、「本願発明」という。）は、以下のとおりのものである。 「【請求項１】 ポリペプチドの発現の低減もしくは停止によるまたはポリペプチドの非機能的もしくは機能不良類似体の発現による症状を現す遺伝的欠損に関わる疾患の治療のための医薬組成物であって、 該医薬組成物は、単離された線状核酸分子を含み、 該線状核酸分子は、第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲからなり、 第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲをこの順序で含み、ＡＡＶカプシドタンパク質コード配列を欠く、線状核酸分子であり、 関心のあるヌクレオチド配列は、外因性ＤＮＡを含む発現カセットであり、外因性ＤＮＡは、タンパク質、ポリペプチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ＲＮＡ又は鋳型ヌクレオチド配列をコードし、外因性ＤＮＡが、遺伝的欠損をスキップ、矯正、サイレンシングまたは遮蔽することで疾患に付随する症状の改善をもたらす、 医薬組成物。」 第３ 原査定の拒絶理由の概要 原査定の拒絶の理由は、この出願の請求項１～５に係る発明は、本願の優先権主張の日（以下、「本願優先日」という。）前に日本国内又は外国において、頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった下記の引用文献１に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができず、また、この出願の請求項１～５に係る発明は、本願優先日前に日本国内又は外国において、頒布された又は電気通信回線を通じて公衆に利用可能となった下記の引用文献１に記載された発明に基づいて、その出願前にその発明の属する技術の分野における通常の知識を有する者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができないない、というものである。 引用文献１ 特表２００８－５０３５９０号公報 第４ 引用文献の記載事項及び引用発明 １．引用文献１ （１）原査定の拒絶の理由で引用文献１として引用された、本願優先日前に頒布された特表２００８－５０３５９０号公報には、次の事項が記載されている（なお、下線部は当審で付した。以下同様。）。 ア「【請求項５１】 蛋白質不在下で引き起こされる神経疾患を治療する方法であって、当該方法は、 患者の脳に供給する血管内に配置された遠位エンドを有する神経血管カテーテルを用意し；そして 生物学上活性な因子をコードするＤＮＡを含む人工アデノ随伴ウイウス（ＡＡＶ）ベクター；及び 血液－脳バリヤーを通して少なくともＤＮＡをデリバリーするための成分 を含む組成物をカテーテルにデリバリーすること を含む方法。」 「【請求項７６】 人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターであって、５－プライムから３－プライムの方向に向かって： ５プライムＡＡＶ－ＩＴＲ； 生物学上活性な因子をコードする単鎖ＤＮＡ； 内部ＡＡＶ－ＩＴＲ； 生物学上活性な因子をコードする単鎖ＤＮＡの逆相補体；及び ３プライムＡＡＶ－ＩＴＲ を含むベクター。」 「【請求項８６】 人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを作成するための方法であって、 ５－プライムから３－プライム方向に向かって、５－プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ－ＩＴＲ）、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ、及び３－プライムＡＡＶ－ＩＴＲをＤＮＡプラスミド中にＤＮＡクローニング方法により集合させ； インビトロ転写方法を用いてＤＮＡプラスミドから単鎖ＤＮＡの単鎖ＲＮＡ転写物を生成させ； 逆転写反応方法を用いて逆転写によりＲＮＡ転写物から単鎖ＤＮＡを生成させ； ＲＮａｓｅ酵素を用いたＲＮＡの消化により反応産物からＲＮＡ転写物を取り出すこと を含む方法。」 「【請求項８７】 ゲル精製、カラム親和法、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるＤＮＡ精製方法により反応産物から単鎖ＤＮＡ産物を精製することをさらに含む、請求項８６記載の方法。」 イ「【００２２】 遺伝子又は遺伝子抑圧因子を患者の脳へデリバリーするための人工ＡＡＶベクターの使用は、プラスミドＤＮＡをデリバリーすること、又は実際のＡＡＶウイルス粒子をデリバリーすることを超えた多数の利点を有し得る。プラスミドＤＮＡよりも、ＡＡＶベクターのＤＮＡを脳へデリバリーする一つの可能な利点は、霊長類の脳内でのＡＡＶによりデリバリーされた遺伝子構築物の発現が少なくとも３から４年は継続することが知られていることであり、一方、プラスミドからの遺伝子構築物の発現は一時的である。ＡＡＶウイルス粒子のデリバリーを超えた合成ＡＡＶベクターのＤＮＡをデリバリーする利点は、いくつかあり得る。第１に、まさにＤＮＡのデリバリーはＡＡＶウイルスキャプシッドの患者脳へのデリバリーを回避できる。ＡＡＶウイルスキャプシッド蛋白質が免疫応答をおそらくは誘導するから、ウイルス粒子をデリバリーする必要が無しで済むということが、治療に対する逆免疫反応の危険のほとんどを回避することができる。さらに、ＤＮＡのデリバリーは、ＡＡＶキャプシッドを作成してＤＮＡをウイルスキャプシッドにパッケージするための操作されて且つ培養された細胞の使用を必要とする難しい製造工程である、完全なＡＡＶ粒子を生産する必要性を回避できる。最後に、ＡＡＶ粒子よりもＤＮＡをデリバリーすることは、約４，７００塩基のＤＮＡという、ＡＡＶキャプシッド内にパッケージできるＤＮＡの長さに対する自然の制限を回避できる。このサイズの制限は遺伝子抑圧のための構築物のデリバリーに関する問題ではないが（例えば、小干渉ＲＮＡをコードするＤＮＡ）、欠落した遺伝子の配列が４，７００塩基を超えるなら、それは欠落した遺伝子のデリバリーの制限になり得て、ＡＡＶの遺伝子治療のためのベクターとしての使用に関する制限として注目された。」 ウ「【００４９】 簡単に言えば、本発明において開示されて使用された組成物は、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター（単鎖また二重鎖ベクター；好ましくは単鎖ベクター）であって、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ；及び血液－脳バリヤーを通して少なくともＤＮＡをデリバリーする成分（例えば、本明細書にて記載された受容体－特異的リポソーム）を含む。いくつかの態様において、人工ＡＡＶベクターは、５プライムから３プライム方向に、５プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ－ＩＴＲ）；生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ；及び３プライムＡＡＶ－ＩＴＲを含む。別の態様において、人工ＡＡＶベクターは、５プライムから３プライム方向に、５プライムＡＡＶ－ＩＴＲ；内部ＡＡＶ－ＩＴＲ；生物学上活性な因子をコードする単鎖ＤＮＡの逆相補鎖；及び３プライムＡＡＶ－ＩＴＲを含む。また別の態様において、人工ＡＡＶベクターは、各鎖の５プライム及び３プライムエンドにＡＡＶ－ＩＴＲを有する直鎖状二重鎖ＤＮＡを含む。好ましくは、人工ＡＡＶベクターは、キャプシッドをコードするためのコーディング配列を含まず、即ち、好ましいベクターはウイルスキャプシッド構造内に封入されない。人工ＡＡＶベクターを作成する方法も開示される。 【００５０】 ＤＮＡが小干渉ＲＮＡをコードする態様に関して、上記組成物は、とりわけ、病原性蛋白質により誘導される様々な神経変性障害を治療するのに有用であり得る。ＤＮＡが蛋白質をコードする態様に関して、上記組成物は、とりわけ、蛋白質の不在により誘導される様々な神経変性障害を治療するのに有用であり得る。」 エ「【００７８】 ・・・ 蛋白質の不在下で誘導される神経性疾患 代謝の先天的エラーとして知られる稀な遺伝的障害は、からだが食物をエネルギーに変換する（即ち、食物を代謝する）ことが不可能になる。当該障害は、通常、食物の成分を分解する生化学経路に関与する酵素の欠陥により引き起こされる。さらに、リソソーム蓄積症（ＬＳＤ）は、リソソームの酵素の何れかの機能発現の欠陥により特徴付けされる遺伝的疾患を意味する。 【００７９】 そのような疾患は、遺伝子治療により治療されるかもしれない。特に、欠陥のある遺伝子又は失われた遺伝子は当業者には知られている方法により同定されるかもしれず、のちに、置換遺伝子を用意して失われた部位へ供給されるかもしれない。 【００８０】 欠陥のある酵素をコードする例示のポリヌクレオチド、及び欠陥酵素に付随する疾患を表２に掲載する。 ・・・ 【００９１】 表２に掲載された欠陥酵素をコードするポリヌクレオチドは、本発明の人工ＡＡＶベクターに含まれ得るポリヌクレオチドの例である。しかしながら、表２に掲載されたポリヌクレオチドに限定されることを意図しないものであり、当業者は、蛋白質の不在により誘導される追加の疾患を同定し、そして欠陥酵素をコードする追加のポリヌクレオチドを同定することができる。」 オ「【００９２】 ・・・ 人工ＡＡＶベクター 人工ＡＡＶベクターは、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡを含み、そして遺伝子又は遺伝子抑圧剤を患者のニューロンにデリバリーするのに使用することができる。即ち、人工ＡＡＶベクターは遺伝子をデリバリーするためのカセット、又は遺伝子抑圧剤をデリバリーするためのカセットを含むのが好ましい。例えば、失われた遺伝子を患者の脳に供給するために意図された遺伝子治療の場合、発現カセットは、プロモーター要素、失われた遺伝子をコードする配列、及びポリアデニル化シグナル配列を含むことができる。別の例において、患者の脳内で内生遺伝子の発現を抑圧することを意図された遺伝子抑圧する治療の場合、発現カセットは、プロモーター要素、小干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）をコードする配列、及び終結配列を含むことができる。 ・・・ 【００９４】 別の態様において、人工ＡＡＶベクターは、何れかの種類の発現カセットを含んでよく、単鎖ベクターである。単鎖ベクターは、アデノ随伴ウイルスゲノムからのインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ－ＩＴＲ）の５プライムコピー、続く遺伝子又は遺伝子抑圧剤に関する発現カセット（その同一性は治療される神経障害しだいである）、続くＡＡＶ－ＩＴＲの３プライムコピーによる３プライムエンドを含む単鎖ＤＮＡセグメントを含む。任意に及び好ましくは、何れかの種類の発現カセットを含む全ＤＮＡ配列は逆相補の順序で繰り返され、それにより、ＤＮＡ配列が５プライムＡＡＶ－Ｉ、発現カセット、内部ＡＡＶ－ＩＴＲ、発現カセットの逆相補体、及び３プライムＡＡＶ－ＩＴＲを含む。３プライムＡＡＶ－ＩＴＲは５プライムＡＡＶ－ＩＴＲの逆相補体であり（例えば、本明細書中の実施例１に例示されるとおり）、そして３プライム又は５プライムの何れかのＡＡＶ－Ｉを内部ＡＡＶ－ＩＴＲとして用いることができる。結果の「自己相補性」人工ＡＡＶベクターが好ましいが、なぜならば、それがＤＮＡによりニューロンのより有効なトランスフェクションを生じさせるかもしれないからである。例えば、Ｆｕｅｔａｌ．，ＭｏｌｅｃｕｌａｒＴｈｅｒａｐｙ８：９１１－９１７（２００３）を参照。 【００９５】 当業者には、二重鎖の人工ＡＡＶベクターの態様と単鎖自己相補性人工ＡＡＶベクターの態様が、単鎖自己相補ベクターが発現カセットの相補鎖をつなぐ単一の単鎖ＡＡＶ－ＩＴＲを有する（一方の鎖の３プライムエンドを相補鎖の５プライムエンドに共有結合させる－図２に模式的に示される）ために完全な人工ＡＡＶベクターが、発現カセットの相補鎖間で水素結合によりそれ自身の上に「フォールドバック」した一つの単ＤＮＡ鎖である、ということのみにおいて相違することを認識する。二重鎖人工ＡＡＶベクターの場合には、各エンドにおいて鎖をつなぐ非共有結合により発現カセットの５プライムエンドと３プライムエンドにおいて二重鎖のＡＡＶ－ＩＴＲｓが存在する（図３に模式的に例示されるとおり）。 ・・・ 【００９７】 上で本明細書に記載された単鎖ＤＮＡを製造する例示の方法も開示される。一つの方法は、５－プライムＡＡＶ－ＩＴＲ、発現カセット、及び３－プライムＡＡＶ－ＩＴＲをあらゆる適当なＤＮＡプラスミド中に標準ＤＮＡクローニング方法を用いて集合させ；標準インビトロ転写方法を用いてＤＮＡプラスミドから所望の単鎖ＤＮＡの単鎖ＲＮＡ転写物を生成させ；標準逆転写反応方法を用いて逆転写によりＲＮＡ転写物から単鎖ＤＮＡを生成させ；ＲＮａｓｅ酵素を用いたＲＮＡ消化により反応産物からＲＮＡ転写物を取り出し；そして標準ＤＮＡ精製方法、例えばゲル精製又はカラム親和法により反応産物から結果の単鎖ＤＮＡ産物を精製する工程を含む。」 カ「【０１７３】 ・・・ 実施例７ 以下の実施例は本発明の一つの態様により二重鎖人工ＡＡＶベクターを製造するための例示の方法である。この実施例においては、本明細書に開示された実施例５の工程１から工程５の方法に従い、プラスミドｐＡＡＶ－抗ＢＡＣＥ１－ＧＦＰを構築した。結果のプラスミドは、２つのＰｖｕＩＩ制限部位の間に所望のＤＮＡセグメント含む。特に、プラスミドは、５－プライムから３－プライムに向かって、ＰｖｕＩＩ部位、ＡＡＶヘアピン配列、Ｕ６転写終結配列、ポリアデニル化シグナル配列の逆相補体、ＧＦＰ蛋白質コードの逆相補体、ＣＭＶプロモーターの逆相補体、ＡＡＶインバーテッドターミナルリピート配列及びＰｖｕＩＩ部位をコードするＤＮＡ配列を含む。即ち、それは、５－プライムから３－プライムの方向に、抗－ＢＡＣＥ１ ｓｉＲＮＡの発現カセット、及びリポーター遺伝子ＧＦＰの発現カセットを逆の方向に含む（図５参照）。 【０１７４】 プラスミドｐＡＡＶ－抗ＢＡＣＥ１－ＧＦＰ中のＡＡＶＩＴＲｓを周囲に有する発現カセットを単離するために、７５μｇのプラスミドを制限酵素ＰｖｕＩＩとＳｃａＩにより、当業者によく知られた方法を用いて消化した。ＳｃａＩは当該プラスミドバックボーンを２つの類似の断片に消化して、プラスミドバックボーンと所望の挿入物の間にさらなる識別を可能にさせた。直鎖状断片をキアゲンのキアゲンＩＩゲル精製キットを用いてゲル精製した。直鎖状断片のパーセント回収及び質を２６０ｎｍと２８０ｎｍの吸収を測定することにより分光測光法により測定した。この定量を通して、出発製品（ｐｒｏｄｕｃｔ）の６０％が回収されて精製された直鎖状断片が十分な質であった（Ａ２６０／Ａ２８０＝１．９）ことが確定された。 【０１７５】 ＡＡＶ ＩＴＲｓが二次構造をとることを許容するため、４．５μｇの直鎖状断片（９０ｎｇ／μｌ）を６５℃に１０分間加熱することにより温度処理し、そして最短で１０分かけて室温にゆっくりと冷却した。次のインビトロ実験における使用のための対照として、未処理の直鎖状断片を室温に１０分間そのままにして加熱された断片を冷却した。未処理の直鎖状断片及び処理された（加熱されて冷却された）断片の予測されるコンフォメーションをそれぞれ図３と図４に示す。室温におけるインキュベーションの直後に、これらの人工ＡＡＶベクターを一時的にＨＥＫ２９３にトランスフェクトした。 【０１７６】 トランスフェクション実験の目的は、人工ＡＡＶベクターをトランスフェクトされた細胞内でのＥＧＦＰ発現の長命性（ｌｏｎｇｅｖｉｔｙ）を、ＥＧＦＰ発現カセット（ｐＴＲＡＣＥＲ－ＣＭＡ２，インビトロジェンコーポレーション、カールスバッド、ＣＡ、により入手可能）を含む環状プラスミドをトランスフェクトされた細胞内のＥＧＦＰ発現の長命性と比較することであった。この実験は、本発明の人工ＡＡＶベクターで処理された細胞内でのＥＧＦＰ発現が環状プラスミドｐＴＲＡＣＥＲ－ＣＭＶ２で処理された細胞内でのＥＧＦＰ発現よりも長く続いき得たか否かを観察するためにデザインされた。 方法：ＨＥＫ２９３細胞のトランスフェクション： ＨＥＫ２９３Ｔ（ＡＴＣＣ＃ＣＲＬ１１２６８）を、４．５ｇ／Ｌのグルコースを含み、そして１０％ＦＢＳ及びペニシリンとストレプトマイシンを追加されたＤＭＥＭ中で培養した。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞のトランスフェクションの前日に６ウエル組織培養プレートに５ｘ１０５細胞／ウエルの密度にて接種した。この接種密度は、トランスフェクションの日に約８０％コンフルエントのウエルを生じた。 【０１７７】 ＨＥＫ２９３Ｔ細胞にＴｒａｎｓｉｔ ＴＫＯ（ミルス）をトランスフェクトし、製造者の推奨に従った。簡単に言えば、６μＬのＴｒａｎｓｉｔ－ＴＫＯを２００μＬのＯｐｔｉ－Ｍｅｍ還元血清培地に５ｍＬポリスチレンチューブ中で加えた、ボルテックス混合した。希釈されたトランスフェクション試薬を室温において１５分間インキュベーションした。１マイクログラムの適切なＤＮＡを各チューブに加え、ＤＮＡを穏やかに混合して室温において２０分間インキュベーションした。サンプルは：（１）偽トランスフェクトされた（Ｈ２Ｏ）；（２）ｐＴＲＡＣＥＲプラスミド（１μｇ）；（３）人工ＡＡＶベクター（１μｇ）；及び（４）温度処理された（例えば、加熱されて冷却された）人工ＡＡＶベクター（１μｇ）を含んだ。インキュベーション後に、細胞上の培地を除去し、そして２ｍＬの正常な生育培地（ＤＭＥＭ，高グルコース、１０％ＦＢＳ，ペニシリン／ストレプトマイシン）に置き換えた。ＤＮＡ複合体をゆっくりと細胞に滴下により加え、穏やかな振動により混合した。トランスフェクトされた細胞を３７℃において５％ＣＯ２を含む湿潤加湿器中でインキュベートした。ＥＧＦＰ発現後に、トランスフェクトされた細胞の写真を２－４日ごとにトランスフェクションの３０日後まで撮った。全ウエルを表すエリアを写真に撮った。写真を撮った日に、全てのトランスフェクト細胞上の培地を新鮮な正常生育培地に置き換えた。 【０１７８】 トランスフェクトされた細胞中のＥＧＦＰ発現の比較を可能にするため、デジタル写真の全てを同じパラメーターで撮った。イメージの分析は、人工ＡＡＶベクターからのＥＧＦＰ発現の持続を明らかにした。さらに、加熱して冷却した人工ＡＡＶベクターは、細胞をトランスフェクトしてＥＧＦＰ発現を持続することに関して、実質上はいっそう有効であった。これは、図６に示すとおりトランスフェクションの６日及び２３日後に回収されたイメージにて明らかである。 【０１７９】 図６において観察され得るとおり、９５％を超えるプラスミド由来のＥＧＦＰ発現がトランスフェクションの１２日後に消失した。最後の温度処理工程（例えば、加熱及び冷却）なしに生産された人工ＡＡＶベクターはほんの僅かな細胞においてのみＥＧＦＰ発現を生じた；しかしながら、ＥＧＦＰ発現はそれらの細胞中で持続した。観察された持続は、トランスフェクトされた細胞の少数においてＡＡＶ－ＩＴＲｓの二次構造の形成、続いて二次構造が上記細胞中でＩＴＲｓを達成したためにＥＧＦＰの発現が持続する指標として解釈され得る。温度処理工程（例えば、加熱及び冷却）を含む開示方法に従い製造された人工ＡＡＶベクターは、トランスフェクションの２７日後に連続するＥＧＦＰ発現をもたらした。連続する発現は温度処理工程（例えば、加熱及び冷却）によるＡＡＶ－ＩＴＲｓの二次構造の形成の指標として解釈でき、ＥＧＦＰの持続する発現に資するこれらの構造が人工ＡＡＶベクターによりトランスフェクトされた実質上全ての細胞に存在した。 【０１８０】 実験はトランスフェクションの２７日後に終了したが、顕著な細胞の損失がこの時間点の後に起こり始めたからであった。温度処理された人工ＡＡＶベクターからの発現を上記プラスミドからの発現と比較すると、発現の持続における１００％を超える増加（日数）が人工ＡＡＶベクターから得られた。 【０１８１】 この実施例は、顕著で安定な発現が主題の発明の態様である人工ＡＡＶベクターから得られて、開示された方法に従い生産できることを例示する。この人工ＡＡＶベクターからの発現は、環状プラスミドからの発現よりも長く持続すると観察された。」 （２）上記１．アの【請求項５１】の「人工アデノ随伴ウイウス（ＡＡＶ）ベクター」は「人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター」の誤記と認められる。 また、上記１．アには、蛋白質不在下で引き起こされる神経疾患を治療する方法に使用される、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡを含む人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含む組成物が記載されており、換言すれば、蛋白質不在下で引き起こされる神経疾患の治療のための医薬組成物であって、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡを含む人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含む医薬組成物が記載されているといえる。 また、上記１．エから、蛋白質不在下で引き起こされる神経疾患である遺伝的障害において欠陥のある酵素をコードするポリヌクレオチドが人工ＡＡＶベクターに含まれ得ることが理解され、当該ポリヌクレオチドは、上記１．アの【請求項８６】及びウの【００４９】における「生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ」に相当するものと認められる。 （３）そうすると、上記１．ア～カより、引用文献１には、次の発明が記載されているといえる（以下「引用発明」という。）。 「蛋白質不在下で引き起こされる神経疾患である遺伝的障害の治療のための医薬組成物であって、 生物学上活性な因子をコードするＤＮＡを含む人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターを含み、 前記人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターは、５－プライムから３－プライム方向に、５－プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ－ＩＴＲ）；生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ；及び３－プライムＡＡＶ－ＩＴＲを含み、 前記人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターは、５－プライムから３－プライム方向に向かって、５－プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ－ＩＴＲ）、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ、及び３－プライムＡＡＶ－ＩＴＲをＤＮＡプラスミド中にＤＮＡクローニング方法により集合させ； インビトロ転写方法を用いてＤＮＡプラスミドから単鎖ＤＮＡの単鎖ＲＮＡ転写物を生成させ； 逆転写反応方法を用いて逆転写によりＲＮＡ転写物から単鎖ＤＮＡを生成させ； ＲＮａｓｅ酵素を用いたＲＮＡの消化により反応産物からＲＮＡ転写物を取り出し、単鎖ＤＮＡを精製することによって得られ、 前記人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターは、キャプシッドをコードするためのコーディング配列を含まず、ウイルスキャプシッド構造内に封入されず、 前記生物学上活性な因子をコードするＤＮＡは、前記遺伝的障害において欠陥のある酵素をコードするポリヌクレオチドに対応したものである、医薬組成物。」 第５ 対比 １．本願発明と引用発明とを対比する。 本願発明と引用発明を対比すると、次のことがいえる。 ・引用発明の「蛋白質不在下で引き起こされる神経疾患である遺伝的障害の治療のための医薬組成物」は、本願発明の「ポリペプチドの発現の低減もしくは停止によるまたはポリペプチドの非機能的もしくは機能不良類似体の発現による症状を現す遺伝的欠損に関わる疾患の治療のための医薬組成物」に相当する。 ・引用発明の「人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター」は、ＤＮＡプラスミドからインビトロ転写方法及び逆転写反応方法を経て精製された単鎖ＤＮＡの形で得られたものであるから、本願発明の「単離された線状核酸分子」に相当する。 ・引用発明の「生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ」は、患者に外因的にデリバリーされるものであるから、本願発明の「外因性ＤＮＡ」に相当する。 ・引用発明の「人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター」は、「５プライムから３プライム方向に、５プライムＡＡＶインバーテッドターミナルリピート（ＡＡＶ－ＩＴＲ）；生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ；及び３プライムＡＡＶ－ＩＴＲを含」むものであり、これは本願発明の「該線状核酸分子は、第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲからなり、 第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲをこの順序で含」むことに相当する。 ・引用発明の「人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター」は、「キャプシッドをコードするためのコーディング配列を含まず、ウイルスキャプシッド構造内に封入されない」ものであり、これは本願発明の「線状核酸分子は」、「ＡＡＶカプシドタンパク質コード配列を欠く」に相当する。 ・引用発明の「生物学上活性な因子をコードするＤＮＡは、前記遺伝的障害において欠陥のある酵素をコードするポリヌクレオチドである」は、本願発明の「外因性ＤＮＡは、タンパク質、ポリペプチド・・・をコードし」に相当する。 ２．以上のことから、本願発明と引用発明とは、 「ポリペプチドの発現の低減もしくは停止によるまたはポリペプチドの非機能的もしくは機能不良類似体の発現による症状を現す遺伝的欠損に関わる疾患の治療のための医薬組成物であって、 該医薬組成物は、単離された線状核酸分子を含み、 該線状核酸分子は、第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲからなり、 第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲをこの順序で含み、ＡＡＶカプシドタンパク質コード配列を欠く、線状核酸分子であり、 外因性ＤＮＡは、タンパク質、ポリペプチド、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ＲＮＡ又は鋳型ヌクレオチド配列をコードする、医薬組成物。」 の点で一致し、次の点で一応相違する。 （相違点１） 本願発明は、「外因性ＤＮＡが、遺伝的欠損をスキップ、矯正、サイレンシングまたは遮蔽することで疾患に付随する症状の改善をもたらす」ものであるのに対して、引用発明は、「遺伝的障害において欠陥のある酵素をコードするポリヌクレオチドに対応したもの」である点 （相違点２） 本願発明は、「関心のあるヌクレオチド配列は、外因性ＤＮＡを含む発現カセット」であるのに対して、引用発明はそのような特定がない点 第６ 判断 １．上記相違点について検討する。 （１）相違点１について 本願明細書【０００２】には、「遺伝子治療は、疾患の発生の根底にある欠損遺伝子を矯正することを目的とする。この問題に対処する一般的アプローチは核への正常遺伝子の運搬を含む。ついで、この遺伝子は標的化細胞のゲノム内に挿入されることが可能であり、あるいはエピソームのままでありうる。」（下線は強調のために当審で付加した。）と記載されている。したがって、本願発明における「矯正」とは、正常遺伝子の核への運搬を含むものと認められる。 一方、引用発明において「遺伝的障害において欠陥のある酵素をコードするポリヌクレオチド」である「生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ」を含むＡＡＶベクターは、「遺伝的障害の治療」に用いられるものである。 ここで、上記１．エの【００７８】の 「蛋白質の不在下で誘導される神経性疾患 代謝の先天的エラーとして知られる稀な遺伝的障害は、からだが食物をエネルギーに変換する（即ち、食物を代謝する）ことが不可能になる。当該障害は、通常、食物の成分を分解する生化学経路に関与する酵素の欠陥により引き起こされる。さらに、リソソーム蓄積症（ＬＳＤ）は、リソソームの酵素の何れかの機能発現の欠陥により特徴付けされる遺伝的疾患を意味する。」 の記載からみて、上記「遺伝的障害において欠陥のある酵素をコードするポリヌクレオチドに対応するものである」の記載は、患者において欠陥のある酵素に対応する生物学上活性な欠陥のない酵素をコードする、正常型のポリヌクレオチドを意味すると認められる。 そして、引用発明の「遺伝的障害の治療」とは、ＡＡＶベクターが患者の細胞の核内に送達することで欠陥のない酵素を発現させ、欠陥のある酵素を補うことで治療すること、すなわち、酵素の欠陥を「矯正」することであると認められるから、引用発明の「遺伝的障害において欠陥のある酵素をコードするポリヌクレオチド」である「生物学上活性な因子をコードするＤＮＡ」は、本願発明にいう「遺伝的欠損を・・・矯正・・・することで疾患または障害に付随する症状の改善をもたらす」「外因性ＤＮＡ」に該当する。 そうすると、上記相違点１は実質的な相違点とはいえない。 また、仮に、本願発明における「矯正」が、正常遺伝子が標的化細胞の核へ運搬されるだけでなく、ゲノム内に挿入されることを意味するとしても、引用文献１には、「欠陥のある遺伝子又は失われた遺伝子は当業者には知られている方法により同定されるかもしれず、のちに、置換遺伝子を用意して失われた部位へ供給されるかもしれない。」（上記１．エ参照。下線は強調のために当審で付加した。）と記載されていることを考慮すれば、引用発明のポリヌクレオチドを、ジンクフィンガーヌクレアーゼ等による本願優先日時に周知の遺伝子置換法に使用することは、当業者が容易に想到し得たことである。 （２）相違点２について 引用発明において、生物学上活性な因子をコードするＤＮＡは、遺伝的障害において欠陥のある酵素をコードするポリヌクレオチドであるところ、当該酵素をコードするポリヌクレオチドは発現して生体内で酵素として機能するものであるから、当該酵素をコードするＤＮＡは、５’側に酵素を発現するためのプロモーターを含み、３’側にｍＲＮＡを細胞質での分解から保護し、転写終結、核外輸送、翻訳を補助するポリアデニル化シグナルを含む「外因性ＤＮＡを含む発現カセット」内に含まれるものである。そうすると、引用発明におけるＩＴＲ間のヌクレオチド配列は、「外因性ＤＮＡを含む発現カセット」であるといえ、上記相違点２は実質的な相違点ではない。 また、仮に、実質的な相違点であるとしても、引用文献１には、「失われた遺伝子を患者の脳に供給するために意図された遺伝子治療の場合、発現カセットは、プロモーター要素、失われた遺伝子をコードする配列、及びポリアデニル化シグナル配列を含むことができる。」（上記１．オの【００９２】参照。下線は強調のために当審で付加した。）と記載されていることを考慮すれば、引用発明において、「外因性ＤＮＡ」の５’側にプロモーターを配置して、３’側にポリアデニル化シグナル配列を配置することにより、「関心のあるヌクレオチド配列は、外因性ＤＮＡを含む発現カセット」とすることは、当業者が容易に想到し得たことである。 したがって、仮に上記の相違点１及び２が実質的な相違点であったとしても、本願発明は引用発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものである。 ２．審判請求人の主張について （１）審判請求人は、令和３年１２月１日提出の手続補正書により補正された審判請求書の請求の理由において、次の（ア）及び（イ）の事項を主張する。 （ア）引用文献１は、プラスミドの５’－ＩＴＲの上流及び３’－ＩＴＲの下流の切断によって得られた１本鎖又は２本鎖のＤＮＡ分子を開示するものであって、本願発明の医薬組成物に含まれる線状核酸分子を開示するものではない。すなわち引用文献１の核酸分子はプラスミドから切り出されることにより、ＩＴＲの上流及び下流のプラスミドヌクレオチドを必然的に含むことになるのであるから、本願の請求項１は、引用文献１に対して新規性を有するものである。 （イ）本願明細書の実施例２に記載されるように、核酸分子は、スポドプテ ラ・フルジペルダ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）（Ｓｆ－９）細胞系を使用して製造され、単離されたものであり、Ｓｆ－９細胞系は、代表的な昆虫細胞系である。一方、引用文献１に開示された分子は、細菌細胞から製造され、プラスミドの切断により得られた分子であるから、細菌性のメチル化されたＤＮＡを有するのである。引用文献１に記載された分子及び本願発明は全く異なる製法で製造されたものであるから、これらの分子の構造は、必然的に異なるのである。引用文献１に記載された分子は、細菌を使用して製造されたプラスミドに由来する一方、本願発明においては遺伝子導入した昆虫細胞、すなわち真核細胞を使用して製造され、単離されたものであるから、細菌を使用して製造されたプラスミドを開示する引用文献１に基づいては、本願発明における分子には想到し得ない。 （２）上記主張について検討する。 （ア）について 引用文献１には、ＤＮＡプラスミドからインビトロ転写方法及び逆転写反応方法を経て単鎖ＤＮＡの形で得られた人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターが記載されている。そして、かかる方法で得られた人工アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターは、引用文献１の実施例７に記載された方法、すなわち、プラスミドから制限酵素を用いて線状断片として単離する方法で得られるものとは異なり、５’－ＩＴＲの上流及び３’－ＩＴＲの下流に追加のヌクレオチドを有さないものと認められる。 したがって、引用文献１は、「第１アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）逆方向反復（ＩＴＲ）、関心のあるヌクレオチド配列および第２ ＡＡＶ ＩＴＲからなる」線状核酸分子を開示するといえるから、上記（ア）の主張は採用できない。 （イ）について 上記１．アの【請求項８６】、【請求項８７】及びオの【００９７】の記載から、直線状ＤＮＡは細菌内で行われる方法ではなく、インビトロで行われる合成方法で製造されるので、細菌性のメチル化されたＤＮＡを有しないものであるし、そもそも本願発明において、昆虫細胞系を使用して製造されたことは特定されていないので、上記（イ）の主張は、特許請求の範囲の記載に基づかない主張でもある。 よって、上記（イ）の主張は採用できない。 ３．小括 したがって、本願発明は、引用文献１に記載された発明である。 また、本願発明は、引用文献１に記載された発明に基づいて、当業者が容易に発明をすることができたものである。 第７ むすび 以上のとおり、本願発明は、引用文献１に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項第３号に該当し、特許を受けることができない。 また、本願発明は、引用文献１に記載された発明に基づいて当業者が容易に発明をすることができたものであるから、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。 したがって、他の請求項に係る発明について検討するまでもなく、本願は拒絶すべきものである。 よって、結論のとおり審決する。